Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Потрошение FACS-a -- с особой жестокостью --
Компания Biocommerce - официальный дистрибьютер продукции компаний Miltenyi Biotec GmbH (Германия) и RanD S.r.l. (Италия).
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! dan14444
Участник



 прочитанное сообщение 12.05.2017 17:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

наконец-то мы дошли до того, что Вы хотели спросить.

Т.е. тема должна звучать так. Как на Арии с таким-то набором фильтров получить данные (т.е. отсортировать) некий класс митохондрий. И почище-почище.
А потом использовать эти данные для прозрачного грантового намёка, что прибор с иными (улучшенными и дополненными) характеристиками будет Nature'ы печь как пирожки.

Правильно?


Философски да, исторически нет smile.gif. Тема началась ДО того, как я обнаружил, что на Арии митохондрии сортировать хоть и криво, но получается.
Исходно планировалось на основании старых данных по "проточной митохондриометрии" на самодельном приборе - делать "прозрачный грантовый намёк" на "версию 2", с "блэкджеком и... сортером. Для этого нужно определится с исходным "шасси" - это проще чем "с нуля". Так возникла тема.
А так все правильно. smile.gif

Опять вернемся...Откуда на 515 сигнал от SS на 488,еслирассеяние не комбинационное? Вот аутофлуоресценция- да, будет.
Автофлуоресценцию пробовал исключить уф-прожигом и спектром ин-балк. Не гарантия, но всё же.
А "откуда может быть" - так фильтры не идиальны. Если ОД на 25нм в сторону всего 3-4, то пробъёт обязательно. Я в таких случаях на своём приборе ставил бэндпасс на лазер от гармоник, дополнительный бэнд- или лонгпасс на детектор, ну и щели конопатил. Тут, к сожалению, не имею возможности приложить шаловливые ручки... shuffle.gif

тогда понятно...нужен свой доступк процессу,а не толькок финальным данным.
Он каг бэ есть... т.е. я сижу рядом, и если я скажу оператору, чего конкретно делать в софте - она сделает... но вот вдумчиво посидеть и поразбираться с прибором и софтинкой пока нет возможности.

последовательный гейтинг чем не угодил для многомерности?

Когда поведение частиц буду заранее знать - так видимо и будет, а пока быстро выловить нужные группы на множестве проекций сложновато. На DiVa даже 3Д не посмотреть. Утаскиваю на малознакомый FlowJo, там хоть что-то можно - но постфактум.
Вообще, хотел бы экспортировать raw data в привычный IgorPro, но пока не понял как. По формату данных и экспорту где бы посмотреть?...

А для композитного параметра-свое Булево выражение напишите, и введите ,как PC
А вот тут поподробнее, если можно. Описаловки к Diva читать начал, но без собственно софтинки под рукой - идёт мееедленно. Кстати и для FlowJo нашёл только куцые до неприличия обучалки - буду благодарен за сцылки...

Сообщение было отредактировано dan14444 - 12.05.2017 18:11
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 12.05.2017 18:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(dan14444 @ 12.05.2017 10:58)
Ссылка на исходное сообщение  на Арии митохондрии сортировать хоть и криво, но получается.

что именно криво?
не философски, а конкретно с цифрами и графиками.
Насколько кривизна критична ?
Участник оффлайн! dan14444
Участник



 прочитанное сообщение 12.05.2017 19:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Дык писал уже... В первую очередь не хватает чутья и много шума.
В результате даже для JC-10 пока - до 90% уходит в мусор, в сравнении с NAO. И даже по NAO общее количество событий в разы меньше ожидаемого, а поскольку чутьё на гранце - фиг проверишь, артефакт это пробоподготовки, анализа, или ещё чего.
Графиками это представлять ПМСМ незачем, но если очень интересно - могу плотов в почту накидать smile.gif.

В общем, на прелим дату Арии похоже хватит, а дальше - увы. Ну дык на то она и цитометр в ЦКП, а не митохондриометр в лабе smile.gif.
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 12.05.2017 21:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(dan14444 @ 12.05.2017 12:45)
Ссылка на исходное сообщение  Дык писал уже... В первую очередь не хватает чутья и много шума.

В первую очередь тогда каков поток (давление) ?

(dan14444 @ 12.05.2017 12:45)
Ссылка на исходное сообщение В результате даже для JC-10 пока - до 90%  уходит в мусор, в сравнении с NAO.

время инкубации и концентрация JC-10 ?

(dan14444 @ 12.05.2017 12:45)
Ссылка на исходное сообщение И даже по NAO общее количество событий в разы меньше ожидаемого,

а если один раз посмотреть в камеру Горяева и подсчитать глазом насколько реальность отличается от ожиданий?
Участник оффлайн! dan14444
Участник



 прочитанное сообщение 12.05.2017 22:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

В первую очередь тогда каков поток (давление) ?
Цифру не скажу, оператору говорил ставить на минимум.

время инкубации и концентрация JC-10 ?
От микромоля до 10 пробовал, инкубация 10-60мин.
Это сильно с запасом - пробовал добавлять субстрат прямо в цитометре, эффект мгновенный (и очень забавный - митохондрии бьются на три(!) субпопуляции, щаз копаю это дальше). Правда видны только самые отожранные. А вот разобщители за 5-10мин 590нм не просаживают - видимо агрегаты довольно стабильны.

а если один раз посмотреть в камеру Горяева и подсчитать глазом насколько реальность отличается от ожиданий?
В одном ооците 100000+ митохондрий... Кристы в оптику не видны, фиг отличишь от прочего дебриса... а по кардиолипину смотреть - у меня глаз всё ж не фотон каунтер.
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 12.05.2017 23:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(dan14444 @ 12.05.2017 15:15)
Ссылка на исходное сообщение  Цифру не скажу, оператору говорил ставить на минимум.

диаметр сопла?


(dan14444 @ 12.05.2017 15:15)
Ссылка на исходное сообщение В одном ооците 100000+ митохондрий... Кристы в оптику не видны, фиг отличишь от прочего дебриса... а по кардиолипину смотреть - у меня глаз всё ж не фотон каунтер.

не в клетке, а в растворе готовом к сортировке при окраске NAO и на фл. микроскопе
Участник оффлайн! dan14444
Участник



 прочитанное сообщение 13.05.2017 00:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

диаметр сопла?
Сотка, без возможности замены к сожалению. Впрочем, разбавление никто не отменял.

не в клетке, а в растворе готовом к сортировке при окраске NAO и на фл. микроскопе
Понятно что не в клетке, но "минимальная партия" из одной клетки - от ста тыщ smile.gif. Но дело не в репрезентативности малой выборки, а в том, что и под микроскопом всё обнаружить не очень быстро и просто. В смысле, просто "посмотреть на камеру Горяева" на абы чём не получится.
А вообще да, данные будут комбинироваться с микроскопией.
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 13.05.2017 10:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(dan14444 @ 12.05.2017 17:54)
Ссылка на исходное сообщение  Сотка, без возможности замены к сожалению.

это, pardon, как?
оператор не может заменить сопло? Оператор сортирует митохондрии на сотке?
прошу простить за грубость, но “а по шее“?

(dan14444 @ 12.05.2017 17:54)
Ссылка на исходное сообщение
и под микроскопом всё обнаружить не очень быстро и просто. В смысле, просто "посмотреть на камеру Горяева" на абы чём не получится.

Вы упомянули детекцию (про выход после сортинга пока не говорим) малого числа митрохондрий относительно “ожидаемого“.
Вопрос прост, можно ли “ожидаемое“ заменить на реальное, посмотрев в микроскоп на содержимое именно той пробирки, которую вот-вот поставят в сортер?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер
Участник оффлайн! dan14444
Участник



 прочитанное сообщение 15.05.2017 18:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

это, pardon, как?
оператор не может заменить сопло? Оператор сортирует митохондрии на сотке?
прошу простить за грубость, но “а по шее“?

Авторитету пока тут не наработал. Но мысль правильная smile.gif.

Вы упомянули детекцию (про выход после сортинга пока не говорим) малого числа митрохондрий относительно “ожидаемого“.
Вопрос прост, можно ли “ожидаемое“ заменить на реальное, посмотрев в микроскоп на содержимое именно той пробирки, которую вот-вот поставят в сортер?

Так говорю ж - "в принципе" можно, а "в кожухе" - пока не очень. По вышеописанным причинам. Собсно, для микроскопа сохраняются все те же сложности, что и для цитометра (что-то проще, что-то сложнее... суммарно так на так).
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  24.05.2017 11:14     Сообщение для модератора       

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15290715
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  24.05.2017 11:24     Сообщение для модератора       

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2212344/

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): dan14444
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  24.05.2017 12:20     Сообщение для модератора       

https://www.qiagen.com/us/shop/sample-techn...ringinformation
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  05.01.2023 12:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

https://62e8ce2ae5d50.site123.me/
https://www.vingle.net/posts/4647029
https://eatsleepride.com/c/383272
https://anotepad.com/notes/prkpsawt
https://demo.wowonder.com/1665548793521727_195426
https://linktr.ee/omegawatches89
https://omegawatches89.gumroad.com/p/reason...replica-watches
https://omegawatches93.mystrikingly.com/
https://writer.zoho.com/writer/open/k3enw04...fea14e95e0ee806
https://www.edocr.com/v/rakkz4oq/omegawatch...-replica-online
https://diigo.com/0pigfx
https://62e8ce2ae5d50.site123.me/blog/reaso...replica-watches
https://www.worldranklist.com/preview/bookm...s-Online-Store-
https://omegawatches89-95.webselfsite.net/contact
https://form.jotform.com/223252982096057
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  09.01.2023 12:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

https://62e8ce2ae5d50.site123.me/
https://www.vingle.net/posts/4647029
https://eatsleepride.com/c/383272
https://anotepad.com/notes/prkpsawt
https://demo.wowonder.com/1665548793521727_195426
https://linktr.ee/omegawatches89
https://omegawatches89.gumroad.com/p/reason...replica-watches
https://omegawatches93.mystrikingly.com/
https://writer.zoho.com/writer/open/k3enw04...fea14e95e0ee806
https://www.edocr.com/v/rakkz4oq/omegawatch...-replica-online
https://diigo.com/0pigfx
https://62e8ce2ae5d50.site123.me/blog/reaso...replica-watches
https://www.worldranklist.com/preview/bookm...s-Online-Store-
https://omegawatches89-95.webselfsite.net/contact
https://form.jotform.com/223252982096057

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Клеточные технологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 03:07
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft