Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Notch Постоянный участник |
С тоской и завистью отмечаю про себя каждую статью, посвященную исследованию геномов неандертальцев, денисовцев и т.д. И основная работа по исследованию геномов выполнена, как водится, за рубежом. В связи с этим хотелось бы узнать, в каком состоянии в данный момент находятся палеогеномные и геногеографические исследования в России. Хотелось бы побеседовать на данную тему. К созданию данного топика меня подтолкнула беседа на заданную тему на форуме "Антропогенез.ру" Вот ссылка: Мое первое впечатление такое - данный тип исследований в России находится в зачаточном состоянии. И это обидно. Мне кажется, что у нас в стране есть потенциал, чтобы подобные исследования вышли на мировой уровень. Но чего-то не хватает. Если и ведутся какие-то исследования, то они разрознены и ощущается явная нехватка оборудования, денег и т.д. В лабораториях, где есть необходимое оборудование - нет специалистов и идей. В лабораториях биоинформатики занимаются совсем другой проблематикой. Часть палеогеномных исследований с отечественным материалом попросту проводится за рубежом (ДНК из Денисовой пещеры). Хочется также отметить, что множество достойных отечественных специалистов, не найдя себе применения в профильной сфере уходят в коммерческий биотех и т.д. Поэтому было бы неплохо создать, так сказать, и "рабочие места". Почему бы не организовать процесс так, чтобы отечественный материал обрабатывался в России с начала до конца? Привлечь заинтересованных специалистов. Кстати, развитию данных исследований в России актуально и по той простой причине, что, как выясняется, вывоз образцов ДНК за границу РФ запрещен. Сообщение было отредактировано Notch - 24.06.2012 16:25 |
Jamaican |
alexpil@bionet.nsc.ru
|
genseq Постоянный участник |
А.С. Пилипенко, В.И. Молодин, А.Г. Ромащенко
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Jamaican @ 24.06.2012 22:01) Напишите Саше Пилипенко из ИЦиГа, он молодой, умный и этим занимается профессионально, и, кажется, как раз они купили ion-torrent недавно. alexpil@bionet.nsc.ru |
Notch Постоянный участник |
(Guest @ 25.06.2012 11:28) и? |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Notch @ 25.06.2012 10:51) едеш к Паабо в Лейпциг со своей ДНК - быстрее выйдет |
k7riYg Участник |
(Jamaican @ 24.06.2012 23:01) Напишите Саше Пилипенко из ИЦиГа, он молодой, умный и этим занимается профессионально, и, кажется, как раз они купили ion-torrent недавно. alexpil@bionet.nsc.ru на ён торренте много человеков не насеквенировать |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Notch @ 25.06.2012 10:51) |
k7riYg Участник |
(Notch @ 24.06.2012 17:20) В связи с этим хотелось бы узнать, в каком состоянии в данный момент находятся палеогеномные и геногеографические исследования в России. Хотелось бы побеседовать на данную тему. основная специализация у них другая, но несколько работ по древней ДНК тоже есть |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(k7riYg @ 25.06.2012 12:02) основная специализация у них другая, но несколько работ по древней ДНК тоже есть у жени рогаева вроде паркинсоны и останки николая-2 |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 25.06.2012 12:13) пардон |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(k7riYg @ 25.06.2012 12:02) основная специализация у них другая, но несколько работ по древней ДНК тоже есть |
Notch Постоянный участник |
А в СПб есть хоть что-то? Сообщение было отредактировано Notch - 25.06.2012 13:15 |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Notch @ 25.06.2012 13:14) ну в Москве ни одного ПакБио |
k7riYg Участник |
(Notch @ 25.06.2012 14:14) в питере певзнер и о'брайен: они вообще не по части древностей, но удочку закинуть можно.
|
k7riYg Участник |
(Guest @ 25.06.2012 14:20) ой, шоб оно нам надо было |
k7riYg Участник |
(Guest @ 25.06.2012 14:20) |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(k7riYg @ 25.06.2012 13:32) дк вопрос про "интересное" |
Notch Постоянный участник |
(k7riYg @ 25.06.2012 14:29) в питере певзнер и о'брайен: они вообще не по части древностей, но удочку закинуть можно. Я так понимаю, у них пока и лаборатории с оборудованием нет функционирующей. А тут еще особые чистые условия нужны для палеоДНК. А нет тут таких же заинтересованных в подобных исследованиях молбиологов из Питера? М.б. действительно начать активность проявлять - организуем команду. Закинем удочку. |
Notch Постоянный участник |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(k7riYg @ 25.06.2012 13:29) в питере певзнер и оьбрайен: они вообще не по части древностей, но удочку закинуть можно. что-то не понял ? а где сиквинатор ? |
k7riYg Участник |
(Notch @ 25.06.2012 14:55) вот уж по грантам не надо - у них 10 мегабаксов на двоих а вот остальное - активность и команду - конечно, надо. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(k7riYg @ 25.06.2012 13:29) в питере певзнер и о'брайен: они вообще не по части древностей, но удочку закинуть можно. |
k7riYg Участник |
(Guest @ 25.06.2012 14:58) |
k7riYg Участник |
(Guest @ 25.06.2012 15:08) |
k7riYg Участник |
(Guest @ 25.06.2012 15:08) |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(k7riYg @ 25.06.2012 14:11) ну в публикухе Гашка-2 , а не Хисек |
Notch Постоянный участник |
(k7riYg @ 25.06.2012 15:11) Хорошо, если, например, найти заинтересованных людей и связаться с группой О`Брайена. (а они, как я поняла только - только hiSeq купили ) Нужна также вторая часть. Образцы и заинтересованные специалисты палеонтологи и антропологи. |
Notch Постоянный участник |
Дальше - сравнение интерпретация, выводы. Меня бы лично интересовала эта часть исследования. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Notch @ 25.06.2012 14:23) Хорошо, если, например, найти заинтересованных людей и связаться с группой ОьБрайена. (а они, как я поняла только - только хиСея купили ) Нужна также вторая часть. Образцы и заинтересованные специалисты палеонтологи и антропологи. ну и откуда вы поняли, что они купили Хисек ? |
Notch Постоянный участник |
(Guest @ 25.06.2012 15:29) Ну вот же ссылка. Предполагается, что купили. Или Певзнер (хотя его команда - одни мальчики - программисты) или центр Добжанского. Сообщение было отредактировано Notch - 25.06.2012 14:32 |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Notch @ 25.06.2012 14:31) Ну вот же ссылка. Предполагается, что купили. Или Певзнер (хотя его команда - одни мальчики - программисты) или центр Добжанского. ну генсек и про саратов говорил |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(k7riYg @ 25.06.2012 14:22) Mol Biol (Mosk). 1991 Mar-Apr;25(2):552-62. [Optimal chips for megabase DNA sequencing]. [Article in Russian] Pevzner PA, Lysov IuP, Khrapko KR, Beliavskiĭ AV, Florent'ev VL, Mirzabekov AD. Abstract The SHOM method (Sequencing by Hybridization with Oligonucleotide Matrix) developed in 1988 is a new approach to nucleic acid sequencing by hybridization to a octanucleotide matrix composed of an array of immobilized oligonucleotides. The original matrix proposed for sequencing by SHOM had to contain at least 65,536 octanucleotides. The present work describes a new family of matrices for sequencing, which allows one to reduce the number of synthesized oligonucleotides 5-15 times without essentially decreasing the resolving power of the method. |
mlog Постоянный участник |
(Guest @ 25.06.2012 15:43) похоже, что и в самом деле это дезинформация. Я спросила у человека, который должен знать это точно - он долго смеялся |
Notch Постоянный участник |
(mlog @ 26.06.2012 09:25) похоже, что и в самом деле это дезинформация. Я спросила у человека, который должен знать это точно - он долго смеялся (k7riYg @ 25.06.2012 15:07) вот уж по грантам не надо - у них 10 мегабаксов на двоих а вот остальное - активность и команду - конечно, надо. Интересно, с 10 мегабаксами на двоих он сподобятся приобрести хотя бы один секвенатор? |
mlog Постоянный участник |
(Notch @ 26.06.2012 10:36) Видимо, нет. Приличных комментариев насчёт "геномного центра", в котором нет ни одного секвенатора, у меня нет, а от неприличных воздержусь. |
Notch Постоянный участник |
(mlog @ 26.06.2012 11:06) Видимо, нет. Приличных комментариев насчёт "геномного центра", в котором нет ни одного секвенатора, у меня нет, а от неприличных воздержусь. Меня вообще терзают смутные сомнения в отношении перспективности био -мегагрантов. Там, кстати, отчитываться надо. Как био-мегагрантеры будут это делать? На основе данных, полученных в зарубежных материнских лабораториях? Сообщение было отредактировано Notch - 26.06.2012 10:11 |
genseq Постоянный участник |
(mlog @ 26.06.2012 06:25) похоже, что и в самом деле это дезинформация. Я спросила у человека, который должен знать это точно - он долго смеялся Действительно, я перепутал Саранск с Саратовом, за что уже извинялся. Но и в Саратове секвенатор появился - PGM в НИПЧИ "Микроб". Ещё два PGM пришли в Ставропольский НИПЧИ. И вообще их (PGM) в России уже около 20 шт. За всеми не уследить. Сообщение было отредактировано genseq - 26.06.2012 13:43 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(genseq @ 26.06.2012 12:31) Действительно, я перепутал Саранск с Саратовом, за что уже извинялся. Но и в Саратове секвенатор появился - PGM в НИПЧИ "Микроб". Ещё два PGM пришли в Ставропольский НИПЧИ. И вообще их (PGM) в России уже около 20 шт. За всеми не уследить. Российской чуме с сиб.язвой и другой туляремии - хана. |
mlog Постоянный участник |
(Notch @ 26.06.2012 11:08) Мы - нет. Насчёт остальных не знаю. Хотя у некоторых из них и нет зарубежных лабораторий, так что и варианта такого нет |
mlog Постоянный участник |
(genseq @ 26.06.2012 12:31) Насчёт четвертого хайсека, боюсь, Вы тоже ошиблись - заинтересованные стороны всё отрицают |
genseq Постоянный участник |
(mlog @ 26.06.2012 13:22) Информация была от красноярцев. Могли и ошибиться. Придётся опять извиняться. |
guest: pppp IP-штамп: frJ29JTBlItMA гость |
|
guest: pppp IP-штамп: frJ29JTBlItMA гость |
|
Guest IP-штамп: frJ29JTBlItMA гость |
|
Guest IP-штамп: frJ29JTBlItMA гость |
|
Guest IP-штамп: frJ29JTBlItMA гость |
|
guest: pppp IP-штамп: frJ29JTBlItMA гость |
|
guest: pppp IP-штамп: frJ29JTBlItMA гость |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |