Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Маркер мол. масс для белкового фореза в ПААГ -- как сделать самостоятельно? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Blaid
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.06.2013 20:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Здравствуйте!

Cобственно интересующий вопрос в заголовке темы: можно ли самому сделать маркер молекулярных масс для белкового фореза в ПААГ (в первую очередь интересует форез по Лэммли с SDS). Подозреваю что можно, но вот как - не знаю.
В наличии:
в наличии есть препараты белков (преимущественно ферментов) от фирмы Reanal; но они очень старые (конец 70-ых - начало 80-ых годов), преимущественно в виде крист. суспензий в сульфате аммония (но есть и порошки); все герметично упаковано, но хранилось без соблюдения температурного режима; чистота - х.ч. и о.с.ч (этикетки с красными и желтыми полосами); ну, в общем это такие ампулы различной емкости из коричневого стекла в пластмассовых черных футлярах трубчатой формы (кто-то наверняка сталкивался). Есть как мономеры, таки олигомеры разичной "мерности" (в основном ди- и тетрамеры).
Можно ли из этого '"добра" сделать протеиновый маркер?
Я сам "мыслю" это дело так:
1) осаждение суспензий центрифугированием
2) растворение белков в в Sample Buffer (SDS Reducing Buffer:0,5 Tris*HCl; glycerol; 10% SDS; 0,5 % Bromophenol Blue) при нагревании (95-100 гр) или в 2x Treatment Buffer (0,125 M Tris*HCl; 4% SDS; 20% glycerol; 0,2 M DTT; 0,02% Bromophenol Blue, pH 6.8)
3) объединение в общую смесь

В какой концентрации делать каждый белок? Какую концентрацию белков выдерживать в общем миксе"? Как быть с белками, которые плохо или вообще не растворимы в Sample Buffer и/или 2х Treatment buffer? И можно ли так вообще сделать маркер?

В общем буду рад любой полезной информации.
Спасибо!

Сообщение было отредактировано Blaid - 03.06.2013 20:44
guest: ммм
IP-штамп: frQlBxj4iQSg.
гость



 прочитанное сообщение 03.06.2013 23:40     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Неужели у вас нет 100 евро на маркер там по моему около 50 форезов можно поставить. Берете эти ваши ампулы извлекаете суспензию, предварительно взболтав, и преносите аликвотку в микро пробирку откручиваете на максимуме(10000-15000 об/мин) минут 15 потом практически досуха удаляете надосодок. Осадок растворяете в сэмпл-буфере, далее кипятите и на форез и все увидите сами - льзя или нельзя
Участник оффлайн! R.J. Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.06.2013 23:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

мда, как все запущено...такая наука, Россия 21 век
Участник оффлайн! distemper
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.06.2013 02:03     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(R.J. Dio @ 03.06.2013 21:55)
Ссылка на исходное сообщение  мда, как все запущено...такая наука, Россия  21 век

ну я делаю сам маркер, можете закидывать тухлыми яйцами. если я делаю белки на заказ, у меня куча конструктов накопилась, отдаю заказчику милиграмм-два товара, остальное на маркер пускаю, ну не сливать же в раковину lol.gif
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.06.2013 05:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(Blaid @ 03.06.2013 18:40)
Ссылка на исходное сообщение  
В какой концентрации делать каждый белок?


я бы делал примерно 0,1-0,5 г/л. в зависимости от метода окрашивания и вообще ваших навыков.

(Blaid @ 03.06.2013 18:40)
Ссылка на исходное сообщение 
Какую концентрацию белков выдерживать в общем миксе"?

1-10 г/л

(Blaid @ 03.06.2013 18:40)
Ссылка на исходное сообщение 
Как быть с белками, которые плохо или вообще не растворимы в Sample Buffer и/или 2х Treatment buffer? И можно ли так вообще сделать маркер?

ну это экзотика какая-то. не знаю. если плохорастворимые, сколько растворится - столько растворится, остальное открутить, чтоб не болталось. с совсем нерастворимыми мы не сталкивались.

а вообще, почему нет, если добра такого навалом? делайте. только насчет сохранности в высоленном виде в течение 30 лет у меня сомнения. но это вы на форезе увидите.
Участник оффлайн! птаха
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.06.2013 06:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

>> объединение в общую смесь

сначала нужно каждый белок поставить на отдельной дорожке, подозреваю, что и при этом на дорожке будет не одна полоска, а бог знает сколько. если все белки заранее поперемешать получится такая рэндом чача, что гораздо проще будет в качестве стандарта использовать сыворотку крови.


>> SDS Reducing Buffer

этот редуцирующий буфер в Вашей прописи не такой уж и редуцирующий как видно из его названия - посмотрите внимательно на состав
Участник оффлайн! птаха
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.06.2013 06:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

можно купить в аптеке 1 ампулу иммуноглобулина для внутримышечного введения (70 руб) там будет 150 мг белка
эту ампулу вы разводите до 50 мл водой, прибавляете 50 мл разрушающего буфера, аликвотите по 10 мкл. получаете маркеры для 10 000 электрофорезов. цена одного маркера, расчитанная по белку получается 0,7 копейки/1шт

При пробоподготовке ИГ распадется на цепи полностью и частично и у Вас получится вполне симпатичный стандарт

Сообщение было отредактировано птаха - 04.06.2013 06:45

Картинки:
картинка: IgG_Proteins.jpg
IgG_Proteins.jpg — (33.51к)   



Всего благодарностей: 5Поблагодарили (5): genseq, Blaid, Flyamer, Крыска, DevBioNic
Участник оффлайн! ernesta88
Постоянный участник
москва



 прочитанное сообщение 04.06.2013 09:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

ого какой няшный маркер из иммуноглобулина! я как-то мешала просто все рекомбинантные белки которые были сделаны и получалось ничо так,

сибэнзим продает маркеры

2700 р - дешевле чем 2-е-3 бутылки вина например, прямо за наличные продают в офисе чем париться со старьем

http://russia.sibenzyme.com/info2101.php
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.06.2013 09:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(ernesta88 @ 04.06.2013 07:52)
Ссылка на исходное сообщение  
2700 р - дешевле чем 2-е-3 бутылки вина например, прямо за наличные продают в офисе чем париться со старьем


смотря какая ситуация. если студенты-аспиранты, то че б не попариться? даже на пользу пойдет. имхо.
Участник оффлайн! Blaid
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.06.2013 10:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Птаха:
"При пробоподготовке ИГ распадется на цепи полностью и частично и у Вас получится вполне симпатичный стандарт"

А пробоподготовка какая должна быть?

И еще: приведенная Вами картина расщепления иммуноглобулина всегда стандартная (воспроизводится из раза в раз) или варьирует в зависимости от пробоподготовки (скажем, прокипятил при 95 гр и 4 мин - получилось одно, при 94 гр и 5 мин - другое).

А что не так с редуцирующим буфером? Бета-меркаптоэтанол еще нужен?

Конечно, вполне может быть, что это от того, что препарат сильно "лежалый", но алкогольдегидрогеназа в редуцирующем буфере (который я приводил выше) практически не растворяется (сколько ни кипятил).

Работаю в тех условиях, какие есть (имею в виду обеспеченность реактивами-реагентами). Был бы фирменный маркер (или возможность его получить) - им бы и пользовался. А так приходится пытаться делать маркер самому.
Участник оффлайн! Horse-radish
Участник



 прочитанное сообщение 04.06.2013 11:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Без меркаптоэтанола Ig не распадется на цепи, так как они перешиты S-S связями. Вообще "редуцирующий" подразумевает наличие восстановителя.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.06.2013 11:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

воистину smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.06.2013 13:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

В секвенаторах Illumina используется TCEP (трис-карбоксиэтилфосфин) - лучший восстановитель дисульфидных связей. Готовый реагент в довольно приличных количествах остаётся после каждого запуска прибора.
Участник оффлайн! Алексей Соколов
Постоянный участник
Санкт-Петербург



 прочитанное сообщение 04.06.2013 15:35     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Можете закидывать и меня тухлыми яйцами, но мне было просто интересно сделать престейнд маркер самому. Было много сухих реаналовских и сервавских белков - фосфорилаза b, трансферрин, БСА, овальбумин, трипсиноген, рибонуклеаза, апротинин. Хранились черти как то в холодной комнате, то в ней же, но без холода. Купил реактивные ремазоловые красители (синий и красный, стоят копейки), в щелочной среде в SDS смешал через один белок то в синим, то с красным по уменьшению молекулярного веса, потом добавил лизина для блокировки и смесь белков почистил гель-фильтрацией на тойопеарле в денатурирующем элюенте, потом смешал только фракции максимумов пиков. Получился приличный самодельный маркер. Для статейных картинок пользуюсь ферментасовским маркером, а для рядовых переносов - самодельным. Оригинальную статью про изготовление маркеров можно достать здесь -
Electrophoresis. 2002 Sep;23(19):3262-5.
Generation of multicolored, prestained molecular weight markers for gel electrophoresis.
Compton MM, Lapp SA, Pedemonte R.
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002...46F70F56.d04t04

Сообщение было отредактировано Алексей Соколов - 04.06.2013 15:36

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! R.J. Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.06.2013 16:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

можно просто сделать систему экспрессирующихся последовательно укороченных фрагментов с идентичным участком, куда сажать краситель, и нарабатывай себе и чисти, все однотипно и эквимолярно по краске
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.06.2013 10:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(Алексей Соколов @ 04.06.2013 13:35)
Ссылка на исходное сообщение  Можете закидывать и меня тухлыми яйцами, но мне было просто интересно сделать престейнд маркер самому. Было много сухих реаналовских и сервавских белков - фосфорилаза b, трансферрин, БСА, овальбумин, трипсиноген, рибонуклеаза, апротинин. Хранились черти как то в холодной комнате, то в ней же, но без холода. Купил реактивные ремазоловые красители (синий и красный, стоят копейки), в щелочной среде в SDS смешал через один белок то в синим, то с красным по уменьшению молекулярного веса, потом добавил лизина для блокировки и смесь белков почистил гель-фильтрацией на тойопеарле в денатурирующем элюенте, потом смешал только фракции максимумов пиков. Получился приличный самодельный маркер. Для статейных картинок пользуюсь ферментасовским маркером, а для рядовых переносов - самодельным. Оригинальную статью про изготовление маркеров можно достать здесь -
Electrophoresis. 2002 Sep;23(19):3262-5.
Generation of multicolored, prestained molecular weight markers for gel electrophoresis.
Compton MM, Lapp SA, Pedemonte R.
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002...46F70F56.d04t04


Спасибо за ссылку. Попробую использовать такие маркеры для электрофореза ДНК.

Файл/ы:

скачать файл Generation_of_multicolored__prestained_molecular_weight_markers_for_gel_electrophoresis.pdf
размер: 144.38к
кол-во скачиваний: 4473


Участник оффлайн! R.J. Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.06.2013 11:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

ну вот, после успешной коммерциализации пред-залитых гелей и магнитных штативов, которые заполонили всю страну, можно и маркерами заняться
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  06.12.2021 17:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

http://www.authorstream.com/Replicawatches24/
https://about.me/Replicawatches24
https://moz.com/community/users/17050093
https://trello.com/rolexrelicawatches/activity
https://replicarolexwatches.dreamwidth.org/365.html
https://visual.ly/users/watcheshutuk/portfolio
https://www.viki.com/users/watcheshutuk_549/about
https://www.academia.edu/s/14bdb7d4fe?source=link
https://www.slideshare.net/Nowseore/guide-o...ex-watch-online
https://audiomack.com/rolexrelicawatches
https://soundcloud.com/replicarolexwatches
https://www.bagtheweb.com/u/fakerolexwatches/profile
https://www.flipsnack.com/ReplicawatchesUK/...ca-watches.html
https://www.4shared.com/office/zA4L7Rmzea/G...hase_a_Fak.html?
https://codepen.io/Rolexrelicawatches/full/abBEzaQ

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.04.24 13:53
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft