Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
zoisite |
Очень приятно найти такой тематический форум, где люди действительно увлечены тем чем занимаются. Я сейчас слушаю курс интернет-лекций MIT по молекулярной биологии. В домашнем задании есть задачи по секвенированию ДНК, хотя ни в лекциях, ни в доп.материалах об этом ничего нет - разве что пара фотографий из лаборатории. Дано: ДНК человека, ген, кодирующий бетаглобин, в нем изменение, вызывающие серповидноклеточную анемию на 6-м кодоне (триаде). Нормальная цепь ДНК (5,6,7 триады): 5′-CCTGAGGAG-3′ Мутировавшая ДНК (там же): 5′-CCTGTGGAG-3′ Гидрофильная глютаминовая кислота заменяется на гидрофобный валин. Можно определить наличие мутации используя рестриктазу DdeI - она разрывает цепочку между C и TNAG, где N - любая аминокислота - она разоврет нормальную ДНК, но не будет реагировать на мутировавшую. Это всё мне пока понятно. Дальше там идёт картинка: И условие: Вы хотите выяснить, является ли индивит гомозиготным носителем нормального аллеля или гомозиготным больным серповидноклеточной анемией или гетерозиготой по этому аллелю гена бетаглобина. Образцы днк 3-х индивидов из одной семьи амплифицированы и вы получили отрезок из 1000 базовых пар который содержит точку этой мутации на 6-й аминокислоте бетаглобина. Методом ПЦР-продуцирования (?? не знаю русских терминов >_<) смоделируйте эксперимент используя рестриктазу DdeI. Черточками на схеме отмечайте только длину фрагмента, а не их количество. На линии 1 разместите порядок полос, какой мы увидим у гомозиготы со здоровой аллелью. На линии 2 разместите полосы так, как они будыли бы если бы второй индивид был гетерозиготой по этому гену, кодирующему бетаглобин. На линии 3 разместите линии как у гомозиготы страдающей этой мутацией - серповидноклеточной анемией. Никаких пояснений, как этот метод Сэнгера работает и что значат эти полосочки, нигде нет. И вообще ничего не понятно Помогите. (оригинал You want to determine if an individual is homozygous for the normal allele, homozygous for the sickle-cell allele, or heterozygous for alleles of the β-globin gene. From three individuals from the same family, you PCR amplified a 1000 base pair segment of DNA centered on the point mutation that encodes the sixth amino acid in β-globin. Using these PCR products, design an experiment using the restriction enzyme that you selected in part D to test for the presence or absence of this mutation. Drag and drop the bands onto the DNA gel below to represent the results for the restriction digest of the 1000 base pair PCR product using the enzyme that you have chosen in part D. When you drag and drop the bands, only use a band to indicate the length of a fragment and not the quantity.
In lane 1, give the pattern expected for an individual that is homozygous for the normal allele of the gene encoding β-globin by dragging and dropping bands onto the appropriate position. In lane 2, give the pattern expected for an individual that is heterozygous for the gene encoding β-globin by dragging and dropping bands onto the appropriate position. In lane 3, give the pattern expected for an individual that is homozygous for the sickle-cell allele of the gene encoding β-globin by dragging and dropping bands onto the appropriate position. The DNA ladder is given. Be sure to align the center of the band with the light vertical lines. |
kloun IP-штамп: frDDJret4PE4A гость |
N - не аминокислота - а основание! Вперёд - за учебники! |
guest: ммм IP-штамп: frQlBxj4iQSg. гость |
Вам вопрос: Вы понимаете что это за процесс, гипотетический результат, которого вам нужно нарисовать в задании и который частично представлен на рисунке? |
semi Постоянный участник Москва |
Там есть рисунок: что-то в этом роде должно быть у вас в ответе. |
zoisite |
Это не контрольный вопрос, это домашка же, к тому же просроченная. guest: ммм, если я правильно понимаю, рестриктаза "перекусит" цепочку в определенном месте: нормальную гомозиготу он перекусит в центре (т.к. у нас оно центрирована по этому кодону), возможно где-то ещё, если на этом отрезке она наткнется на последовательность, на которую она реагирует; мутировавшую гомозиготу он перекусит в каком-то другом месте. Гетерозиготу, как я предполагаю, он перекусит и там и там (в двух местах). Но я не понимаю, как мне понять, где находится это второе место, где он её перекусит, если цепочка мутировавшая и разрежет ли он её 1 раз или больше, если там ещё попадается код, на который реагирует рестриктаза, ведь код ДНК-то не дается. =( semi, спасибо! Читаю. Сообщение было отредактировано zoisite - 09.05.2013 17:11 |
Yuri K IP-штамп: frO84jFrTPiQA гость |
Начните с того, что найдите эту последовательность в ПабМеде и скопируйте в Ворд кусок +/- 500 bp от мутации. Убедитесь, что вы копируете геномную ДНК, а не кДНК. Далее, сделайте поиск в Ворде на возможные сайты рестрикции, т е на CTAAG, CTGAG, CTCAG и CTTAG, отметьте их в последовательности, и посчитайте, на какие куски рестриктаза порежет ваш 1000 нт фрагмент. Можете отметить их на геле, в порядке размера. Особое внимание обратите на то, какие фрагменты находятся вплотную к мутации, допустим (например) 271 и 144 нт. Теперь, представьте себе гомозиготный мутант. Если сайт рестрикции убрать, вы вместо фрагментов 144 и 271 на геле увидите одну полоску в 144+271=415 нт, остальные полоски будут те же, кроме 144 и 271, которые исчезнут. А в гетерозиготе вы увидите все три полоски, 144, 271 и 415 нт. |
zoisite |
Спасибо!!!! Всё поняла. Огромное спасибо. (пытаюсь теперь понять, как найти ДНК в пабмеде, пабмед нашла) Сообщение было отредактировано zoisite - 09.05.2013 17:57 |
AlexRez Постоянный участник Екатеринбург |
|
Yuri K IP-штамп: frO84jFrTPiQA гость |
|
R.J. Dio Постоянный участник |
(AlexRez @ 09.05.2013 19:08) во-первых, не сезон, все будет через 4-5 дней, а во-вторых, уж очень неспортивно растерзать совершенно нативного персонажа, как ударить ребенка. Пусть живет в ощущении, что что-то понял |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Yuri K @ 09.05.2013 18:09) Ищите в поиске по нуцлеотиде на хуман бета-глобин. Потом в домашке не забудьте указать аццессион нумбер последовательности, ваш профессор будет впечатлен ) нашел на бету глобину - шварц и кабоев 1988 |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Yuri K @ 09.05.2013 18:09) Ищите в поиске по nucleotide на human beta-globin. Потом в домашке не забудьте указать accession number последовательности, ваш профессор будет впечатлен ) |
nigoal123 IP-штамп: fr/1ZkUsuBQOE гость |
it sets the tone for |
nigoal123 IP-штамп: frpXPq5TOmUHs гость |
They are writing their |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |