molbiol.ru -> Эпигенетика

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Эпигенетика

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

guest: Мышка
IP-штамп: fr.U238TwUC4g
гость

28.09.2016 00:44

URL #1

Товарищи, кто работал с эпигенетическими модификациями генов? Нужна консультация.

Кратко введу в курс дела: есть опухоли и эффективное лекарство, вводишь, опухоли полностью исчезают, дазе на гистологии не обнаруживаются опухолевые клетки. Прекращаем давать лекарство, опухоли сразу возвращаются в том же самом месте (есть гипотиза о миграции клеток в более глубокие слои кожи, да, рак кожи). Хотим рахобраться с механизмом или причинами данного явления. Что посоветуете? Смотреть как меняется до и после тритмента модификации генов? Кто с этим работал? Как долго? И стоит ли заморачиваться?

Guest
IP-штамп: fr.U238TwUC4g
гость

29.09.2016 09:51

URL #2

Нет специалистов в эпигенетике? Вы где, ребята?

MMM
Постоянный участник

29.09.2016 11:20

URL #3

При чем тут эпигенетика? Первое что надо сделать - это попытаться найти биологичекую мишень лекарства. А вообще то что вы рассказаваете выглядит как чудеса. Обработайте вашей панацеей хотя бы Hela в культуре.

semi
Постоянный участник
Москва

29.09.2016 15:38

URL #4

(MMM @ 29.09.2016 12:20)

При чем тут эпигенетика? ....

Возможно потому, что эпигенетикой на словах объясняют всё необъяснимое?

Guest
IP-штамп: frxGOYQklo76Y
гость

30.09.2016 04:50

URL #5

Модное слово, даже обывателям стали его впаривать. Фото объявы на остановке:
user posted image

МММ прав, надо бы для начала на раковых клеточных линиях проверить эффект. Так проще и достоверней, чем возиться с кусочками кожи, в которых смесь разных типов клеток. Если подтвердится, то можно и посмотреть метилирование генов-онкомаркеров.

Поблагодарили (1): Beta

semi
Постоянный участник
Москва

30.09.2016 13:27

URL #6

(Guest @ 30.09.2016 05:50)

Модное слово, даже обывателям стали его впаривать. Фото объявы на остановке:
...

Термин "эпигенетическая долина" неплохо согласуется со знаменитым рисунком Уоддингтона и его же термином "эпигенетический ландшафт".
user posted image

http://www.nature.com/nrg/journal/v3/n11/abs/nrg933.html

guest: Мышка
IP-штамп: frft5rFEl.JUY
гость

10.10.2016 09:31

URL #7

Мишень найдена. И лекарство даже на людях испытано было.
Мне нужна консультация про эпигенетику (если я корректно понимаю ее суть). по количеству сарказма - не понимаю.

guest: Мышка
IP-штамп: frft5rFEl.JUY
гость

10.10.2016 09:40

URL #8

Ребята, на клеточных линиях тоже все проверено.
Эффект есть.
Меня интересует как реально долго нужно возиться с метилированием онкогенов (и почему метилированием). Год? 5 лет? 10 лет? Допустим, что руки растут не из жопы, ... Но сколько нужно потратить времени на это? По деньгам?
Как понять, на что лучше смотреть/проверять - метилирование, ацетилирование ... Модификации чего? Генов? Гистонов? Факторов транскрипциии? Подскажите, куда копать?

MMM
Постоянный участник

10.10.2016 09:51

URL #9

Если найдена мишень, должно быть понятно влияет ли она на эпигенетические механизмы или нет. Если мешень влияет, то имеет смысл смотреть эпигенетику, если не влияет, зачем притягивать эпигенетику за уши. А сарказм из-за того, что вы вместо описания мишени, характеризуете биологическую активность феноменологическим описанием гистологии, напоминающим изустные сказания про деревенских бабусь выводящих хвори, которые после визита к бабусе и принятия вытяжек из смеси медвежьего помета и крови молодой гадюки, таинственным образом исчезают с МРТ и рентгена. Если мишень не изучена, надо изучать мешень, а не действовать по принципу поищем под фонарем типа: посмотрим каспазы, посмотрим киназы, посмотрим метилирование ДНК ит.п.......

Сообщение было отредактировано MMM - 11.10.2016 04:04

АстСергей
Участник
Уфа

11.10.2016 16:00

URL #10

(Guest @ 29.09.2016 12:51)

Нет специалистов в эпигенетике? Вы где, ребята?

Эпигенетика занимается модификацией управляющих участков ДО гена и ПОСЛЕ гена, ну еще модификацифя гистонов.. а то что внутри гена- это уже мутации ..

Сообщение было отредактировано АстСергей - 11.10.2016 16:04

АстСергей
Участник
Уфа

11.10.2016 16:03

URL #11

(guest: Мышка @ 10.10.2016 12:40)

Гость в чём у вас проблема ?

Павел
Постоянный участник
Новосибирск

13.10.2016 12:54

URL #12

(guest: Мышка @ 10.10.2016 13:31)

Что за мишень?

Если известен ген, то можно посмотреть его профиль метилирования.

Разработаны простые и эффективные методы изучение метилирования. Почитайте, спросите у авторов. Это проще и быстрее (и дешевле), чем бисульфитное секвенирование

Павел
Постоянный участник
Новосибирск

13.10.2016 12:56

URL #13

(АстСергей @ 11.10.2016 20:00)

Эпигенетика занимается модификацией управляющих участков ДО гена и ПОСЛЕ гена, ну еще модификацифя гистонов.. а то что внутри гена- это уже мутации ..

с чего бы это? Метилирование цитозина это не мутация. Кодон не перестает кодировать ту же самую аминокислоту, если цитозин в нем метилирован.

Поблагодарили (1): Nastja

evgenyc

07.04.2017 11:35

URL #14

Добрый день.

Для анализа метилирования могу предложить попробовать наш набор. Это принципиально новая простая технология и не требует бисульфитной обработки. Используется обычный реал-тайм ПЦР.
Наши коллеги ее использовали для разработки тест-системы на колоректальный рак. Технология универсальная, опыт работы с ней уже очень большой.

В вашем случае в первую очередь встанет вопрос о том какие гены задействованы в процессе. Тут разные подходы: можно начать плясать от данных в открытых источниках, отобрать панель генов-кандидатов, проверить их до и после воздействия лекарства. Если не поможет, можно сделать эпигенетическое секвенирование (технология своя тоже есть) до и после и уже сравнить данные для всего генома.
После того как отобрали кандидатные сайты уже нет необходимости работать с NGS (т.к. дорого), работаете с ПЦР.

По времени все зависит от объема как всегда: от количества проверяемых сайтов/образцов. В среднем на одной 96 луночной планшентке за раз делается 22 эксперимента (образцы в триплетах + раститровки). За день можно поставить несколько экспериментов. Считайте.

Ссылка на краткий буклет: http://epigene.ru/data/documents/3.-GLAD-PCR+Kit.pdf
Ссылка на сам набор: http://russia.sibenzyme.com/info1563.php
Ссылка на видеодемонстрацию метода: https://youtu.be/iOUktRLHpD0

Готовы ответить на ваши вопросы по применению технологии

watchesbiz
Постоянный участник

23.11.2021 15:34

URL #15

https://replicawatches24.tumblr.com/post/64...lica-watches-uk
https://ello.co/replicawatchesuk/post/ubut9ig9g4glx-q6nyphka
https://www.evernote.com/shard/s451/client/...%2BWatches%2BUK
https://www.bloglovin.com/@rolexrelicawatch...replica-watches
https://www.designspiration.com/watcheshutuk/saves/
https://write.as/fakerolexwatches/hints-to-...lica-watches-uk
https://www.dailystrength.org/journals/hint...lica-watches-uk
https://issuu.com/replicawatchesuk/docs/dif...he_replica_watc
https://www.keepandshare.com/discuss2/5601/...lica-watches-uk
https://penzu.com/public/9e250377
https://bestreplicawatc.livejournal.com/336.html
https://www.pearltrees.com/replicawatchesuk/item349627941
https://www.intensedebate.com/people/watches24
https://anonfiles.com/N039Qf66q9/Guide_On_H...atch_Online_pdf

АстСергей
Участник
Уфа

11.03.2023 14:31

URL #16

(Павел @ 13.10.2016 15:56)

-- Я был очень не точен. Вот насчёт "Кодон не перестает кодировать ту же самую аминокислоту, если цитозин в нем метилирован" - обычно, этот номер не проходит.. там получается эпигеническая остановка.
Если бы вы прояснили цель вашего вопроса.. Метилирование в разных областях генома управляется разными метиллирующими факторами (метилазами..). их много. Есть несколько способов влиять на ситуацию, в зависимости от целей..

Abu Road Escorts
IP-штамп: frQrtJ1xVpdzY
гость

13.03.2023 07:02

URL #17

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.