Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Вертикальный форез ПААГ
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Elena99




 прочитанное сообщение 28.09.2021 17:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Подскажите, пожалуйста, почему у меня маркер длин не расходится до конца. Выделяю ДНК, полиакриламидный гель 8 %, буфер TBE, Камера для вертикального электрофореза Protean II Электрофорез на 150 V 3 часа. Ставила и на дольше, но результат всегда один: верхние полосы не расходятся.

Файл/ы:

скачать файл with_mark_15.07.21_.tif
размер: 6.73мб
кол-во скачиваний: 13
будет здесь ещё 159 дн.
Изменить  

Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.09.2021 17:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Обычно ДНК разделяют в агарозном (1-2%) геле. И там не расходятся линейные фрагменты длиной больше 20...30 т.п.о. В 8% ПААГ "не расходиться" должны менее крупные (>6-8 т.п.о.) фрагменты ДНК.
Повижность крупных фрагментов мало зависит от их длины, поскольку они распрямляются по ходу движения, в результате чего увеличение длины почти не отражается на подвижности.
Плазмидная ДНК не вытягивается при форезе, что позволяет разделять и более крупные плазмиды. По крайней мере их суперстирализованые формы.
Картинки у Вас получаются вполне приличные. Главное - понять, что на них видно.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Elena99
Участник оффлайн! Elena99




 прочитанное сообщение 29.09.2021 10:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Спасибо большое за ответ! На картинки видны интересующие меня аллели и РНК. Никак не могу избавится от РНК, выделяя ДНК. Хочется идеальную картинку, а длины 700-1000 нуклеотидов никак не разделяются. Я уже по-разному пробовала и процент полиакриламидного геля увеличивала, и время, меняла буферы и процент акриламида. Не получается. Поэтому и решила написать сюда, может я что-то важное упускаю. Горизонтального электрофореза у нас нет.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 29.09.2021 12:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Хотелось бы для начала понять, с чем Вы имеете дело. Что Вы называете "аллелями"? Откуда они выделяются? Какую длину имеют маркёрные фрагменты?
Кстати, о 700-1000 п.н. Таки фрагменты неплохо разделяются в агарозном геле. Причём в вертикальном, который обычно выглядит лучше горизонтального. До изобретения горизонтального ("субмаринного") фореза разделение в агарозных гелях проводили в вертикальных камерах, предназначенных для работы с ПААГ.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): dk
Участник оффлайн! Elena99




 прочитанное сообщение 29.09.2021 16:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

ДНК выделяют из хвои сосны, маркеры с которыми работаю имеют длину 150-250 пн. Может я не удачно выразилась применив термин "аллель". Я имела в виду полосы (длина фрагмента), которые я получаю на вертикальном электрофорезе соответствуют длине фрагмента ДНК, которые я получаю на капиллярном генетическом анализаторе CEQ 8000
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 29.09.2021 20:08     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Маркер длин какой? Вас какие полосы интересуют, которые "тяжёлые"? В 8% ПААГе ваши тяжёлые фрагменты "схлопнутся", что и немудрено. Если вы хотите "растянуть" большие фрагменты, то %% ПААГ надо уменьшать (это я к тому что "процент полиакриламидного геля увеличивала"). Генсек правильно сказал ~1kb отлично разделится в агарозе (если нет горизонталки, что странно имея недешовую Протеану). РНК вообще без проблем удаляется обычной РНКазой-А (только без ДНКаз, само-собой). Если вы в Мск - пишите, выделим пару пробирок, хватит на год.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 22.10.21 01:14
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft