 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила* From: Прошу помощи -- deleted by yack // id: 576832 --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
  |
 starr2 |
 27.03.2017 11:58
(Sergeant @ 25.03.2017 00:17)  Всем привет. У меня появилась нужда выровнять риды на зебрафишный геном danRer7.fasta с помощью HISAT2. Геном в два раза меньше человечьего, но тоже не маленький. Не могу никак найти готовый (пригодный для HISAT2) индекс к этому геному. В описании программы пишут, что для индексирования надо примерно 150Gb RAM на борту компа. У меня немного меньше  . Может у кого завалялся готовый индекс или хотя бы суперкомпьютер. Буду премного благодарен за иднексирование для HISAT2 зебрафишного генома.надо примерно 150Gb RAM  |
|
starr2 |
27.03.2017 12:03
(Sergeant @ 25.03.2017 00:17) Всем привет. У меня появилась нужда выровнять риды на зебрафишный геном danRer7.fasta с помощью HISAT2. Геном в два раза меньше человечьего, но тоже не маленький. Не могу никак найти готовый (пригодный для HISAT2) индекс к этому геному. В описании программы пишут, что для индексирования надо примерно 150Gb RAM на борту компа. У меня немного меньше . Может у кого завалялся готовый индекс или хотя бы суперкомпьютер. Буду премного благодарен за иднексирование для HISAT2 зебрафишного генома.30 gb ram
|
|
starr2 |
27.03.2017 12:45
(Sergeant @ 27.03.2017 13:25) Причем тут Стар? Ему нужно только 30Гб для мапинга. А на Хайсате 8Гб (16 Гб с запасом).А индексы один раз сделал или скачал и пользуйся ими потом всю жизнь. Мне Хайсат2 нравится за офигенную скорость и связку в новый Туксидо. Думаю на ближайшие лет 5 это станет де факто стандартом для РНК-сек (ИМХО).
|
|
starr2 |
27.03.2017 13:01
(Sergeant @ 27.03.2017 13:25) Причем тут Стар? Ему нужно только 30Гб для мапинга. А на Хайсате 8Гб (16 Гб с запасом).А индексы один раз сделал или скачал и пользуйся ими потом всю жизнь. Мне Хайсат2 нравится за офигенную скорость и связку в новый Туксидо. Думаю на ближайшие лет 5 это станет де факто стандартом для РНК-сек (ИМХО).
|
| « Предыдущая тема · Мусорница · Следующая тема » |
|
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.