Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Проблемы с агарозным электрофорезом.
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Igor87
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.03.2010 17:38     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Уважаемые форумчане! Помогите, пожалуйста, справиться с проблемой: при электрофорезе (агарозный) сильно разогревается гель и буфер. Мне вначале показалось, что дело в буфере. Но после того, как буфер переделали, проблема не исчезла.

Кто-нибудь сталкивался с таким? Подскажите, буду очень благодарен.

Сообщение было отредактировано Igor87 - 03.03.2010 17:38
Участник оффлайн! Mykhaylo
Постоянный участник
Україна



 прочитанное сообщение 03.03.2010 20:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Хоть написали бы какой буфер.
Опять же вольты умножте на амперы и посмотрите не много ли вы хотите от пасивного охлаждения

в 99% случаев или неправильно развели сток или увлеклись NaOH если им буфер доводите до определенного рН
Участник оффлайн! protein
Постоянный участник
Magyarország



 прочитанное сообщение 03.03.2010 20:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

если горизонтальный, то могли много буфера сверху геля налить.

Сообщение было отредактировано protein - 03.03.2010 20:53
Участник оффлайн! Igor87
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 04.03.2010 11:28     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Да, я не указал буфер...
Буфер трис-ацетатный, готовил его по такому протоколу:
на 300 мл. дистиллята - 6 мл 50х ТАЕ (на 100 мл воды - трис 24,2 г, уксусной к-ты 5,7 мл, ЭДТА 0,5М 10 мл).

Раньше все получалось и разгонялось, теперь форез вообще выглядит пустым (краска sybr, по-видимому, дохнет) и очень разогревается. Поменяли камеру - без изменений.

Спасибо, что перенесли вопрос в эту категорию.
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.03.2010 11:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

что-то со стоком, пропись-на бумаге, раствор- в бутылке- это разные сущности. Проверьте
Участник оффлайн! Igor87
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 04.03.2010 11:51     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

В смысле с ТАЕ? Переделывал - безрезультатно...
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 04.03.2010 12:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

вы ацетат просто льете сколько написано?
надо рН доводить по рН метру, а не лить столько, сколько в протоколе написано.
мож в этом проблема.
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.03.2010 12:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

ок. тогда посмотрите, может вы вольты с амперами перепутали- на некоторых источниках есть тумблер переключения. Какой все же режим, скоко в вольтах?
Участник оффлайн! Igor87
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 04.03.2010 12:13     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Да, вольты я тоже пробовал менять: обычно разгоняем при 160, но когда начало нагреваться, я сбавил до 145 - безрезультатно confused.gif

С п-ашом сейчас попробую.

Сообщение было отредактировано Igor87 - 04.03.2010 12:18
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.03.2010 12:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

странною У нас обычно до 200 В на стандартном 10-см геле в хоеферовской камере, и ничего. греется, конечно, но если гнать не часами, то ОК
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.03.2010 12:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

"вы ацетат просто льете сколько написано?
надо рН доводить по рН метру, а не лить столько, сколько в протоколе написано.
мож в этом проблема. " - ничего подобного ТАЕ по Маниатису готовится без доведения рН да и оно маловажно для данного буфера.

мы гоним на 100 вольтах, 25 минут, расстояние между электродами 14 см. т.о. напряженность порядка 8 вольт/см. если гнать 40 минут - то гель сильно разогревается. длительные форезы в данном геле (ON) гоним при +4 и при 50В, хотя даже при этом камера ощутимо греется. так что ничего не поделаешь. убавляйте время и наливайте побольше холодного буфера

Сообщение было отредактировано ksm - 04.03.2010 12:31
Участник оффлайн! Igor87
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 04.03.2010 12:47     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Спасибо за советы. У нас вольтаж 160 при расстоянии 20 см, поэтому напряженность тоже где-то 8 В/см, и гоним мы примерно 10 минут...
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.03.2010 16:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

в таком случае попробуйте снизить вольтаж раза в два, скажем до 60-80 В и гнать 30-40 мин
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.03.2010 17:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

это ненормально, при таком вольтаже вечность пройдет. Гель бежит 10-15 мин, тогда можно работать, а не страдать фигней
Участник оффлайн! D evgenii
Постоянный участник
Томск



 прочитанное сообщение 04.03.2010 18:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Может гонит источник... Показывает одно, а дает другое!

Из своего опыта - гоняю форез при 150В более 2-х часов и никакого нагрева не наблюдаю!
Участник оффлайн! Daemonarchestratygos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  04.03.2010 20:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Brody JR, Calhoun ES, Gallmeier E, Creavalle TD, Kern SE.
Ultra-fast high-resolution agarose electrophoresis of DNA and RNA using low-molarity conductive media.
Biotechniques. 2004 Oct;37(4):598, 600, 602.
Участник оффлайн! Nameless
Постоянный участник
CA



 прочитанное сообщение 04.03.2010 21:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Вы буфер в камеру каждый раз заливаете свежий? Если используете несколько раз, то как храните?
Участник оффлайн! Igor87
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 05.03.2010 11:51     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

(Nameless @ 04.03.2010 22:49)
Ссылка на исходное сообщение  Вы буфер в камеру каждый раз заливаете свежий? Если используете несколько раз, то как храните?


Не, буфер многоразовый, храним его прямо в камере, периодически добавляя новый. Но дело не в буфере: камеру я промыл, просушил и наполнил новым свежим буфером. Нагревается по прежнему.
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.03.2010 14:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

тогда так- что такое "нагревается"? 45гр, 50, или как
Участник оффлайн! Igor87
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 05.03.2010 18:02     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

Нагревается так, что краска sybr дохнет и выцветает. Руками достать гель нельзя, приходится немного ждать, пока буфер остынет.

Перефразирую вопрос: от чего буфер мог начать нагреваться? То есть, раньше не нагревался, а потом начал.
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.03.2010 18:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

загадка сия велика есть. А что вы сделали сами за 3 дня для прояснения вопроса?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Atropos
Guest
IP-штамп: frHACicb3lsrw
гость



 прочитанное сообщение 05.03.2010 18:16     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

Скорее всего источник. Не выпрямляет, гонит переменное напряжение, я бы поменял источник и проверил. Чудес не бывает (по крайней мере в лаборатории :-))

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Mykhaylo
Участник оффлайн! berm
Участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  05.03.2010 18:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

last post mine
Участник оффлайн! Nameless
Постоянный участник
CA



 прочитанное сообщение 06.03.2010 11:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

В общем, или источник, или по какой-то причине много солей в буфере (например, неправильная пропись). У нас один раз приготовили 10-кратный и по ошибке подписали как 5-кратный, в результате нагревался очень сильно.
Буфер лучше в камере не хранить (испаряется вода и он концентрируется) а сливать на ночь в закрывающуюся ёмкость.
Участник оффлайн! D evgenii
Постоянный участник
Томск



 прочитанное сообщение 06.03.2010 21:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

Кстати, а что за вода, на которой вы готовите буфер? Может быть в ней много солей...
Участник оффлайн! Daemonarchestratygos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.03.2010 22:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

Используйте 0.1Х ТАЕ!
Участник оффлайн! RJ Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.03.2010 22:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

вода ни при чем, можно и водопроводную-московскую- использовать, никак не влияет. Как я уже отмечал, надо изучать правильность приготовления стока

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Mykhaylo

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 18.11.19 09:13
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft