Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* очистка белка от ДНК
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! менделеев05




 прочитанное сообщение 10.02.2013 02:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Проблема
проблема следующая : нужно отделить ДНК от белка ( фермента).
Белок ( фермент) - ДНК-связывающий.
Есть какие-либо методы ?

Сообщение было отредактировано менделеев05 - 10.02.2013 02:23
Участник оффлайн! yack
moderator
Москва, Россия



 прочитанное сообщение 10.02.2013 09:40     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Попробуйте ЭДТА+высокая соль и на гель-фильтрацию.
Или ЭДТА + низкий pH и на что-нибудь типа CM/SP
Голубой цибракон еще попробовать можно, но всегда есть риск, что там все и останется
Но я подозреваю, что дъявол как обычно таится в деталях
Участник оффлайн! менделеев05




 прочитанное сообщение 10.02.2013 13:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

а такие условия никак не повлияют (ex : денатурация) на белок ? дело в том , что мне после надо получить "живой" белок. И что такое цибракон?)
guest: ммм
IP-штамп: frQlBxj4iQSg.
гость



 прочитанное сообщение 10.02.2013 14:20     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Объясните почему имя собственное белка нужно держать в тайне? Белки они как животные даже если одного вида и то все со своим характером. Поэтом у вести разговоры на темы как отодрать АБСТРАКТНУЮ ДНК от АБСТРАКТНОГО белка и потом разделить можно вести до конца человеческого века. Так же как и на тему РЕНАТУРИРУЕТ ли АБСТРАКТНЫЙ белок после того или иного воздействия. И еще парадокс заключается в том, что почти каждый белок уже кто-то где-то когда-то выделял. И про это можно поискать литературу. Общие соображения высказанные yack поддерживаю, но это далеко не универсальный вариант, который всегда будет работать. Более того универсальных вариантов просто не существует.
guest: ммм
IP-штамп: frQlBxj4iQSg.
гость



 прочитанное сообщение 10.02.2013 14:24     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Из всего выше сказанного, кстати, следует, что реально помочь вам может только тот, кто работал с данным КОНКРЕТНЫМ белком(имя, которого, вы почему-то считаете необходимым скрывать) . В противном случаю участнику форума, вознамерившемуся вам помочь, придется подымать эту самую специальную литературу. Не кажется ли вам не совсем корректным, просить о подобного рода одолжении, своих малознакомых коллег.
Участник оффлайн! yack
moderator
Москва, Россия



 прочитанное сообщение 10.02.2013 18:04     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Цибракон это Blue Sepharose, например.
Насчет условий и денатурации ммм все доступно объяснил. Об этом подробнее Вы сможете прочитать в нашем новом иллюстрированном журнале "А хрен его знает"

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): RJ Dio
Участник оффлайн! serhiosus
Участник
Minsk



 прочитанное сообщение 10.02.2013 19:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

если pI белка выше 7, то можно пробывать анионообменники ( рН 7-7.5, ДНК садится, а белок нет). Тут надо играть с рН и ионной силой в растворе. Например в случае с рядом полимераз это проходит (опробовано). Думаю, что даже если белок садиться на смолу - подобрав условия элюции можно отбиться. Либо обратная ситуация, как писали выше - катионообменник (белок садиться, ДНК в проскоке). Правда тут вопрос насколько надо очистить белок от ДНК - таким способом скорее всего не получиться полностью избавиться от нуклеинки. Тогда ДНКаза.
http://www.sciencedirect.com/science/artic...003269709004023
Участник оффлайн! менделеев05




 прочитанное сообщение 11.02.2013 00:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

всем спасибо ! - буду пробовать все )
Guest
IP-штамп: frYmGqvvNujjc
гость



 прочитанное сообщение 11.02.2013 10:04     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

+ еще гепариновая колонка
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 11.02.2013 10:20     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(serhiosus @ 10.02.2013 20:05)
Ссылка на исходное сообщение  если pI белка выше 7, то можно пробывать анионообменники ( рН 7-7.5, ДНК садится, а белок нет). Тут надо играть с рН и ионной силой в растворе. Например в случае с рядом полимераз это проходит (опробовано). Думаю, что даже если белок садиться на смолу - подобрав условия элюции можно отбиться. Либо обратная ситуация, как писали выше - катионообменник (белок  садиться, ДНК в проскоке). Правда тут вопрос насколько надо очистить белок от ДНК - таким способом скорее всего не получиться полностью избавиться от нуклеинки. Тогда ДНКаза.
http://www.sciencedirect.com/science/artic...003269709004023

А как от ДНК-азы избавляться? Еще одну дополнительную колонку ставить?
ДНК-аза - большее зло в ДНК полимеразах и в неполимеразах, чем следы ДНК.

Сообщение было отредактировано -Ъ- - 11.02.2013 10:53
Участник оффлайн! xenopus
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 11.02.2013 13:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

А гидроксилапатит не?
Участник оффлайн! Tom1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.02.2013 15:54     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

право слово странно было читать и саму тему и коменты....
правильно " петрович" спросил чо за протеин, он чо так крепко связан с НК что в процессе екстрагирования из клетки не отскакивает ( интересно самому стало что за фермент)
имха прежде чем вопрошать аффтар мог бы посмотреть литературу, а вот если после сего возникли вопросы конкретно спросить....
пы.сы. голубая, ГАП, гепарин ... - ФОСФОЦЕЛЛЮЛОЗА!!! вот наш выбор....
Участник оффлайн! abdula
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.02.2013 23:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(Tom1 @ 11.02.2013 16:54)
Ссылка на исходное сообщение  право слово странно было читать и саму тему и коменты....
правильно " петрович" спросил чо за протеин, он чо так крепко связан с НК что в процессе екстрагирования из клетки не отскакивает ( интересно самому стало что за фермент)
имха прежде чем вопрошать аффтар мог бы посмотреть литературу, а вот если после сего возникли вопросы конкретно спросить....
пы.сы. голубая, ГАП, гепарин ... - ФОСФОЦЕЛЛЮЛОЗА!!! вот наш выбор....


ну и как отделить рекомбинантную Так полимеразу от ДНК кишечний палочки ?
Участник оффлайн! менделеев05




 прочитанное сообщение 12.02.2013 00:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

название фермента не скрываю - Lon -протеаза.
гепариновая колонка и ионообменная хроматография не помогают.
с помощью антибиотика реально очистить белок ( от каких-либо примесей или от той самой ДНК ) ?

Сообщение было отредактировано менделеев05 - 12.02.2013 00:26
Участник оффлайн! abdula
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.02.2013 00:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(менделеев05 @ 12.02.2013 01:25)
Ссылка на исходное сообщение  название фермента не скрываю - Лон -протеаза.
гепариновая колонка и ионообменная хроматография не помогают.
с помощью антибиотика реально очистить белок ( от каких-либо примесей или от той самой ДНК ) ?


не очен понятна степен очистки ? какие тесты на наяличие днк ? и какого днка в протеаязе ?
Участник оффлайн! abdula
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.02.2013 00:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(менделеев05 @ 12.02.2013 01:25)
Ссылка на исходное сообщение  название фермента не скрываю - Лон -протеаза.
гепариновая колонка и ионообменная хроматография не помогают.
с помощью антибиотика реально очистить белок ( от каких-либо примесей или от той самой ДНК ) ?


зачем протеазу чистить от хоста ?
Участник оффлайн! менделеев05




 прочитанное сообщение 12.02.2013 00:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

большое сродство к 2-цеп.днк. Пока точно не известно с какой именно областью белка связывается днк.
зачем чистить?- чтобы проверить насколько днк все-таки влияет на сам белок и на его степень олигомеризации ( да и вообще для чего она ферменту нужна)
Участник оффлайн! abdula
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.02.2013 01:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

(менделеев05 @ 12.02.2013 01:49)
Ссылка на исходное сообщение  большое сродство к 2-цеп.днк. Пока точно не известно с какой именно областью белка связывается днк.
зачем чистить?- чтобы проверить насколько днк все-таки влияет на сам белок и на его степень олигомеризации ( да и вообще для чего она ферменту нужна)


ну и ради этого морочится - хост-то известен
Участник оффлайн! abdula
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.02.2013 01:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

(менделеев05 @ 12.02.2013 01:49)
Ссылка на исходное сообщение  большое сродство к 2-цеп.днк. Пока точно не известно с какой именно областью белка связывается днк.
зачем чистить?- чтобы проверить насколько днк все-таки влияет на сам белок и на его степень олигомеризации ( да и вообще для чего она ферменту нужна)


отфигачил днказой - плюнул-дунул итак сойдет - русский перфекционизм доведет до цугундера
Участник оффлайн! abdula
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.02.2013 01:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(менделеев05 @ 12.02.2013 01:49)
Ссылка на исходное сообщение  большое сродство к 2-цеп.днк. Пока точно не известно с какой именно областью белка связывается днк.
зачем чистить?- чтобы проверить насколько днк все-таки влияет на сам белок и на его степень олигомеризации ( да и вообще для чего она ферменту нужна)

0.5 м солйю смывается все - никаких контактов с днк
guest: ммм
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость



 прочитанное сообщение 12.02.2013 15:46     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

--не очен понятна степен очистки ? какие тесты на наяличие днк ? и какого днка в протеаязе ?
Присоединяюсь.
Интересно как вы определяете ДНК в белке?
Участник оффлайн! Tom1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.02.2013 17:38     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

1. меня мучили сомнения неужели ничего нет про Лон ДНК очистку свиства и т.д.....
2. "сомения его не обманули", походу " менделеевский " делает работу типа ндцатые в мире, но вторые в сибири....
Даже не лазия по пубмеду просто набрав в гоогле имеем массу материалов.....
3. Итого матчасть знать надо....
https://www.google.com/#hl=ru&gs_rn=2&gs_ri...iw=1280&bih=857
Участник оффлайн! abdula
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.02.2013 21:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

(Tom1 @ 12.02.2013 18:38)


ну и чего я тебе говорил - 0.5м сол смывает эту протеазу нхафиг

томыч - я не видел белкофф которые держутси на таком мотифе

похоже лажа - нужно перегнать солекс-сек
Участник оффлайн! gostya
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  13.02.2013 17:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

http://www.brenda-enzymes.info/php/result_...?ecno=3.4.21.53
Участник оффлайн! abdula
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.02.2013 18:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

(gostya @ 13.02.2013 18:40)


ну и чиго ? smile.gif
Участник оффлайн! gostya
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  14.02.2013 04:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

idite v razdel purification (sleva), tam raznye sposoby ochistki belka raznymi labami
Участник оффлайн! abdula
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.02.2013 04:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

(gostya @ 14.02.2013 05:13)
Ссылка на исходное сообщение  идите в раздел пурифицатион (слева), там разные способы очистки белка разными лабами


что транслит лен кликнут ? smile.gif
Guest
IP-штамп: frltbIKmJu36Q
гость



 прочитанное сообщение 18.02.2013 18:42     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

Сам намучался очень сильно, пытаясь получить ДНК чистую от белков. Поскольку ДНК нужно очень много (около 100 г за раз), то обычный фенольно-хлороформный метод не подходит, поэтому пришлось опробовать разные подходы.
Могу посоветовать старый и неплохой метод о котором все часто забывают - это высаливание. К лизату добавить NaCl до конечной концетрации 2 М. Оставить на +4 на сутки-двое. После этого центрифугируете, в осадке - белок, в супернатанте - идеально чистый раствор ДНК. Ну а дальше осадок растворяйте и отделяйте от белковых примесей.
Еще могу посоветовать анионообменную хроматографию, например на DEAE или Q-сефарозу. Белок скорее всего смоеться 0.2-0.5 солью. ДНК смываеться 1-2 М солью и щелочью. Многое еще звисит от длины ДНК фрагментов, геномная ДНК намертво сядет на сорбент, тогда как фрагменты в 100 п.н. могут смыться и 0.5 М солью.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 19.02.2013 00:15     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

Тема топика - очистка белка и, к тому же фермента, от следов ДНК, а не получения ДНК для намазывания на хлеб. frown.gif

Сообщение было отредактировано -Ъ- - 19.02.2013 09:53
Участник оффлайн! abdula
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.02.2013 21:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

(менделеев05 @ 10.02.2013 03:22)
Ссылка на исходное сообщение  проблема следующая : нужно отделить ДНК от белка ( фермента).
Белок ( фермент) - ДНК-связывающий.
Есть какие-либо методы ?


после 0.5 м соли я не видел белкофф , которые сидят на ДНК
guest: Алексей
IP-штамп: frrC9jm5QSAo6
гость



 прочитанное сообщение 27.06.2017 09:51     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

(Guest @ 18.02.2013 18:42)
Ссылка на исходное сообщение  Сам намучался очень сильно, пытаясь получить ДНК чистую от белков. Поскольку ДНК нужно очень много (около 100 г за раз), то обычный фенольно-хлороформный метод не подходит, поэтому пришлось опробовать разные подходы.
Могу посоветовать старый и неплохой метод о котором все часто забывают - это высаливание. К лизату добавить NaCl до конечной концетрации 2 М. Оставить на +4 на сутки-двое. После этого центрифугируете, в осадке - белок, в супернатанте - идеально чистый раствор ДНК. Ну а дальше осадок растворяйте и отделяйте от белковых примесей.
Еще могу посоветовать анионообменную хроматографию, например на DEAE или Q-сефарозу. Белок скорее всего смоеться 0.2-0.5 солью. ДНК смываеться 1-2 М солью и щелочью. Многое еще звисит от длины ДНК фрагментов, геномная ДНК намертво сядет на сорбент, тогда как фрагменты в 100 п.н. могут смыться и 0.5 М солью.

В больших объемах данная методика эффективна?
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  23.11.2021 15:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

http://replicarolexwatches.simpsite.nl/
https://www.smore.com/rj7kh-best-replica-watches
https://www.athleticsnation.com/users/Replicarolexwatches
https://pastebin.pl/view/ab0e458a
https://mix.com/watcheshutukcom
https://www.woddal.com/post/359216_tiny-acc...nybody-039.html
https://share.naturalnews.com/posts/3904099
https://demo.wowonder.com/post/214429_the-i...-producers.html
https://rapichat.com/post/5369_our-purpose-...ible-there.html
https://dashburst.com/replicarolexwatches/1
https://sway.office.com/KifcQvn36MK821G8
https://flipboard.com/@replicarolex24
https://getpocket.com/redirect?url=https%3A...eshut.uk.com%2F
https://www.openstreetmap.org/user/Hints%20...20Rolex%20Watch

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 16:27
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft