У меня есть подсознательное подозрение, что дешевле купить спектрофотометр, чем затевать кухню с синтезом праймеров, да и полимераза с красителем не копейки.

  Праймеры? Да были, в коммерческом наборе Гордиз Cattle. По поводу сиквенса договорились с Белгородом.

  В STR идентификации конечно нужно знать сколько добавлять ДНК в реакционную пробирку (достаточно 1-10 нг для рутинных работ). Когда-то я выбирал эти самые STR праймеры для лошадей и КРС.
Значит, кроме реал-тайм ПЦР у Вас есть и капиллярник тоже, то бишь секвенатор?
Мой совет, пользуйтесь испытанным китом для выделения ДНК, который "не теряет ДНК" в процессе, они есть в продаже (не буду заниматься рекламой). Иногда можно и не выделять ДНК, а делать "директ ПЦР". А Белгород прямо васюки 21 века.

  Кстати, о праймерах. Если ставить Real-Time PCR с краcителями, то ампликоны лучше брать подлиннее. Вот пример "из закромов" для ампликона длиной 250N:

U8528 GCTCGCTTGATCTTGATTTTCAGTACGAATACA 33N 66°

L8743 CAGCTCACGTTCCCTATTAGTGGGTGAACA 30N 68°

Рассчитаны на ген 28S RNA (рибосомная РНК). Подбирал для контроля выделения ДНК/РНК в  кошачьей тест-системе, но они идеально походят и для человека, и для коровы, и даже для нематод.

  Кстати, о праймерах. Если ставить Real-Time PCR с краcителями, то ампликоны лучше брать подлиннее.

  День добрый! Нет секвенатора нет. Есть только Real-Time. Наборы используем отечественные, качество устраивает, цена тоже. Проблема бывает в том что исходного материала для выделения очень мало и возникают сомнения достаточно для дальнейшей работы или нет? СПАСИБО умным людям теперь знаем как проверить, пока не купим спектрофотометр. Белгород топчик! Тепло, светло много домашнего винограда хорошие люди грамотные специалисты. Для работы есть все что надо.   

  Кстати, о праймерах. Если ставить Real-Time PCR с краcителями, то ампликоны лучше брать подлиннее. Вот пример "из закромов" для ампликона длиной 250N:

U8528 GCTCGCTTGATCTTGATTTTCAGTACGAATACA 33N 66°

L8743 CAGCTCACGTTCCCTATTAGTGGGTGAACA 30N 68°

Рассчитаны на ген 28S RNA (рибосомная РНК). Подбирал для контроля выделения ДНК/РНК в  кошачьей тест-системе, но они идеально походят и для человека, и для коровы, и даже для нематод.

  СФ, нонадропы - это дорого. В последние годы все Qubit покупали, но и он сейчас смотрю подорожал https://alamed.ru/catalog/genomika/probopodgotovka/35536/
https://www.thermofisher.com/ru/ru/home/ind...ters/qubit.html

  Да рассматривали такой вариант. Но решили с  калибровками и расходниками не заморачиваться. Сегодня на них одни цены, завтра другие. Деньгами на спектрофотометр обещали, но во второй половине года. Выбрали пока такой: https://www.helicon.ru/catalog/oborudovanie...nophotometer-n/. Дорого конечно.

  Да ради бога, не жалко, пользуйтесь, сейчас все доступно! https://strbase.nist.gov//cattleSTRs.htm
Это правда, что некоторые праймеры нужно корректировать - у каждого своя кухня.
И все краски к ним могем сделать, также как и сайз стандарты и все прочее... Аллельный ладдер для крс, свиней, кошек, собак и крокодилов это слишком жирно. Хоть 25 пар праймеров в одной пробирке! Но никакого желания, так как все перепробовал,  удовлетворился...вообщем не боги горшки обжигают.
А советы - пожалуйста.

  Чем длиннее, тем интенсивнее светятся? Глубоко ошибаешься, маэстро!
Чем короче ампликон, тем эффективнее реакция, и даже на вдрыск порванной ДНК (РНК), так что не надо ля-ля. Иногда на порядки чувствительность выше!

  Лично я в вопросах Real-Time PCR теоретик. А мой друг Ъ - практик. Так что лучше верить ему. Несмотря на то, что теоретически я "правее". С красителями (при равных количествах праймеров) длинные ампликоны (250N) должны светить примерно в два раза сильнее коротких (118N).  Но это только теоретически. Практически - нужно проверять. Проверить постараюсь в феврале. Тем более, что мне тоже пора осваивать контроль качества выделения ДНК. Пытался задействовать для этого доктора наук, "съевшего собаку" на флуоресценции ДНК, но он недавно неожиданно умер. 
https://www.twirpx.com/file/2608426/

  Главное, в таком случае, чтобы не законтаминировали человеческими образцами....

  Идея хорошая и напрашивается сама собой. Но к сожалению под электрофорез нужна отдельная комната. Ее пока нет. Грязноватый процесс.

  А молоком не интересуетесь?

  Если гонять на форезе выделенную геномную ДНК КРС, то риски минимальные. Это же  не ампликоны  или плазмиды.