Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Ввод аннотаций тРНК в Infernal
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Lavelle




 прочитанное сообщение 21.04.2016 13:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Добрый день.

Проблема следующая:
работаю с программой-анализатором тРНК (Infernal). Для построения модели (СМ) оператором cmbuild программа требует исходник в формате stockholm (.sto). Исходник должен содержать выровненные последовательности предсказанных тРНК, выравнивание должно сопровождаться консенсусными вторичными структурами. То есть программа просит исходник вот такого типа:

# STOCKHOLM 1.0

tRNA1 GCGGAUUUAGCUCAGUUGGG.AGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCC
tRNA2 UCCGAUAUAGUGUAAC.GGCUAUCACAUCACGCUUUCACCGUGGAGA.CC
tRNA3 UCCGUGAUAGUUUAAU.GGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGA.UC
tRNA4 GCUCGUAUGGCGCAGU.GGU.AGCGCAGCAGAUUGCAAAUCUGUUGGUCC
tRNA5 GGGCACAUGGCGCAGUUGGU.AGCGCGCUUCCCUUGCAAGGAAGAGGUCA
#=GC SS_cons <<<<<<<..<<<<.........>>>>.<<<<<.......>>>>>.....<

tRNA1 UGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCA
tRNA2 GGGGUUCGACUCCCCGUAUCGGAG
tRNA3 GGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAG
tRNA4 UUAGUUCGAUCCUGAGUGCGAGCU
tRNA5 UCGGUUCGAUUCCGGUUGCGUCCA
#=GC SS_cons <<<<.......>>>>>>>>>>>>.
//

Для предсказания тРНК я пользуюсь tRNAScan SE. Она выводит и предполагаемые последовательности, и вторичные структуры. Но! Они находятся в разных файлах: посл-ти в формате fasta, структуры - в формате .ss

Я могу сконвертировать fasta в stockholm, но такой файл не воспринимается инферналом, поскольку не содержит вторичных структур. Как объединить fasta-последовательности и ss-вторичные структуры, чтобы всё это вместе воспринималось инферналом для построения модели? Вручную пробовала, пишет, посл-ть и структура не совмещены.
guest: great
IP-штамп: frj5GEfdEWR5M
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  31.10.2018 16:52     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

I have read your blog it is very helpful for me. I want to say thanks to you. I have bookmark your site for future updates.
http://www.rockmeafrica.com
guest: 123
IP-штамп: frJhOCvSv9ICE
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  31.05.2022 09:15     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

SINCE LAUNCHING AMB CASINO HIS INVASION OF UKRAINE, RUSSIA'S FC SLOT PRESIDENT VLADIMIR PUTIN 88KTC HAS FACED AN UNPRECEDENTED 11HILO GLOBAL RESPONSE, FROM CULTURAL BOYCOTTS TO 123GOAL COUNTRIES RADICALLY 123VEGA TRANSFORMING THEIR ALLBET FOREIGN POLICIES. BUT THE สูตรสล็อต LONGER THE CONFLICT CANDY BURST GOES ON, THE MORE SIGNS THERE ปั่นสล็อต ARE OF DIVISIONS.
guest: 123
IP-штамп: fr4iy3.kHUw02
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  06.06.2022 12:49     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

South Korea 123VEGA and the US launched WAZDAN eight missiles WM CASINO on Monday, in AFFILIATE response to a ลิงค์รับทรัพย์ volley of ballistic missiles fired by North Korea the 123GOAL previous day. It comes 88KTC as Pyongyang continues FC SLOT to escalate its AMB CASINO missile tests. South 11HILO Korea's president Yoon Suk-yeol.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 22:21
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft