Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* автоматические системы выделения нуклеионовых кислот -- есть позитивный опыт? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Olezhek
Постоянный участник
Tsukuba, Japan/КФУ, РФ



 прочитанное сообщение 31.03.2013 14:40     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Дорогие коллеги

В прошлом году закупили систему полу-автоматического извлечения РНК/ДНК. Но как-то не пошло. Один раз добавили ДНКазу (для выделения РНК), а потом вымыть ее не могли. Так и забросили.

Вот этот вот

http://www.fujifilm.com.sg/products/busine...uickgene/qg810/

Есть у кого-то позитивный опыт использования таких систем (для большого количества образцов, например. Или для стандартизации процесса).

И если да, то на каких именно приборах? Running cost еще интересует.

Спасибо!

Сообщение было отредактировано Olezhek - 31.03.2013 14:48
Участник оффлайн! R.J. Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.03.2013 21:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

мда, денег девать азиятам некуда

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2013 11:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

у меня QIAcube - можно сказать спаситель. Очень клевый.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! R.J. Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2013 11:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

отлично! И кого он спасает? Вас от Ваших денег? Какова себестоимость одного минипрепа? Если очень грубо посчитать, ручное выделение стоит 1 доллар, учитывая все- и стоимость колонки, и труд, и растворы. И даже амортизацию и электричество. Это максимум, на самом деле 0,8-0,9. А у Вас?

Сообщение было отредактировано R.J. Dio - 01.04.2013 11:22

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.04.2013 11:25     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(R.J. Dio @ 01.04.2013 12:19)
Ссылка на исходное сообщение  отлично! И кого он спасает? Вас от Ваших денег? Какова себестоимость одного минипрепа? Если очень грубо посчитать, ручное выделение стоит 1 доллар, учитывая все- и стоимость колонки, и труд, и растворы. И даже амортизацию и электричество. Это максимум, на самом деле 0,8-0,9. А у Вас?

За то по ходу выделения кофе не успеешь попить, или блондинка маникюр себе испортит. tongue.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2013 11:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Мы работаем на китах киаген от РНК выделения, заканчивая ПЦР МинЭлютами и пр.
Меня цена выделения как-то мало заботит.

Я так понял, что здесь вопрос об автоматических выделялках, а не о том как сэкономить 10 руб.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! ASDF
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2013 11:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(-Ъ- @ 01.04.2013 12:25)
Ссылка на исходное сообщение  За то по ходу выделения кофе не успеешь попить, или блондинка маникюр себе испортит. tongue.gif


Самое главное даже не это, хотя попить кофе с блондинкой куда приятней чем возиться с колонками))

Главное, что робот сделает все ОДИНАКОВО ХОРОШО, независимо кто оператор (хоть студент, хоть лаборант).

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! Nett
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2013 11:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Сделает _одинаково_, скажем так.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.04.2013 11:41     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(ASDF @ 01.04.2013 12:14)
Ссылка на исходное сообщение  у меня QIAcube - можно сказать спаситель. Очень клевый.

Из автоматов, я думаю, Это самый понятный - выделение на колонках с центрифугой роботизировали. Но это на малое количество образцов...
У Olezhek тоже фильтры-мембраны, но с порами, через которые гидрофильная ДНК пролетает, а все остальное - задерживается. Какая там химия, и в чем принцип - не понимаю... confused.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! R.J. Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2013 11:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

я думаю, все так же, как и с центрифугой, только вместо Же давлением продавливается раствор через такую же, как и обычно, мембрану, и так же промывается. Или сосет через- какая разница, что есть driving force

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! Olezhek
Постоянный участник
Tsukuba, Japan/КФУ, РФ



 прочитанное сообщение 01.04.2013 14:23     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Просто вот бывает, например, что идет поток образцов, и надо чтобы все стандартно выделялось с одинаковым качеством, а не зависело от дня месяца в жизни блондинки smile.gif

Кстати, применение рассматривается в России тоже, а не просто *японцам девать денег некуда*
Guest
IP-штамп: frEiFPK2ZWkzc
гость



 прочитанное сообщение 01.04.2013 14:29     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Olezhek @ 01.04.2013 14:23)
Ссылка на исходное сообщение  Просто вот бывает, например, что идет поток образцов, и надо чтобы все стандартно выделялось с одинаковым качеством, а не зависело от дня месяца в жизни блондинки smile.gif

Кстати, применение рассматривается в России тоже, а не просто *японцам девать денег некуда*

Ну так россиянцам тоже денег девать некуда, это давно известно. а потом простаивает всё это.
Лучше наймите 3 блондинок на приличную зарплату. Когда человек получает достойную зарплату, он(а) в любой день месяца нормально работает. А когда "мы делаем вид, что вам платим, а мы делаем вид, что работаем" - вот тут-то всякие эффекты интересные и проявляются.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! R.J. Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2013 14:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

а балагодарить автора каждого поста. даже если не согласны- это вас японцы научили?
Участник оффлайн! R.J. Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2013 14:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

медикам наверное, все это важно, а стоимость не важна- клиент все равно платит 2-3 конца
Участник оффлайн! R.J. Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2013 14:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

позвольте....в Японии нету блондинок. Что, брюнетки тоже косячат?
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.04.2013 15:30     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(Olezhek @ 01.04.2013 15:23)
Ссылка на исходное сообщение  Просто вот бывает, например, что идет поток образцов, и надо чтобы все стандартно выделялось с одинаковым качеством, а не зависело от дня месяца в жизни блондинки smile.gif

Кстати, применение рассматривается в России тоже, а не просто *японцам девать денег некуда*


Если решили отказаться от QuickGene, лучше все-таки выбрать открытую систему, чтобы можно было выбирать среди китов и пластика. Наибольшее распространение получили станции с магнитными шариками. Thermo, Tecan, нпример, и мои киты к ним элементарно адаптируются (так говорят пользователи, сам не занимался) smile.gif . И будет сплошная экономия и ... правда, придется обходиться без блондинок. smile.gif
пыс: Диджей - наивный такой человек confused.gif Блондинки, они везде есть, даже в... yes.gif в Африке. lol.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! R.J. Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.04.2013 15:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

принято
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 02.04.2013 07:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

(Olezhek @ 31.03.2013 15:40)
Ссылка на исходное сообщение  Или для стандартизации процесса).


Я сам не пользовал, а вот соседи купили именно для стандартизации.
Ну что сказать... Не знаю как там в Японии, но в РФ есть проблема с оперативностью обслуживания. Причем неважно какая модель. Поэтому соседи вынуждены кроме робота всегда держать запас обычных наборов и пару блондинок. На случай поломки робота. А ломается он 1-2 раза в год.
По мне так лучше и дешевле, да и стандартнее, если уж на то пошло, использовать блондинок.

Но возможно, я старый выживший из ума консерватор.

Сообщение было отредактировано Panaev - 02.04.2013 07:45

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! apoptos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 02.04.2013 08:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

Если говорить по делу, то прежде чем советовать что-то нужно понять задачи.
К счастью на сейчас на рынке представлен большой спект приборов, и маленьких, как Qiacube и больших, как Tecan.
Что будете выделять, ДНК или РНК?
Откуда будете выделять?
Какие количества нужны для эксперимента?
Какие приложения?
На сколько важна кросс-контаминация?

Это краткий список вопрсов для начала разговора о выборе системы smile.gif
Буду рад если это поможет. Если Вы ответите на эти вопросы, то я готов дать несколько советов по подбору системы.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! Olezhek
Постоянный участник
Tsukuba, Japan/КФУ, РФ



 прочитанное сообщение 02.04.2013 10:00     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(apoptos @ 02.04.2013 06:25)
Ссылка на исходное сообщение  Если говорить по делу, то прежде чем советовать что-то нужно понять задачи.
К счастью на сейчас на рынке представлен большой спект приборов, и маленьких, как Qiacube и больших, как Tecan.
Что будете выделять, ДНК или РНК?
Откуда будете выделять?
Какие количества нужны для эксперимента?
Какие приложения?
На сколько важна кросс-контаминация?

Это краткий список вопрсов для начала разговора о выборе системы smile.gif
Буду рад если это поможет. Если Вы ответите на эти вопросы, то я готов дать несколько советов по подбору системы.


Cпасибо!

Сразу ответы:

1. Выделять планируем и РНК и ДНК. Примерно поровну.

2. Выделять из разных тканей разных животных и тканей человека (включая волосы и кровь). Точнее просто не могу сказать. Предполагается что возможны разнообразные источники образцов.

3. Количества нужны подходящие для изготовления библиотек для секвенаторов. Т.е. от сотен нг до десятков мгк.

4. Контаминаций ОЧЕНЬ не хочется. Есть какие-то планы на поточное использование с разными образцами.
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 02.04.2013 11:12     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

Господа, кто пользовался / пользуется / принимал участие в пользовании вместе с блондинками : приведите пару-тройку моделей автоматов и полуавтоматов для выделения ДНКи. А там уж все интересующиеся сами полезут по каталогам и начнут звонить блондинкам-манагерам по конторам поставщиков...
Участник оффлайн! Cathie22
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  02.04.2013 12:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

EpMotion, Eppendorf
KingFisher, Thermo Scientific
FreedomEVO, Tecan

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): -Ъ-
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 02.04.2013 12:31     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

(dk @ 02.04.2013 12:12)
Ссылка на исходное сообщение  Господа, кто пользовался / пользуется / принимал участие в пользовании вместе с блондинками : приведите пару-тройку моделей автоматов и полуавтоматов для выделения ДНКи. А там уж все интересующиеся сами полезут по каталогам и начнут звонить блондинкам-манагерам по конторам поставщиков...

А без блондинок можно? shuffle.gif
Участник оффлайн! Olezhek
Постоянный участник
Tsukuba, Japan/КФУ, РФ



 прочитанное сообщение 02.04.2013 13:32     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

(Cathie22 @ 02.04.2013 10:31)
Ссылка на исходное сообщение  EpMotion, Eppendorf
KingFisher, Thermo Scientific
FreedomEVO, Tecan


Спасибо! Т.е. это все резко упрощает жизнь, служит верно и долго, себя оправдывает, да?
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  02.04.2013 17:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

NucliSENS easyMAG

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! R.J. Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 02.04.2013 17:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

в россии можно расслабиться, не дай бог ремонт- ящик автоматически (он же автомат!) становится бессмысленной железякой о-о-очень надолго. Особенно, если от экзотических вендоров. Какой-нить Текан еще починит, когда инженера в Австрию сгоняет поучиться, а вот EpMotion прости господи вряд ли. С расходниками фирменными, думается, тоже будет невесело

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! Cathie22
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.04.2013 05:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

(Olezhek @ 02.04.2013 17:32)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо! Т.е. это все резко упрощает жизнь, служит верно и долго, себя оправдывает, да?

Ну, в общем-то, да. Особенно если ставите кучу экспериментов и необходимо единообразие процесса экстракции для всех образцов.
Соглашусь с R.J.Dio насчет ремонта, однако это все же происходит редко, если грамотно эксплуатировать и вовремя делать "ТО" wink.gif Вот насчет EpMotion - да...
Я перечислила открытые системы, их без большого труда можно адаптировать под любую реагентику с магнитной сорбцией. Можно и с вакуумной, по-моему, у Текана и Эппендорфа есть такая возможность. С другими открытыми не работала, но если кто скажет, какие есть - будет интересно shuffle.gif

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): -Ъ-, Olezhek
Участник оффлайн! Andrey N
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.04.2013 05:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

"а вот EpMotion прости господи вряд ли. "
"Вот насчет EpMotion - да..."

Эх, куда ушли те времена, когда центрифуги от Эппендорфа были вечными?!! frown.gif
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.04.2013 06:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

(vb @ 02.04.2013 18:48)
Ссылка на исходное сообщение  NucliSENS easyMAG

Да вот соседи именно этот изимаг используют. По-моему, он еще и закрытая система.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! Cathie22
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.04.2013 08:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

(Andrey N @ 03.04.2013 09:35)
Ссылка на исходное сообщение  "а вот EpMotion прости господи вряд ли. "
"Вот насчет EpMotion - да..."

Эх, куда ушли те времена, когда центрифуги от Эппендорфа были вечными?!! frown.gif

Центрифуги-то ок, работают отлично. А вот этот перец...
http://www.youtube.com/watch?v=vgJdySaNPXY
tongue.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.04.2013 10:16     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

(Panaev @ 03.04.2013 07:51)
Ссылка на исходное сообщение  Да вот соседи именно этот изимаг используют. По-моему, он еще и закрытая система.

Как правило, закрытые системы ориентированы для клинико-диагностических лабов. Они и более производительные.
Участник оффлайн! Cathie22
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.04.2013 10:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

(-Ъ- @ 03.04.2013 14:16)
Ссылка на исходное сообщение  Как правило, закрытые системы ориентированы для клинико-диагностических лабов. Они и более производительные.

Только реагенты как самолет стоят eek.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.04.2013 10:37     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

(Cathie22 @ 03.04.2013 11:23)
Ссылка на исходное сообщение  Только реагенты как самолет стоят  eek.gif

Грабют tongue.gif
Замену ищите в отечестве, она есть. smile.gif
Участник оффлайн! apoptos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.04.2013 11:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

Olezhek, Спасибо за ответы на вопросы. Забыл спросить главный, сколько образоцов в год/месяц/неделю?

Agilent: Bravo, Encore
Qiagen: BioRobot, Qiasymphony, Qiacube
LifeTech, Tecan, Hamilton, Eppendorf, Xirill и прочее.
Слышал, что ДНК-технология собирается сделать оттечественного робота.
Выбор очень большой и разброс цен тоже.

При выборе важно понимать сколько будет стоить одно выделение, и почему-то все забывают про цену накончников. Самые дорогие наконечники это те, которые обладают проводимостью. Но с другой стороны, только используя эти наконечники можно добиться минимального риска кросс-контаминации.

Кросс-контаминация очень серьезный вопрос и лишь небольшое кол-во систем на рынке предлагают реальные/действенные методы борьбы с ней. Если приложение это не диагностика, то конечно будет проблема. Однако, елси для примера взять приложение генотипирования референсных образцов, когда в образце много ДНК, то небольшая кросс-контаминация не помешает. В вашем случае, ДНК в образце много и если Вы планируете исследование транскриптома или генома (без диагностики вирусных или бактериальных инфекций), то можно использовать более простые системы с не дорогими расходниками.

Как заметил Ъ, ищи в отечестве, так как любой зарубежный прибор будет дорогим, расходка к нему будет дорогая и долго доставляться. А также, сервис будет не очень хорошим.

С радостью отвечу на вопросы.

P.S. лично мне не нравится epmotion, так и хочется сказать ничего личного против хеликона я не имею, но к сожалению я не видел ни одной работающей системы и довольного пользователя, и в тоже время я видел несколько не довольных пользователей и не работающих систем. Хотя, честно говоря и пока видел мало пользователей в России активно нуждающихся в автоматическом выдеелнии (я не учитываю диагностику, так как там один из главных вопросов это цена).

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.04.2013 12:14     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

(apoptos @ 03.04.2013 12:46)
Ссылка на исходное сообщение  Кросс-контаминация очень серьезный вопрос и лишь небольшое кол-во систем на рынке предлагают реальные/действенные методы борьбы с ней. Если приложение это не диагностика, то конечно будет проблема. Однако, елси для примера взять приложение генотипирования референсных образцов, когда в образце много ДНК, то небольшая кросс-контаминация не помешает. В вашем случае, ДНК в образце много и если Вы планируете исследование транскриптома или генома (без диагностики вирусных или бактериальных инфекций), то можно использовать более простые системы с не дорогими расходниками.

Однако, если генотипирование касается СОМАТИЧЕСКИХ мутаций, любая кросс-контаминация просто недопустима. no.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! Cathie22
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.04.2013 12:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

Не очень понимаю связь между токопроводящими наконечниками и кросс-контаминацией. Такие наконечники - это гарантия детекции объема (сгустка, осадка) и переноса конкретного объема жидкости. Но если при этом есть сбой гидравлики/поломка манипулятора, то могут начать течь капли, и тут уже никакие наконечники не спасут вас от кросс-контаминации. При корректной и грамотной работе прибора и рук оператора контаминации быть не должно.
Участник оффлайн! Cathie22
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.04.2013 12:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование

(-Ъ- @ 03.04.2013 14:37)
Ссылка на исходное сообщение  Грабют tongue.gif 
Замену ищите в отечестве, она есть. smile.gif

Благодарю, я более чем в курсе wink.gif
Участник оффлайн! apoptos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.04.2013 12:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #38 множественное цитирование

Проводящие наконечники обеспечивают главное, что вы не перечислили в списке.
Это гарантия погружения наконечника на 2-3 мм в жидкость (и одновременно детекция уровня). Сгустки и пена определяются по двум параметрам, контакт наконечника с жидкостью и нарастание давления (сгусток) или наоборот отсутствие давления (пена).
Любые капли, течи это поломки системы. А как хорошо известно, то все оборудование ломается.
Также, для устранения кросс-контаминации есть еще другие средства, как например при движении манипулятора можно расчитать траекторию не над пробирками, и/или еще подставлять корытце под наконечники итд.

To Ъ: большое спасибо за соматические мутации, нужно смотреть на метод и задачи. Я взял пример генотипирования человека по STR локусам для создания национальной базы США. Они используют KingFisher 96 (http://www.ld.ru/catalog/images/kingfisher-flex-200.jpg). В этом инструменте 100% есть контаминация, однако это не может помешать, так как в референсных образцах ДНК очень много и небольшая кросс-контаминация не вредит. В случае определения соматических мутаций нужно внимательно посмотреть на метод, которым это происходит.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.04.2013 13:09     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #39 множественное цитирование

(apoptos @ 03.04.2013 13:53)
Ссылка на исходное сообщение  
To Ъ: большое спасибо за соматические мутации, нужно смотреть на метод и задачи. Я взял пример генотипирования человека по STR локусам для создания национальной базы США. Они используют KingFisher 96 (http://www.ld.ru/catalog/images/kingfisher-flex-200.jpg). В этом инструменте 100% есть контаминация, однако это не может помешать, так как в референсных образцах ДНК очень много и небольшая кросс-контаминация не вредит. В случае определения соматических мутаций нужно внимательно посмотреть на метод, которым это происходит.

Это примерно также, как обнаруживают в тотальной ДНК какую-то бактерюху, вирус или др. заразу, при этом блокируется дикий тип.
А по STR или другим наследственным полиморфизмам так оно и есть - небольшая кросс-контаминация не смазывает картину или ее вообще не видно на фоне основного сигнала.

Сообщение было отредактировано -Ъ- - 03.04.2013 13:18
Yuri K
IP-штамп: frO84jFrTPiQA
гость



 прочитанное сообщение 03.04.2013 17:25     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #40 множественное цитирование

А нет ли здесь противоречия? С одной стороны, Олежек хочет выделять ДНК из волос, что является судебно-медицинской задачей. С другой, оказывается, "небольшая контаминация не помешает".

Из моего опыта, вопрос контаминации зависит от копийности ДНК в образцах. Если у вас задача viral load и образцы могут содержать до 10^10 и больше копий вируса на образец, напр, то контаминация на автомате неизбежна. Если вы выделяете геномку из гомогенных образцов, вроде крови, то чтобы напачкать, надо сильно постараться.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! Olezhek
Постоянный участник
Tsukuba, Japan/КФУ, РФ



 прочитанное сообщение 04.04.2013 06:06     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #41 множественное цитирование

Коллеги, спаибо!

Образовываюсь со страшной силой. Просто вдруг возник вопрос о нужности-необходимости покупки системы такого типа для формирующегося геномного мини-центра.

Так как пока непонятно "как оно все пойдет", то не очень ясно насколько массивным будет поток образцов и т.п.

А среди тех кто готовит образцы для анализа и медики и зоологи и микробиологи.

Поэтому я не могу совсем уж точно предсказать "сколько образцов в день" и т.п.

Хочется понять - есть ли что-то "удобно-универсальное" или лучше кричать "давайте потом подумаем когда реально увидим что за загруженность образцами, задачами и т.п."
Участник оффлайн! T2006




 прочитанное сообщение 04.04.2013 10:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #42 множественное цитирование

Все они еще "сырые". Лучше поездить по лабораториям, в которых стоят конкретные машины, поговорить с людьми, к.т. реально на них работают, может даже самим попробовать (если дадут). Посчитать себестоимость одного выделения. И потом уже что-то решать. А так, чтобы и медиками и зоологам и микробиологам подошел один робот, что-то сомнительно...

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! R.J. Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.04.2013 11:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #43 множественное цитирование

судя по формулировке задачи, прибор пока точно не нужен, сбор инфо- это все. что надо, а купить всегда успеете. Было бы дело в России, я бы категорически сказал. что вообще не надо, миницентр он и есть мини, в России не работает. а у вас может и случится чего, тогда и купите

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 04.04.2013 13:03     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #44 множественное цитирование

(R.J. Dio @ 04.04.2013 12:57)
Ссылка на исходное сообщение  судя по формулировке задачи, прибор пока точно не нужен, сбор инфо- это все. что надо, а купить всегда успеете. Было бы дело в России, я бы категорически сказал. что вообще не надо, миницентр он и есть мини, в России не работает. а у вас может и случится чего, тогда и купите

Я тоже такого же мнения - нет универсальных станций, и они все заточены под жидкие образцы.
Лучше пока выбирайте наборы для выделения ДНК вручную и средства для пробоподготовки (до выделения ДНК), типа гомогенизаторов, измельчителей и т д. А затем сделаете плавный переход.
Кстати, у абдулы есть в этом опыт. Напишите когда у него запой кончится.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Участник оффлайн! Olezhek
Постоянный участник
Tsukuba, Japan/КФУ, РФ



 прочитанное сообщение 05.04.2013 08:49     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #45 множественное цитирование

Да, спасибо, ребята. Я изначально на позиции "нафик-нафик". Думал может быть меня переубедят. Но пока, кажется, и правда лучше вручную. А потом....
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 05.04.2013 10:01     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #46 множественное цитирование

В конце концов, можно ускорить процесс выделения ДНК вручную и на манифолдах типа этого:
http://worldwide.promega.com/~/media/Files...%20Protocol.pdf
Бывают и на меньшее количество образцов с микроколоночками россыпью (не плашкой):
http://worldwide.promega.com/~/media/Files...%20Protocol.pdf
Чем не ручная станция выделения ДНК? Вдобавок, вооружившись большеобъемным степпером, можно даже быстрее автомата, по-стахановски smile.gif .
Кстати, работал на этом голубом крокодиле - намного ускоряет процесс, по сравнению с ЦФ. cool.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Guest
IP-штамп: frEiCLR.eotZc
гость



 прочитанное сообщение 05.04.2013 19:42     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #47 множественное цитирование

Это же "свиноматка" - настоятельно рекомендую. Согласен с Ъ - очень ускоряет/облегчает дело.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Olezhek
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.04.2013 15:32     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #48 множественное цитирование

(Olezhek @ 05.04.2013 08:49)
Ссылка на исходное сообщение  Да, спасибо, ребята. Я изначально на позиции "нафик-нафик". Думал  может быть меня переубедят. Но пока, кажется, и правда лучше вручную. А потом....


давно купил норвегский ГенМол за 10к евров на 1-16 самплов - если лень руками -
работает , но дорого smile.gif

http://www.biotechniques.com/multimedia/ar...tion_44229a.pdf
Участник оффлайн! tecan.ru




 прочитанное сообщение 13.05.2013 13:47     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #49 множественное цитирование

Рекомендуем обратить внимание на платформу роботизированных станций Freedom EVO от TECAN. Станции могут быть адаптированы под работу с любыми наборами для выделения нуклеиновых кислот, основанными на магнитных частицах или вакуумной фильтрации. В частности, TECAN сотрудничает с производителями Macherey Nagel и Promega. Подробнее ознакомиться можно здесь: http://www.tecan.com/nasprep
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.05.2018 09:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #50 множественное цитирование

(tecan.ru @ 13.05.2013 11:47)
Ссылка на исходное сообщение  Рекомендуем обратить внимание на платформу роботизированных станций Freedom EVO от TECAN. Станции могут быть адаптированы под работу с любыми наборами для выделения нуклеиновых кислот, основанными на магнитных частицах или вакуумной фильтрации. В частности, TECAN сотрудничает с производителями Macherey Nagel и Promega. Подробнее ознакомиться можно здесь: http://www.tecan.com/nasprep


С какими наборами работают в России на Fredom EVO от Tecan (на магносорбентах)? confused.gif
Пока нашёл только два варианта:
"РеалБест ДельтаМаг ВГВ/ВГС/ВИЧ" (ПАО "ВекторБест");
«М-Сорб-Туб-Автомат» (от ООО "Синтол").
Интерес сугубо шкурный - хотелось бы соорудить какой-нибудь набор для выделения ДНК/РНК, поскольку в "сыром виде" мои магносорбенты (magnoshop.ru) покупают в основном для экспериментальных работ. И в очень небольших количествах. weep.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 07.05.2018 10:04

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): чайник555

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 20:30
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft