Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Lavelle |
Проблема следующая: работаю с программой-анализатором тРНК (Infernal). Для построения модели (СМ) оператором cmbuild программа требует исходник в формате stockholm (.sto). Исходник должен содержать выровненные последовательности предсказанных тРНК, выравнивание должно сопровождаться консенсусными вторичными структурами. То есть программа просит исходник вот такого типа: # STOCKHOLM 1.0 tRNA1 GCGGAUUUAGCUCAGUUGGG.AGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCC tRNA2 UCCGAUAUAGUGUAAC.GGCUAUCACAUCACGCUUUCACCGUGGAGA.CC tRNA3 UCCGUGAUAGUUUAAU.GGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGA.UC tRNA4 GCUCGUAUGGCGCAGU.GGU.AGCGCAGCAGAUUGCAAAUCUGUUGGUCC tRNA5 GGGCACAUGGCGCAGUUGGU.AGCGCGCUUCCCUUGCAAGGAAGAGGUCA #=GC SS_cons <<<<<<<..<<<<.........>>>>.<<<<<.......>>>>>.....< tRNA1 UGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCA tRNA2 GGGGUUCGACUCCCCGUAUCGGAG tRNA3 GGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAG tRNA4 UUAGUUCGAUCCUGAGUGCGAGCU tRNA5 UCGGUUCGAUUCCGGUUGCGUCCA #=GC SS_cons <<<<.......>>>>>>>>>>>>. // Для предсказания тРНК я пользуюсь tRNAScan SE. Она выводит и предполагаемые последовательности, и вторичные структуры. Но! Они находятся в разных файлах: посл-ти в формате fasta, структуры - в формате .ss Я могу сконвертировать fasta в stockholm, но такой файл не воспринимается инферналом, поскольку не содержит вторичных структур. Как объединить fasta-последовательности и ss-вторичные структуры, чтобы всё это вместе воспринималось инферналом для построения модели? Вручную пробовала, пишет, посл-ть и структура не совмещены. |
guest: great IP-штамп: frj5GEfdEWR5M гость |
|
guest: 123 IP-штамп: frJhOCvSv9ICE гость |
|
guest: 123 IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема » |