Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Технологии секвенирования следующего поколения. -- Куда двигаться дальше? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: R-J-Dio, hopfen, valiksharov, guest0008, kadik sharoff, Bern8, kenseq, shloss3, pushcino5, kakseq, КсенияЛарина
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.12.2018 11:00     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(banned sceptique-NMRguy @ 28.12.2018 08:21)
Ссылка на исходное сообщение  Они и Сибэнзим теперь продают!! Ааааа!!!!  jump.gif
А это вообще невероятно: https://helicon.ru/brends/syntol/  mol.gif  jump.gif

Зато от Thermo отказались frown.gif теперь не знаю как свои любимые фьюжены покупать. frown.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.12.2018 11:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

В ноябре стартовала программа тотального секвенирования геномов всех (1,5 млн.) видов эукариот:
https://www.sanger.ac.uk/news/view/launch-g...plex-life-earth
Правда, это не более чем голая идея, предлагающая объединить усилия мирового сообщества под общим флагом. Но замахнулись эти товарищи неплохо. Тем более, что стоимость этого удовольствия оценивается всего в $4,7 млрд. wink.gif
"То ли еще будет, ой-ёй-ёй !" tongue.gif

С наступающим Новым годом! beer.gif beer.gif beer.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): banned sceptique-NMRguy
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.04.2019 19:04     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Удалил. А программу конференции можно оставить?

Файл/ы:

скачать файл ___________2019__09_04_.doc
размер: 46.5к
кол-во скачиваний: 32


Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 12.04.2019 11:46     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Генсек, оставь презентацию - кому мешает ссылка-то? Если УФлазарю хочется поэксгибиционировать своими публикациями (к тому же не относящимися к теме ветки) - для этого есть "Беседа".
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.04.2019 14:09     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

O.K.

Секвенирование - 2019:
https://yadi.sk/i/9fi8glATPB3Org

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): semi, dk
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.04.2019 21:39     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Ещё раз решил выложить программу конференции. На сей раз в формате pdf:

скачать файл _________________________________2019.pdf
размер: 84.35к
кол-во скачиваний: 68



Конференция "День ДНК - 2019" состоится, естественно, в День ДНК. Т.е. 25 апреля. И продлится с утра (10-00) до позднего вечера. По плану - до 17-10, но это если удастся выдежать регламент. И если не будет обсуждения и заключительных выступлений.

В самом начале ожидается доклад С.Э.Шноля, который обещал вспомнить молодость и рассказать правду о том, кто именно придумал двойную спираль. Причём это были совсем не Джеймс Уотсон и Френсис Крик. Изюминкой программы должен стать доклад О. Кузнецовой, которая специально ради этой конференции приедет из Оксфорда и расскажет о самых последних веяниях в нанопоровом секвенировании. Да и прочие доклады долджны быть весьма интересными. Например, Д.Коростин будет рассказывать о своём опыте работы на китайском секвенаторе MGISEQ-2000.

Зал вместительный (Пущино, ул. Институтская, д.3, 4-й этаж ИТЭБ РАН).
Вход свободный.
Будем рады всем. beer.gif jump.gif wink.gif

P.S.: автобус из Москвы до Пущино теперь ходит от метро Лесопарковая. Останавливается напротив ИТЭБ (остановка Лесная зона). Обычно доезжает за полтора часа. А иногда и быстрее.
Участник оффлайн! banned sceptique-NMRguy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 15.04.2019 03:13     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Охренеть программа, я всё брошу и приеду! А с докладчиками пообщаться можно? Или они прочитают и сразу домой/в Москву?
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 15.04.2019 10:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Шноль опять про "зелёные тетради" Тимофеева-Ресовского будет рассказывать? Уже даже Дж.Уотсон ответил - что он этих работ и в глаза не видел, т.к. опубликованы они были в каком-то захолустном немецком журнале. Да и идея и модель - это две большие разницы. Так-то всю натурфилософию можно свести к Аристотелю. Вывод из всей той истории один: хотите чтобы вас знали - пишите в приличные журналы, а не в "мурзилки".
А нет ли возможность эти лекции в Интернетах посмотреть-послушать? Вроде, лекции сейчас не проблема на Ютуб "залить"?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.04.2019 21:26     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

День ДНК на сайте ИТЭБ РАН:
http://web.iteb.psn.ru/den-dnk-2019.htm
http://web.iteb.psn.ru/den-dnk-2019-program.htm
http://web.iteb.psn.ru/den-dnk-2019-transport.htm

Объявление:

скачать файл DNA_DAY_2019.doc
размер: 155к
кол-во скачиваний: 43



картинка: DNADAY___2019.png
Программа:

Файл/ы:

