Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Киты [Qiagen] [ QIAamp] -- Ищу составы буферов. --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 09.08.2019 16:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Киты [Qiagen] [ QIAamp] для выделения геномной ДНК на мини-колонках с силика-сорбентом

Ищу составы буферов. Я хочу модификации кита сделать, не люблю вслепую работать как робот ..

Может есть какой био-хакерский ресурс где это все уже выложено.

конкретно нужны буферы [ATL ] , [AL], [AW1] , [AW2], [ATE]

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): -Ъ-
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 10.08.2019 01:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Кстати почему [Qiagen] просит хранить свои сухие колонки для ДНК в холоде? Они же сухие. Пишет что несколько недель можно и при комнатной температуре , а если долго то в холоде.

В чем там фишка?
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 11.08.2019 00:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Вот тут есть куча составов буферов от китов Киаген, кроме тех что мне надо, увы.

https://openwetware.org/wiki/Qiagen_Buffers
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 11.08.2019 01:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

первый подсказали... , спасибо

the Qiagen ATL buffer is mainly SDS, and it serves to destroy nuclease activity without hurting the Proteinase K (PK) too much, and helping PK digest proteins. ATL is also pH 8.6 (likely Tris) and looks to be similar to "tail tip" digestion buffer. AL addition (~4M GuHCl) puts the digested protein in solution and then ETOH addition (to ~33%) helps keep the SDS in solution as it tends to precipitate with GuHCl.

30 mM Tris·Cl; 10 mM EDTA; 1% SDS , optional 0.5-1M Guanidine Isothiocyanate

, pH 8-9 , 56 C , 1 -16 hours with Proteinase K , optional add Carrier RNA.

Proteinase K is prepared commonly as a 20 mg/ml stock solution in sterile water (stable for 1 year at −20°) or in a solution of 50 mM Tris, pH 8.0, 1 mM CaCl2 (stable for months at 4°). It is generally used at a working concentration of up to 50 μg/ml in any of a number of buffer formulations, including those that contain up to 0.5% SDS.

Сообщение было отредактировано Asterix - 11.08.2019 16:06
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  11.08.2019 02:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Melzak et al. (1996) Driving forces for DNA adsorption to silica in perchlorate solutions. J. Colloid Interface Sci. 181: 635 - 644.

Guanidine HCL is a chaotropic salt. Chaotropic salts are critical for cell lysis and binding to the silica resin. Specifically, Chaotropes have two important roles in nucleic acid extraction

Destabilize hydrogen bonds, van der Waals forces and hydrophobic interactions.

Leading to destabilization of proteins (including nucleases).

Macromolecular structure and function is dependent on the net effect of these forces (see protein folding), therefore it follows that an increase in chaotropic solutes in a biological system will denature macromolecules, reduce enzymatic activity and induce stress on a cell (i.e., a cell will have to synthesize stress protectants). Tertiary protein folding is dependent on hydrophobic forces from amino acids throughout the sequence of the protein. Chaotropic solutes decrease the net hydrophobic effect of hydrophobic regions because of a disordering of water molecules adjacent to the protein. This solubilises the hydrophobic region in the solution, thereby denaturing the protein. This is also directly applicable to the hydrophobic region in lipid bilayers; if a critical concentration of a chaotropic solute is reached (in the hydrophobic region of the bilayer) then membrane integrity will be compromised, and the cell will lyse. [Source]

Disrupt the association of nucleic acids with water.

Thereby providing optimal conditions for their transfer to silica.

Salts can have chaotropic properties by shielding charges and preventing the stabilization of salt bridges. Hydrogen bonding is stronger in non-polar media, so salts, which increase the chemical polarity of the solvent, can also destabilize hydrogen bonding. Mechanistically this is because there are insufficient water molecules to effectively solvate the ions. This can result in ion-dipole interactions between the salts and hydrogen bonding species which are more favorable than normal hydrogen bonds. [Source]

Ethanol, like Guanidine HCL, is a chaotopic agent. Ethanol is added for 2 reasons:

Enhance and influence the binding of nucleic acids to the silica.

Interfere with non-covalent intramolecular forces as outlined above.

Reduce association of nucleic acids with water. From Melzak et al. (1996):

Decreaing the water activity in solution through addition of either a chaotropic salt or an alcohol changes the helical structureof B-DNA either continuously to C-DNA or through a sharp cooperative transition to A-DNA (28). Either transition is accompanied by a decrease in solvent-accessible surface area.

The correct concentration allows for washing of the salts from the membrane

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): metrim, -Ъ-
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  11.08.2019 16:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Buffer AW1 contains Guanidinium Chloride (guanidine hydrochloride). This is used to denature proteins in your sample. They will then flow through the column and will be discarded with the wash.

Buffer AW2 is essentially 70% EtOH. 30 mls of 100% EtOH is added to the 13 mls of "concentrate"included in the bottle. 70% EtOH is used to remove salts from your column and aid in purifying your DNA.
Участник оффлайн! 7825
Участник



 прочитанное сообщение 12.08.2019 19:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(Asterix @ 09.08.2019 17:18)
Ссылка на исходное сообщение  Киты [Qiagen]  [ QIAamp] для выделения геномной  ДНК  на мини-колонках  с силика-сорбентом

Ищу составы буферов.  Я хочу  модификации кита сделать,  не люблю  вслепую работать как робот .. 

Может есть какой био-хакерский ресурс  где это все уже выложено.

конкретно нужны  буферы  [ATL ]  , [AL],  [AW1] , [AW2],  [ATE]



КвакаГен Отстой lol.gif lol.gif lol.gif
Участник оффлайн! 7825
Участник



 прочитанное сообщение 12.08.2019 19:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(Asterix @ 09.08.2019 17:18)
Ссылка на исходное сообщение  Киты [Qiagen]  [ QIAamp] для выделения геномной  ДНК  на мини-колонках  с силика-сорбентом

Ищу составы буферов.  Я хочу  модификации кита сделать,  не люблю  вслепую работать как робот .. 

Может есть какой био-хакерский ресурс  где это все уже выложено.

конкретно нужны  буферы  [ATL ]  , [AL],  [AW1] , [AW2],  [ATE]

я лет 15 в Германии не южу ничего от КвакаГена smile.gif
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 12.08.2019 20:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

ну так порекомендуйте , что нынче самое крутое в деле выделения ДНК из форенсик образцов?

Вот например геномка для [NGS] из сигаретных фильтров от бычков?
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 13.08.2019 10:33     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Плотник, а что, нормальная тема!
Я тоже подключусь через пару дней, сейчас занят текучкой.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Asterix
Участник оффлайн! 7825
Участник



 прочитанное сообщение 13.08.2019 14:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(-Ъ- @ 13.08.2019 11:33)
Ссылка на исходное сообщение  Плотник, а что, нормальная тема!
Я тоже подключусь через пару дней, сейчас занят текучкой.

Не хватайтесь за чужие талии, Вырвавшись из рук своих подруг. Вспомните, как к берегам Австралии... wink.gif
Участник оффлайн! 7825
Участник



 прочитанное сообщение 13.08.2019 14:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Ссылка на исходное сообщение  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?

фенол хлороформ
Участник оффлайн! 7825
Участник



 прочитанное сообщение 13.08.2019 14:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Ссылка на исходное сообщение  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?

для чип секов из одной клетки фенол хлороформ
Участник оффлайн! 7825
Участник



 прочитанное сообщение 13.08.2019 14:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Ссылка на исходное сообщение  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?

ну уж точно не квакаген smile.gif
Участник оффлайн! 7825
Участник



 прочитанное сообщение 13.08.2019 14:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Ссылка на исходное сообщение  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?

во всем мире нанокличества днка фенолят хлороформят пoсмотрите PubMed
ChIP-Seq
Участник оффлайн! 7825
Участник



 прочитанное сообщение 13.08.2019 14:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Ссылка на исходное сообщение  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5670203/

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): semi
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 14.08.2019 02:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

У меня вот вопрос , [Qiagen] в своих китах использует две отмывки силика-колонки этанольным раствором , одна кислая , 5.2 , другая нейтральная 7.2 ..

В чем тут фишка?

И зачем они добавляют малоновую кислоту в Гуанидин хлорид? только чтоб [pH] удерживать на 6.5 или есть какие-то еще идеи?
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 14.08.2019 02:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

И еще вопрос, полногеномная амплификация и репарация ДНК для [NGS], ну из сильно деградированных старых форенсик образцов вестимо, ,, что нынче самое модное в этой области?
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 14.08.2019 15:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

И еще вопрос ... в чем фишка использования необычно высокой концентрации ДТТ в лизис буфере с протеиназой К?

Ну право , 66мМ , ну куда столько? Это получается что если я предпочитаю меркаптоетанол, то его надо будет 100мМ туда класть? А будет ли протеиназа К в такой адской концентации работатЬ? Или это самое ей то что надо. речь идет о старых засохших образцах 50-100-летней давности

какие будут соображения?
Участник оффлайн! 7825
Участник



 прочитанное сообщение 14.08.2019 17:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(Asterix @ 14.08.2019 16:50)
Ссылка на исходное сообщение  И  еще  вопрос ... в чем фишка использования  необычно  высокой концентрации  ДТТ  в  лизис буфере  с протеиназой К?

Ну право  , 66мМ , ну куда  столько?  Это получается что если я предпочитаю  меркаптоетанол, то его надо будет  100мМ  туда  класть?  А будет ли протеиназа К  в такой адской концентации  работатЬ?  Или  это самое  ей то что надо.  речь идет о старых засохших образцах 50-100-летней давности

какие будут  соображения?

папа карла задлбал ужо smile.gif
Участник оффлайн! 7825
Участник



 прочитанное сообщение 14.08.2019 17:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Ссылка на исходное сообщение  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?

форенсик образцы куня отсиквинируй гином ниандерталца beer.gif jump.gif
Участник оффлайн! 7825
Участник



 прочитанное сообщение 14.08.2019 17:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

(Asterix @ 14.08.2019 16:50)
Ссылка на исходное сообщение  И  еще  вопрос ... в чем фишка использования  необычно  высокой концентрации  ДТТ  в  лизис буфере  с протеиназой К?

Ну право  , 66мМ , ну куда  столько?  Это получается что если я предпочитаю  меркаптоетанол, то его надо будет  100мМ  туда  класть?  А будет ли протеиназа К  в такой адской концентации  работатЬ?  Или  это самое  ей то что надо.  речь идет о старых засохших образцах 50-100-летней давности

какие будут  соображения?

выдели ДНК из кости 200 000 лет smile.gif
Участник оффлайн! BioPharmExpert




 прочитанное сообщение 15.08.2019 11:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Ссылка на исходное сообщение  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?


ZYMO Research попробуйте
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 15.08.2019 15:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

меня научная сторона вопроса интересует , нужно адаптировать кит под научную задачу.
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 30.08.2019 02:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

Ну что ж у нас такая печаль-то на русскоязычных фронтах науки-то?.. Проще право немцев поднять на вопросы о Киагене чем российссих Обломовых тут шебуршить.

Неужели никто вообще высокотехнологичным ДНК форенсиком в России не занимается? Только по инструкции к китам и работают?
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 30.08.2019 02:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

Вот еще вопрос , кто может в деталях рассказать про это чудо техники? Мне нужны точные состравы всех буферов и композиции и критический разбор данного продукта из личного опыта работы с ним.

NEBNext® FFPE DNA Repair Mix

Archiving of clinical materials as Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded (FFPE) samples is a common practice. However, the methods used for fixation and storage significantly damage and compromise the quality of DNA from these samples. As a result, it can be challenging to obtain useful information, including high-quality sequence data, especially when sample amounts are limited.

The NEBNext FFPE DNA Repair Mix is a cocktail of enzymes formulated to repair DNA, and specifically optimized and validated for repair of FFPE DNA samples.
Участник оффлайн! 737MAX
Участник



 прочитанное сообщение 30.08.2019 10:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

астерих чиго это тебя с Квакагена на НЕБ понесло confused.gif confused.gif confused.gif

астерикс антсиквинируй гином маманта и не приставай к парафиновыми срезами beer.gif


---меня научная сторона вопроса интересует , нужно адаптировать кит под научную задачу.
eek.gif confused.gif

(Asterix @ 30.08.2019 03:15)
Ссылка на исходное сообщение  
Неужели никто вообще высокотехнологичным ДНК форенсиком в России не занимается?  Только  по инструкции  к китам и работают?

астерикс русский язык не трогай оторву яйцо lol.gif lol.gif lol.gif
у меня в германии задали вопрос Язык Матери не Отца confused.gif eek.gif confused.gif
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 09.09.2019 02:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

Этот Киаген меня уже стал конкретно раздражать , мне нужна подробная информация по их китам с полными композициями всего и вся и с сырыми данными тестирования. неопубликованными данными , вот теми самыми , с негативными результатами и неудачными тестами, когда киты показали плохие результаты и разборками почему это так.. что было конкретно причиной неудачи..

А то я обнаруживаю косяки у них и не знаю что делать. Были ли подобные проблемы у других пользователей и Как их модифицировать до приемлемого мне качества результатов. Все закрыто и проходится по крупицам собирать эту информацию. Жуть какая-то , это не наука, это черт знает что такое. Обман и надувательство.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! КсенияЛарина




 прочитанное сообщение 09.09.2019 11:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

Если бы молодость знала, если бы старость могла С французского: Sijeunesse savait, si vieillesse pouvait. Из эпиграммы (№ 191) французского писателя и филолога-полиглота Анри Этьена (1531 — 1598)...

beer.gif jump.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 15.10.19 03:01
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft