Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Radar plot -- кто-нибудь пользуется в обычной жизни ? --
Компания Biocommerce - официальный дистрибьютер продукции компаний Miltenyi Biotec GmbH (Германия) и RanD S.r.l. (Италия).
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 23.02.2018 19:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Есть такая штука для анализа мультипараметрических данных : Radar plot («Шишков, прости: не знаю, как перевести».©АС Пушкин)
например
user posted image
http://journals.plos.org/plosone/article?i...al.pone.0121546

Кто-нибудь такое в редкие часы цитометрического досуга чертит у себя в тетрадке? Не просто увидел-восхитился, а как рабочую лошадку используете?

спасибо
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 26.02.2018 22:44     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Ну PCA. SNE и прочее. Если очень много параметров- то полезна такая "синтетика"
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 27.02.2018 05:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

(Дядя ФАКСер @ 26.02.2018 15:44)
Ссылка на исходное сообщение  Ну PCA.  SNE и прочее. Если очень много параметров- то полезна такая "синтетика"

полезная — эт, понятно. А конкретно, на экране долгими зимними вечерами оси пробовали вращать, чтоб “синтетика“ вышла? Сижу, вот, кручу в разные стороны, поминаю добрым словом фон Майера, но ничего такого красиво-красивого как-то не получается. Вот, думаю, может кручу не по той часовой стрелке.

Кстати, если правильно понимаю, то в данных координатах компенсация не требуется. Но, возможно, ошибаюсь

Сообщение было отредактировано Леонид В - 27.02.2018 05:13
Участник оффлайн! Annabel
Участник
Бостон, США



 прочитанное сообщение 28.02.2018 23:53     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Нет, это не тру синтетика, как в случае PCA и тем более t-SNE - это фактически натянутые на радиальные оси parallel coordinate plots. Новые 2D координаты не генерируются - именно поэтому эту штуку нужно вращать и дергать, а не любоваться на нее, как на визуализации tSNE (PCA для flow cytometry давайте оставим мазохистам). Так что проблема перекрывания популяций друг другом в проекции многомерного пространства на 2D там вообще не решается (и не ставится). Эта штука прекрасно смотрится на данных, которые хорошо идут в hierarchical clustering, то есть ветвящееся фенотипирование - самое то. Но там какой метод не возьми, все красиво будет smile.gif

Собственно, этот метод можно использовать - как любой метод работы с компрессией многомерных данных - а) чисто для визуализации результатов в публикации и б) для облегчения анализа нашей головой (или машиной).

Для а) как я уже сказала, для успеха нужно, чтобы маркеры были эксклюзивными или полуэксклюзивными, но это скорее удача, чем правило. Тогда анализ становится простым, как полено, но я не буду пользоваться этой штукой даже для таких задач, потому что своей Калузы у меня сейчас нет, а во flowjo эта фича реализована не так красиво (и они ее убили в последней версии, но в старых еще есть - polyvariate display). На запутанных иерархиях, да еще и с потенциально неизвестными популяциями, я лучше возьму t-SNE (просто визуализацию или какие-то варианты, ну и фенограф хорош, да).

Если мы про б), то я как-то привыкла 4-5 измерений держать в голове, а все, что больше, на этих графиках все равно кривовато. Но будь у меня Калуза, я бы этой фичей пользовалась, почему бы и нет. Особенно если надо чужие данные покрутить, про которые вообще ничего заранее не понятно. Но я подозреваю, что предел моего воображения лежит примерно там же, где предел возможностей этой методики smile.gif

Написала колтеровскому чуваку, у которого мы только что выкупили огромный Астриос, что они могли бы и подарить нам Калузу. Может, прокатит smile.gif
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 28.02.2018 23:53     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Компенсация требуется. Радар- лишь способ визуализации данных (базис "радара"- он исчисляется из исходных данных, кои "железо" дает, сиречь- каналов, а не сам по себе).
Я вообще не понимаю всей этой суеты насчет "бионформатики в цитометрии". Банальные трансформации координат, и не более того. В общем, - всех "инноваторв" на первый курс МехМата или ФизТеха, линейную алгебру ботать smile.gif
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 28.02.2018 23:57     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(Annabel @ 28.02.2018 22:53)
Ссылка на исходное сообщение  PCA для flow cytometry давайте оставим мазохистам).

....когда кто-либо сие произносит, то где-то его сразу проклинает дедушка Робинсон wink.gif
Участник оффлайн! Annabel
Участник
Бостон, США



 прочитанное сообщение 01.03.2018 00:20     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Ты, дядя федор, в смысле, дядя Факсер, неправильно этот бутерброд ешь. Вот ни фига они не банальные. Когда я свою подругу-математика (мехмат, Гарвард, профессор сейчас) спросила про некоторые тонкости вандермаатеновской статьи про t-SNE и соответственно viSNE в наших протоколах, она хищно вцепилась в них и сказала, что отдаст своим старшим аспирантам (!) в journal club, а то они не знают, где практическое применение всего того, что они делают. Линейка там нужна, но первым курсом явно не обойтись.

И да, PCA именно и получится, если взять методичку по линейке для первокура и ограничиться ею... размазня из точек, потому что для цитометрических данных, как только распределение в каком-то из измерений становится неподарочным, PCA превращается в месиво.

Про radar plot - да, компенсация там не нужна ровно в том же смысле, что она не нужна при эксклюзивном распределении маркеров и данных, в которых шум от spreading error ниже, чем нижняя граница сигнала положительной популяции. Была где-то полусерьезная статья Рёдерера, что при простом bimodal phenotyping компенсация для анализа не дает вообще ничего в доброй половине случаев smile.gif так что молиться на идеально ровные квадроплоты совершенно бессмысленно smile.gif так и тут. Без компенсации тут будет то же самое, что без компенсации в традиционных визуализациях.

Сообщение было отредактировано Annabel - 01.03.2018 02:29
Участник оффлайн! Annabel
Участник
Бостон, США



 прочитанное сообщение 01.03.2018 00:26     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование
Картинки, фотографии
Хотела картинку прикрепить как файл, но что-то форум мне не дает.
Ну ок smile.gif

user posted image
Guest
IP-штамп: frbTfsBoYANXU
гость



 прочитанное сообщение 01.03.2018 12:40     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(Annabel @ 01.03.2018 00:20)
Ссылка на исходное сообщение  Была где-то полусерьезная статья Рёдерера, что при простом bimodal phenotyping компенсация для анализа не дает вообще ничего в доброй половине случаев smile.gif

Смотри пркрепленную тему в данном разделе от 2009 года с презентацией Марио smile.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 01.03.2018 19:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(Annabel @ 28.02.2018 16:53)
Ссылка на исходное сообщение   проблема перекрывания популяций друг другом в проекции многомерного пространства на 2D там вообще не решается (и не ставится).

эээ ... виноват, не понял. Т.е. совсем не понял. В той штуке, которую использую в качестве головы, картинка сложилась несколько иная. Даже скорее радикально иная. Если взять две перекрывающие популяции А:100; В:10: С:20 и А:100; В:90: С:5 то в radar plot они дадут два неперекрывающихся пятна. (A,B и C — маркеры и “степень“ их экспрессии) Собственно в этом и суть. Или неправ?


(Annabel @ 28.02.2018 16:53)
Ссылка на исходное сообщение  - а) чисто для визуализации результатов в публикации и б) для облегчения анализа нашей головой (или машиной).

ну, с визуализацией понятно, но, возможно ошибаюсь, но это позволяет графически выделить кластеры (субпопуляции ) и анализировать их. Т.е. визуализация лишь первый шаг, а не конечная цель.


(Annabel @ 28.02.2018 16:53)
Ссылка на исходное сообщение для успеха нужно, чтобы маркеры были эксклюзивными или полуэксклюзивными,

тезис сей от меня ускользает ... вроде как наоборот, именно для неэксклюзивных ситуаций данный подход может быть полезен.

(Annabel @ 28.02.2018 16:53)
Ссылка на исходное сообщениесвоей Калузы у меня сейчас нет,

А! т.е. долгими зимними вечерами оси таки не крутите.


(Annabel @ 28.02.2018 16:53)
Ссылка на исходное сообщение привыкла 4-5 измерений держать в голове, а все, что больше, на этих графиках все равно кривовато.

ммм .... вот в “кривовато“-то собяка и порылась. Голова, даже 4-5 мерная, на мой несовершенный взгляд не может найти оптимальное сочетание углов осей и масштаба на каждой из них. Поэтому позволю себе усомниться в том что:
(Annabel @ 28.02.2018 16:53)
Ссылка на исходное сообщение я подозреваю, что предел моего воображения лежит примерно там же, где предел возможностей этой методики smile.gif

т.е. сдаётся мне, что предел метода чуть дальше. Но могу ошибаться.
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 01.03.2018 19:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(Дядя ФАКСер @ 28.02.2018 16:53)
Ссылка на исходное сообщение  Компенсация требуется.

ммм ... вот ужо пришлют код для трансформации демо-версии в постоянную и попробую.
Участник оффлайн! Annabel
Участник
Бостон, США



 прочитанное сообщение 02.03.2018 00:41     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Леонид В @ 01.03.2018 17:00)
Ссылка на исходное сообщение  эээ ... виноват, не понял. Т.е. совсем не понял. В той штуке, которую использую в качестве головы, картинка сложилась несколько иная. Даже скорее радикально иная. Если взять две перекрывающие популяции А:100; В:10: С:20 и А:100; В:90: С:5 то в radar plot они дадут два неперекрывающихся пятна. (A,B и C — маркеры и “степень“ их экспрессии) Собственно в этом и суть. Или неправ?


В этом примере достаточно же и 2D? просто B vs C?

Но допустим у нас там разная экспрессия А. Две оси прекрасно разойдутся, третью как раз можно красиво нарисовать этим методом, но вот четвертую уже может впихнешь, а может и нет, начнутся наложения. Если сидеть и крутить ее, то можно будет понять, как взаимодействуют популяции, а если задача забабахать плоскую картинку в статью, то для некоторых раскладов эта задача не будет иметь красивого решения, потому что либо будут какие-то наползания, либо экспрессию одного из маркеров будет не видно толком.

(Леонид В @ 01.03.2018 17:00)
ммм .... вот в “кривовато“-то собяка и порылась. Голова, даже 4-5 мерная, на мой несовершенный взгляд не может найти оптимальное сочетание углов осей и масштаба на каждой из них.

Ну, это конечно - если нужно нарисовать 2D-representation по этому методу, то в уме это сделать сложнее, чем с инструментом smile.gif

(Леонид В @ 01.03.2018 17:00)
ммм ... вот ужо пришлют код для трансформации демо-версии в постоянную и попробую.


Ну вот и я smile.gif я спросила одного из знакомых в бекмане, какой алгоритм туда зашит, передам, когда ответит
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 02.03.2018 05:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(Annabel @ 01.03.2018 17:41)
Ссылка на исходное сообщение  В этом примере достаточно же и 2D? просто B vs C?

ну, в этом — конечно.
Ведь это был упрощенный пример, просто для демонстрации тезиса: если популяции перекрывающиеся, то radar (как это будет по русски?) их может развести. Допустим для шестицветной пары: 100; 90; 80; 70; 60; 50 и 90; 80; 70; 60; 50; 40
двухмерный плот будет испытывать некоторые трудности, бо среднее средним, а популяция это разброс, иногда солидный. Radar же это разнесет в разные углы. Будет два различных пятна.

(Annabel @ 01.03.2018 17:41)
Ссылка на исходное сообщение четвертую уже может впихнешь, а может и нет, начнутся наложения. Если сидеть и крутить ее, то можно будет понять, как взаимодействуют популяции, а если задача забабахать плоскую картинку в статью, то для некоторых раскладов эта задача не будет иметь красивого решения, потому что либо будут какие-то наползания, либо экспрессию одного из маркеров будет не видно толком.


Но и врач не лыком шит —
Он хитёр и осторожен.
"Да, вы правы, но возможен
Ход обратный, — говорит.

©ВСВ
т.е для некоторых раскладов эта задача будет иметь красивое решение


(Annabel @ 01.03.2018 17:41)
Ссылка на исходное сообщение  знакомых в бекмане, какой алгоритм туда зашит, передам, когда ответит

виноват, не понял ... при чем тут BC? В Калузу зашит алгоритм старика фон Майера (хотя возможно он открыл его будучи молодым ученым)
Mayr, Georg von (1877), Die Gesetzmäßigkeit im Gesellschaftsleben (in German), Munich: Oldenbourg, p.78. Linien-Diagramme im Kreise: Line charts in circles.
сам по себе алгоритм прост, как всё гениальное. Непросто найти оптимальное сочетание углов и масштабов для конкретных случаев. Вот и спрашивал, кто-нибудь имеет практический опыт осекрутки? Есть какие-нибудь хитрые народные приметы? Или просто крути до посинения пока красиво не получится. В Калузе даже кнопочку специальную придумали: кручу ось. Нажал, и она сама начинает по часовой стрелке тикать, а ты сиди и смотри, как за ней клетки бегают, как опилки металлическия за магнитом. Amusing for easily amused.

Сообщение было отредактировано Леонид В - 02.03.2018 05:41

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 02.03.2018 23:30     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(Guest @ 01.03.2018 11:40)
Ссылка на исходное сообщение  Смотри пркрепленную тему в данном разделе от 2009 года с презентацией Марио smile.gif

Угу, я ж ее и запостил тогда.
Участник оффлайн! Annabel
Участник
Бостон, США



 прочитанное сообщение 03.03.2018 00:47     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Способ Майра в разных его вариациях имеет довольно мало общего с калузовским radar plot - ну, кроме названия. Иначе бы наши популяции в калузе имели вид гнутых-мятых разноцветных колечек, а не кучек из точек. Этих вариаций пруды - скажем, у Тафти можно почитать про них, но это не в тему тут.

В варианте визуализаций калузы вопрос, как мне подсказывает мое подсознание, чисто топологический, возможно, он сводится куда-то к проблеме четырех/пяти красок smile.gif но я продолжаю думать, что под каждый dataset нужно отдельно разбираться, стоит его калузить или толку не будет.
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 03.03.2018 05:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(Annabel @ 02.03.2018 17:47)
Ссылка на исходное сообщение  Способ Майра в разных его вариациях имеет довольно мало общего с калузовским radar plot - ну, кроме названия. Иначе бы наши популяции в калузе имели вид гнутых-мятых разноцветных колечек, а не кучек из точек.

Вы правы, но нет.
Нарисовал быстренько маленькую карту приключений маленькой точки в шестимерном пространстве, объясняющую как он прошла сквозь тернии алгоритма и осталась точкой, однако кнопка “Прикрепить файл“ оказалась обманом трудящихся и труды мои пропали втуне.

Дядя Факсер, а нет ли возможности попросить веб-мастерового данного форума исправить неполадку?
Спасибо.

т.е. способ вставить таки картинку нашел, но это уж как-то больно через одно место получается. Дело 5 секунд растянулось на 10 минут ...
user posted image

стрелочки показывают пройденный путь, на финальном плоте их, разумеется, нет. А точка есть. В классическом радаре всё это есть, но точка не перемещается, а просто откладывается по каждой оси. А потом всё это соединяют линиями. Получается раскоряка раскорячная. Такие раскоряки нам, конечно, не нужны.

(Annabel @ 02.03.2018 17:47)
Ссылка на исходное сообщение   что под каждый dataset нужно отдельно разбираться, стоит его калузить или толку не будет.

это да ... вернее скажем под каждый тип данных.

Сообщение было отредактировано Леонид В - 03.03.2018 05:48
Участник оффлайн! Annabel
Участник
Бостон, США



 прочитанное сообщение 04.03.2018 18:57     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

(Леонид В @ 03.03.2018 03:31)
Ссылка на исходное сообщение  Вы правы, но нет.
Нарисовал быстренько маленькую карту приключений маленькой точки в шестимерном пространстве, объясняющую как он прошла сквозь тернии алгоритма и осталась точкой (...) стрелочки показывают пройденный путь, на финальном плоте их, разумеется, нет. А точка есть. В классическом радаре всё это есть, но точка не перемещается, а просто откладывается по каждой оси. А потом всё это соединяют линиями. Получается раскоряка раскорячная. Такие раскоряки нам, конечно, не нужны.

Но у раскоряки есть преимущество - на ней можно сравнить величину сигнала по каждой из радиальных осей раскоряки. А в вашем варианте действительно получается какое-то подобие PCA - решение позволяет только впихнуть похожие точки на плоскость более-менее рядом, но прикинуть силу каждого вектора по итоговой картинке со множеством точек гораздо сложнее. Как я и писала выше - если маркеры все взаимоисключающие и пересекаются максимум по два (потому что у нас именно двумерная проекция), то тогда - и только тогда - можно будет потом примерно нарисовать проекции каждого вектора и они будут иметь смысл относительно скоплений точек/популяций (что и проделано в первой процитированной статье), и даже силу сигнала можно будет разглядеть.
Поскольку такие расклады попадаются далеко не всегда, для всех не столь удачных для исследователя случаев я предпочту другие методы визуализации - на tSNE карте тоже не видны векторы экспрессии, но там хотя бы популяции не сливаются. Не каждый раз в прикупе два туза приходят, чаще приходится играть шестерные почти в убыток smile.gif

Но можно выщелкнуться и сперва разложить по осям фенотип, а потом уже поверх цветом (как heatmap) нарисовать медиану экспрессии маркера, который размазан по нескольким популяциям и поэтому осью его не нарисуешь. Не уверена, умеет ли такое Калуза. Честное слово, распакую и посмотрю! smile.gif В Cytobank визуализация медианы экспрессии цветом реализована прекрасно, в самом последнем релизе FlowJo - тоже неплохо (но там очень много других багов, я пока пользуюсь предыдущим). В нескольких R пакетах оно тоже есть (cytofkit и другие) - для тех, кто не боится R smile.gif
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 05.03.2018 01:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

(Annabel @ 04.03.2018 11:57)
Ссылка на исходное сообщение  Но у раскоряки есть преимущество - на ней можно сравнить величину сигнала по каждой из радиальных осей раскоряки.

в каждой шутке есть доля шутки, а в каждом преимуществе — доля недостатка.


(Annabel @ 04.03.2018 11:57)
Ссылка на исходное сообщение   впихнуть похожие точки на плоскость более-менее рядом, но прикинуть силу каждого вектора по итоговой картинке со множеством точек гораздо сложнее.

дык, ентоть, оно совсем для другого. “Прикидывать“ не просто сложнее, а практически невозможно. Вы гейтите пятнышко и смотрите чего в нём есть. А суть именно в том, чтобы дать визуализацию кластеров.

(Annabel @ 04.03.2018 11:57)
Ссылка на исходное сообщение  - если маркеры все взаимоисключающие и пересекаются максимум по два (потому что у нас именно двумерная проекция), то тогда - и только тогда

мммм ... что-то мне подсказывает, что это не совсем так. Или так, но не совсем. Вернее совсем не так.


(Annabel @ 04.03.2018 11:57)
Ссылка на исходное сообщение tSNE карте тоже не видны векторы экспрессии, но там хотя бы популяции не сливаются.

да уж ... но, не плавал, не знаю. Но видок у tSNE скажем так ... абстрактненький.


(Annabel @ 04.03.2018 11:57)
Ссылка на исходное сообщение  можно выщелкнуться и сперва разложить по осям фенотип, а потом уже поверх цветом (как heatmap) нарисовать медиану экспрессии маркера, который размазан по нескольким популяциям и поэтому осью его не нарисуешь. Не уверена, умеет ли такое Калуза.

не умеет, но это очень интересная мысль. Особенно если соединить ея с “у раскоряки есть преимущество - на ней можно сравнить величину сигнала по каждой из радиальных осей раскоряки.“ Т.е. если в Калузу засунуть, например, right click дающий раскоряку для каждой точки, то это будет супер. Отличная мысля! У Вас есть прямые ходы на менеджмент Калузы? smile.gif На слово “Бостон“ они клюют куда лучше, чем на то слово, которым мы здесь обзываемся.


(Annabel @ 04.03.2018 11:57)
Ссылка на исходное сообщение Честное слово, распакую и посмотрю! smile.gif

будем ждать
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 13.03.2018 18:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

вчера посмотрел в Калузе на компенсацию. Вроде как она для радара нужна. Хотя математически это странно. Но на глаз однозначно.
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 16.03.2018 00:14     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

Почему странно? "Чистый" сигнал для дальнейшей обработки- удобнее.
Guest
IP-штамп: frbTfsBoYANXU
гость



 прочитанное сообщение 16.03.2018 18:17     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

Чуток остудим энтузазизм "адептов SNE" yes.gif
How to Use t-SNE Effectively Although extremely useful for visualizing high-dimensional data, t-SNE plots can sometimes be mysterious or misleading. By exploring how it behaves in simple cases, we can learn to use it more effectively.

There’s a reason that t-SNE has become so popular: it’s incredibly flexible, and can often find structure where other dimensionality-reduction algorithms cannot. Unfortunately, that very flexibility makes it tricky to interpret. Out of sight from the user, the algorithm makes all sorts of adjustments that tidy up its visualizations. Don’t let the hidden “magic” scare you away from the whole technique, though. The good news is that by studying how t-SNE behaves in simple cases, it’s possible to develop an intuition for what’s going on.


cool.gif umnik.gif
Участник оффлайн! Annabel
Участник
Бостон, США



 прочитанное сообщение 17.03.2018 00:32     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

Ну некоторые и мышей едят. Кому-то недосуг разбираться в тонкостях. Я сейчас дописываю статью как раз про «hidden magic” (не знаю, что в нем такого потаённого, код открытый, читай-не хочу) и калибровку tSNE, положу сюда ссылку, когда подадимся и препринт будет в биоархиве.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 17.03.2018 23:21     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

(Annabel @ 16.03.2018 23:32)
Ссылка на исходное сообщение   Кому-то недосуг разбираться в тонкостях.

Зато SNE пользуют напропалую (без понимания) и публикуют. А ревьюеры - тоже хороши,угу.

""Биоинформатик" ныне- слово матерное" smile.gif
Guest
IP-штамп: fr8ioI1Eho7.M
гость



 прочитанное сообщение 19.03.2018 06:21     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

(Annabel @ 17.03.2018 00:32)
Ссылка на исходное сообщение  Кому-то недосуг разбираться в тонкостях. Я сейчас дописываю статью * и калибровку tSNE, положу сюда ссылку, когда подадимся и препринт будет в биоархиве.

“не читал, но утверждаю“ *
всё-таки tSNE, при всём моём уважении, это высокое парение в области вычислений (некислых, заметим).
А радар, в том варианте, который привел выше, это простое нанесение на график. tSNE наверняка “мощнее“, но всегда ли нужна пушка по воробьям?
Словом не знаю ...
Пока поверчу-ка Калузный вариант. Нутром чую, есть там чем поживиться.
Guest
IP-штамп: frbTfsBoYANXU
гость



 прочитанное сообщение 20.03.2018 14:26     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

Для "малопараметрики" (8 цветов и менее, коя составляет >80% всей проточки) tSNE- избыточен. "Радара" хватит за глаза.
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 21.03.2018 23:02     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

(Леонид В @ 03.03.2018 04:31)
Ссылка на исходное сообщение  

Дядя Факсер, а нет ли возможности попросить веб-мастерового данного форума исправить неполадку?

Он сдох и разложился, по ходу дела...Алексий молчит уже третий год

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Клеточные технологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 22.07.18 23:42
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft