Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
dr |
В мае 2014 в издательстве БИНОМ выходит первый отечественный учебник по методам высокопроизводительного секвенирования (NGS). В книге рассмотрены различные варианты и особенности современных методов определения структуры нуклеиновых кислот (методов секвенирования второго и третьего поколений). Описаны принципы наиболее популярных технологий NGS. Дана классификация высокопроизводительных методов секвенирования по нескольким параметрам. Приведены основные элементы первичного анализа данных масштабного секвенирования. Отдельные главы посвящены применению NGS для решения различных биологических задач: секвенирования про- и эукариотических геномов и транскриптомов, метагеномного секвенирования, использования NGS в медицинской практике. Для сотрудников генно-инженерных и медицинских диагностических лабораторий, а также для преподавателей и студентов, специализирующихся в области молекулярной биологии. Оглавление учебника в приложенном файле. Презентация книги планируется 15 мая 2014 в ИБХ РАН (в рамках конференции NGS-2014, Файл/ы:
Сообщение в колонке новостей, раздел "Информация, связанная с нашей профессией" 02.04.2014 07:30 |
Семён IP-штамп: frHWt7eplAB5c гость |
Скажите, пожалуйста, а как можно приобрести эту книгу не приезжая на конференцию? Заранее спасибо! С уважением Семён. Лобов Семен Леонидович к.б.н., младший научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики человека Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института биохимии и генетики Уфимского научного центра РАН тел.: 8-917-427-10-83 semenleonidovichl@mail.ru г. Уфа, пр. Октября 71 |
Guest IP-штамп: frpe75NzPynak гость |
|
Guest IP-штамп: frQ4gM7wvAQHs гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 02.04.2014 08:46) так долго переводили что все успело устареть |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
|
dr |
Денис Ребриков (Семён @ 02.04.2014 06:30) Здравствуйте!
Скажите, пожалуйста, а как можно приобрести эту книгу не приезжая на конференцию? Заранее спасибо! С уважением Семён. Лобов Семен Леонидович к.б.н., младший научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики человека Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института биохимии и генетики Уфимского научного центра РАН тел.: 8-917-427-10-83 semenleonidovichl@mail.ru г. Уфа, пр. Октября 71 |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 02.04.2014 08:46) ЗАО "НПФ ДНК-Технология" ))) |
dr |
И в ответ на следующее сообщение: да, действительно, информацию собирали везде. В современном мире нет проблемы "контента", есть проблема его отбора и структурирования. Авторы предлагают читателю свой вариант форматирования знаний об NGS, полагая, что на такую структуру впоследствии хорошо лягут и новые блоки информации. (Guest @ 02.04.2014 06:46)
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 02.04.2014 10:10) Авторы из компании "ДНК-Технология". Под редакцией Д.В.Ребрикова, так что все вопросы к нему) И в ответ на следующее сообщение: да, действительно, информацию собирали везде. В современном мире нет проблемы "контента", есть проблема его отбора и структурирования. Авторы предлагают читателю свой вариант форматирования знаний об NGS, полагая, что на такую структуру впоследствии хорошо лягут и новые блоки информации. )) |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 02.04.2014 10:10) Авторы из компании "ДНК-Технология". Под редакцией Д.В.Ребрикова, так что все вопросы к нему) И в ответ на следующее сообщение: да, действительно, информацию собирали везде. В современном мире нет проблемы "контента", есть проблема его отбора и структурирования. Авторы предлагают читателю свой вариант форматирования знаний об NGS, полагая, что на такую структуру впоследствии хорошо лягут и новые блоки информации. В ноябре 2012 года компания Helicos Biosience была признана банкротом и прекратила существование[9]. |
Guest IP-штамп: frpe75NzPynak гость |
(dr @ 02.04.2014 10:10) Что под редакцией, это примерно понятно. Вот и вопрошаю: кто конкретно авторы разделов? Судя по некоторым признакам, из Еврогена/лаборатории Лукьянова точно кто-то есть. |
dr |
(Guest @ 02.04.2014 08:44)
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(dr @ 02.04.2014 10:10) Авторы из компании "ДНК-Технология". Под редакцией Д.В.Ребрикова, так что все вопросы к нему) И в ответ на следующее сообщение: да, действительно, информацию собирали везде. В современном мире нет проблемы "контента", есть проблема его отбора и структурирования. Авторы предлагают читателю свой вариант форматирования знаний об НГС, полагая, что на такую структуру впоследствии хорошо лягут и новые блоки информации. на такую структуру чего угодно ляжет когда основная масса современных NGS методов просто не представлена |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 02.04.2014 11:49) на такую структуру чего угодно ляжет когда основная масса современных NGS методов просто не представлена |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
|
Guest IP-штамп: frIY9Et3k9kpg гость |
полностью согласен! к тому же, печатаются явно не для структурирования и систематики знания, а для галки в личном деле. и вследствие графоманства.
|
Guest IP-штамп: frpe75NzPynak гость |
(dr @ 02.04.2014 11:00) вспомнила бабка, как девкой была... К черту подробности, Митя Чудаков есть? |
Guest IP-штамп: frLVNwjIjUgUQ гость |
Да и смысл в этой книжке какой? В такой быстро меняющийся области за всем может уследить разве что гугол |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 03.04.2014 03:00) Вот Мите как будто заняться больше нечем как книжку писать ) Да и смысл в этой книжке какой? В такой быстро меняющийся области за всем может уследить разве что гугол |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 03.04.2014 03:00) Вот Мите как будто заняться больше нечем как книжку писать ) Да и смысл в этой книжке какой? В такой быстро меняющийся области за всем может уследить разве что гугол |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 03.04.2014 03:00) Вот Мите как будто заняться больше нечем как книжку писать ) Да и смысл в этой книжке какой? В такой быстро меняющийся области за всем может уследить разве что гугол |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
А нынешние чукчи все пишут и пишут и пишут... |
Guest IP-штамп: frPNWu0i2P/bs гость |
(-Ъ- @ 03.04.2014 15:01) Привет чукча Гест1 книги переводить пустая трата времени особенно в некст генерейшн сиквиноровании методы убивают друг друга в течение полугода |
Guest IP-штамп: frPNWu0i2P/bs гость |
(-Ъ- @ 03.04.2014 15:01) ну кто ожидал такой подлянки для ин виво футпринтщиков |
Guest IP-штамп: frPNWu0i2P/bs гость |
(Guest @ 04.04.2014 08:24) ну кто ожидал такой подлянки для ин виво футпринтщиков кстати в основе метода транспозиция Горышина из ЛИЯФ АН СССР Гатчнина типа метод "русский" плюнул дунул и Иллумновская библиотека в кармане |
Guest IP-штамп: frPNWu0i2P/bs гость |
(Guest @ 04.04.2014 08:40) кстати в основе метода транспозиция Горышина из ЛИЯФ АН СССР Гатчнина типа метод "русский" плюнул дунул и Иллумновская библиотека в кармане и название метода чисто русское АТАКА Сек типа ответ Чимбирлену "Голь на выдумки хитра" |
Guest IP-штамп: frPNWu0i2P/bs гость |
(Guest @ 04.04.2014 08:24) ну кто ожидал такой подлянки для ин виво футпринтщиков яб за русский метод АТАКА Сек присвоил бы титул " Метод Года" просто дешево надежно и елегантно |
Guest IP-штамп: frPNWu0i2P/bs гость |
(Guest @ 04.04.2014 08:40) кстати в основе метода транспозиция Горышина из ЛИЯФ АН СССР Гатчнина типа метод "русский" плюнул дунул и Иллумновская библиотека в кармане ну и хде Маскфа если Метода НГС продвигают Регионы России в Мирофом Масштабе зажрались однако |
Guest IP-штамп: frpe75NzPynak гость |
(Guest @ 04.04.2014 11:56) Мне одно не понятно в Иллумине работает Горышин из Лияф АН СССР к москве и россии никакого отношения не имеет "типичный советсский регионал" киты НекстЕра Иллумины Горышина об чем будем байки трепать в гробу я видел некстеру, например. |
Guest IP-штамп: fr3Rmy.S1dhns гость |
(Guest @ 04.04.2014 12:06) Последние новости от Шуры Шишкина из Лабы Гуттмана kloun IP-штамп: frbxb5dnUVtR6 гость прочитанное сообщение 06.04.2014 11:37 Сообщение для модератора Сообщение для куратора темы Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей URL #3258 множественное цитирование (ASDF @ 03.04.2014 21:25) Ссылка на исходное сообщение kloun, извините, что не ответил сразу - но Ваша схема не кажется мне изящной, а ведь именно это мы ценим в научном исследовании, не так ли!?. проблема в том, что преждложенный вами метод не дает нам главного - избавиться от биаса при амплификации, а в этом вся суть этого эксперимента/ Возможно. А как без ПЦР, если материала очень мало (одна клетка?) - а на сиквенс нужно минимум 1 нг? Всякие whole genome amplification - ещё хуже будет, ПЦР сейчас хорошо отработан - у нас нет вопросов только к ПЦРу во многих методах. Если бы было много-много материала - можно сделать аналог Exome или cDNA capture, но опять же - никак без ПЦР. Я вообще люблю простые методы. Вот есть dUTP RNA-seq - там вроде 9 шагов, а у нас - 3.5 шага - не самые изящные, но очень простые и работают smile.gif (-Ъ- @ 24.03.2014 11:53) Ссылка на исходное сообщение Варвар Ваш начальник... eek.gif Начальник - молодой, да ранний. Ему 28, но у него уже около 6 тысяч цитирований. Варвар, конечно, но сам сделал 90 CLiPов за 2 дня так, что потом я сутки спасал эти библиотеки smile.gif Но за день прогнали HiSeq и от старта до данных 4.5 суток. Данные не супер, но опыт удачно прошёл - высоковат duplication rate - но решается увеличением количества клеток и антител - брали по минимуму. Зол я на начальника - вместо Nature Biotech послали статью в Nature Methods - но методы в лабе кроме меня никого не интересуют - все хотят быть знаменитыми в биологии, не в методах. Им даже на патенты всем пофигу. |
Guest IP-штамп: fr3Rmy.S1dhns гость |
(Guest @ 09.04.2014 02:00) Последние новости от Шуры Шишкина из Лабы Гуттмана kloun IP-штамп: frbxb5dnUVtR6 гость прочитанное сообщение 06.04.2014 11:37 Сообщение для модератора Сообщение для куратора темы Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей URL #3258 множественное цитирование (ASDF @ 03.04.2014 21:25) Ссылка на исходное сообщение kloun, извините, что не ответил сразу - но Ваша схема не кажется мне изящной, а ведь именно это мы ценим в научном исследовании, не так ли!?. проблема в том, что преждложенный вами метод не дает нам главного - избавиться от биаса при амплификации, а в этом вся суть этого эксперимента/ Возможно. А как без ПЦР, если материала очень мало (одна клетка?) - а на сиквенс нужно минимум 1 нг? Всякие whole genome amplification - ещё хуже будет, ПЦР сейчас хорошо отработан - у нас нет вопросов только к ПЦРу во многих методах. Если бы было много-много материала - можно сделать аналог Exome или cDNA capture, но опять же - никак без ПЦР. Я вообще люблю простые методы. Вот есть dUTP RNA-seq - там вроде 9 шагов, а у нас - 3.5 шага - не самые изящные, но очень простые и работают smile.gif (-Ъ- @ 24.03.2014 11:53) Ссылка на исходное сообщение Варвар Ваш начальник... eek.gif Начальник - молодой, да ранний. Ему 28, но у него уже около 6 тысяч цитирований. Варвар, конечно, но сам сделал 90 CLiPов за 2 дня так, что потом я сутки спасал эти библиотеки smile.gif Но за день прогнали HiSeq и от старта до данных 4.5 суток. Данные не супер, но опыт удачно прошёл - высоковат duplication rate - но решается увеличением количества клеток и антител - брали по минимуму. Зол я на начальника - вместо Nature Biotech послали статью в Nature Methods - но методы в лабе кроме меня никого не интересуют - все хотят быть знаменитыми в биологии, не в методах. Им даже на патенты всем пофигу. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 04.04.2014 12:06) а чего так если у нее сиквинс специфик биазы так и у МНАзы н у ДНАзы1 не менше |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 04.04.2014 12:06) строго говоря не очень понятно что лучше городить огород на магнитных шариках после Чип-Сека или быстренько НЕКСТ ерой |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 04.04.2014 12:06) кстати проверил НЕКСТ ЕРУ на магнитных шариках после нативного Чип-Сека без формалина все прекрасно работает |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 09.04.2014 10:00) кстати проверил НЕКСТ ЕРУ на магнитных шариках после нативного Чип-Сека без формалина все прекрасно работает главно ултразвуком не усердствовать делал Чип-сек на фрагментах 400-600 потом что поймал НекстЕрой прям на магнитных бидзах - полет нормальный |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 09.04.2014 10:27) Нативный хроматин с МНАзой не понравился - мороки много а толку мало Устроила откровенный АТ-биаз и все пики цинк фингорового репрессора загнала в "открытый хроматин" |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 09.04.2014 10:34) в итоге он у меня из репрессора превратился в активатора |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 09.04.2014 10:42) в итоге он у меня из репрессора превратился в активатора |
Guest IP-штамп: fr.x101SYxcpU гость |
(Guest @ 09.04.2014 10:57) угу после 1 час в однопроцентном формалине и не такое причудится поосторожней надо с растворами |
Guest IP-штамп: fr.x101SYxcpU гость |
(Guest @ 09.04.2014 10:57) Formaldehyde was added to a final concentration of 0.1% to the nuclei and incubated at room temperature for 15 minutes. To quench the crosslinking, 2.5 M glycine was added to the nuclei to a final concentration of 0.125 M. Quenching was performed at room temperature for 10 minutes with constant agitation. Pellet nuclei were combined and resuspended into 20 ml ChIP Buffer (75 mM NaCl, 50 mM HEPES pH 7.4, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 5 mM MgCl2, 1XPI, 10% Glycerol) in a 50 ml siliconized tube. The nuclei were sonicated on ice for ~30 second intervals at 30% output for 2 hours. 250 µl Protein A Sepharose beads were used for every 5×108 nuclei. The beads were washed with ChIP Buffer and then equilibrated with tRNA (200 µg/250 µl beads) in ChIP Buffer + 1% BSA for overnight at 4°C. The beads were then washed with ChIP buffer for 3 times to remove any excess tRNA. Antibodies were added and incubated with beads overnight at 4°C: 250 µl crude anti-HP1a antisera (Covance), 160 µg anti-RNA Polymerase II (clone CTD4H8, Millipore), 200 µg mouse IgG1 (for mock ChIP, Abcam). The beads were then washed with ChIP buffer to remove any excess antibody. Chromatin samples were incubated with antibody-bound beads overnight at 4°C. The beads were washed for 5 minutes for each washing buffer: 1. RIPA 150 (50 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl, 2 mM EDTA pH 8.0, 1% Triton X-100, 0.1% SDS), 2. RIPA 500 (50 mM HEPES pH 7.4, 500 mM NaCl, 2 mM EDTA, 1% Triton X-100, 0.1% SDS), 3. LiCl Buffer (50 mM HEPES pH 7.4, 0.25 M LiCl, 1 mM EDTA, 1% NP-40), 4. TE Buffer. The beads were then eluted at room temperature in 500 µl Elution Buffer for 30 minutes. The supernatant was transferred to another tube and the |
Guest IP-штамп: fr.x101SYxcpU гость |
|
Guest IP-штамп: fr.x101SYxcpU гость |
(Guest @ 09.04.2014 17:59) Хотя ЕНКОДЫ немало бабла срубили на формалине у американсских налогоплательщиков ))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))) |
Guest IP-штамп: fr.x101SYxcpU гость |
(Guest @ 09.04.2014 17:59) "Хотя вы все там химики, и нет на вас креста..."(с) ))) |
Guest IP-штамп: fr.x101SYxcpU гость |
(Guest @ 09.04.2014 18:15) ))))))))))))))) |
Guest IP-штамп: fr.x101SYxcpU гость |
(Guest @ 09.04.2014 18:15) )) |
Guest IP-штамп: fr.x101SYxcpU гость |
(Guest @ 09.04.2014 18:41) |
Guest IP-штамп: fr.x101SYxcpU гость |
(Guest @ 09.04.2014 18:41) самое интересное эти бандиты химики не остановятся и начнут маппить РНК из Барра та женсских кошках NGS |
Guest IP-штамп: frqIB3XGsOevM гость |
но их протоколы у меня не пошли на трансфаки протеин ДНК . заменил Страталинкер УФ лазером 266 нанометров трансфаки начали картироватся на геном Чип.Секом ChIP-SEQ в чем дело ? |
« Предыдущая тема · Колонка новостей · Следующая тема » |