molbiol.ru -> MALDI TOF протеомика

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* MALDI TOF протеомика -- МММ, подскажете? --

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

Neimrut

18.12.2019 02:22

URL #1

Ситуация следующая: в нашем провинциальном институте есть масс-спектрометр Bruker Autoflex (MALDI TOF, не TOF/TOF), доставшийся по наследству. На нем сейчас работают микробиологи. Я и коллеги хотим использовать его для протеомных задач, идентификации белков в образцах.

Я сам клеточный биолог, среди коллег биохимики и молекулярщики, владеющие методами ВЭЖХ и электрофореза, знакомые с биоинформатикой, но непосредственно на MALDI масс-спектрометрах никто не учился работать. Представители Bruker пока не демонстрируют готовности оказать всестороннюю консультативную поддержку (надеюсь, я окажусь неправ, и мы скоро ее получим, но пока не похоже).

Не мог бы кто-то проконсультировать нас по этой теме? Можно ли с помощью MALDI TOF решать задачи качественной идентификации белка в пробе, на основе MASCOT-анализа или как-то еще?
Насколько многокомпонентной может быть проба? Можно ли гель-фри (как подсказал мне уважаемый МММ в другой теме, но, возможно, имея в виду TOF/TOF), если, скажем, форез показывает, что в пробе менее 10 фракций разной мол.массы?
Нужна ли ВЭЖХ? Насколько я понимаю суть MALDI масс-спектроскопии - нет, но может быть в каких-то случаях она желательна?
Какие есть нюансы пробоподготовки, на которые следует обратить внимание?

Спасибо! Буду признателен за любую помощь.

Сообщение было отредактировано Neimrut - 18.12.2019 02:24

distemper
Постоянный участник

18.12.2019 05:12

URL #2

по моим соображениям, без двумерного геля MALDI TOF не справится с вашей задачей, у вас просто спектры искаться по маскоту не будут, если вы говорите что в пробе пусть даже менее 10 белков. если на пальцах- порежте два-три белка в любой онлайн-програмке трипсином и масс-листы всех трех одновременно закинте в поиск маскотовский, если белки и найдутся, то скоры их будут печальные и непубликабельные

у вас прекрасный прибор, поставьте кухню с двумерным форезом и будет вам Щастье

metrim
Постоянный участник
Москва

18.12.2019 09:24

URL #3

=Нужна ли ВЭЖХ?

Ну всегда чем чище - тем лучше, но в первом приближении - необязательна

Если вам нужно секвенровать какой то неизвестный белок деново - разумеется он должен быть один в образце, после двухмерного фореза и т.д.
Проверку же того что из известного генома что то экспрессируется или подтверждение, что "данная полоска на форезе ТО" , вполне можно из каши - просто трипсинолизом. Разумеется из геля - лучше чистить.

=Какие есть нюансы пробоподготовки, на которые следует обратить внимание?
Не экономить на перчатках, свежий масспектрометрический (а не из советской банки) трипсин и т.д.

Neimrut

18.12.2019 14:07

URL #4

Спасибо большое!

Да, задача - определять белки из полностью аннотированных геномов, человека и лабораторных животных.

Не мог бы кто-то бросить сюда статью или методичку с базовым протоколом для такой задачи, который считает предпочтительным? Особенно интересует варианты без ВЭЖХ.

(metrim @ 18.12.2019 10:24)

Проверку же того что из известного генома что то экспрессируется или подтверждение, что "данная полоска на форезе ТО" , вполне можно из каши - просто трипсинолизом. Разумеется из геля - лучше чистить.

Не совсем понял про "чистить из геля". Извините, коллеги-биохимики на форуме не зарегистрированы, может выйти испорченный телефон, поэтому, пожалуйста, поясните более развернуто, чтобы я наверняка понял.

Вроде бы в геле уже разделение же есть, почему из него лучше чистить, а из каши - нет?
И как чистить после геля? ВЭЖК? Или речь вообще о другом?
Для трипсинолиза просто вырезать отдельные пятна из геля?

Neimrut

18.12.2019 14:17

URL #5

(distemper @ 18.12.2019 06:12)

у вас прекрасный прибор, поставьте кухню с двумерным форезом и будет вам Щастье

Очень приятно слышать!
Так, Вас уже не буду просить разжевать про скоры и т.д., просто зачитаю коллегам, они, наверное, поймут.

Neimrut

24.12.2019 11:40

URL #6

Коллеги, помогите пожалуйста, еще чем-то. Протоколы, статьи с описанием метода (мне все больше попадаются для ТОФ/ТОФ). Может быть кто-то знает про обучение в России? Поддержка Брукера пока не предоставляет никакой информации.

Vadim Sharov
Постоянный участник
Россия

24.12.2019 14:40

URL #7

Говорят, что Ваш прибор был закуплен в 2012 году. Действующего договора о тех поддержке у Вас пока нет. Посмотрите личное сообщение, я скину адрес. Договаривайтесь. Специалисты опытные. По школам смотрите Конференции http://molbiol.ru/forums/index.php?showforum=12 .

Запросите права кураторстве, иначе банный лист из Йены заполонит тему спертыми цитатами из "Духа Физтеха" Михаила Ефимовича Левинштейна. Кураторство позволяет удалять флуд.

Neimrut

25.12.2019 11:07

URL #8

(Vadim Sharov @ 24.12.2019 15:40)

Да, это так. После 2012 года прошло два последовательных слияния и Нижегородский НИИ детской гастроэнтерологии сейчас часть структуры Приволжского исследовательского медицинского университета. Большое спасибо. И спасибо за предупреждение о столь странной опасности.

Acer-X
Участник

26.12.2019 21:21

URL #9

(Vadim Sharov @ 24.12.2019 15:40)

вадик у вас мания преследования

Acer-X
Участник

26.12.2019 21:30

URL #10

(Vadim Sharov @ 24.12.2019 15:40)

Запросите права кураторстве, иначе банный лист из Йены заполонит тему спертыми цитатами из "Духа Физтеха" Михаила Ефимовича Левинштейна. Кураторство позволяет удалять флуд.

вадик успокойся я на пенсии делать мне нехер на molbiol дурью маятся

Acer-X
Участник

26.12.2019 21:41

URL #11

(Vadim Sharov @ 24.12.2019 15:40)

https://www.youtube.com/watch?v=1Zf0zyZPK8c

Acer-X
Участник

26.12.2019 21:48

URL #12

(Acer-X @ 26.12.2019 22:41)

https://www.youtube.com/watch?v=1Zf0zyZPK8c

Говорил, ломая руки, краснобай и баламут
Про бессилие науки перед тайною Бермуд.
Все мозги разбил на части, все извилины заплел,
И канатчиковы власти колят нам второй укол.

Acer-X
Участник

26.12.2019 22:12

URL #13

(Acer-X @ 26.12.2019 22:41)

https://www.youtube.com/watch?v=1Zf0zyZPK8c

Цитата от Вадима Шарова

немцы поняли что только в России умеют делать " нефть из опилок"

Acer-X
Участник

26.12.2019 23:36

URL #14

(Acer-X @ 26.12.2019 22:41)

https://www.youtube.com/watch?v=1Zf0zyZPK8c

https://yandex.ru/search/?lr=177&clid=19617...%B0%D1%82%D1%8C

Neimrut

31.12.2019 21:49

URL #15

(Acer-X @ 26.12.2019 22:30)

вадик успокойся я на пенсии делать мне нехер на molbiol дурью маятся

А чем вы тут занимаетесь?

С Наступающим!

MMM
Постоянный участник

22.01.2020 13:44

URL #16

С наступившими и прошедшими праздниками. Я к сожалению нахожусь в далёких морях без интернета. И совершенно случайно им обзавелся на очень короткое время. Гель фри MALDI заменяет двумерный форез на двумерную ВЭЖХ. Только, если при двумерном форезе мы трипсинолиз делаем после фореза, то в гель фри трипсинтся тотальная проба, а потом делается двумерная ВЭЖХ. Гель фри - это очень большая нагрузка на MALDI. Потому что у вас получается сотни или даже тысячи пятен, которые надо поднять в анализе. И по итогу идентифицируются сотни и тысячи белков.

Что касается протоколов, то они есть в статьях и методиках многих фирм. Там все не так уж и сложно. Единственно если использовать двумерку и MALDI, то белка в пятне должно быть не мало.

Мытарь
Участник

24.01.2020 06:35

URL #17

(MMM @ 22.01.2020 14:44)

Я к сожалению нахожусь в далёких морях без интернета

https://yandex.ru/search/?lr=177&clid=19617...%B0%D1%82%D1%8C

Мытарь
Участник

24.01.2020 06:51

URL #18

(MMM @ 22.01.2020 14:44)

https://yandex.ru/search/?text=%D0%BF%D1%80...&clid=1961774-1

Мытарь
Участник

24.01.2020 07:23

URL #19

(MMM @ 22.01.2020 14:44)

у мммыча отмазка яхта утонула

Мытарь
Участник

24.01.2020 07:31

URL #20

(MMM @ 22.01.2020 14:44)

https://yandex.ru/search/?text=%D0%BC%D0%B0...&clid=1961774-1

Мытарь
Участник

24.01.2020 07:32

URL #21

(MMM @ 22.01.2020 14:44)

https://yandex.ru/search/?text=%D0%BC%D0%B0...&clid=1961774-1

Мытарь
Участник

24.01.2020 07:44

URL #22

(MMM @ 22.01.2020 14:44)

https://yandex.ru/video/preview?filmId=6831...nt=1579841005.1

Мытарь
Участник

24.01.2020 08:01

URL #23

(MMM @ 22.01.2020 14:44)

https://yandex.ru/video/preview/?filmId=800...nt=1579841951.1

vak
Постоянный участник
Мюнхен

28.01.2020 16:15

URL #24

(Neimrut @ 18.12.2019 00:22)

Не мог бы кто-то проконсультировать нас по этой теме?
...
Спасибо! Буду признателен за любую помощь.

3 года (но очень давно) работал на связку HPLC + MALDI (TOF, TOF/TOF). за это время своими руками собрал им "домашний" вычислительный кластер и написал софт под него (калибровка, шумоподавление, base-line estimation and extraction, экстракция сигнала, multivariate analysis) -- всё это под peptidomics задачи. Если могу чем-то помочь, стучитесь в личку.

Сообщение было отредактировано vak - 28.01.2020 16:16

watchesbiz
Постоянный участник

31.10.2021 08:54

URL #25

http://replicarolexwatches.simpsite.nl/
https://www.smore.com/rj7kh-best-replica-watches
https://www.athleticsnation.com/users/Replicarolexwatches
https://pastebin.pl/view/ab0e458a
https://mix.com/watcheshutukcom
https://www.woddal.com/post/359216_tiny-acc...nybody-039.html
https://share.naturalnews.com/posts/3904099
https://demo.wowonder.com/post/214429_the-i...-producers.html
https://rapichat.com/post/5369_our-purpose-...ible-there.html
https://dashburst.com/replicarolexwatches/1
https://sway.office.com/KifcQvn36MK821G8
https://flipboard.com/@replicarolex24
https://getpocket.com/redirect?url=https%3A...eshut.uk.com%2F
https://www.openstreetmap.org/user/Hints%20...20Rolex%20Watch

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.