скачать файл DNA_DAY___2019__Program.pdf
размер: 84.35к
кол-во скачиваний: 51


Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 16.04.2019 11:11     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Генсек, так что насчёт трансляции лекций? Вне-Пущино - совсем не удастся нигде посмотреть-послушать?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.04.2019 14:41     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Репортаж о конференции будет на YouTube. Во всяком случае, в прошлом году был:
https://www.youtube.com/watch?v=5gpFDspaAF4
Ключевые доклады постараемся выложить. Прямой трансляции не будет. Так что лучше приезжайте:
http://web.iteb.psn.ru/den-dnk-2019-transport.htm
Заодно и с докладчиками сможете пообщаться.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): dk, NMR-guy
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  18.04.2019 23:18     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

https://www.skygen.com/novosti/meropriyatiy...nk-v-pushchino/

Картинки:
картинка: DNA_Day___2019.png
DNA_Day___2019.png — (137.68к)   

Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.04.2019 06:24     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(dk @ 15.04.2019 08:47)
Ссылка на исходное сообщение  А нет ли возможность эти лекции в Интернетах посмотреть-послушать? Вроде, лекции сейчас не проблема на Ютуб "залить"?

Генсек, так что насчёт трансляции лекций? Вне-Пущино - совсем не удастся нигде посмотреть-послушать?


Прямая трансляция будет на следующий год ("День ДНК - 2020"). В этом году спецы попробуют организовать трансляцию, но только в тестовом режиме. И пока непонятно, на каком сайте будут транслироваться доклады. Ссылку на сайт смогу выложить не раньше среды. Так что шансы посмотреть трансляцию конференции есть, но гарантий нет. rolleyes.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 05.05.2019 08:26
Участник оффлайн! banned sceptique-NMRguy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 22.04.2019 12:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Какие спецы, это сейчас школьник делает за 5 минут. У детей-геймеров спросите как это делается если сами не можете.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.04.2019 19:25     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(banned sceptique-NMRguy @ 22.04.2019 10:30)
Ссылка на исходное сообщение  Какие спецы, это сейчас школьник делает за 5 минут. У детей-геймеров спросите как это делается если сами не можете.


https://www.youtube.com/watch?v=a3lF56O-f8E
https://pro-stream.ru/

Картинки:
картинка: on_line.png
on_line.png — (37к)   

Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.04.2019 18:59     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Видеотрансляцию конференции можно будет посмотреть с камеры, установленной в конференц-зале ИТЭБ РАН:
https://www.ivideon.com/tv/camera/100-c9da2...393216/?lang=ru
Участник оффлайн! banned sceptique-NMRguy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 25.04.2019 21:43     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

можно купить камеру Microsoft Live! с хардверным кодером H.264 для ноутбука, кабель с интернетом кинуть в зал и жмякнуть кнопку "Транслировать" на Ютубе из аккаунта gmail. камеру поставить на штатив на стол рядом с проектором, так чтобы было видно и экран и докладчика на трибуне.

звук запускать в ноут с линейного выхода звуковой системы зала и проверить что уровень достаточен, включить нормализацию, если нужно.

всё.

операторы и инженеры - это довольно странно для обычного стрима в сети. это если прямо охота свадьбу транслировать или вручение нобелевской премии, не меньше.

Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 25.04.2019 21:43
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 26.04.2019 16:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Пробная трансляция выявила несколько проблем, с которыми понемногу будем разбираться. Через год трансляция должна быть нормальной.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): ЫльЦынЦентр
Участник оффлайн! banned sceptique-NMRguy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 27.04.2019 16:53     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Мы верим, что у вас всё получится! Главное - это интернет по кабелю с устойчивой широкой полосой.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): ЫльЦынЦентр
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.06.2019 20:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Немного свежей информации к размышлению:
"Задачи отечественного секвенаторостроения (июнь, 2019 г.)"
https://habr.com/ru/post/455156/

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): LMP
Участник оффлайн! banned sceptique-NMRguy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 07.06.2019 14:54     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Вы, кажется, не поняли - после создания банка геномов, который уже начали создавать имеющимися приборами потихонечку, секвенаторы будут нужны отечественные не больше, чем отечественные электрочайники или утюги.

Вы необратимо опоздали, товарищи. Ахбио и Нанофор защищены не только патентами, но и реальными ноу-хау (примерно как инсулин-сырец Ново Нордиска), а через 20 лет, когда вы разработаете свой "утюг", он уже не будет никому нужен.

Нанофоры британские хороши только для судебки и микробиологии с военщиной. Для поиска соматических мутаций (в той же онкологии) прибор, который ошибается раз на 100 нуклеотидов принципиально не пригоден.

Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 07.06.2019 14:56
Участник оффлайн! Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far



 прочитанное сообщение 07.06.2019 16:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Про "NGS способно потеснить обычную ПЦР-диагностику" - это Вы конечно безжалостно натянули сову на глобус. И как правильно и неоднократно уже было замечено уважемыми участнегами дискуссии - основная проблема - в целеполагании. Кому нужны дорогие длинные риды с ошибками? Особенно когда подавляющее большинство применений NGS - это дешёвые короткие риды, или уж вообще упрощая - клинические опухолевые PCR панели. Каково практическое использование, кроме как "мы тоже могём не хуже буржуев"? Может если обозначить хотя бы приблизительно область применения, то и инвесторы бы нарисовались?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Asterix
Участник оффлайн! Vadim Sharov
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 09.06.2019 03:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

NMRguy,07.06.2019 12:54]Ссылка на исходное сообщение  защищены не только патентами, но и реальными ноу-хау (примерно как инсулин-сырец Ново Нордиска), а через 20 лет, когда вы разработаете свой "утюг", он уже не будет никому нужен.

Вы привели неадекватный пример.
Патент на инсулин? Он когда закончился? Есть патенты на пролонгированный инсулин. Но такие не только у Нова Нордикса.
С другой стороны, в России есть полный цикл инсулина, у "Герофарма". То что ему не дают заполонить Россию,это условия инвестиционных контрактов с Бигфармой.
Свои разработки нужны. Кстати, пролонгированный инсулин есть у "Герофрама".

Чтобы выжить и другим помочь:

САНКТ-ПЕТЕРБУРГ, 6 июня. /ТАСС/. Российская компания "Герофарм" заключила с венесуэльской Espromed Bio соглашение о сотрудничестве в области поставки и организации производства российских инсулинов в Венесуэле. Как сообщается в пресс-релизе Минпромторга, церемония подписания соглашения прошла в присутствии главы ведомства Дениса Мантурова в рамках Петербургского международного экономического форума. https://tass.ru/ekonomika/6516431
Участник оффлайн! banned sceptique-NMRguy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 09.06.2019 12:44     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(Vadim Sharov @ 09.06.2019 04:48)
Ссылка на исходное сообщение  NMRguy,07.06.2019 12:54]Ссылка на исходное сообщение  защищены не только патентами, но и реальными ноу-хау (примерно как инсулин-сырец Ново Нордиска), а через 20 лет, когда вы разработаете свой "утюг", он уже не будет никому нужен.

Вы привели неадекватный пример.
Патент на инсулин? Он когда закончился? Есть патенты на пролонгированный инсулин. Но такие не только у Нова Нордикса.
С другой стороны, в России есть полный цикл инсулина, у "Герофарма". То что ему не дают заполонить Россию,это условия инвестиционных контрактов с Бигфармой.
Свои разработки нужны. Кстати, пролонгированный инсулин есть у "Герофрама".

Чтобы выжить и другим помочь:

САНКТ-ПЕТЕРБУРГ, 6 июня. /ТАСС/. Российская компания "Герофарм" заключила с венесуэльской Espromed Bio соглашение о сотрудничестве в области поставки и организации производства российских инсулинов в Венесуэле. Как сообщается в пресс-релизе Минпромторга, церемония подписания соглашения прошла в присутствии главы ведомства Дениса Мантурова в рамках Петербургского международного экономического форума. https://tass.ru/ekonomika/6516431

Я не про субстанцию говорю. А про производство сырца, который кроме Ново Нордиска никто в мире не делал. И который пытались запилить лет 20 всеми адекватными силами советской (не чета нынешней) биотехнологии. И который сейчас и варит Герофарм, как Вы, наверняка, знаете.

Если сейчас то же самое начнётся и с Нанопорами - то смею заметить товарищу Шарову, что даже ему 20 лет подряд 5% бюджета РАН на эти машинки никто тратить не даст сейчас. И что защитой от воспроизведения там являются наверняка не только патенты, но и то, о чём в них умолчано.

Если у ихней расходки срок хранения/годности - полтора месяца, то они в любом случае идут лесом мимо нашей медицины, у нас месяц только преодоление таможни будет занимать.

А россиян уже вовсю секвенируют в Питере на иллюминах. После которых, конечно, останутся белые пятна, причём весьма важные, протяжённые повторы, но секвенировать де ново весьма вероятно будут все на китайских секвенаторах (где людей не кидают с производством расходки через пару лет после покупки прибора). Наши же секвенаторы как всегда останутся для секвенирования ёжиков на дачах их изобретателей.

Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 09.06.2019 12:54
Участник оффлайн! banned sceptique-NMRguy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 11.06.2019 17:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(Vadim Sharov @ 09.06.2019 15:02)
Ссылка на исходное сообщение  "Сырец" есть в Китае. И, уж, конечно, собственный "сырец" есть у американской Эли Лилли и у французской Санофи.

Сильно в этом сомневаюсь (сомневаюсь что Эли и Санофи способны такое разработать). Скорее всего там не свой сырец, а лицензированный у НовоНордиска. Который после того, как сырец всё же биохакнули в ИБХ в Союзе, стал очень сговорчивым и радостно начал продавать лицензии всем, боясь остаться вообще без всего после заполнения рынка советскими лицензиями и сырцом. Насчёт китайцев - эти бы могли, думаю, но времени и денег нужно бы было немеряно. Но китайцам лицензию на сырец Ново продавать бы никогда не стал.

Кстати, если сырец всё же есть в Китае - то эту область можно закрывать, демпинга с таким внутренним спросом как у них, никто не выдержит.

Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 11.06.2019 17:35
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.07.2019 09:14     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

В конце прошлой недели в Китае состоялась презентация нового нанопорового секвенатора, разработанного компанией AxBio:
http://sk.ru/foundation/biomed/b/weblog3/a...nirovaniya.aspx
http://www.axbio.cn/xwzx/info_30_itemid_125.html
https://rb.ru/story/axbio-dna/
https://habr.com/ru/post/455156/

Картинки:
картинка: AXBIO_Winner.png
AXBIO_Winner.png — (1.24мб)   



Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): -Ъ-
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.07.2019 14:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

"Первый блин" - доклад "Секвенирование - 2019" на конференции "День ДНК- 2019" (25 апреля). Качество никудышнее, но лучше так, чем никак:
https://vimeo.com/346604783

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): greyxxxx
Участник оффлайн! banned sceptique-NMRguy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 22.07.2019 12:43     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 03.07.2019 10:14)
Ссылка на исходное сообщение  В конце прошлой недели в Китае состоялась презентация нового нанопорового секвенатора

Пока что купить на открытом рынке его нельзя (поправьте, если это не так, покажите где можно). РУ у него нет и судя по ответу их главного оно им и не надо, их устраивает Сколковский статус "законно внутри Сколковской зоны".

Пока очень напоминает возню Роша, на которую даже я купился. А к моменту вывода на рынок наобещанного - отделение секвенирующего бизнеса и его фактическая ликвидация, совмещенная с закрытием производства расходки к своим старым пиросеквенаторам (подстава всех кто им доверился).
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.07.2019 19:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(banned sceptique-NMRguy @ 22.07.2019 10:43)
Ссылка на исходное сообщение  Пока что купить на открытом рынке его нельзя (поправьте, если это не так, покажите где можно). РУ у него нет и судя по ответу их главного оно им и не надо, их устраивает Сколковский статус "законно внутри Сколковской зоны".

Пока очень напоминает возню Роша, на которую даже я купился. А к моменту вывода на рынок наобещанного - отделение секвенирующего бизнеса и его фактическая ликвидация, совмещенная с закрытием производства расходки к своим старым пиросеквенаторам (подстава всех кто им доверился).


Вы правы. Купить этот секвенатор нельзя. Он ещё находится на ранней стадии разработки. Правда, у китайцев он уже работает, но лучше всё проверить в России. А его завезут сюда на бета-тестирование только осенью. Один секвенатор должен поступить в МГНЦ:
http://www.med-gen.ru/about/news/detail.php?ID=1277

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): dk
Участник оффлайн! kb1
Участник



 прочитанное сообщение 31.07.2019 16:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 22.07.2019 20:48)
Ссылка на исходное сообщение  Вы правы. Купить этот секвенатор нельзя. Он ещё находится на ранней стадии разработки. Правда, у китайцев он уже работает, но лучше всё проверить в России. А его завезут сюда на бета-тестирование только осенью. Один секвенатор должен поступить в МГНЦ:
http://www.med-gen.ru/about/news/detail.php?ID=1277

Вы уверены, что он действительно существует в природе и работает хотя-бы у китайцев? Лично я, кроме рассказов и картинок о том как это будет работать, ничего не видел и не слышал. Верю, что у AxBio есть электронный чип, а вот в наличие у них работоспособной нанопоровой мембраны сопряженной с этом чипом верится с трудом. Буду рад ошибиться
Участник оффлайн! banned sceptique-NMRguy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 01.08.2019 13:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Я могу ошибаться, но они утверждают, что у них кварцевая мембрана с нормированными дырами под белок. Именно для этого им японское производство понадобилось, единственное, которое способно такое освоить серийно.

Если учесть, сколько колупались британцы со своими машинками, которые и сейчас ошибаются настолько часто, что для поиска гетерозиготных де-ново мутаций их применять невозможно в медицине, то Ахбио пока ничем не лучше Роша и предшественников. Может, через несколько лет что-то начнут продавать. Пока это всё венчурный капитализм с соответствующими рисками.

Между тем, СПбГУ уже работает над генотипированием референсных россиян на иллюминах. Которые хоть и безполезны при анализе протяжённых повторов и всего, что те регулируют, но во всех остальных приложениях монопольно занимают весь рынок.

Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 01.08.2019 13:38

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): kb1
Участник оффлайн! 7825
Участник



 прочитанное сообщение 12.08.2019 19:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 22.07.2019 20:48)
Ссылка на исходное сообщение  Вы правы. Купить этот секвенатор нельзя. Он ещё находится на ранней стадии разработки. Правда, у китайцев он уже работает, но лучше всё проверить в России. А его завезут сюда на бета-тестирование только осенью. Один секвенатор должен поступить в МГНЦ:
хттп://щщщ.мед-ген.ру/абоут/нещс/детаил.пхп?ИД=1277

генсек кто платит за бета тестинг lol.gif lol.gif lol.gif lol.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.08.2019 09:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):
http://ibmc.msk.ru/?page_id=478
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 18.08.2019 18:16     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Кстати Генсек , не подскажешь ли какие нынче самые модные идеи в области сиквенирования сильно поврежденной ДНК? Ну имеется ввиду что образцы лежали 50 лет в шкафу для бумаг.

Там и окисление и апуринизация солидная, поскольку бумага кислотная , там при естественной деградации целлюлозы и муравьиная и уксусная и молочная кислота образуется.... Как такую побитую временем ДНК сиквенировать?

Есть вполне приличный протокол воссстановления ДНК из заформалинных парафиновых гистологических срезов , там идет изотермическая амплификация с гексаполинуклеотидами всевозможными в качестве праймеров. .. но там как раз ДНК менее разрушается чем если просто на воздухе лежит. Парафин ее отлично сохраняет.
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 18.08.2019 18:20     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Вот у меня от Нанопора куча реактивов еще осталась и там как раз есть и набор для восстановления ДНК из парафиновых срезов. Но они подразумевают все же относительно свежие образцы, до 20 лет хранения.
Участник оффлайн! kakseq




 прочитанное сообщение 19.08.2019 19:26     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(Asterix @ 18.08.2019 19:16)
Ссылка на исходное сообщение  Кстати  Генсек , не подскажешь ли  какие нынче самые модные идеи  в области  сиквенирования  сильно  поврежденной ДНК?  Ну  имеется ввиду  что образцы лежали  50 лет  в шкафу  для бумаг. 

Там и окисление  и апуринизация  солидная, поскольку бумага кислотная , там при  естественной деградации целлюлозы  и муравьиная и уксусная  и  молочная  кислота  образуется....  Как такую  побитую временем ДНК  сиквенировать?

Есть  вполне приличный протокол  воссстановления ДНК  из заформалинных  парафиновых  гистологических срезов , там идет изотермическая амплификация  с  гексаполинуклеотидами  всевозможными  в качестве праймеров. ..  но там как раз ДНК  менее разрушается чем  если просто  на воздухе  лежит.  Парафин  ее отлично сохраняет.


посмотрите Геном Неандерталца там полный коплект smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.08.2019 09:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Asterix @ 18.08.2019 16:16)
Ссылка на исходное сообщение  Кстати  Генсек , не подскажешь ли  какие нынче самые модные идеи  в области  сиквенирования  сильно  поврежденной ДНК?  Ну  имеется ввиду  что образцы лежали  50 лет  в шкафу  для бумаг. 


Самому интересно. Наверное, лучше ориентироваться на опыт работы с неандертальским геномом.
Участник оффлайн! kb1
Участник



 прочитанное сообщение 27.08.2019 02:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 18.08.2019 10:02)
Ссылка на исходное сообщение  Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):
http://ibmc.msk.ru/?page_id=478

Что-то о секвенаторе и секвенировании в пресс релизе ни гу-гу "Основным направлением сотрудничества является разработка методов электрохимической детекции белков "
Участник оффлайн! elektrikvasilij
Участник



 прочитанное сообщение 28.08.2019 22:53     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(elektrikvasilij @ 28.08.2019 23:45)
Ссылка на исходное сообщение  куня вот с УФ Лазером облученной гиномомой от Третякова  lol.gif  lol.gif
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29101361

beer.gif  beer.gif  beer.gif  jump.gif  jump.gif

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5670203/
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.09.2019 13:05     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Иллюстрации к докладу "Секвенирование - 2019" (12 сентября на ВДНХ):
https://yadi.sk/d/vXldQbnpRSiVRg
Участник оффлайн! Bit
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.09.2019 08:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

https://quantumbiosystems.com/news?lang=en
Quantum Biosystems пробудился после долгой спячки и стал раздавать интервью.
Гугл-перевод:

Общая генетическая информация (геном) является одним из наиболее ценных данных для человечества. Quantum Biosystems (город Осака, Йодогава-ку, президент Тошихико Мотокура) разрабатывает одно-молекулярный секвенатор ДНК (анализатор), который считывает последовательность одной ДНК. Мы можем прочитать состояние химической модификации ДНК (эпигенома), такой как метилирование, и начать предоставлять прототипы в 2021 году. У этого есть потенциал, чтобы преобразовать промышленность, которая обращается с живыми существами, такими как противодействие раку и инфекционным болезням, и развитие сельскохозяйственных продуктов и продуктов животноводства. (Интервью Такаюки Кодера)

«Если прибыль от данных превысит стоимость чтения ДНК, чтение будет бесплатным», - прогнозирует Президент Хонцо. ИТ-гиганты, такие как Google, заинтересованы в исследованиях генома. Огромные объемы данных обрабатываются только с использованием последовательностей ДНК, но данные резко увеличиваются, когда в них вносятся изменения в химическую модификацию. Геном стал незаменимым для отраслей, которые занимаются живыми существами, такими как поиск лекарств и разработка сельскохозяйственной продукции. Когда прибыль от данных превысит стоимость чтения? Инвесторы и ИТ-компании следят.

Секвенсор ДНК находится в центре этого. Quantum Bio считывает последовательность ДНК электрически с помощью тонкого электрода. Я начал бизнес, основываясь на результатах исследований Университета Осаки. Преимущество электрического метода заключается в том, что эпигеном может быть прочитан при низких затратах. В клетках метилирование регулирует функцию ДНК, а ненормальное метилирование приводит к раку. В исследованиях рака необходимо исследовать изменения клеток во временных рядах.

Эпигеном не заканчивается после прочтения. Хонзо говорит: «Предусматривается бизнес, который регулярно читает эпигеномы для проверки здоровья». Сужая функции текущего секвенсора для исследования, уменьшая и уменьшая цену, предсказывается, что «секвенсор будет персонализирован в будущем». Quantum Bio стремится расшифровать полный геном в 10000 иен в час.

現在 В настоящее время отстранение инженеров от конкурентов и развитие в Соединенных Штатах. Технология производства чипов для считывания ДНК работала с крупной полупроводниковой компанией, чтобы снизить нагрузку на ее разработку. Сотни миллионов датчиков встроены в один чип. Предоставление эпигеномных секвенаторов для исследователей в 2009 году и коммерциализация специализированных самолетов в 22 и 23.

Хонзо сказал: «Sequencer монополизирует одну компанию, и стоимость не будет снижаться. ИТ-компании приветствуют рост таких стартапов, как мы», - похоже, партнерство идет хорошо. Quantum Bio снизит стоимость данных, а ИТ-компании максимально увеличат ценность данных. В тот момент, когда значение и стоимость меняются местами, рождается мир, расшифровывающий геном с нулевой иеной. (Почетное звание опущено)

Интервью с президентом Тошихико Хонцо

Президент Тошихико Хонцо

-Как вы начали свой бизнес?
«Это было потому, что я познакомился с исследованиями профессора Гонджи Осаки Окавы и профессора Масатеру Танигучи на выставке. В то время я занимался разработкой био-венчурных инвестиций в качестве директора Организации промышленных инноваций. Доктор Каваи и другие говорили с венчурными капиталистами о том, что они хотят создать венчурное предприятие, но было сказано, что это сложно. В сентябре 2012 года Департамент промышленного и научного сотрудничества Университета Осаки и Танигучи Я взял интервью у учителей и спросил о ситуации. Будучи промышленной организацией, мы не могли бы инвестировать, если бы не были компанией. В обмен я решил создать стартап. Компания была основана примерно через три месяца после интервью ».

Вы изначально хотели быть менеджером?
«Короче говоря, я был вовлечен в исследования в области биоинформатики в качестве ассистента под руководством профессора Шиничи Моришита из Токийского университета. Декларация о геноме человека была объявлена ​​в 2001 году, когда я стал ассистентом. Символично было то, что предприятие было расшифровано, и Селера расшифровывалась с большей скоростью, чем академический мир, используя метод дробовика в качестве оружия. Я начал смотреть на биоисследования с точки зрения. В 2003 году я сменил работу на компанию, занимающуюся ценными бумагами, и начал видеть, что бренды биологических предприятий смешались с аналитиками, отвечающими за фармацевтические компании. Я изучал и испытал бум листинга биотехнологических предприятий ".

«Когда мы брали интервью у компании в качестве аналитика, мы знали, что университетские предприятия не только хороши в технологиях, но и менеджеры влияют на управление. Хорошие менеджеры собирают отличных исследователей и преуспевают в бизнесе. Подходят человеческие ресурсы. Работа аналитиков интересная, но они хотят пойти внутрь компании и хотят это сделать, поэтому они сменили работу на McKinsey и стали консультантом. Мы разработаем стратегии управления и дадим рекомендации в подразделениях примерно на 3 месяца, и будем участвовать в принятии решений, которые будут влиять на судьбу крупных компаний. У меня был MBA в течение 2 лет, и я работал в течение 4 лет. Мне сказали, что я не хотел бы делать что-либо кроме фармацевтических препаратов и здравоохранения. Это было "

«Было интересно организовать команду в качестве менеджера и решить вопросы управления, однако следующая задача менеджера - стать партнером и приступить к работе со стороны. Поскольку я перешел от аналитиков, консультантов и директоров по инвестиционному развитию, я узнал о бизнесе, таком как технологии, бизнес-планирование, создание команды и сбор средств. Мы подумали, что было бы интересно объединить аппаратные технологии, такие как датчики, с программной технологией, такой как анализ данных доктора Морисита, и раздуть план, обсуждая со связанными сторонами с частной точки зрения. Это было решение через месяц ".

- Запустили американскую корпорацию и перенесли функции развития. Исследования в университете Осаки все еще продолжаются?
«На самом деле, в то время понятия не было. Базовые результаты были использованы, но Quantum Bio определила, что трудно применить его на практике только с использованием технологии университета Осаки. Компания поддерживает метод проб и ошибок пользователей, но результаты всегда должны быть одинаковыми, даже если их измерять 100 и 1000 раз. Результаты только одного университета Осаки не могут обеспечить стабильность. Благодаря инвестициям система разработки под названием Quantum Bio была создана с 15 до 16 лет, но концепция единичных молекул и электрических измерений не изменилась ».

«В Соединенных Штатах существует организация поддержки предприятий, которая производит несколько предприятий секвенсоров. Я переехал на этот объект и вывел инженеров. Инженеров, которые занимались разработкой секвенсоров более 20 лет и знакомы с качеством каждой технологии. Заработная плата, опционы на акции и страховка находятся на том же уровне, что и конкуренты, и место для парковки только для изменений. Если мы сможем реализовать секвенсор ДНК с одной молекулой и электрическими измерениями по нашему методу, влияние на общество будет значительным. Мне было интересно, смогу ли я там играть. Я бы учился у этого инженера, и если бы я мог создать сеть, то бы собрались отличные молодые люди. Это предприятие имеет успех и неудачу, но для молодежи это будет возможность для роста ».

«С созданием американской корпорации мы также установили партнерские отношения с крупной полупроводниковой компанией. Мы производим чипы, которые считывают ДНК на заводе. Мы также сотрудничаем с Калифорнийским университетом в Дэвисе и Стэнфорде. Обсудите с другими производителями секвенсоров. Тем не менее, это не универсальный рынок (одна компания для всех приложений), который в настоящее время является лучшим среди Illumina в Соединенных Штатах, но превосходит во всех аспектах скорость чтения, точность и стоимость. Нет, вы можете сражаться, если найдете способ получить максимум от своих уникальных деталей ".

-Какое текущее состояние развития?
«Хотя мы вряд ли можем говорить о взаимоотношениях с NDA, мы завершим создание прототипа через 21 год и пригласим конкретного исследователя из университета. На этом этапе мы сформируем нашу концепцию измерений и изучим подходящие приложения. В ответ на отзывы исследователей компания планирует производить продукты со специфическими функциями в 22 и 23. Наш метод может считывать информацию о химической модификации (эпигеноме) ДНК, такой как метилирование. Не существует секвенатора, способного считывать эпигеном, эпигеном контролирует экспрессию генетической информации, а ненормальное метилирование может привести к раку.

«Крупный полупроводник исследует интеграцию сотен миллионов считывающих датчиков на одном кристалле. Это число не является обязательным для прототипа, но оно должно быть доступно по низкой цене. Это должно быть расшифровано с 10 000 иен.

-В какой отрасли используется эпигеномный секвенатор?
«Это все о том, как обращаться с существами. Для людей это используется для медицинских и уголовных расследований, а также для скота, оно используется для качественных мясных и молочных продуктов, сельскохозяйственных культур и инфекционных заболеваний. Отслеживая генетические изменения вирусов и бактерий, Можно прогнозировать риск по регионам, отслеживая кишечные бактерии, выбирая пищу и т. Д., И колебания эпигенома. Ситуация химической модификации изменяется в зависимости от времени и клеток. Когда вы читаете свой геном, ситуация будет меняться в зависимости от сроков каждой клетки, а не от конца, например, раковая ткань представляет собой смесь различных клеток. Также необходимо исследовать каждую клетку ».

- Это будет астрономическое количество данных.
«Существует также прогноз, что геном увеличится больше всего среди больших данных. По сравнению с видео, сообщениями, данными астрономических наблюдений и т. Д., Ожидается, что он увеличится на порядок. Энергозависимое хранилище хранится на магнитной ленте, потому что это стоит счета за электричество, просто чтобы вставить данные. Epigenome требует огромной информационной инфраструктуры для накопления и анализа. Мы также с нетерпением ожидаем применения генома с ожиданием Амазонки, Амазонки и т. Д. Если ценность, которую можно извлечь из данных, превышает стоимость чтения ДНК, также считается, что геном читается бесплатно, как G-mail. Исследования, направленные на повышение ценности данных, продвигаются в ИТ-компаниях, резко снижая стоимость чтения. Я считаю, что в настоящее время "

Вы должны сломать монополию Иллюмината.
«Венчурные вызовы, подобные нашим, приветствуются для ИТ-компаний. Несмотря на монополию, цена не снижается и не распространяется. Как только эпигеном прочитан, как только он прочитан, это не конец». Предусматривается работа по чтению и проверке работоспособности, для которой требуется персональный секвенсор, так же как компьютер перешел с мэйнфрейма на персональный компьютер, и текущий секвенсор исследований также был уменьшен в размере и уменьшен в размере. «Мы будем толкать цену, и будет персональный секвенсор, который потребует резкого сокращения затрат, и мы считаем, что это наша концепция измерения и инструмент».

- Есть ли выход в слияния и поглощения в Google и т. Д.? Некоторые люди жалуются, что отечественные предприятия-секвенсоры покупаются иностранным капиталом.
«Я на горизонте. Доктор Каваи понимает возможность покупки иностранного капитала во время его основания. Он предназначен не для передачи технологий японским компаниям, а для того, чтобы позволить человечеству использовать эту технологию. Для этого мы выбираем метод с наибольшей вероятностью успеха. Мы просим основные полупроводники разработать измерительные микросхемы и максимально снизить риск и нагрузку ».

-Что вам нужно, чтобы быть активным через границы и компании?
«Просто делай то, что хочешь, с людьми, которых хочешь. Если ты не выйдешь и не отправишь это, ты не сможешь найти талантливых людей. Если у меня есть варианты карьерного роста, я решил быть в восторге, и, поскольку во время плавания моряки были увлекательной профессией, они выбрали этот путь благодаря биотехнологии. Я не знаю, смогу ли я стать Колумбом, но я хочу попасть на корабль, хотя может показаться, что я делал карьеру, но я могу сказать, что только что перешел к чему-то более интересному. Просто сделай это.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): genseq, banned sceptique-NMRguy
Участник оффлайн! Ossi




 прочитанное сообщение 17.09.2019 22:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 18.08.2019 10:02)
Ссылка на исходное сообщение  Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):
http://ibmc.msk.ru/?page_id=478


гинсекыч бета тестинг за чии денги eek.gif confused.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.09.2019 09:24     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Недавно начались продажи содержащих нуклеазы наборов реагентов (Flow Cell Wash Kit) для промывки ячеек секвенаторов MinION и PromethION (6 промывок, $99, срок поставки - неделя, срок годности - 3 месяца):
https://store.nanoporetech.com/catalog/prod...r9/category/28/
Дополнительное преимущество нуклеазной промывки - повышение эффективности восстановления забитых пор. Это заметно улучшает общую производительность циклов секвенирования. beer.gif
Участник оффлайн! Vadim Sharov
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  15.10.2019 01:37     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Analytical and Clinical Validation Requirements for Next Generation Sequencing Laboratory-Developed Tests
October 17, 2019
http://www.biohab.ru/index.php?/calendar/e...eveloped-tests/
Участник оффлайн! вукабука




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  16.10.2019 20:04     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(Vadim Sharov @ 15.10.2019 02:37)
Ссылка на исходное сообщение  Analytical and Clinical Validation Requirements for Next Generation Sequencing Laboratory-Developed Tests
October 17, 2019
http://www.biohab.ru/index.php?/calendar/e...eveloped-tests/

eek.gif confused.gif eek.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.10.2019 11:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Доклад "Секвенирование - 2019" на конференции "День ДНК" (25 апреля):
https://1drv.ms/v/s!Aj-K-u-yGV92mj8vFBG...n_vX9P?e=VL4Nw6

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 21.10.19 21:47
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft