Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Network от Fluxus Engineering -- есть ли crack? --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 12.06.2013 18:44     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Сама программа Network бесплатная, но вводить вручную последовательности - сплошное мучение. Чтоб "скормить" ей выравнивания в fasta-формате требуется причиндал под названием "DNA Alignment Software", за который уже просят денежку.
Вопрос к форумчанам: никто не имеет полнофункциональной версии этого самого Network+DNA Alignment Software в виде portable или crack ?
Участник оффлайн! -vr
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.06.2013 18:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Программа непопулярная, потому и не крэкалась ))
С.Ц.
гость



 прочитанное сообщение 30.06.2013 13:23     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

а что, эта Нетворк не понимает fasta-выравнивания, которые делаются BioEdit-ом или ClustalW-ом?
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 03.07.2013 21:57     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Нет, не понимает: в бесплатной версии все буковки надо вносить вручную. А чтоб "скормить" ему fasta требуется "причиндал", который уже за деньги.
А насчёт непопулярности - это Вы зря. Очень много сетей гаплотипов строится именно в Network'e.
Может, кто посоветует: кто чем "рисует" сети гаплотипов?
Guest
гость



 прочитанное сообщение 04.07.2013 11:34     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

что такое "сети гаплотипов" ?
СМ
гость



 прочитанное сообщение 05.07.2013 10:01     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

dk, вот что пишут по этому поводу:
http://evol.mcmaster.ca/~brian/evoldir/Ans...nverter.answers
Guest
гость



 прочитанное сообщение 06.07.2013 14:38     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Еще советы:
http://nikosandreakis.blogspot.ru/2013/05/...-files-for.html
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 06.07.2013 20:49     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Огромное Спасибо за советы!
Самый простой вариант, который можно использовать и оффлайн - экспорт fasta в RDF с помощью DnaSP, который уже вполне "поедает" Network. Второй вариант требует онлайна и лёгкой работы руками. Картинки получаются одинаковыми.
Ещё раз Спасибо!
guest: -vr
гость



 прочитанное сообщение 27.09.2013 00:07     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Если не секрет, а что Вы делаете с Флаксас Нетворком?
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 09.10.2013 17:24     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Что может делать Нетворк - можно почитать у них на сайте. Я интересовался в целях рисования вот такого.
Участник оффлайн! -vr
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 11.10.2013 09:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(dk @ 09.10.2013 18:24)
Ссылка на исходное сообщение  Что может делать Нетворк - можно почитать у них на сайте. Я интересовался в целях рисования вот такого.



т.е. Вам интересны именно сети. ОК. Тогда позвольте вопрос - Вы строите просто произвольные сети (из которых MJ только одна из многих разновидностей) или те что умеет строить Нетворк Вам чем-то особо интересны?

Интересуюсь я как автор аналогичного пакета, только открытого и свободного (там есть и MJ и MP-MJ). Но дело в том что позиционируется он несколько иначе - исключительно для тех кто использует точную парсимонию на элайнментах среднего размера с ограниченной гомоплазией. На них не работает традиционный точный поиск топологий (типа пауповского, но все эвристики разумеется прекрасно работают) а медианы+штейнер решают вопрос в секунды, причем можно строить даже объединение всех МП-деревьев не только отдельные решения. Ни для какого другого типа исходных элайнментов медианы не имеют преимуществ. Но увы авторы Нетворка не удосужились это честно сказать своим пользователям.

Выборка в статье которую Вы цитируете мала. С ней превосходно справится солвер ПАУПа, ТНТ или Меги. Нужды в Нетворке объективно говоря тут нет. Аргументации почему MJ тут лучше других типов сетей тоже не вижу.
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 14.10.2013 14:31     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Согласен в Вами: никаких особых преимуществ у Нетворка нет. Просто с ним более-менее удалось разобраться. "Дружелюбность" PAUP* к пользователям общеизвестна. TNT даже не смог запустить. Та же беда c "Программой Мурка": пол-дня "танцев с бубном" - без результатов. Я уже испорчен "оконными" приложениями, так что нет желания вникать в программирование и ручное формирование входных файлов (наелся biosys'ом до конца жизни).
Понравился отечественный "комбайн" uGene (отличный пакет, вполне дружелюбный и многофункциональный, ребята ошибки решают быстро и постоянно расширяют функционал), но сети он не строит, а для разработчиков они не являются приоритетом.
Уважаемый –vr, если дадите ссылку на Вашу программу – с удовольствием её попользую smile.gif
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 28.10.2016 21:33     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

"Подниму"-ка я эту древнюю тему.
По совету американских товарищей попробовал программу popART. И был приятно удивлён. Оно строит разные деревья, причём рисует гораздо приятнее и дружелюбнее, чем NetWork (правда, и настроек поменьше). Также можно присвоить последовательностям группирующие значения и геогр.координаты. Правда, обычные *.fasta надо переводить в *.nexus, ну да для этого я MEGA использую, а дальше "ручками" в любом редакторе добавляешь в *.nexus что надо. Есть нормальный туториал для программулины - лаконично и по делу. Проект развивается, так что, возможно, станет удачной заменой творению от fluxus'a.
Участник оффлайн! Света Ковалева

Москва



 прочитанное сообщение 21.11.2016 14:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

попахивает рекламкой)
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 21.11.2016 14:43     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Программулина бесплатная, авторы из Н.Зеландии - так что уж мне-то точно никакого профита. Просто делюсь "мыслями о". Если есть аналоги/альтернативы - милости просим. МолБиол открыт для всех!
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 13.02.2017 14:57     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Продолжу информировать (видимо, только себя) про "сети гаплотипов". Вышел SplitsTree4. Теперь он рисует множество сетей, в том числе и MJ (но очень долго, по сравнению с NetWork'ом, рассчитывает). А ещё тут (не очень законно) появилась книга Daniel Huson, Regula Rupp, and Celine Scornavacca (2010) "Phylogenetic Networks. Concepts, Algorithms and Applications" (Cambridge University Press, ISBN: 9780521755962).

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): le lapin
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  23.11.2021 15:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

https://app.ex.co/stories/bestreplicawatche...-regime-for-you
https://rolexrelicawatches.hpage.com/replica-watches-uk.html
https://www.cgmimm.com/articles/hints-to-he...lica-watches-uk
https://www.deviantart.com/fakerolexwatches...es-UK-871090193
https://replicawatches24.exposure.co/best-r...eplicawatches24
https://knowyourmeme.com/users/replicawatchesuk
https://www.scoop.it/topic/bestreplicawatch...ica-rolex-watch
https://uberant.com/article/1268140-hints-o...ca-rolex-watch/
https://devpost.com/watcheshutuk
https://www.ted.com/profiles/26540630/about
https://drive.google.com/file/d/1uTx90WraSJ...iew?usp=sharing
https://ibb.co/hgfZwb0
https://writer.zohopublic.com/writer/publis...10192bd4c742ceb
https://replicawatches24.mystrikingly.com/b...ica-rolex-watch
https://my.desktopnexus.com/ReplicawatchesU...a-rolex--31049/
https://sway.office.com/Tqm7mC7s0VWLhKAl

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Софт · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 16:33
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft