molbiol.ru -> Кинетика гибридизации олигонуклеотидов

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Кинетика гибридизации олигонуклеотидов -- И программный симулятор --

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

AkusherA

05.12.2016 09:54

URL #1

Может кто-нибудь посоветовать хороший обзор не старше 3-4 лет по кинетике гибридизации олигонуклеотидов в разных условиях, желательно с иллюстрациями и 3D моделями? И программное обеспечение - симулятор гибридизации или ПЦР-реакции?

kblag
Постоянный участник

06.12.2016 09:13

URL #2

Что Вы конкретно хотите получить? Программу, которая смоделирует, как из нескольких начальных молекул образуются миллионы?
Термодинамика гибридизации в разных условиях описана, например, у SantaLucia JR (1998) "A unified view of polymer, dumbbell and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics".
Как одно на другое залипает можно посмотреть в http://nupack.org
С хорошими иллюстрациями ПЦР я бы тоже не отказался

AkusherA

06.12.2016 10:34

URL #3

Спасибо за ответ! Да, хотелось бы именно такой симулятор, чтоб показал димеры, шпильки, узлы при разных температурах и концентрациях ионов. Nupak показывает, но для одной молекулы. И то, самому надо указать, где будет шпилька. Или таких симуляторов вообще не существует и ПЦР программно прогнать нельзя?

MMM
Постоянный участник

06.12.2016 13:29

URL #4

Как вы себе это представляете? Есть термодинамика, которая зависит от последовательности и температуры(таже шпилька термодинамически будет зависеть от длины ножки и ее нуклеотидного состава, длины петли и длины хвостов и температуры и вязкости. При чем как зависит - хороших формул нет). Но есть еще и кинетика, которая зависит от температуры вязкости и концентрации. Смоделировать математически все эти условия теоретически не возможно. Единственный вариант это построение огромной экспериментальной базы данных на основе результатов экспериментов на модельных олигонуклеотидах и на модельных фрагментах ДНК. Для создания такой базы нужно потратить не один десяток человеко лет, а профицита от такой базы НИКАКОГО.

Поблагодарили (1): NMR-guy

AkusherA

06.12.2016 13:46

URL #5

То есть, смоделировать дальше, чем описано здесь https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3799446/
никак не получится?

MMM
Постоянный участник

06.12.2016 14:00

URL #6

Вы издеваетесь? Кидаться в меня статьей, которая в основном состоит из приложения на 18 страницах формул и таблиц. Но совершенно очевидно, что все уравнения там параметрические и параметры получаются из эксперимента. Такие модели очень хороши для описания уже имеющихся экспериментальных данных, но не для предсказание результатов новых испытаний, для которых потребуется новая экспериментальная калибровка параметров в уравнениях. Так что их предсказательная сила примерно такая же как у формул для расчета температуры плавления олига.

kblag
Постоянный участник

06.12.2016 14:23

URL #7

Как правильно заметил MMM, задача по моделированию поведения всех молекул в смеси слишком сложная и смысла не имеет. Для подбора праймеров и зондов (я так понимаю - Вам это и нужно) существуют специальные программы и подходы - отчасти эмпирические, отчасти на основе физических законов. При их грамотном использовании можно получить хороший результат. Моделировать прохождение ПЦР для этого не нужно. В качестве аналогии: для расчёта столкновения мяча со стеной не нужно знать поведение всех молекул мяча.

Приведённая Вами статья, мне кажется, больше подходит для всяких ДНК компьютеров и прочей фантастики

В микрософт таким занимаются https://www.microsoft.com/en-us/research/pr...g-dna-circuits/ - есть и программы для моделирования.

Но про ПЦР лучше почитайте, например, это: Physical principles and visual-OMP software for optimal PCR design. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17951788

Кстати, в NUPACK можно ввести 40 молекул и показать комплексы из 10...

Сообщение было отредактировано kblag - 06.12.2016 14:26

Поблагодарили (1): AkusherA

AkusherA

06.12.2016 17:12

URL #8

На сайте майкрософт уже что-то похожее. Попробую разобраться, хотя там больше работы для программиста, чем для биолога)
Для чего такой софт нужен - понятно тому, кто его пишет. И ради просто модельки стандартной ПЦР я бы тоже не заморачивался.

Сообщение было отредактировано AkusherA - 06.12.2016 17:16

kblag
Постоянный участник

07.12.2016 14:01

URL #9

Так Вы для чего это хотите ?

AkusherA

07.12.2016 15:09

URL #10

Конструирование гибридизационных зондов

watchesbiz
Постоянный участник

23.11.2021 15:55

URL #11

https://jumpshare.com/v/QxZ9Rn2mfDCaBq2AdBG1
https://www.edocr.com/v/znnrba3z/watcheshut...lica-Watches-UK
https://www.tuugo.us/Companies/best-replica...s/0310006695505
https://topsitenet.com/article/988178-hints...ca-rolex-watch/
http://simp.ly/p/nxGlWb
https://telegra.ph/Hints-on-Choice-of-a-Hig...lex-Watch-02-22
https://replicarolexwatche2.blog.fc2.com/blog-entry-1.html
https://www.knowpia.com/s/blog_60f7e7c31014a97a
https://zenwriting.net/replicawatches24/hin...ica-rolex-watch
https://globalcatalog.com/replicawatchesuk.us/en
http://www.cplusplus.com/articles/iE1wvCM9/
https://eatsleepride.com/c/346210/hints_on_...ica_rolex_watch
https://www.myminifactory.com/users/watcheshutukcom
https://www.mioola.com/ReplicawatchesUK/post/199764/
https://en.gravatar.com/allreplicawatches24
https://8tracks.com/replicawatchesuk

nigoal123
IP-штамп: frAWeMdOsBSXM
гость

19.05.2022 06:48

URL #12

Anyone can connect บาคาร่าออนไลน์ with their audience slot xo through blogging and enjoy 11hilo you who your readers are. สล็อต the myriad benefits that 123GOAL blogging provides

organic traffic from nigoal from the first sentence.ลิงค์รับทรัพย์ search engines promotional พ ริ ต ตี้ เกม มิ่ง content for social media ราคา บอล and recognition from a new Hotgraph audience you haven’t tapped into yet.

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.