Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Fedor K. Москва |
Наконец оптимизировав ПЦР (RAPD), наткнулся на проблему: слишком большая толщина полос при разгоне в агарозном геле. Процентность 1,8%; пр-во Хеликон; длины видимых фрагментов 200-2500 п.о. Мало того, что у полосы по бокам образуются "уши", так если сбоку на гель посмотреть, "уши" есть также сверху и снизу! Особенно касается фрагментов >600-800 п.о. Не в вольтаже дело: 2 В/см - это немного. Буфер боратный. Гель большой, заливаю не в крышки от плашек, а в нормальную форму. Мне из-за такой фигни уже противно делать курсач... <img src="graemlins/weep.gif" border="0" alt="[рев в 3 ручья]" /> |
artemboudilov Постоянный участник |
1. взять более тонкую гребенку. 2. слой буфера над гелем сделать минимальным. 3. "уши", если я правильно понял о чем речь, могут быть вызваны перегрузом. В качестве комментария... А зачем такие мощные гели гонять? Если препаратив - несколько лунок загрузить можно. И чем принципиально может мешать толстая полоса? А уши? Или нужна фота в Nature? :-)) Best regards, непонимающий ARTEMBoudilov |
Fedor K. Москва |
ОК, попробую. А толстые полосы могут мешать, и еще как, т.к. при RAPD-е на горохе (геном не так уж мал, это не A. thaliana) кол-во полос составляет 15-25, а их распределение на геле случайно. По закону подлости полиморфные полосы располагаются часто очень близко к жирным неполиморфным. Для препараривного фореза можно просто разогнать их подольше, и все тут, но для аналитики нужна просто _полная_ картинка, где одновременно виден весь полиморфизм на данном праймере. |
baymak |
2. повысила концентрацию геля например до 2.5%, это повысит четкость полос, (для фото можно вообще попробовать акриламид) 3. гнала бы форез очень медленно, качество картинки при близком расположении полос будет выше. |
|
A RAPD, esli ya pravil'no pomnyu - eto kogda PCR po 45 cyklov gonyayut s 10b primerami? Togda "ushi" - ne samaya bol'shaya problema... |
FlyinGonzalez Участник San Diego, CA |
|
Fedor K. Москва |
|
IAM1688 IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
into its |
watchesonline89 Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |