Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
slavak4609 Участник |
Опухолевая ДНК, циркулирующая в кровотоке (circulating tumor DNA – ctДНК ), представляет собой многообещающий биомаркер для диагностики и оценки состояния раковых опухолей. Но разработанные до сих пор методы недостаточно чувствительны и не применимы ко всем пациентам, что препятствует их использованию в рутинной клинической практике. Авторы разработали новую стратегию анализа ctДНК , названную CAPP-Seq (cancer personalized profiling by deep sequencing). Разработка проведена на модели немелкоклеточной карциномы легких (NSCLC), но может быть адаптирована ко многим другим ракам. Прежде всего, была модифицирована методика приготовления проб для секвенирования из малых количеств ДНК. Ключевым элементом модификации была разработка “селектора” - набора биотинилированных олигонуклеотидов, соответствующих участкам ДНК, в которых локализованы “повторяющиеся” аномалии, обнаруженные у многих пациентов с NSCLC или аномалии, подозреваемые на ассоциацию с этим раком. Для этого были использованы базы данных по мутациям, обнаруженных в нескольких тысячах опухолей. Селектор перекрывает 521 экзон и 13 интронов 139 повторно мутировавших генов. Судя по опубликованным данным, в анализируемых участках локализованы мутации >95% случаев NSCLC. Этот набор перекрывает лишь 0,004% генома, что радикально облегчает анализ. С помощью селектора выделены, а затем амплифицированы соответствующие участки ДНК, полученной из плазмы крови. Сравнительно небольшой набор фрагментов ДНК, подлежащий анализу с помощью секвенирования нового поколения позволил провести “сверхглубокое” секвенирование нуклеотидных последовательностей с повторностью прочитывания каждого участка в среднем ~5000 раз. Для получения результата было достаточно ~4 нг исходной ДНК из плазмы. Сt ДНК обнаруживалась в 100% случаев NSCLC на стадиях II-IV и в 50% на стадии I. Многократное прочитывание обеспечивало распознавание мутантных аллелей даже когда их доля не превышала ~0,02%. Метод позволяет не только обнаруживать мутации, но и прослеживать состояние опухоли. Можно оценивать результаты терапии, при которых уменьшение размера опухоли приводит к уменьшению доли опухолевых аллелей в ctДНК. Результаты анализа ctДНК подтверждаются данными компьютерной томографии. Более того, анализ ctДНК оказался более чувствительным, чем компьютерная томография. Полученные результаты показывают, что CAPP-Seq позволил провести сравнительно недорогой неинвазивный анализ ctДНК в подавляющем большинстве случаев NSCLC. Он может рутинно применяться в клинической практике и потенциально может ускорить персонализированную диагностику, выбор терапии и прослеживание результатов лечения рака. Кроме плазмы крови CAPP-Seq может быть применен для детекции раковой ДНК в других биологических пробах даже с низким содержанием раковых клеток и их ДНК. Источник: Newman AM, Bratman SV, To J, Wynne JF, Eclov NC, Modlin LA, Liu CL, Neal JW, Wakelee HA, Merritt RE, Shrager JB, Loo BW Jr, Alizadeh AA, Diehn M. Подпись к рисунку: Принцип формирования селектора для CAPP-Seq и применение метода для анализа ctДНК.
Сообщение в колонке новостей, раздел "Наука: общая и молекулярная биология" 25.07.2014 17:42 |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
|
PapaRabana |
|
crazymichael |
Shopping is the nature of girls, almost Consumers often entangle their prices before consumption The concept of consumption and the concept of consumption Most Therefore, when shopping for consumption, you must first consider |
bruce IP-штамп: frj5GEfdEWR5M гость |
|
bruce IP-штамп: frj5GEfdEWR5M гость |
|
arianapham |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
소액급전 IP-штамп: frKmQV.1bluNU гость |
If you ever want to take some of the load off, I’d absolutely love to write some material for your blog in exchange for a link back to mine. Thank you! |
먹튀검증 IP-штамп: frKmQV.1bluNU гость |
|
pak24tv Участник |
Aaj News Live Streaming - Watch Aaj News Online is a platform for news in the Pakistani Urdu language. It is channel of private news. It broadcasts all current affairs news. It covers news from both domestic and foreign outlets. |
Guest IP-штамп: fr9Ylo.v0oxrQ гость |
|
watchesbiz Постоянный участник |
|
alina martrin |
|
kriz Постоянный участник |
|
kriz Постоянный участник |
Сайт Сайт Сайт Сайт Сайт Сайт Сайт Сайт |
bov12 IP-штамп: frWoyLp/FCXKE гость |
|
jad12 IP-штамп: frWoyLp/FCXKE гость |
|
superslotv9 IP-штамп: frXkFtWqamLPg гость |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
www.singha89 IP-штамп: frXkFtWqamLPg гость |
|
loacl geeks help |
|
nigoal123 IP-штамп: frAWeMdOsBSXM гость |
You would expect the |
nigoal123 IP-штамп: frAWeMdOsBSXM гость |
Let us analyze the |
vrida2 Постоянный участник |
|
guest: Ufa1688 IP-штамп: frJhOCvSv9ICE гость |
|
Guest IP-штамп: fr/1ZkUsuBQOE гость |
|
guest: Ufa1688 IP-штамп: fr/1ZkUsuBQOE гость |
|
guest: Ufa1688 IP-штамп: frGvfkzt/vMtQ гость |
|
akitaa Постоянный участник |
|
guest: Ufa1688 IP-штамп: frdN6q3cADZrs гость |
|
guest: Ufa1688 IP-штамп: frpXPq5TOmUHs гость |
|
janimani Участник |
|
Ufa1688 Постоянный участник |
|
466773030 Постоянный участник |
|
Ufa1688 Постоянный участник |
|
watchesonline89 Постоянный участник |
|
egurovzen1 |
|
PowerISO Crack IP-штамп: fraoPU0Lh.juM гость |
|
udayuma IP-штамп: fry.KrAYUyHHk гость |
|
rankxone Постоянный участник |
|
Ufa1688 Постоянный участник |
|
shutdown IP-штамп: frqaYaYx2Y2ds гость |
announced a migration deal as they aim to strengthen their economic cooperation. The announcement came after Indian Prime Minister Narendra Modi met his counterpart Anthony Albanese in Sydney on Wednesday. The deal aims to "promote the two-way mobility of students, graduates, academic researchers and business people". |
zxm123 Постоянный участник |
|
Strachey |
|
Strachey |
|
shutdown168 IP-штамп: frqaYaYx2Y2ds гость |
But three hours and It sounds almost unbelievable, but Psychologists say emotions and time may |
« Предыдущая тема · Колонка новостей · Следующая тема » |