Rambler's Top100
Lo-Fi Version* Virtual  Russian keyboard  Russian  
Molbiol.ru | Project | Protocols | Programs | Literature
Web | Companies | Marketplace | Labor exchange

Today's active topics  [ Log In* | Register* ]  
   



Forum: 
 

Replying to Технологии секвенирования следующего поколения.

Post Icons*  [ w/o icon ]   Important!   Question   Information     Know-how   Joke, funny story     Congratulation, gratitude   Disgusting!   Problem   Pictures, photos
Enter your Name

 [Close all Tags*

*


*



Emoticon: yes Emoticon: no Emoticon: smile Emoticon: entreat Emoticon: laughing out loud Emoticon: wink Emoticon: tease Emoticon: squirm Emoticon: shame Emoticon: can't understand! Emoticon: confused Emoticon: roll up eyes Emoticon: sad Emoticon: weep Emoticon: mad Emoticon: super Emoticon: clever man Emoticon: teapot Emoticon: beer, join Emoticon: Hurrah! Emoticon: got a problem!
Convertion of the selected text into cyrillic characters. Text within square brackets '[]' is not converted

Example: biologija -> биология [b] - bold

Example: [b]bold[/b] [i] - italic

Example: [i]italic[/i] [u] - underlined

Example: [u]underlined[/u] [sup] - superscript

Example: temperature is 37[sup]o[/sup]C [sub] - subscript

Example: H[sub]2[/sub]O - water [QUOTE] - is used to quote posts, the quote is inserted with a small indentation from the text border

Example: [QUOTE]quote[/QUOTE] [code] - formatting preservation
Is used to display the text as it is, without automatic line folding, without interpreting forum codes and smilies; the text is inserted with a small indentation from the text border

Example: 
[code]
programme code
	1 line
	2 line
[/code] [list] - list:
possible options: 1, a, A, i, I
[list] unordered; 
[list=1] numerated; 
[list=A] alphabetically ordered A-Z

Example:
[list=1]
[*] first line;
[*] second line;
[/list] Tag [hr] - horizontal separation line

Example: 
Paragraph 1
[hr]
Paragraph 2 [url] - hyperlink

Examples:
[url]www.ncbi.nlm.nih.gov[/url]
[url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/]NCBI[/url] [email] - link to the e-mail address

Example: [email]masha@mail.ru[/email] Tag [img] - image
[img] - in the line;
[imgL] - align left; 
[imgR] - align right.

Example:
[img]http://molbiol.ru/izo/rl.gif[/img] [ru] - for russian members only

Example:
[ru]only members using russian interface would read this sentence[/ru] [en] - for english-speaking members only

Example:
[en]only members using english interface would read this sentence[/en] [self] - only you yourself and site administartion would see the text

Example:
[self]nobody but you would see this sentence[/self]
[left] - align left

Example: [left]left aligned text[/left] [center] - center

Example: [center]center aligned text[/center] [right] - align right

Example: [right]right aligned text[/right] [just] - align

Example: [just]aligned text[/just]

     post length / max. size in characters:  / 15360


Last 10 Posts [ In reverse order ]
genseq Posted 17.10.2019 11:35
  Доклад "Секвенирование - 2019" на конференции "День ДНК" (25 апреля):
https://1drv.ms/v/s!Aj-K-u-yGV92mj8vFBG...n_vX9P?e=VL4Nw6
вукабука Posted 16.10.2019 20:04
 
(Vadim Sharov @ 15.10.2019 02:37)
Link to the original post  Analytical and Clinical Validation Requirements for Next Generation Sequencing Laboratory-Developed Tests
October 17, 2019
http://www.biohab.ru/index.php?/calendar/e...eveloped-tests/

eek.gif confused.gif eek.gif
Vadim Sharov Posted 15.10.2019 01:37
  Analytical and Clinical Validation Requirements for Next Generation Sequencing Laboratory-Developed Tests
October 17, 2019
http://www.biohab.ru/index.php?/calendar/e...eveloped-tests/
genseq Posted 20.09.2019 09:24
  Недавно начались продажи содержащих нуклеазы наборов реагентов (Flow Cell Wash Kit) для промывки ячеек секвенаторов MinION и PromethION (6 промывок, $99, срок поставки - неделя, срок годности - 3 месяца):
https://store.nanoporetech.com/catalog/prod...r9/category/28/
Дополнительное преимущество нуклеазной промывки - повышение эффективности восстановления забитых пор. Это заметно улучшает общую производительность циклов секвенирования. beer.gif
Ossi Posted 17.09.2019 22:02
 
(genseq @ 18.08.2019 10:02)
Link to the original post  Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):
http://ibmc.msk.ru/?page_id=478


гинсекыч бета тестинг за чии денги eek.gif confused.gif
Bit Posted 13.09.2019 08:12
  https://quantumbiosystems.com/news?lang=en
Quantum Biosystems пробудился после долгой спячки и стал раздавать интервью.
Гугл-перевод:

Общая генетическая информация (геном) является одним из наиболее ценных данных для человечества. Quantum Biosystems (город Осака, Йодогава-ку, президент Тошихико Мотокура) разрабатывает одно-молекулярный секвенатор ДНК (анализатор), который считывает последовательность одной ДНК. Мы можем прочитать состояние химической модификации ДНК (эпигенома), такой как метилирование, и начать предоставлять прототипы в 2021 году. У этого есть потенциал, чтобы преобразовать промышленность, которая обращается с живыми существами, такими как противодействие раку и инфекционным болезням, и развитие сельскохозяйственных продуктов и продуктов животноводства. (Интервью Такаюки Кодера)

«Если прибыль от данных превысит стоимость чтения ДНК, чтение будет бесплатным», - прогнозирует Президент Хонцо. ИТ-гиганты, такие как Google, заинтересованы в исследованиях генома. Огромные объемы данных обрабатываются только с использованием последовательностей ДНК, но данные резко увеличиваются, когда в них вносятся изменения в химическую модификацию. Геном стал незаменимым для отраслей, которые занимаются живыми существами, такими как поиск лекарств и разработка сельскохозяйственной продукции. Когда прибыль от данных превысит стоимость чтения? Инвесторы и ИТ-компании следят.

Секвенсор ДНК находится в центре этого. Quantum Bio считывает последовательность ДНК электрически с помощью тонкого электрода. Я начал бизнес, основываясь на результатах исследований Университета Осаки. Преимущество электрического метода заключается в том, что эпигеном может быть прочитан при низких затратах. В клетках метилирование регулирует функцию ДНК, а ненормальное метилирование приводит к раку. В исследованиях рака необходимо исследовать изменения клеток во временных рядах.

Эпигеном не заканчивается после прочтения. Хонзо говорит: «Предусматривается бизнес, который регулярно читает эпигеномы для проверки здоровья». Сужая функции текущего секвенсора для исследования, уменьшая и уменьшая цену, предсказывается, что «секвенсор будет персонализирован в будущем». Quantum Bio стремится расшифровать полный геном в 10000 иен в час.

現在 В настоящее время отстранение инженеров от конкурентов и развитие в Соединенных Штатах. Технология производства чипов для считывания ДНК работала с крупной полупроводниковой компанией, чтобы снизить нагрузку на ее разработку. Сотни миллионов датчиков встроены в один чип. Предоставление эпигеномных секвенаторов для исследователей в 2009 году и коммерциализация специализированных самолетов в 22 и 23.

Хонзо сказал: «Sequencer монополизирует одну компанию, и стоимость не будет снижаться. ИТ-компании приветствуют рост таких стартапов, как мы», - похоже, партнерство идет хорошо. Quantum Bio снизит стоимость данных, а ИТ-компании максимально увеличат ценность данных. В тот момент, когда значение и стоимость меняются местами, рождается мир, расшифровывающий геном с нулевой иеной. (Почетное звание опущено)

Интервью с президентом Тошихико Хонцо

Президент Тошихико Хонцо

-Как вы начали свой бизнес?
«Это было потому, что я познакомился с исследованиями профессора Гонджи Осаки Окавы и профессора Масатеру Танигучи на выставке. В то время я занимался разработкой био-венчурных инвестиций в качестве директора Организации промышленных инноваций. Доктор Каваи и другие говорили с венчурными капиталистами о том, что они хотят создать венчурное предприятие, но было сказано, что это сложно. В сентябре 2012 года Департамент промышленного и научного сотрудничества Университета Осаки и Танигучи Я взял интервью у учителей и спросил о ситуации. Будучи промышленной организацией, мы не могли бы инвестировать, если бы не были компанией. В обмен я решил создать стартап. Компания была основана примерно через три месяца после интервью ».

Вы изначально хотели быть менеджером?
«Короче говоря, я был вовлечен в исследования в области биоинформатики в качестве ассистента под руководством профессора Шиничи Моришита из Токийского университета. Декларация о геноме человека была объявлена ​​в 2001 году, когда я стал ассистентом. Символично было то, что предприятие было расшифровано, и Селера расшифровывалась с большей скоростью, чем академический мир, используя метод дробовика в качестве оружия. Я начал смотреть на биоисследования с точки зрения. В 2003 году я сменил работу на компанию, занимающуюся ценными бумагами, и начал видеть, что бренды биологических предприятий смешались с аналитиками, отвечающими за фармацевтические компании. Я изучал и испытал бум листинга биотехнологических предприятий ".

«Когда мы брали интервью у компании в качестве аналитика, мы знали, что университетские предприятия не только хороши в технологиях, но и менеджеры влияют на управление. Хорошие менеджеры собирают отличных исследователей и преуспевают в бизнесе. Подходят человеческие ресурсы. Работа аналитиков интересная, но они хотят пойти внутрь компании и хотят это сделать, поэтому они сменили работу на McKinsey и стали консультантом. Мы разработаем стратегии управления и дадим рекомендации в подразделениях примерно на 3 месяца, и будем участвовать в принятии решений, которые будут влиять на судьбу крупных компаний. У меня был MBA в течение 2 лет, и я работал в течение 4 лет. Мне сказали, что я не хотел бы делать что-либо кроме фармацевтических препаратов и здравоохранения. Это было "

«Было интересно организовать команду в качестве менеджера и решить вопросы управления, однако следующая задача менеджера - стать партнером и приступить к работе со стороны. Поскольку я перешел от аналитиков, консультантов и директоров по инвестиционному развитию, я узнал о бизнесе, таком как технологии, бизнес-планирование, создание команды и сбор средств. Мы подумали, что было бы интересно объединить аппаратные технологии, такие как датчики, с программной технологией, такой как анализ данных доктора Морисита, и раздуть план, обсуждая со связанными сторонами с частной точки зрения. Это было решение через месяц ".

- Запустили американскую корпорацию и перенесли функции развития. Исследования в университете Осаки все еще продолжаются?
«На самом деле, в то время понятия не было. Базовые результаты были использованы, но Quantum Bio определила, что трудно применить его на практике только с использованием технологии университета Осаки. Компания поддерживает метод проб и ошибок пользователей, но результаты всегда должны быть одинаковыми, даже если их измерять 100 и 1000 раз. Результаты только одного университета Осаки не могут обеспечить стабильность. Благодаря инвестициям система разработки под названием Quantum Bio была создана с 15 до 16 лет, но концепция единичных молекул и электрических измерений не изменилась ».

«В Соединенных Штатах существует организация поддержки предприятий, которая производит несколько предприятий секвенсоров. Я переехал на этот объект и вывел инженеров. Инженеров, которые занимались разработкой секвенсоров более 20 лет и знакомы с качеством каждой технологии. Заработная плата, опционы на акции и страховка находятся на том же уровне, что и конкуренты, и место для парковки только для изменений. Если мы сможем реализовать секвенсор ДНК с одной молекулой и электрическими измерениями по нашему методу, влияние на общество будет значительным. Мне было интересно, смогу ли я там играть. Я бы учился у этого инженера, и если бы я мог создать сеть, то бы собрались отличные молодые люди. Это предприятие имеет успех и неудачу, но для молодежи это будет возможность для роста ».

«С созданием американской корпорации мы также установили партнерские отношения с крупной полупроводниковой компанией. Мы производим чипы, которые считывают ДНК на заводе. Мы также сотрудничаем с Калифорнийским университетом в Дэвисе и Стэнфорде. Обсудите с другими производителями секвенсоров. Тем не менее, это не универсальный рынок (одна компания для всех приложений), который в настоящее время является лучшим среди Illumina в Соединенных Штатах, но превосходит во всех аспектах скорость чтения, точность и стоимость. Нет, вы можете сражаться, если найдете способ получить максимум от своих уникальных деталей ".

-Какое текущее состояние развития?
«Хотя мы вряд ли можем говорить о взаимоотношениях с NDA, мы завершим создание прототипа через 21 год и пригласим конкретного исследователя из университета. На этом этапе мы сформируем нашу концепцию измерений и изучим подходящие приложения. В ответ на отзывы исследователей компания планирует производить продукты со специфическими функциями в 22 и 23. Наш метод может считывать информацию о химической модификации (эпигеноме) ДНК, такой как метилирование. Не существует секвенатора, способного считывать эпигеном, эпигеном контролирует экспрессию генетической информации, а ненормальное метилирование может привести к раку.

«Крупный полупроводник исследует интеграцию сотен миллионов считывающих датчиков на одном кристалле. Это число не является обязательным для прототипа, но оно должно быть доступно по низкой цене. Это должно быть расшифровано с 10 000 иен.

-В какой отрасли используется эпигеномный секвенатор?
«Это все о том, как обращаться с существами. Для людей это используется для медицинских и уголовных расследований, а также для скота, оно используется для качественных мясных и молочных продуктов, сельскохозяйственных культур и инфекционных заболеваний. Отслеживая генетические изменения вирусов и бактерий, Можно прогнозировать риск по регионам, отслеживая кишечные бактерии, выбирая пищу и т. Д., И колебания эпигенома. Ситуация химической модификации изменяется в зависимости от времени и клеток. Когда вы читаете свой геном, ситуация будет меняться в зависимости от сроков каждой клетки, а не от конца, например, раковая ткань представляет собой смесь различных клеток. Также необходимо исследовать каждую клетку ».

- Это будет астрономическое количество данных.
«Существует также прогноз, что геном увеличится больше всего среди больших данных. По сравнению с видео, сообщениями, данными астрономических наблюдений и т. Д., Ожидается, что он увеличится на порядок. Энергозависимое хранилище хранится на магнитной ленте, потому что это стоит счета за электричество, просто чтобы вставить данные. Epigenome требует огромной информационной инфраструктуры для накопления и анализа. Мы также с нетерпением ожидаем применения генома с ожиданием Амазонки, Амазонки и т. Д. Если ценность, которую можно извлечь из данных, превышает стоимость чтения ДНК, также считается, что геном читается бесплатно, как G-mail. Исследования, направленные на повышение ценности данных, продвигаются в ИТ-компаниях, резко снижая стоимость чтения. Я считаю, что в настоящее время "

Вы должны сломать монополию Иллюмината.
«Венчурные вызовы, подобные нашим, приветствуются для ИТ-компаний. Несмотря на монополию, цена не снижается и не распространяется. Как только эпигеном прочитан, как только он прочитан, это не конец». Предусматривается работа по чтению и проверке работоспособности, для которой требуется персональный секвенсор, так же как компьютер перешел с мэйнфрейма на персональный компьютер, и текущий секвенсор исследований также был уменьшен в размере и уменьшен в размере. «Мы будем толкать цену, и будет персональный секвенсор, который потребует резкого сокращения затрат, и мы считаем, что это наша концепция измерения и инструмент».

- Есть ли выход в слияния и поглощения в Google и т. Д.? Некоторые люди жалуются, что отечественные предприятия-секвенсоры покупаются иностранным капиталом.
«Я на горизонте. Доктор Каваи понимает возможность покупки иностранного капитала во время его основания. Он предназначен не для передачи технологий японским компаниям, а для того, чтобы позволить человечеству использовать эту технологию. Для этого мы выбираем метод с наибольшей вероятностью успеха. Мы просим основные полупроводники разработать измерительные микросхемы и максимально снизить риск и нагрузку ».

-Что вам нужно, чтобы быть активным через границы и компании?
«Просто делай то, что хочешь, с людьми, которых хочешь. Если ты не выйдешь и не отправишь это, ты не сможешь найти талантливых людей. Если у меня есть варианты карьерного роста, я решил быть в восторге, и, поскольку во время плавания моряки были увлекательной профессией, они выбрали этот путь благодаря биотехнологии. Я не знаю, смогу ли я стать Колумбом, но я хочу попасть на корабль, хотя может показаться, что я делал карьеру, но я могу сказать, что только что перешел к чему-то более интересному. Просто сделай это.
genseq Posted 09.09.2019 13:05
  Иллюстрации к докладу "Секвенирование - 2019" (12 сентября на ВДНХ):
https://yadi.sk/d/vXldQbnpRSiVRg
elektrikvasilij Posted 28.08.2019 22:53
 
(elektrikvasilij @ 28.08.2019 23:45)
Link to the original post  куня вот с УФ Лазером облученной гиномомой от Третякова  lol.gif  lol.gif
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29101361

beer.gif  beer.gif  beer.gif  jump.gif  jump.gif

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5670203/
kb1 Posted 27.08.2019 02:03
 
(genseq @ 18.08.2019 10:02)
Link to the original post  Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):
http://ibmc.msk.ru/?page_id=478

Что-то о секвенаторе и секвенировании в пресс релизе ни гу-гу "Основным направлением сотрудничества является разработка методов электрохимической детекции белков "
genseq Posted 21.08.2019 09:29
 
(Asterix @ 18.08.2019 16:16)
Link to the original post  Кстати  Генсек , не подскажешь ли  какие нынче самые модные идеи  в области  сиквенирования  сильно  поврежденной ДНК?  Ну  имеется ввиду  что образцы лежали  50 лет  в шкафу  для бумаг. 


Самому интересно. Наверное, лучше ориентироваться на опыт работы с неандертальским геномом.
Review the complete topic (launches new window)

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Helicon · Dia-m · InterLabService · Beckman Coulter · SkyGen · OPTEC · BIOCAD · Evrogen · Syntol · Bioline · Sartorius · Khimexpert · SibEnzyme · Tecan · Danies · NPP «TRIS» · Bialexa · FizLabPribor · Genotek · ATG Service Gene · Biogen-Analitika
Your forum  ·  editor@zbio.net  ·  Time is now: 13.11.19 07:56
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft