 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* КрисперКасп вопрос -- право тупой вопрос, но непонятно мне --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
   |
 AsterixПостоянный участник  |
 20.02.2020 15:17
право тупой вопрос, но непонятно мне Есть тут у нас специалист по Крисперу с каспом? Мне тут надо проект с ним начинать, Интернет читал-читал ... только голову себе замутил. У меня конкретные вопросы есть. Для конструкции версии вектора адаптированного к нашим задачам. У нас тут еще и особенности есть некоторые ... не всем может понятные , так что не спрашивайте зачем оно мне и не давайте ссылки на учебники. Лучше на статьи ссылки. Так вот .. меня интересует вот этот участочек между первыми 20 нуклеотидами которые таргетируют разрыв рядом с [NGG] сайтом на целевой ДНК и остальной частью [sgRNA] .. Могу я там что-то поменять? Ну скажем вставить сайт [EcoRV] .. И если могу, то что лучше , добавить эти 6 нуклеотидов на стык или заменить те что там есть не меняя при этом общую длину. Вот мне уже сказали из собственного опыта люди что лишняя некомплементарная [G] в самом начале [sgRNA] вполне допустима , все работает и с ней. А она нужна для старта транскрипции этой РНК полимеразой 3, с промотора [pAtU6-26], совершенно инвариантное начало. Вот даже самом у странно , вроде такой элементраный вопрос а не могу нагуглить ответ на его. максимум что нашел так это вот что мисматчи ближе к [NGG] вроде как слабо влияют на процесс.. Но что будет если я добавлю просто несколько нуклеотидов между спэйсером и скаффолдом или заменю их в конце скаффолда все равно непонятно. Насколько этот Кас критичен к точности РНК своей в области между 20-концом и инвариантной частью? Может ему вообще неважно , поэтому никто и не заморачивается. Cas9 will only cleave a given locus if the gRNA spacer sequence shares sufficient homology with the target DNA. Once the Cas9-gRNA complex binds a putative DNA target, the seed sequence (8-10 bases at the 3′ end of the gRNA targeting sequence) will begin to anneal to the target DNA. If the seed and target DNA sequences match, the gRNA will continue to anneal to the target DNA in a 3′ to 5′ direction. Thus, mismatches between the target sequence in the 3′ seed sequence completely abolish target cleavage, whereas mismatches toward the 5′ end distal to the PAM often still permit target cleavage. |
|
Asterix Постоянный участник |
 20.02.2020 16:36
EcoRV 5'-GAT|ATC-3' |
|
Asterix Постоянный участник |
20.02.2020 19:28
Просветите меня люди понимающие в теме... Я уже старенький стал , мне сложно вот так на ходу во всем разбираться. Мне конкретный ответ нужен. Ну или хотя бы некое логичное умозаключение из вышеприведенного исследования. |
|
Asterix Постоянный участник |
20.02.2020 19:36
Ну а что если всю шпильку поменять ? сделать скажем [gatatc] вместо [gtttta] и в соответствующем месте там чуть далее поставить тоже [gatata] например Что там эта шпилька обязана быть именно [TTTTA/taaaa] ? Иначе [Cas9] ее и не признает своей? |
|
H3K27me2 Участник |
20.02.2020 22:58
|
|
H3K27me2 Участник |
20.02.2020 23:06
|
|
Asterix Постоянный участник |
21.02.2020 01:43
Мне вот интересно поиграть с этим... свою систему сделать которая учитывает некоторые весьма специфические требования , навряд ли оно кому еще понадобится впрочем. Мно мне вот инттересно ... и Вопрос реально прикольный ... не могу найти ответ и все тут. Вот если бы я спрашивал про самый конец этой РНК.. тут все сделано и известно в лучшем виде, и шпилкьку эти мутировали и показали что она критична , а вот этот участок между шпилькой и 20 концевых нуклеотидов совершенно темный лес. На каких-то картинках видел там еще 4 нуклеотида было... но сомнение берет , может художник просто так нарисовал, для красивости. |
|
Asterix Постоянный участник |
21.02.2020 02:23
|
|
Asterix Постоянный участник |
21.02.2020 03:48
A supplemental video from the 2017 review by Fuguo Jiang and Jennifer A. Doudna, "CRISPR–Cas9 Structures and Mechanisms," from the Annual Review of Biophysics: annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-biophys-062215-010822?utm_source=vimeo&utm_medium=bb.doudna&utm_campaign=suppvideo |
|
ritcha Постоянный участник |
21.02.2020 11:27
|
|
спин Участник |
21.02.2020 12:28
|
|
cellcounter Участник |
21.02.2020 12:31
(Asterix @ 21.02.2020 02:43)  да чего мне закзазывать? я сам себе хороший сервис ... Сделать как в инструкции воообще не проблема ... Там думать не надо. Все проще уж некуда. Мне вот интересно поиграть с этим... свою систему сделать которая учитывает некоторые весьма специфические требования , навряд ли оно кому еще понадобится впрочем. Мно мне вот инттересно ... и Вопрос реально прикольный ... не могу найти ответ и все тут. Вот если бы я спрашивал про самый конец этой РНК.. тут все сделано и известно в лучшем виде, и шпилкьку эти мутировали и показали что она критична , а вот этот участок между шпилькой и 20 концевых нуклеотидов совершенно темный лес. На каких-то картинках видел там еще 4 нуклеотида было... но сомнение берет , может художник просто так нарисовал, для красивости. "да чего мне закзазывать? я сам себе хороший сервис ... Сделать как в инструкции воообще не проблема ... "© нюню |
|
cellcounter Участник |
21.02.2020 12:40
(Asterix @ 21.02.2020 02:43) да чего мне закзазывать? я сам себе хороший сервис ... Сделать как в инструкции воообще не проблема ... Там думать не надо. Все проще уж некуда. Мне вот интересно поиграть с этим... свою систему сделать которая учитывает некоторые весьма специфические требования , навряд ли оно кому еще понадобится впрочем. Мно мне вот инттересно ... и Вопрос реально прикольный ... не могу найти ответ и все тут. Вот если бы я спрашивал про самый конец этой РНК.. тут все сделано и известно в лучшем виде, и шпилкьку эти мутировали и показали что она критична , а вот этот участок между шпилькой и 20 концевых нуклеотидов совершенно темный лес. На каких-то картинках видел там еще 4 нуклеотида было... но сомнение берет , может художник просто так нарисовал, для красивости. через год расскажешь чем все закрнчилось 
|
|
Asterix Постоянный участник |
21.02.2020 13:50
У нас кстати задачи очень специфические , мы с декоративными растениями работаем... и то что сельскохозяйственникам в Криспер-Каспе не нравится .. ( я так понял о чем вы намекаете) .. то нам именно это самое и интересное ... Соматическая химеризация которая не передается по наследству. Это золотое дно. |
|
cellcounter Участник |
21.02.2020 14:19
(Asterix @ 21.02.2020 14:50) Расскажу-расскажу.У нас кстати задачи очень специфические , мы с декоративными растениями работаем... и то что сельскохозяйственникам в Криспер-Каспе не нравится .. ( я так понял о чем вы намекаете) .. то нам именно это самое и интересное ... Соматическая химеризация которая не передается по наследству. Это золотое дно. понял пестики тычинки |
|
cellcounter Участник |
21.02.2020 14:49
(Asterix @ 21.02.2020 14:50) Расскажу-расскажу.У нас кстати задачи очень специфические , мы с декоративными растениями работаем... и то что сельскохозяйственникам в Криспер-Каспе не нравится .. ( я так понял о чем вы намекаете) .. то нам именно это самое и интересное ... Соматическая химеризация которая не передается по наследству. Это золотое дно. извини Геном Человека 
|
|
cellcounter Участник |
21.02.2020 22:35
(Asterix @ 21.02.2020 14:50) Расскажу-расскажу.У нас кстати задачи очень специфические , мы с декоративными растениями работаем... и то что сельскохозяйственникам в Криспер-Каспе не нравится .. ( я так понял о чем вы намекаете) .. то нам именно это самое и интересное ... Соматическая химеризация которая не передается по наследству. Это золотое дно. астер ИКС не епи людям моски закажи камунить из проффи |
|
cellcounter Участник |
21.02.2020 22:44
(Asterix @ 21.02.2020 02:43) да чего мне закзазывать? я сам себе хороший сервис ... Сделать как в инструкции воообще не проблема ... Там думать не надо. Все проще уж некуда. Мне вот интересно поиграть с этим... свою систему сделать которая учитывает некоторые весьма специфические требования , навряд ли оно кому еще понадобится впрочем. Мно мне вот инттересно ... и Вопрос реально прикольный ... не могу найти ответ и все тут. Вот если бы я спрашивал про самый конец этой РНК.. тут все сделано и известно в лучшем виде, и шпилкьку эти мутировали и показали что она критична , а вот этот участок между шпилькой и 20 концевых нуклеотидов совершенно темный лес. На каких-то картинках видел там еще 4 нуклеотида было... но сомнение берет , может художник просто так нарисовал, для красивости. |
|
cellcounter Участник |
21.02.2020 22:59
(Asterix @ 21.02.2020 02:43) да чего мне закзазывать? я сам себе хороший сервис ... Сделать как в инструкции воообще не проблема ... Там думать не надо. Все проще уж некуда. Мне вот интересно поиграть с этим... свою систему сделать которая учитывает некоторые весьма специфические требования , навряд ли оно кому еще понадобится впрочем. Мно мне вот инттересно ... и Вопрос реально прикольный ... не могу найти ответ и все тут. Вот если бы я спрашивал про самый конец этой РНК.. тут все сделано и известно в лучшем виде, и шпилкьку эти мутировали и показали что она критична , а вот этот участок между шпилькой и 20 концевых нуклеотидов совершенно темный лес. На каких-то картинках видел там еще 4 нуклеотида было... но сомнение берет , может художник просто так нарисовал, для красивости. ваамщето на МКБ задолбали медики и флористы |
|
watchesbiz Постоянный участник |
30.10.2021 08:53
? |
|
watchesonline89 Постоянный участник |
25.12.2022 10:14
|
| « Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.