Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Drozophila IP-штамп: fraMrwcSyJtdA гость |
|
petr Постоянный участник |
|
Drozophila IP-штамп: fraMrwcSyJtdA гость |
|
petr Постоянный участник |
|
Guest IP-штамп: fraMrwcSyJtdA гость |
|
Guest IP-штамп: frndtAKQj9Y/o гость |
b-глюкуронидаза (GUS) с флуюресцентным субстратом MUG (метил-чего-то там-глукоронид)-> gfp и прочие afp -> люцифераза. |
petr Постоянный участник |
(Guest @ 29.01.2008 22:50) Спасибо. Такой еще вопросец. Какое програмное обеспечение наиболее используемое, включая онлайн, для поиска CpG островков? Я знаю одно, под названием Web gene, но не уверен, что оно хорошо подходит для этой цели. Дешево и сердито |
Drozophila IP-штамп: fraMrwcSyJtdA гость |
|
petr Постоянный участник |
(Drozophila @ 29.01.2008 23:46) Безусловно тканеспецифично. (Drozophila @ 29.01.2008 23:46) Или можно все-таки попробывать геномную ДНК из крови для определению специфичных паттернов метилирования в языке? Заранее благодарен и прошу прощения если вопрос не очень умный. Хм... Если ген не экспрессируется в крови (к тому же в каких клетках крови?), то в принципе можно посмотреть метилирование этих островков, но связь с языком тут будет весьма натянутая. Разве что и там, и там не экспрессируется при одинаковой степени метилирования. Апстрим промотора это насколько далеко? -100? -1000? - 10000bp? Кстати в одном и том же островке могут метилироваться разные CG пары, что может влиять на связывание с разными транскр. факторами. |
petr Постоянный участник |
Простите, может чего неумное сказал. |
Guest IP-штамп: fraMrwcSyJtdA гость |
- Тоатальная ДНК из цельной крови (все клетки). У Вас разница в экспрессии есть? - А хрен его знает если честно, это и хотелось бы знать. Увы, поскольку соответствующую ткань не достать то всякие РТ и реал тайм пцр отпадают. Кстати в одном и том же островке могут метилироваться разные ЦГ пары, что может влиять на связывание с разными транскр. факторами. - Да, хотелось бы это узнать, какие пары. Можно ли заставить ген экспрессироваться в какой нибудь культуре после обработки дАзаЦ или ТСА? -Ну, не весь ген, но репортерную конструкцию можно попробывать. Кстати, а что это: дАзаЦ или ТСА, и что это даст? Типа метилирует все? Дело то ведь в чем, если промотор вытащить амплификациег, то все эти метилированные пары, отличающие индивидуумы, просто исчезнут. То есть, нужны нативные промоторы прямо из соответствующей ткани для оценки их еффективности, как мне кажется. Или соответствующая клеточная линия для трансфекции, чтобы метилировала сама и коей пока нет в природе. |
petr Постоянный участник |
(Guest @ 30.01.2008 01:18) У Вас разница в экспрессии есть? - А хрен его знает если честно, это и хотелось бы знать. Увы, поскольку соответствующую ткань не достать то всякие РТ и реал тайм пцр отпадают. Первый вопрос: ген человеческий? Или Вы чей езыгЪ изучаете? Далее - насколько ген консервативен? Насколько кончервативна его промоторная область. Я к тому, что с некоторой натяжкой, при большом консерватизме, можно предположить схожие механизмы регуляции транскрипции. (Guest @ 30.01.2008 01:18) Кстати в одном и том же островке могут метилироваться разные ЦГ пары, что может влиять на связывание с разными транскр. факторами. - Да, хотелось бы это узнать, какие пары. Bisulphite sequencing (Guest @ 30.01.2008 01:18) Можно ли заставить ген экспрессироваться в какой нибудь культуре после обработки дАзаЦ или ТСА? -Ну, не весь ген, но репортерную конструкцию можно попробывать. Кстати, а что это: дАзаЦ или ТСА, и что это даст? Типа метилирует все? Именно ген, а не репортерную конструкцию. dAzaC - ингибитор метилаз -> деметилирование ДНК TSA - ингибитор гистоновых деацитилаз -> ацетилирование гистонов И то и другое ведет к реактивации экспрессии Вот еще подумалось, что если гены и их промоторы (с полиморфизмами) у человека и мыши(к примеру) консервативны, то можно попробовать сначала с мышиным языком. Человечий нормальный язык можно взять от трупа наверное. |
Drozophila IP-штамп: frpndU9VGbIVI гость |
- увы, экзоны да, консервативны более менее, промоторы - нет. Мишь не подходит. Бисулпхите сеяуенцинг - знаю знаю этот метод + МАЛД ПЦР. Но мой вопрос менно и в том можно ли апроксимировать результаты по геному из крови на язык. Если механизм репресии этого гена в других тканях в метилировании, то, наверное нет. Если механизм в отсутствии соответствующих факторов транскрипции, то может быть. Но механизм не известен Именно ген, а не репортерную конструкцию. - а в чем разница? дАзаЦ - ингибитор метилаз -> деметилирование ДНК ТСА - ингибитор гистоновых деацитилаз -> ацетилирование гистонов - но мне не нужна тотальная реактивация. Суть в чем: например две формы промотора. Один вследствие полиморфизма -> частичного диметилирования работает лучше, чем другой. Единственное что подходит, на мой взгляд это бисульфит треатмент и определение метилированных участков. Но нету геномов из этой ткани. Есть только из крови. Из трупа нельзя наверное, поскольку данные завязаны также на фенотипы, снятые с живых людей. Вот так то. М-даа.. трудно. Но спасибо вам Петр. |
Guest IP-штамп: frixlYlW4KgEA гость |
|
Drozophila IP-штамп: fraMrwcSyJtdA гость |
|
Ufa1688 Постоянный участник |
|
Ufa1688 Постоянный участник |
|
Abu Road Escorts IP-штамп: frQrtJ1xVpdzY гость |
Website Our Linkes |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |