Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Оценка эффективности промотора -- Репортерная система --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Drozophila
IP-штамп: fraMrwcSyJtdA
гость



 прочитанное сообщение 29.01.2008 20:15     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Собственно такой вопрос к гуру молекулярной биологии. Есть несколько форм промотора. Нужно определить различия в эффективности инициации транскрипции с этих промоторов ин витро. Различия ожидаются небольшие. Необходима чувствительная репортерная система. Что из репортеров можно можно? Люцифераза? Флюоресцентные белки? Спасибо.
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 29.01.2008 22:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Ин-витро это как? ин витро транскрипция? Или простой репортерный анализ в клетках?
Drozophila
IP-штамп: fraMrwcSyJtdA
гость



 прочитанное сообщение 29.01.2008 22:15     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Простой репортерный анализ в клетках.
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 29.01.2008 23:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Люцифераза чувсвительнее галактозидазного анализа. Про флюорисцентные белки сказать не могу ничего - не пробовал.
Guest
IP-штамп: fraMrwcSyJtdA
гость



 прочитанное сообщение 30.01.2008 01:50     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Спасибо. Такой еще вопросец. Какое програмное обеспечение наиболее используемое, включая онлайн, для поиска CpG островков? Я знаю одно, под названием Web gene, но не уверен, что оно хорошо подходит для этой цели.
Guest
IP-штамп: frndtAKQj9Y/o
гость



 прочитанное сообщение 30.01.2008 01:52     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

от более к менее чуствит:

b-глюкуронидаза (GUS) с флуюресцентным субстратом MUG (метил-чего-то там-глукоронид)-> gfp и прочие afp -> люцифераза.
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 30.01.2008 01:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(Guest @ 29.01.2008 22:50)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо. Такой еще вопросец. Какое програмное обеспечение наиболее используемое, включая онлайн, для поиска CpG островков? Я знаю одно, под названием Web gene, но не уверен, что оно хорошо подходит для этой цели.

http://www.urogene.org/methprimer/index1.html
Дешево и сердито smile.gif
Drozophila
IP-штамп: fraMrwcSyJtdA
гость



 прочитанное сообщение 30.01.2008 02:46     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Спасибо Петр. Не хочу показатьса навязчивым, но еще один вопросик smile.gif, просто тема не моя. Чуть опишу ситуацию. Есть промотор, с очень высокой частотой нуцкеотидного полиморфизма. Сам ген активен во вкусовых сосочках языка, ну мож еще где. То есть активность ткане специфична. Апстреам от промотора обнаружены протяженные ЦПГ островки. Идея то в том что они могут влиять на экспрессию ин виво. Но вот незадача. Есть геномная ДНК только из клеток крови (ну невозможно тут у народа получить части их языков smile.gif))). Теперь вопросец. Метилирование строго тканеспецифично и случается строго при дифференцировке тканей? Или можно все-таки попробывать геномную ДНК из крови для определению специфичных паттернов метилирования в языке? Заранее благодарен и прошу прощения если вопрос не очень умный.
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 30.01.2008 03:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(Drozophila @ 29.01.2008 23:46)
Ссылка на исходное сообщение   Метилирование строго тканеспецифично и случается строго при дифференцировке тканей?

Безусловно тканеспецифично.
(Drozophila @ 29.01.2008 23:46)
Ссылка на исходное сообщение   Или можно все-таки попробывать геномную ДНК из крови для определению специфичных паттернов метилирования в языке? Заранее благодарен и прошу прощения если вопрос не очень умный.

Хм... Если ген не экспрессируется в крови (к тому же в каких клетках крови?), то в принципе можно посмотреть метилирование этих островков, но связь с языком тут будет весьма натянутая. Разве что и там, и там не экспрессируется при одинаковой степени метилирования.
Апстрим промотора это насколько далеко? -100? -1000? - 10000bp?
Кстати в одном и том же островке могут метилироваться разные CG пары, что может влиять на связывание с разными транскр. факторами.
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 30.01.2008 03:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

А чего вообще с метилированием затеваться? У Вас разница в экспрессии есть? Можно ли заставить ген экспрессироваться в какой нибудь культуре после обработки dAzaC или TSA? А то может и зря огород городить весь?

Простите, может чего неумное сказал.
Guest
IP-штамп: fraMrwcSyJtdA
гость



 прочитанное сообщение 30.01.2008 04:18     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Если ген не экспрессируется в крови (к тому же в каких клетках крови?)

- Тоатальная ДНК из цельной крови (все клетки).

У Вас разница в экспрессии есть?
- А хрен его знает если честно, это и хотелось бы знать. Увы, поскольку соответствующую ткань не достать то всякие РТ и реал тайм пцр отпадают.

Кстати в одном и том же островке могут метилироваться разные ЦГ пары, что может влиять на связывание с разными транскр. факторами.

- Да, хотелось бы это узнать, какие пары.

Можно ли заставить ген экспрессироваться в какой нибудь культуре после обработки дАзаЦ или ТСА?

-Ну, не весь ген, но репортерную конструкцию можно попробывать. Кстати, а что это: дАзаЦ или ТСА, и что это даст? Типа метилирует все?

Дело то ведь в чем, если промотор вытащить амплификациег, то все эти метилированные пары, отличающие индивидуумы, просто исчезнут. То есть, нужны нативные промоторы прямо из соответствующей ткани для оценки их еффективности, как мне кажется. Или соответствующая клеточная линия для трансфекции, чтобы метилировала сама и коей пока нет в природе.
Участник оффлайн! petr
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 30.01.2008 07:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Guest @ 30.01.2008 01:18)
Ссылка на исходное сообщение  У Вас разница в экспрессии есть?
- А хрен его знает если честно, это и хотелось бы знать. Увы, поскольку соответствующую ткань не достать то всякие РТ и реал тайм пцр отпадают.

Первый вопрос: ген человеческий? Или Вы чей езыгЪ изучаете?
Далее - насколько ген консервативен? Насколько кончервативна его промоторная область. Я к тому, что с некоторой натяжкой, при большом консерватизме, можно предположить схожие механизмы регуляции транскрипции.
(Guest @ 30.01.2008 01:18)
Ссылка на исходное сообщение 
Кстати в одном и том же островке могут метилироваться разные ЦГ пары, что может влиять на связывание с разными транскр. факторами.

- Да, хотелось бы это узнать, какие пары.

Bisulphite sequencing
(Guest @ 30.01.2008 01:18)
Ссылка на исходное сообщение  Можно ли заставить ген экспрессироваться в какой нибудь культуре после обработки дАзаЦ или ТСА?

-Ну, не весь ген, но репортерную конструкцию можно попробывать. Кстати, а что это: дАзаЦ или ТСА, и что это даст? Типа метилирует все?

Именно ген, а не репортерную конструкцию.
dAzaC - ингибитор метилаз -> деметилирование ДНК
TSA - ингибитор гистоновых деацитилаз -> ацетилирование гистонов
И то и другое ведет к реактивации экспрессии

Вот еще подумалось, что если гены и их промоторы (с полиморфизмами) у человека и мыши(к примеру) консервативны, то можно попробовать сначала с мышиным языком. Человечий нормальный язык можно взять от трупа наверное.
Drozophila
IP-штамп: frpndU9VGbIVI
гость



 прочитанное сообщение 30.01.2008 10:08     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Далее - насколько ген консервативен? Насколько консервативна его промоторная область. Я к тому, что с некоторой натяжкой, при большом консерватизме, можно предположить схожие механизмы регуляции транскрипции.

- увы, экзоны да, консервативны более менее, промоторы - нет. Мишь не подходит.

Бисулпхите сеяуенцинг

- знаю знаю этот метод + МАЛД ПЦР. Но мой вопрос менно и в том можно ли апроксимировать результаты по геному из крови на язык. Если механизм репресии этого гена в других тканях в метилировании, то, наверное нет. Если механизм в отсутствии соответствующих факторов транскрипции, то может быть. Но механизм не известен smile.gif

Именно ген, а не репортерную конструкцию.

- а в чем разница?

дАзаЦ - ингибитор метилаз -> деметилирование ДНК
ТСА - ингибитор гистоновых деацитилаз -> ацетилирование гистонов


- но мне не нужна тотальная реактивация. Суть в чем: например две формы промотора. Один вследствие полиморфизма -> частичного диметилирования работает лучше, чем другой. Единственное что подходит, на мой взгляд это бисульфит треатмент и определение метилированных участков. Но нету геномов из этой ткани. Есть только из крови. Из трупа нельзя наверное, поскольку данные завязаны также на фенотипы, снятые с живых людей. Вот так то.


М-даа.. трудно. smile.gif Но спасибо вам Петр.
Guest
IP-штамп: frixlYlW4KgEA
гость



 прочитанное сообщение 31.01.2008 17:55     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Нужны методики для определения GFP b GUS.
Drozophila
IP-штамп: fraMrwcSyJtdA
гость



 прочитанное сообщение 31.01.2008 19:06     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

А что это такое ?? "GFP b GUS" Расшифруйте пллииз
Участник оффлайн! f1dark
Постоянный участник
Lahore, Punjab, Pakistan



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  30.09.2022 14:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

F1 Removal is a well known movers and packers company all over the UK. We have been working since 1980 providing professional moving services according to the need of the customers. We have highly trained staff for all sort of moving services during relocation.

Removals Company | Removals Company in London | Office Removal in London | Office Removals London | Relocation Companies London | Removals Company in London | Moving Company in London | Moving Company | Movers in London | Man and Van in London | House Removals in London | House Removals | Packers and movers in London | Packers and movers London | Movers and Packers in London | Relocation Company in London | Commercial Removals | Local Movers | Long Distance Mover | Long Distance Movers | Long Distance Moving Company | renovations | london renovations | renovation companies in london | renovations company london | house renovation in london | Kitchen renovation london | Kitchen fitting london | Kitchen fitters in London | bathroom renovations london | painters and decorators in london | painting and decorating in london | painters in london | london decorators | vinyl tile flooring | vinyl flooring | laminate flooring | parquet flooring | wood flooring | parquet flooring london | luxury vinyl flooring | lvt flooring | wood flooring london | karndean flooring | herringbone flooring | laminate flooring london | amtico flooring | bathroom floor tiling | bathroom tiling | kitchen tiling | floor tiling | porcelain tiling | terrazzo tiling | painting and decorating leicester | painter and decorator ealing | painting and decorating brighton | local decorators
Участник оффлайн! Ufa1688
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  06.10.2022 16:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

The DPRK is watching ufabet เข้า สู่ระบบ the US posing a serious threat ufa1688auto to the stability of the situation ufabet on the Korean peninsula ufa1688 and in its vicinity by redeploying UFA1688 the carrier task force in the ราคาบอล waters off the Korean สล็อตออนไลน์ peninsula,” read a statement from ลิงค์รับทรัพย์ the North Korean Foreign Ministry แฮนดิแคป posted on the state-run Korean บอลสเต็บ Central News Agency.
Участник оффлайн! Ufa1688
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  14.03.2023 09:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Nunes da Silva’s app aff1688 experience with the police nigoal123 may point to a wider issue 123goal Metropolitan Police data shows ปั่นสล็อต that between 2010 and 2021เกมสล็อต only two police officers out of a total สูตรสล็อต of 573 accused were charged ทาง เข้า ufabet with rape or sexual ufabet vip assault after a public ทาง เข้า ufabet มือ ถือ complaint was brought แฮนดิแคป คือ against them.
Abu Road Escorts
IP-штамп: frQrtJ1xVpdzY
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  16.03.2023 07:24     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

The best thing about Independent Escorts In Abu Road is that you can hire them directly and get a personal experience without the hassles of using an agency. You can even meet them in person.

Website
https://www.depika-kaur.in/jaisalmer-escorts
https://www.depika-kaur.in/abu-road-escorts

Our Linkes
https://www.depika-kaur.in/amet-escorts
https://www.depika-kaur.in/antah-escorts
https://www.depika-kaur.in/anupgarh-escorts
https://www.depika-kaur.in/arthuna-escorts
https://www.depika-kaur.in/asind-escorts
https://www.depika-kaur.in/asnawar-escorts
https://www.depika-kaur.in/atru-escorts
https://www.depika-kaur.in/badnor-escorts
https://www.depika-kaur.in/badopal-escorts
https://www.depika-kaur.in/bagar-escorts
https://www.depika-kaur.in/bagru-escorts eek.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 04:26
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft