Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Ответ в Технологии секвенирования следующего поколения.

Иконка сообщения*  [ Без иконки ]   Важно!   Вопрос   Информация     Обмен опытом   Шутка, забавная история     Поздравления, благодарности   Возмутительно!   Проблема   Картинки, фотографии
Введите имя

 [вст. закрывающие теги*

*


*



Смайлик: согласен Смайлик: не согласен Смайлик: улыбка Смайлик: пожалуйста, умоляю! Смайлик: помираю со смеху Смайлик: подмигивание Смайлик: подшучивать, дразнить Смайлик: смущение Смайлик: мне стыдно Смайлик: жуть! Смайлик: не понял Смайлик: закатывать глаза Смайлик: недовольство, огорчение Смайлик: рёв в три ручья Смайлик: злость Смайлик: супер Смайлик: умник Смайлик: чайник Смайлик: сходка Смайлик: Ура! Смайлик: не получается!
Перевод выделенного текста из латиницы в кирилицу. Текст в квадратных скобках '[]' не преобразуется

Пример: biologija -> биология [b] - полужирный шрифт

Пример: [b]полужирный[/b] [i] - курсив

Пример: [i]курсив[/i] [u] - подчёркнутый

Пример: [u]подчёркнутый[/u] [sup] - верхний индекс

Пример: температура 37[sup]o[/sup]C [sub] - нижний индекс

Пример: H[sub]2[/sub]O - вода [QUOTE] - применяется для цитирования чужих сообщений, цитата вставляется с небольшим отступом от края текста

Пример: [QUOTE]цитата[/QUOTE] [code] - форматирование как при вводе
Применяется для вывода теста как он есть, с предотвращением форматирования (автопереноса на новую строку), без интерпретации кодов форума и смайликов; вставляется с небольшим отступом от края текста.

Пример: 
[code]
программный код
	1 строка
	2 строка
[/code] [list] - список:
возможны опции: 1, a, A, i, I
[list] неупорядоченный; 
[list=1] нумерованный; 
[list=A] упорядоченный по буквам A-Z

Пример:
[list=1]
[*] первая строка;
[*] вторая строка;
[/list] Тег [hr] - горизонтальная разделительная линия

Пример: 
Абзац 1
[hr]
Абзац 2 [url] - гиперссылка

Примеры:
[url]www.ncbi.nlm.nih.gov[/url]
[url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/]NCBI[/url] [email] - ссылка на адрес электронной почты

Пример: [email]masha@mail.ru[/email] Тег [img] - рисунок
[img] - в строке;
[imgL] - выравнивание по левому краю; 
[imgR] - выравнивание по правому краю.

Пример:
[img]http://molbiol.ru/izo/rl.gif[/img] [ru] - только для русских читателей

Пример:
[ru]это увидят только те, кто использует русский интерфейс[/ru] [en] - только для английских читателей

Пример:
[en]это увидят только те, кто использует английский интерфейс[/en] [self] - текст виден только вам и администрации

Пример:
[self]это увидите только вы сами[/self]
[left] - выравнивание по левому краю

Пример: [left]текст слева[/left] [center] - выравнивание по центру

Пример: [center]текст в центре[/center] [right] - выравнивание по правому краю

Пример: [right]текст справа[/right] [just] - выравнивание по обоим краям

Пример: [just]выровненный текст[/just]

     размер сообщения / макс. размер:  / 15360


Последние 10 сообщений [ в обратном порядке ]
Vadim Sharov Отправлен сегодня, 01:37
  Analytical and Clinical Validation Requirements for Next Generation Sequencing Laboratory-Developed Tests
October 17, 2019
http://www.biohab.ru/index.php?/calendar/e...eveloped-tests/
genseq Отправлен 20.09.2019 09:24
  Недавно начались продажи содержащих нуклеазы наборов реагентов (Flow Cell Wash Kit) для промывки ячеек секвенаторов MinION и PromethION (6 промывок, $99, срок поставки - неделя, срок годности - 3 месяца):
https://store.nanoporetech.com/catalog/prod...r9/category/28/
Дополнительное преимущество нуклеазной промывки - повышение эффективности восстановления забитых пор. Это заметно улучшает общую производительность циклов секвенирования. beer.gif
Ossi Отправлен 17.09.2019 22:02
 
(genseq @ 18.08.2019 10:02)
Ссылка на исходное сообщение  Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):
http://ibmc.msk.ru/?page_id=478


гинсекыч бета тестинг за чии денги eek.gif confused.gif
Bit Отправлен 13.09.2019 08:12
  https://quantumbiosystems.com/news?lang=en
Quantum Biosystems пробудился после долгой спячки и стал раздавать интервью.
Гугл-перевод:

Общая генетическая информация (геном) является одним из наиболее ценных данных для человечества. Quantum Biosystems (город Осака, Йодогава-ку, президент Тошихико Мотокура) разрабатывает одно-молекулярный секвенатор ДНК (анализатор), который считывает последовательность одной ДНК. Мы можем прочитать состояние химической модификации ДНК (эпигенома), такой как метилирование, и начать предоставлять прототипы в 2021 году. У этого есть потенциал, чтобы преобразовать промышленность, которая обращается с живыми существами, такими как противодействие раку и инфекционным болезням, и развитие сельскохозяйственных продуктов и продуктов животноводства. (Интервью Такаюки Кодера)

«Если прибыль от данных превысит стоимость чтения ДНК, чтение будет бесплатным», - прогнозирует Президент Хонцо. ИТ-гиганты, такие как Google, заинтересованы в исследованиях генома. Огромные объемы данных обрабатываются только с использованием последовательностей ДНК, но данные резко увеличиваются, когда в них вносятся изменения в химическую модификацию. Геном стал незаменимым для отраслей, которые занимаются живыми существами, такими как поиск лекарств и разработка сельскохозяйственной продукции. Когда прибыль от данных превысит стоимость чтения? Инвесторы и ИТ-компании следят.

Секвенсор ДНК находится в центре этого. Quantum Bio считывает последовательность ДНК электрически с помощью тонкого электрода. Я начал бизнес, основываясь на результатах исследований Университета Осаки. Преимущество электрического метода заключается в том, что эпигеном может быть прочитан при низких затратах. В клетках метилирование регулирует функцию ДНК, а ненормальное метилирование приводит к раку. В исследованиях рака необходимо исследовать изменения клеток во временных рядах.

Эпигеном не заканчивается после прочтения. Хонзо говорит: «Предусматривается бизнес, который регулярно читает эпигеномы для проверки здоровья». Сужая функции текущего секвенсора для исследования, уменьшая и уменьшая цену, предсказывается, что «секвенсор будет персонализирован в будущем». Quantum Bio стремится расшифровать полный геном в 10000 иен в час.

現在 В настоящее время отстранение инженеров от конкурентов и развитие в Соединенных Штатах. Технология производства чипов для считывания ДНК работала с крупной полупроводниковой компанией, чтобы снизить нагрузку на ее разработку. Сотни миллионов датчиков встроены в один чип. Предоставление эпигеномных секвенаторов для исследователей в 2009 году и коммерциализация специализированных самолетов в 22 и 23.

Хонзо сказал: «Sequencer монополизирует одну компанию, и стоимость не будет снижаться. ИТ-компании приветствуют рост таких стартапов, как мы», - похоже, партнерство идет хорошо. Quantum Bio снизит стоимость данных, а ИТ-компании максимально увеличат ценность данных. В тот момент, когда значение и стоимость меняются местами, рождается мир, расшифровывающий геном с нулевой иеной. (Почетное звание опущено)

Интервью с президентом Тошихико Хонцо

Президент Тошихико Хонцо

-Как вы начали свой бизнес?
«Это было потому, что я познакомился с исследованиями профессора Гонджи Осаки Окавы и профессора Масатеру Танигучи на выставке. В то время я занимался разработкой био-венчурных инвестиций в качестве директора Организации промышленных инноваций. Доктор Каваи и другие говорили с венчурными капиталистами о том, что они хотят создать венчурное предприятие, но было сказано, что это сложно. В сентябре 2012 года Департамент промышленного и научного сотрудничества Университета Осаки и Танигучи Я взял интервью у учителей и спросил о ситуации. Будучи промышленной организацией, мы не могли бы инвестировать, если бы не были компанией. В обмен я решил создать стартап. Компания была основана примерно через три месяца после интервью ».

Вы изначально хотели быть менеджером?
«Короче говоря, я был вовлечен в исследования в области биоинформатики в качестве ассистента под руководством профессора Шиничи Моришита из Токийского университета. Декларация о геноме человека была объявлена ​​в 2001 году, когда я стал ассистентом. Символично было то, что предприятие было расшифровано, и Селера расшифровывалась с большей скоростью, чем академический мир, используя метод дробовика в качестве оружия. Я начал смотреть на биоисследования с точки зрения. В 2003 году я сменил работу на компанию, занимающуюся ценными бумагами, и начал видеть, что бренды биологических предприятий смешались с аналитиками, отвечающими за фармацевтические компании. Я изучал и испытал бум листинга биотехнологических предприятий ".

«Когда мы брали интервью у компании в качестве аналитика, мы знали, что университетские предприятия не только хороши в технологиях, но и менеджеры влияют на управление. Хорошие менеджеры собирают отличных исследователей и преуспевают в бизнесе. Подходят человеческие ресурсы. Работа аналитиков интересная, но они хотят пойти внутрь компании и хотят это сделать, поэтому они сменили работу на McKinsey и стали консультантом. Мы разработаем стратегии управления и дадим рекомендации в подразделениях примерно на 3 месяца, и будем участвовать в принятии решений, которые будут влиять на судьбу крупных компаний. У меня был MBA в течение 2 лет, и я работал в течение 4 лет. Мне сказали, что я не хотел бы делать что-либо кроме фармацевтических препаратов и здравоохранения. Это было "

«Было интересно организовать команду в качестве менеджера и решить вопросы управления, однако следующая задача менеджера - стать партнером и приступить к работе со стороны. Поскольку я перешел от аналитиков, консультантов и директоров по инвестиционному развитию, я узнал о бизнесе, таком как технологии, бизнес-планирование, создание команды и сбор средств. Мы подумали, что было бы интересно объединить аппаратные технологии, такие как датчики, с программной технологией, такой как анализ данных доктора Морисита, и раздуть план, обсуждая со связанными сторонами с частной точки зрения. Это было решение через месяц ".

- Запустили американскую корпорацию и перенесли функции развития. Исследования в университете Осаки все еще продолжаются?
«На самом деле, в то время понятия не было. Базовые результаты были использованы, но Quantum Bio определила, что трудно применить его на практике только с использованием технологии университета Осаки. Компания поддерживает метод проб и ошибок пользователей, но результаты всегда должны быть одинаковыми, даже если их измерять 100 и 1000 раз. Результаты только одного университета Осаки не могут обеспечить стабильность. Благодаря инвестициям система разработки под названием Quantum Bio была создана с 15 до 16 лет, но концепция единичных молекул и электрических измерений не изменилась ».

«В Соединенных Штатах существует организация поддержки предприятий, которая производит несколько предприятий секвенсоров. Я переехал на этот объект и вывел инженеров. Инженеров, которые занимались разработкой секвенсоров более 20 лет и знакомы с качеством каждой технологии. Заработная плата, опционы на акции и страховка находятся на том же уровне, что и конкуренты, и место для парковки только для изменений. Если мы сможем реализовать секвенсор ДНК с одной молекулой и электрическими измерениями по нашему методу, влияние на общество будет значительным. Мне было интересно, смогу ли я там играть. Я бы учился у этого инженера, и если бы я мог создать сеть, то бы собрались отличные молодые люди. Это предприятие имеет успех и неудачу, но для молодежи это будет возможность для роста ».

«С созданием американской корпорации мы также установили партнерские отношения с крупной полупроводниковой компанией. Мы производим чипы, которые считывают ДНК на заводе. Мы также сотрудничаем с Калифорнийским университетом в Дэвисе и Стэнфорде. Обсудите с другими производителями секвенсоров. Тем не менее, это не универсальный рынок (одна компания для всех приложений), который в настоящее время является лучшим среди Illumina в Соединенных Штатах, но превосходит во всех аспектах скорость чтения, точность и стоимость. Нет, вы можете сражаться, если найдете способ получить максимум от своих уникальных деталей ".

-Какое текущее состояние развития?
«Хотя мы вряд ли можем говорить о взаимоотношениях с NDA, мы завершим создание прототипа через 21 год и пригласим конкретного исследователя из университета. На этом этапе мы сформируем нашу концепцию измерений и изучим подходящие приложения. В ответ на отзывы исследователей компания планирует производить продукты со специфическими функциями в 22 и 23. Наш метод может считывать информацию о химической модификации (эпигеноме) ДНК, такой как метилирование. Не существует секвенатора, способного считывать эпигеном, эпигеном контролирует экспрессию генетической информации, а ненормальное метилирование может привести к раку.

«Крупный полупроводник исследует интеграцию сотен миллионов считывающих датчиков на одном кристалле. Это число не является обязательным для прототипа, но оно должно быть доступно по низкой цене. Это должно быть расшифровано с 10 000 иен.

-В какой отрасли используется эпигеномный секвенатор?
«Это все о том, как обращаться с существами. Для людей это используется для медицинских и уголовных расследований, а также для скота, оно используется для качественных мясных и молочных продуктов, сельскохозяйственных культур и инфекционных заболеваний. Отслеживая генетические изменения вирусов и бактерий, Можно прогнозировать риск по регионам, отслеживая кишечные бактерии, выбирая пищу и т. Д., И колебания эпигенома. Ситуация химической модификации изменяется в зависимости от времени и клеток. Когда вы читаете свой геном, ситуация будет меняться в зависимости от сроков каждой клетки, а не от конца, например, раковая ткань представляет собой смесь различных клеток. Также необходимо исследовать каждую клетку ».

- Это будет астрономическое количество данных.
«Существует также прогноз, что геном увеличится больше всего среди больших данных. По сравнению с видео, сообщениями, данными астрономических наблюдений и т. Д., Ожидается, что он увеличится на порядок. Энергозависимое хранилище хранится на магнитной ленте, потому что это стоит счета за электричество, просто чтобы вставить данные. Epigenome требует огромной информационной инфраструктуры для накопления и анализа. Мы также с нетерпением ожидаем применения генома с ожиданием Амазонки, Амазонки и т. Д. Если ценность, которую можно извлечь из данных, превышает стоимость чтения ДНК, также считается, что геном читается бесплатно, как G-mail. Исследования, направленные на повышение ценности данных, продвигаются в ИТ-компаниях, резко снижая стоимость чтения. Я считаю, что в настоящее время "

Вы должны сломать монополию Иллюмината.
«Венчурные вызовы, подобные нашим, приветствуются для ИТ-компаний. Несмотря на монополию, цена не снижается и не распространяется. Как только эпигеном прочитан, как только он прочитан, это не конец». Предусматривается работа по чтению и проверке работоспособности, для которой требуется персональный секвенсор, так же как компьютер перешел с мэйнфрейма на персональный компьютер, и текущий секвенсор исследований также был уменьшен в размере и уменьшен в размере. «Мы будем толкать цену, и будет персональный секвенсор, который потребует резкого сокращения затрат, и мы считаем, что это наша концепция измерения и инструмент».

- Есть ли выход в слияния и поглощения в Google и т. Д.? Некоторые люди жалуются, что отечественные предприятия-секвенсоры покупаются иностранным капиталом.
«Я на горизонте. Доктор Каваи понимает возможность покупки иностранного капитала во время его основания. Он предназначен не для передачи технологий японским компаниям, а для того, чтобы позволить человечеству использовать эту технологию. Для этого мы выбираем метод с наибольшей вероятностью успеха. Мы просим основные полупроводники разработать измерительные микросхемы и максимально снизить риск и нагрузку ».

-Что вам нужно, чтобы быть активным через границы и компании?
«Просто делай то, что хочешь, с людьми, которых хочешь. Если ты не выйдешь и не отправишь это, ты не сможешь найти талантливых людей. Если у меня есть варианты карьерного роста, я решил быть в восторге, и, поскольку во время плавания моряки были увлекательной профессией, они выбрали этот путь благодаря биотехнологии. Я не знаю, смогу ли я стать Колумбом, но я хочу попасть на корабль, хотя может показаться, что я делал карьеру, но я могу сказать, что только что перешел к чему-то более интересному. Просто сделай это.
genseq Отправлен 09.09.2019 13:05
  Иллюстрации к докладу "Секвенирование - 2019" (12 сентября на ВДНХ):
https://yadi.sk/d/vXldQbnpRSiVRg
elektrikvasilij Отправлен 28.08.2019 22:53
 
(elektrikvasilij @ 28.08.2019 23:45)
Ссылка на исходное сообщение  куня вот с УФ Лазером облученной гиномомой от Третякова  lol.gif  lol.gif
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29101361

beer.gif  beer.gif  beer.gif  jump.gif  jump.gif

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5670203/
kb1 Отправлен 27.08.2019 02:03
 
(genseq @ 18.08.2019 10:02)
Ссылка на исходное сообщение  Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):
http://ibmc.msk.ru/?page_id=478

Что-то о секвенаторе и секвенировании в пресс релизе ни гу-гу "Основным направлением сотрудничества является разработка методов электрохимической детекции белков "
genseq Отправлен 21.08.2019 09:29
 
(Asterix @ 18.08.2019 16:16)
Ссылка на исходное сообщение  Кстати  Генсек , не подскажешь ли  какие нынче самые модные идеи  в области  сиквенирования  сильно  поврежденной ДНК?  Ну  имеется ввиду  что образцы лежали  50 лет  в шкафу  для бумаг. 


Самому интересно. Наверное, лучше ориентироваться на опыт работы с неандертальским геномом.
kakseq Отправлен 19.08.2019 19:26
 
(Asterix @ 18.08.2019 19:16)
Ссылка на исходное сообщение  Кстати  Генсек , не подскажешь ли  какие нынче самые модные идеи  в области  сиквенирования  сильно  поврежденной ДНК?  Ну  имеется ввиду  что образцы лежали  50 лет  в шкафу  для бумаг. 

Там и окисление  и апуринизация  солидная, поскольку бумага кислотная , там при  естественной деградации целлюлозы  и муравьиная и уксусная  и  молочная  кислота  образуется....  Как такую  побитую временем ДНК  сиквенировать?

Есть  вполне приличный протокол  воссстановления ДНК  из заформалинных  парафиновых  гистологических срезов , там идет изотермическая амплификация  с  гексаполинуклеотидами  всевозможными  в качестве праймеров. ..  но там как раз ДНК  менее разрушается чем  если просто  на воздухе  лежит.  Парафин  ее отлично сохраняет.


посмотрите Геном Неандерталца там полный коплект smile.gif
Asterix Отправлен 18.08.2019 18:20
  Вот у меня от Нанопора куча реактивов еще осталась и там как раз есть и набор для восстановления ДНК из парафиновых срезов. Но они подразумевают все же относительно свежие образцы, до 20 лет хранения.
Посмотреть тему (откроется в новом окне)

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 15.10.19 07:58
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft