Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Определение концентрации ДНК/РНК растительного происхождения
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! borigv
Постоянный участник
г. Саратов



 прочитанное сообщение 31.01.2018 10:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Добрый день.
Вероятно спецам в данной области мой вопрос покажется смешным - тем легче будет мне подсказать: коллеги собираются определять концентрацию и чистоту выделенной из растений ДНК/РНК форезным методом и это при наличие в лаборатории реалтаймника. Меня это озадачило - неужели не существует коммерческих наборов для определения концентрации ДНК и РНК полученных из растений? Для человека подобных наборов тьма, но я понимаю что тут другая тема, но все же - мне кажется задача регулярно возникающая и, мне кажется, не так уж сложно решаемая.
Да, я понимаю что прежде чем лезть на форум я должен был сам погуглить, но задача не моя и мне легче спросить - возникнет передо мной проблема выбора - залезу и погуглю.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.01.2018 11:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Если концентрацию и чистоту днк понимать в общепринятрм смысле, то их определяют спектрофотометрически.
если речь идет о фракционном составе и вторичной структуре, то форез часто довольно подходящий метод, но с оговорками.
Как использовать рилтайм для этих целей не очень понятно, хотя, наверное, можно както, но дорого и ограничено.

Сообщение было отредактировано vb - 31.01.2018 11:07
Участник оффлайн! Ivalex
Участник



 прочитанное сообщение 31.01.2018 14:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Концентрацию (не чистоту) ДНК теоретически можно определять реалтаймом, если у вас есть маркер (ДНК с известной концентрацией) и праймеры на какой-нибудь консервативный ген. В одинаковых условиях (т.е. при одинаковой эффективности) по разности циклов можно определить относительное соотношение изначальной ДНК в пробах, из которой можно высчитать абсолютное значение.

Для РНК потребуется синтез кодирующей ДНК и наличие праймеров к генам с постоянным уровнем экспрессии (не отличающимся в зависимости от места/времени/способа получения материала), что сложнее.

А вот чистота определяется только форезным методом, ПЦР-ник вам тут не поможет, с моей точки зрения
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 31.01.2018 14:20     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Обычно спектрофотометрически смотрят чистоту и концентрацию. Правда, так отличить РНКу от ДНКи и олигов не получится, зато соотношение 260/280 и 260/230 покажет степень очистки. Можно и "Кубитом" померять, только дорого "для посмотреть" выйдет.
В данном случае Ваши коллеги правы: не имеет смысла заморачиваться - проще поставить препаративный форез и посмотреть что и где больше "светится".
Участник оффлайн! borigv
Постоянный участник
г. Саратов



 прочитанное сообщение 31.01.2018 14:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Уважаемый Ivalex, огромное спасибо за разъяснения - я уже многие годы ломаю голову над тем как же это получается. Первым этапом при при исследовании ДНК выделенных из различных источников на предмет годности для экспертизы по генотипу человека является установление концентрации, присутствие примесей ингибирующих ПЦР, а в последних наборах и фрагментации матрицы. И я мог бы Вам рассказать достаточно по поводу данных наборов. Меня интересует имеются ли аналогичные коммерческие наборы для ДНК и РНК растительного происхождения, понимаю что для ДНК и РНК это разные методические подходы - но надеюсь что есть и для первого и для второго случая. Я не силен в генетике растений но подозреваю что есть гены консервативные для всех растений - какие-нибудь цитохромы например, не вижу причины почему бы не существовать набору на этой основе.
Уважаемый vb, вероятно я сумбурно написал и был непонят (или я чего-то не понял) - о каком фракционном составе или вторичной структуре идет речь при работе с геномной ДНК растения? разве что о митохондриальной - если её можно выделить в нативном виде (не помню её длины и соответственно не представляю как она будет выглядеть на форезе), речь врядли идет об разделении хромосом импульсным форезом (если это возможно для хромосом растений).
Я просто не представляю себе ценности обследования препарата ДНК форезным методом как этапа подготовки образца к исследованию реалтаймом, мне кажется люди солят море.

Сообщение было отредактировано borigv - 31.01.2018 14:32
Участник оффлайн! borigv
Постоянный участник
г. Саратов



 прочитанное сообщение 31.01.2018 14:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Уважаемый dk, что такое препаративный форез тотальной ДНК выделенной из любого эукариота? что по нему можно сказать?
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 31.01.2018 15:26     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Для начала хотелось бы узнать для чего требуется подобная "оценка". Если просто для ПЦР небольших фрагментов - это одно, для библиотек - другое, для ОТ - третье. Судя по тому, что Ваши коллеги хотят "смотреть на геле" - задачи довольно простые (что-то отПЦРить).
Форез имеет смысл делать когда ДНК много. Посмотреть можно "что светится" в "тяжёлой" зоне - это очень грубо, но действенно. По крайней мере если в образцах ДНК деградировала и в пробе лишь "обломки" по 200 п.н. - то и надежды особой нет на нормальную ПЦР более-менее длинных фрагментов. На форезе оценить кол-во РНК можно лишь косвенно: что-то "светится" в лёгкой зоне, но там же будут и олиги, и тРНК и ещё куча всего. Оценить степень очистки от белков на форезе тоже не удастся. Поэтому Вам и рекомендуют - либо "заморачиваться" на спектрофотометрию (он Нанодропа до Кубита), либо просто покрасить гель. РТ, по-моему, здесь вовсе не нужен, т.к. это будет ещё более косвенный метод (какие локусы смотреть: мт, пл, я; как оценить кач-во выделения и очистки).
В случае человека - не раскрою особого секрета, но вместо различных "хитрых" наборов всё тоже самое можно сделать также "на коленке". Уж установление отцовства по стандартным STR-маркерам можно практически дома на кухне делать. Только условия в мед.генетике другие: всё должно быть максимально стандартизовано и сертифицировано.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.01.2018 15:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Я хотел написать молекулярно-массовый состав - длина фрагментов.
вторичная структура - спирализация, кольцевая, линейная и т.п.

Вы имеете дело со следовыми количествами, выделенными из ограченных по объему образцов, поэтому у вас больше имеет смысл количественная пцр на хаускипинг и прочее.
а у ваших коллег, как я понимаю, материала вагон, источник известен, все на ыорезе и так видно. Поэтому зачем усложнять жизнь?
Участник оффлайн! borigv
Постоянный участник
г. Саратов



 прочитанное сообщение 31.01.2018 16:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

ну допустим установления отцовства на кухне на коленке это небольшое преувеличение.
мои коллеги докупают к к реалтайму форезную камеру - я не могу понять для чего, не говоря уже о том что форезная камера в ПЦР-лабе это всегда риск на контаминацию (и речь не о форезе ампликонов - там вообще труба).
Одним словом - если кто знает наборы о которых я "мечтаю" - порекомендуйте.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.02.2018 09:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

---Одним словом - если кто знает наборы о которых я "мечтаю" - порекомендуйте.
С этого надо было начинать? А вы развели флуд про измерение концентрации.

Сообщение было отредактировано MMM - 01.02.2018 09:06
Участник оффлайн! borigv
Постоянный участник
г. Саратов



 прочитанное сообщение 01.02.2018 10:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Уважаемый МММ - ну собственно говоря я и вел речь в первом посте о коммерческом тесте указав что я от него хочу, аудитория увела разговор в размышления о методиках. В том посте который Вы процитировали я акцентировал вои пожелания что бы не возвращаться еще раз по кругу "а че ваабще можно".
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.02.2018 10:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Вы, хотите, потрендеть об этом?
К разрешению вашего запроса это не приблизит, как не привела вся эта дискуссия сверху. А возникла она конечно по причудливой прихоти vb и dk. smile.gif
Участник оффлайн! borigv
Постоянный участник
г. Саратов



 прочитанное сообщение 01.02.2018 12:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

нет, я надеялся услышать мнение человека непосредственно ежедневно работающего в данной области по поводу какой набор удобнее, Вы сами прекрасно понимаете что "потребительские" качества даже аналогичных наборов разных производителей различаются и достоверно об этом может рассказать только человек их пользующий.
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.11.2021 18:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

http://www.authorstream.com/Replicawatches24/
https://about.me/Replicawatches24
https://moz.com/community/users/17050093
https://trello.com/rolexrelicawatches/activity
https://replicarolexwatches.dreamwidth.org/365.html
https://visual.ly/users/watcheshutuk/portfolio
https://www.viki.com/users/watcheshutuk_549/about
https://www.academia.edu/s/14bdb7d4fe?source=link
https://www.slideshare.net/Nowseore/guide-o...ex-watch-online
https://audiomack.com/rolexrelicawatches
https://soundcloud.com/replicarolexwatches
https://www.bagtheweb.com/u/fakerolexwatches/profile
https://www.flipsnack.com/ReplicawatchesUK/...ca-watches.html
https://www.4shared.com/office/zA4L7Rmzea/G...hase_a_Fak.html?
https://codepen.io/Rolexrelicawatches/full/abBEzaQ
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  26.12.2022 11:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

https://telegra.ph/Advantages-Of-Replica-Watches-08-03
https://issuu.com/home/published/_6_.docx
https://www.gta5-mods.com/paintjobs/watchesswiss
https://omegawatches89.onweb.it/
https://padlet.com/omegawatches89/je3eq9ol3xzmb9bp
https://www.pinterest.com/omegawatches89/
https://knowyourmeme.com/users/omegawatches89
https://bitcointalk.org/index.php?topic=76487.new#new
https://omegawatches89.blog.hu/
https://knowyourmeme.com/forums/general/top...f-so-why?page=1
https://penzu.com/p/c6f21f5d
https://www.reddit.com/user/omegawatches89/...are_so_popular/
https://www.vingle.net/posts/4647076
https://penzu.com/p/c68b65cc
https://diigo.com/0pige9
Участник оффлайн! vadimchik152a
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.01.2023 23:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Теперь становится очевидно, что сложившаяся ситуация ни коим образом не позволяет выполнить важные задания по разработке новейших вариантов поиска решений. https://uolsocial.socioon.com/read-blog/7778
Участник оффлайн! vadimchik152a
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 26.02.2023 13:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Таким образом сложившаяся структура организации обеспечивает широкому кругу (специалистов) участие в формировании позиций, занимаемых участниками в отношении поставленных задач. https://powerbrokermagazine.com/author/roman03h/

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 18:15
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft