Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Ответ в SkyGen «предст.»
Правила форума Правила форума: в каталоге включаются фирмы, полезные для био-, хим- или мед-лабораторий;
вносить новые описания могут все участники (и зарегистрированные, и гости);
для того, чтобы внести описание фирмы, не обязательно быть её представителем;
автор описания может удалять ЛЮБЫЕ сообщения в теме — и свои и чужие.
NB! создание описаний - премодерируемое. Они становятся видимыми посетителям только после проверки модератором.

Описания компаний удобнее смотреть здесь (отбор по классификатору, личный фильтр, несколько описаний на страницу).
Вся контактная информация на одной странице: российские компании, зарубежные компании

Подробно о компаниях:
Компания 'Хеликон'  Компания 'Евроген'  Компания 'TPP Techno Plastic Products AG'  Компания 'Миллипор'  Компания 'СтормовЪ'
подробные описания размещаются бесплатно; нужно лишь подготовить читабельный текст

Иконка сообщения*  [ Без иконки ]   Важно!   Вопрос   Информация     Обмен опытом   Шутка, забавная история     Поздравления, благодарности   Возмутительно!   Проблема   Картинки, фотографии
Введите имя

 [вст. закрывающие теги*

*


*



Смайлик: согласен Смайлик: не согласен Смайлик: улыбка Смайлик: пожалуйста, умоляю! Смайлик: помираю со смеху Смайлик: подмигивание Смайлик: подшучивать, дразнить Смайлик: смущение Смайлик: мне стыдно Смайлик: жуть! Смайлик: не понял Смайлик: закатывать глаза Смайлик: недовольство, огорчение Смайлик: рёв в три ручья Смайлик: злость Смайлик: супер Смайлик: умник Смайлик: чайник Смайлик: сходка Смайлик: Ура! Смайлик: не получается!
Перевод выделенного текста из латиницы в кирилицу. Текст в квадратных скобках '[]' не преобразуется

Пример: biologija -> биология [b] - полужирный шрифт

Пример: [b]полужирный[/b] [i] - курсив

Пример: [i]курсив[/i] [u] - подчёркнутый

Пример: [u]подчёркнутый[/u] [sup] - верхний индекс

Пример: температура 37[sup]o[/sup]C [sub] - нижний индекс

Пример: H[sub]2[/sub]O - вода [QUOTE] - применяется для цитирования чужих сообщений, цитата вставляется с небольшим отступом от края текста

Пример: [QUOTE]цитата[/QUOTE] [code] - форматирование как при вводе
Применяется для вывода теста как он есть, с предотвращением форматирования (автопереноса на новую строку), без интерпретации кодов форума и смайликов; вставляется с небольшим отступом от края текста.

Пример: 
[code]
программный код
	1 строка
	2 строка
[/code] [list] - список:
возможны опции: 1, a, A, i, I
[list] неупорядоченный; 
[list=1] нумерованный; 
[list=A] упорядоченный по буквам A-Z

Пример:
[list=1]
[*] первая строка;
[*] вторая строка;
[/list] Тег [hr] - горизонтальная разделительная линия

Пример: 
Абзац 1
[hr]
Абзац 2 [url] - гиперссылка

Примеры:
[url]www.ncbi.nlm.nih.gov[/url]
[url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/]NCBI[/url] [email] - ссылка на адрес электронной почты

Пример: [email]masha@mail.ru[/email] Тег [img] - рисунок
[img] - в строке;
[imgL] - выравнивание по левому краю; 
[imgR] - выравнивание по правому краю.

Пример:
[img]http://molbiol.ru/izo/rl.gif[/img] [ru] - только для русских читателей

Пример:
[ru]это увидят только те, кто использует русский интерфейс[/ru] [en] - только для английских читателей

Пример:
[en]это увидят только те, кто использует английский интерфейс[/en] [self] - текст виден только вам и администрации

Пример:
[self]это увидите только вы сами[/self]
[left] - выравнивание по левому краю

Пример: [left]текст слева[/left] [center] - выравнивание по центру

Пример: [center]текст в центре[/center] [right] - выравнивание по правому краю

Пример: [right]текст справа[/right] [just] - выравнивание по обоим краям

Пример: [just]выровненный текст[/just]

     размер сообщения / макс. размер:  / 15360


Последние 10 сообщений [ в обратном порядке ]
SkyGen Отправлен 18.08.2017 12:35
 
QIAGEN от SKYGEN – прямые поставки из Германии!

Дорогие друзья! Уважаемые коллеги!

Мы с гордостью сообщаем Вам, что в августе 2017 г. СкайДжин стал официальным дистрибьютором компании QIAGEN в России и Республике Казахстан!

Мы рады Вам предложить реагенты и оборудование QIAGEN для исследований Life Science по доступной цене и быстрыми сроками доставки.

Мы организуем доставку так, как мы это сделали с New England Biolabs, чтобы у Вас всегда были необходимые реагенты под рукой!

Уже сейчас у нас на складе есть продукция QIAGEN, которая будет регулярно пополняться.

Наши специалисты помогут Вам подобрать все необходимые компоненты для Вашего исследования. Все многообразие реагентов и оборудования QIAGEN – к Вашим услугам, выбор – только за Вами!

• Пробирки для сбора и хранения биообразцов PAXgene
• Решения стабилизации биообразцов
• Наборы реагентов для выделения ДНК, тотальной РНК, мРНК, мкРНК
• Готовые решения для жидкостной биопсии в онкологии и NIPT
• Решения для анализа одиночных клеток
• Мастер-миксы miScript и RT² Profiler для анализа мРНК и мкРНК
• Наборы реагентов для создания библиотек серии GeneRead и QIAseq для систем illumina и ION
• Наборы серии AdnaTest для онкологических исследований
• Станции для выделения ДНК и РНК QIAcube и QIAcube HT
• Станция для дозирования QIAgility
• Система капиллярного электрофореза QIAxcel Advanced
• Реал-тайм амплификаторы серии Rotor-Gene Q 2plex и 5plex HRM
• Пиросеквенатор с автоматизацией пробоподготовки PyroMark Q48 Autoprep
• Система секвенирования следующего поколения GeneReader
• Программное обеспечение для анализа данных CLC Bio
• Программное обеспечение для интерпретации данных Ingenuity Variant Analysis, Ingenuity Pathway Analysis, QCI Interpret
и многое другое!!
[attachmentid()=289437]

Получить более подробную информацию о продуктах QIAGEN и ценах, а также сделать заказ, можно отправив запрос по электронной почте info@skygen.com, или позвонив по телефону +7 (495) 215 02 22 или по бесплатной линии 8 (800) 333 12 26.

Вы можете ознакомиться со списком оборудования, принадлежностей и реагентов QIAGEN, которые находятся в наличии на складе в Москве.
SkyGen Отправлен 17.08.2017 12:44
  Мы стали партнерами сайта "БИОМОЛЕКУЛА"!

jump.gif Мы рады сообщить, что теперь являемся партнером уникального проекта - научно-популярного сайта "БИОМОЛЕКУЛА"! Наше сотрудничество началось с самой интересной и близкой нам темой - секвенирования.

Ознакомиться со статьей под названием "Методы в картинках: cеквенирование нуклеиновых кислот" можно, перейдя по ссылке
Olescarold Отправлен 16.08.2017 17:22
  Красотка
VanGogovih Отправлен 10.08.2017 08:40
  Круто
SkyGen Отправлен 09.08.2017 15:26
  Новый каталог NEB 2017/2018

Уже 40 лет каталоги NEB являются наглядным пособием для молодых учёных. Благодаря своему информационному наполнению, они помогут оптимизировать реакцию ПЦР, клонирование, пробоподготовку NGS. Таблица рестрикции прилагается к каждому каталогу.

Закажите каталог NEB и мы с ним доставим фирменные карандаш, сумку, плотик NEB или блокнот.

Внутри каталога вы также сможете найти стикеры на скидку в размере 5%, 10% или 15% на любой заказ NEB.*

При оформлении заказа NEB отправьте нам фото с вашим стикером на адрес: anastasia.markacheva@skygen.com и мы учтём вашу скидку.

Закажите новый каталог NEB, заполнив форму здесь .
[attachmentid()=288761]
*скидка действует до 31.12.17
SkyGen Отправлен 09.08.2017 11:03
 
СУПЕР АКЦИЯ от СкайДжин!
Закажите набор для выделения ДНК от Мачерей-Нагел с супер скидкой.

СКИДКА:
60%: 28 августа — 3 сентября 2017
50%: 4 сентября — 10 сентября 2017
40%: 11 сентября — 17 сентября 2017
30%: 18 сентября — 24 сентября 2017
20%: 25 сентября — 1 октября 2017
10%: 2 октября — 6 октября 2017

Сегодня у Вас есть уникальная возможность подготовиться к зиме и запастись наборами для выделения ДНК со скидкой 60%.
Наборы для выделения ДНК из тканей, крови, биологических жидкостей, почвы, микроорганизмов, насекомых найдут свое применение в Ваших лабораториях, а компания Мачерей-Нагел обеспечивает высокое немецкое качество с 1911 года!
Перед тем как предложить Вам данные решения, мы съездили в штаб-квартиру Мачерей-Нагел в город Дюрен (Германия), посетили их производство и руками попробовали каждый набор.
При оформлении заказа можно включить в него другую продукцию от Мачерей-Нагел с фиксированной скидкой 25%.
Указанная скидка сохраняется в течение 2-х недель после выставления коммерческого предложения в указанный период. В этот срок необходимо оплатить заказ или заключить договор, или предоставить официальное гарантийное письмо.
Свой заказ Вы можете отправить нашим менеджерам по продажам по адресу info@skygen.com, а также связаться с нами по телефону +7(495)215-02-22 или бесплатной линии 8(800)333-12-26.

info@skygen.com
SkyGen Отправлен 01.06.2015 16:22
  Готовые двуцепочечные гены длиной до 5000 п.о. по доступным ценам от IDT DNA


[attachmentid()=225658]

Данный обзор предназначен для всего широкого числа пользователей, которым для самых разных целей требуются протяженные двуцепопченые фрагменты генов, длиной до 200 до 5000 пар оснований, как в виде фрагментов цепи ДНК, так и в составе плазмиды.
Воспользуйтесь возможностью ускорить свои научные исследования уже сегодня, используя в работе готовые протяженные фрагменты генов, синтезированные с высочайшей точностью, по доступной цене, которые могу быть доставлены из США в течение 2-3 недель.

Научные группы, перед которыми стоят задачи конструирования генов, создания рекомбинантных антител, вакцин, работы с CRISPR-системой редактирования генома, и которым требуются контроли для ПЦР и реал-тайм ПЦР, сегодня могут не тратить время и силы на сшивку длинных фрагментов. Также, возможно избежать трудностей и ошибок при встраивании гена интереса в плазмидный вектор. Следовательно, все время и средства, сэкономленные на осуществление на данных этапов, возможно потратить на решение интересующей научной проблемы.

Данный обзор предназначен для всего широкого числа пользователей, которым необходимы протяженные двуцепопченые фрагменты генов, длиной от 200 до 5000 пар оснований, как в виде фрагментов двухцепочечной ДНК, так и в составе плазмиды.

1. Фрагменты двуцепочечных генов gBlocks

[b]gBlocks
- это двуцепочечные фрагменты генов от компании IDT DNA Technologies. В чем преимущество этого продукта по сравнению с другими предложениями на рынке?
Проверенное временем качество IDT DNA, лидера рынка США и мира в области синтеза ДНК и РНК
Сроки поставки из США от 2 до 3 недель, в зависимости от сложности последовательности и длины гена
Подтвержденная секвенированием последовательность генов и высокая точность синтеза
gBlocks могут быть использованы для конструкции и модификации генов, разработки антител и в исследованиях с использованием системы редактирования генома CRISP, а также быть как стандарты для qPCR и для решения многих других задач. некоторые направления возможных приложений таких генов приведены на рисунке 1.

Рисунок 1. Схема возможных направлений применения gBlocks от компании IDT DNA.

[attachmentid()=225657]

Кроме генов с определенной последовательностью, мы предлагаем библиотеки фрагментов двуцепочечных генов gBlocks - это множество генов, у которых консервативные участки перемежаются с участками до 18 последовательных варьирующихся оснований (N или K), такие библиотеки могут использоваться для производства рекомбинантных антител и конструирования белков.

2. Какие форматы синтеза и доставки доступны в компании СкайДжин?
А. Вы можете заказать гены в виде протяженного фрагмента двухцепочечной ДНК - в виде gBlocks, который далее может использоваться для любого метода клонирования, включая сборку по Гибсону, методы клонирования по тупым концам и клонирования с липкими концами. gBlocks могут быть синтезированы с/без фосфатной группой на 5'-конце. Длина таких фрагментов может составлять от 12 до 2000 п.о. Такие гены доставляются в сухом виде, с количеством вещества 200 нг.

Б. Также возможно заказать двухцепочечный ген, клонированный в плазмидный вектор, уже готовый к введению в E.Coli. Такой вариант заказа гена называется Custom gene. Такой вектор может содержать участок устойчивости к ампициллину, канамицину или хлорамфениколу, а также сайты рестрикции на 3'- и 5'-концах. Также, для специальных задач по in vitro транскрипции можно выбрать вектор pIDTBlue для генов с длиной большей, чем 1500 п.о. Гены с длиной более чем 5000 п.о. поставляются в составе плазмид или бактериальных искусственных хромосом (BACs).
Гены, встроенные в плазмиду длиной более 5000 п.о., поставляются в количестве 4 мкг, в сухом виде. Гены длиной менее 5000 п.о., в составе бактериальных искусственных хромосом (BACs), доставляются в сухом виде, в количестве 1 мкг.

3. При выборе синтеза гена в векторе, какие варианты плазмид доступны?
Если вы приняли решение заказать ген в составе плазмиды, вы получите его в виде, готовом к трансформации в E. coli. При заказе гена с длиной менее чем 5000 п.о. вам предложат воспользоваться способом заказа Best-Fit.
В таком случае во время процесса клонирования, желаемый фрагмент ДНК будет встроен в наиболее подходящий вектор, что помогает избежать непредвиденных трудностей с клонировнаием или токсичностью. В таком случае не будет происходить задержек при синтезе.
Гены, длина которых не превышает 1500 п.о. могут быть заказаны в векторе pIDTBlue, если предполагается использование гена в in vitro транскрипции. Аналогично вектору pBluescript II, вектор pIDTBlue содержит большое количество сайтов клонирования в альфа фрагменте гена LacZи в промотерах T3 и T7, по краям сайта встраивания. PIDTBlue плазмида содержит устойчивость к ампициллину.
BACs и гены длиной более чем 5000 п.о.
Гены с длиной более 5000 п.о. поставляются в BAC с устойчивостью к хлорамфениколу. Инструкции по тому, как работать с BAC векторами, на английском языке, могут быть найдены здесь. В таблице 1 представлены все возможные варианты векторов, в которые могут поставляться фрагменты генов.

Таблица 1. Возможные варианты векторов, в которых могут поставляться фрагменты генов.

[attachmentid()=225656]

4. Какие шаги необходимо предпринять, чтобы заказать двухцепочечный ген в компании СкайДжин?

К тексту обзора прикреплены форма для заказа генов, которую можно заполнить и выслать на почту info@skygen.com.
При заполнении таблицы обратите внимание на то, что если ваш ген будет доставляться в плазмиде, необходимо указать сайты рестрикции на 3' и 5' концах и тип антибиотика, к которому должна быть резистентность.
После этого будет сформирована цена, вам будет прислан на проверку скан заказа который надо будет подписать с вашей стороны, и мы попросим заполнить форму безопасности гена, которая также прикреплена к данному обзору.
Для того, чтобы принять решение о возможности осуществить синтез и об его окончательной стоимости, принимаются во внимание следующие факторы:
Вторичная структура: шпильки длиной более 10 оснований, и GC-богатые участки
Повторы и гомополимерные участки: длинные повторы более чем 10 пар для G/C, или более чем 30 пар для A/T
Общее содержание GC более 65% и содержание GCболее 25% в отдельных частях гена
Повторы рестрикционных сайтов и сайт метилирования Dam/Dcm, которые могут влиять на разрезание эндонуклеазами рестрикции

5. Как правильно использовать полученные фрагменты генов gBlocks?
Чтобы облегчить работу наших клиентов, мы предлагаем ряд опробованных и оптимизированных протоколов для использования фрагментов генов gBlocks. Следующие протоколы (на английском языке) - рекомендуются для сборки и амплификации фрагментов gBlocks. Условия работы с фрагментами и инструкции по хранению также включены.
Метод сборки фрагментов генов по Гибсону
В оригинальной статье, в которой был описан методв Гибсона [Gibson et al., 2009], были представлены рекомендации по сборке конструктов, размер которых варьируется от малых бактериальных геномов до миллиона п.о. при помощи этой методики. Тем не менее, IDT предлагает ограничить размер собираемых участков до 2300 п.о. с использованием 4-5 фрагментов. Для сборки рекомендуется использовать готовую смесь Gibson Assembly от компании New England Biolabs, которую также можно заказать в нашей компании.
Протокол можно найти в статье Gibson DG, Young L, et al. (2009)

Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases . Nature Methods 6 (5):343–345. doi:10.1038/nmeth.1318. PMID 19363495.

Амплификация фрагментов gBlocks

T/A клонирование фрагментов

Клонирование мегапраймеров без этапа рестрикции

В дополнение к приведенным протоколам, можно привести несколько советов по работе с gBlocks.
Клонирование с использованием gBlocks аналогично использованию очень чистого ПЦР-продукта. Для клонирования с рестриктазами важно добавить 6-8 нуклеотидов на концы фрагментов, за пределами рестрикционного сайта узнавания. Большинство ферментов будет терять эффективность, если фрагмент гена будет заканчиваться сайтом рестрикции.
Добавлять на 5′-конце фосфатную модификацию необязательно для большинства задач. Добавление 5′ фосфата необходимо для традиционного клонирования по тупым концам. Нельзя добавлять фосфорилирование при использовании Zero Blunt TOPO клонирования.
6. Биологическая безопасность синтезируемых генов
Каждый синтезируемый ген контролируется для избежания содержания в них последовательности, кодирующей потенциально опасных патогенов, каждый пользователь должен подтвердить отсутствие таковых участков в составе заказываемого гена.

Заключение
Мы надеемся, что информация, представленная в этом обзоре, будет полезна и поможет Вам в ваших дальнейших исследованиях.
SkyGen Отправлен 31.03.2015 18:11
  Выделение микроРНК, РНК и ДНК с использованием phenol-free колоночных наборов от Bioline

[attachmentid()=219979]

Мы продолжаем расширять нашу линейку для колоночного выделения нуклеиновых кислот из самых разных образцов. Сегодня мы хотим обратить внимание всех, кто работает с микроРНК, тотальной РНК, а также с образцами тканей в парафине на новинки для колоночного выделения:
Набор для выделения РНК из биологических жидкостей позволяет выделить РНК высокого качества из физиологических жидкостей - крови/сыворотки, мазков изо рта, клеточных культур, вирусов.
Набор для выделения микро РНК и набор для выделения микро РНК из растений позволяют получить тотальную РНК и микроРНК из самых различных образцов (см. Табл.1 в тексте обзора).
Набор для выделения РНК/ДНК из тканей, зафиксированных формалином в парафине позволяет получить геномную ДНК и тотальную РНК хорошего качества из проблемных образцов.
Набор для выделения ДНК/РНК/протеинов позволяет выделить три различных типа макромолекул из одного образца без этапа экстракции органическими растворителями.

Преимущества линейки наборов для выделения РНК от ISOLATE II
1. Безопасность: простой протокол, без использования токсичных химикатов (без фенола)
2. Достоверные результаты: возможность очистить как микро РНК, так и малые РНК (длиной до 200 нуклеотидов) без разрушения, вызываемых использованием фенола
3. Быстрый протокол: без трудоемкого этапа разделения фаз и осаждения спиртом
4. Надежность: без инициируемого фенолом разрушения образцов
5. Использование для дальнейших экспериментов: РНК готова к дальнейшему использованию в большинстве экспериментов.

Было показано, что малые РНК с малым содержанием GC могут быть селективно потеряны при очистке с использованим фенола (Kim et al., Molecular Cell 46(6): 2012).
Таблица 1. Типы образцов, из которых возможно выделять микро РНК, РНК, ДНК и протеины при помощи наборов для выделения ISOLATE II

[attachmentid()=219981]

Давайте подробнее остановимся на каждом из рассматриваемых наборов.

1. Набор для выделение РНК из биологических жидкостей и из вирусов

Типы выделяемой РНК:
1. большие фрагменты мРНК
2. вирусная РНК
3.рибосомальная РНК (rRNA)
4. малые РНК, такие как микроРНК (miRNA) и короткие интерферирующие РНК (siRNA)

Откуда выделяется РНК?
1. кровь/плазма/сыворотка
2. слюна
3. цереброспинальная жидкость (CSF)
4. семенная жидкость
5. вирусы

Откуда выделяется вирусная РНК?
Кроме перечисленных выше типов образцов, также из культивируемых клеток и тканей.
Принцип выделения:
Колоночное выделение с использованием аффинного полимера, связывающего РНК разного размера (используется новый тип silica, к которой преимущественно присоединяются малые РНК). Набор не использует фенол и хлороформ.
Образцы подвергаются лизису в присутствии гуанидиниум тиоционата, и хаотропных солей, которые деактивируют эндогенные РНКазы и позволяют выделить неповрежденную РНК. Затем, геномная ДНК захватывается колонками и удаляется. Добавляется этанол, и РНК переносится в колонку для выделения РНК. Далее, тотальная РНК задерживается колонкой и может быть избавлена от примесей при промывании.
Полученная высокочистая РНК может быть использована в следующих экспериментах:
1. реал-тайм ПЦР (qPCR)
2. реакция обратной транскрипции
3. синтез кДНК
4. секвенирование следующего поколения
5. Nothern blotting

2. Набор для выделения РНК/ДНК из тканей, зафиксированных формалином в парафине
Набор обеспечивает выделение и очистку геномной ДНК и тотальной РНК (включая микроРНК) из образцов тканей в парафине. Зафиксированные в парафине ткани характеризуются образованием связок между нуклеиновыми кислотами и белками, и друг с другом. Фиксация также часто характеризуется фрагментацией ДНК с течением времени. Набор позволяет частично избавиться от модификаций, вызванных формалином, увеличивая качество и выход нуклеиновых кислот.
Разделительный матрикс в составе колонок позволяет отделять РНК и ДНК от других компонентов клеток. Набор не требует использования хлороформа и фенола.
На первом этапе избавляются от парафина при помощи промывки ксиленом и этанолом, далее образцы разлагаются с использованием Протеиназы К и специального буфера. Растворимый лизат собирается для очистки РНК, а оставшийся образец разлагается для выделения ДНК. Лизирующий буфер и этанол добавляются в лизат, содержащий ДНК и РНК и переносят в микроколонки для выделения РНК и ДНК. Связанные нуклеиновые кислоты промываются. Очищенные РНК и ДНК могут использоваться для широкого спектра экспериментов.

3. Набор для выделения микроРНК и набор для выделения микроРНК из растений
Набор был разработан для выделения обогащенной микроРНК (размер составляет <200 нуклеотидов), выделение происходит из следующих образцов:
1. культивируемые клетки
2. ткани млекопитающих
3. бактерии
4. кровь
5. другие биологические жидкости

Какие типы малых РНК выделяются:
1. регуляторные молекулы РНК (такие например как микроРНК (miRNA)
2. короткие интерферирующие РНК (siRNA),
3. транспортные РНК (tRNA)
4. РНК из 5Sсубъединицы (rRNA)
Малые РНК, имеющие длину 20-25 нуклеотидов, вовлечены в регуляцию генной экспрессии при помощи связывания с мессенджер РНК (mRNA)

Принцип выделения
РНК прикрепляется к колонки при помощи аффинного связывания,при этом при помощи размера пор возможно разделить РНК по размеру.
Тотальная РНК, в растворе этанола проходит через связывающую колонку, где большие фрагменты РНК остаются связанными, а малые смываются в супернатант. Далее супернатант, содержащие малые РНК проходит через колонку для выделения малых РНК, где связываются малые молекулы.

4. Набор для выделения ДНК/РНК/протеинов
Набор позволяет выделить и очистить с высоким качеством одновременно следующие три компонента, из одного образца
1. тотальную РНК (включая малые РНК),
2. геномную ДНК
3. белки

Выделение может проводиться из следующих образцов:
1. культивируемые клетки
2. ткани млекопитающих
3. биологические жидкости (включая слюну, мочу, семенную жидкость и кровь)
4. бактерии
5. дрожжи,
6. грибы
7. растения
Особенно набор подходит для исследователей, которые выделяют макромолекулы из особенно ценных, труднодоступных образцов (таких как результаты биопсии), - потому что это позволяет не проводить фракционирование образца. Также, анализ становится более достоверным, вследствие того, что РНК, ДНК протеины получаются из одного и того же образца.
Протокол предотвращает деградацию РНК (при помощи перемешивания образца с гуанидинумом тиоцианатом. Геномная ДНК захватывается и отделяется при помощи ДНК колонки. Оставшийся супернатант погружается в колонку для выделения РНК/протеинов. Далее тотальная РНК (включая микроРНК) связывается с поверхностью колонки, в то время как протеины остаются в растворе. Протеины, оставшиеся в промывном растворе - могут быть нанесены непосредственно на SDS-PAGE гель, для визуального анализа, или очищаться. Набор не содержит фенол и хлороформ.
Возможно исследовать одновременно геном, транскриптом и проводить протеомные исследования в одном образце. Очищенная РНК может быть использована для реал-тайм ПЦР, ПЦР с обратной транскрипцией, Nothern Blotting, экспериментах по секвенированию и экспрессии. Полученная ДНК может быть использована для ПЦР, реал-тайм ПЦР, NGS секвенирования, генотипирования. Белки могут быть использованы для SDS-PAGE, Westertn Blotting, 2-D гелей, масс-спектрометрии.

Заключение
Мы надеемся, что новая альтернатива представленным на рынке методам и продуктам для выделения РНК (и микроРНК) позволит упросить и удешевить проведение экспериментов с использованием РНК. По всем возникающим вопросам, пожалуйста, обращайтесь по электронной почте info@skygen.com!
SkyGen Отправлен 31.03.2015 17:34
  Амплификация полного генома отдельной клетки - решение от New England Biolabs

[attachmentid()=219975]

Часто ли вы оказывались в такой ситуации, когда исчезающе малые количества исходного материала не позволяют думать о продолжении экспериментов? Существуют также ситуации, когда важно использовать ДНК одной единственной клетки. Сегодня все это стало возможно, благодаря появлению новых, высокопродуктивных ДНК-полимераз.

Метод полной амплификации генома клетки особенно актуален для изучения эмбрионального развития, дифференциации стволовых клеток, нейронов и разработки новых подходов для лечения опухолевых заболеваний.

Всем, а особенно тем, кому такие возможности приоткрывают новые двери для шага вперед в их исследованиях, мы расскажем в нашем обзоре про набор для полной амплификации генома клетки PicoPLEX™ WGA Kit от компании New England Biolabs. А также о возможностях секвенирования ДНК материала отдельной клетки.

В каком направлении должны были двигаться исследователи, чтобы иметь возможность увеличить то мизерное количество ДНК и РНК, которое можно получить из одной единственной клетки в миллионы раз и получить количество, достаточное для анализа?

Набор для полной амплификации генома клетки PicoPLEX™ WGA Kit эффективно амплифицирует общую ДНК из одной клетки или ДНК эквивалента одной клетки в 1 миллион раз, с получением 2-5 мг ДНК меньше чем за 3 часа.

Для решения каких задач возможно использовать набор для полной амлпификации генома клетки?

1. Анализ вариаций числа копий (Copy Number Variation, CNV)
2. SNP генотипирование
3. Детекция мутаций
4. Секвенирование

Принцип метода полной амлпификации генома клетки (WGA)

Набор для полной амплификации генома клетки PicoPLEX™ WGA Kit позволяет эффективно амплифицировать целиком ДНК, содержащуюся в одной клетке, до суммарного количества в 2-5 мкг за 3 часа (в результате протокола происходит увеличение количества исходной ДНК в 1 миллион раз). Длина получаемых при помощи набора ампликонов варьирует от 200 до 1000 п.н.

[attachmentid()=219976]

Рис.1. Последовательность действий при проведении 3-х шагового протокола амплификации генома одиночной клетки или 15 пг - 15 нг ДНК.</i>

Какие преимущества дает использованием методики полногономной амплификации клетки (WGA)?
1. Возможность амплификации генома отдельно взятой клетки. Эффективность амплификации единичного бластомера и полярных телец достигает 95%.
2. Набор может быть также применен при необходимости амплификации неопределенного малого количества исходного материала (от одной до тысячи клеток или от нескольких пикограмм до нескольких нанограмм ДНК).

3. Метод позволяет одинаково успешно амлифицировать как AT-, так и GC-богатые регионы.
4. Высокая воспроизводимость: коэффициент корреляции между значениями Ct при повторных ПЦР в реальном времени достигает 90%.

5. Специфичность и высокая эффективность метода могут быть наглядно проиллюстрированы (Рис.2.), когда мы сравним рост кривых амплификации одиночного клеточного генома и отрицательного контроля: нарастание сигнала в пробирках с отрицательным контролем происходит с отставанием, как минимум, в 5 ПЦР-циклов.

[attachmentid()=219977]

[i] Рис.2. Амплификационные кривые, полученные при проведении ПЦР при помощи набора для полной амплификации генома клетки в режиме реального времени на приборе Bio-Rad I Cycler iQ.


Другим примером эффективности работы может служить электрофореграмма разделения продуктов ПЦР после использования набора WGA (Рис.3).

[attachmentid()=219974]

Рис. 3 Электрофореграмма разделения продуктов ПЦР в 1,4% агарозном геле. Дорожка 1: отрицательный контроль, дорожки 2 и 3: продукты двух независимых реакций с использованием 15 пг геномной ДНК человека, М: Маркер 2-Log 0.1-10 т.п.н. длин ДНК.

Амплификация полного генома отдельной клетки для последующего секвенирования NGS

Давайте вместе посчитаем: в одной клетке находится 70-100 пг ДНК и порядка 10 пг тотальной РНК (что составит 0,1-0,5 пг мРНК). Для того, чтобы, например, приготовить ДНК библиотеку для NGS с помощью набора NEBNext для Illumina, нам потребуется 1-5 мкг ДНК (в случае набора NEBNext Ultra - 5 нг-1 мкг). Значит, при условии увеличения количества ДНК в 10 000 раз возможно будет создать библиотеку NGS. Для РНК задача усложняется: для использования набора NEBNext для создания библиотеки потребуется 100 нг-1мкг тотальной РНК (10 нг-1 мкг для набора Ultra). Получаемое количество ДНК после использования набора, даже с учетом потерь на очистку, достаточно для проведения NGS эксперимента.

Cостав набора

1. Фермент для экстракции ДНК
2. Фермент для подготовки к амплификации
3. Фермент для амплификации
4. Буфер для экстракции
5. Буфер для разведения фермента для экстракции
6. Реакционная смесь для подготовки к амплификации
7. Реакционная смесь для амплификации
8. Очищенная от нуклеаз вода
9. Температура хранения: -20°С

Примечания:

Пробирки с ферментами следует доставать из холодильника и ставить на планшет со льдом только перед непосредственным их использованием. Остальные компоненты набора можно размораживать на планшете со льдом, а перед использованием их следует перемешать при помощи вортекса.

Набор для полной амплификации генома клетки предполагает работу со сверхнизкими (пикограммы) количествами ДНК, поэтому при работе с ним необходимо соблюдать особую осторожность для предотвращения возможной контаминации.

Мы надеемся, что представленная в данном обзоре информация будет полезна, и поможет вашей работе! Со всеми вопросами и предложениями (в том числе по тематикам обзоров, которые интересные) обращайтесь по электронной почте info@skygen.com, и по телефонам: +7 (495) 215 02 22; +7 (800) 333 12 26
SkyGen Отправлен 18.03.2015 19:09
  Выиграйте конкурс на лучший постерный доклад, и получите сертификат на продукцию компании СкайДжин!

[attachmentid()=219169]

Мы долго думали, как помочь нашим любимым клиентам получить нашу продукцию совершенно бесплатно, и вот придумали!

Мы рады объявить, что компания Скайджин является спонсором 3-ей Международной конференции "Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений" (Россия, г. Новосибирск, 17-21 июня 2015 года; http://conf.nsc.ru/plantgen2015) и спонсором проводимого в рамках данной конференции конкурса на лучший постерный доклад. Пять победителей конкурса получат сертификаты компании Скайджин стоимостью 4000 рублей каждый, которые можно будет потратить на приобретение всевозможных ферментов (например, рестриктаз), на реактивы для секвенирования по Сэнгеру, наборы для выделения ДНК и РНК и ферментативной очистки ПЦР-смеси и на многое-многое другое!

Участвуйте в конференции, получайте новый опыт, выигрывайте! А потом обращайтесь к нам и получайте любимые ферменты!


Со всеми вопросами обращайтесь по электронной почте: info@skygen.com, или по телефонам: +7 (495) 215 02 22; +7 (800) 333 12 26
Посмотреть тему (откроется в новом окне)

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 21.08.17 11:27
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft