Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* обезсаливание- концентрация белка для МS
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Lynn
IP-штамп: freZv1Ope59KQ
гость



 прочитанное сообщение 05.08.2010 16:20     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Стандартная задача:
выделение белка из полиакриламидного геля - концентрация - MS.
Какими методами Вы пользуетесь для экстракции белка из геля? Пробовал ли кто-нибудь экстракцию 100 mM NaOH? Есть ли альтернатива ZipTip колонкам, так как у них объём уж больно игрушечный, хотелось бы побольше. Используете ли Вы нечто подобное?
Участник оффлайн! rikitiki
Участник



 прочитанное сообщение 05.08.2010 16:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

целиковый белок?
Lynn
IP-штамп: freZv1Ope59KQ
гость



 прочитанное сообщение 05.08.2010 16:58     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

В каком смысле? Это фрагмент белка. Если выделяется из E.coli, то ведет себя хорошо - стабильный. Если из клеток насекомых - туши свет. Деградирует, модифицируется, фосфорилируется.
Участник оффлайн! rikitiki
Участник



 прочитанное сообщение 05.08.2010 17:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

вам нужно выделить целиковый белок из геля, или порезать трипсином и отправить пептиды на МС для идентификации и пр.?
Guest
IP-штамп: freZv1Ope59KQ
гость



 прочитанное сообщение 05.08.2010 17:12     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Tак он и без нашей помощи режется wink.gif. Нет, нужно именно целиковый белок посмотреть. Пока, может потом и до трипсинолиза дойдет. Но пока тупо выделить то, что не рассыпалось из гела и "взвесить".
guest: ммм
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость



 прочитанное сообщение 05.08.2010 17:13     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

--Какими методами Вы пользуетесь для экстракции белка из геля?
электроэлюция, кипячение в SDS.
Участник оффлайн! Tom1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.08.2010 17:21     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(guest: ммм @ 05.08.2010 07:13)
Ссылка на исходное сообщение  --Какими методами Вы пользуетесь для экстракции белка из геля?
электроэлюция, кипячение в СДС.

1.Как всегда "уммник" в первых рядах ))) в обеих случаях потери приличные не смертельные конечно, но приличные.
2. Если из колей выделяется нормально и если есть "хвост" ( таг) то не понятно зачем огород городить с выделенияи из геля?????
Участник оффлайн! Tom1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.08.2010 17:43     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

пы.сы. Если в посекомых такая ботва может стоит млековов попробовать типа [CHO]
выход целевого белка может быть сопоставим с помекомыми...
Guest
IP-штамп: freZv1Ope59KQ
гость



 прочитанное сообщение 05.08.2010 17:46     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Первым делом хотелось бы доказать, что правомерно заменить белок, экспрессированный в эукариотах на бактериальный. А этого мы пока сделать не можем.
Таг есть (Histag), но похоже кусают белочек с хвоста, так как основные куски так и продолжают цепляться на никелевую колонку. И когда целиковый белок составляет меньше 10 % от мусора, который тоже с тагом, других вариантов измерить массу белка я не вижу.
У нас как-то получилось так, что о выделении из геля все знают, но никто сам не ручками это не делал. Я собиралась попробовать экстракцию 100мМ NaOH.
Участник оффлайн! Tom1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.08.2010 18:19     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

1. а белок то какого происхождения????
2. что теоретического расчета массы белка по сиквенсу ДНК мало на первое время???
3. как написано выше млеки....
Lynn
IP-штамп: freZv1Ope59KQ
гость



 прочитанное сообщение 05.08.2010 18:39     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

1. Человеческий.
2. Теоретический рассчитанный из бактерий стабильный, а из насекомых - распадается. При этом белок из насекомых имеет несколько форм, которые разделяются на ион-обменной колонке. Укороченная форма этого белка эллюируется с колонки тремя пиками - моно-фосфорилированный и модифицированный, нефосфорилированный и модифицированный, нефосфорилированный и немодофицированный. Ну фосфорилирование можно по фостаг гелю посмотреть, хотя у белка три сайта и понять, насколько фосфорилирован белок будет невозможно. А с модификациями что делать? Согласно сиквенсу, это всё один и тот же белок. А мешать все формы и потом пытаться кристализовать - смысл? Разделили белок на фракции и слили всё вместе согласно сиквенсу?
3. Что млеки?
Lynn
IP-штамп: freZv1Ope59KQ
гость



 прочитанное сообщение 05.08.2010 18:41     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Sorry,
2. Теоретически рассчитаный
Guest
IP-штамп: freZv1Ope59KQ
гость



 прочитанное сообщение 05.08.2010 18:56     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Задача показать, что мы можем использовать экспрессированный в бактериях белок для структурных исследований. Зачем мы будем вводить новую экспрессионную систему, если белок килограмамми можно чистить из бактерий? Стабильный белок.
Участник оффлайн! Tom1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.08.2010 19:55     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(Guest @ 05.08.2010 08:56)
Ссылка на исходное сообщение  Задача показать, что мы можем использовать экспрессированный в бактериях белок для структурных исследований. Зачем мы будем вводить новую экспрессионную систему, если белок килограмамми можно чистить из бактерий? Стабильный белок.

Для енто и надо проекспрессировать его в той же [Hela] и показать да тот бы вестерном какой размерчик типа: тразиентная трансфекция- ИП - [pump off]- Г/Ф -вестерн.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 23.10.19 14:42
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft