Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Ответ в Технологии секвенирования следующего поколения.

Иконка сообщения*  [ Без иконки ]   Важно!   Вопрос   Информация     Обмен опытом   Шутка, забавная история     Поздравления, благодарности   Возмутительно!   Проблема   Картинки, фотографии
Введите имя

 [вст. закрывающие теги*

*


*



Смайлик: согласен Смайлик: не согласен Смайлик: улыбка Смайлик: пожалуйста, умоляю! Смайлик: помираю со смеху Смайлик: подмигивание Смайлик: подшучивать, дразнить Смайлик: смущение Смайлик: мне стыдно Смайлик: жуть! Смайлик: не понял Смайлик: закатывать глаза Смайлик: недовольство, огорчение Смайлик: рёв в три ручья Смайлик: злость Смайлик: супер Смайлик: умник Смайлик: чайник Смайлик: сходка Смайлик: Ура! Смайлик: не получается!
Перевод выделенного текста из латиницы в кирилицу. Текст в квадратных скобках '[]' не преобразуется

Пример: biologija -> биология [b] - полужирный шрифт

Пример: [b]полужирный[/b] [i] - курсив

Пример: [i]курсив[/i] [u] - подчёркнутый

Пример: [u]подчёркнутый[/u] [sup] - верхний индекс

Пример: температура 37[sup]o[/sup]C [sub] - нижний индекс

Пример: H[sub]2[/sub]O - вода [QUOTE] - применяется для цитирования чужих сообщений, цитата вставляется с небольшим отступом от края текста

Пример: [QUOTE]цитата[/QUOTE] [code] - форматирование как при вводе
Применяется для вывода теста как он есть, с предотвращением форматирования (автопереноса на новую строку), без интерпретации кодов форума и смайликов; вставляется с небольшим отступом от края текста.

Пример: 
[code]
программный код
	1 строка
	2 строка
[/code] [list] - список:
возможны опции: 1, a, A, i, I
[list] неупорядоченный; 
[list=1] нумерованный; 
[list=A] упорядоченный по буквам A-Z

Пример:
[list=1]
[*] первая строка;
[*] вторая строка;
[/list] Тег [hr] - горизонтальная разделительная линия

Пример: 
Абзац 1
[hr]
Абзац 2 [url] - гиперссылка

Примеры:
[url]www.ncbi.nlm.nih.gov[/url]
[url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/]NCBI[/url] [email] - ссылка на адрес электронной почты

Пример: [email]masha@mail.ru[/email] Тег [img] - рисунок
[img] - в строке;
[imgL] - выравнивание по левому краю; 
[imgR] - выравнивание по правому краю.

Пример:
[img]http://molbiol.ru/izo/rl.gif[/img] [ru] - только для русских читателей

Пример:
[ru]это увидят только те, кто использует русский интерфейс[/ru] [en] - только для английских читателей

Пример:
[en]это увидят только те, кто использует английский интерфейс[/en] [self] - текст виден только вам и администрации

Пример:
[self]это увидите только вы сами[/self]
[left] - выравнивание по левому краю

Пример: [left]текст слева[/left] [center] - выравнивание по центру

Пример: [center]текст в центре[/center] [right] - выравнивание по правому краю

Пример: [right]текст справа[/right] [just] - выравнивание по обоим краям

Пример: [just]выровненный текст[/just]

     размер сообщения / макс. размер:  / 15360


Последние 10 сообщений [ в обратном порядке ]
genseq Отправлен вчера, 16:42
  По порядку номеров:
1.1 Да
1.2 Да
1.3 Да-да-да. Последнее - не в России.
1.4 Да. И да (не в России).
1.4.2 Особых проблем нет, но есть нюансы, с которыми придётся разбираться.
1.5 Смысл есть. Заниматься некому.
1.6 Нанопорщики ещё долго не смогут монополизировать рынок. Но со временем смогут урвать его львиную долю.
1.7 AXBIO может значительно повысить и точность, и производительность нанопорового секвенирования. Но это только теоретически. Практически - узнаем в следующем году.
Doka Отправлен 05.12.2019 17:41
  Всем привет!
С подачи автора темы начал интересоваться темой секвенирования ДНК.
Но поскольку сам из инженеров (микроэлектроника и ЦОС), то надеюсь с помощью самостоятельного изучения темы и помощи сообщества восполнить белые пятна, если какие-то вопросы покажутся слишком наивными/детскими - прошу меня заранее извинить.

Итак, вопросы следующего плана (некоторые из них в виде утверждений-предположений, которые хотелось бы опровергнуть или подтвердить), некоторая часть из них возникла по прочтении этой статьи https://habr.com/ru/post/455156/ и относится к продукции Oxford Nanopore Technologies (ONT):

1.1 Основными задачами отрасли на данном этапе развития являются (в порядке уменьшения приоритета:
- Уменьшение цены одного сеанса секвенирования (либо разработкой многоразовых ячеек, либо значительным снижением себестоимости одноразовых)
- Увеличение производительности секвенатора
- Увеличение точности

1.2 У таргетного секвенирования рынок намного больше, чем у полногеномного

1.3 Есть ли техническая возможность синтезировать расходные реагенты, необходимые для нанопорового секвенирования в РФ? Известна ли технология? Защищены ли данные реагенты патентами?

1.4 Есть ли техническая возможность изготавливать в РФ оснастку ячеек: молекулярный мотор (хеликаза) и сами нанопоры (качественные R9, R9.4.1, R9.5.1 и R10)? Защищены ли данные компоненты патентами?

1.4.2 "Ячейки с нанопоровыми чипами (теоретически) тоже можно использовать повторно, но проще регенерировать накладные ячейки, не содержащие электроники. Или освоить штамповку дешёвых накладок и не заморачиваться с их регенерацией."
- насколько реалистично освоить технологию регенерации накладки ячейки+нанопоры?

1.5 Особого смысла реверс-инжиниринга ПО ONT нету, поскольку интернет там для поставки данных для работы облачного ПО EPI2ME https://nanoporetech.com/nanopore-sequencing-data-analysis

1.6 Есть ли будущее у полупроводниковой технологии секвенирования или уже сейчас ясно, что нанопоровая технология через каких-то пару лет монополизирует рынок?

1.7 в чем состоит упомянутая здесь "прорывность" технологий нанопорового секвенатора AXBIO AXP100
http://sk.ru/foundation/biomed/b/weblog3/a...nirovaniya.aspx ?
genseq Отправлен 23.11.2019 09:55
  Компания GenapSys получила $90 млн. инвестиций (в дополнение к уже потраченным $76 млн.) на освоение производства полупроводникового (импедансного) секвенатора:
https://www.genapsys.com/wp-content/uploads...Nov_20_2019.pdf
Прибор сравнительно дешёвый (~$10 000), но для его работы нужна система пробоподготовки (~$10 000) и расходные материалы (~$600 на один запуск):
https://www.genapsys.com/products/
Начать продажу обещают в 2020 году, но в США уже начали принимать заявки на выписку счетов (?!):
https://www.fiercebiotech.com/medtech/genap...ide-90m-vc-haul
Параметры импедансной технологии довольно скромные, но достаточные для секвенирования экзомов и бактериальных геномов:
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/ear...604553.full.pdf
genseq Отправлен 17.11.2019 19:10
  Нанопоровое секвенирование базируется на принципах, которые использовались (и до сих пор используются) для анализа диаметра частиц в суспензиях, белков, водорастворимых полимеров и даже низкомолекулярных соединений. Например:
https://www.beckman.com/cell-counters-and-a...s/multisizer-4e
Основное отличие - в диаметре пор (апертуре отверстия). Для анализа частиц диаметр апертуры может измеряться десятками или сотнями микрометров. Для белков - десятками или сотнями нанометров. Для ДНК - нанометрами. Обычно измеряют изменение ионных токов в одиночных порах, но при секвенировании ДНК используют чипы с сотнями (или даже с тысячами) параллельно работающих усилителей (интергаторов проходящих через пору пикоамперных токов со встроенными прецизионными АЦП). Причём сенсорами служат лунки, на дне которых расположены серебряные электроды. А отверстия этих лунок закрывают бислойные липидные мембраны со встроенными белковыми нанопорами (CsgG и т.п.).

У AXBIO отверстия (белковые нанопоры) также встраиваются в мембраны расположенных на поверхности КМОП-чипа лунок, причём общее количество этих лунок увеличено до миллиона. Использовать такие чипы можно как для анализа белков (наверняка), так и (возможно) для секвенирования ДНК. Но только не по оксфордской технологии (хеликазной), требующей высокого быстродействия сенсоров (>5 kSPS), а по рошевской (полимеразной), которая работает на пару порядков медленнее (если вообще работает). Если верить исходной публикации, то она работает вполне прилично. Сомнения вызывает только многолетняя задержка выхода этой технологии на рынок:
https://www.pnas.org/content/early/2016/10/...1608271113.long
Leony Отправлен 17.11.2019 16:22
  Может быть кто-нибудь пояснит мне следующее: на ряде русскоязычных сайтах, например Сколкова (http://sk.ru/foundation/biomed/b/weblog3/archive/2019/06/28/axbio-inc-razrabotala-novuyu-tehnologiyu-geneticheskogo-sekvenirovaniya.aspx) написано
"Технология AxBio реализована на основе гидродинамической микросхемы, сочетающей кремниевую КМОП-основу и биологическую мембрану, которые, совместно с полимеразой и меченными нуклеотидами собственной разработки, обеспечивают длительное секвенирование отдельной молекулы ДНК с высокой скоростью и точностью."
Никакие англоязычные источники найти не удалось. Китайские принципиально не смотрел.
Итак - зачем нужна вся эта мешанина - КМОП-основа, полимераза, меченные нуклеотиды, если метод заявляется как нанопоровый? Это такой "кривой" китайско-русский перевод или написано абы-что околонаучное, чтобы походило на правду? Или на самом деле технология есть и она всё это использует, да ещё стоимость будет дешевле чем у конкурентов? Тогда у меня главный вопрос - как? Как это работает?
И что это за странные пассажи про анализ белков на этом же приборе?
genseq Отправлен 17.10.2019 11:35
  Доклад "Секвенирование - 2019" на конференции "День ДНК" (25 апреля):
https://1drv.ms/v/s!Aj-K-u-yGV92mj8vFBG...n_vX9P?e=VL4Nw6
вукабука Отправлен 16.10.2019 20:04
 
(Vadim Sharov @ 15.10.2019 02:37)
Ссылка на исходное сообщение  Analytical and Clinical Validation Requirements for Next Generation Sequencing Laboratory-Developed Tests
October 17, 2019
http://www.biohab.ru/index.php?/calendar/e...eveloped-tests/

eek.gif confused.gif eek.gif
Vadim Sharov Отправлен 15.10.2019 01:37
  Analytical and Clinical Validation Requirements for Next Generation Sequencing Laboratory-Developed Tests
October 17, 2019
http://www.biohab.ru/index.php?/calendar/e...eveloped-tests/
genseq Отправлен 20.09.2019 09:24
  Недавно начались продажи содержащих нуклеазы наборов реагентов (Flow Cell Wash Kit) для промывки ячеек секвенаторов MinION и PromethION (6 промывок, $99, срок поставки - неделя, срок годности - 3 месяца):
https://store.nanoporetech.com/catalog/prod...r9/category/28/
Дополнительное преимущество нуклеазной промывки - повышение эффективности восстановления забитых пор. Это заметно улучшает общую производительность циклов секвенирования. beer.gif
Ossi Отправлен 17.09.2019 22:02
 
(genseq @ 18.08.2019 10:02)
Ссылка на исходное сообщение  Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):
http://ibmc.msk.ru/?page_id=478


гинсекыч бета тестинг за чии денги eek.gif confused.gif
Посмотреть тему (откроется в новом окне)

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 07.12.19 07:00
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft