Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Olezhek Постоянный участник Tsukuba, Japan/КФУ, РФ |
В прошлом году закупили систему полу-автоматического извлечения РНК/ДНК. Но как-то не пошло. Один раз добавили ДНКазу (для выделения РНК), а потом вымыть ее не могли. Так и забросили. Вот этот вот Есть у кого-то позитивный опыт использования таких систем (для большого количества образцов, например. Или для стандартизации процесса). И если да, то на каких именно приборах? Running cost еще интересует. Спасибо! Сообщение было отредактировано Olezhek - 31.03.2013 14:48 |
R.J. Dio Постоянный участник |
|
ASDF Постоянный участник |
|
R.J. Dio Постоянный участник |
Сообщение было отредактировано R.J. Dio - 01.04.2013 11:22
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(R.J. Dio @ 01.04.2013 12:19) отлично! И кого он спасает? Вас от Ваших денег? Какова себестоимость одного минипрепа? Если очень грубо посчитать, ручное выделение стоит 1 доллар, учитывая все- и стоимость колонки, и труд, и растворы. И даже амортизацию и электричество. Это максимум, на самом деле 0,8-0,9. А у Вас? За то по ходу выделения кофе не успеешь попить, или блондинка маникюр себе испортит.
|
ASDF Постоянный участник |
Меня цена выделения как-то мало заботит. Я так понял, что здесь вопрос об автоматических выделялках, а не о том как сэкономить 10 руб.
|
ASDF Постоянный участник |
(-Ъ- @ 01.04.2013 12:25) Самое главное даже не это, хотя попить кофе с блондинкой куда приятней чем возиться с колонками)) Главное, что робот сделает все ОДИНАКОВО ХОРОШО, независимо кто оператор (хоть студент, хоть лаборант).
|
Nett Постоянный участник |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(ASDF @ 01.04.2013 12:14) Из автоматов, я думаю, Это самый понятный - выделение на колонках с центрифугой роботизировали. Но это на малое количество образцов... У Olezhek тоже фильтры-мембраны, но с порами, через которые гидрофильная ДНК пролетает, а все остальное - задерживается. Какая там химия, и в чем принцип - не понимаю...
|
R.J. Dio Постоянный участник |
|
Olezhek Постоянный участник Tsukuba, Japan/КФУ, РФ |
Кстати, применение рассматривается в России тоже, а не просто *японцам девать денег некуда* |
Guest IP-штамп: frEiFPK2ZWkzc гость |
(Olezhek @ 01.04.2013 14:23) Просто вот бывает, например, что идет поток образцов, и надо чтобы все стандартно выделялось с одинаковым качеством, а не зависело от дня месяца в жизни блондинки Кстати, применение рассматривается в России тоже, а не просто *японцам девать денег некуда* Ну так россиянцам тоже денег девать некуда, это давно известно. а потом простаивает всё это. Лучше наймите 3 блондинок на приличную зарплату. Когда человек получает достойную зарплату, он(а) в любой день месяца нормально работает. А когда "мы делаем вид, что вам платим, а мы делаем вид, что работаем" - вот тут-то всякие эффекты интересные и проявляются.
|
R.J. Dio Постоянный участник |
|
R.J. Dio Постоянный участник |
|
R.J. Dio Постоянный участник |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Olezhek @ 01.04.2013 15:23) Просто вот бывает, например, что идет поток образцов, и надо чтобы все стандартно выделялось с одинаковым качеством, а не зависело от дня месяца в жизни блондинки Кстати, применение рассматривается в России тоже, а не просто *японцам девать денег некуда* Если решили отказаться от QuickGene, лучше все-таки выбрать открытую систему, чтобы можно было выбирать среди китов и пластика. Наибольшее распространение получили станции с магнитными шариками. Thermo, Tecan, нпример, и мои киты к ним элементарно адаптируются (так говорят пользователи, сам не занимался) . И будет сплошная экономия и ... правда, придется обходиться без блондинок. пыс: Диджей - наивный такой человек Блондинки, они везде есть, даже в... в Африке.
|
R.J. Dio Постоянный участник |
|
Panaev Постоянный участник |
(Olezhek @ 31.03.2013 15:40) Я сам не пользовал, а вот соседи купили именно для стандартизации. Ну что сказать... Не знаю как там в Японии, но в РФ есть проблема с оперативностью обслуживания. Причем неважно какая модель. Поэтому соседи вынуждены кроме робота всегда держать запас обычных наборов и пару блондинок. На случай поломки робота. А ломается он 1-2 раза в год. По мне так лучше и дешевле, да и стандартнее, если уж на то пошло, использовать блондинок. Но возможно, я старый выживший из ума консерватор. Сообщение было отредактировано Panaev - 02.04.2013 07:45
|
apoptos Постоянный участник |
К счастью на сейчас на рынке представлен большой спект приборов, и маленьких, как Qiacube и больших, как Tecan. Что будете выделять, ДНК или РНК? Откуда будете выделять? Какие количества нужны для эксперимента? Какие приложения? На сколько важна кросс-контаминация? Это краткий список вопрсов для начала разговора о выборе системы Буду рад если это поможет. Если Вы ответите на эти вопросы, то я готов дать несколько советов по подбору системы.
|
Olezhek Постоянный участник Tsukuba, Japan/КФУ, РФ |
(apoptos @ 02.04.2013 06:25) Если говорить по делу, то прежде чем советовать что-то нужно понять задачи. К счастью на сейчас на рынке представлен большой спект приборов, и маленьких, как Qiacube и больших, как Tecan. Что будете выделять, ДНК или РНК? Откуда будете выделять? Какие количества нужны для эксперимента? Какие приложения? На сколько важна кросс-контаминация? Это краткий список вопрсов для начала разговора о выборе системы Буду рад если это поможет. Если Вы ответите на эти вопросы, то я готов дать несколько советов по подбору системы. Cпасибо! Сразу ответы: 1. Выделять планируем и РНК и ДНК. Примерно поровну. 2. Выделять из разных тканей разных животных и тканей человека (включая волосы и кровь). Точнее просто не могу сказать. Предполагается что возможны разнообразные источники образцов. 3. Количества нужны подходящие для изготовления библиотек для секвенаторов. Т.е. от сотен нг до десятков мгк. 4. Контаминаций ОЧЕНЬ не хочется. Есть какие-то планы на поточное использование с разными образцами. |
dk Постоянный участник Россия |
|
Cathie22 Постоянный участник |
KingFisher, Thermo Scientific FreedomEVO, Tecan
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(dk @ 02.04.2013 12:12) Господа, кто пользовался / пользуется / принимал участие в пользовании вместе с блондинками : приведите пару-тройку моделей автоматов и полуавтоматов для выделения ДНКи. А там уж все интересующиеся сами полезут по каталогам и начнут звонить блондинкам-манагерам по конторам поставщиков... А без блондинок можно? |
Olezhek Постоянный участник Tsukuba, Japan/КФУ, РФ |
(Cathie22 @ 02.04.2013 10:31) Спасибо! Т.е. это все резко упрощает жизнь, служит верно и долго, себя оправдывает, да? |
vb Постоянный участник |
|
R.J. Dio Постоянный участник |
|
Cathie22 Постоянный участник |
(Olezhek @ 02.04.2013 17:32) Ну, в общем-то, да. Особенно если ставите кучу экспериментов и необходимо единообразие процесса экстракции для всех образцов. Соглашусь с R.J.Dio насчет ремонта, однако это все же происходит редко, если грамотно эксплуатировать и вовремя делать "ТО" Вот насчет EpMotion - да... Я перечислила открытые системы, их без большого труда можно адаптировать под любую реагентику с магнитной сорбцией. Можно и с вакуумной, по-моему, у Текана и Эппендорфа есть такая возможность. С другими открытыми не работала, но если кто скажет, какие есть - будет интересно
|
Andrey N Постоянный участник Москва |
"Вот насчет EpMotion - да..." Эх, куда ушли те времена, когда центрифуги от Эппендорфа были вечными?!! |
Panaev Постоянный участник |
(vb @ 02.04.2013 18:48) Да вот соседи именно этот изимаг используют. По-моему, он еще и закрытая система.
|
Cathie22 Постоянный участник |
(Andrey N @ 03.04.2013 09:35) "а вот EpMotion прости господи вряд ли. " "Вот насчет EpMotion - да..." Эх, куда ушли те времена, когда центрифуги от Эппендорфа были вечными?!! Центрифуги-то ок, работают отлично. А вот этот перец... |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Panaev @ 03.04.2013 07:51) Как правило, закрытые системы ориентированы для клинико-диагностических лабов. Они и более производительные. |
Cathie22 Постоянный участник |
(-Ъ- @ 03.04.2013 14:16) Как правило, закрытые системы ориентированы для клинико-диагностических лабов. Они и более производительные. Только реагенты как самолет стоят |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Cathie22 @ 03.04.2013 11:23) Грабют Замену ищите в отечестве, она есть. |
apoptos Постоянный участник |
Agilent: Bravo, Encore Qiagen: BioRobot, Qiasymphony, Qiacube LifeTech, Tecan, Hamilton, Eppendorf, Xirill и прочее. Слышал, что ДНК-технология собирается сделать оттечественного робота. Выбор очень большой и разброс цен тоже. При выборе важно понимать сколько будет стоить одно выделение, и почему-то все забывают про цену накончников. Самые дорогие наконечники это те, которые обладают проводимостью. Но с другой стороны, только используя эти наконечники можно добиться минимального риска кросс-контаминации. Кросс-контаминация очень серьезный вопрос и лишь небольшое кол-во систем на рынке предлагают реальные/действенные методы борьбы с ней. Если приложение это не диагностика, то конечно будет проблема. Однако, елси для примера взять приложение генотипирования референсных образцов, когда в образце много ДНК, то небольшая кросс-контаминация не помешает. В вашем случае, ДНК в образце много и если Вы планируете исследование транскриптома или генома (без диагностики вирусных или бактериальных инфекций), то можно использовать более простые системы с не дорогими расходниками. Как заметил Ъ, ищи в отечестве, так как любой зарубежный прибор будет дорогим, расходка к нему будет дорогая и долго доставляться. А также, сервис будет не очень хорошим. С радостью отвечу на вопросы. P.S. лично мне не нравится epmotion, так и хочется сказать ничего личного против хеликона я не имею, но к сожалению я не видел ни одной работающей системы и довольного пользователя, и в тоже время я видел несколько не довольных пользователей и не работающих систем. Хотя, честно говоря и пока видел мало пользователей в России активно нуждающихся в автоматическом выдеелнии (я не учитываю диагностику, так как там один из главных вопросов это цена).
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(apoptos @ 03.04.2013 12:46) Кросс-контаминация очень серьезный вопрос и лишь небольшое кол-во систем на рынке предлагают реальные/действенные методы борьбы с ней. Если приложение это не диагностика, то конечно будет проблема. Однако, елси для примера взять приложение генотипирования референсных образцов, когда в образце много ДНК, то небольшая кросс-контаминация не помешает. В вашем случае, ДНК в образце много и если Вы планируете исследование транскриптома или генома (без диагностики вирусных или бактериальных инфекций), то можно использовать более простые системы с не дорогими расходниками. Однако, если генотипирование касается СОМАТИЧЕСКИХ мутаций, любая кросс-контаминация просто недопустима.
|
Cathie22 Постоянный участник |
|
Cathie22 Постоянный участник |
(-Ъ- @ 03.04.2013 14:37) Благодарю, я более чем в курсе |
apoptos Постоянный участник |
Это гарантия погружения наконечника на 2-3 мм в жидкость (и одновременно детекция уровня). Сгустки и пена определяются по двум параметрам, контакт наконечника с жидкостью и нарастание давления (сгусток) или наоборот отсутствие давления (пена). Любые капли, течи это поломки системы. А как хорошо известно, то все оборудование ломается. Также, для устранения кросс-контаминации есть еще другие средства, как например при движении манипулятора можно расчитать траекторию не над пробирками, и/или еще подставлять корытце под наконечники итд. To Ъ: большое спасибо за соматические мутации, нужно смотреть на метод и задачи. Я взял пример генотипирования человека по STR локусам для создания национальной базы США. Они используют KingFisher 96 (http://www.ld.ru/catalog/images/kingfisher-flex-200.jpg). В этом инструменте 100% есть контаминация, однако это не может помешать, так как в референсных образцах ДНК очень много и небольшая кросс-контаминация не вредит. В случае определения соматических мутаций нужно внимательно посмотреть на метод, которым это происходит.
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(apoptos @ 03.04.2013 13:53) To Ъ: большое спасибо за соматические мутации, нужно смотреть на метод и задачи. Я взял пример генотипирования человека по STR локусам для создания национальной базы США. Они используют KingFisher 96 (http://www.ld.ru/catalog/images/kingfisher-flex-200.jpg). В этом инструменте 100% есть контаминация, однако это не может помешать, так как в референсных образцах ДНК очень много и небольшая кросс-контаминация не вредит. В случае определения соматических мутаций нужно внимательно посмотреть на метод, которым это происходит. Это примерно также, как обнаруживают в тотальной ДНК какую-то бактерюху, вирус или др. заразу, при этом блокируется дикий тип. А по STR или другим наследственным полиморфизмам так оно и есть - небольшая кросс-контаминация не смазывает картину или ее вообще не видно на фоне основного сигнала. Сообщение было отредактировано -Ъ- - 03.04.2013 13:18 |
Yuri K IP-штамп: frO84jFrTPiQA гость |
Из моего опыта, вопрос контаминации зависит от копийности ДНК в образцах. Если у вас задача viral load и образцы могут содержать до 10^10 и больше копий вируса на образец, напр, то контаминация на автомате неизбежна. Если вы выделяете геномку из гомогенных образцов, вроде крови, то чтобы напачкать, надо сильно постараться.
|
Olezhek Постоянный участник Tsukuba, Japan/КФУ, РФ |
Образовываюсь со страшной силой. Просто вдруг возник вопрос о нужности-необходимости покупки системы такого типа для формирующегося геномного мини-центра. Так как пока непонятно "как оно все пойдет", то не очень ясно насколько массивным будет поток образцов и т.п. А среди тех кто готовит образцы для анализа и медики и зоологи и микробиологи. Поэтому я не могу совсем уж точно предсказать "сколько образцов в день" и т.п. Хочется понять - есть ли что-то "удобно-универсальное" или лучше кричать "давайте потом подумаем когда реально увидим что за загруженность образцами, задачами и т.п." |
T2006 |
|
R.J. Dio Постоянный участник |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(R.J. Dio @ 04.04.2013 12:57) судя по формулировке задачи, прибор пока точно не нужен, сбор инфо- это все. что надо, а купить всегда успеете. Было бы дело в России, я бы категорически сказал. что вообще не надо, миницентр он и есть мини, в России не работает. а у вас может и случится чего, тогда и купите Я тоже такого же мнения - нет универсальных станций, и они все заточены под жидкие образцы. Лучше пока выбирайте наборы для выделения ДНК вручную и средства для пробоподготовки (до выделения ДНК), типа гомогенизаторов, измельчителей и т д. А затем сделаете плавный переход. Кстати, у абдулы есть в этом опыт. Напишите когда у него запой кончится.
|
Olezhek Постоянный участник Tsukuba, Japan/КФУ, РФ |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
Бывают и на меньшее количество образцов с микроколоночками россыпью (не плашкой): Чем не ручная станция выделения ДНК? Вдобавок, вооружившись большеобъемным степпером, можно даже быстрее автомата, по-стахановски . Кстати, работал на этом голубом крокодиле - намного ускоряет процесс, по сравнению с ЦФ.
|
Guest IP-штамп: frEiCLR.eotZc гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Olezhek @ 05.04.2013 08:49) Да, спасибо, ребята. Я изначально на позиции "нафик-нафик". Думал может быть меня переубедят. Но пока, кажется, и правда лучше вручную. А потом.... давно купил норвегский ГенМол за 10к евров на 1-16 самплов - если лень руками - работает , но дорого |
tecan.ru |
|
genseq Постоянный участник |
(tecan.ru @ 13.05.2013 11:47) Рекомендуем обратить внимание на платформу роботизированных станций Freedom EVO от TECAN. Станции могут быть адаптированы под работу с любыми наборами для выделения нуклеиновых кислот, основанными на магнитных частицах или вакуумной фильтрации. В частности, TECAN сотрудничает с производителями Macherey Nagel и Promega. Подробнее ознакомиться можно здесь: С какими наборами работают в России на Fredom EVO от Tecan (на магносорбентах)? Пока нашёл только два варианта: "РеалБест ДельтаМаг ВГВ/ВГС/ВИЧ" (ПАО "ВекторБест"); «М-Сорб-Туб-Автомат» (от ООО "Синтол"). Интерес сугубо шкурный - хотелось бы соорудить какой-нибудь набор для выделения ДНК/РНК, поскольку в "сыром виде" мои магносорбенты ( Сообщение было отредактировано genseq - 07.05.2018 10:04
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |