Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Vorkol |
Прошу прошение за пафосное название, лучше не смог придумать. Прошу совета по расположению частей лаборатории (рисунок прикреплен) Косые линии это двери. Правильно ли так располагать "отделы". Может быть есть какие то общие правила и рекомендации? Был бы признателен за ссылку. Картинки: ____.png — (11.2к) |
basil2 Постоянный участник |
Еще. Если дверь из раскапки напрямую к амплификаторам ведет, натаскаете грязи практически неизбежно. У нас путь идет через длинный коридор, который моется каждый день. Сообщение было отредактировано basil2 - 21.10.2011 20:08 |
Vorkol |
|
basil2 Постоянный участник |
(Vorkol @ 21.10.2011 21:18) если Вы имеете в виду то, что обозначено как "Раскапка ПЦР", то да, там ему и место. Есс-но никакой амплифицированной ДНК на нем мерить нельзя. |
RJ Dio Постоянный участник |
|
Vorkol |
Отдельная комната для чего? Для секвенатора? Извините за навязчивость, но опытиа мало в этих вопросах. basil2 да ее я и имел в виду. А нет ли какой книженции по организации лаб? |
basil2 Постоянный участник |
(Vorkol @ 21.10.2011 21:41) гугль ссылок дофига выдает: |
Vorkol |
Спасибо за помощь, будем курить потихоньку |
AlexRez Постоянный участник Екатеринбург |
|
AlexRez Постоянный участник Екатеринбург |
(basil2 @ 21.10.2011 21:06) Сами амплификаторы "грязи" в виде ампликонов не создают. Ампликоны в пробирках, пробирки закрыты, ампликоны из низ не выпрыгнут. Открывать пробирки рядом с амплификаторами после ПЦР нет нужды. Аварии следует исключить. Поэтому, амплификаторы можно поставить и рядом с пробоподготовкой. |
Vorkol |
Для выделения ДНК у нас есть отдельная комната (это не критично, что оттуда мы таскаем в ПЦР-ную?). 1)А можно ли поставить амплификатор в зону А? Или оттуда лишь выносят готовые пробирки для постановки в амплификатор? 2) То есть секвенатор стоит вобще убрать из этой лабы и перенести в отдельную? 3) Спектрафотометр используется либо до либо после? И там и там нельзя? |
AlexRez Постоянный участник Екатеринбург |
В Зоне "А" (чистой) работают с реактивами, которые в стоке не контактируют с исследуемым материалом. Например в ней разводят праймеры, dNTP, буферы, смешиваю все это и т.д., готовят все необходимое для ПЦР, но не заносят туда исследуемый материал и материалы из зоны "В" и тем более из зоны "С". Если у Вас есть отдельная комната для выделения ДНК (видимо на схеме не указана) лучше организовать чистую зону в ней. 2. Сам секвенатор система более открытая, чем амплификатор (НК в нем не герметично закрыты). И, особенно, перед секвенирование и в процессе требуются манипуляции с ампликонами. Лучше перенести его в отдельное место или выделить для манипуляций с НК для секвенирования отдельное место. Не стоит ставить секвенатор в форезную (зона "С"), хотя можно рядом с ней. Терминация это не амплификация, она не боится контаминации ампликонами. Хотя лишняя грязь Вам не нужна. Следует учесть, что терминация идет в амплификаторе, и если у Вас нет отдельного амплификатора, то придется носить пробирки в зону "В". 3. Если очень надо, делают обычно так: спектрофотометр (нанодроп) ставят в форезную (зона "С") и там смотрят все, что нужно после ПЦР. Из других зон "А" и "В" приносят отлитый отдельно, разведенный образец, измеряют его и выбрасывают в утилизацию (обратно его возвращать нельзя!). Обычно это очень напрягает т.к. после ПЦР, обычно измерять нечего (все видно на форезе), а при выделении и всяких манипуляциях до ПЦР измерять есть что. Зональность предполагает отдельную одежду (халаты) для каждой зоны и смену перчаток. Поэтому, хождение напрягает переодеванием. |
basil2 Постоянный участник |
(AlexRez @ 21.10.2011 22:52) Сами амплификаторы "грязи" в виде ампликонов не создают. Ампликоны в пробирках, пробирки закрыты, ампликоны из низ не выпрыгнут. Открывать пробирки рядом с амплификаторами после ПЦР нет нужды. Аварии следует исключить. Поэтому, амплификаторы можно поставить и рядом с пробоподготовкой. Аварии конечно неплохо бы исключить, вот только рано или поздно крышки у пробирок вышибет, замнуться они или еще какая протечка случиться. В общем, к амплификаторам однозначно стоит относиться как к зачумленным |
ship Постоянный участник Moscow |
|
ship Постоянный участник Moscow |
а вообще, ребята, если хотите делать диагностику -то почитайте тогда госты чтоле, там написано что где и как капать и куда носить. а если нет - то и париться не надо.
|
basil2 Постоянный участник |
(ship @ 22.10.2011 02:01) самое главное!!! забыли комнату где чай пить будете. а вообще, ребята, если хотите делать диагностику -то почитайте тогда госты чтоле, там написано что где и как капать и куда носить. а если нет - то и париться не надо. Диагностика - оно конечно, должны быть какие-то госты или как они сейчас называются. Но, извините, "париться" надо всегда. Когда на кону проекты хорошо, если на десятки, а не на сотни тыщ, массовый засер будет стоит многих волос, выдранных из всяких деликатных мест... |
ship Постоянный участник Moscow |
(basil2 @ 21.10.2011 23:10) Но, извините, "париться" надо всегда. Когда на кону проекты хорошо, если на десятки, а не на сотни тыщ, массовый засер будет стоит многих волос, выдранных из всяких деликатных мест... ну если просто аккуратно работать без параноидальных мер предосторожности - то все будет ок. лично отпцрил адовое количество образцов без всяких спецальных комнат.
|
basil2 Постоянный участник |
|
AlexRez Постоянный участник Екатеринбург |
(basil2 @ 22.10.2011 00:42) Аварии конечно неплохо бы исключить, вот только рано или поздно крышки у пробирок вышибет, замнуться они или еще какая протечка случиться. В общем, к амплификаторам однозначно стоит относиться как к зачумленным Амплифицирую уже СЕМЬ лет и на отечественных и на импортных и на ручных и на автоматах (когда блок сам закрывается/открывается) амплификаторах. И ни разу (тьфу-тьфу через левое плечо) ничего не открывалось и не вылетало. Потом, УФ никто не отменяет. Обезараживать надо любую зону, включая амплификаторы. |
Vorkol |
ship, ну мы не паримся, просто хочется подойти к этому делу ответственно, а где эти ГОСТы можно найти, точнее по какому запросу AlexRez под раскапкой я подразумевал и приготовление ПЦР-смеси, и добавление в нее ДНК, принесенный из комнаты выделения, правильно ли я понимаю, что это не совсем "безопасно"? PS чуть не забыл, в форезной у нас стоит холодильник, в нем буферы и другие реактивы для секвенатора, их стоит оттуда убрать? Сообщение было отредактировано Vorkol - 22.10.2011 10:11 |
ship Постоянный участник Moscow |
ну вот наппример |
AlexRez Постоянный участник Екатеринбург |
(Vorkol @ 22.10.2011 11:09) под раскапкой я подразумевал и приготовление ПЦР-смеси, и добавление в нее ДНК, принесенный из комнаты выделения, правильно ли я понимаю, что это не совсем "безопасно"? Лучше их поменять местами. В отдельной комнате делать все, что не связано с исследуемым материалом в т.ч. и приготовление ПЦР смесей. А в комнате на схеме выделять НК и вносить ее в пробирки. Соответственно из этой комнаты в отдельную, чистую ничего носить нельзя. (Vorkol @ 22.10.2011 11:09) PS чуть не забыл, в форезной у нас стоит холодильник, в нем буферы и другие реактивы для секвенатора, их стоит оттуда убрать? В чистый бокс их точно перекладывать не стоит. Но т.к. у Вас нарисовано Вы сейчас эти реактивы носите из грязной зоны в зону пробоподготовки и вместе с ними ампликоны (в переносном смысле). |
Vorkol |
|
basil2 Постоянный участник |
(AlexRez @ 22.10.2011 08:43) Амплифицирую уже СЕМЬ лет и на отечественных и на импортных и на ручных и на автоматах (когда блок сам закрывается/открывается) амплификаторах. И ни разу (тьфу-тьфу через левое плечо) ничего не открывалось и не вылетало. Потом, УФ никто не отменяет. Обезараживать надо любую зону, включая амплификаторы. Вы правда считаете, что 7 лет это много? Всякое бывает, поверьте. А УФ мало чем поможет, насосет грязь вентилятором, забъется под крышку и т.д. |
Vorkol |
AlexRez, вы писали что "в зоне "А" и "В" не открывают пробирки с ампликонами" То есть если мы хотим делать рестрикцию, то нужно ее вобще в отдельной комнате делать? Ведь придется забирать аплифицированную ДНК. ПС я забыл сказать что мы вобщем-то уже года три работаем с ПЦР, а эти вопросы возникли в связи с покупкой секвенатора, ну и не получалось иногда, может из-за параметров реакции, может еще из-за чего |
CowDoc Постоянный участник Middle East |
почему возник вопрос, ибо беседовал давеча с одним специалистом в области ПЦР, так он убеждал меня, что, даже в пробах обработанных формалином, азиридинами, и пр. инактивантами, совершенно спокойно определяет наличие первоисточника. Почему и вопрос, если таковое происходит после воздействия данных хим.препаратов, то УФ, вообще, никак не может повлиять при сильном загрязнении рабочей зоны (просто давным-давно занимался различными методами инактивации, и смотрел, что поисходит с НК вирусов после физической и химической инактивации) |
BVS Участник |
(CowDoc @ 25.10.2011 17:51) а что, УФ помогает? и что же происходит с НК? почему возник вопрос, ибо беседовал давеча с одним специалистом в области ПЦР, так он убеждал меня, что, даже в пробах обработанных формалином, азиридинами, и пр. инактивантами, совершенно спокойно определяет наличие первоисточника. Почему и вопрос, если таковое происходит после воздействия данных хим.препаратов, то УФ, вообще, никак не может повлиять при сильном загрязнении рабочей зоны (просто давным-давно занимался различными методами инактивации, и смотрел, что поисходит с НК вирусов после физической и химической инактивации) А в чём проблема с формалином? Он для белков страшен, но не для НК - посмотрите классическую методику выделения ДНК - там её от белков как раз-таки формалинчикоми чистят . А вот УФ, как раз мешает ПЦРить, поскольку при облучении ДНК, образуются тимин-тиминовые сшивки, которые зело препятствуют работе такполимеразки |
BVS Участник |
(Vorkol @ 25.10.2011 06:38) Возник еще один вопрос. AlexRez, вы писали что "в зоне "А" и "В" не открывают пробирки с ампликонами" То есть если мы хотим делать рестрикцию, то нужно ее вобще в отдельной комнате делать? Ведь придется забирать аплифицированную ДНК. ПС я забыл сказать что мы вобщем-то уже года три работаем с ПЦР, а эти вопросы возникли в связи с покупкой секвенатора, ну и не получалось иногда, может из-за параметров реакции, может еще из-за чего А что Вам мешает ставить рестрикцию в форезной комнате? |
CowDoc Постоянный участник Middle East |
(BVS @ 27.10.2011 14:18) ))) может вы с хлороформчиком, тритончиком, фенольчиком спутали ))), если уж говорить о классики. Перепроверьтесь Много-много лет назад, все отказались от инактивации вирусных и бак препаратов с использованием УФ в протоке, из-за низкой воспроизводимости, постоянных проблемах с валидацией, и наличием перманентных проблем с остаточной вирулентностью. А фармолинчиком на заре юности моей, специально обрабатывал препараты НК, и смотрел, что же с чистенькой НК происходит в сравнении с др. хим-физ инактивации. Не обращайте внимания, это так, провокационный вопрос был. Устаешь от борьбы с нашими ...упыми СЭСами и пр. далекими от практики проверяющими, которым вот нужнО чтобы лампочки были натыканы, и доводы, что уже в мире (прогрессивном) от этого каменного топора давно отказываются, на них не действует: "А должно, быть! А шобы було!" Сообщение было отредактировано CowDoc - 27.10.2011 14:50
|
BVS Участник |
|
Vorkol |
(BVS @ 27.10.2011 15:23) Это не повлияет на картину фореза? До этого капали всегда в ПЦР-ной |
BVS Участник |
(Vorkol @ 31.10.2011 11:29) Однозначно никак не повлияет! У Вас же во время рестрикции ничего амплифицироваться не будет Главное - в каждой зоне пользоваться закреплённым для этой зоны набором пипеток и будет Вам счастье |
BVS Участник |
(Vorkol @ 31.10.2011 11:29) Всё, что попало в форезную, ни в коем случае не должно возвращаться в предыдущие зоны! Просто воспринимайте форезную, как последнюю комнату в лабораторном потоке, куда многое что попадает, но никогда не возвращается - такое "молекулярное кладбище" |
Vorkol |
Вот набросал 2 схемки. К сожалению размеры факультета не позволят нам вынести секвенатор в отдельную комнату. Какая по вашему мнения более удачна, может вобще никакая? Картинки: __________.png — (10.82к) __________1.png — (10.83к) |
BVS Участник |
Такая компоновка связана с тем, что секвенатор - прибор грязный (с точки зрения опасности кроссконтаминации) и в условиях стеснённости в площадях, считаю допустимым его объединение в одной грязной зоне с электрофорезом (опять же - не айс, но деваться некуда). К этой грязной зоне относиться надо, как к зачумлённой, потому она ни в коем случае не должна быть смежной с другими зонами. В идеале зона форезной детекции должна находиться в другом здании и обслуживаться другим персоналом. В случае расположения зоны электрофореза в одном здании с зонами приготовления реакционных смесей и пробоподготовки, необходимо оборудовать её (форезную) автономной вентиляцией, расположить как можно дальше от предыдущих зон, обеспечить собственным набором халатов, бахил, перчаток, пипеток и проч. Вообще, могу посоветовать следующую последовательность работы в лабе: 1. Зона приготовления реакционных смесей - 2. Зона пробоподготовки (выделения НК) - 3. Зона амплификации - 4. Зона электрофореза/секвенирования. Только в таком порядке должны двигаться материалы и ни в коем случае не в обратном направлении! В форезной всё должно умирать! Вообще, постарайтесь организовать работу так, чтобы посещение форезной, было завершающим этапом работы в лабе на текущий день. Ну и конечно - старайтесь работать чисто |
Guest IP-штамп: frc6odmaYqDhQ гость |
Еще один вопрос: из начала обсуждения я вынес, что амплификатор лучше ставить в комнату с выделением ДНК (если нет другой возможности). В различных "рекомендациях" пишут, что в комнату приготовление ПЦР-смесей. Может я что-то не так понял? |
Cathie22 Постоянный участник |
Файл/ы:
|
DK. Постоянный участник |
|
Агроном Постоянный участник |
|
Еленамак |
|
guest: Ирина IP-штамп: frzaZh/WRdkL2 гость |
С МАТЕРИАЛОМ, СОДЕРЖАЩИМ МИКРООРГАНИЗМЫ I - IV ГРУПП ПАТОГЕННОСТИ Методические указания МУ 1.3. 2569 -09. И получить лицензию. |
f1dark Постоянный участник Lahore, Punjab, Pakistan |
|
Ufa1688 Постоянный участник |
|
Ufa1688 Постоянный участник |
|
zxm123 Постоянный участник |
|
garryy Постоянный участник |
|
garryy Постоянный участник |
|
garryy Постоянный участник |
|
garryy Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Организация работы группы/лаборатории · Следующая тема » |