Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Результаты поиска -- Найденные сообщения --

страницы (192):  1 2 3 > » 

Димеры праймеров
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 22.09.2021 12:37  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2058955  |  Ответов: 5  |  Просмотров: 3 220
1. Пара праймеров близка к идеальной, но, правда, есть один селф-димер F-праймера, который можно устранить убрав концевой G и, соответственно, начальный G R-праймера для выравнивания Т пл.
2. В данном ките нет хот-старта (как можно такое продавать... confused.gif), так что "горбатого..." сами знаете, пардон.
3. Для GC-богатых праймеров (и матрицы M.tub) слишком низкая темп. отжига 56 град. Можете смело довести до 60-62 град и, к тому же, в составе смеси не вижу денатурирующих компонентов, снижающих Т пл. Или же все параметры остаются как есть, но добавляете в смесь ДМСО хотя бы до 5%.
4. Согласен с semi - рекомендую сократить вдвое время на элонгации.
пы сы: Картинки у Вас отвратительного качества, пардон. frown.gif

"Слетает полплашки". В чем может быть проблема?
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 27.04.2021 11:40  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1970598  |  Ответов: 7  |  Просмотров: 5 571
Миксы сами варите, что за плашки, ПЦРник какой у Вас и сколько лет отработал и, наконец, какую программу для ПЦР используете, плавное затухание сигнала???? Всю эту инфу прошу в студию!
Я тоже склоняюсь к тому, что сказал dk - термоблок "чудит", т.е. работает на грани. У других проходит - значит, программа у них с запасом по времени, а у Вас на грани, балансируете со своим генотипированием и зондами в одной пробирке.
Совет мой - добавьте для каждой температуры еще по 20 сек, а на денатурации доведите температуру до 95-96. Если все пойдет нормально на такой программе, везите прибор на починку. Дело только в нем (сказал он с умным выражением лица). smile.gif

1xPVP
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 26.04.2021 22:26  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1970132  |  Ответов: 18  |  Просмотров: 3 291
Смело берите 0,5-1,0 % PVP и все будет ОК. По значимости из компонентов буфера PVP на последнем месте. Там SDS работает.

Помогите пожалуйста с выбором спектрофотометра!
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 30.03.2021 18:26  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1956542  |  Ответов: 8  |  Просмотров: 1 583
(Сергей1985 @ 30.03.2021 11:54)
Ссылка на исходное сообщение  Прежде всего разберитесь с техническими характеристиками устройств. Учитывайте геометрию измерения. В основном выпускаются устройства с параметрами 45/0, 0/45, D/0, 0/D. Первое значение говорит об освещении образца, второе – о потоке отраженного излучения.

В характеристиках прибора пишут, в каких условиях может проводиться исследование. Как правило, упоминается об источниках излучения. Обычно в ходе исследования используют лампу накаливания, непрямой солнечный или дневной свет. В характеристиках прибора присутствуют обозначения А, С, D или D65.

Выбирая спектрофотометр В 1200 или иную модель устройства, стоит учитывать диаметр измеряемой площади. Если требуется исследовать гранулы, порошки, неоднородно окрашенные поверхности искусственного или натурального камня, то нужно покупать прибор с большой апертурой. В этом случае можно будет получить хорошие результаты исследований_

confused.gif

Праймеры и зонды для британского SARS-CoV-2
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 16.02.2021 17:07  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1935207  |  Ответов: 14  |  Просмотров: 1 440
(kb1 @ 26.01.2021 16:24)
Ссылка на исходное сообщение  ну, это к Ъ

Биканами не увлекаюсь на данный момент, они мне не понравились в свое время. Они любят инд.подход.
Я простыми ТакМанами с контактным тушением, чтобы на простом флуориметре тоже можно было регистрировать сигнал, с минимальным фоном.

Камиль Хафизов и Британский корнавирус
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 16.02.2021 16:54  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1935205  |  Ответов: 9  |  Просмотров: 833
35 лет назад сказал бы - это же чудо, волшебники какие!
А сейчас этим хвастаться - себя не уважать. mad.gif
РНК хоть научились выделять или все по буму?
Каждый второй результат - ложный, позорище! А если смешанная инфекция, к примеру, 1 к 1000? mad.gif

Как можно узнать есть ли ДНК в образце после выделения
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 19.01.2021 11:58  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1916520  |  Ответов: 39  |  Просмотров: 2 111
(DimVik @ 19.01.2021 05:39)
Ссылка на исходное сообщение  Да рассматривали такой вариант. Но решили с  калибровками и расходниками не заморачиваться. Сегодня на них одни цены, завтра другие. Деньгами на спектрофотометр обещали, но во второй половине года. Выбрали пока такой: https://www.helicon.ru/catalog/oborudovanie...nophotometer-n/. Дорого конечно.

Купите агарозный минифорез, стандартную ДНК фага Лямбда с известной точной концентрацией и вперед и вверх, как говорит всегда мой друг Генсек. smile.gif

Как можно узнать есть ли ДНК в образце после выделения
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 19.01.2021 11:55  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1916517  |  Ответов: 39  |  Просмотров: 2 111
[quote=DimVik,19.01.2021 05:52]Ссылка на исходное сообщение  [quote=-Ъ-,14.01.2021 18:38]Ссылка на исходное сообщение  В STR идентификации конечно нужно знать сколько добавлять ДНК в реакционную пробирку (достаточно 1-10 нг для рутинных работ). Когда-то я выбирал эти самые STR праймеры для лошадей и КРС.
По поводу праймеров для КРС и Лошадей! Вот это экстремально интересная информация. smile.gif Как воздух нужна. Изыскиваем в научных статьях. Но некоторые при проверке оказываются кривые. Да и уровень знаний пока что не позволяет разобраться в тонкостях. Особенно как к примеру 30 праймеров будут вести себя в одной пробе. У Гордиза получается конечно. И то рекомендует понижение скорости в протоколе.
[/quote]
Да ради бога, не жалко, пользуйтесь, сейчас все доступно! smile.gif https://strbase.nist.gov//cattleSTRs.htm
Это правда, что некоторые праймеры нужно корректировать yes.gif - у каждого своя кухня.
И все краски к ним могем сделать, также как и сайз стандарты и все прочее... Аллельный ладдер для крс, свиней, кошек, собак и крокодилов это слишком жирно. Хоть 25 пар праймеров в одной пробирке! Но umnik.gif никакого желания, так как все перепробовал, удовлетворился...вообщем не боги горшки обжигают.
А советы - пожалуйста.

Как можно узнать есть ли ДНК в образце после выделения
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 18.01.2021 14:58  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1915876  |  Ответов: 39  |  Просмотров: 2 111
(DimVik @ 18.01.2021 09:33)
Ссылка на исходное сообщение  День добрый! Нет секвенатора нет. Есть только Real-Time. Наборы используем отечественные, качество устраивает, цена тоже. Проблема бывает в том что исходного материала для выделения очень мало и возникают сомнения достаточно для дальнейшей работы или нет? СПАСИБО умным людям теперь знаем как проверить, пока не купим спектрофотометр. Белгород топчик! Тепло, светло много домашнего винограда хорошие люди грамотные специалисты. Для работы есть все что надо.  umnik.gif  smile.gif

СФ, нонадропы - это дорого. В последние годы все Qubit покупали, но и он сейчас смотрю подорожал https://alamed.ru/catalog/genomika/probopodgotovka/35536/
https://www.thermofisher.com/ru/ru/home/ind...ters/qubit.html

Как можно узнать есть ли ДНК в образце после выделения
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 18.01.2021 14:52  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1915867  |  Ответов: 39  |  Просмотров: 2 111
(genseq @ 18.01.2021 13:38)
Ссылка на исходное сообщение  Кстати, о праймерах. Если ставить Real-Time PCR с краcителями, то ампликоны лучше брать подлиннее.

Чем длиннее, тем интенсивнее светятся? no.gif Глубоко ошибаешься, маэстро!
Чем короче ампликон, тем эффективнее реакция, и даже на вдрыск порванной ДНК (РНК), так что не надо ля-ля. Иногда на порядки чувствительность выше!

Как можно узнать есть ли ДНК в образце после выделения
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 14.01.2021 13:38  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1913080  |  Ответов: 39  |  Просмотров: 2 111
(DimVik @ 14.01.2021 13:58)
Ссылка на исходное сообщение  Праймеры? Да были, в коммерческом наборе Гордиз Cattle. По поводу сиквенса договорились с Белгородом.

В STR идентификации конечно нужно знать сколько добавлять ДНК в реакционную пробирку (достаточно 1-10 нг для рутинных работ). Когда-то я выбирал эти самые STR праймеры для лошадей и КРС.
Значит, кроме реал-тайм ПЦР у Вас есть и капиллярник тоже, то бишь секвенатор?
Мой совет, пользуйтесь испытанным китом для выделения ДНК, который "не теряет ДНК" в процессе, они есть в продаже (не буду заниматься рекламой). Иногда можно и не выделять ДНК, а делать "директ ПЦР". А Белгород прямо васюки 21 века. eek.gif

Как сделать простейший магнитный штатив?
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 14.01.2021 13:15  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1913076  |  Ответов: 183  |  Просмотров: 100 975
(genseq @ 08.01.2021 19:58)
Ссылка на исходное сообщение
По прошествии почти четырёх лет решил, что пора вернуться к этому сообщению - о штативах на 96 лунок для ручной экстракции ДНК. Эти штативы вполне способны заменить роботизированные станции, стоимость которых измеряется миллионами рублей.

Сомневаюсь что на это надо тратиться, тем более на рынке их такое разнообразие. Ты лучше свои магнитные шарики доводи до совершенства.
А на сегодняшний день актуально "direct RT-PCR", т.е. без всяких выделений образец попадает прямо в реакционную смесь. Лучшие умы сейчас над этим работают! umnik.gif
А штативы не твоё, Генсек, бросай это дело, направь свой гениальный разум на великие цели! smile.gif beer.gif

Next-gen секвенирование в России
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 13.01.2021 16:25  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1912225  |  Ответов: 3329  |  Просмотров: 446 381
(genseq @ 12.01.2021 09:31)
Ссылка на исходное сообщение  rolleyes.gif

beer.gif

Как можно узнать есть ли ДНК в образце после выделения
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 13.01.2021 15:39  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1912218  |  Ответов: 39  |  Просмотров: 2 111
Ну тоже ничего... Но лучше на митохондриалку, а еще лучше на высококопийные повторы, которых несколько тысяч на геном. Вот тогда чувствительность будет на самом высоком уровне.

Лечение СПИДа беременностью
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 13.01.2021 15:34  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1912217  |  Ответов: 52  |  Просмотров: 13 430
(genseq @ 12.01.2021 09:32)
Ссылка на исходное сообщение  rolleyes.gif

wink.gif

Next-gen секвенирование в России
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 21.12.2020 16:27  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1903973  |  Ответов: 3329  |  Просмотров: 446 381
(кузя007 @ 21.12.2020 14:38)
Ссылка на исходное сообщение 
Anal Biochem
. 2003 Oct 1;321(1):135-7. doi: 10.1016/s0003-2697(03)00403-2.
DNA purification on homemade silica spin-columns
Tatiana A Borodina 1, Hans Lehrach, Aleksey V Soldatov
Affiliations expand
PMID: 12963065 DOI: 10.1016/s0003-2697(03)00403-2

Ооогоо, какая инфа всплыла в поисках контактов чела! jump.gif
Ну вроде давно обсуждали, что молбиол КТО-ТО КОМУ-ТО продал, типа хозяин сменился. Нет?

Максимальная рекомендованная концентрация плазмиды?
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 03.11.2020 13:10  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1887617  |  Ответов: 16  |  Просмотров: 1 439
(с пробелами в образовании @ 03.11.2020 01:42)
Ссылка на исходное сообщение  Сейчас плазмида в LowTE (10mM TrisHCl pH 8.5, 0.1mM EDTA).

Сейчас мода на ТЕ с высоким рН confused.gif Отстаем, старый стал... weep.gif

Кто помнит, где делали этот амплификатор и как он назывался?
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 21.09.2020 16:11  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1865024  |  Ответов: 42  |  Просмотров: 3 757
Делали в Туле, названия как такового не было. Там действительно 4 шт. пельтье, которые были посажены на "специальный компаунд", как говорили ребята-умельцы из Тулы. Впоследствии заменили на 1 большой и надежность прибора возросла резко. smile.gif
У меня до сих пор в голове это жужжание, днем и ночью молотили...

Магнитные полимерные частицы, аналоги Dynabeads Human T-Activator CD3/CD28
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 16.09.2020 14:17  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1863577  |  Ответов: 17  |  Просмотров: 3 177
(genseq @ 22.08.2020 20:23)
Ссылка на исходное сообщение  Почему такие крупные (>4 мкм)? При таких размерах они быстро оседают и без магнитного поля. Лучше ориентироваться на 1...2 мкм.

Теория канешна рулит, но практика показала таки лучше (удобнее) 5-10 мкм, чем наноразмеры. И для работы вручную, и на роботах... для выделения ДНК и РНК имею ввиду.
А чайник явно загнул с потребностью для опытов. Что с них, бизнесменов, возьмешь. smile.gif

как хакануть [pJet1.2] ?
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 09.07.2020 16:46  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1834232  |  Ответов: 7  |  Просмотров: 1 845
lol.gif

ПЦР
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 08.06.2020 14:36  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1826605  |  Ответов: 118  |  Просмотров: 8 699
(H3K27me2 @ 06.06.2020 23:08)
Ссылка на исходное сообщение  виста наскока я понял вы нормальная городская лаба
нафига вам сухая смесь выж не военные в Сирии

Все правильно! Условия должны быть приближены к экстремальным. wink.gif
Если пользователь говорит, что "это же удобно!!!" стоит прислушаться, черт побери!
Проблема в другом - не до конца насушили, источник контаминации остался в жидком виде.

С другой стороны, если не будет по стране массово "обнаруживаться" такое количество позитивных образцов, то мы пожалуй можем упустить лидерство по всем показателям пандемии. Скоро полмиллиона инфицированных, а умерших - пшик. confused.gif confused.gif

ПЦР
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 08.06.2020 14:22  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1826601  |  Ответов: 118  |  Просмотров: 8 699
(dk @ 05.06.2020 21:43)
Ссылка на исходное сообщение  Вот с этим, наверное, связанное? Оно, если есть, должно у вас "минусить".

Вы слишком... хорошего мнения о разработчиках ПЦР китов. siRNA no.gif
Нынче разработчики в свои инструкции ввели такой раздел - "Интерферирующие вещества" (думаю слямзили с какой-нибудь англояз. версии ВОЗ рекомендации, не утруждаясь в переводе на русский).
Речь идет об ингибировании ОТ-ПЦР, вернее, какие сопутствующие вещества могут ингибировать реакцию (кровь, гной, слизь ит.п.) и как важно выделение чистой РНК.
Но о последствиях кросс-контаминации при этом мало кого волнует.

Пруф-ридинг полимераза вопрос
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 04.06.2020 17:42  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825567  |  Ответов: 108  |  Просмотров: 12 015
(Шаолинь @ 04.06.2020 18:39)
Ссылка на исходное сообщение  типа KlenTaq плюс Vent или Pfu  10  к 1

Монах, хороший совет! Я бы даже 20 к 1 сделал.

Коллеги, посоветуйте систему водоподготовки
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 04.06.2020 14:41  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825524  |  Ответов: 33  |  Просмотров: 3 097
Выключать нельзя - там циркуляция через каждые 3-6 часов срабатывает по программе.

Коллеги, посоветуйте систему водоподготовки
-Ъ-
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 04.06.2020 14:23  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825518  |  Ответов: 33  |  Просмотров: 3 097
(Coincedence @ 04.06.2020 15:10)
Ссылка на исходное сообщение  ok. изначально на него смотрели,  потом наткнулись на эти Пуристы. Они значительно дешевле, параметры вроде те же.

Кстати, если предположим полгода простоит без дела, он потом начинает материться в стиле "смените фильтр ресурс истек", или дальше работает?

Если полгода простоит no.gif какой смысл тогда покупать установку?
Лучше саму воду покупать, ятак думаю.
Я равномерно сливаю неиспользованную лишнюю воду в раковину, а когда начинает мигать раньше времени - значит был сбой в э. сети. Пишите дату смены на картридже и спите спокойно.
страницы (192):  1 2 3 > »  

Новые сообщения  Есть новые сообщения
Нет новых сообщений  Нет новых сообщений
Нет новых сообщений*  Тема с вашим участием
Горячая тема - новые сообщения  Горячая тема (есть новые сообщений)
Горячая тема - нет новых сообщений  Горячая тема (нет новых сообщений)
Важно - нет новых сообщений  Важная тема
Опрос - есть новые голоса  Опрос — есть новые голоса
Опрос - нет новых голосов  Опрос — нет новых голосов
Опрос -нет новых голосов  Опрос с вашим участием
Объявление  Объявление
Тема закрыта  Закрытая тема
Тема перемещена  Перемещённая тема


Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 25.10.21 14:53
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft