 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* SkyGenОперации: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* [ Схема ] · Стандартный · +Перв.сообщ.
 SkyGenУчастник Москва  |
 16.10.2012 10:25
 Торгово-сервисная компания SkyGen (СкайДжин) - это команда профессионалов, которая поставила перед собой цель сделать доступными реагенты, оборудование и сервис для научных лабораторий в России и странах СНГ. Под доступностью мы понимаем цены близкие или равные европейским, собственный склад реактивов и оборудования, доставку за 1-3 дня в любой крупный город России. Иными словами, мы делаем все возможное, чтобы поставить Вам качественную продукцию, недорого и быстро. Мы начали с New England Biolabs и у нас получилось! Мы верим в то, что чтобы быть близким к Вам, недостаточно просто выставлять счета и осуществлять доставку. «Логистических» и «каталожных» компаний много и все они известны. Нам же важно глубоко разобраться в теме и быть поддержкой для Вас. Для этого мы публикуем новости, обзоры и высоко ценим любые замечания и критику. Каждый продукт мы «пропускаем» через себя. Анализируем плюсы и минусы, представляем, как и где он будет работать, консультируемся с Вами. И, как результат, создаем методички, семинары и презентации. Мы стараемся угнаться за Вами в научном познании мира, мы стараемся учиться и расти вместе с Вами. Даже уйдя из науки, мы все равно остались в душе искателями и открывателями. Пусть наша работа будет полезна Вам - и в этом мы видим свою реализацию. Мы являемся официальными дистрибьюторами New England Biolabs, QIAGEN, Agilent Technologies, Oxford Nanopore Technologies, 10x Genomics, Macherey-Nagel, NIMAGEN, IDT, Thermo Scientific, SIGMA-ALDRICH, ChemGenes, Bio Molecular Systems, Gilson. У нас есть сервисная служба. Мы осуществляем обслуживание, калибровку и поверку дозаторов, лабораторных весов и ПЦР-амплификаторов различных производителей, а также занимаемся организацией валидации оборудования IQ/OQ. Сообщение было отредактировано SkyGen - 12.02.2018 15:54 |
  |
Ответы
|
SkyGen Участник Москва |
26.09.2014 13:17
 Несмотря на то, что удешевление стоимости секвенирования ДНК позволило проводить масштабные исследования (1), непомерно высокая стоимость обработки образцов до сих пор является проблемой практически для всех пользователей. Это заставляет все большее количество лабораторий проводить секвенирование только той части генома, которая представляет интерес. Целевое обогащение при помощи гибридного захватывания, которое рассматривается в данном обзоре, реализуется непосредственно перед проведением секвенирования, схема такого обогащения представлена на рис.1. Методы обогащения генома уменьшают стоимость секвенирования и позволяют сфокусировать свои усилия на конкретном участке гена. Если мы выделим специфический регионе генома, это позволяет секвенировать один участок во множестве образцов одновременно. Благодаря гибридному захватыванию интересующих участков генома и последующему секвенированию возможно проводить эксперименты по генотипированию, идентификацию вариантов сплайсинга, нахождение мест вставки новых или делеции существовавших нуклеотидов, а также изучение геномной рекомбинации и секвенирование сайтов интеграции вирусов и транспозонов.  Рис.1. Целевое захватывание последовательности с помощью xGen Lockdown зондов. Проведение анализа большого количества целевых участков генома во множестве образцов. Давайте рассмотрим эксперимент по генотипированию 100 образцов, реализованный при помощи ПЦР, он потребует проведения множества индивидуальных ПЦР-реакций, каждую из которых необходимо будет оптимизировать. Оптимизация и проведение этих реакций потребует большого количества времени и возможность появления ошибок возрастет, из-за того что качество будет зависеть от большого количества индивидуальных реакций. Более того, потребуется большое количестве первоначального материала. В конце концов, генотипирование при помощи ПЦР может не завершиться успешно, если мутации возникают в праймерах. Обычно последовательность праймеров оптимизируется с использованием нескольких образцов, и далее полученные таким путем праймеры используются для амплификации большой совокупности образцов. Такая практика основана на предположении о том, что участки, на которые будут садиться праймеры не претерпевают изменений в составе всей совокупности образцов. Это может оказаться правдой для небольшой серии образцов, но если число реакций увеличивается, то увеличивается и вероятность деформации последовательности сдвигом (рис.2А). В качестве альтернативы ПЦР, секвенирование NGS после целевого обогащения объединяет все реакции генотипирования и обнаружение мутации в один этап, схема расположения зонда показана на рис.2. При гибридном захватывании последовательности с одиночным нуклеотидным полиморфизмом (SNP) используется зонд, направленный на узнавание последовательности вокруг SNP, и мутация гибридизующейся последовательности, несмотря на неполную комплементарность с зондом не окажет критического воздействия на процесс узнавания. Фактически, зонды xGen Lockdown Probes могут игнорировать до 7 мутаций внутри целевого участка без влияния на эффективность гибридизации. Обогащенная ДНК далее секвенируется в один этап. В таком случае нет необходимости в подборке условий индивидуальных ПЦР и гелей для анализа. Если исследователь решит расширить спектр экспериментов и увеличить количество зондов, направленных на узнавание других SNP, то возможно воспользоваться уже подобранными условиями эксперимента по обогащению и секвенированию.  Идентификация сайтов встраивания вирусов и транспозонов Эксперименты по изучению функций генов часто включают в себя гетеротипическую и экспрессию их последующий нокдаун при помощи интерференцией РНК (RNAi). Ретровирусы используются для введения экзогенной ДНК в геном изучаемых организмов. Фрагмент ДНК может быть интегрирован в безопасный участок между генами или в транскрибируемый участок (2) который может варьировать функцию генов, и вызываемые этим ложные фенотипы. Для исследования проблемного сайта встраивания во множестве различных образцов, возможно проводить целевое обогащение с использованием гибридизации зондов с известными участками экзогенной последовательности ДНК (рис.3). Таким образом, образцы, в которых произошло встраивание экзогенной ДНК могут быть отобраны для дальнейшего изучения.  Методика также важна для изучения сайтов интеграции транспозонов и инфицирующих вирусов. Информация о молекулярном механизме встраивания может улучшить понимание разработки лекарств для соответствующих заболеваний, а также быть полезной для решения других задач. Идентификация вирусной ДНК в изучаемом организме также используется для диагностирования стадии заболевания (3). проведение секвенирования ДНК человека, после целевого обогащения участками вирусного генома может подтвердить факт инфицирования. Изучение альтернативного сплайсинга Альтернативный сплайсинг наблюдается в 95% генах человека, которые имеют более чем 1 экзон, а ошибки во время этого процесса ассоциированы со множеством болезней (4). Некоторые из таких болезней могут быть диагностированы с помощью нахождения генов, которые альтернативно участвуют в сплайсинге. Для этого может использоваться, например, секвенирования следующего поколения РНК (NGS). Получаемая информация позволяет проанализировать количество РНК, представленной в определенный момент времени, и таким образом, этот метод чувствителен к различиям в генной экспрессии. РНК, полученная из образца, конвертируют в ДНК, и далее проводится стандартная процедура секвенирования ДНК. Для того чтобы облегчить определение малые количества вариантов сплайсинга, которые ассоциированы с заболеваниями, зонды, специфичные к изучаемому транскрипту могут использоваться для обогащения, облегчая обнаружение таких транскриптов (Рис.4). Также, различные изоформы протеинов детектируются в пропорции образца, и оставшиеся образцы могут быть легко проверены на наличие транскриптов альтернативного сплайсинга, по сравнению с изучением экспрессированных протеинов при помощи Western Blot.  Гибридное связывание увеличивает универсальность экспериментов Секвенирование следующего поколения, проводимое после этапа целевого обогащения, позволяет исследовать один и тот же образец для решения нескольких задач одновременно, а также упрощается процесс увеличения количества целевых последовательностей. Такая простота расширения количества обогащаемых участков позволит добавить новый участок SNP, информация о котором появилась в печати - для этого к существующей панели зондов добавляется еще несколько, и ее можно использовать для последующих экспериментов по генотипированию. Добавление дополнительного зонда никак не скажется на эффективности работы существовавшей ранее панели, но позволит получать большее количество информации в результате каждого эксперимента. Таким образом возможно более оперативно реагировать на появляющиеся каждый день публикации в сфере NGS. Прочитав большую часть данного обзора, и узнав обо всех дополнительных возможностях метода, кроме того что он фокусирует эксперименты по секвенированию, Вы задаетесь следующим вопросом: Упростит ли гибридное связывание постановку экспериментов? Хотя гибридное связывание может быть использовано для решения большого количества задач, иногда этот метод может и не являться наиболее подходящим для всех исследователей. Например, процент прочтений последовательности, полученный от определенного региона увеличивается одновременно с увеличением количества зондов. Панели из большего количества зондов, как правило, более эффективны (в том числе и с точки зрения цены). Маленькие панели зондов используются для изучения ретровирусов и транспозонов; Тем не менее, следует обращать внимание на то, что результаты с использованием разных панелей и разных методов для обогащения могут разниться. Например, повторяемые участки будут захватываться с большей частотой. В то же время следует понимать, что если задачей является изучение одного целевого участка в тысяче различных образцов, то лучше использовать метод обогащения при помощи ПЦР. xGen Lockdown зонды - изготавливаются полностью на заказ, из которых могут быть использованы для создания захватывающих панелей любого размера. Зонды xGen Lockdown Probes от IDT Зонды xGen Lockdown Probes - это индивидуально синтезируемые зонды для целевого обогащения при помощи гибридного связывания. Этот продукт был разработан специально для совместного применения с NGS секвениварония. Зонды могут быть использованы индивидуально для создания панелей, которые могут быть оптимизированы, расширены, комбинированы с другими панелями при необходимости. Также отдельные зонды могут быть добавлены в уже существующие панели для улучшения узнавания труднодоступных участков (например GC-богатых участков). Кроме того, возможно выбрать одно из готовых решений от IDT - одну из готовых панелей: xGen Inherited Diseases Panel - панель для обогащения генов, ассоциированных с наследственными заболеваниями, содержит 116 355 зондов, нацеленных на узнавание 4503 генов и 80 однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), сцепленных с наследственными заболеваниями. xGen Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel v1.0 - панель для обогащения более чем 260 генов ассоциированных с развитием острой миелоидной лейкемии (AML), содержит 11 743 индивидуально синтезированных зондов. xGen Pan-Cancer Panel v1.5 - панель для обогащения генов, ассоциированных с 12 типами раковых заболеваний, состоит из 7 816 индивидуальных синтезированных зондов, которые обеспечивают обогащение более чем 127 генов. Обеспечение совместимости с популярными платформами NGS В процессе обогащения используются блокирующие олигонуклеотиды xGen Blocking Oligos для адаптеров в составе последовательностей библиотек. Такие блокирующие олигонуклеотиды уменьшают неспецифичное связывание и увеличивают эффективность обогащения. xGenUniversal Blocking Oligos совместимы с Illumina TruSeq и другими Single-Index адаптерами, с Illumina TruSeq HT и другими Dual-Index адаптерами, а также с Ion Torrent Barcoded адаптерами. xGen Standard Blocking Oligos совместимы с Illumina TruSeq, и другими Single-Index адаптерами, с Illumina TruSeq HT и другими Dual-Index адаптерами, а также с Ion Torrent Barcoded адаптерами и адаптерами Roche/454. Возможно также производство блокирующих олигонуклеотидов на заказ (xGen Custom Blocking Oligos). Использованная литература Hayden EC (2013) Gene sequencing leaves the laboratory. Nature 494(7437):290-291. Ambrosi A, Cattoglio C, Di Serio C. (2008) Retroviral integration process in the human genome: is it really non-random? A new statistical approach. PLoS Comput Biol 4(8):e1000144. Depledge DP, Palser AL, et al. (2011) Specific capture and whole-genome sequencing of viruses from clinical samples. PLoS ONE 6(11): e27805. Matlin AJ, Clark F, Smith CW. (2005) Understanding alternative splicing: towards a cellular code. Nat Rev Mol Cell Biol, 6(5):386–398. Cancer Genome Atlas Research Network. (2013) Genomic and epigenomic landscapes of adult _de novo_ acute myeloid leukemia. N Engl J Med, 368(22):2059–2074. По всем вопросам подбора Вашей индивидуально панели для обогащения перед секвенированием NGS обращайтесь в СкайДжин: info@skygen.com СкайДжин является официальным дистрибьютором IDTDNA в России! Для обзора использовалась информация из статьи Сообщение было отредактировано SkyGen - 26.09.2014 15:40  Сообщение в колонке новостей, раздел "Информация, связанная с нашей профессией"
16.10.2014 13:12 |
Сообщения этой темы
SkyGen SkyGen
SkyGen [url=http://molbiol.ru/wiki/Zbio:%D0%A0%D0%B5%D0%B... 17.10.2012 17:24 guest: Доктор //...заказ придет сразу после ноябрьских празднико... 17.10.2012 21:57 SkyGen Увы, это так. Поставка реагентов за 24 часа из Евр... 18.10.2012 15:16 Atropos А как же СибЭнзим? 25.10.2012 14:58 Guest Ochen strano, chto novaay company v Russia xochet ... 28.10.2012 15:11 SkyGen
CибЭнзим имеет давнюю историю взаимодействия с N... 29.10.2012 19:33 SkyGen
Вы правы, на одних реагентах NEB сложно заработа... 29.10.2012 19:39 The Dude "водитель-экспедитор", вот на этом то фо... 30.10.2012 10:06 SkyGen
Чувак, права на Камаз, к сожалению, не годятся. ... 30.10.2012 13:39 The dude :) Быть может, настанут и такие золотые времена, к... 30.10.2012 14:14 SkyGen Все в Ваших руках! 30.10.2012 15:03 SkyGen Раздаем каталоги NEB 2012, а это 384 страницы увле... 06.11.2012 19:33 SkyGen Возможность получать Российским научным лаборатори... 11.11.2012 21:41 SkyGen [color=red]реклама
[attachmentid(left)=158604][at... 11.11.2012 21:52 Guest :) фрагментаза от неб зафигачила все мои 500бп вст... 14.11.2012 22:30 vtosha NGS-ные наборы для пробоподготовки НЕБовские очень... 14.11.2012 22:44
Guest
ерунда - все можно сделать самому не хуже НЕБа -... 14.11.2012 22:47
Guest
обычным зоникатором я получаю в 100 раз лучше хф... 14.11.2012 22:50 SkyGen
Как раз сейчас мы и "прощупываем" разм... 15.11.2012 12:58 SkyGen
Натали, мы действительно представляем пластик пр... 15.11.2012 13:09 vtosha Про НЕБ уже рассказала.
Киагеновские и Амбионовск... 15.11.2012 16:09 SkyGen
Поняла, спасибо большое! 20.11.2012 16:57 mlog
очень сильно плюсую насчёт наборов для Agilent - ... 22.11.2012 00:50 mlog У вас действительно всё перечисленное тут: http://... 22.11.2012 00:21 vtosha Про то, что находящееся в прайс-листе есть на скл... 22.11.2012 11:50 SkyGen
Пока, конечно, не все.
Сейчас мы завезли самые с... 22.11.2012 12:22 SkyGen
"цены со склада в Москве" - это значит... 22.11.2012 12:41 SkyGen [color=red]реклама
[attachmentid(left)=159088]28 ... 22.11.2012 20:46 mlog Сегодня получила реагенты по заказу, сделанному в ... 18.12.2012 15:14 comp3v да, тоже могу подтвердить - доставили быстро, и ст... 18.12.2012 22:16 vtosha Нам завтра обещали, с того же времени заказа. Посм... 18.12.2012 23:37 SkyGen mlog, comp3v,
спасибо, мы очень старались ))
Удач... 19.12.2012 09:12 SkyGen [color=red]реклама
[attachmentid(left)=163880]Сего... 16.01.2013 13:16 SkyGen Дорогие клиенты!
Новый год начался с больших ... 22.01.2013 12:14 SkyGen [color=red]реклама
[attachmentid(left)=165583][siz... 04.02.2013 16:23 SkyGen [color=red]реклама
[size=5][b]Увеличиваем до 20% ... 01.03.2013 12:36 udalov maksim здравстствуйте!
после 30 апреля можно будет к... 12.03.2013 14:57 SkyGen Добрый день, Максим!
Спасибо за вопрос.
На д... 12.03.2013 18:29 SkyGen Уважаемые коллеги!
Мы периодически слышим от ... 12.03.2013 19:09 SkyGen Коллеги!
25 марта к нам уходит очередная пост... 19.03.2013 19:58 SkyGen [color=red]реклама
[attachmentid(left)=169266]Ува... 03.04.2013 11:54 Guest
я в германии и вашу фирму в первый раз вижу - в... 14.04.2013 19:08 tatayou Здравствуйте, хотела бы высказать пожелание, по по... 03.04.2013 14:49 comp3v а по-моему, мало смысла загружать страницу заказа... 03.04.2013 15:30 SkyGen [color=red]реклама
[attachmentid(right)=170236] [... 18.04.2013 20:38 SkyGen [b]Приглашаем посетить стенд NEB на FEBS в Санкт-П... 07.06.2013 17:51 Guest Интересный ожидается конгресс 19.06.2013 22:17 SkyGen [color=red]реклама
[b][size=7]Обновление линейки ... 20.06.2013 13:26 SkyGen [color=red]реклама
[b][size=5]Даем скидку на ферм... 28.06.2013 15:31 SkyGen [color=red]реклама
[attachmentid(left)=178887][si... 05.08.2013 12:31 SkyGen [color=red]реклама
[size=5][b]Акция СкайДжин: бес... 15.09.2013 19:28 SkyGen [color=red]реклама
[size=7][b]До конца года гради... 23.10.2013 18:03 SkyGen [color=red]реклама
[size=5][b]Наконечники с резин... 25.10.2013 13:04 SkyGen [color=red]реклама
[url=http://www.skygen.com/pro... 19.11.2013 10:57 SkyGen Дорогие клиенты и партнёры!
Спасибо Вам за то... 30.12.2013 15:13 SkyGen [color=red]реклама
[url=http://www.skygen.com][img... 31.01.2014 17:48 papa Karlo А почему собственно не сделать особый платный номе... 02.02.2014 22:12 Guest Папа Карло, Вы либо что-то не поняли, либо рассказ... 02.02.2014 23:46 papa Karlo Вы похоже мало знаете современное искусство...
я... 03.02.2014 01:37 SkyGen [color=red]реклама
[url=http://www.skygen.com/cat... 21.02.2014 12:48 SkyGen [color=red]реклама
[url=http://www.skygen.com/cat... 22.04.2014 22:18 SkyGen [color=red]реклама
[url=http://www.skygen.com/cat... 13.05.2014 10:07 SkyGen Компания SkyGen проводит акцию, по которой Вы може... 21.05.2014 10:32 SkyGen [color=red]реклама
[url=http://www.skygen.com/bon... 03.06.2014 23:47 SkyGen [color=red]реклама
[size=5][b]Новый приход реаген... 11.07.2014 16:03 SkyGen [color=red]реклама
[url=http://www.skygen.com/cat... 05.08.2014 13:02 SkyGen [attachmentid(left)=205806]Gibson Assembly Master ... 06.08.2014 12:47 SkyGen
Сегодня мы хотим рассказать, почему новые ДНК-пол... 14.08.2014 14:57 SkyGen [attachmentid()=207001]
Пользуетесь ли вы колоночн... 20.08.2014 10:37 SkyGen Получите образец маркера длин ДНК Quick-Load Purpl... 22.08.2014 14:31 SkyGen
Компания New England Biolabs, в связи со своим 40... 09.09.2014 11:10 SkyGen
В последние годы среди существующих методов выдел... 11.09.2014 15:56 SkyGen
[b][size=14]Красивое совместное решение от IDT и ... 20.10.2014 15:44 SkyGen [size=7]Решения от New England Biolabs для секвени... 02.12.2014 14:56 SkyGen Решения от New England Biolabs для секвенирования ... 02.12.2014 14:59 SkyGen Как найти свою ДНК-полимеразу среди многообразия ф... 16.02.2015 18:18 SkyGen Как найти свою ДНК-полимеразу среди многообразия ф... 16.02.2015 18:22 SkyGen [size=5]Как найти свою ДНК-полимеразу среди многоо... 24.02.2015 11:51 SkyGen [b]Реактивы для секвенирования по Сэнгеру и многое... 24.02.2015 12:12 SkyGen [b]Буферы от New England Biolabs: инструкция к дей... 24.02.2015 12:23 SkyGen [b]Очистка нуклеиновых кислот: многообразие методо... 24.02.2015 12:50 SkyGen [b]Расширение линейки продуктов от английской комп... 24.02.2015 14:10 SkyGen [b]Скидка 25% на пластик Sorenson всем держателям ... 26.02.2015 15:12 SkyGen [b]Интерактивные Online инструменты от компании Ne... 27.02.2015 15:22 SkyGen [b]Новые продукты для проведения реакции обратной ... 02.03.2015 15:06 SkyGen [b]Конкурс на лучший доклад от компании СкайДжин в... 06.03.2015 16:26 SkyGen [b]Выиграйте конкурс на лучший постерный доклад, и... 18.03.2015 19:09 SkyGen [size=5]Амплификация полного генома отдельной клет... 31.03.2015 17:34 SkyGen [b]Выделение микроРНК, РНК и ДНК с использованием ... 31.03.2015 18:11 SkyGen [size=5]Готовые двуцепочечные гены длиной до 5000 ... 01.06.2015 16:22 SkyGen [b][color=blue]СУПЕР АКЦИЯ от СкайДжин!
Закажи... 09.08.2017 11:03 SkyGen [b]Новый каталог NEB 2017/2018
Уже 40 лет кат... 09.08.2017 15:26 VanGogovih Круто 10.08.2017 08:40 Olescarold Красотка 16.08.2017 17:22 SkyGen [b]Мы стали партнерами сайта "БИОМОЛЕКУЛА... 17.08.2017 12:44 SkyGen [color=blue][b]QIAGEN от SKYGEN – прямые поставки ... 18.08.2017 12:35 SkyGen Идет вторая неделя нашей супер акции на продукцию ... 07.09.2017 12:54 SkyGen С ДНЕМ РОЖДЕНИЯ СКАЙДЖИН! ;)
Нам 5 лет!
О... 19.09.2017 12:10| страницы (9): 1 2 3 > » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.