Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* MIT 7.00x, домашка -- помогите разобраться Т_Т --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! zoisite




 прочитанное сообщение 09.05.2013 03:29     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Добрый вечер.
Очень приятно найти такой тематический форум, где люди действительно увлечены тем чем занимаются.

Я сейчас слушаю курс интернет-лекций MIT по молекулярной биологии.
В домашнем задании есть задачи по секвенированию ДНК, хотя ни в лекциях, ни в доп.материалах об этом ничего нет - разве что пара фотографий из лаборатории.

Дано:
ДНК человека, ген, кодирующий бетаглобин, в нем изменение, вызывающие серповидноклеточную анемию на 6-м кодоне (триаде).
Нормальная цепь ДНК (5,6,7 триады): 5′-CCTGAGGAG-3′
Мутировавшая ДНК (там же): 5′-CCTGTGGAG-3′
Гидрофильная глютаминовая кислота заменяется на гидрофобный валин.

Можно определить наличие мутации используя рестриктазу DdeI - она разрывает цепочку между C и TNAG, где N - любая аминокислота - она разоврет нормальную ДНК, но не будет реагировать на мутировавшую.
Это всё мне пока понятно. Дальше там идёт картинка:

user posted image

И условие:
Вы хотите выяснить, является ли индивит гомозиготным носителем нормального аллеля или гомозиготным больным серповидноклеточной анемией или гетерозиготой по этому аллелю гена бетаглобина. Образцы днк 3-х индивидов из одной семьи амплифицированы и вы получили отрезок из 1000 базовых пар который содержит точку этой мутации на 6-й аминокислоте бетаглобина. Методом ПЦР-продуцирования (?? не знаю русских терминов >_<) смоделируйте эксперимент используя рестриктазу DdeI. Черточками на схеме отмечайте только длину фрагмента, а не их количество.

На линии 1 разместите порядок полос, какой мы увидим у гомозиготы со здоровой аллелью.
На линии 2 разместите полосы так, как они будыли бы если бы второй индивид был гетерозиготой по этому гену, кодирующему бетаглобин.
На линии 3 разместите линии как у гомозиготы страдающей этой мутацией - серповидноклеточной анемией.

Никаких пояснений, как этот метод Сэнгера работает и что значат эти полосочки, нигде нет. И вообще ничего не понятно frown.gif
Помогите.

(оригиналsmile.gif
You want to determine if an individual is homozygous for the normal allele, homozygous for the sickle-cell allele, or heterozygous for alleles of the β-globin gene. From three individuals from the same family, you PCR amplified a 1000 base pair segment of DNA centered on the point mutation that encodes the sixth amino acid in β-globin. Using these PCR products, design an experiment using the restriction enzyme that you selected in part D to test for the presence or absence of this mutation. Drag and drop the bands onto the DNA gel below to represent the results for the restriction digest of the 1000 base pair PCR product using the enzyme that you have chosen in part D. When you drag and drop the bands, only use a band to indicate the length of a fragment and not the quantity.

In lane 1, give the pattern expected for an individual that is homozygous for the normal allele of the gene encoding β-globin by dragging and dropping bands onto the appropriate position.

In lane 2, give the pattern expected for an individual that is heterozygous for the gene encoding β-globin by dragging and dropping bands onto the appropriate position.

In lane 3, give the pattern expected for an individual that is homozygous for the sickle-cell allele of the gene encoding β-globin by dragging and dropping bands onto the appropriate position. The DNA ladder is given. Be sure to align the center of the band with the light vertical lines.
kloun
IP-штамп: frDDJret4PE4A
гость



 прочитанное сообщение 09.05.2013 08:26     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Списывать нехорошо, Эрику кто-то доложит - получите по шапке smile.gif

N - не аминокислота - а основание!

Вперёд - за учебники!
guest: ммм
IP-штамп: frQlBxj4iQSg.
гость



 прочитанное сообщение 09.05.2013 08:30     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Задача не имеет никакого отношения к секвенированию. Раньше это называлось картирование сайтов рестрикции.

Вам вопрос: Вы понимаете что это за процесс, гипотетический результат, которого вам нужно нарисовать в задании и который частично представлен на рисунке?
Участник оффлайн! semi
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 09.05.2013 14:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Можно на вики посмотреть http://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_f...th_polymorphism
Там есть рисунок: http://en.wikipedia.org/wiki/File:RFLP_genotyping.gif
что-то в этом роде должно быть у вас в ответе.
Участник оффлайн! zoisite




 прочитанное сообщение 09.05.2013 17:05     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

%)) kloun, спасибо, не знала что по-русски так называется smile.gif
Это не контрольный вопрос, это домашка же, к тому же просроченная. smile.gif

guest: ммм, если я правильно понимаю, рестриктаза "перекусит" цепочку в определенном месте: нормальную гомозиготу он перекусит в центре (т.к. у нас оно центрирована по этому кодону), возможно где-то ещё, если на этом отрезке она наткнется на последовательность, на которую она реагирует; мутировавшую гомозиготу он перекусит в каком-то другом месте. Гетерозиготу, как я предполагаю, он перекусит и там и там (в двух местах). Но я не понимаю, как мне понять, где находится это второе место, где он её перекусит, если цепочка мутировавшая и разрежет ли он её 1 раз или больше, если там ещё попадается код, на который реагирует рестриктаза, ведь код ДНК-то не дается. =(

semi, спасибо! Читаю.

Сообщение было отредактировано zoisite - 09.05.2013 17:11
Yuri K
IP-штамп: frO84jFrTPiQA
гость



 прочитанное сообщение 09.05.2013 17:41     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

В гетерозиготе будет смесь двух последовательностей, поэтому на геле вы увидите лишнюю полоску.

Начните с того, что найдите эту последовательность в ПабМеде и скопируйте в Ворд кусок +/- 500 bp от мутации. Убедитесь, что вы копируете геномную ДНК, а не кДНК.

Далее, сделайте поиск в Ворде на возможные сайты рестрикции, т е на CTAAG, CTGAG, CTCAG и CTTAG, отметьте их в последовательности, и посчитайте, на какие куски рестриктаза порежет ваш 1000 нт фрагмент. Можете отметить их на геле, в порядке размера. Особое внимание обратите на то, какие фрагменты находятся вплотную к мутации, допустим (например) 271 и 144 нт.

Теперь, представьте себе гомозиготный мутант. Если сайт рестрикции убрать, вы вместо фрагментов 144 и 271 на геле увидите одну полоску в 144+271=415 нт, остальные полоски будут те же, кроме 144 и 271, которые исчезнут. А в гетерозиготе вы увидите все три полоски, 144, 271 и 415 нт.
Участник оффлайн! zoisite




 прочитанное сообщение 09.05.2013 17:53     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Yuri K, !!!!!!!!!!!!
Спасибо!!!! Всё поняла.
Огромное спасибо. smile.gif
(пытаюсь теперь понять, как найти ДНК в пабмеде, пабмед нашла)

Сообщение было отредактировано zoisite - 09.05.2013 17:57
Участник оффлайн! AlexRez
Постоянный участник
Екатеринбург



 прочитанное сообщение 09.05.2013 18:08     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Я надеялся здесь увидеть растерзанное тело. Ан нет. Странно.
Yuri K
IP-штамп: frO84jFrTPiQA
гость



 прочитанное сообщение 09.05.2013 18:09     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Ищите в поиске по nucleotide на human beta-globin. Потом в домашке не забудьте указать accession number последовательности, ваш профессор будет впечатлен smile.gif)
Участник оффлайн! R.J. Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.05.2013 00:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(AlexRez @ 09.05.2013 19:08)
Ссылка на исходное сообщение  Я надеялся здесь увидеть растерзанное тело. Ан нет. Странно.

во-первых, не сезон, все будет через 4-5 дней, а во-вторых, уж очень неспортивно растерзать совершенно нативного персонажа, как ударить ребенка. Пусть живет в ощущении, что что-то понял
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 10.05.2013 08:14     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(Yuri K @ 09.05.2013 18:09)
Ссылка на исходное сообщение  Ищите в поиске по нуцлеотиде на хуман бета-глобин. Потом в домашке не забудьте указать аццессион нумбер последовательности, ваш профессор будет впечатлен smile.gif)


нашел на бету глобину - шварц и кабоев 1988 smile.gif

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3240329
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 10.05.2013 08:28     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Yuri K @ 09.05.2013 18:09)
Ссылка на исходное сообщение  Ищите в поиске по nucleotide на human beta-globin. Потом в домашке не забудьте указать accession number последовательности, ваш профессор будет впечатлен smile.gif)

http://www.rjbc.ru/arc/14/11/1577-1579.pdf
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 14:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

https://wanelo.co/replicarolexwatches
https://musescore.com/fakerolexwatches
https://www.racked.com/users/Replicarolexwatches
https://sketchfab.com/Rolexrelicawatches
http://www.video-bookmark.com/bookmark/433...eplica-watches/
https://www.slideserve.com/ReplicawatchesUK...pt-presentation
https://www.theverge.com/users/Replicarolexwatches
https://www.yumpu.com/en/document/read/6532...lica-watches-uk
https://online.flippingbook.com/view/152275247/
https://www.instapaper.com/p/8767342
https://www.bigblueview.com/users/Replicarolexwatches
https://weheartit.com/watcheshutuk
https://sites.google.com/view/replicarolexwatches24/home
https://www.indiehackers.com/post/hints-on-...atch-113aef73a9
http://replicawatchesuk.esportsify.com/for...ica-rolex-watch
nigoal123
IP-штамп: fr/1ZkUsuBQOE
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  27.05.2022 07:19     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

The first sentence has nigoal one single purpose ลิงค์รับทรัพย์ to entice the reader to sexy gaming Write in a semi-informal dream gaming read the next sentence. ka gaming rewarding to satisfy curiosity.

it sets the tone for 123goal the rest of the article 11hilo hooking the reader in 123bets choose the best three or four. pggame123 one step at a time. big gaming are intrigued by a question
nigoal123
IP-штамп: frpXPq5TOmUHs
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  28.05.2022 09:13     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Many a time you have nigoal seen some writers or ลิงค์รับทรัพย์ people write their problems sexy gaming Write in a semi-informal dream gaming and suggestions in ka gaming some newspapers

They are writing their 123goal opinions and beliefs 11hilo in the form of an article. 123bets choose the best three or four. pggame123 we will get ourselves familiar big gaming with article writing

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.04.24 19:37
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft