Rambler's Top100
Lo-Fi Version* Virtual  Russian keyboard  Russian  
Molbiol.ru | Project | Protocols | Programs | Literature
Web | Companies | Marketplace | Labor exchange

Today's active topics  [ Log In* | Register* ]  
   



Forum: 
 

Click to add to Selected Topics* Киты [Qiagen] [ QIAamp] -- Ищу составы буферов. --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Options: I want to be curator* · Track this topic* · Email this topic · Print this topic*
Topic view:* Outline · [ Standard ] · Linear+


 
Reply to this topicStart new topicStart Poll
User is offline! Asterix
Member



 old post 09.08.2019 16:18     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #1 multiquote

Киты [Qiagen] [ QIAamp] для выделения геномной ДНК на мини-колонках с силика-сорбентом

Ищу составы буферов. Я хочу модификации кита сделать, не люблю вслепую работать как робот ..

Может есть какой био-хакерский ресурс где это все уже выложено.

конкретно нужны буферы [ATL ] , [AL], [AW1] , [AW2], [ATE]

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): -Ъ-
User is offline! Asterix
Member



 old post 10.08.2019 01:57     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #2 multiquote

Кстати почему [Qiagen] просит хранить свои сухие колонки для ДНК в холоде? Они же сухие. Пишет что несколько недель можно и при комнатной температуре , а если долго то в холоде.

В чем там фишка?
User is offline! Asterix
Member



 old post 11.08.2019 00:05     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #3 multiquote

Вот тут есть куча составов буферов от китов Киаген, кроме тех что мне надо, увы.

https://openwetware.org/wiki/Qiagen_Buffers
User is offline! Asterix
Member



 old post 11.08.2019 01:43     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #4 multiquote

первый подсказали... , спасибо

the Qiagen ATL buffer is mainly SDS, and it serves to destroy nuclease activity without hurting the Proteinase K (PK) too much, and helping PK digest proteins. ATL is also pH 8.6 (likely Tris) and looks to be similar to "tail tip" digestion buffer. AL addition (~4M GuHCl) puts the digested protein in solution and then ETOH addition (to ~33%) helps keep the SDS in solution as it tends to precipitate with GuHCl.

30 mM Tris·Cl; 10 mM EDTA; 1% SDS , optional 0.5-1M Guanidine Isothiocyanate

, pH 8-9 , 56 C , 1 -16 hours with Proteinase K , optional add Carrier RNA.

Proteinase K is prepared commonly as a 20 mg/ml stock solution in sterile water (stable for 1 year at −20°) or in a solution of 50 mM Tris, pH 8.0, 1 mM CaCl2 (stable for months at 4°). It is generally used at a working concentration of up to 50 μg/ml in any of a number of buffer formulations, including those that contain up to 0.5% SDS.

This post has been edited by Asterix: 11.08.2019 16:06
User is offline! Asterix
Member



 old post Post on English  11.08.2019 02:23     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #5 multiquote

Melzak et al. (1996) Driving forces for DNA adsorption to silica in perchlorate solutions. J. Colloid Interface Sci. 181: 635 - 644.

Guanidine HCL is a chaotropic salt. Chaotropic salts are critical for cell lysis and binding to the silica resin. Specifically, Chaotropes have two important roles in nucleic acid extraction

Destabilize hydrogen bonds, van der Waals forces and hydrophobic interactions.

Leading to destabilization of proteins (including nucleases).

Macromolecular structure and function is dependent on the net effect of these forces (see protein folding), therefore it follows that an increase in chaotropic solutes in a biological system will denature macromolecules, reduce enzymatic activity and induce stress on a cell (i.e., a cell will have to synthesize stress protectants). Tertiary protein folding is dependent on hydrophobic forces from amino acids throughout the sequence of the protein. Chaotropic solutes decrease the net hydrophobic effect of hydrophobic regions because of a disordering of water molecules adjacent to the protein. This solubilises the hydrophobic region in the solution, thereby denaturing the protein. This is also directly applicable to the hydrophobic region in lipid bilayers; if a critical concentration of a chaotropic solute is reached (in the hydrophobic region of the bilayer) then membrane integrity will be compromised, and the cell will lyse. [Source]

Disrupt the association of nucleic acids with water.

Thereby providing optimal conditions for their transfer to silica.

Salts can have chaotropic properties by shielding charges and preventing the stabilization of salt bridges. Hydrogen bonding is stronger in non-polar media, so salts, which increase the chemical polarity of the solvent, can also destabilize hydrogen bonding. Mechanistically this is because there are insufficient water molecules to effectively solvate the ions. This can result in ion-dipole interactions between the salts and hydrogen bonding species which are more favorable than normal hydrogen bonds. [Source]

Ethanol, like Guanidine HCL, is a chaotopic agent. Ethanol is added for 2 reasons:

Enhance and influence the binding of nucleic acids to the silica.

Interfere with non-covalent intramolecular forces as outlined above.

Reduce association of nucleic acids with water. From Melzak et al. (1996):

Decreaing the water activity in solution through addition of either a chaotropic salt or an alcohol changes the helical structureof B-DNA either continuously to C-DNA or through a sharp cooperative transition to A-DNA (28). Either transition is accompanied by a decrease in solvent-accessible surface area.

The correct concentration allows for washing of the salts from the membrane

Number of thanks: 2These members thanked the author (2): metrim, -Ъ-
User is offline! Asterix
Member



 old post Post on English  11.08.2019 16:25     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #6 multiquote

Buffer AW1 contains Guanidinium Chloride (guanidine hydrochloride). This is used to denature proteins in your sample. They will then flow through the column and will be discarded with the wash.

Buffer AW2 is essentially 70% EtOH. 30 mls of 100% EtOH is added to the 13 mls of "concentrate"included in the bottle. 70% EtOH is used to remove salts from your column and aid in purifying your DNA.
User is offline! 7825
Member



 old post 12.08.2019 19:06     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #7 multiquote

(Asterix @ 09.08.2019 17:18)
Link to the original post  Киты [Qiagen]  [ QIAamp] для выделения геномной  ДНК  на мини-колонках  с силика-сорбентом

Ищу составы буферов.  Я хочу  модификации кита сделать,  не люблю  вслепую работать как робот .. 

Может есть какой био-хакерский ресурс  где это все уже выложено.

конкретно нужны  буферы  [ATL ]  , [AL],  [AW1] , [AW2],  [ATE]



КвакаГен Отстой lol.gif lol.gif lol.gif
User is offline! 7825
Member



 old post 12.08.2019 19:09     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #8 multiquote

(Asterix @ 09.08.2019 17:18)
Link to the original post  Киты [Qiagen]  [ QIAamp] для выделения геномной  ДНК  на мини-колонках  с силика-сорбентом

Ищу составы буферов.  Я хочу  модификации кита сделать,  не люблю  вслепую работать как робот .. 

Может есть какой био-хакерский ресурс  где это все уже выложено.

конкретно нужны  буферы  [ATL ]  , [AL],  [AW1] , [AW2],  [ATE]

я лет 15 в Германии не южу ничего от КвакаГена smile.gif
User is offline! Asterix
Member



 old post 12.08.2019 20:17     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #9 multiquote

ну так порекомендуйте , что нынче самое крутое в деле выделения ДНК из форенсик образцов?

Вот например геномка для [NGS] из сигаретных фильтров от бычков?
User is offline! -Ъ-
Advanced Member
Москва



 old post 13.08.2019 10:33     Report Post         Personal message
Quote Post Put in the news column  URL #10 multiquote

Плотник, а что, нормальная тема!
Я тоже подключусь через пару дней, сейчас занят текучкой.

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): Asterix
User is offline! 7825
Member



 old post 13.08.2019 14:38     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #11 multiquote

(-Ъ- @ 13.08.2019 11:33)
Link to the original post  Плотник, а что, нормальная тема!
Я тоже подключусь через пару дней, сейчас занят текучкой.

Не хватайтесь за чужие талии, Вырвавшись из рук своих подруг. Вспомните, как к берегам Австралии... wink.gif
User is offline! 7825
Member



 old post 13.08.2019 14:39     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #12 multiquote

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Link to the original post  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?

фенол хлороформ
User is offline! 7825
Member



 old post 13.08.2019 14:40     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #13 multiquote

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Link to the original post  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?

для чип секов из одной клетки фенол хлороформ
User is offline! 7825
Member



 old post 13.08.2019 14:45     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #14 multiquote

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Link to the original post  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?

ну уж точно не квакаген smile.gif
User is offline! 7825
Member



 old post 13.08.2019 14:48     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #15 multiquote

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Link to the original post  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?

во всем мире нанокличества днка фенолят хлороформят пoсмотрите PubMed
ChIP-Seq
User is offline! 7825
Member



 old post 13.08.2019 14:57     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #16 multiquote

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Link to the original post  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5670203/

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): semi
User is offline! Asterix
Member



 old post 14.08.2019 02:41     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #17 multiquote

У меня вот вопрос , [Qiagen] в своих китах использует две отмывки силика-колонки этанольным раствором , одна кислая , 5.2 , другая нейтральная 7.2 ..

В чем тут фишка?

И зачем они добавляют малоновую кислоту в Гуанидин хлорид? только чтоб [pH] удерживать на 6.5 или есть какие-то еще идеи?
User is offline! Asterix
Member



 old post 14.08.2019 02:49     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #18 multiquote

И еще вопрос, полногеномная амплификация и репарация ДНК для [NGS], ну из сильно деградированных старых форенсик образцов вестимо, ,, что нынче самое модное в этой области?
User is offline! Asterix
Member



 old post 14.08.2019 15:50     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #19 multiquote

И еще вопрос ... в чем фишка использования необычно высокой концентрации ДТТ в лизис буфере с протеиназой К?

Ну право , 66мМ , ну куда столько? Это получается что если я предпочитаю меркаптоетанол, то его надо будет 100мМ туда класть? А будет ли протеиназа К в такой адской концентации работатЬ? Или это самое ей то что надо. речь идет о старых засохших образцах 50-100-летней давности

какие будут соображения?
User is offline! 7825
Member



 old post 14.08.2019 17:04     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #20 multiquote

(Asterix @ 14.08.2019 16:50)
Link to the original post  И  еще  вопрос ... в чем фишка использования  необычно  высокой концентрации  ДТТ  в  лизис буфере  с протеиназой К?

Ну право  , 66мМ , ну куда  столько?  Это получается что если я предпочитаю  меркаптоетанол, то его надо будет  100мМ  туда  класть?  А будет ли протеиназа К  в такой адской концентации  работатЬ?  Или  это самое  ей то что надо.  речь идет о старых засохших образцах 50-100-летней давности

какие будут  соображения?

папа карла задлбал ужо smile.gif
User is offline! 7825
Member



 old post 14.08.2019 17:06     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #21 multiquote

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Link to the original post  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?

форенсик образцы куня отсиквинируй гином ниандерталца beer.gif jump.gif
User is offline! 7825
Member



 old post 14.08.2019 17:19     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #22 multiquote

(Asterix @ 14.08.2019 16:50)
Link to the original post  И  еще  вопрос ... в чем фишка использования  необычно  высокой концентрации  ДТТ  в  лизис буфере  с протеиназой К?

Ну право  , 66мМ , ну куда  столько?  Это получается что если я предпочитаю  меркаптоетанол, то его надо будет  100мМ  туда  класть?  А будет ли протеиназа К  в такой адской концентации  работатЬ?  Или  это самое  ей то что надо.  речь идет о старых засохших образцах 50-100-летней давности

какие будут  соображения?

выдели ДНК из кости 200 000 лет smile.gif
User is offline! BioPharmExpert




 old post 15.08.2019 11:51     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #23 multiquote

(Asterix @ 12.08.2019 21:17)
Link to the original post  ну так порекомендуйте  , что нынче самое крутое  в  деле выделения ДНК из  форенсик образцов? 

Вот например  геномка  для  [NGS] из сигаретных  фильтров  от бычков?


ZYMO Research попробуйте
User is offline! Asterix
Member



 old post 15.08.2019 15:19     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #24 multiquote

меня научная сторона вопроса интересует , нужно адаптировать кит под научную задачу.
User is offline! Asterix
Member



 old post 30.08.2019 02:15     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #25 multiquote

Ну что ж у нас такая печаль-то на русскоязычных фронтах науки-то?.. Проще право немцев поднять на вопросы о Киагене чем российссих Обломовых тут шебуршить.

Неужели никто вообще высокотехнологичным ДНК форенсиком в России не занимается? Только по инструкции к китам и работают?
User is offline! Asterix
Member



 old post 30.08.2019 02:21     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #26 multiquote

Вот еще вопрос , кто может в деталях рассказать про это чудо техники? Мне нужны точные состравы всех буферов и композиции и критический разбор данного продукта из личного опыта работы с ним.

NEBNext® FFPE DNA Repair Mix

Archiving of clinical materials as Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded (FFPE) samples is a common practice. However, the methods used for fixation and storage significantly damage and compromise the quality of DNA from these samples. As a result, it can be challenging to obtain useful information, including high-quality sequence data, especially when sample amounts are limited.

The NEBNext FFPE DNA Repair Mix is a cocktail of enzymes formulated to repair DNA, and specifically optimized and validated for repair of FFPE DNA samples.
User is offline! 737MAX
Member



 old post 30.08.2019 10:07     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #27 multiquote

астерих чиго это тебя с Квакагена на НЕБ понесло confused.gif confused.gif confused.gif

астерикс антсиквинируй гином маманта и не приставай к парафиновыми срезами beer.gif


---меня научная сторона вопроса интересует , нужно адаптировать кит под научную задачу.
eek.gif confused.gif

(Asterix @ 30.08.2019 03:15)
Link to the original post  
Неужели никто вообще высокотехнологичным ДНК форенсиком в России не занимается?  Только  по инструкции  к китам и работают?

астерикс русский язык не трогай оторву яйцо lol.gif lol.gif lol.gif
у меня в германии задали вопрос Язык Матери не Отца confused.gif eek.gif confused.gif
User is offline! Asterix
Member



 old post 09.09.2019 02:52     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #28 multiquote

Этот Киаген меня уже стал конкретно раздражать , мне нужна подробная информация по их китам с полными композициями всего и вся и с сырыми данными тестирования. неопубликованными данными , вот теми самыми , с негативными результатами и неудачными тестами, когда киты показали плохие результаты и разборками почему это так.. что было конкретно причиной неудачи..

А то я обнаруживаю косяки у них и не знаю что делать. Были ли подобные проблемы у других пользователей и Как их модифицировать до приемлемого мне качества результатов. Все закрыто и проходится по крупицам собирать эту информацию. Жуть какая-то , это не наука, это черт знает что такое. Обман и надувательство.

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): genseq
User is offline! КсенияЛарина




 old post 09.09.2019 11:51     Report Post         Personal message  Send an e-mail
Quote Post Put in the news column  URL #29 multiquote

Если бы молодость знала, если бы старость могла С французского: Sijeunesse savait, si vieillesse pouvait. Из эпиграммы (№ 191) французского писателя и филолога-полиглота Анри Этьена (1531 — 1598)...

beer.gif jump.gif

*





Name:

 Enable Smilies · Show Smilies Pop Up Window
Icons designation:

   Say THANKS to the author — say THANKS to the author
   Delete Post — delete
   Edit Post — edit
   Put in the news column — put in the news column
   Quote Post — quote the post
   multiquote  not included/multiquote included — quote several posts
   Report SPAM — mark spam message
   Report Post — report post to the moderator
   User is online!/User is offline! — author online/offline
   Photo — photo of the author

   - other designations -
 
   *
« Next Oldest · Molecular and cellular biology · Next Newest »
Fast ReplyReply to this topicStart new topic

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Helicon · Dia-m · InterLabService · Beckman Coulter · SkyGen · OPTEC · BIOCAD · Evrogen · Syntol · Bioline · Sartorius · Khimexpert · SibEnzyme · Tecan · Danies · NPP «TRIS» · Bialexa · FizLabPribor · Genotek · ATG Service Gene · Biogen-Analitika
Your forum  ·  editor@zbio.net  ·  Time is now: 22.10.19 18:13
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft