Технологии секвенирования следующего поколения.

Выложил сегодня в соседнем топике сочинение на указанную тему. Хотелось бы обсудить его отдельно, поскольку там всё уже очень запущено и загажено.
Буду признателен за любые замечания, а также за выявление грамматических, орфографических и стилистических ошибок в этом опусе.

Roadmap.pdf Размер:: 1.59мб кол-во скачиваний: 21108

Конструктивные предложения приветствуются. Все неконструктивные замечания и ссылки без комментариев будут удаляться.
В обсуждении принимают участие только зарегистрированные посетители форума.



Для меня лично, наиболее интересное развитие NGS - это секвенирование с параллельным определением метилирования цитозина, без предварительной модификации ДНК бисульфитом. Была не так давно статья в Натуре по этому методу, типа пруф оф принсипл.

ЗЫ: в Адобе можно выбрать оптимизацию ПДФ, размер реально сокращается в разы.





Буду очень признателен за такую компрессию. Адоба не имею. Конвертировал doc-файл через zamzar.com , а там всё без вариантов.



Файл/ы:

Chip_Washing_Station.pdf Размер:: 1.06мб кол-во скачиваний: 701

here you go



Файл/ы:

Roadmap_8_09_2011_1_rs.pdf Размер:: 1.59мб кол-во скачиваний: 1362

Большое спасибо!
Уже заменил Вашим вариантом.




http://www.nature.com/nmeth/journal/v7/n6/...nmeth.1459.html ( http://www.nature.com/nmeth/journal/v7/n6/full/nmeth.1459.html )



Спасибо куратору за предоставление прав модератора.
Ссылки без комментариев буду удалять.
Особенно от незарегистрированных пользователей.



Картинки:




купи быстрый РНК-выделялка кит от Зимо - не пожалеешь



Генсек, когда начнем в нанобол играть?



Если бесплатно, то уже можно начинать. Если за деньги, то нужно немного подождать.



Это иллюстрации к сегодняшнему докладу:

Biomics_2011_.ppt Размер:: 9.48мб кол-во скачиваний: 1804

То же, но для Уфы:

Biomics_2011.ppt Размер:: 9.39мб кол-во скачиваний: 1135

некоторые каммены к "докладу"
ХиСек2000 - 600Гб - Если МедГенетика - это "персональный геном" - то полупроводниковый Ион Торрент никогда его не сделает

Епигенетику тоже забудь на Ион Торренте



HiSeq 2000 в рекордных ранах делает и по 1 Tb, но это - деньги на ветер. Качество чтения при увеличении длины значительно уменьшается. Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Gb. Давно не следил за цифрами.
600 Gb - это нынешний стандарт для всех юзеров, или уровень, демонстрируемый особо скрупулёзными экспериментаторами?

Ion Torrent уже сделал один персональный геном, но для этого потребовалось 1000 чипов. Через пару лет будет достаточно 10...100 чипов, а лет через 5 геномы он будет делать на 1...10 чипах.

Про эпигегетику, вроде, не забыл (см. предпоследний слайд).





"Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Gb." (ц) генсек - Ссылку на сцену , чтоб языком не трепал





ню-ню - геном на одном чипе примерно какого размера в литрах будет "емульшн ПЦР" для такого "чипа" ? посчитай надосуге



При использовании для секвенирования ДНК-наноболлов шаг сенсорных пикселов можно уменьшить до 0,5 мкм. Миллиард таких пикселов занимает поверхность площадью 2,5 см2. Кстати, площадь сенсорной поверхности у чипа Ion 316 равна примерно 4 см2, т.е. на ней может разместиться 1.6 млрд. сенсорных пикселов с шагом 0,5 мкм. Если работать будут не все, а только 1 млрд., то при длине ридов 100 п.о. за один заход можно получить 100 млрд.п.о., а это 33-кратное прочтение генома.

Объём миллиарда ДНК-наноболлов диаметром 300 нм посчитайте сами.





Иллуминовский Геномный Аналайзер (ГА2Х) сейчас делает 100гб за один прогон
Зачем ждать мифические "нацболы" ?





Спасибо за название. Пользоваться западной терминологией не хочется, а сам ничего хорошего не придумал. Пусть будут "нацболы".

Та же презентация, но в формате pdf:



Файл/ы:

Biomics_2011_.pdf Размер:: 1.93мб кол-во скачиваний: 1039

Это из лички: Господин Твердый Знак, чем же я лично Вам так насолила, что Вы каждое мое сообщение орденом Спам обвесили? Или у Вас от ИЛСа несварение? Чем мы обидели Вас?

Дэвушка, у тебя папамама есть...?





не очень-то это красиво, цитировать ЛС.
кстати, на этом самом семинаре любопытно было Солдатов проговорил целый час наверное, нахрен "закопал" всякие солиды и прочие торренты





интересно, что солдатов "откопал" за этот час ?




майсек хвалил, ну и хайсек само собой.
ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике




Понятное дело, каждый кулик (исправлено) ... или по другому ... а вшивый о ... праально

слишком раздутые "научные кАмпании" отвлекают средства от основной науки - вот что меня бесит в последнее время...

В детстве, помню, читал на каком то плакате и врезалось "Богат багет, а корма нет " - устами говорящей коровы.

Такие времена-с..., пардон за плагиат.





Эх... если б это было единственным поводом для бешенства относительно нашей науки, я был бы счастлив
Есть вещи существенно более неприглядные.
Ладно, это уже не про технологии секвенирования, а про некоторые другие "технологии"... Распила и отката.





почему солдатов должен хвалить иллумину, как "шесток" ? у него насколько помню СОЛИД для сиквинирования 1000 геномов




А может его купили илюминаты ...Впрочем, не знаю. Генсек расследует, выяснит и выложит тут эту ценнейшую инфу.




Если бы даже платили мне как футболисту Самуэлю Д"Это, не согласился заниматься подобной наукой - строить из кирпичиков-ридов здания-геномы. Понимаю, что утрирую , но...
Как уже говорил, не интересны "фабричные дела"...





"и советовал всем биологам учиться биоинформатике " (ц) пускай лучше биоинхфарматики учут биологию






http://ifirms.ru/firm/44843 ( http://ifirms.ru/firm/44843 ) ))))))))))))



а что правда, в России уже есть ИонТорренты? интересно, у кого и для каких целей?





вчера с одной дорожки ХиСека получил 185 миллионов 50 бп РНК-Секов ридов для "генекспрессии" - сколько нужно чипов торрента на этот експеримент ?




Более управляемую фрагментацию ДНК делаю ПЦР-ом, причем с пришитыми "чем надо". Единственный продолжительный этап - RCA...
По Генсеку полчаса-час, но на самом деле намного больше - до 10 часов.
По моим рассчетам, с пробоподготовкой можно уложиться в рабочий день.

Космонавтом быть хочу,
Пусть меня научат.





попробуй пофрагментировать хроматин пошитый формалдегидом для Чип-Секов - получишь райское наслаждение




http://www.jbc.org/content/early/2011/05/0...8.abstract?etoc ( http://www.jbc.org/content/early/2011/05/09/jbc.M111.220178.abstract?etoc )



Вообще-то хотелось сказать немного другое . И даже казалось, что получилось. Ан нет, судя по пересказу .





Я хотел сказать нечто более интересное (более рискованное утверждение). По моему мнению, Applied Biosystems уже решила, что гонка Illumina/SOLiD проиграна. И на сегодня это самый существенный фактор при сравнении машин Illumina и SOLiD.
PS. К Ion Torrent это не относится, и про него я почти ничего не сказал, так как опыта работы с этой машиной у меня нет. Кстати, интересно, что в гонке, опережающей закон Мура, ABI решила поставить на "электронную" машину.



#######################



Ещё сильнее недолёт. Судя по пересказу, я посоветовал всем быть красивыми и здоровыми.

На самом деле, когда я говорил о биоинформатике, то сравнивал нынешнюю ситуацию со временем появления массовых персоналок. Тогда тоже многие считали, что им удасться отвертеться от основ работы на персональном компьютере. Сейчас практически все базовыми навыками владеют.

То же самое, по моему мнению, будет с биоинформатикой (для биологии) и прогностической/превентивной медициной (для медицины). Независимо от индивидуальных предпочтений, через сравнительно короткое время все будут владеть базовыми навыками. А совет был -- заняться этим заранее, чтобы знания, которыми так и так придётся овладеть, были плюсом в карьерном росте.



Редактор - а какой такой чип-сек программой получил всего 89 пиков на геном?

Вроде это мировой антирекорд ?

http://www.jbc.org/content/early/2011/05/0...8.abstract?etoc ( http://www.jbc.org/content/early/2011/05/09/jbc.M111.220178.abstract?etoc )






Первый раз увидел эту статью сходив по Вашей ссылке. Но очень удивлюсь, если Marie-Laure Yaspo выпустила в печать явную ерунду и Ваше глумление оправдано





ну как -- сказали, что унего пока низка производительность, и что он не делает paired end чтения. Если это не называется "закопать", то что тогда называется

Насчёт биоинформатики согласен, неправильно передал нюансы.




По производительности Ion Torrent и MiSeq очень близки и оба сильно отстают от больших братьев (SOLiD и HiSeq).

Paired end чтения в предлогаемом комплекте Ion Torrent нет, но я не понимаю, что может помешать переворачивать цепь так же, как это делается на Illumin'овских платформах. Скорее всего это либо маркетинговое, либо патентное затруднение. В обоих случаях, можно наладить прямо у себя в лаборатории.





В сентябре пришли 3 шт. в Москву. Точно не знаю, но, кажется, в Геноаналитику, в Центр биоинженерии и в МГУ. В ноябре должен прийти один в Калининград. Ещё скоро один должен появиться в Новосибирске (тендер уже завершён). Возможно, это ещё не всё, но больше ничего не знаю. Буду признателен за дополнения.





Мисек удобно для быстрых прогонов например для Чип-Сек - чтоб потом на Хисеках не получать "удивительные резалты"




Тебе подавай только экстрим...для наслаждений.
С таким же успехом может не справиться и ДНК-аза. Впрочем, не знаю...





Основное различие в том, что NGS-технология, используемая в MiSeq, уже приблизилась к пику своего развития, а полупроводниковое секвенирование только набирает обороты и его потенциал ещё далеко не исчерпан.





А несуществующая технология Васи Пупкина даже ещё не начала растрачивать свой потенциал. Выходит, она вообще самая крутая.

Если разновариваем, то может будем придерживаться "обсуждаемых" аргументов?





И не только, есть ещё применения. Но, Вы правильно указываете, что малые и большие машины -- совершенно разные аппараты с отдельными областями применения.

Мы и Сенгеровским сиквенсом довольно часто пользуемся. Это же не повод начать говорить, что он "лучше" или "хуже" NGS.



Во ! что и постоянно талдычу
Ложка - к обеду, разные задачи - разные приборы!



http://www.mdc-berlin.de/en/news/2011/2011...s_bu/index.html ( http://www.mdc-berlin.de/en/news/2011/20110913-chancellor_angela_merkel_presses_starts_bu/index.html )

))))))))))))))))))))))





Тимофееву-Ресовскому подарили ПакБио посмертно



Genome Biol. 2011 Aug 25;12(8):125. [Epub ahead of print]
The real cost of sequencing: higher than you think!
Sboner A, Mu XJ, Greenbaum D, Auerbach RK, Gerstein MB.
Source

Program in Computational Biology and Bioinformatics, Yale University, New Haven, CT 06520, USA. mark.gerstein@yale.edu.
Abstract

ABSTRACT: Advances in sequencing technology have led to a sharp decrease in the cost of 'data generation'. But is this sufficient to ensure cost-effective and efficient 'knowledge generation'?

PMID:
21867570
[PubMed - as supplied by publisher]





Для доступа к этой статье требуется подписка. Не сможете ли поделиться текстом?



Скинул в личку.



Здесь можно прослушать целую лекцию на тему "Evaluating Ion Personal Genome Machine Sequencer":
http://www.youtube.com/watch?v=dWpLrUQ_0es...layer_embedded# ( http://www.youtube.com/watch?v=dWpLrUQ_0es&feature=player_embedded# )!



http://2429-genomeweb.voxcdn.com/illumina-...e-tools-vendors ( http://2429-genomeweb.voxcdn.com/illumina-news-drags-down-stocks-life-science-tools-vendors )

http://www.reuters.com/article/2011/10/07/...ype=companyNews ( http://www.reuters.com/article/2011/10/07/us-genesequencers-idUKTRE79655D20111007?type=companyNews )

http://www.biospace.com/news_story.aspx?St...D=235234&full=1 ( http://www.biospace.com/news_story.aspx?StoryID=235234&full=1 )





И что?





ничего - похоже в России слишком много приборов для сиквинирования "геномов русских"

пора сокращать клиентов





http://www.i-gene.ru/faq#ans_%D0%A7%D1%82%...%93%D0%B5%D0%BD ( http://www.i-gene.ru/faq#ans_%D0%A7%D1%82%D0%BE_%D0%B7%D0%B0_%D0%B8%D1%81%D1%81%D0%BB%D0%B5%D0%B4%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D0%BF%D1%80%D0%B5%D0%B4%D0%BB%D0%B0%D0%B3%D0%B0%D0%B5%D1%82_%D0%9C%D0%BE%D0%B9_%D0%93%D0%B5%D0%BD )



Попытаюсь угадать ход Ваших мыслей.

Первая серия ссылок касалась падения на 6...7% стоимости акций компаний, конкурирующих на рынке приборов и услуг NGS, и о небольшом сокращении персонала в Вашингтонском геномном центре. Основные причины - урезание бюджета NHI, выделяемого на научные разработки, а также сезонные колебания затрат на НИР в III квартале (период отпусков). Последняя ссылка - на российскую компанию "Мой Ген" (Геноаналитика), пытающуюся "обувать" лохов при помощи гибридизационных ДНК-чипов на 5 тысяч SNP (Illumina) и типирования их "Здоровья" и "Происхождения".

Из всего этого делается вывод о том, что в России слишком много секвенаторов.

Правильно ли я Вас понял?





1. ну не 6-7 % , а в этом году 40-80 %

2. дешевых халявных госденег на "геномы русских" не будет - поетому это "не сезон отпусков"

3. ГенноАналитика вроде имеет : Ион Торрент , СОЛИД4 и ГА2Х и позиционирует себя ,
как "провайдер НГС сервисов" - но "ценники за услуги" не лезут ни в какие ворота

Итого - в России приборов много , но нафиг они кому нужны за такие деньги ?




Ход мыслей, конечно, интересный...
Если существует и процветает (а может и нет ) Геноаналитика - значит ЭТО кому-то нужно!? Я не про звезды, которые на небе...





Виноват. Был не прав.
-6...7% - это "температура в среднем по больнице".
За сентябрь стоимость акций упала весьма ощутимо:
Pacific Biosciences - -54,66%;
Complete Genomics - -35,21%;
Illumina - -21,46%;
Life Technologies - -8,5%.
Caliper - +39,23%.

http://www.persistentchange.com/companies/...h-months-tools/ ( http://www.persistentchange.com/companies/rough-months-tools/ )

Обвал стоимости акций у PacBio (PACB) и у Complete Genomics (NASDAQ:GNOM) был вполне предсказуем, причём предсказывался ещё 4 года назад. Удивляет только, что они продержались так долго. Возможно, эта паника отразилась и на "ближайших соседях", хотя свой вклад внесло и снижение финансирования NIH (~1%), и сезонный фактор. Но не стоит преувеличивать влияние нестабильности финансового рынка на развитие NGS.
Объём рынка секвенирования ещё 2...3 года будет медленно но верно расти (на 20...30% в год), а после перехода NGS с академических задач на решение прикладных проблем (Clinical NGS) может резко увеличиться (в 10...100 раз).

Кстати, о Clinical NGS:



Файл/ы:

Clinical_Next_Gen_Sequencing.pdf Размер:: 20.84к кол-во скачиваний: 650

"а после перехода НГС с академических задач на решение прикладных проблем" (ц)

Даеш НГС в каждую поликлинику ! Ударим автопробегом по ....

"Рогаев Е. Генетические факторы и полигенные модели болезни Альцгеймера "

Похоже ХиСек 2000 у Рогаева долго не освободится от пациентов

http://www.asna.ru/med_info/news/med/58 ( http://www.asna.ru/med_info/news/med/58 )





Попытался разобраться с ДНКазной фрагментацией. Похоже, "фрагментаза". используемая для пробоподготовки у PGM - это NEBNext® dsDNA Fragmentase™:
http://www.neb.com/nebecomm/products/productM0348.asp ( http://www.neb.com/nebecomm/products/productM0348.asp )
Является смесью рекомбинантных ДНКаз из Vibrio vulnificus и фага T7. Расход на пробу - ~2$

Что касается dsDNA Shearase™, предлагаемой компанией Zymo Research, то по всем параметрам она напоминает ДНКазу Serratia marcescens, известную также как "Benzonase". Расход на пробу копеечный.

В старину валялся у меня в холодильнике пузырёк ДНКазы Sma отечественного производства. Интересно, сейчас её у нас чистят, или и это захирело?





обычный ултразвук "horn cup" в еппендорфаг за 10 минут все делает прекрасно

http://genomics.med.tufts.edu/documents/pr...els_and_PCR.pdf ( http://genomics.med.tufts.edu/documents/protocols/TUCF_Tips_for_Gels_and_PCR.pdf )





Только после ультразвука нужно ещё концы "тупить".




http://www.fermentas.com/en/products/all/m...-dna-end-repair ( http://www.fermentas.com/en/products/all/molecular-cloning/kits/k077-fast-dna-end-repair )



Спасибо за ссылку. Неплохая смесь:

Но после ультразвука часть 3'-концов будет фосфорилирована. Как с ними посоветуете бороться? Добавить предварительную фосфатазную обработку с инактивацией фермента перед затуплением концов?
А нельзя ли попроще?



вроде 3-фосфатаза уже в ферментасовсском ките ?

"НГС звуковые мойки" подорожали до 20.000 евров

http://www.diagenode.com/en/catalog/equipm...ruptor-ngs-2277 ( http://www.diagenode.com/en/catalog/equipment-1/sonication-device-6/bioruptor-reg-sonication-device-47/product/bioruptor-ngs-2277 )





Виноват. Проглядел. Не знал, что полинуклеотидкиназа обладает 3'-фосфатазной активностью. Век живи - век учись!

"Мойки", действительно, дороговаты . ДНКазная фрагментация, не требующая затупления, явно лучше . Но лично мне больше нравится ПЦР-фрагментация. Для неё вообще почти ничего не нужно, да ещё и адапторы сразу пристыковываются.





мне для хроматиновых Чип-Секов только ультразвук подходит





А чем ДНКазы хуже?



а что такое ПЦР-фрагментация?





днказы в закрытый хроматин не лезут , "ДНКз1 гиперсенситиве сайтс" мне картировать не нужно
трансфаки ДНКазы могут "отфутпринтить" до фрагментов 10-15 бп -
ну и как сиквинировать 10 бп вставки ?





PCR-фрагментация ДНК / Л.А.Железная и др. // Биохимия. – 1999. – Т.64, вып.4. - с.447-453.




Я об этом предупреждал...





генсек - твой бзик по "ускорению -удешевлению" производства НГС библиотек - не имеет смысла даунстриим "биоинформатик боттлнек" - угробит все твои "наноболы" и Ионы Торренты




По Железной - очень громоздко и нерационально. Был еще в те годы и DOP-PCR (термин можно использовать в поиске).
Примерная схема, как я планирую:
1. ПЦР, двухстадийная,
2. рестрикция очень крупно (редко),
3. очистка продукта,
4. лигирование,
5. RCA.
1 раб. день. Если даже два - не принципиально... Готовые ДНК наноболы для желающих "поиграть в новую игру".

Но любителям экстрима (модификация ДНК формальдегидом и прочей годостью) - не пойдет сходу, надо помучиться, как положено.





за 10 минут 1% формалин сильно не гадит и классическая "Лигейшн Медиейтед ПЦР" прекрасно делает Иллуниновские библиотеки





Геном Неандерталца однако отсиквинировали - а ето тебе не формалин




Ну тогда тебя тоже берем в команду "наноболистов" !.

Надо будет почитать на досуге как иллюминаты свои библиотеки делают, но уже в деталях.




Но мой взгляд там матрица попроще, "модифицирована" ДНК-азами и кислородом..
Кусочки нормальной ДНК, но оооочень короткой...





делают по Булату и Велшу - два длинных арбитрари праймера 60нт А и Б ПЦРят только фрагменты с разными концами : ) одинаковые хвосты А-А , Б-Б "спрессируются" по Еврогену и Ко




http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...?tool=pmcentrez ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC328887/?tool=pmcentrez )



Учитесь у классика!



Картинки:


сайз-селекшн посли лигирования этих дудацких иллуминофских Y-адаптеров я не делаю особенно когда всего 5 нанограмм чип ДНК

отПЦРил , а уж потом "сайз-селекшн"



http://www.sumobrain.com/patents/wipo/Meth...2010064040.html ( http://www.sumobrain.com/patents/wipo/Method-use-in-polynucleotide-sequencing/WO2010064040.html )



http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P.../ukmss-4024.pdf ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2664327/pdf/ukmss-4024.pdf )





Генсек - займись производством китов для Иллумины - намного полезней чем из Новосибирсского синтезатора олигов делать восьмиканальный Ион Торрент

http://www.biooscientific.com/NGSProducts....on%20Sequencing ( http://www.biooscientific.com/NGSProducts.aspx?itemId=4&CName=Next-Generation%20Sequencing )



русская компания "Хеликон" увеличила производительность Иона Торрента до 100 миллионов "чтений"
http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?I...ELEMENT_ID=4334 ( http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?IBLOCK_ID=4&SECTION_ID=550&ELEMENT_ID=4334 )




Завидуешь? Все еще впереди.




chemu zavidovat' - tomu, chto rebyata iz helikona ne otlichayut chteniya ot nukleotidov?





Генсек - из вот этой Российсской штуки за полдня производится американский Биораптер ценой 20000 евров
переверни его вверх ногами и насади стаканчик подключаемый к 4 градуса циркулируюйщей водяной помпе

получиш суперприбор для создания библиотек для NGS

http://www.petsonic.ru/uzo-02-02-01.shtml ( http://www.petsonic.ru/uzo-02-02-01.shtml )





Производительность Ion Torrent сейчас на 314-м чипе составляет от 10 Мб (максимум сейчас до 100Мб), 316-м чипе от 100 Мб (максимум сейчас до 600 Мб), 318-м чипе от 1 Гб (анонсирован будет в конце этого года). https://www3.appliedbiosystems.com/cms/grou.../cms_094139.pdf ( https://www3.appliedbiosystems.com/cms/groups/applied_markets_marketing/documents/generaldocuments/cms_094139.pdf )
Скоро будут Paired End чтения, при этом длина чтения фрагментов больше 400 нуклеотидов: http://www.iontorrent.com/lib/images/PDFs/...ppnote_v12b.pdf ( http://www.iontorrent.com/lib/images/PDFs/pe_appnote_v12b.pdf )







Картинки (кликните, чтобы посмотреть полноразмерную):


генсек - найди 10 различий с твоей картинкой

http://genomics.med.tufts.edu/documents/pr...eq_Adapters.pdf ( http://genomics.med.tufts.edu/documents/protocols/TUCF_Understanding_Illumina_TruSeq_Adapters.pdf )





Различий практически нет. Просто из протокола Illumina выброшен один ненужный этап, для чего пришлось немного изменить праймеры.

Читал протоколы пробоподготовки SOLID. Поражают изобилием ненужных манипуляций. То же самое наблюдается и у Illumina. Клиенты терпят, поскольку боятся экспериментировать. Очень уж дорого стоят стандартные киты. А если кто-то и отваживается что-нибудь слегка модифицировать, то это выдают за принципиально новый подход, да ещё и патентуют. Дурдом!





Вы были правы. Приношу свои извинения за ошибочную информацию. Производительность HiSeq 2000 весной должна была возрасти до 600 Gb. Правда, с выпуском новых наборов, если не ошибаюсь, была какая-то заминка. Впрочем ошибаюсь я всё чаще и чаще. Сосуды головного мозга прочищает водка, а столько, сколько нужно, мне уже не выпить.

600 Gb HiSeq Reagent Kits:
http://www.illumina.com/documents//product...seq_systems.pdf ( http://www.illumina.com/documents//products/brochures/brochure_truseq_v3_advancements_for_hiseq_systems.pdf )





Ну вот тут в соседней комнате 510 ГБ получили
А уж какие у них версии реагентов я не знаю
Надо спросить





ну очень содержательный комментарий!
мне неясны только три вопроса:
1) при чём тут рна-сек и чип-сек?
2) при чём тут Гельфанд?
3) при чём тут я? я так, мимо проходил....





Проект для России. Кто первый будет ругаться?



Файл/ы:

puzzle.pdf Размер:: 528.08к кол-во скачиваний: 1963

Вы знаете ... я бы вам посоветовал не гонятся за людьми у которых денег куры не клюют и сосредоточиться на чем-нибудь альтернативном с высоким ПиАр выхлопом.
Вы же вроде там где-то в Пущино обитаете? Так вот сейчас в мире пошла волна спроса на оборудование для биологов-любителей, к примеру [ Open PCR project ]. Рзебята из Штатов собрали за 2 месяца 12 000$ с миру по нитке [ Kickstarter] и сделали допотопный Пущинский ПЦРник и продают его за 600$... по всему миру. Можно купить набор сделай сам а можно и уже собранный вариант.

Вам бы там заняться бы дизайном и мелким производством наборов Сделай Сам ну скажем секвенаторов расчитанных именно на любителей. Вот он там что-то от-ПЦРил на той самодельной мыльнице и естественно хотел бы и отсеквенировать. Но на рынке нет пока секвенатора для любителей.... вот вам и ниша .... 2-3 тысячи клиентов по миру наберется. Практически все кто купили этоит ПЦРник захотят и секвенатор прикупить.... но цена должна быть очень низкая , пусть даже и качество не лучшее....

А тот факт что прибор из России только прибавит популярности в этой среде био-хакеров. Они его сами до ума доведут и будут этим жутко гордиться.



Очень дельное предложение!



Да не то слово что дельное.... Мне издалека все гораздо виднее чем на местах... :-))

Кстати вам для производства понадобитсся станок - лазерный резак и 3D принтер тоже. Чтоб можно было просто даже дизайн продавать с какими-то ключевыми компонентами вашего производства. Сейчас все так делают.

Лазерный резак штука невыгодная, у нас например в центре технологического творчества молодежи одна минута работы его стоит 1 евро. То есть сделать красиво кубик из 8мм оргстекла 20х20х20 с кучей всяких там дырочек и прорезов обойдется в 60 евро. но если его купить и обслуживать за счет института ... то вполне можно дешево вещи делать.



Нда... А до секвенирования a la rus еще не дошли?



Хорошо бы сделать любительский секвенатор на 300-500 бп.... в пределах $1000 с каким-то невероятно дешевым набором реактивов ( возможно что не особо чистых ) ... Пусть низкокачественно но все по-настоящему.... чтоб был худо-бедно результат. И естественно никакой радиоактивности. Вполне можно можно будет небольшой личный бизнес организовать на этом проекте. Но естественно без налогов и всего прочего.... любительский такой бизнес.



Основной рынок для подобной продукции - это совсем не Россия - поэтому дороже чем за 1000 не пойдет. Вообще американские школьные бюджеты на мелкое оборудование не любят цифру выше $600, тогда как азитаские бюджеты вполне потерпят и 1200.



В принципе набор Юный химик тоже не обязательно сразу все нужные результаты выдавал... А пластмассовый секвенатор на брелке? Или Кен и Барби секвенируют ДНК мамонта - игра для юных мериканских дебилофф.

Меня больше статья и Азия интересуют.



Даже статья скоро своя будет, скорее со-творчество.



Да далась вам эта статья.. господи право... у меня их вполне достаточно. Ценности в них никакой нет. Профессором мне все равно не быть уже. Убитое время. Лучше право бы еще 10 лет назад бы занялся бы чем-нибудь другим.



Запросто профессором можно... Но только молчите о намерениях. ))





Как-то так?



Файл/ы:

Open_SEQ.doc Размер:: 227к кол-во скачиваний: 1112

Во, прекрасная заявка , и главное понятная.... и я так подозреваю что вы уж увидели целый фронт работ в этом направлении. Станете миллионером - не забудьте про меня , бедного художника из Бельгии.

Лучше всего было бы начать с переделки какого-нибудь существующего прибора в секвенатор... Ну например из ДВД-драйва. Придумать какой-нибудь одноразовый диск со спиральной электрофоретической дорожкой.... типа капнул туда образец в центр , положил на металлическую пластину на льду , подключил к электричеству и через пару часиков вставил в ридер и оппаньки - вот вам сиквенс, 300 бп. Достаточно для начала подробно обосновать дизайн, то есть как это будет работать... с небольшой флеш-анимацией естественно, а уж потом собирать общественное внимание и народные пожертвования на реализацию опытного образца. Вообще тема биохакерства в России пока плохо разработана.... тут вполне есть куда развиваться да и заграница в этом деле весьма благосклонно настроена на помощь.
Почему бы не сделать Пущино центром биохакерского двожения в России? Представляете себе Первый Международный Сьезд Биохакеров в маленькой подмосковной деревушке куда раньше иностранцу без спецразрешения нельзя было и носа сунуть. Человек 30-50 если собрать то и уже событие прогремит на весь мир.

Целые геномы любителям сиквенировать нахрен не надо, а вот какой-нибудь полиморфизм у себя посмотреть или мутацию - это интересно и занимательно. Вы же знаете сколько медики берут за подобные анализы..... а все потому что лицензионные методики запатентованы. Вот уж где раздолье для биохакеров. Я уж молчу об юных Шерлоках Холмсах которым такой аппарат на дому весьма был бы интересен.....по-вполне понятным причинам. Взорвем нахрен весь этот жадный мир патентов и лицензий.... всех на Волю....



когда цена секвенирования генома упадёт до 1000 баксов, смотреть у себя отдельный полиморфизм или мутацию будет уже никому не интересно. Так что лучше уж сразу стараться думать о полногеномном масштабе.



А вот и ничего подобного. Конечно уже и сейчас можно отдать образец в центр секвенирования и получить результат через 3 дня за 30 баксов.
То есть самому возиться с секвенатором и реактивами уже нет коммерческого смысла.

Но движение биохакеров совсем не об этом.... это совершенно отдельный рынок. Это любители, хоббиисты...Это другая параллельная вселенная. Там действуют другие мотивации и другие законы.

Низкая стоимость - это необходимое но не достаточное условие. Главное - это открытая ахитектура, возможность залезть внутрь и покопаться там и добавить что-то свое и в конечном итоге рассказать об этом улучшении дизайна и получить одобрение общества таких же любителей. По сути - это параллельная научная деятельность, которая абсолютно свободна от финансовых ветров на рынках и от ограничений прав интеллектуальной собственности.



кстати вслед за секвенатором имеет смысл взять старый советский еще олигосинтезатор ручной и переделать под этот рынок. Пусть там будет максимум длину 30 букв можно сделать, но это нужно будет делать вручную и долго чтоб почувствовать процесс, как в старые добрые времена.

Качество тут тоже непринципиально. Вполне можно открыть небольшое предприятие по выпуску таких любительских синтезаторов в виде наборов - Сделай Сам и наборов реагентов к ним....


Если цена укладывается в некие рамки то огромное количество людей купят просто чтоб своими руками попробовать что это такое.... Просто из любопытства и интереса к новому. Постоянно редко кто этим будет пользоваться. Так же и дети теряют интерес к новым игрушкам довольно быстро, потом их разламывают чтобы посмотреть что там внутри и опять хотят что-нибудь новое.



с этим я вполне согласен.



В одиночку с этой задачей не справиться. Придётся привлекать спецов, а они обычно работают за деньги. Где брать деньги?



Найти кого-то, кто хочет это делать, и написать совместный грант.



Плотник никогда не исправится - отвлекает занятых людей от "финансовых ветров".



В одиночку с этой задачей не справиться. Придётся привлекать спецов, а они обычно работают за деньги. Где брать деньги? ........

Ну вы посмотрите где эти два паренька которые ПЦР в жизни не видели взяли деньги на свой проэкт старого ПЦРника ... собрали с народа на специальном сайте который именно для таких случаев и предназначен. Поэтому нужен просто американский партнер в проект, ибо иностранцам там на сайте денег не собирают, увы. Вот такие вот они американские патриоты.


Деньги можно взять в банке..... банки именно для этого и существуют чтобы давать деньги в долг с риском их невозврата в случае неудачи со старт-апом.

Тем более сейчас банки они все вообще сильно провинились перед обществом и должны как-то искупать свою вину.... и давать деньги на всякие такие вот общественно-полезные работы, практически бесприбыльные.



кстати Генсек... вот тебе хороший проэкт - организовать ФабЛаб в Пущино.... как раз именно под проектные работы на биохакерское оборудование.

..........................

Центр научно-технического творчества студентов в ближайшее время появится в Томском государственном университете систем управления и радиоэлектроники (ТУСУР), сообщает официальный сайт вуза. Планируется, что в рамках этого центра будут работать две лаборатории – проектная с выходом на инженерный центр и программно-аппаратная для создания конструкций моделей. Затем их будут испытывать на специальном полигоне.

Для реализации задуманного в лабораториях планируется установить автоматизированные рабочие места проектировщика кибермоделей, являющиеся собственной тусуровской разработкой, а также американскую лабораторию прототипирования Fab Lab, модификацию производственной лаборатории. С их помощью студент в виртуальном и реальном пространстве сможет создать вполне реальный проект от начала до конца.

Как надеются в руководстве университета, возможность такого проектирования на моделях во многом заменит нынешним студентам практику на производстве на реальном оборудовании и сформирует у них первые навыки проектно-конструкторских работ.





Мы не сделали скандала - нам вождя недоставало.
Настоящих буйных мало - вот и нету вожаков.
Но на происки и бредни сети есть у нас и бредни,
И не испортят нам обедни злые происки врагов!





комп -ниже тонны баксофф геном не упадет даже для бактерий





Цена экзомов упала ниже тонны баксов:
https://www.23andme.com/exome/ ( https://www.23andme.com/exome/ )
http://bgiamericas.com/human-exome-sequenc...-at-999/exome2/ ( http://bgiamericas.com/human-exome-sequencing-staring-at-999/exome2/ )




сиквинс плюс биоинхфарматика пока ниже тонны не падает





даже на хисеке2000 в мултиплексе в одну дорожку врядли менше 1000 баксов будет один прогон



Где Ген-сек-то?
Я уже сам заинтересовался своей идеей со спиральными дорожками на пластиковом диске в которые можно заливать гель , прогонять форез и считывать лазером результат используя переделанный немного ДВД-драйв.

Такую дорожку можно выжигать обычным лазерным резаком, он позволяет не только прожигать натериал насквозь но и на определенную глубину канавку делать. ( Можно даже картины рельефные так рисоватЬ) То есть наверное даже можно использовать обычные СД-диски под это дело. Причем диски могуть быть одноразовые. Учитывая микроскопические размеры дорожек то расход материалов будет минимальным. В принципе - это получиится супер-вариант элетрофорезного устройства с готовым одноразовым катриджем. За счет размеров получится весьма превосходное разрешение.... лучше чем обычный аппарат для фореза.

Няа одном диске можно наверное несколько таких микродорожек прожечь и заполнить гелем. Потом надо как-то микроэлектроды подключить, прогнать форез, зафиксировать и прочитать. Это отличный проэкт как раз для того самого амеериканского проекта Фаблаб. Там все есть для такой разработки.





Здесь я. Не волнуйтесь.

С лазерной резкой и гравировкой знаком. Позавчера получил комплект деталей для сборки форетической камеры в одной фирме и заказал ещё один, с повышенной точностью раскроя, в другой. Стоит это в России 20...30 руб. за метр реза + 3...4 руб. за каждый контур. Ваши цены (за минуту) меня поражают.

Сделать прецизионные канавки гравировкой невозможно. После резки края имеют небольшие оплавленные выступы и приходится браться за напильник. Так что лучше мелкие детали формовать штамповкой. И не из дисков, а из заготовок. Любые материалы сейчас вполне доступны.
В общем, если есть желание, то можете повозиться. Мне идея с переделкой DVD в капиллярный форетический секвенатор кажется слишком сложной и не слишком рациональной. Полупроводниковый аналог PGM сделать намного проще.



Ну не знаю, то что я тут вижу ..... суперпрецизионная работа у лазера.... лучше уже ничем не сделаешь. Какие там заусеницы?
А штамповка - это сами-понимаете уже не любительский уровень. это производство.

Тут ведь речь идет не о сиквенаторе как таковом, а о универсальном микро-форезнике с одноразовыми катриджами которым можно и секвенировать и просто результаты ПЦР смотреть. За счет микро-размеров получается дешевизна реагентов.

Идея диска с канавками весьма красиво смотрится. Тем более что ДВДишник ничего не стоит сам по себе, это уже массовое производство, просто софт нужен новый к нему, чтоб он дорожки считывал.



Наверное, у Вас не обычная, а прецизионная лазерная резка. Это, действительно, стоит дороже, но оно того стоит. Так что дерзайте. Только не забудьте, что для микрофорезника потребуются нанолитровые объёмы. Так что наносить пробы лучше электроимпульсом, и не на гель в канавке, а загонять в капилляр. Но тогда зачем городить спиральные канавки? С капиллярами работать проще. В результате речь идёт уже не о DVD и дисках, а о самодельном капиллярном форезнике.



Ну зачем нанолитровые? Почему бы просто не сделать дорожку скажем квадратную или там полукруглую с размерами 1х1х1 мм. Ну или там 2мм.... Это будет что-то среднее между каппилярником и обычным макро-форезом. То есть обьем образца будет 1 микролитр что вполне удобоваримо, никакого электроимпульса не надо. капаем в разрыв дорожки и все .

Тут приятно то что остается простор для пользователя... он может експериментирвать с длиной, глубиной, профилем ... да практически все можно будет менять. Лазер - он универсальный - как нарисуешь ему так и сделает. Тут ведь нет необходимости в сотнях таких дисков.... это же не обычная лаба.
Капиллярник - это целая история.... замучаешься его воспроизводить. да и неудобен он для редких експериментов не требующих прецизионной точноости в результатах.



Я хороших перспектив
Никогда не супротив.

Вам осталось написать проект и выполнить его. Правда, придётся привлекать спецов, а они обычно работают за деньги. Так что ищите деньги.
Или Вы всё собираетесь сделать своими руками, в свободное от основной работы время и бесплатно? Точнее - за свою зарплату, поскольку бесплатно лазерную резку Вам никто делать не станет.



Я практически все делаю в свободное время и за свой счет :-)) Но у меня приоритеты другие пока... Все болЬше научно-художественные гаджеты. А такой проект с ДНК-диском - это для энтузиастов био-хакеров. Вот в том -то и проблема что на свете очень мало людей с кучей свободного времени, хорошим образованием и желанием что-нибудь своими руками делать. У нас тут тоже хрен найдешь кого... Эта ФабЛаб обородованная по-последнему слову мейкерского движения практически пустая стоит..... приходят интересуются , посмотрят на 3Д-принтер самодельный и уходят , а так чтоб вот проекты какие делать , обсуждать с другими, творческие группы организовывать.. ни хрена не идет процесс. Ну разве что лазерный резак приходят часто пользовать.... но не более того.



А нет ли в Вашей ФабЛаб станка для гидроабразивной резки?

Пытался сделать красивую камеру для фореза с корпусом из стекла и потрохами из оргстекла. Со стеклом всё красиво, а вот красиво склеить оргстекло не получается. Все клеи дают на оргстекле подтёки, трещинки, пузырьки и отпечатки пальцев на оптически идеальных поверхностях. Основная причина - кривые руки, но их переделывать уже поздно. Проще переделать прибор. Но тогда детальки нужно вырезать не из оргстекла, а из стекла, и не лазером, а гидроабразивной резкой. Для получения пробных образцов и доработки чертежей нужно неоднократно мотаться в Москву, а мне это уже основательно надоело.



Ну это неа, ФабЛаб - это прототипирование , тут стекло как-то совсем ни к чему.




Генсек, Генсек, аууу ... не отвлекайся на всякие "стекляшки" . Плотника хлебом не корми - дай по...деть...



Почему хлебом? Я давно уже на рис перешел.





"Стекляшки" - это хобби. Отвлекаться на них нерационально, но хобби и не должно быть рациональным. Что касается "плотника", то его художественный склад может оказаться очень полезен для рекламы продукции компании "Clone Torrent". Да и представительство в Евросоюзе было бы очень полезным. Хороших специалистов мало, а готовых п...деть бесплатно ещё меньше, так что не вспугни мне кандидата на на эту вакантную должность.



С Новым годом!



Картинки:


с новым годом хисеки2000 - не слухайте генсека



Оценка специалистами работы на PGM. Всё лучше и лучше:
http://www.edgebio.com/blog/?p=842 ( http://www.edgebio.com/blog/?p=842 )




я вроде уже тебе говорил - економсиквинирование в швейцарии - 10% дорожки Хисека2000 - 300 еврикофф - какого XXXX солдат на форуме обявы выкладует ?



1. В продаже появился Ion 318.
2. Ion 316 подешевел более чем на 40%.
3. Сервер для PGM тоже стал дешевле на 40%.
4. Доступным стало paired-end секвенирование.

http://find.lifetechnologies.com/ionfirsttwelve/pr ( http://find.lifetechnologies.com/ionfirsttwelve/pr )
https://products.appliedbiosystems.com/ab/e...e2&catID=608847 ( https://products.appliedbiosystems.com/ab/en/US/adirect/ab;jsessionid=1GlNPG1L18LyhxL0pdYKwh3RQT8J9k4S4DqB2lwLJwSTqbK8D0XQ!-1640947589?cmd=catNavigate2&catID=608847 )
http://www.prnewswire.com/news-releases/io...-136921308.html ( http://www.prnewswire.com/news-releases/ion-torrent-delivers-on-unparalleled-speed-simplicity-and-scalability-enabled-by-semiconductor-technology-136921308.html )



Оказывается, PGM со всеми своими чипами (Ion 314 - 1,5 Mp; Ion 316 - 7 Mp; Ion 318 - 12 Mp) уже скоро может устареть. Через пол года должна появиться новая модель - "Ion Proton" (149000$), предназначенная для секвенирования экзомов (чип "Ion Proton™ I Chip" - 165 Mp). К концу года для неё обещают сделать чип на 660 Mp, позволяющий проводить экспрессное полногеномное секвенирование ("Ion Proton™ II Chip") за 1000$.





Между тем Иллумина анонсирует Hiseq2500 и трёхкратное увеличение производительности майсека: http://investor.illumina.com/phoenix.zhtml...6757&highlight= ( http://investor.illumina.com/phoenix.zhtml?c=121127&p=irol-newsArticle&ID=1646757&highlight= )





Немного о Ion Proton:
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=16709 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=16709 )

Опять о нём же.
Демонстрация Ion Proton на выставке CES 2012 (Consumer Electronics Show 2012):
http://www.youtube.com/watch?v=HidQYCqYwg4 ( http://www.youtube.com/watch?v=HidQYCqYwg4 )



Картинки:




где 318 ?

Протон1 с 165 лимонов ячеек это очередной миф ?



Интервью Ротберга от 20.01.2012 г.:
http://www.bloomberg.com/video/84660602/ ( http://www.bloomberg.com/video/84660602/ )

Начался приём заявок на Ion Proton:
http://www.dailydisruption.com/2012/01/lif...e-day-for-1000/ ( http://www.dailydisruption.com/2012/01/life-technologies-introduces-the-benchtop-ion-proton-sequencer-designed-to-decode-a-human-genome-in-one-day-for-1000/ )



Картинки (кликните, чтобы посмотреть полноразмерную):


уболтал - куплю ионпротон

похоже на 165 лимонов лунок - 20 лимонов пройдет даже при самых кривых руках

похоже на протона можно впряямую перенести чип-екзо изза индивидуальных адаптеров , а не Y иллумины
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2811%2901351-1 ( http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2811%2901351-1 )

у кого есть планы сделать ChIP-exo протокол на ион-протоне ? поделитесь резалтами

почему мне рекламу на ион-протон шлет инвитроген , а не аби ?

дезайн ион-протона плавно перешел в верити и степана


http://tools.invitrogen.com/content/sfs/br.../cms_039232.pdf ( http://tools.invitrogen.com/content/sfs/brochures/cms_039232.pdf )

генсек , дк что покупать - ион протон или мисек ?





Зависит от задач. Если для секвенирования de novo, то MiSeq. Если для ресеквенирования, то Ion Proton. Но только не из первой партии. Самые первые образцы всегда имеют неноделки.

Правда, всё может быстро измениться. Если у "протона" будет предусмотрено использование дНТФ с удаляемыми арильными блокаторами 3'-концевого гидроксила, то он подойдёт и для секвенирования de novo.



Картинки:


меня начинает смущать количество ридов на новом мисеке и на протоне : 15 миллионов на мисеке против 165 миллионов на протоне ?

тогда РНК-сек и Чип-сек лучше будет на протоне - на мисеке 10 миллионов откартированных ридов маловато будет





Лично мне сейчас покупать ничего не надо. Но очень надо несколько использованных Ion 314. Неужели купить неиспользованные проще, чем найти использованные?



Генсек. мы что купить не можем? Раз такая пьянка, давай купим парочку!
Пользоваться б.у - это же такой... ну сам понимаешь.





Мне ими не пользоваться. Мне их распилить. И желательно побыстрее. А новые будут добираться 2...3 месяца. Да и рука на них не поднимется.





скорее всего - да минимальная упаковка в 4 314-х чипа вроде 800 ефриков ?

Самое интересное Ион Прот6он реально убивает Ион Торрент на корню - скоро Ионы Торренты вместе с 314, 316 и 318 будут дарить в нагрузку

У меня большое подозрение, что Ионы Торренты и 314, 316, 318 - это типичный способ АБИ продавать бета-версии разработок лохам



И это всё о нём (Jonathan Rothberg в Давосе ):
http://business.inquirer.net/41995/davos-w...f-life-in-hours ( http://business.inquirer.net/41995/davos-wowed-by-device-that-reads-code-of-life-in-hours )
http://www.theaustralian.com.au/news/break...y-1226256549591 ( http://www.theaustralian.com.au/news/breaking-news/dna-reader-tipped-to-revolutionise-health/story-fn3dxity-1226256549591 )



Картинки:




Новость дня - появление чипов для PGM на "барахолке" eBay :
выставлены на продажу 4 упаковки чипов Ion 316 (по 4 шт. в каждой).
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 )

Стартовая цена аукциона - 500$ за упаковку (каталожная - 1200$) :
http://www.ebay.com/itm/Ion-Torrent-316-Se...=item3a70294b87 ( http://www.ebay.com/itm/Ion-Torrent-316-Sequencing-Chip-4-Pack-BRAND-NEW-UNOPENED-/250989857671?pt=LH_DefaultDomain_0&hash=item3a70294b87 )





у АБИ очень интересный курс евро/доллар примерно 0.8





в германии 316 кит на 4 чипа - 1380 евриков с налогом будет



Все больше и больше убеждаюсь что проекты по полногеномному секвенированию - мафиозные проекты!
Лохи вовлечены в финансирование "передовой науки", покупая "промежуточную" красиво упакованную какашку! Даром не взял бы...
Пардон, сорвалось.





дк деньги-то народные чего их жалеть




А у меня вот уже 20 лет деньги не народные!





дк вроде некоторые тоже не нанародные деньги Ионы Торренты впервые в стране "запускают в коссмос" Типа Торрент-Фобос

http://www.genoanalytica.ru/ ( http://www.genoanalytica.ru/ )

"Компания Геноаналитика приобрела секвенатор последнего поколения SOLiD 4.

Данная система позволяет получать сиквенсы более высокого качества при меньшей стоимости запуска.Новый оптимизированный набор реагентов и протокол секвенирования обеспечивают более равномерное покрытие генома. Это способствует увеличению производительности и точности получаемых результатов для всех приложений. " ©

)))))))))))


Компания Геноаналитика сможет провести картирование «ридов», определить расстояние между «ридами» на референсном геноме, посчитать статистику по нуклеотидным заменам, коротким инсерциям и делециям, провести SNPcalling, найти пики в ChipSeq эксперименте. " ©

)))))))))))))

"найти пики в ChipSeq эксперименте" ©

Задача ловца: найти черную кошку в темной комнате ..



"итого 0.00 рублей " ©

http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?I...ELEMENT_ID=4334 ( http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?IBLOCK_ID=4&SECTION_ID=549&ELEMENT_ID=4334 )




"Наименование Артикул Цена Кол-во
Personal Genome Machine (Ion torrent) 4462917
ИТОГО 0.00 руб. " ©




Ты можешь дальше ржать...
http://www.genotek.ru/R&D ( http://www.genotek.ru/R&D ) Крутой бижнеш. - деньги народу возвращают.





ну и почем услуги в этой конторке на ХиСеке 2-ООО?




Вам уже возвернули?




тьфу, это не к тому, это был вопрос к Ъ



Мне всегда было интересно узнать о "кругообороте капитала" в таких конторах...
Неужели можно так заработать на продаже расходки и прочей мелочи, чтобы потом можно было легко купить Хай-, Май-, Торент- и Солид - Секи и зарабатывать деньги, оказывая услуги?

А иногда я смотрю на свои кровные, но тоже недешевые приборы, и думаю - лучше бы я купил.... и ....




Это не ко мне, это к Генсеку.





да вы прям как будто не знаете, что они сами ничего не покупали? это ж аутсорсеры.




Ладно, не буду задавать наивные вопросы в прямом эфиры....
Признаться, тоже очень хочется "народные средства возвращать"...



Работайте лучше! Сиквенируйте и моделируйте! Чтобы у меня недвижимость в цене не упала.

Это в прокуратуру уже вопросы.





см. на сайте:
1 дорожка
Иллюмина -54 т.р.
1/4 слайда
Солид 91 т.р.

7 дорожек (ячкйка)
И-326 т.р.
1 слайд
С-217 т.р.

Интересно, что они будут делать со своими приборами после появления Ion Proton.

Кстати, кто там его приобрел?





Сдается мне, что скоро такие машинки будут стоить не дороже обычного секвенатора. А то и амплификатора.





На eBay "наехала" Life Tech. Кажется, за незаконное использование фотографии чипа. Осталось только обсуждение этой истории:
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 )





да никто его там не приобретал, вы чего они просто переправляют образцы за границу.
а ион, хоть торрент, хоть протон - хайсеку не помеха. Ион никогда не избавится от своего первородного греха - ошибок в гомополимерах.






а что, есть такая информация?
И чему могут помешать данные ошибки?




Э-э-э...
Вы описание технологии читали? Технология аналогична 454, с той разницей, что детектируются изменения не света, а pH. Результат немного предсказуем
http://www.edgebio.com/blog/?p=442 ( http://www.edgebio.com/blog/?p=442 )
http://www.illumina.com/documents/analysis...application.pdf ( http://www.illumina.com/documents/analysis_of_inaccuracies_in_ion_torrent_long_read_application.pdf )
Чему помешать - да практически всему, а в первую очередь - де ново секвнированию транскриптомов. Индель в транскрипте ведет к фреймшифту, а фреймшифты ведут к проблемам с аннотацией.





У Ion Proton в реагентном отсеке на картинках видны не 4 (как у PGM), а 8 ёмкостей с реагентами. Не исключено, что они предназначены для дНТФ с блокированными 3'-группами, и уже на следующей неделе (на AGBT) будет анонсирована ликвидация "первородного греха" (ошибок в гомополимерах) . В патентах это уже давно описано .




Гордость распирает, когда знаешь, что не перевелись на земле русской умельцы
или уже не на русской, но все -равно "знай наших!"






интересно скока фреймшифты фигачут РНК-Секи риды в "мусор" ?
На Хисеке я делаю РНК-Секи 50+50 - пока РПКМы правильные для актина и других хаускиперов



РНКа-секи на Торренте не сделать: 100-200 миллионов одноконцевых ридов на одно выделение кДНК замучишся получать



а улучшения в "емульшн ПЦР" ? или уже без "емульшн" ?



на Протоне с 165 миллионов дырок - даже если сильно накасячишь - 20-30 лимонов картируемых ридов наверно останется для Чип-Секов и РНКа-секов



ну для Чип-секов пофиг - риды 40-50 нормально картируются с "2 мисмача"
Вот тут есть суперметод ЧИП-екзо - но он зараза адаптирован под АБИшные СОЛИДы с лигированием адаптеров в два приема
Если его адаптировать на Протоны - то заманчиво
http://www.sciencedirect.com/science/artic...092867411013511 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411013511 )




http://www.huck.psu.edu/about/news-archive...hee-dna-mapping ( http://www.huck.psu.edu/about/news-archive/pugh-rhee-dna-mapping )



Baylor College of Medicine, Yale School of Medicine, and The Broad Institute, have each signed up for multiple Ion Proton™ Sequencers and will be the first customers to adopt this transformative technology.




http://en.wikipedia.org/wiki/Osborne_effect ( http://en.wikipedia.org/wiki/Osborne_effect )



вот интересно, насколько хорош в реальности MinION окажется - его, вроде как, аж прямо в этом году обещают начать продавать за нереально маленькие деньги...





Насчёт этого года звучало довольно невнятно.
Показывали не прибор, а "концепт" - корпус, в котором предполагается размещать и биосенсоры, и минисеквенаторы.
"Нереально маленькие деньги" - это 900$. Только учтите, "прибор" за эти деньги будет одноразовым.



ааа, насчёт одноразовости-то я не увидел. Тогда, конечно, немного менее заманчиво.



вот ещё, из любопытных новостей:
- это Lenta.ru ( http://lenta.ru/news/2012/03/28/seq/ ) <- via physorg.com ( http://www.physorg.com/news/2012-03-molecular-braille-dna-molecules.html ) <- via NYU ( http://www.nyu.edu/about/news-publications/news/2012/03/27/researchers-create-molecular-braille-to-identify-dna-molecules.html ); сама статья должна выйти в JRSIF ( http://rsif.royalsocietypublishing.org/ ).



Спасибо за информацию. Впервые увидел ссылку на свой старый (2004 г.) обзор по пиросеквенированию:
http://molbiol.ru/bio/001/001.html ( http://molbiol.ru/bio/001/001.html )
Наконец-то он хоть кому-то пригодился! Чуть не прослезился.



Работа финансировалась Национальным научно-исследовательским институтом генома человека (National Human Genome Research Institute) в рамках программы поиска технологии, позволяющей осуществлять отдельные секвенирования менее чем за 1000 долларов. По словам профессора Гундлаха, до сих пор стоимость одного исследования измерялась сотнями тысяч долларов, но с новой технологией его можно будет провести всего за 10 долларов и 15 минут.



http://dspace.mit.edu/handle/1721.1/34149 ( http://dspace.mit.edu/handle/1721.1/34149 )





Если я правильно понял из пресс-релиза, анонсируется возможность полногеномного секвенирования. Получается, что стоимость геномного секвенирования в таком случае будет сопоставима с Протоном (вроде-как 1000 долларов). При этом, отсутствует статья "амортизация оборудования" стоимостью 150 килоденег. Выходит, что применение "Миньона" будет дешевле, чем протона. Вопрос только в достоверности получаемых данных. К сожалению, информации о точности предлагаемой методики я не нашёл.





http://www.strf.ru/material.aspx?CatalogId=221&d_no=45900 ( http://www.strf.ru/material.aspx?CatalogId=221&d_no=45900 )





Спасибо за ссылку на очередную сенсацию "нанопорщиков", которую поспешили растиражировать многие сайты. Стараюсь не обращать внимание на подобную ерунду, но очень уж привлекательно всё выглядит у корреспондентов.

Добыл исходную статью в Nature Biotechnology:
http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncu...l/nbt.2171.html ( http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.2171.html )

Msp_phi29_nanopore.pdf Размер:: 746.85к кол-во скачиваний: 403

Изучил . В очередной раз убедился, что в этой области дела обстоят всё лучше и лучше, но результат неизменен - "оно уже мажется на хлеб".



Ну когда уже, наконец, появится гаджет типа глюкометра, чтобы пойти в аптеку и купить?



Очень интересная ссылочка: http://thechart.blogs.cnn.com/2012/04/02/a...enetic-testing/ ( http://thechart.blogs.cnn.com/2012/04/02/a-warning-against-genetic-testing/ )

всем теоретикам и практикам NGS'а рекомендую



статья действительно очень разумная, но не столько "теоретикам и практикам NGS'а" (их дело прочитать геном и обработать данные), сколько потенциальным пациентам и врачам. Причём пациентам даже в первую очередь, потому что основная мысль статьи - "More than just genes contribute to someone getting the disease" - для нормального врача и так очевидна.



Хотел использовать для секвенатора некоторые детали из конструктора Lego. Идея оказалась не новой:
http://bioinformaticscore.blogspot.com.au/...01_archive.html ( http://bioinformaticscore.blogspot.com.au/2011_04_01_archive.html )
http://bioinformaticscore.blogspot.com/201...inion-lego.html ( http://bioinformaticscore.blogspot.com/2012/03/minion-lego.html )
http://thegenomefactory.blogspot.com/2012/...-sequencer.html ( http://thegenomefactory.blogspot.com/2012/03/lego-ion-pgm-sequencer.html )



http://science.compulenta.ru/670901/ ( http://science.compulenta.ru/670901/ )

http://stm.sciencemag.org.sci-hub.org/cont...anslmed.3003380 ( http://stm.sciencemag.org.sci-hub.org/content/early/2012/04/02/scitranslmed.3003380 )



По поводу статьи.
Во первых, никто и не говорил о том, что секвенирование - панацея от всех бед! Как говаривал один умный человек - "не влюбляйтесь (занимайтесь любовью) в метод!" (с) Надо всему знать меру и понимать, что метод - всего лишь инструмент (хороший/плохой, подходящий/неподходящий, достаточный/недостаточный) для решения той или иной биологической задачи. Молекулярщику достаточно помнить, что он в первую очередь биолог и соответственно мыслить, чтобы обезопасить себя от соблазна полностью полагаться на один, пусть и эффективный, но инструмент добывания информации определённого рода.
Ну и во вторых, кто сказал, что нам в настоящий момент известны все мутации, сцепленные с теми или иными болезнями/предрасположенностями/синдромами и т.д.??? То, что известно нам - лишь самая верхушка айсберга, да и та стала нам известна во многом случайно, учитывая серьёзную методологическую лимитированность современной науки. ИМХО, объём новых знаний, благодаря развитию геномного секвенирования будет нарастать лавинообразно и тут уже впору задуматься над тем, сколь эффективно научная общественность сможет использовать такой массив информации...
Звыняйте за патетику, что-то накатило






А хватит ли квалифицированных сотрудников, чтобы обрабатывать такой массив информации? Не пора ли уже начинать их готовить?





Никто не говорил? Совсем-совсем никто? А это что: "Анализ ДНК – ключ к здоровью и долголетию. Генетический анализ – это не только эффективный способ определения индивидуального риска развития заболеваний и переносимости лекарственных препаратов, но и возможность узнать о генетических особенностях поведения, склонностях и способностях человека."


А это, на минуточку, с заглавной страницы одного из спонсоров molbiol.ru





Пожалуй, да, ты прав. Я на самом деле очень хотела запостить эту ссылку в тему с рекламой г-нотека - там это актуальней -, но убоялась окончательного забанивания
Мне как практику статья очень нравится, и она совпадает с моими представлениями - но она полностью поперек мэйнстрима. Так что я решила, что это может быть интересно и в этой теме.





дык уже начали





Это Вы про биофак МГУ?





Я про Петербург
http://bioinf.me/ ( http://bioinf.me/ )

Считаю такой подход более правильным. Все-таки эти люди должны быть в первую очередь математиками и информатиками, а уже во вторую - биологами.




Лаборатория Певзнера? Ну как там ваш сборщик, можно уже им большие геномы собирать?





Я то сам не оттуда, просто знаком с ними. Про сборщик не могу ничего сказать.



Прежде чем радоваться слабой предсказательной способности генетики, было бы правильнее проанализировать упомянутую выше статью на предмет корректности использованных в ней методов.





Сначала советую эту: http://www.nature.com/nature/journal/v483/...ll/483531a.html ( http://www.nature.com/nature/journal/v483/n7391/full/483531a.html )

как опровергнете, приходите снова



Дык я прошла в 2010-2011 эти курсы. И что? Мне предложили работу? На минуточку - биолог, а не программер.





А зачем новые сборщики???
В интернете их навалом. Для неленивых. Поискать никак?
А будет еще больше.

А вот интерпретировать вал информации чисто математических мозгов может не хватить. Нужны биологи.









Создавать программы-да. И только. Для одного этапа работы. Хотя, повторяю, программ, бесплатных и так уже море в интернете.
И не верю, что математики и информатики могут стать биологами.
Скорее биолог освоит программу, созданную математиками-программерами, а потом будет проводить исследования, которые, не способен спланировать человек -программер.





Математики-информатики без биологов могут собрать только геном сферического коня в вакууме С другой стороны, биологи без математиков перед громадой данных NGS вообще бессильны.
Поэтому надо не противопоставлять, а объединяться.



Так вот меня и удивило, что после курсов Певзнера перед биологами мягко прикрыли дверь. Типа, вы нам не нужны, а параллельно проводились некие низкокачественные курсы по мол. биологии, которые якобы должны были чудесным образом превратить программистов в биологов-программистов.
А то, что биолог учится шесть с половиной лет да еще м.б. аспирантура и прочие стажировки т.п. в рассчет не принимается. Думают, так легко и просто.





Куча программ,в том числе для ассемблинга
Список программ ( http://seqanswers.com/wiki/Software/list )

еще
http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/ind...nalysis_Toolkit ( http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/The_Genome_Analysis_Toolkit )
http://www.openbioinformatics.org/annovar/ ( http://www.openbioinformatics.org/annovar/ )
http://www.bio-itworld.com/news/06/23/2011...g-software.html ( http://www.bio-itworld.com/news/06/23/2011/VAAST-potential-new-genome-mutation-hunting-software.html )

А скоро еще появятся программы с user-friendly интерфейсом. И все.
Нужны будут только биологи.



А для биологов в Питере ничего подобного не будет организовано?
Кто будет обрабатывать и интерпретировать "огромные массивы информации"?
Когда уже все user-friendly программы для биологов будут написаны?







Кстати, о Петербурге. Буду очень рад ошибиться, но там всего один сравнительно геномный секвенатор - GS Junior. Да и тот не в самом Питере, а в Пушкино. Скоро ли появятся другие?





биоинформатиков поубивать надо половину или процентов 70

http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1...2164-10-618.pdf ( http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2164-10-618.pdf )





с такими базами будут нужны психиатры
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...35/?tool=pubmed ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3293935/?tool=pubmed )






А зачем нам иммунопреципитация хроматина?
Это же для изучения сайтов посадки факторов транскрипции.






Если проследить кому и на что дали мегагранты - а по биоинформатике в Питере их два (!). Один Певзнеровский, а второй в универе.
То есть надежда еще хотя бы на один прибор в Питере. Если тратить мегагранты с умом, а не только на программеров.




По слухам, Стив оБрайен собрался геном амурского тигра секвенировать интересно, купит ли под это дело свой секвенатор или нет?





Это, наверное, одна из задач. Ему мегагрант аж 5 млн. выделили. А на выходе один геном амурского тигра???




да если хоть это будет сделано. и то хорошо...




там из этих 5 млн можно 60% на зарплату так что хорошо бы хоть один





Убогий результат. А могли бы тоже какие-нибудь курсы и практические занятия для биологов организовать. Мегагрант кончится, а что останется?




Ну а что значит "предложили работу"? А должны были? обычно всё-таки люди работу ищут, а не она их
даже тут на молбиоле есть несколько вакансий, связанных с биоинформатикой и NGS
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505158 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505158 )
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503278 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503278 )

а вот ещё один мегагрантник ищет сотрудников: http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503930 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503930 )

попробуйте туда обратиться, это конструктивней, чем ворчать на Певзнера...



Это Москва.






Если бы такое же, но в Питере.




в Питере, конечно, хуже
НУ вот такое есть: http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505258#1310034 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505258#1310034 )
может, им нужны биоинформатики.
ну и оБрайен. У него проект только-только начался.



Питерских биологов я сама отговаривала от покупки NGSа. По собственному опыту мне представляется, что если денег не бесконечно, а ограничено (грубо говоря, не по 3 млн в год на ближайшее десятилетие), то сначала стоит несколько лет пообрабатывать данные с аутсорсинга, а потом думать, нужен ли себе в лабораторию этот белый слон.

По крайней мере, до той поры, пока секвенирование не удешевят в два раза и оборудование перестанет совершенствоваться каждые полгода.

А что касается биоинформатики, то информатик без знания биологии нафиг не требуется. Пробовали уже. Программы написать могут многие, а как до анализа доходит, тут уже плавание начинается.
Я теперь верю в биоинформатиков с МФТИ и ФББ.
Последнее меня удивляет. До последнего года мне казалось, что они занимаются оторванными от жизни вещами.
Другое дело, что у нас платить им пока немногие могут достойно... Но через несколько лет, когда рынок разовьётся, думаю, они смогут много запрашивать.





нам не надо - за нас все американцы сделают
100 факторов уже откартировали и ни один не совпадает с предсказанными биоинформатиками сайтами
http://genome.ucsc.edu/ENCODE/ ( http://genome.ucsc.edu/ENCODE/ )





вот она предсказательная мощь биоинформатики/-ков.





Про оБрайена ничего не слышно.
На этот семинар конечно же нужно идти.



http://jcm.asm.org/content/50/4/1355.full ( http://jcm.asm.org/content/50/4/1355.full )




http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111...0678.x/abstract ( http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1574-695X.2010.00678.x/abstract )



Важнейший для развития применения технологий секвенирования следующего поколения вопрос - как убедить российское представительство одной крупной биотехнологической компании, что наценка в 3 раза - это СЛИШКОМ!



На февраль месяц вроде бы подсчитали, что дело таки в ценах исходной компании? Апрельские ценники выставили?




а это я не про иллюмину
см. почту.




В Штатах хайсек стоил 600 килобаксов, в России миллион - к иллюмине и к ИЛСу у меня вопросов нет это вам не в 3 раза.





http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=19064 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=19064 )





ну и что ответили ?





А разве не видно?





не видно





Продолжайте наблюдение.



честно говоря, на чисто англоязычном форуме задавать вопрос с объясняющим материалом в виде русского текста - выглядит несколько странно. Да и выяснять детали на тему "Clone torrent" в профильной ветке торрента (куда регулярно заходят представители Life Tech) - это граничит, как говорили раньше, "с особым цинизмом"





генсек - тебе что делать нечего , как мыть отработанные чипы торрента ?
чипы - не самое дорогое , а влететь в задницу на твоем "отмытом чипе" в пять секунд





"Больше цинизма! Людям это нравится!" (О. Бендер)

Честно говоря, статьи читаю на английском достаточно свободно, а вот писать на нём же не могу. При машинном переводе получается что-то неудобоваримое. Буду весьма признателен, если поможете перевести эту страничку.

Что касается Торрентовцев, то отношусь к ним с большим уважением. Ещё больше зауважаю, если они снизят свои цены. И не будут с особым цинизмом гнать свой товар через Европу (+30%) и нашу границу (+30%). При желании эти наценки можно и обойти. Китайцам они поставляют всё напрямую, а наша таможня не берёт мзду ни с медицинского оборудования, ни с уникальных приборов (по Флорентийскому соглашению). Но возиться с этими проблемами не интересно даже нашим людям, поскольку чем дороже секвенирование, тем больше у них навар.

Ну и кто из нас циник?





пожалуй куплю иллуминовсского мисека





Какие +30% + 30% - я вроде тут уже говорила - в три раза цены завышены!
Специально попросила двух коллег, работающих за рубежом, взять КП на торрент у себя там, потом сравнила с тем, что у нас предлагают - ровно в 3 раза.
Бороться с этим можно и нужно, только по-моему, самый верный способ - полный бойкот любой продукции Life Technologies.





если Протон-Ион стоит в германии 140 тонн евров без НДС - то в России он уже будет Хисеком2000



не знал, что всё настолько круто. А у Иллюмины меньше накрутки?




Я шо, я шо, я сама офигела! (с)
Меньше. Хотя итоговая цена получается больше у иллюмины - потому что исходная выше. Но это ещё хоть как-то понятно - они производители, разработчики... А на каком основании в 3 раза завышают люди, которые ничего, кроме перепродажи, не делают, мне лично непонятно.



Я офигел ещё больше, когда попытался разобраться в Ion PGM™ Torrent Server EL.

Оказывается, это вполне тривиальная графическая станция Dell Precision T3500, отличающаяся от базовой комплектации увеличенным количеством HDD (4 шт. по 2 Tb). Её примерная стоимость в местных лавочках составляет около 3 тыс.$, причём значительная часть цены платится за фирменную марку Dell. Отвёрточная сборка обойдётся дешевле. Правда, придётся повозиться с установкой бесплатного программного обеспечения, и эта возня может увеличить стоимость на 1...2 тыс. рублей.

В комплекте с PGM этот уже несколько устаревший настольный компьютер стоит 16,5 тыс.$ (в России - 16,5х3=49,5 тыс.$). Т.е. цена этого сервера для нас завышена в 15...20 раз.

Не обидно быть лохами?



Файл/ы:

Ion_PGM_Server.doc Размер:: 36к кол-во скачиваний: 382

Ion_Torrent_Server_EL.pdf Размер:: 682.44к кол-во скачиваний: 2351

http://bowtie-bio.sourceforge.net/myrna/index.shtml ( http://bowtie-bio.sourceforge.net/myrna/index.shtml )




Уважаемые коллеги, помогите сделать выбор между MiSeq, Junior и Ion Torrent.
Основные технические характеристики (длины прочтения и т.д.) доступны. Анонсы об увеличении длины прочтений Ion Torrent до 400, а Junior до 1000 слышал уже давно.

Однако по некоторым слухам всё даже не так, как декларируется: анонсы никто не выполняет, а технические характеристики не у всех выдерживаются.
Ion Torrent, например, якобы не выдаёт производительности, которая соответствует его техническим характеристикам (фактическая что-то чуть ли не в 10 раз меньше), количество ошибок зашкаливает, а сборка de novo чего-то существенного невозможна. А от заявленных анонсах о чипах и бесконечном апгрейте отказываются.

Хотелось бы получить информацию от тех, кто уже использует такие приборы или знает о результатах их использования: как там всё на самом деле то?





я пока на МисеКа деньги откладую
ну его нафик "емулшн ПЦР"





если МисеК дает 15 лимонов одноконцевых ридов и 30 парных - то для 90% задач - сойдет




я тоже о нём подумываю... но длина прочтений всё-таки не велика.
А про Ion Torrent, к которому чип для прочтении в 400 пн обещали в этом году и который анонсировали как нечто новое, высокоточное и бесконечно развивающееся, слышал что всё уже не так...
Интересно, есть где-то положительные отзывы о работе на нём и у кого он установлен?





я длиннее 50 бп не гоняю





на Мисеке вроде два по 250 бп , что длиннее и Юниора и торрента



Я бы не стала покупать прибор, который меньше двух лет на рынке. Методики не отработаны, реагенты "совершенствуются", сервиса толкового нет.




ну купите себе терцик




Ты ж хотел Пртон прикупить

А я ничего не буду покупать, экономить буду.
Пока не увижу, что на 80-90% смогу зменить расходку на лучшего качества, но собственного изготовления - не могу смотреть сколько денег уходит в никуда с нулевой отдачей!
"Учоние развлекаются"©




то есть никогда





то есть через год. Сделать свою расходку вполне реально. Наверное, опишу это в пятой главе. Пока застрял на второй.



А для Иллюмины????





А для Иллюмины один начинающий биолог (но опытный програмист) уже купил шаговый моторчик и электронные компоненты для его подключения к компьютеру. На него нужно будет насадить селекторный клапан (чертежи переданы в производство), подключить к стоку секвенатора и наладить разделение вытекающих из него отходов на фракции. Правда, потребуется ещё управляющий клапаном проточный детектор и программное обеспечение, так что придётся повозиться. Зато потом самую дорогую фракцию - флуоресцентно меченые dNTP - сможете использовать повторно. Если не для секвенирования геномов, то для коротких ридов, пригодных для диагностики ЗППП и прочей гадости .



Самая дорогая фракция - ячейка все остальное не лимитирует



Это, конечно, хорошо для экологической составляющей производства. Но, по правде сказать, лучше бы свои дешёвые реагенты...
Отщепляющую смесь по-любому нельзя в повторное пользование, да и сканирующую тоже - мало ли чем засорится.
Основной реактив секвенирования собирается из трёх частей: из буфера, нуклеотидов и полимеразы. Смешанный реагент по-любому долго не живёт (ну, дня три продержится, а потом полимераза дохнет и интенсивность всё равно падает, на серьёзных прогонах никто рисковать не будет). Можно, конечно, сэкономить, смешивая в меньших количествах, растянем кит в два-три раза. Хотя... на трёх китах прогнать 300 нуклеотидов... Заманчиво, конечно. На трёх китах, говорят, земля держится, может, и пригодится. Но широкого спроса не гарантирую, разве что небольшие кустарные производства. Диагностику вряд ли кто даст на самопальных механизмах делать.





Вобщето я не для Иллюмины покупал - а для Clone Torrenta, не совсем понял чем он иллюмине может пригодиться. После Torrenta можно и иллюминой заняться, бы были флуоресцентно меченые dNTP



Ну и хорошо. Для Иллюмины вряд ли это будет энергетически оправдано на данном этапе развития прибора.




А для Иллюмины можно было бы сделать наборы для пробоподготовки как минимум. Их и так делают все кому не лень. Но нет, "у русских собственная гордость"




Тааак, эты Вы на что намекаете?







Не пора ли вам познакомиться? Повод, похоже, имеется.




Да я не намекаю, я вполне открыто говорю - российские аналоги наборов типа таких: http://www.kapabiosystems.com/products/nam...reparation-kits ( http://www.kapabiosystems.com/products/name/kapa-library-preparation-kits )
очень бы пригодились. Но почему-то интерес к их разработке проявляют в основном за пределами этого форума, а здесь всё больше обсуждают сиквенсные реагенты.
Мне страшно себе представить человека, который использует б/ушные или самопальные dNTP с новой фирменной ячейкой (а уж её-то повторно использовать или самим сделать точно не получится) - очень беззаботный и/или безответственный должен быть товарищ...




В том то и дело что этот метод получения библиотеки для полногенмного секвенирования - полный отстой, сборная солянка кучи последовательных реакций, на чем можно легко проколоться... Практически, получение библиотеки для КЛОНИРОВАНИЯ по Маниатису....
Есть другая альтернатива - через DOP-PCR c пришитыми линкерами...Конкретику - когда буду этим заниматься непосредственно. Но в свое время перепробовал много протоколов для полногеномной АМПЛИФИКАЦИИ для ... всего, в частности, для СТР анализа. Сейчас не делаю - никому не нужно.
А компоненты для секвенирующей реакции не обязательно на самих ячейках испытывать - существуют другие, "практически беплатные" контрольные реакции... Кстати, суперчистые трифосфаты (не меченые) я уже купил. Бум испытывать после майских пьянок. Вообщем, не так страшен черт... Дайте мне рычаг...

А наивный Генсек решил, что мы с Машей не знакомы. Как ты мог такое пропустить! Но, однако, ты обещал познакомить меня с vtosha.




Да ладно! Это очень простая, надёжная и интуитивно понятная последовательность действий! И это при том, что я не молекулярщик ни разу...

А почему Вы с vtosha не знакомы? Работаете же совсем рядом.





Спасибо за комплименты. И не бойтесь ячеек. Сделать такие же не слишком сложно. Правда, от HiSeq я их не видел, а вот от от GA IIx изучал всерьёз. Даже пилил и фотографировал срезы под микроскопом. И с технологиями сварки стёкол разбирался. Ничего особо сложного там нет. Да и новые ячейки делать ни к чему. Лучше регенерировать старые - промывать пираньей, активировать поверхность АПТЭСом и заново пришивать праймеры. Просто это никому не нужно. Если будете спорить и утверждать, что это нужно, то прежде чем спорить определите, насколько Вам это нужно (на какую сумму?).

Кстати, о ячейках. У секвенатора Mini-20 их будет 20 штук, причём регенерируемых:
http://www.azcobiotech.com/instruments/mini20.php ( http://www.azcobiotech.com/instruments/mini20.php )
Each reusable flow cell is designed to hold a single, isolated sample so there is no need for batching or barcoding, thus eliminating the chance for sample contamination!



Файл/ы:

MINI_20_Sequencer_Brochure_032612.pdf Размер:: 2.02мб кол-во скачиваний: 796

ъ, если рядом работаем, может, мы уже знакомы, просто об этом не знаем? Мало ли, скажем, столовая в математическом центре...

Ну на новой фирменной ячейке не рискнула бы. А вот старые фирменные давно просроченные ячейки у нас вполне есть. Что характерно, работают, проверили месяц назад, только ПО к ним нужно ихнее, старое тоже. И у курчатника, чует моё сердце, таких хватает.

Наборы для пробоподготовки - это да, это не повредило бы, хотя... если они не будут стоит дешевле НЕБовских, то зачем бы они нужны? НЕБ на 50 образцов - около 60 тысяч без адаптеров. Если российский будет столько же стоить, будет ли он конкурентно способен? Там всё-таки полтора десятка пробирок наберётся. Если с адаптерами будет, то однозначно станет конкурентно способен.

Кстати, в секвенирующих китах, между прочим, только нальгеновские баночки стоят по 7 тысяч рублей на человека. Четыре баночки - тридцать тысяч. Из примерно 90 тысяч современной российской стоимости кита.




C адаптерами, естественно, иначе какой смысл. А конкурентно способен будет как минимум из-за сроков. Сколько тот NEB к нам везут? Месяца три


Это что ещё за баночки?





там из этих 5 млн минимум 60% улетает на накладные расходы в лице админаппарата универов, которые будут задействованы в этом проекте. такова бухгалтерия любых научных проектов в академнауке Штатов, да и не только их. это к разговору о величине гранта у Стивена О'Брайена. так что реальные размеры грантов - вполне вменяемые.





http://www.illumina.com/Documents/products...seq_nextera.pdf ( http://www.illumina.com/Documents/products/appnotes/appnote_miseq_nextera.pdf )




http://www.illumina.com/systems/miseq/feat...esearchers.ilmn ( http://www.illumina.com/systems/miseq/featured_researchers.ilmn )






Кому-то накладные доходы, а кому-то отрабатывать грант.





http://genomebiology.com/content/pdf/gb-2010-11-12-r119.pdf ( http://genomebiology.com/content/pdf/gb-2010-11-12-r119.pdf )





А, всё забываю, что у вас фасовки другие. Баночки, в которых буфера. Мы как-то думали, чтобы их закупить (типа, чтобы промывать каждый раз в свежих), но потом узнали цену и призадумались.




Ну вот, это уже движение в сторону "неварварских" методов...




Речь о пустых поликарбонатных налгеновских баночках?
Чем же силиконизированный полипропилен хуже?



Была не так давно статья в Натуре по этому методу, типа пруф оф принсипл.





все новое - хорошо забытое старое
"транспозанию" - 1000 лет и 3 года





вообсчето - это метод Горышина из ЛИЯФ
http://www.jbc.org/content/273/13/7367.full.pdf+html ( http://www.jbc.org/content/273/13/7367.full.pdf+html )




http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...s01145-0085.pdf ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC45120/pdf/pnas01145-0085.pdf )






Вообще-то он его уже давно продал Эпицентру, который купила Иллюмина, и сейчас на них же и вкалывает:
Transposase mediated construction of RNA-seq libraries.



Файл/ы:

Transposase_mediated_construction_of_RNA_seq_libraries.pdf Размер:: 1.17мб кол-во скачиваний: 493

дк делай EZ-Tn5 транспозазу - намного проще агарозных гелей





Нужно подумать. Похоже, это патентами не защищено.





genseq, а не боитесь, что выпустив на рынок такой дешевый секвенатор, вы навлечете на себя гнев конкурентов? За ними такие капиталы стоят, а тут понимаешь, помеха в виде русского Кулибина.



О, Генсек, правильным курсом идете .... Вот видите же, я плохих советов не даю....Стратегический консалтинг - это посильнее фауста гете :-))

Единственно что вам с этим проектом в Штаты надо ехать, там бы уже деньги бы собирали на кикстартере как осенние листья... И ведь собрали бы бы... там публика благодарная и изобретателей ценит.. можно даже и не сомневаться... единственно что там конкуренты подметки на ходу срезают... не удивлюсь что скоро уже услышим о таком проекте... или даже еще что-нибудь покруче.



Вряд ли кто-то кого-то станет бояться.
Серьёзные конкуренты - это западные фирмы. Насколько я вижу их политику, они не гневятся на новые эффективные машины и технологии, а стараются их закупить, чтобы самим производить (Иллюмина и Солекса, Иллюмина и Некстеровская система пробоподготовки, Лайф текнолоджис и Ион Торрент, Рош и Иллюмина). На покупки для помещения патента под стекло, вроде, со стороны NGS никто пока не жаловался.
На кустарном уровне машину не заметят. А если дойдёт дело до рынка, то тут важно попасть в нужную экологическую нишу, когда интересы производителей различаются.
CFX-96 и Rotor-Gene, вроде, нормально параллельно с АНК существуют. Любителей Терцика тоже пока ещё никто не отменял. Хеликоновские форезные камеры вместе с Биорадовскими продаются.



Подскажите пожалуйста, насколько Myseq и Ion Torrent пригодны для секвенирования de novo?
или только для ресеквенирования?

Powered by Invision Power Board (http://www.invisionboard.com)
© Invision Power Services (http://www.invisionpower.com)