Ищем генного инженера.

Обязанности
Генно-инженерные работы: синтез олигонуклеотидов, синтез генов, клонирование, ПЦР в реальном времени, цифровой ПЦР, редактирование генома с помощью CRISPR/Cas9 системы. Работа с культурами клеток. Написание статей, подготовка докладов.

Требования
Навыки в области генной инженерии (синтез генов, клонирование). Наличие навыков в области синтеза олигонуклеотидов приветствуется, но не требуется. Однако необходимо желание обучиться этой методике.
Высшее образование (биологическое).
Приветствуется (но не требуется) наличие степени кандидата наук или PhD.
Владение английским языком (минимум на уровне свободного чтения и анализа специализированной литературы без словаря).
Аналитическое мышление и хорошая обучаемость.

Условия
Трудоустройство по ТК РФ, 5/2.
Белая заработная плата 100 т. р. на руки (обсуждается).

/ Вакансии,  #611464  /

Сергей Александрович

PhD

ФГБУ "ЦСП" ФМБА

Россия, Москва

Тел.: 79104757823

E-mail: sergey@alumni.usc.edu

Требуется: Сотрудник

Место работы: Москва

Область деятельности: Молекулярная биология (биохимия, генная инженерия), Научные исследования (другое)

Нашел недалеко от нас НИИ КМ. Скорее всего там и будем закупать. Интересно где в ИБХ покупают и в ИМБ.

Нам необходимо организовать периодическую поставку СО2 баллонов в лаборатории с СО2 инкубаторами и небольшим биореактором. Помогите, пожалуйста, найти надежного поставщика. Москва, новое гос-учреждение, научно-исследовательские работы.

Непатогенные штаммы относятся к BSL-1 (в России - IV группа патогенности, т.е. с низким (в том числе нулевым) уровнем индивидуальной и общественной опасности). В том числе такие непатогенные штаммы как DH5a и BL-21. Вы полагаете это не так? Патогенная E.coli О104:H4 - относится ко 2-й группе патогенности.

Разрешения уже не выдают, по новым правилам лицензии выдают на 5 лет. Есть список деятельностей. Организации, которые занимаются этими деятельностями - обязаны получать лицензии на работу с организмами 3-4й группы патогенности. Там есть медицинская и фармацевтическая деятельность. Однако научной работы в области медицины там нет. Поэтому, я полагаю, лицензии на работу с е коли не надо.

Опс, речь идет об отходах (патогены туда не входят).. так что получается - не требуется никаких разрешений.

Аденовирусы тоже к IV группе относятся. Для работы с ними (растить их в клеточных культурах) тоже получается, никаких разрешений не нужно?

В санитарно-эпидемиологические правилах работы с III-IV группами есть пункт:

II. Требования к организации работ с патогенными биологическими агентами III-IV групп
2.1. Общие требования

2.1.1. Деятельность юридических лиц, независимо от организационно-правовых форм и форм собственности, и индивидуальных предпринимателей, связанная с использованием ПБА III-IV групп и возбудителями паразитарных болезней должна осуществляться в соответствии с Федеральным законом "О лицензировании отдельных видов деятельности" от 8 августа 2001 года N 128-ФЗ (Собрание законодательства Российской Федерации, 2001, N 33 (часть I), ст.3430; 2002, N 11, ст.1020; 2002, N 50, ст.4925; 2003, N 2, ст.169; 2003, N 9, ст.805; 2003, N 11, ст.956; 2003, N 13, ст.1178; 2003, N 52 (часть I), ст.5037; 2004, N 45, ст.4377; 2005, N 13, ст.1078; 2005, N 27, ст.2719; 2006, N 1, ст.11; 2006, N 31 (1 ч.), ст.3455; 2006, N 50, ст.5279; 2007, N 1 (1ч.), ст.7; 2007, N 1 (1 ч.), ст.15; 2007, N 7, ст.834; 2007, N 30, ст.3748; 2007, N 30, ст.3749; 2007, N 30, ст.3750; 2007, N 45, ст.5427; 2007, N 46, ст.5554; 2007, N 49, ст.6079; 2007, N 50, ст.6247; 2008, N 18, ст.1944; 2008, N 29 (ч. 1), ст.3413; 2008, N 30 (ч. 1), ст.3604; 2008, N 30 (ч.2), ст.3616; 2008, N 52 (ч.1), ст.6227; 2009, N 1, ст.15) (пункт в редакции, введенной в действие с 1 августа 2009 года Дополнениями и изменениями N 1 от 2 июня 2009 года.


Я посмотрел закон о лицензировании – там есть пункт – кому надо получать лицензию..
В нем есть подпункт:
деятельность по сбору, транспортированию, обработке, утилизации, обезвреживанию, размещению отходов I-IV класса опасности;
Таким образом, по этому пункту, возможно, нужна эта лицензия. Но я не уверен. Мы исследованиями занимаемся, а не сборами патогенов.. но в то же время собираем, используем и утилизируем.. e coli.
Написано не ясно..

E.coli является микроорганизмом IV группы патогенности. Нужно ли новой лаборатории в гос учреждении или r&d отделе компании получать какое-либо разрешение для работы с e coli? Я уточнил - аккредитация - дело добровольное. Я так понимаю - никаких разрешений не нужно? Нужно лишь соблюдать санитарно-эпидемиологические правила работы с организмами этой группы. А соблюдение этих правил фактически никто не контролирует в неаккредитованных лабораториях?

Масштаб синтеза сейчас у нас маленький (от 10 до 50 олигов в неделю) Иногда нужно собрать ген до 3кб, максимум - плазмиду до 15кб, праймеры приготовить для пцр-рв, сиквенсовых реакций, цифрового пцр, ngs. Еще реже - 5-10 генов за неделю нужно будет собрать. На 5-8 проектов прибор нужен, возможно, нагрузка в будущем возрастет, но не намного. При необходимости купим прибор мощнее. Не смотря на небольшой масштаб, нам необходимо все делать быстро и держать всю инфу у себя. Я рассматриваю небольшие синтезаторы. Помимо АКТА, я рассматриваю Polygen_12, MERMADE 6. Но не знаю какой из них лучше. Русские приборы не хотелось бы брать, пока наши компании на них не перешли (может нет доверия к ним). ABI больше не выпускают синтезаторы - поэтому у них брать тоже нет смысла. Agilent HPLC у нас стоит аналитическая. На ней можно чистить или препаративную нужно будет докупать?

Не могу назвать организацию, и на личности не хочу переходить на форуме, по личному готов общаться только в личной почте, пишите. Ясно, что выгодней синтезировать на стороне, но для нас важнее быстрота и сохранение информации внутри организации.

Добрый день!
Если нет сильных финансовых ограничений, какой синтезатор олигонуклеотидов (lab scale) лучше выбрать? Обязательно с очисткой олигов.
Я присматриваюсь к AKTA oligopilot plus 10. Может есть что лучше? Заказывать олиги на стороне для нас не вариант.

Мне апгрейд не нужен. У меня уже стоит 3500XL. Вопрос - можно ли с этим прибором использовать 3500 Genetic Analyzer 8-Capillary Array, 50 cm? (вместо 24-Capillary Array)
То что полимер и буферы одинаковые - мне понятно. Для полного счастья мне нужно иметь возможность использовать и 8-ми и 24-х капиллярные arrays на 3500XL. Не уверен, что это возможно. Гнать по 3-8 сиквенсовых реакций на 24-капиллярном array - слишком расточительно.

Если всего 8 капилляров нужно использовать, а не 24, я могу работать на приборе 3500XL с 8-капиллярными наборами для капилляров (arrays)? (притворившись, что я сижу на приборе 3500, а не на 3500XL). Из литературы ясно, что 3500 можно upgrade до 3500XL, это будет постоянный upgrade? А 3500XL можно временно (когда потребуется) downgrade до 3500?

Выбираю стулья/кресла для вирусологической, генетической и культуральной лабораторий.
Не могу решить - брать с подлокотниками или без.
Как я понимаю, с подлокотниками это кресла, а без - стулья.
Вопрос не в цене, а в удобстве. Какие брать и почему? Пока склоняюсь брать без подлокотников.

Минусы подлокотников:
1. Подлокотники делают кресло шире и его легче задеть проходящему мимо человеку, да и места в лаборатории меньше.
2. Подлокотники немного мешают взять лежащие по сторонам материалы, если хочешь что-то взять не разворачивая кресло на 90 градусов. А если хочешь развернуться - подлокотниками можно что-нибудь задеть.
3. Подлокотники провоцируют человека отдохнуть, откинуться на спинку, можно и не рассчитать и опрокинуться.

Плюсы подлокотников.
1. Если откинуться на спинку во время отдыха, то удобно, когда руки свисают на подлокотниках.

Т.е. с подлокотниками лучше брать офисное кресло, но не лабораторный стул.
Кто что берёт?

Производитель конкретно моего 184л инкубатора сегодня ответил, что 50lb (24кг) танка должно хватить на 105 дней (если двери 5 раз в день открывать). Т.е. спросить производителя - стоит того. Они тестировали данную модель инкубатора и даже табличку прислали.

А в России большинство лабораторий предпочитают 24-25кг СО2 баллон (40л баллон)?
Есть и 30-34кг баллоны, есть балоны с 45кг СО2.
Говоря о 2-3 месяцев работы на одном баллоне, какой баллон Вы имеете ввиду?

Я не пытаюсь точно подсчитать. Понимаю, что инкубаторы разных производителей по разному потребляют СО2. Достаточно грубой оценки, чтобы прикинуть как часто придется менять баллоны. На сколько хватит одного 25кг баллона на один 180л инкубатор (плюс-минус). Выходит - примерно на месяц.

Не просто найти информацию по air exchange rate для инкубаторов. Подавляющее большинство компаний-производителей инкубаторов не указывают данную информацию.
Всё же я нашел источники. Например:
https://www.news-medical.net/whitepaper/201...Incubators.aspx

В икубаторе из приведенного источника происходит один полный обмен воздуха каждые 30 минут. Использую данную характеристику для рассчета потребления СО2.
Я уже подсчитал потери за один воздухообмен для 184л инкубатора - 0,0155кг.
48 воздухообменов в день (каждые 30 мин.) приведут к ежедневному потреблению СО2=
= 48*0,0155=0,744кг/день.
Недельное потребление ~ 5,2кг/нед
Месячное потребление ~ 22,3кг/мес

Думаю эти цифры ближе к реальности?

У инкубаторов Panasonic давление CO2 на входе в инкубатор в 3 раза меньше, чем у большинства моделей (4,3 psi vs 15 psi). Возможно, у них понижен воздухообмен (лишь предположение). Они хвалят свои инкубаторы за вдвое меньший "CO2 consumption rate".
Кто-нибудь сталкивался с инкубаторами, в которых можно менять кратность воздухообмена? Я удивлен, что производители не описывают такую важную характеристику инкубатора.

Если допустить (возможно нельзя, см. ниже), что при оценке можно пренебречь количеством СО2, которое потребляется когда инкубатор закрыт, а также допустить, что при открытии двери количество СО2 в инкубаторе опускается до 0% (это вполне реальное допущение), то формула выводится так:

В кубометре воздуха при температуре 37С и влажности 85% находятся примерно 2,3х10^25 молекул.
Можно грубо считать, что при тех же условиях + 5%СО2 это число не сильно поменяется (<5% погрешность).
Таким образом в кубометре воздуха (37С, влажность, 85%, 5% СО2) содержится
2,3*(10^25)*0,05=0,115х10^25 молекул СО2.
Пусть V - объем инкубатора в литрах. Тогда V литров инкубатора содержат
0,115*(10^25)*V/1000 молекул СО2.
Молекулярная масса СО2 - 44g/mole.
Таким образом это число молекул весит 44*(0,115х10^25*V/1000)/(6*10^23) =
= V*0,0844g=V*0,0000844кг.

Т.е. при каждом открытии 184л инкубатора мы теряем 0,0155кг СО2.
За день 5 открытий. Потеря за день - 0,0155кг*5=0,0775кг
За неделю потери составят - 0,0775кг*7~0,54 кг.
Т.е. за месяц потери составят ~ 2-2,5 кг.

Это реальная цифра? По собственному опыту скажу - нет.
Видно следует учесть, что всё таки есть какой-то воздухообмен когда инкубатор закрыт и
он играет определяющую роль в данных вычислениях?
Кто-нибудь знает кратность воздухообмена (airflow rate) в СО2 инкубаторе при закрытых дверях?

Доброе время суток!
Хочу подсчитать сколько кг СО2 будут в среднем потреблять мои СО2 инкубаторы за неделю? Исходя из этого буду планировать сколько и какие цилиндры покупать, а также стоит ли создавать централизованную систему обеспечения.
Рутинная cell culture work.

2 ситуации:
1. Стационарный инкубатор, давление на входе поддерживается 15 psi, 184л, рабочая концентрация СО2 поддерживается на уровне 5%. Открывается в среднем 5 раз в сутки.
2. Shaker-инкубатор, давление на входе поддерживается 30 psi, 395л, рабочая концентрация СО2 поддерживается на уровне 5%. Открывается в среднем 5 раз в сутки.

Может формула существует? Или из опыта у кого-нибудь есть какие-либо цифры?

Может кто-то порекомендует компанию, которая знает как делать подобные оценки и поможет организовать планирование и установку централизованной системы обеспечения СО2 (все баллоны в технической комнате, манифолд, прокладка труб в разные комнаты, сплиттеры, сигналки, система дистанционного контроля, др. оборудование)?

Спасибо!

Добрый день! Нам для экспериментов необходимо достать кровь кур.
Подскажите, пожалуйста, как это сделать? Москва.. Желательно живых кур не покупать, т.к.
у нас нет питомника. Спасибо!

Измеряю концентрации 8 цитокинов с помощью CBA ES flex наборов + набор буферов+проточный цитометр. Один из реагентов - BD™ CBA Enhanced Sensitivity Detection Reagent (Part B). BD указывает, что его нельзя хранить и риюзать после ресуспендирования. Если работать с небольшим количеством проб в день(20-40), то это очень печально, т.к. его по хорошему хватит на 100 тестов. Мы экономим, в 2 раза меньше (по 50мкл на пробирку) его (и всего остального в раза меньше) добавляем, а не по 100 мкл, как BD рекомендует. Может его можно таки хранить в темноте 4С хотя бы 2-3 дня? неделю?

Хочу поставить мультиплексный (4-х плексный) real time-PCR (taqman) для определения копийности трансгена (+ 3 reference гена) в геноме китайского хомячка. Ожидаю копийность более 20.

Подскажите есть ли бесплатные или крякнутые программы для подбора праймеров и проб? Какие программы лучше использовать?

Плазмидку можно бы было капнуть на бумажку и там бы ее трансформировали бы и наработали. А тут геномная ДНК. Нам бы ее в хорошем виде доставить чтобы qPCR прошел хорошо с нескольких генов.

Добрый день, хотим отправить за границу (в США) геномную ДНК, выделенную из клеток CHO (chinese hamster ovary cells) и растворенную в воде (200 мкл).

Отправитель требует код ТНВЭД (код товара как я понимаю).

Получение кода товара через Федеральную Налоговую Службу - 90 дней (долго однако) и 5000р. Через таможенных представителей (брокеров) - 1 день и 15000р (дорого однако).

Может кто отправлял за границу геномные или плазмидные ДНК и знает код?

Не хотелось бы писать что это товар животного происхождения, тк сразу запросят справки ветеринарные, которых нет (с животными не работаем, генетика).

На сайте кодов товаров
http://www.tks.ru/db/tnved/tree
в РАЗДЕЛе
VI. Продукция химической и связанных с ней отраслей промышленности
есть раздел
Органические химические соединения
в нем раздел
X. ОРГАНО-НЕОРГАНИЧЕСКИЕ СОЕДИНЕНИЯ, ГЕТЕРОЦИКЛИЧЕСКИЕ СОЕДИНЕНИЯ, НУКЛЕИНОВЫЕ КИСЛОТЫ И ИХ СОЛИ, СУЛЬФОНАМИДЫ
в нем
Нуклеиновые кислоты и их соли, определенного или неопределенного химического состава; гетероциклические соединения прочие:
в нем
прочие.. прочие.. прочие код 2934999000
Такой пройдет?

С уважением,
Сергей