molbiol.ru -> Как создать полный каталог раковых генов

> Все форумы > Тематические форумы > Колонка новостей

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Как создать полный каталог раковых генов

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

slavak4609
Участник

05.02.2014 03:52

URL #1

Проанализированы мутации в экзомах 4.742 опухолей 21 различного типа раков. Этот широкомасштабный анализ выявил мутации в практически всех известных связанных с раком генах. Кроме того, идентифицированы 33 новых гена ранее не ассоциировавшихся с раком. По оценке, сделанной на основании полученных данных, для создания практически полного каталога генов, мутирующих при 50 типах рака, нужно секвенировать примерно 100.000 опухолей.

Для разработки в будущем эффективных стратегий диагностики и лечения рака необходимы знания о генах, нарушения в которых связаны с развитием злокачественных опухолей. Только ограниченное количество связанных с раком генов сравнительно часто (>20%) мутирует в злокачественных опухолях данного типа. Большинство из них мутирует с промежуточной частотой (2-20%). С целью оценить возможность создать детальный каталог раковых генов авторы проанализировали соматические точечные мутации (мононуклеотидные замены, малые моно-, ди- и олигонуклеотидные делеции и инсерции) в 4.742 парах опухоль/нормальная ткань 21 типа рака. Количество пар различных типов варьировало от 35 до 892. В работе использовались ранее созданные базы данных The Cancer Genome Atlas (TCGA) и некоторых других проектов.

Достоверность анализа оценивалась по «глубине» секвенирования, чистоте и плоидности образцов опухолей и составляла более 90%. Частота мутаций среди образцов одного типа и различных типов варьировала в пределах пяти порядков и составляла от 0,03 до 7.000 на МВ. Спектры мутаций также сильно варьировали. Проведенный широкомасштабный анализ выявил мутации в практически всех ранее известных связанных с раком генах. Кроме того, идентифицированы 33 гена ранее не ассоциировавшихся с раком. Новые гены связаны с процессами пролиферации, апоптоза, со стабильностью генома, структурой хроматина, уклонением от действия защитных механизмов иммунитета, процессингом РНК, гомеостазом белков. Из этих 33 генов 5 мутировало с частотой более 10%, а 15 - более 5%. Для создания каталога генов, мутирующих с высокой и средней частотой требуется секвенировать в среднем по 2.000 опухолей из 50 типов рака, т.е. ~100.000 опухолевых геномов.

Задача является весьма актуальной: в мире ежегодно от рака умирают ~8 миллионов человек. И она представляется решаемой как с технологической, так и с экономической точек зрения. За последние 10 лет время анализа существенно сократилось, а стоимость секвенирования ДНК уменьшилась в миллион раз и, вероятно, будет еще снижаться.

Подпись к рисунку: Количество образцов опухолей, требующееся для идентификации наиболее значимых генов, мутирующих в опухолях, как функция от средней частоты мутаций при различных типах опухолей. Черными точками обозначено количество образцов, проанализированных в данной работе.

Источник: Lawrence MS, Stojanov P, Mermel CH, Robinson JT, Garraway LA, Golub TR, Meyerson M, Gabriel SB, Lander ES, Getz G. Discovery and saturation analysis of cancer genes across 21 tumour types. // Nature. 2014; V. 505: P. 495-501.