Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Статьи уже опубликованы и создана анимация: По ссылке можно наглядно видеть механо-хемиосмотичский механизм синтеза АТФ. Сообщение было отредактировано kasumov eldar - 13.03.2018 13:27
|
Guest IP-штамп: frEiFPK2ZWkzc гость |
(kasumov eldar @ 13.12.2011 13:43) Дорогие коллеги! Меня интересует механизм синтеза АТФ в энергопреобразующих мембранах при окислительном и фото-фосфорилированиях. Если кто-то занимается изучением цитохром бц1(б6ф) комплексов, АТФ синтазой с целью понимания механизма синтеза АТФ, откликайтесь. Я раньше занимался экспериментально митохондриями, но в настоящее время нет возможности работать экспериментально. На основании литературных и собственных результатов разработал механо-хемиосмотическую модель сопряжения. Опубликовал тезисы и зарегистрировал две статьи в Российском Авторском Обществе. К сожалению, опубликовать статьи в открытой печати не получается, ни в России, ни зарубежом. А почему не удается опубликовать? Рецензенты говорят, что ваша модель - бред? Так может, стоит к ним прислушаться? |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Сообщение было отредактировано kasumov eldar - 12.12.2016 11:36
|
Andrew Постоянный участник Москва |
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Файл/ы:
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
http://news.mail.ru/society/7319085/?frommail=1 Статья в оригинале опубликовано в: Science. 2011 Oct 28;334(6055):494-7. Epub 2011 Oct 13. Torsional carbon nanotube artificial muscles. Foroughi J, Spinks GM, Wallace GG, Oh J, Kozlov ME, Fang S, Mirfakhrai T, Madden JD, Shin MK, Kim SJ, Baughman RH. Персональная авторская копия статьи у меня имеется, к сожалению, с ограничениями для выставления другим лицам. Хочется добавить, что Митчелл легко опубликовал только первую статью- гипотезу. Потом у него были очень большие проблемы с публикацией. Наша гипотеза рассматривает хемиосмотическую гипотезу в динамике. |
Daemonarchestratygos Постоянный участник |
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
По предложению публиковаться в Medical Hypotheses, там тоже нужны рецензенты. Будут посылать тем, с которыми мы не согласны. Сейчас я хочу, чтобы как можно больше людей познакомились с нашей точкой зрения, другим бредом. А может механизм работы АТФсинтазы, который везде в литературе, тоже является бредом? |
Esya Постоянный участник PA, USA |
При этом, нельзя исключить что в вашей идее что-то есть. Поэтому, переходите к конкретным вопросам, оставив разоблачение системы в стороне. Сообщение было отредактировано Esya - 18.12.2011 19:59
|
vtosha Постоянный участник |
В приведённых тезисах есть только модель. Экспериментального подтверждения в них нет, только указание: "исходя из литературных и своих данных". С моделью невозможно спорить. Однако для серьёзной публикации и серьёзного обсуждения специалистов необходимы экспериментальные подтверждения. Можете ли вы их привести? Если у вас нет собственных экспериментальных подтверждений, то опубликоваться можно только в тех журналах, которые публикуют модели и гипотезы. Если вы ещё не посылали в эти журналы, вряд ли вы заранее можете утверждать, что её отвергнут. |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
1. внутри тилакоида происходит рН скачок от около 4 до 8; поляризация-деполяризация ; набухание-сокращение - за время около 10 мсек.; 2. альфаспираль гамма субъединицы является протонпроводящей нанотрубкой; 3.электрон от 2Fe-2S кластера одного димера переходит на гемf противоположного димера и наоборот, в цит b6f комплексе. В нашей модели гамма субъединица выступает вместо углеродной нанотрубки и остальные условия остаются: поток электролитов, наличие потенциала и замена полярности. В этих условиях могла бы вращаться гамма субъединица, но не Fo олигомер. Приглашаю участвовать в экспериментах, если не доказывать, хотя бы в разгроме чтобы поставить конец 20 летним мучениям. Тем более, что мы уже столько же не работаем в науке! Часть идей опубликована в 3-х источниках 20 лет назад. Будем пытаться подавать в журналы, где публикуют гипотезы. |
vtosha Постоянный участник |
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
|
vtosha Постоянный участник |
Но почему вы считаете, что именно этот переход электрона важен? Почему не другие переходы, скажем, переходы электрона в Q-цикле, переходы на цитохром с (или на пластоцианин в случае хлоропластов)? |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Здесь начинается спор. По литературе е- передается просто. А в самом деле между ними расстояние большое. А я предполагаю, что е- переходит на другую сторону при сближении противоположных мембран. Если сопоставить асимметрично димеры головками, активные центры совпадают. При этом перенос электрона идет по быстрой и медленной фазе. Появилось предположение в литературе, что е- берется от одного мономера, а передается другому мономеру и делается запись; это звучит фантастически. Речь идет о мономерах в одном димере и конечно такое невозможно. Если учесть два противоположных димера, то все становится на свои места. Это являлось бы хорошей механической регуляцией. При сокращение есть перенос электрона, а при набухание прекращается. |
vtosha Постоянный участник |
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Сопряжение происходит через изменения объемов, в свою очередь являясь следствием движения катионов с водой. В итоге без изменения объемов не будет ни синтеза АТФ, ни переноса электронов. АТФсинтаза перекачивает на два протона один К+. Есть такие данные. По этой причине тилакоиды плоские, кристы параллельные и в бактериях складки имеются. |
vtosha Постоянный участник |
То есть мембрана протонируется, что приводит к току катионов с водой через АТФ-синтазу. Это приводит к сокращению мембраны, что, в свою очередь, вызывает вращение гамма-субъединицы. Попутно при сокращении мембраны происходит перенос электрона от Fe-S кластера на гем с1. Но это должно приводить к дополнительному протонированию мембраны, почему катионы с водой должны потечь обратно? Ваш текст можно понять так, что в одном случае ток является причиной сокращения, а в другом случае ток является следствием набухания. Если это верно, то что является причиной набухания? |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Сокращение, восстановление цитохрома с1, протонирование и поляризация в около10 мсек. Дело в том. что восстановление 2Fe-2S кластера находится в кислой области, а цитохрома с1 в щелочной около рН9. Если не будет рН скачка в щелочную область . то исключается восстановление цитохрома с1. Эти объяснения , то, что мне доступно. Здесь самое главное циклические изменения нескольких параметров, которые требуют доказательства. |
vtosha Постоянный участник |
Ничто в этих рассуждениях не опровергает ни протонирования мембраны, ни механизма движения Ф0 субъединицы и как следствие, гамма-субъединицы, за счёт протонов, проскакивающих через Ф0. |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
|
vtosha Постоянный участник |
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Здесь самый главный выход то, что доказать экспериментально, хотя бы один пункт циклического изменения. Потенциал и рН измеряются индикаторами и поэтому сомневаюсь в такой возможности. А изменение объема в мсек интервале реально, но, к сожалению, у меня нет условий. Поэтому приглашаю к сотрудничеству. |
vtosha Постоянный участник |
Насколько я понимаю, вашей модели не хватает ещё кинетических и физико-химических расчётов, показывающих её выгодность перед протонной моделью движения F0. Нет впечатления, что вашу публикацию отвергают из-за несоответствия парадигме. Скорее, из-за недостатка экспериментальных доказательств. Просто больше посылайте в разные журналы, лучше (как выше советовали) в те, что модели и гипотезы публикуют. И стоит поискать не одного, а побольше специалистов не только в России, но и за границей (по публикациям, тут вам лучше знать, кто этим занимается), с ними связаться. Ну и в словах осторожнее: приставка "нано-" в наше время может только отпугнуть серьёзных исследователей, и отсылки к истории науки тоже не очень приветствуются (уж слишком часто они используются ... м-м-м... теми, кого современная философия науки не относит к серьёзной науке). |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Файл/ы:
|
vtosha Постоянный участник |
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Файл/ы:
|
vtosha Постоянный участник |
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Сообщение было отредактировано kasumov eldar - 30.12.2011 15:26 |
guest: biofizik IP-штамп: fr9Iyl337ODiw гость |
Kakoj bred! Govorit o tom, chto avtoru nuzhno izuchit elementarnye principy protein structure, proton transfer, etc.... Start from any modern biochemistry textbook. |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
1.An evidence for the equilibrium unfolding intermediates of ribonuclease A by tritium labeling method. Volynskaya AV, Kasumov EA, Goldanskii VI. Int J Biol Macromol. 2006 Nov 15;39(4-5):256-64. Epub 2006 May 18. PMID: 16712923 [PubMed - indexed for MEDLINE] 2.[On the mechanism of globular protein unfolding. Ribonuclease A]. Volynskaia AV, Kasumov EA, Shishkov AV. Mol Biol (Mosk). 1998 May-Jun;32(3):463-72. Russian. No abstract available. PMID: 9720071 [PubMed - indexed for MEDLINE] 3.Determination of the accessible surface of globular proteins by means of tritium planigraphy. Volynskaya AV, Kasumov EA, Bogascheva EN, Shishkov AV, Goldanskii VI. Eur Biophys J. 1994;23(2):139-43. PMID: 8050398 [PubMed - indexed for MEDLINE] То, что касается переноса протонов, до сих пор нет ответа на этот вопрос - одни догадки. Если хотите пришлю ссылки. Вам не кажется, что там где перенос протонов, там альфа спираль. Почему до сих пор Вы не возмутились по поводу вращения Fo субъединицы притяжением к одному заряду и вращением, как биофизик. Ведь то, что я предлагаю надо доказывать, бред или нет история покажет. Если будет интересно обосную позже. Сообщение было отредактировано kasumov eldar - 08.01.2012 11:19 |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
На форуме то двойку поставят, то за знаниями в учебники пошлют. Внизу прикрепляю статью на русском и информацию о том, что вышеуказанная 1 статья (смысл в них один и тот же) вошла в топ 10. Интересно, что в низких концентрациях солей глобулярные белки сжимаются и с увеличением концентрации соли расширяются. Файл/ы:
|
vtosha Постоянный участник |
Файл/ы:
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
(vtosha @ 11.01.2012 18:20) У этих авторов статей много, свежая в 2011 году. 2Fe-2S-кластер находят по Рентгену в позициях от 0(Qp-позиция) до расстояния 16 Ао. А расстояние от 2Fe-2S-кластера до гема с1 составляет по разным данным, в т.ч. для гема f, 29; 31 и 35 Ао. На 16Ао передвигается 2Fe-2S-кластер в сторону гема с1, а остальное расстояние? Дело в том, что цитохром с1 и ISP белки являются водорастворимыми глобулярными белками, привязанными к мембране, как шар с ниткой. Переход электрона в водной фазе на такое расстояние невозможен. Надо вспомнить как электрон передается от гема с1 к гему с. Более того, в этой статье показывается рисунок сбоку, а если смотреть на этот комплекс сверху, расстояние между ними отчетливо видно. По данным Сориано, Крамера (2002) имеется быстрая и медленная фазы восстановления гема с1 и они объясняют это тем,что наверное ISP белок восстановливается в одном мономере, а окисляется в другом мономере ( здесь имеется в виду мономеры одного димера). Тут же добавляют, что это звучит фантастически. Конечно, в пределах одного димера такое нереально. А если иметь ввиду мономер димера, расположенного асимметрично напротив, то такое даже очень реально. По Рентген данным bс1-комплекс кристаллизуется ,именно, таким образом, димеры асимметрично, против друг друга. |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
курсовая - Влияние N-бромацетитимида на некоторые характеристики натриевого тока в мембране перехвата Ранвье; дипломная - Роль фоторецепторов и пигментного эпителия в создании неравновесного распределения ионов калия в сетчатке. |
Guest IP-штамп: frEHOYnjDwTXo гость |
Ельдар, а Вы садист? Я прочитал про Ваш метод леченией гипертонии: "Например, гипертензия, также и гипотония не лечатся, а состояние поддерживается. Если пить воду (около 2 л в день) и физнагрузки (около 12 км в день) эти проблемы снимаются." Вы сами здоровы? А если больные гипертонией пожилого возраста, лет за 75, то им марафон нужно бегать? |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Обсуждайте здесь ,пожалуйста, только данную тему. |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Файл/ы:
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
The results fully support the concept that electrons freely distribute between the four catalytic sites of a dimer and that any path connecting the catalytic sites on the opposite sides of the membrane is enzymatically competent. К сожалению, авторы пока мне не ответили, что они имеют ввиду, когда говорят о распределении электронов на противоположной стороне мембраны! Файл/ы:
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
(kasumov eldar @ 20.02.2012 10:42) Появилась новая статья, где говорится о концепции по распределению электронов по каталитическим участкам, в т.ч. на противоположной стороне мембраны. The results fully support the concept that electrons freely distribute between the four catalytic sites of a dimer and that any path connecting the catalytic sites on the opposite sides of the membrane is enzymatically competent. К сожалению, авторы пока мне не ответили, что они имеют ввиду, когда говорят о распределении электронов на противоположной стороне мембраны! Получил от Artur Osyczka копию статьи, но , к сожалению, он не ответил на мой вопрос! |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
This is interesting. I wonder whether your model could explain our observation of elementary alkalinization transients in single mitochondria that coincide both spatially and temporally with mitochondrial depolarization events. I attach the abstract of this as yet unpublished study. Santo-Domingo, J., and N. Demaurex. 2010. pH Spikes in individual mitochondria. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics. 1797:119-120. Santo-Domingo, J., and N. Demaurex. 2011a. Alkalinization Transients in Individual Mitochondria. J Gen Physiol. 138:16. Santo-Domingo, J., and N. Demaurex. 2011b. Alkalinization Transients in Individual Mitochondria. Biophys J. 102:572a. |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Вышла новая очень любопытная статья, переписку с автором которой привожу внизу: Dear David! Send me please your article: Oligomycin frames a common drug-binding site in the ATP synthase. Symersky J, Osowski D, Walters DE, Mueller DM. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Aug 6. Answer me please, how many oligomycin molecules bind with one c(10) ring? In vivo, we think that oligomycin only binds at the surface of the c-ring that is exposed to the proton channel formed by subunit a - so that means 1, maybe 2 molecules. In the crystal, 10 could bind, but we only see 7 bound, but that is not in vivo. Read the paper and see if you understand it better. cheers david До сих пор, по литературной модели должна связываться одна молекула олигомицина с одной АТФ синтазой. В самом деле, получается, что связываются 7 молекул. По нашему динамичному механизму должны связываться 7 или 8 молекул олигомицина. Объяснение Давида сами прочитайте. |
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Вестник бакинского университета,серия естественных наук, 2012, №2, стр.42-51. Прикрепляю рукописный вариант, поскольку копия снята из фотографии. Картинки: __________________.jpg — (391.17к) Файл/ы:
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
|
kasumov eldar Постоянный участник Москва |
Недавно встречался с профессором из МГУ, который занимается данной темой и, оказывается, хочет доказать одну из этих положений. Он у меня спросил: -"Как ты догадался об этом ?". Так, что эта тема не раскрыта и еще актуальна. Публикация сделана по оригинальным экспериментальным данным с элементами идеологии и не более того. Остаются еще неопубликованные данные. Сообщение было отредактировано kasumov eldar - 29.12.2012 12:15 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(kasumov eldar @ 29.12.2012 13:14) -Ъ-, Энергия вселенной(синонимы, Аллах,Бог,Будда, Иуда и др.) Вам судья. Лучше бы по сути обсуждали. Это характеризует современных ученых, но не предмет. Хотя, раньше Митчелля тоже после 1961 года долго не печатали. Недавно встречался с профессором из МГУ, который занимается данной темой и, оказывается, хочет доказать одну из этих положений. Он у меня спросил: -"Как ты догадался об этом ?". Так, что эта тема не раскрыта и еще актуальна. Публикация сделана по оригинальным экспериментальным данным с элементами идеологии и не более того. Остаются еще неопубликованные данные. Флаг Вам в руки. Я бы в Nature подал... Сообщение было отредактировано -Ъ- - 29.12.2012 13:20 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
Такой популярности не знала ни одна тема этого форума. Небесные силы или энергия вселенной что ли влияют.
|
« Предыдущая тема · Беседа · Следующая тема » |