Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 10.04.2013 16:49) Самое смешное - к силикатным магносорбентам ДНК неплохо прилипает уже в присутствии 0,2М НаЦл, а при 0,4 М липнет совсем хорошо. Мелочёвка липнет хуже, но разница недостаточна для фракционирования по размерам. Так что выбирать приходится между СПРИ и форезом. Проблема в том, что цены на СПРИ непомерны: ....5 мл -..294$ ..60 мл - 1104$ 450 мл - 5385$ Должны быть, как минимум, в 5 раз ниже. круто - "СИЛИКАТНЫЙ МАГНОСОРБЕНТ" обычно беру стеклянные бусы 1-2 микрона - в ултразвуковую мойку с 5-10 % едкий кали в метаноле на час - потом отмываю - пока ни один магносорбент на связал болше , чем "самопальные стекляшки" на ротаторе |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 10.04.2013 16:16) Самое смешное в присутствии 5 М НаЦИ к силанолным группам стекла (силики) ДНК прилипает также успешно, как и в присутствии гуанидинтиоцианата (ГТЦ) и гуанидинхлорида (ГЦИ). Играя размерами силики натуральной и концентрацией солей в спировом (отмывочном) растворе можно добиться выхода нужной фракции ДНК, а не обезъяничать с раздутыми СПРИ технологиями. пыс: Карбоксилная группа (-соон) на поверхности силики, вместо гидроксильной (-он) - это не "карбоксисилан", как ты называешь. Силаны - это из другой оперы. ну я кабы не одну тонну микроскопных стекол покрыл аминосиланом для споттинга микроарреев |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 10.04.2013 14:03) Ц силанольной группой сорбенты давно сварил. Теперь на очереди аналог Агенцоурт АМПуре ХП. Шарики для СПРИ имею в неограниченных количествах. При необходимости могу снимать спектры фракционного состава и получать шарики для СПРИ требуемого размера в неограниченных количествах. Просто не хотел это афишировать раньше времени. А если и афишировать, то вместе с магнитными штативами. Но их пока негде выкраивать, поскольку у раскройного станка сгорел лазер и заменить его обещают только на следующей неделе. типа у тебя одна силанольная группа на магнитошарик ? или две ? |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 10.04.2013 16:49) Самое смешное - к силикатным магносорбентам ДНК неплохо прилипает уже в присутствии 0,2М НаЦл, а при 0,4 М липнет совсем хорошо. Мелочёвка липнет хуже, но разница недостаточна для фракционирования по размерам. Так что выбирать приходится между СПРИ и форезом. Проблема в том, что цены на СПРИ непомерны: ....5 мл -..294$ ..60 мл - 1104$ 450 мл - 5385$ Должны быть, как минимум, в 5 раз ниже. кварцевый порошек 2.5 микронов для выделения ДНК дешевле покупать у китайцев минимальная фасовка только 55 тонн |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 10.04.2013 16:49) Самое смешное - к силикатным магносорбентам ДНК неплохо прилипает уже в присутствии 0,2М NaCl, а при 0,4 М липнет совсем хорошо. Мелочёвка липнет хуже, но разница недостаточна для фракционирования по размерам. Так что выбирать приходится между SPRI и форезом. Проблема в том, что цены на SPRI непомерны: ....5 мл -..294$ ..60 мл - 1104$ 450 мл - 5385$ Должны быть, как минимум, в 5 раз ниже. |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 11.04.2013 09:37) Вот именно, 45 мкм. А не то разбежался 1 микроновым бусинками крошить. Возможно ты идею понимаешь правильно, но у тебя пробелы в хим. терминологии. "ну я кабы не одну тонну микроскопных стекол покрыл аминосиланом для споттинга микроарреев" - для чего? Не для связывания же ДНК по механизму SPRI При твоей силанизация поверхность стекла приобретает особые свойства (гидрофобные или, наоборот, гидрофильные в зависимости от природы используемых силанов). Если речь идет о силанолных группах, - Si-OH (там еще две черточки вверх и вниз), то нужно говорить СИЛИКАТНЫЙ. Это природное состояние стекла, силики, силикагеля, кремнезема, цеолита и моего либимого ДИАТОМа. Генсек все правильно понимает, "он все знает", а физикам это понять сложно, видимо. |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 11.04.2013 09:55) Типа там их может быть тысячи-миллионы в зависимости от поверхности и размеров шариков. А если шарики с порами - то ващеее, никто не сможет посчитать скока. |
LMP Постоянный участник |
Нам одна фирма предлагает средство для оптимизации выделения/хранения и ПЦР представляемое как PCR Boost (исходная компания биоматрица). После "прогугливания" - появились предположения, что это трехалоза. Кто-нибудь с ней имел дело? Можно ли сопоставить по качеству, например с бетаином? Каковы ваши впечатления. Буду очень признателен за комментарии. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 11.04.2013 10:12) Вот именно, 45 мкм. А не то разбежался 1 микроновым бусинками крошить. Возможно ты идею понимаешь правильно, но у тебя пробелы в хим. терминологии. "ну я кабы не одну тонну микроскопных стекол покрыл аминосиланом для споттинга микроарреев" - для чего? Не для связывания же ДНК по механизму СПРИ При твоей силанизация поверхность стекла приобретает особые свойства (гидрофобные или, наоборот, гидрофильные в зависимости от природы используемых силанов). Если речь идет о силанолных группах, - Си-ОХ (там еще две черточки вверх и вниз), то нужно говорить СИЛИКАТНЫЙ. Это природное состояние стекла, силики, силикагеля, кремнезема, цеолита и моего либимого ДИАТОМа. Генсек все правильно понимает, "он все знает", а физикам это понять сложно, видимо. ерунда - оригиналный кварцевый порошок от сигмы - около 5 микрон - 60 грамм на 1500 выделений |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 11.04.2013 10:12) Вот именно, 45 мкм. А не то разбежался 1 микроновым бусинками крошить. Возможно ты идею понимаешь правильно, но у тебя пробелы в хим. терминологии. "ну я кабы не одну тонну микроскопных стекол покрыл аминосиланом для споттинга микроарреев" - для чего? Не для связывания же ДНК по механизму СПРИ При твоей силанизация поверхность стекла приобретает особые свойства (гидрофобные или, наоборот, гидрофильные в зависимости от природы используемых силанов). Если речь идет о силанолных группах, - Си-ОХ (там еще две черточки вверх и вниз), то нужно говорить СИЛИКАТНЫЙ. Это природное состояние стекла, силики, силикагеля, кремнезема, цеолита и моего либимого ДИАТОМа. Генсек все правильно понимает, "он все знает", а физикам это понять сложно, видимо. 1-5 микрон - по-русски написано |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(LMP @ 11.04.2013 11:46) поскольку в этом топики все основные спецы уже есть, а отдельный/подобный создавать лень , можно я задам вопросик? Нам одна фирма предлагает средство для оптимизации выделения/хранения и ПЦР представляемое как PCR Boost (исходная компания биоматрица). После "прогугливания" - появились предположения, что это трехалоза. Кто-нибудь с ней имел дело? Можно ли сопоставить по качеству, например с бетаином? Каковы ваши впечатления. Буду очень признателен за комментарии. И ессно. за бешенные деньги. Все это |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 11.04.2013 10:16) Типа там их может быть тысячи-миллионы в зависимости от поверхности и размеров шариков. А если шарики с порами - то ващеее, никто не сможет посчитать скока. 4-9 силанола на 1 квадратный нанометр если стекло едким калей в метаноле |
LMP Постоянный участник |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 11.04.2013 10:57) И ессно. за бешенные деньги. Все это 15 лет ты предлагаеш Так полимеразу сушеную в трехалозе |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 11.04.2013 11:53) ерунда - оригиналный кварцевый порошок от сигмы - около 5 микрон - 60 грамм на 1500 выделений Вытащил знаменитую статью Бума . Там во-впервых не кварцевый порошок, а силика - природный материал, (аморфное состояние, так же как оконное стекло-типа не жидкость, но и не твердая материя). А кварц - это минерал такого же химического состава, но твердый "как алмаз" и используется для изиельчения, например, мяса креветок и других тканей ). |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(LMP @ 11.04.2013 12:04) Естественно, просто уже плохо верю, когда приходят и предлагают "новейшее" средство оптимизации. Так вы тоже думаете, что у биоматрицы трехалоза? Что-то из: сахароза, трегалоза, ектоин и его производные.. Бетаин - для других целей. |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 11.04.2013 12:06) Что попало и в чем попало я не сушу . А кому нужна отдельно высушенная Така, сам подумай. Другое дело - 100% мастермиксы, которым темп. окружающей среды нипочем. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 11.04.2013 11:12) Вытащил знаменитую статью Бума . Там во-впервых не кварцевый порошок, а силика - природный материал, (аморфное состояние, так же как оконное стекло-типа не жидкость, но и не твердая материя). А кварц - это минерал такого же химического состава, но твердый "как алмаз" и используется для изиельчения, например, мяса креветок и других тканей ). да и фиг с ним - 1 килограмм сигмовской силики за 147 евров хватит на 30 000 выделений ДНК |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 11.04.2013 12:21) Реально там от нм-размеров до 10-15 мкм - фракция ващее не садится в воде как коллоид, а осноная масса, 80% плюхается на дно за пару часов. Но это хорошее сырье для получения нужных фракций. Брать в сыром виде для выд.ДНК - будет лажа. В зубные пасты добавляют эту силику в том виде как продают в банках, без активирования и фракционирования. Сообщение было отредактировано -Ъ- - 11.04.2013 12:15 |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 11.04.2013 11:27) Реально там от нм-размеров до 10-15 мкм - фракция ващее не садится в воде как коллоид, а осноная масса, 80% плюхается на дно за пару часов. Но это хорошее сырье для получения нужных фракций. Брать в сыром виде для выд.ДНК - бедет лажа. яж тебе сказал - сначала активирую силанолы едким калием в метаноле ултразвуком - потом мою |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 11.04.2013 11:27) Реально там от нм-размеров до 10-15 мкм - фракция ващее не садится в воде как коллоид, а осноная масса, 80% плюхается на дно за пару часов. Но это хорошее сырье для получения нужных фракций. Брать в сыром виде для выд.ДНК - бедет лажа. отфилтруй миллипоровскими 1-5 микрон филтрами |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 11.04.2013 12:33) Не очень понимаю роль метанола. Роль простого растворителя для удаления грязи? В щелочи мелочь растворится и исчезнет, а на поверхности более крупных появятся доп. силанолные группы. Но на самом деле эта природная (не синтетическая, как многие силикагели) силика при произвдстве и обогащении-очистке подвергается жесткой обработке щелочами и кислотами и все там активировано до максимума. Проверял "до" и "после" и не заметил повышения емкости сорбции ДНК. |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 11.04.2013 12:40) Обычно такая коллоидная фигня забивает все поры. Но я научился быстро, в течение рабочего дня, фракционировать без стремных фильтраций. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 11.04.2013 12:07) Обычно такая коллоидная фигня забивает все поры. Но я научился быстро, в течение рабочего дня, фракционировать без стремных фильтраций. ну вот теперь ты дорос до покрытия силики карбоксисиланом получится SPRI-silica |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 11.04.2013 11:59) Ссылку, плз. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 11.04.2013 12:19)
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 11.04.2013 13:16) Я понимаю, что важно научиться фракционировать ДНК определенного размера, но технология SPRI c NaCI и PEG не очень внушает доверия. Она хороша для фракционирования уже выделенной чистой ДНК и не пригодна для выделения нужной фракции ДНК из любого источника. Видимо, я не дорос до этого. В отличие от Генсека. , который просчитывает много ходов вперед.
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 11.04.2013 13:27) Классный ресурс. С меня бутылка. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 11.04.2013 12:37) да ладно - 4-6 силанолов в среднем |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |