Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
genseq Постоянный участник |
|
Guest1 Постоянный участник |
(genseq @ 19.09.2008 00:03) Очень рекомендую всем посетить Может к Редактору Science. 2008 Aug 15;321(5891):956-60. A global view of gene activity and alternative splicing by deep sequencing of the human transcriptome. Sultan M, Schulz MH, Richard H, Magen A, Klingenhoff A, Scherf M, Seifert M, Borodina T, SOLDATOV A, Parkhomchuk D, Schmidt D, O'Keeffe S, Haas S, Vingron M, Lehrach H, Yaspo ML. Department of Vertebrate Genomics, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Ihnestrasse 73, 14195 Berlin, Germany. The functional complexity of the human transcriptome is not yet fully elucidated. We report a high-throughput sequence of the human transcriptome from a human embryonic kidney and a B cell line. We used shotgun sequencing of transcripts to generate randomly distributed reads. Of these, 50% mapped to unique genomic locations, of which 80% corresponded to known exons. We found that 66% of the polyadenylated transcriptome mapped to known genes and 34% to nonannotated genomic regions. On the basis of known transcripts, RNA-Seq can detect 25% more genes than can microarrays. A global survey of messenger RNA splicing events identified 94,241 splice junctions (4096 of which were previously unidentified) and showed that exon skipping is the most prevalent form of alternative splicing. |
Guest1 Постоянный участник |
|
genseq Постоянный участник |
(Guest1 @ 25.09.2008 07:55) Он там, наверное, уже зарегистрирован, но со ссылкой на Германию. А вот пригласить его заглянуть в тему Mzagr, наверное, стоит . Сообщение было отредактировано genseq - 30.09.2008 10:31 |
Guest1 Постоянный участник |
(genseq @ 28.09.2008 14:51) Он там, наверное, уже зарегистрирован, но со ссылкой на Германию. О вот пригласить его заглянуть в тему Мзагр, наверное, стоит . Что это за "лучшая в мире геномная лаба " имени Лижкова в Москве? |
genseq Постоянный участник |
В институте Бродов - 18 GAII. Сколько нужно секвенаторов, чтобы в Москве появилаcь лучшая в мире геномная лаборатория ? Сообщение было отредактировано genseq - 01.10.2008 20:49 |
error Постоянный участник 192.168.0.1 |
(genseq @ 01.10.2008 13:48) В Сэнгеровском институте работают 26 GAII с загрузкой по времени ~50%. Дык, бить надо не числом, а уменьем
В институте Бродов - 18 GAII. Сколько нужно секвенаторов, чтобы в Москве появилаcь лучшая в мире геномная лаборатория ?
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(error @ 02.10.2008 02:56) В ГАТЦе два Роша , две Иллумины и 6 автоматкапиллярников АБИ3730хл "Не клади все яйца в одну корзину" Идеальных секвенаторов нет и одним Рошом или Иллуминой не отделаешся |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 01.10.2008 19:48) В Сэнгеровском институте работают 26 ГАИИ с загрузкой по времени ~50%. В институте Бродов - 18 ГАИИ. Сколько нужно секвенаторов, чтобы в Москве появилаць лучшая в мире геномная лаборатория ? "Геномная лаборатория" - это не только секвенаторы .......... (дальше - про "Кроликов")
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 01.10.2008 19:48) В Сэнгеровском институте работают 26 ГАИИ с загрузкой по времени ~50%. В институте Бродов - 18 ГАИИ. Сколько нужно секвенаторов, чтобы в Москве появилаць лучшая в мире геномная лаборатория ? Если речь идет о "секвенирующей фирме" -можно попробовать скопировать ГАТЦ Обещают 100 человековых геномов через два года |
genseq Постоянный участник |
1. Длина секвенирования увеличена до 50 п.о. (или 2х50 при парном секвенировании). Возможно, будет доведена до 75 п.о. 2. Работать будет в абсолютно автономном режиме (оказываеся, предыдущие модели требовали перезарядки проточных ячеек каждые 24 часа). 3. Продолжительность рабочего цикла - 3 суток (6 суток в режиме парного секвенирования). 4. Стандартная производительность - 20 Gb (млрд п.о.) за парный цикл (т.е. если постараться, то можно сделать и больше). 5. Вычислительный кластер уберут из общего корпуса и прибор станет намного легче и компактнее. Сообщение было отредактировано genseq - 03.10.2008 08:54 |
genseq Постоянный участник |
Картинки: GT.JPG — (126.17к) 03.10.2008 — 17.10.2008 |
Guest1 Постоянный участник |
(genseq @ 03.10.2008 08:52) Вчера (1.10.08) в Форестере (Калифорния) в центральном офисе АБИ началась трёхдневная встреча пользователей СОЛиД. Представители фирмы рассказали присутствующим об основных параметрах очередной версии геномного секвенатора, выпуск которой запланирован на февраль 2009 г. 1. Длина секвенирования увеличена до 50 п.о. (или 2х50 при парном секвенировании). Возможно, будет доведена до 75 п.о. 2. Работать будет в абсолютно автономном режиме (оказываеся, предыдущие модели требовали перезарядки проточных ячеек каждые 24 часа). 3. Продолжительность рабочего цикла - 3 суток (6 суток в режиме парного секвенирования). 4. Стандартная производительность - 20 Гб (млрд п.о.) за парный цикл (т.е. если постараться, то можно сделать и больше). 5. Вычислительный кластер уберут из общего корпуса и прибор станет намного легче и компактнее. Вот ыще солида в Москву - чтоб классический "лебедь-рак-щука" получился |
genseq Постоянный участник |
К сожалению, подробностей не знаю, но кадры уже вербуют. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
Mapping and sequencing of structural variation from eight human genomes. Kidd JM, Cooper GM, Donahue WF, Hayden HS, Sampas N, Graves T, Hansen N, Teague B, Alkan C, Antonacci F, Haugen E, Zerr T, Yamada NA, Tsang P, Newman TL, Tüzün E, Cheng Z, Ebling HM, Tusneem N, David R, Gillett W, Phelps KA, Weaver M, Saranga D, Brand A, Tao W, Gustafson E, McKernan K, Chen L, Malig M, Smith JD, Korn JM, McCarroll SA, Altshuler DA, Peiffer DA, Dorschner M, Stamatoyannopoulos J, Schwartz D, Nickerson DA, Mullikin JC, Wilson RK, Bruhn L, Olson MV, Kaul R, Smith DR, Eichler EE. Department of Genome Sciences and Howard Hughes Medical Institute, University of Washington, Seattle, Washington 98195, USA. Genetic variation among individual humans occurs on many different scales, ranging from gross alterations in the human karyotype to single nucleotide changes. Here we explore variation on an intermediate scale--particularly insertions, deletions and inversions affecting from a few thousand to a few million base pairs. We employed a clone-based method to interrogate this intermediate structural variation in eight individuals of diverse geographic ancestry. Our analysis provides a comprehensive overview of the normal pattern of structural variation present in these genomes, refining the location of 1,695 structural variants. We find that 50% were seen in more than one individual and that nearly half lay outside regions of the genome previously described as structurally variant. We discover 525 new insertion sequences that are not present in the human reference genome and show that many of these are variable in copy number between individuals. Complete sequencing of 261 structural variants reveals considerable locus complexity and provides insights into the different mutational processes that have shaped the human genome. These data provide the first high-resolution sequence map of human structural variation--a standard for genotyping platforms and a prelude to future individual genome sequencing projects. |
genseq Постоянный участник |
Точно известно о наличии только одного прибора (GS FLX) в Центре биоинженерии. Все прочие всё ещё в планах, или к кому-то уже пришли ? P.S.: Спасибо спамерам, без которых эта тема могла бы уже и не всплыть . Сообщение было отредактировано genseq - 28.11.2008 18:13 |
Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS. гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 28.11.2008 17:07) В ближайший четверг буду докладывать о состоянии секвенирования в мире. Хотелось бы упомянуть и Россию, но ясности пока нет . Точно известно о наличии только одного прибора (GS FLX) в Центре биоинженерии. Все прочие всё ещё в планах, или к кому-то уже пришли ? P.S.: Спасибо спамерам, без которых эта тема могла бы уже и не всплыть . |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Ъ @ 28.11.2008 17:28) Закупка реактивов для секвенирования генома бактерии на геномном анализаторе GS FLX для выполнения НИР. - тендеры Сельское хозяйство в Москве На данный момент по данному тендеру информации нет, или он находится в стадии рассмотрения конкурсных заявок. Показатель Значение Сфера деятельности Сельское хозяйство Регион Москва Дата публикации 28 августа 2008 Источник финансирования внебюджетные средства Общая цена контракта 484 тыс. руб. Подача конкурсных заявок: дата начала дата и время окончания 28 августа 2008 5 сентября 2008, в 12:00 Сроки поставки (проведения работ) в срок до 25 сентября 2008г. Порядок оплаты 30% после полной поставки Товара на склад Заказчика в срок до 06 октября 2008г., и 70% в срок до 30 ноября 2008г. Наименование товаров, работ, услуг Наименование лота Закупка реактивов для секвенирования генома бактерии на геномном анализаторе GS FLX для выполнения НИР. Начальная/максимальная цена контракта, тыс. руб 484 |
Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS. гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Ъ @ 28.11.2008 17:45) Это ты мне? Я еще не дорос до таких масштабов. И вообще, я закончил труд.неделю. Сегодня целый день пытался подключить сканер к компу - не тот кабель в комплекте. Готов был все стереть в порошок. Там в тендере у Кости Скрябина и про твои магнитики тоже есть |
Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS. гость |
(Guest @ 28.11.2008 17:49) Может они действительно туда пошли. Какие-то большие шальные заявки были. А посредники, знаешь, какие ушлые, слово не вытянешь кому перепродают содрав все лейблы. Ну и черт с ними, мне по фигу, лишь бы ... войны не было. |
genseq Постоянный участник |
(Ъ @ 28.11.2008 15:28) Спасибо за песенку. Расслабляет отлично. Это не ты ли сам в отпуске клип сделал? Очень уж солист похож на тебя. |
Guest IP-штамп: frSMNcAkVlNuk гость |
(genseq @ 28.11.2008 20:22)
|
Ъ IP-штамп: frSMNcAkVlNuk гость |
(genseq @ 28.11.2008 20:22) Спасибо за песенку. Расслабляет отлично. Это не ты ли сам в отпуске клип сделал? Очень уж солист похож на тебя. Это Петр Налич, стал очень популярным благодаря этому интернетовскому "самопальному" клипу. Он учлся в МАРХИ с моим Конечным продуктом (старшим). Я в клипе с великом ... Действительно похож. |
genseq Постоянный участник |
Пересмотрел клип заново. Велик фигурирует трижды. Сначала - вдали на заднем плане. Затем - уже ближе. С велосипедистом в белых штанах. И, наконец, совсем близко, с "ощетининным", но спешенным велосипедистом, особенно похожим на тебя в обычном (небритом) состоянии. Кстати, о велосипеде. В пятницу после обеда буду в Москве на машине. Как там с мешком? Что-нибудь прояснилось? |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 28.11.2008 17:07) В ближайший четверг буду докладывать о состоянии секвенирования в мире. Хотелось бы упомянуть и Россию, но ясности пока нет . Точно известно о наличии только одного прибора (ГС ФЛХ) в Центре биоинженерии. Все прочие всё ещё в планах, или к кому-то уже пришли ? П.С.: Спасибо спамерам, без которых эта тема могла бы уже и не всплыть . Как же нет ясности - прямо в тендерах написано - "Геном водоросли и бактерии" попытка де-ново с помощю только одного Роша Не понял только почему на реактивы для Роша нужен "тендер" с офигенной переплатой |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 29.11.2008 19:10) ТОлько-что узнал из телевизора о Петре Наличе. Оказывается, я совершенно отстал от жизни. Пересмотрел клип заново. Велик фигурирует трижды. Сначала - вдали на заднем плане. Затем - уже ближе. С велосипедистом в белых штанах. И, наконец, совсем близко, с "ощетининным", но спешенным велосипедистом, особенно похожим на тебя в обычном (небритом) состоянии. Кстати, о велосипеде. В пятницу после обеда буду в Москве на машине. Как там с мешком? Что-нибудь прояснилось? Что тяакое "микроматрасыДНК высокой плотности " по тендеру "Електротехника" Главная Поставка микроматриц ДНК высокой плотности для выполнения НИР - тендеры Электротехника : Измерительная техника в Москве На данный момент по данному тендеру информации нет, или он находится в стадии рассмотрения конкурсных заявок. Показатель Значение Сфера деятельности Электротехника : Измерительная техника Регион Москва Дата публикации 18 марта 2008 Общая цена контракта 1485000 тыс. руб. Подача конкурсных заявок: дата начала дата и время окончания 18 марта 2008 18 апреля 2008, в 00:00 Сроки поставки (проведения работ) Согласно конкурсной документации Форма оплаты Оплата в рублях, безналичный расчет Порядок оплаты Оплата 20% в течение 5 банковских дней с момента подписания Государственного контракта, 80% в течение 60 дней после поступления Товара на склад Заказчика Дополнительная информация Размер, порядок и срок внесения платы Конкурсная документация в письменной форме предоставляется (направляется по почте заказным письмом с уведомлением либо вручается лично под роспись) в течение двух дней с момента получения заявления и внесения платы в размере 500 (Пятьсот) рублей 00 копеек за ее предоставление. Реквизиты счета для перечисления платы за предоставление конкурсной документации: Центр «Биоинженерия» РАН, Банковские реквизиты: Отделение УФК по г. Москве, ИНН: 7728118561, КПП 772801001, Лицевой счет: 06319336160, Отделение 1 Московского ГТУ Банка России, г. Москва 705, р/с № 40503810600001009079, БИК 044583001, к/с – нет Критерии оценки заявок на участие в конкурсе Согласно конкурсной документации Вскрытие конвертов, дата и время 18.04.2008 12:00 Рассмотрение заявок, дата 22.04.2008 Подведение итогов конкурса , дата 25.04.2008 Наименование товаров, работ, услуг Наименование лота Микроматрицы ДНК высокой плотности Начальная/максимальная цена контракта, тыс. руб 1 485 000 (Один миллион четыреста восемьдесят пять тысяч) рублей 00 копеек Количество товара 152 Единица измерения шт Краткие характеристики товара Согласно конкурсной документации |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 28.11.2008 17:07) В ближайший четверг буду докладывать о состоянии секвенирования в мире. Хотелось бы упомянуть и Россию, но ясности пока нет . Точно известно о наличии только одного прибора (ГС ФЛХ) в Центре биоинженерии. Все прочие всё ещё в планах, или к кому-то уже пришли ? П.С.: Спасибо спамерам, без которых эта тема могла бы уже и не всплыть . Водорослю уже отсеквенировали |
Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS. гость |
(Guest @ 01.12.2008 09:15) Головузаморачивающий термин. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Ъ @ 01.12.2008 11:55) Особенности российской научной терминологии термоциклер - "амплификатор" ТакМан - "зонд" микроаррей - " микроматрац ДНК" аффимерикс генчип (нимблген, иллумина)- "микроматрац ДНК высокой плотности" |
genseq Постоянный участник |
Насколько я понимаю, это проточные рабочие ячейки для пиросеквенатора GS FLX, содержащие по 1,6 млн. лунок. Правда, сейчас проходит тестирование усовершенствованная можель (FLX Titanium). У неё проточная рабочая ячейка содержит уже 3,6 млн. лунок. Называются подобные устройства "PTP" (PicoTiter Plate). Наверное, именно это название перевели на русский как "микроматрицы ДНК высокой плотности ". Сообщение было отредактировано genseq - 01.12.2008 18:15 |
Guest IP-штамп: frTlWdNmzlEpc гость |
|
Guest IP-штамп: frTlWdNmzlEpc гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 01.12.2008 12:25) как следует из описания к тендеру нет никаких оснований полагать, что речь идет о проточных ячейках в ФЛХ. Это наверняка иллюминовские чипы для генотипирования... ерунда - за 10000 рублев штука иллумину не купите -особенно 1 лимон снипов на чип |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 01.12.2008 12:25) как следует из описания к тендеру нет никаких оснований полагать, что речь идет о проточных ячейках в ФЛХ. Это наверняка иллюминовские чипы для генотипирования... 152 чипа за 1400000 деревянных |
Guest IP-штамп: frTlWdNmzlEpc гость |
В Москве 370ЦНВквадро именно по 10000 руб и есть... И еще. Можно ли поподробнее про безумную переплату по реактивам для ФЛХ... Ну тольок с цифрами. В Москве их поставляет всего одна фирма... может действительно кто то предложит дешевле? |
Guest IP-штамп: frTlWdNmzlEpc гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 01.12.2008 12:38) В своем ли уме...???? В Москве 370ЦНВквадро именно по 10000 руб и есть... И еще. Можно ли поподробнее про безумную переплату по реактивам для ФЛХ... Ну тольок с цифрами. В Москве их поставляет всего одна фирма... может действительно кто то предложит дешевле? это что - Illumina HumanHap370 microarray ? |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 01.12.2008 12:38) В своем ли уме...???? В Москве 370ЦНВквадро именно по 10000 руб и есть... И еще. Можно ли поподробнее про безумную переплату по реактивам для ФЛХ... Ну тольок с цифрами. В Москве их поставляет всего одна фирма... может действительно кто то предложит дешевле? мне соседи на Роше сделали геном бактерии за 5000 евров |
Guest IP-штамп: frTlWdNmzlEpc гость |
|
Guest IP-штамп: frTlWdNmzlEpc гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 01.12.2008 13:03) Как я понял из описания тендера- это старые 370ЦНВдуо, которые этим летом заменили на 370ЦНВяуадро. Т.е. оно хотели около 300 человек отгенотипировать, раз у них 152 матрицы было. Московская цена для нас это около 400у.е. за образец... Для этой котировки почему то получилось почти в два раза дешевле... может у них скидка супер... не знаю.. ваши дува-квадра не гуглятся - что это за фигня - фирма - название чипа ? |
Guest IP-штамп: frTlWdNmzlEpc гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 01.12.2008 13:32) все понятно... вы там с иллюминой только по гуглу и знакомы... тогда нечего дальше продолжать и разговор... Если Вы пользователь Иллюмины с Ицом аккаунтом, то все было бы понятно и без этой переписки... а так- гуглите дальше... спасибо - мне "микроматрацы ДНК" в виде шариков не очень нужны First customer shipments of the Human610-Quad and Human1M-Duo BeadChips are expected in Q1 2008 and Q2 2008, respectively. |
Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS. гость |
(Guest @ 01.12.2008 12:56) а можно поподробнее про Налича... Клип то где снимали? Кто то, относящийся к секвенированию, там плясал и распевал? Чуть чуть больше инфо дайте плз! Налич вроде как в Москве, а съемки типа Кэмбриджа... Петр Налич - русский босниец, учился с моим старшим сыном в МАРХИ. Генсек нашел, что он похож на меня,на Ъ. (с великом у дерева, крупным планом, с бородой). Смайлики иногда упрощают общение на форуме... Архитекторы, молбиологи, физики, но ни одного музыканта... Одни художники. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 01.12.2008 13:32) все понятно... вы там с иллюминой только по гуглу и знакомы... тогда нечего дальше продолжать и разговор... Если Вы пользователь Иллюмины с Ицом аккаунтом, то все было бы понятно и без этой переписки... а так- гуглите дальше... да ладно - фиг с ними иллуминой , аффи , нимблгеном но почему "микроматрицы ДНК" ? конспирация, чтоб никто не догадался ? даже генсека в ступпор загнали |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 01.12.2008 12:20) "микроматрасыДНК высокой плотности " по тендеру "Електротехника" Насколько я понимаю, это проточные рабочие ячейки для пиросеквенатора ГС ФЛХ, содержащие по 1,6 млн. лунок. Правда, сейчас проходит тестирование усовершенствованная можель (ФЛХ Титаниум). У неё проточная рабочая ячейка содержит уже 3,6 млн. лунок. Называются подобные устройства "ПТП" (ПицоТитер Плате). Наверное, именно это название перевели на русский как "микроматрасы ДНК высокой плотности ". уряд-ли - им похоже нужен "метилом" 1: Methods. 2008 Oct 21. Genome-wide high throughput analysis of DNA methylation in eukaryotes. Pomraning KR, Smith KM, Freitag M. Center for Genome Research and Biocomputing and Department of Biochemistry and Biophysics, Oregon State University, 2011 ALS Building, Corvallis, OR 97331-7305, USA. Cytosine methylation is the quintessential epigenetic mark. Two well-established methods, bisulfite sequencing and methyl-DNA immunoprecipitation (MeDIP) lend themselves to the genome-wide analysis of DNA methylation by high throughput sequencing. Here we provide an overview and brief review of these methods. We summarize our experience with MeDIP followed by high throughput Illumina/Solexa sequencing, exemplified by the analysis of the methylated fraction of the Neurospora crassa genome ("methylome"). We provide detailed methods for DNA isolation, processing and the generation of in vitro libraries for Illumina/Solexa sequencing. We discuss potential problems in the generation of sequencing libraries. Finally, we provide an overview of software that is appropriate for the analysis of high throughput sequencing data generated by Illumina/Solexa-type sequencing by synthesis, with a special emphasis on approaches and applications that can generate more accurate depictions of sequence reads that fall in repeated regions of a chosen reference genome. |
Guest IP-штамп: frTlWdNmzlEpc гость |
как по-другому назвать? биочип- запатентован ИМБ. за каждое употребление слова "биочип" нужно макарову платить 100 рублей... А микроматрица, нейтрально... мне кажется нормальное это слово- микроматрица.... |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |