Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Выделение ДНК из крови -- comments to a permanent page of the site --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Тема связана с: Выделение ДНК из крови
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Forum robot
Постоянный участник
на сервере в Москве



 прочитанное сообщение 24.06.2006 15:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Комментарии к постоянной странице сайта: Выделение ДНК из крови

Выделение ДНК из крови млекопитающих. Очистка ядер лимфоциты, обработка SDS и Proteinase K. Раздел Методы сайта molbiol.ru.
guest: Гость
IP-штамп: frR4eSM2IjraQ
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  24.06.2006 15:23     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

[font=Arial][size=1][color=maroon]
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.08.2006 09:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование
Вопрос
по ряду причин пришло время (для меня) ревизии методов.
после анализа нескольких книг (в т.ч. и маниатис, это на случай реплики - "смотри в маниатисе"), протоколов коммерческих наборов и многочисленных обсуждений на молбиол (штук 30 тем просмотрел) остались вопросы.

на сегодняшний день основная задача - выделение тотальной днк из органов мышей (селезенка, гол мозг, кровь, кожа, мочевой пузырь) для детекции днк возбудителя в пцр. возбудитель - бактерия (не имеющая клеточной стенки) с внутри- и внеклеточной локализацией.

вопросы:
1. есть ли смысл использовать ГИТЦ или все-таки протеиназы достаточно (до этого работали только с протеиназойК)?
2. от момента взятия органа до момента глубокой заморозки (-70) проходит до 5 часов. есть ли смысл в использовании фиксирующих или лизирующих растворов? спирт, ацетон, тот же ГИТЦ?
3. с кровью мне все ясно, а вот для органов, особенно с достаточно жестким соединительнотканным каркасом (мочевой пузырь) достаточна ли обычная концентрация протеиназы, или стоит попробовать увеличить ее?
4. в протоколах как присутствует, так и отсутствует этап экстракции смесью фенол-хлороформ (1:1). делали и так, и так. х.з., та и не опредилился - нужен ли он? какие теоретические предпосылки имеет этот этап?
5. в некоторых протоколах используют просто хлороформ, в других хлороформ-изоамиловыйспирт (24:1). есть ли особый смысл в этой смеси?
6. свежекупленный хлороформ квалификации хч пергонять не нужно, я думаю?
7. вот еще давно мучает вопрос - в лизирующих растворах используют гуанидин изотиоцианат, а почему хлорид нельзя? у меня вот большая банка гуанидин хлорида стоит. может не стоит деньги тратить?
Guest
IP-штамп: frlnAsDr.5x7A
гость



 прочитанное сообщение 08.08.2006 12:19     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

1. Я бы поставил вопрос наоборот. С гуанидином-то быстрее
2. ГИТЦ, а если просто детекция возбудителя, то бросьте орган в холодильник
3. ддостаточно обычной концетрации, можно увеличить время
4. Если используете протеиназу, то отмывка фенолхлороформом обязательна, и вообще в любом случае она желательна
5. я разницы не видел
6. лучше использовать "для молеулярной биологии"
7. изотиоцианат лучше лизирует, а в остальном - пофигу
Участник оффлайн! Ольга Л.




 прочитанное сообщение 08.08.2006 16:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Изоамиловый спирт добавляют в хлороформ, чтобы смесь не пенилась - только и всего.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): vb, Sandy
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.08.2006 19:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(Guest @ 08.08.2006 10:19)
Ссылка на исходное сообщение  4. Если используете протеиназу, то отмывка фенолхлороформом обязательна, и вообще в любом случае она желательна


в смысле сначала фенолом, потом фенол-хлороформом, а потом хлороформом?
Участник оффлайн! перцы
Участник
разъехались...эх...



 прочитанное сообщение 09.08.2006 07:22     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Пробовали выделять ДНК мышей разными методами (в том числе и с протеиназой с отмывкой фенолом). Пришли к выводу, что лучше всего работают киты (личное мнение). Сами пользуемся китом quiagen DNeasy. Результаты лучше.
Но это опять же смотря для каких целей. При работе с данным китом можно выделять только из небольшого образца. Если же требуется выделить ДНК из целого органа, то тогда вышеописанным методом.

Кстати о концентрации протеиназы К. Увеличивать точно не нужно, следует придерживаться концентрации, указанной в протоколе. А кроме увеличения времени можно еще гомогенизатором поработать.
Участник оффлайн! Anubis

Владивосток



 прочитанное сообщение 15.08.2006 01:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(vb @ 09.08.2006 03:48)
Ссылка на исходное сообщение  в смысле сначала фенолом, потом фенол-хлороформом, а потом хлороформом?


Да. Причем фенол-хлороформ и хлороформ лучше повторить дважды. Так ДНК чище выходит.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): vb
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.08.2006 07:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

а куда отраву, оставшуюся после перегонки девать?
на вид и на запах она покруче фенола будет, однако.
Участник оффлайн! nikolya2




 прочитанное сообщение 14.09.2006 15:42     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Если не мешает митохондриальная ДНК, то можно выделять еще более простым методом:
получить кровь из вены добровольца;
добавить 0.5M EDTA до 50mM => 1/10V;
добавит 0,8 V Tris Cl pH7.6 5mM (сток 1M), proteinase K до 50µg/ml,SDS 10% до 1% (1/10V) и инкубировать при 50С ночь.
А далее по Маниатису...
Участник оффлайн! nikolya2




 прочитанное сообщение 14.09.2006 15:51     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Выделение ДНК из крови очень реальное описано в МЕТОДАХ на molbiol.ru, только обязательно см. коментарии /Kola/. 100% работает! И николя2
Участник оффлайн! nikolya2




 прочитанное сообщение 14.09.2006 16:02     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Пункт 11 см. у Маниатиса, но изоамиловый спирт использовать не обязательно. Хлороформ можно брать и не перегнаный. Главное, чтобы перегнаным был фенол.
Пункт 12 - 96% спирт следует охладить до -20 иначе ДНК может и не выпасть в осадок. Чтобы избавиться от спирта лучше отбирать его просто пипеткой, а потом оставить в холодильнике на 1 ночь (но не более, инача ДНК потом не растворится), чтобы остатки спирта сами испарились и потом ДНК можно уже растворять в воде или хранить в сухом виде.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 21.09.2006 12:14     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

если в ПЦР - 20мМ КОH + 60% ПЕГ 200 потом прямо в рекциу 1:10

продается как DNAzol Direct
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 21.09.2006 12:28     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

а если CGH на microarray - то совсем другое дело frown.gif(
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 21.09.2006 12:31     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

а еслы для детекции 8-охоG - то вообше frown.gif(( frown.gif(( frown.gif((
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 21.09.2006 12:35     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

ну точно не фенол хлороформ (8-oxoG) smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 21.09.2006 12:40     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

поетому вопрос могно ли выделит абсолутно интактнуу "днк" ис ОРГАНА
имеет отрицателныи ответ "НЕТ" frown.gif frown.gif frown.gif
Гость
IP-штамп: frDQwa9k7riYg
гость



 прочитанное сообщение 18.10.2006 11:07     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Подскажите, а есть ли какие-либо особые условия, при которых нужно готовить раствор протеиназы К?
Guest
IP-штамп: frhE1hdTYJ7xw
гость



 прочитанное сообщение 07.02.2007 16:40     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

Коллеги и просто сотоварищи! Очень нужна метода выделения человеческой, извините за выражение smile.gif, ДНК из цельной крови, по чистоте, количеству и высокомолекулярности ДНК сравнимая с фенол-хлороформом. Типа разнообразных колонок и прочих буржуйских китов. Объем крови для выделения 5 ml. Ежели кто юзал и сравнивал, отзовитесь, плиз. Заранее всем спасибо smile.gif
guest: гость
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.02.2007 20:27     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

Коллега и товарищ! Обратитесь в Лаборатория Изоген по поводу набора для выделения геномной ДНК из цельной крови. Называется набор Diatom DNA Prep. Непревзойденное качество выделенной ДНК. Буржуйские киты отдыхают.
Guest
IP-штамп: frhE1hdTYJ7xw
гость



 прочитанное сообщение 08.02.2007 12:00     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

Это спасибо огромное. Только мне надо сразу из 5 мл выделять, а там, насколько я понимаю, максимум 200 мкл. Аликвотить довольно неохота, ибо образец будет не один, а сильно больше.
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 08.02.2007 12:58     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

Для чего Вам такая прорва ДНК? Саузерны? Банк? За полчаса без центрифуги можно выделить ДНК из 1 мл цельной красной крови на магнитном сорбенте. Набор "Magnetic DNA Prep 1". Его же можно приспособить для выделения из большего объема, 2-10 мл.
Guest
IP-штамп: frhE1hdTYJ7xw
гость



 прочитанное сообщение 08.02.2007 13:37     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

Ну типа. wink.gif Спасибо, посмотрю.
Гость
IP-штамп: fra6xdMWXgbHc
гость



 прочитанное сообщение 19.02.2007 11:57     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

ИМХО наиболее дружественный протокол выделения ДНК у наборов Promega. ДНК получается чистая, процесс занимает всего час для крови и 4-5 часов для биоптатов.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 21.02.2007 13:49     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

(Guest @ 08.02.2007 11:00)
Ссылка на исходное сообщение  Это спасибо огромное. Только мне надо сразу из 5 мл выделять, а там, насколько я понимаю, максимум 200 мкл. Аликвотить довольно неохота, ибо образец будет не один, а сильно больше.

confused.gif confused.gif я понимаю РНК на микроарреи - но зачем СТОКО ДНК ?
confused.gif confused.gif
Гость
IP-штамп: frQJx3mR5SbdU
гость



 прочитанное сообщение 15.03.2007 19:00     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

Это спасибо огромное. Только мне надо сразу из 5 мл выделять, а там, насколько я понимаю, максимум 200 мкл. Аликвотить довольно неохота, ибо образец будет не один, а сильно больше.

Киты QIAGEN Max - это то, что тебе нада
Гость
IP-штамп: frG1gE1TohpHQ
гость



 прочитанное сообщение 12.05.2007 16:25     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

привет всем,

есть здесь кто-нибудь, знающий выделения ДНК из костей? сколько вы используйте костный порошок и как осаждайте ДНК? мне никак не получается осаждение ни с этанолом, ни изопропанолом?

спасибо заранее
Тамара
Ъ
IP-штамп: frWBxqPTDNeUI
гость



 прочитанное сообщение 13.05.2007 22:55     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

(Гость @ 12.05.2007 16:25)
Ссылка на исходное сообщение  привет всем,

есть здесь кто-нибудь, знающий выделения ДНК из костей? сколько вы используйте костный порошок и как осаждайте ДНК? мне никак не получается осаждение ни с этанолом, ни изопропанолом?

спасибо заранее
Тамара

Вы уверены, что дело доходит до осаждения, может быть у Вас ДНК ваще не выходит из костной ткани?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 14.05.2007 08:01     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

(Гость @ 12.05.2007 16:25)
Ссылка на исходное сообщение  привет всем,

есть здесь кто-нибудь, знающий выделения ДНК из костей? сколько вы используйте костный порошок и как осаждайте ДНК? мне никак не получается осаждение ни с этанолом, ни изопропанолом?

спасибо заранее
Тамара

1: Proc Natl Acad Sci U S A. 2000 Nov 7;97(23):12800-3.Click here to read Click here to read Links
Molecular identification by "suicide PCR" of Yersinia pestis as the agent of medieval black death.

* Raoult D,
* Aboudharam G,
* Crubezy E,
* Larrouy G,
* Ludes B,
* Drancourt M.

Centre National de la Recherche Scientifique Unite Propre de Recherche de l'Enseignement Superieur (UPRES)-A 6020, Faculte de Medecine, Universite de la Mediterranee, 13385 Marseille, France. Didier.Raoult@medicine.univmrs.fr

Medieval Black Death is believed to have killed up to one-third of the Western European population during the 14th century. It was identified as plague at this time, but recently the causative organism was debated because no definitive evidence has been obtained to confirm the role of Yersinia pestis as the agent of plague. We obtained the teeth of a child and two adults from a 14th century grave in France, disrupted them to obtain the pulp, and applied the new "suicide PCR" protocol in which the primers are used only once. There were no positive controls: Neither Yersinia nor Yersinia DNA were introduced in the laboratory. A negative result is followed by a new test using other primers; a positive result is followed by sequencing. The second and third primer pair used, coding for a part of the pla gene, generated amplicons whose sequence confirmed that it was Y. pestis in 1 tooth from the child and 19/19 teeth from the adults. Negative controls were negative. Attempts to detect the putative alternative etiologic agents Bacillus anthracis and Rickettsia prowazekii failed. Suicide PCR avoids any risk of contamination as it uses a single-shot primer-its specificity is absolute. We believe that we can end the controversy: Medieval Black Death was plague.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 14.05.2007 08:02     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

(Гость @ 12.05.2007 16:25)
Ссылка на исходное сообщение  привет всем,

есть здесь кто-нибудь, знающий выделения ДНК из костей? сколько вы используйте костный порошок и как осаждайте ДНК? мне никак не получается осаждение ни с этанолом, ни изопропанолом?

спасибо заранее
Тамара

http://www.pnas.org/cgi/content/full/97/23/12800
Guest
IP-штамп: frG1gE1TohpHQ
гость



 прочитанное сообщение 15.05.2007 21:57     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

(Ъ @ 13.05.2007 22:55)
Ссылка на исходное сообщение  Вы уверены, что дело доходит до осаждения, может быть у Вас ДНК ваще не выходит из костной ткани?


как-не выходит? После 3-дневной декальцинации а потом 18-часового лизиса и центрифугирования остаётса крохотное количество порошка...Добавляю 2мл лизис-буфера и получаю 3,7мл лизата..
Ъ
IP-штамп: frWBxqPTDNeUI
гость



 прочитанное сообщение 15.05.2007 22:47     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

(Guest @ 15.05.2007 21:57)
Ссылка на исходное сообщение  как-не выходит? После 3-дневной декальцинации а потом 18-часового лизиса и центрифугирования остаётса крохотное количество порошка...Добавляю 2мл  лизис-буфера и получаю 3,7мл лизата..

Декальниция должна быть с ЭГТА, а не с ЭДТА. А лизис-буфер для чего, с чем? Подробнее, пожалуйста. Используете ли Протеиназу К?
Я делаю декальцинацию с Тритоном Х100, 1%, на ночь, затем супернатант использую для сорбции ДНК на силике в присутствии с GTC. Вся ДНК, если она есть в зубной пульпе , Ваша smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 16.05.2007 07:04     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

(Ъ @ 15.05.2007 22:47)
Ссылка на исходное сообщение  Декальниция должна быть с ЭГТА, а не с ЭДТА. А лизис-буфер для чего, с чем? Подробнее, пожалуйста. Используете ли Протеиназу К?
Я делаю декальцинацию с Тритоном Х100, 1%, на ночь, затем супернатант использую для сорбции ДНК на силике в присутствии с ГТЦ. Вся ДНК, если она есть в зубной пульпе , Ваша smile.gif

Дк в статъе про чуму написано - СНАЧАЛА ЗУБья пескоструем в гараже
обработать smile.gif а уж потом ДНК выделять - ато СТО ПУДОВ сам-себя отпцришь
lol.gif lol.gif lol.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 16.05.2007 07:18     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

(Guest @ 15.05.2007 21:57)
Ссылка на исходное сообщение  как-не выходит? После 3-дневной декальцинации а потом 18-часового лизиса и центрифугирования остаётса крохотное количество порошка...Добавляю 2мл  лизис-буфера и получаю 3,7мл лизата..

Возмите "внутрьАлу " праймеры (если человекообезяна с зубами)
и в ПЦР с сигмовской Ресторазой или "ЛонгПЦР" микс от Ферментас -
ну и сразу усе увидете smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 16.05.2007 07:19     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

(Guest @ 16.05.2007 07:18)
Ссылка на исходное сообщение  Возмите  "внутрьАлу " праймеры (если человекообезяна с зубами)
и в ПЦР с сигмовской Ресторазой или "ЛонгПЦР" микс от Ферментас -
ну и сразу усе увидете smile.gif

Restorase™ DNA Polymerase
PCR


Sigma's Restorase DNA Polymerase (R1028) is a specialty enzyme designed to facilitate repair and provide reliable amplification of damaged DNA. Extensive manipulation of DNA that results from archived samples, aged museum specimens, or samples from phenol/chloroform extraction, causes damage that interferes with accurate amplification during PCR. Restorase was developed for researchers unable to achieve amplification of damaged DNA templates when using other commercially available DNA polymerases. The ability to restore damaged or degraded DNA enables researchers to work with damaged templates that would otherwise be abandoned.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 16.05.2007 07:30     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

(Ъ @ 15.05.2007 22:47)
Ссылка на исходное сообщение  Декальниция должна быть с ЭГТА, а не с ЭДТА. А лизис-буфер для чего, с чем? Подробнее, пожалуйста. Используете ли Протеиназу К?
Я делаю декальцинацию с Тритоном Х100, 1%, на ночь, затем супернатант использую для сорбции ДНК на силике в присутствии с ГТЦ. Вся ДНК, если она есть в зубной пульпе , Ваша smile.gif

Нужно сразу ПЦРитъ как тока откопал черепушку - а не по музеям бегать smile.gif
1: Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Jan 16;104(3):739-44. Epub 2007 Jan 8.Click here to read Links
Freshly excavated fossil bones are best for amplification of ancient DNA.

* Pruvost M,
* Schwarz R,
* Correia VB,
* Champlot S,
* Braguier S,
* Morel N,
* Fernandez-Jalvo Y,
* Grange T,
* Geigl EM.

Institut Jacques Monod, Tour 43, 2 Place Jussieu, 75005 Paris, France.

Despite the enormous potential of analyses of ancient DNA for phylogeographic studies of past populations, the impact these analyses, most of which are performed with fossil samples from natural history museum collections, has been limited to some extent by the inefficient recovery of ancient genetic material. Here we show that the standard storage conditions and/or treatments of fossil bones in these collections can be detrimental to DNA survival. Using a quantitative paleogenetic analysis of 247 herbivore fossil bones up to 50,000 years old and originating from 60 different archeological and paleontological contexts, we demonstrate that freshly excavated and nontreated unwashed bones contain six times more DNA and yield twice as many authentic DNA sequences as bones treated with standard procedures. This effect was even more pronounced with bones from one Neolithic site, where only freshly excavated bones yielded results. Finally, we compared the DNA content in the fossil bones of one animal, a approximately 3,200-year-old aurochs, excavated in two separate seasons 57 years apart. Whereas the washed museum-stored fossil bones did not permit any DNA amplification, all recently excavated bones yielded authentic aurochs sequences. We established that during the 57 years when the aurochs bones were stored in a collection, at least as much amplifiable DNA was lost as during the previous 3,200 years of burial. This result calls for a revision of the postexcavation treatment of fossil bones to better preserve the genetic heritage of past life forms.

PMID: 17210911 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 16.05.2007 07:35     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование

(Guest @ 16.05.2007 07:04)
Ссылка на исходное сообщение  Дк в статъе про чуму написано - СНАЧАЛА ЗУБья пескоструем в гараже
обработать smile.gif а уж потом ДНК выделять - ато СТО ПУДОВ сам-себя отпцришь
lol.gif  lol.gif  lol.gif

1: Mol Biol Evol. 2006 Sep;23(9):1801-7. Epub 2006 Jun 29.Click here to read Links
Tracking down human contamination in ancient human teeth.

* Sampietro ML,
* Gilbert MT,
* Lao O,
* Caramelli D,
* Lari M,
* Bertranpetit J,
* Lalueza-Fox C.

Unitat de Biologia Evolutiva, Departament de Ciencies Experimentals i de la Salut, Universitat Pompeu Fabra, Barcelona, Spain.

DNA contamination arising from the manipulation of ancient calcified tissue samples is a poorly understood, yet fundamental, problem that affects the reliability of ancient DNA (aDNA) studies. We have typed the mitochondrial DNA hypervariable region I of the only 6 people involved in the excavation, washing, and subsequent anthropological and genetic study of 23 Neolithic remains excavated from Granollers (Barcelona, Spain) and searched for their presence among the 572 clones generated during the aDNA analyses of teeth from these samples. Of the cloned sequences, 17.13% could be unambiguously identified as contaminants, with those derived from the people involved in the retrieval and washing of the remains present in higher frequencies than those of the anthropologist and genetic researchers. This finding confirms, for the first time, previous hypotheses that teeth samples are most susceptible to contamination at their initial excavation. More worrying, the cloned contaminant sequences exhibit substitutions that can be attributed to DNA damage after the contamination event, and we demonstrate that the level of such damage increases with time: contaminants that are >10 years old have approximately 5 times more damage than those that are recent. Furthermore, we demonstrate that in this data set, the damage rate of the old contaminant sequences is indistinguishable from that of the endogenous DNA sequences. As such, the commonly used argument that miscoding lesions observed among cloned aDNA sequences can be used to support data authenticity is misleading in scenarios where the presence of old contaminant sequences is possible. We argue therefore that the typing of those involved in the manipulation of the ancient human specimens is critical in order to ensure that generated results are accurate.

PMID: 16809622 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 16.05.2007 07:43     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #38 множественное цитирование

(Guest @ 16.05.2007 07:04)
Ссылка на исходное сообщение  Дк в статъе про чуму написано - СНАЧАЛА ЗУБья пескоструем в гараже
обработать smile.gif а уж потом ДНК выделять - ато СТО ПУДОВ сам-себя отпцришь
lol.gif  lol.gif  lol.gif

1: Mol Biol Evol. 2005 Oct;22(10):2040-7. Epub 2005 Jun 15.Click here to read Links
Extensive human DNA contamination in extracts from ancient dog bones and teeth.

* Malmstrom H,
* Stora J,
* Dalen L,
* Holmlund G,
* Gotherstrom A.

Department of Evolutionary Biology, Evolutionary Biology Centre, Uppsala University, Uppsala, Sweden. helena.malmstrom@ebc.uu.se

Ancient DNA (aDNA) sequences, especially those of human origin, are notoriously difficult to analyze due to molecular damage and exogenous DNA contamination. Relatively few systematic studies have focused on this problem. Here we investigate the extent and origin of human DNA contamination in the most frequently used sources for aDNA studies, that is, bones and teeth from museum collections. To distinguish contaminant DNA from authentic DNA we extracted DNA from dog (Canis familiaris) specimens. We monitored the presence of a 148-bp human-specific and a 152-bp dog-specific mitochondrial DNA (mtDNA) fragment in DNA extracts as well as in negative controls. The total number of human and dog template molecules were quantified using real-time polymerase chain reaction (PCR), and the sequences were characterized by amplicon cloning and sequencing. Although standard precautions to avoid contamination were taken, we found that all samples from the 29 dog specimens contained human DNA, often at levels exceeding the amount of authentic ancient dog DNA. The level of contaminating human DNA was also significantly higher in the dog extracts than in the negative controls, and an experimental setup indicated that this was not caused by the carrier effect. This suggests that the contaminating human DNA mainly originated from the dog bones rather than from laboratory procedures. When cloned, fragments within a contaminated PCR product generally displayed several different sequences, although one haplotype was often found in majority. This leads us to believe that recognized criteria for authenticating aDNA cannot separate contamination from ancient human DNA the way they are presently used.
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 16.05.2007 12:45     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #39 множественное цитирование

(Guest @ 16.05.2007 07:04)
Ссылка на исходное сообщение  Дк в статъе про чуму написано - СНАЧАЛА ЗУБья пескоструем в гараже
обработать smile.gif а уж потом ДНК выделять - ато СТО ПУДОВ сам-себя отпцришь
lol.gif  lol.gif  lol.gif

Все ссылки идут на этого чухонца Паабо, который заливал костяной порошок высокомолярным GTC. no.gif no.gif no.gif В таких условиях даже экзогенная ДНК (я добавлял ДНК лямбды-моделировал) пропадала по ходу выделения, т е прилипала к кости и навечно там оставалась. frown.gif А ПЦР на древней ДНК - это отдельная тема smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 16.05.2007 12:50     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #40 множественное цитирование

(Ъ @ 16.05.2007 12:45)
Ссылка на исходное сообщение  Все ссылки идут на этого чухонца Паабо, который заливал костяной порошок высокомолярным ГТЦ. no.gif  no.gif  no.gif  В таких условиях даже экзогенная ДНК (я добавлял ДНК лямбды-моделировал) пропадала по ходу выделения, т е прилипала к кости и навечно там оставалась. frown.gif  А ПЦР на древней ДНК - это отдельная тема smile.gif

да фиг с ним Пабо smile.gif Попробывал бы он ПЦРитъ после ОБЛУЧЕНИЯ
ДНК УФ импулъсным лазером (266 нм) мощностъю в три Хиросимы smile.gif
такой "ДНК " на земле нет smile.gif даже в виде нуклеотидов smile.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 16.05.2007 13:40     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #41 множественное цитирование

(Guest @ 16.05.2007 12:50)
Ссылка на исходное сообщение  да фиг с ним Пабо smile.gif Попробывал бы он ПЦРитъ после ОБЛУЧЕНИЯ
ДНК  УФ импулъсным лазером (266 нм) мощностъю в три Хиросимы smile.gif
такой "ДНК " на земле нет smile.gif даже в виде нуклеотидов smile.gif

Ресторазу ему, Ресторазу под хвост, как миленький пойдет lol.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 18.05.2007 15:30     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #42 множественное цитирование

(Ъ @ 16.05.2007 13:40)
Ссылка на исходное сообщение  Ресторазу ему, Ресторазу под хвост, как миленький пойдет lol.gif

Зря ухмыляешся smile.gif Тока что приперли из Индонезии фиксированную -перефиксированную гистологию и нужно было 550 бп хитрой
бактерюхи отпцрить - так тока "Лонгмикс" от Ферментаса вытянул smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 18.05.2007 15:48     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #43 множественное цитирование

(Ъ @ 16.05.2007 13:40)
Ссылка на исходное сообщение  Ресторазу ему, Ресторазу под хвост, как миленький пойдет lol.gif

http://www.jhc.org/cgi/reprint/50/8/1005
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 18.05.2007 18:43     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #44 множественное цитирование

(Guest @ 18.05.2007 15:30)
Ссылка на исходное сообщение  Зря ухмыляешся smile.gif Тока что приперли из Индонезии фиксированную -перефиксированную гистологию и нужно было 550 бп хитрой
бактерюхи отпцрить - так тока "Лонгмикс" от Ферментаса вытянул smile.gif

Ну и купи себе медаль lol.gif Ты сначала отсеквенируй ампликон, а потом хвастайся. А почему не Ресторазой любимой? confused.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 18.05.2007 19:35     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #45 множественное цитирование

(Guest @ 18.05.2007 15:48)

Я сколько раз говорил тебе, что рН и высокая температура спасет мир yes.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 19.05.2007 09:49     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #46 множественное цитирование

(Ъ @ 18.05.2007 18:43)
Ссылка на исходное сообщение  Ну и купи себе медаль lol.gif  Ты сначала отсеквенируй ампликон, а потом хвастайся. А почему не Ресторазой любимой? confused.gif

confused.gif confused.gif не ресторазой - потому что хреновей ферментоса у меня
получатся weep.gif а клонировать и сиквенировать - само собой smile.gif
потому как праймеры - panVIBRIO lol.gif lol.gif lol.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 19.05.2007 11:06     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #47 множественное цитирование

(Ъ @ 18.05.2007 18:43)
Ссылка на исходное сообщение  Ну и купи себе медаль lol.gif  Ты сначала отсеквенируй ампликон, а потом хвастайся. А почему не Ресторазой любимой? confused.gif

http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...ubmedid=9770538
Ъ
IP-штамп: frWBxqPTDNeUI
гость



 прочитанное сообщение 19.05.2007 12:18     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #48 множественное цитирование

(Guest @ 19.05.2007 11:06)

Привет smile.gif . Здесь про твой любимый ТВ тоже в древных пробах.
http://www.454.com/downloads/news-events/g...mancientdna.pdf
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 19.05.2007 18:49     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #49 множественное цитирование

(Ъ @ 19.05.2007 12:18)
Ссылка на исходное сообщение  Привет smile.gif . Здесь про твой любимый ТВ тоже в древных пробах.
хттп://щщщ.454.цом/дощнлоадс/нещс-евентс/г...манциентдна.пдф

ты меня этим ФИННСКИМ придурком уже досталfrown.gif у меня жена финнка и лютеранка
30 лет уже как веду православно-лютеранскую бойню frown.gif но победы не видно frown.gif
Ъ
IP-штамп: frWBxqPTDNeUI
гость



 прочитанное сообщение 19.05.2007 19:39     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #50 множественное цитирование

(Guest @ 19.05.2007 18:49)
Ссылка на исходное сообщение  ты меня этим ФИННСКИМ придурком уже досталfrown.gif у меня жена финнка и лютеранка
30 лет уже как веду православно-лютеранскую бойню frown.gif но победы не видно frown.gif

Сочувствую frown.gif . А о себе я лучше промолчу weep.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 22.10.17 03:55
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft