Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Guest IP-штамп: frA7696xa9aG6 гость |
|
semi Постоянный участник Москва |
Это? |
Guest IP-штамп: frA7696xa9aG6 гость |
(semi @ 13.03.2010 23:00) Ну это не совсем то, здесь не могу найти где именно в интроне находится положение. Во всех статьях, где встречал, указывается только номер rs |
semi Постоянный участник Москва |
В принципе, в усеченном виде картинка и так видна внизу раздела Gene view Сообщение было отредактировано semi - 14.03.2010 11:12 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 14.03.2010 11:24) Ну это не совсем то, здесь не могу найти где именно в интроне находится положение. Во всех статьях, где встречал, указывается только номер rs Именно то дала вам semi. Вот ваш СНИП: ACACACCCTG ATCCAGCCCA CTTGTGTAGT CTGGGAGTCT GGGACAACCT CCGTCCGCCC TTCTAGCCGG GTCACTGCAG GCAAGCCTTG GTGCTCTTGC CTGCGACGTG GAAATGATGC CTGCCTGCAG CGCTGTATAG TGCAGAGCGG GCGAGGGGCA TAGGGAAGTC ACTGGCACGT GGTATGTGTT GGCAGGGCTG CTTCTCACCC CAAACCAAGG R AGGGACAGGC AGGGAGGCTG AGAGCAGCGG CTTGCCCTGG AGCTGTCAGG TGGGAGGCAG AGGGCGGGAG AGGCTGTGGG CTGCCCAGGT CTGATCCCTG ACCCACTTGC CACCCGTGCC CTCAGTTCTT CCCCAATGGA GAGGCCATCT GCACGGGCTC GGATGACGCT TCCTGCCGCT TGTTTGACCT GCGGGCAGAC CAGGAGCTGA TCTGCTTCTC CCACGAGAGC ATCATCTGCG А справа на странице - поиск по БЛАСТу для ленивых. Найти положение в гене это вы совсем обнаглели. |
Guest IP-штамп: frA7696xa9aG6 гость |
(-Ъ- @ 14.03.2010 14:58) Именно то дала вам semi. Вот ваш СНИП: ACACACCCTG ATCCAGCCCA CTTGTGTAGT CTGGGAGTCT GGGACAACCT CCGTCCGCCC TTCTAGCCGG GTCACTGCAG GCAAGCCTTG GTGCTCTTGC CTGCGACGTG GAAATGATGC CTGCCTGCAG CGCTGTATAG TGCAGAGCGG GCGAGGGGCA TAGGGAAGTC ACTGGCACGT GGTATGTGTT GGCAGGGCTG CTTCTCACCC CAAACCAAGG R AGGGACAGGC AGGGAGGCTG AGAGCAGCGG CTTGCCCTGG AGCTGTCAGG TGGGAGGCAG AGGGCGGGAG AGGCTGTGGG CTGCCCAGGT CTGATCCCTG ACCCACTTGC CACCCGTGCC CTCAGTTCTT CCCCAATGGA GAGGCCATCT GCACGGGCTC GGATGACGCT TCCTGCCGCT TGTTTGACCT GCGGGCAGAC CAGGAGCTGA TCTGCTTCTC CCACGAGAGC ATCATCTGCG А справа на странице - поиск по БЛАСТу для ленивых. Найти положение в гене это вы совсем обнаглели. Это все ясно, но мне нужно другое, попробую объяснить. есть другой снип rs5443 в этом же гене, положение 10501 в гене. В статьях его обозначают, как С825Т GNB3. то же самое нужно мне для моего снипа. В этом очень нужна помощь. |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 14.03.2010 16:50) Это все ясно, но мне нужно другое, попробую объяснить. есть другой снип rs5443 в этом же гене, положение 10501 в гене. В статьях его обозначают, как С825Т GNB3. то же самое нужно мне для моего снипа. В этом очень нужна помощь. Если в статье укажете только rs-ы, это будет правильно. Это же "писк", можно сказать, информация по новой классификации. |
semi Постоянный участник Москва |
если rs5443 - это С825Т GNB3 по другой номенклатуре, и эта номенклатура, судя по всему, HGVS. rs5443 может иметь несколько HGVS имен: по cDNA (NM_002075.2) имеет c.825C>T ; по ДНК (NG_009100.1) имеет g.10501C>T rs2301339 имеет HGVS Name: по cDNA (NM_002075.2) - c.700-126G>A (т.е. замена находится в -126 позиции от начала экзона 700 - это вам было нужно?). Нумерацию нуклеотидов нужно смотреть по кодирующей последовательности (CDS) гена. по ДНК (NG_009100.1) имеет g.10250G>A HGVS Name можно найти по первоначальной ссылке. Про HGVS Name: Сообщение было отредактировано semi - 15.03.2010 07:41
|
avial Постоянный участник |
Но в статьях крайне рекомендую указывать именно rs наряду со стандартной номенклатурой - сильно облегчите жизнь читателям. |
Guest IP-штамп: frA7696xa9aG6 гость |
(semi @ 14.03.2010 20:31) Немного ознакомилась с проблемами номенклатуры SNP, насколько поняла: если rs5443 - это С825Т GNB3 по другой номенклатуре, и эта номенклатура, судя по всему, HGVS. rs5443 может иметь несколько HGVS имен: по cDNA (NM_002075.2) имеет c.825C>T ; по ДНК (NG_009100.1) имеет g.10501C>T rs2301339 имеет HGVS Name: по cDNA (NM_002075.2) - c.700-126G>A (т.е. замена находится в -126 позиции от начала экзона 700 - это вам было нужно?). Нумерацию нуклеотидов нужно смотреть по кодирующей последовательности (CDS) гена. по ДНК (NG_009100.1) имеет g.10250G>A HGVS Name можно найти по первоначальной ссылке. Про HGVS Name: Да, это оно самое. И за ссылку тоже спасибо. |
jeanady |
Возможно, вопрос дилетантский, но никак не разберусь самостоятельно. Образование-то клиническое медицинское, а иметь дело приходится с молекулярной генетикой. Есть ген PTPN22, SNP rs2476601 HGVS names: c.1858T>C, p.Arg620=. То есть, я как я понимаю из названия, замена нуклеотида приводит к кодону-синониму и в 620 позиции белковой цепи как был так и остается аргинин. Однако в базе данных dbSNP написано: allele change: CGG ⇒ TGG, residue change: R [Arg] ⇒ W [Trp], то есть как я понимаю кодоны получаются не равнозначные, и аргинин меняется на триптофан. В чем здесь подвох? что я не правильно понимаю? таки меняется аминокислота или нет? |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 13.03.2010 22:23) есть rs2301339 гена GNB3. Подскажите, как зная номер мутации (rs), можно определить где конкретно в гене она находится? на сайте NCBI не смог найти |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
|
genseq Постоянный участник |
Картинки: rs2301339.JPG — (31к) |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 13.03.2010 22:23) есть rs2301339 гена GNB3. Подскажите, как зная номер мутации (rs), можно определить где конкретно в гене она находится? на сайте NCBI не смог найти |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 19.06.2012 08:27) Ну вот, давно бы так. Откровенно, я сам начинаю "самообразование" именно с эсэнпедии. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 19.06.2012 08:36) |
Mirya |
|
Mirya |
|
Mirya |
Картинки: ______________2019_05_17___8.10.47.png — (72.49к) |
semi Постоянный участник Москва |
Нет ли вероятности, что это строки без id соответствуют каким-то артефактам секвенирования? Что значит последний столбец? Почему цифры более низкие? |
LMP Постоянный участник |
|
yeastfighter |
(LMP @ 23.05.2019 01:27) Как ни странно, можно прямо в гугл ввести: chr5:131892979 и будет ваше щастье до чего техника дошла это не техника дошла это я сама на лыжах дошла |
chr22 |
(semi @ 17.05.2019 11:30) Отсутствие id значит, что такого варианта нет в dbSNP build 142, судя по тем строкам, которые id имеют. Нет ли вероятности, что это строки без id соответствуют каким-то артефактам секвенирования? Что значит последний столбец? Почему цифры более низкие? семычь снипы или доказаные мутации в генах хотя говопрят снипы в промотерах и енхансерах тоже как звезды влияют на судьбу вот красивая девушка грудь отрезала после днк теста признание актриса доверила газете New York Times. В интервью она сообщила, что ее мать Маршелин Бетран шесть лет назад умерла от рака яичников. Теперь врачи нашли в организме звезды "дефектный" ген BRCA1. Специалисты считают, что риск развития рака груди у Джоли составляет 87 процентов, а рака яичников – 50 процентов. |
chr22 |
(semi @ 17.05.2019 11:30) Отсутствие id значит, что такого варианта нет в dbSNP build 142, судя по тем строкам, которые id имеют. Нет ли вероятности, что это строки без id соответствуют каким-то артефактам секвенирования? Что значит последний столбец? Почему цифры более низкие? |
watchesonline89 Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |