Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* количественный анализ рез-тов пцр генов 16sRNA
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! aleximmunology




 прочитанное сообщение 12.08.2016 08:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Добрый день, подскажите по методическому вопросу. Делаем реал-тайм пцр (на cfx96) кишечного микробиома. Праймеры к генам 16srna.Как правильно оценить количественно уровень отдельных бактерий (в геном-эквивалентах или еще как)??
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.08.2016 09:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

праймеры видоспецифичны? Если да то как обычно, если нет, то это невозможно.
Участник оффлайн! aleximmunology




 прочитанное сообщение 12.08.2016 12:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Часть видо-, часть родоспецифичны. А как обычно?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.08.2016 12:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Чем раньше начинает расти кривая и быстрее выходит на плато тем больше матрицы в пробе.
Участник оффлайн! aleximmunology




 прочитанное сообщение 12.08.2016 13:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Это понятно, но как это перевести в геном-эквиваленты. Вот нашел статью, тут для построения калибровочной кривой нужны стандартные образцы типовых штаммов. Но у нас их нет, бактерии некультивируемые, например Segmentus filamentous bacteria (индуктор Th17-дифференцировки) и другие.

Файл/ы:

скачать файл MicroBiol_2012_74_1_4.pdf
размер: 1011.26к
кол-во скачиваний: 640


Участник оффлайн! IMK
Участник



 прочитанное сообщение 12.08.2016 15:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Стратегия зависит от того, с какой точностью Вы хотите определять своих бактерий. Но в любом случае никто не может Вам помешать собрать калибратор под заданную последовательность ДНК из отдельных олигонуклеотидов. Или, есть проба, содержащая Вашего зверя, наработать с нее ампликон, содержащий требуемую мишень. Впрочем, использование таких калибраторов для количественных оценок бактериальной ДНК тоже может в неумелых руках привести к солидной системной ошибке
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.08.2016 00:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Геном эквиваенты это вы на Саузерне можете прибизительно посчитать, а на qPCR вы можете только кресты ставить - этого меньше всего, этого больше, этому один крестик,, а этому сразу три и никакой стандарт вам не поможет. Если хочется поизголятся можете стандарты сделать из плазмид, в которые проклонированы подымаемые вашим ПЦР фрагменты. Но точность все равно будет плюс минус парсек.
Участник оффлайн! aleximmunology




 прочитанное сообщение 13.08.2016 01:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Спасибо, понял, что точности никакой не будет
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.08.2016 06:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Точность будет низкой, если бы она была никакой, ПЦР вообще никто не пользовался бы.
Участник оффлайн! Rhizon
Участник



 прочитанное сообщение 13.08.2016 11:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Точность не будет низкой, если вы будете выражать результат в количестве рРНК-оперонов на г субстрата. Здесь все более-менее точно. Если хотите перейти к геномам и клеткам, надо иметь в виду следующие моменты:
1) В некоторые фазы жизненного цикла прокариотическая клетка может содержать несколько копий генома;
2) Число рРНК-оперонов в геноме прокариот может варьировать от 1 до 15. В среднем по базе геномов, наверное, 2-4 копии.

Т.е. пересчитать число оперонов в число клеток можно только приблизительно.
Если у вас праймеры, специфичные для конкретного вида, то там все просто...

Сообщение было отредактировано Rhizon - 13.08.2016 11:45
Участник оффлайн! aleximmunology




 прочитанное сообщение 13.08.2016 14:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

А как рассчитать количестве рРНК-оперонов на г субстрата если праймеры видоспецифические??
Участник оффлайн! aleximmunology




 прочитанное сообщение 14.08.2016 14:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Встроенная программа cfx manager выдает после прогона начальное кол-во мишени и др колич. показатели. Насколько корректно пользоваться этими цифрами для хотя бы приблизительного суждения о численности конкретного вида бактерии при использовании видоспецифич. праймеров??
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.08.2016 14:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

необходимо построить стандартные кривые с вашими праймерами на ДНК-мишени, т.о. вы будете знать, сколько их содержится в 1 мл воды.
после этого берете навеску вашего субстрата в граммах/миллиграммах, выделяете ДНК и оцениваете содержание по полученной кривой. необходимо разобраться будете ли вы оценивать в абсолютных единицах, либо приводить количество на содержание в контроле - в последнем случае вы получаете безразмерные "разы", которые покажут, во сколько раз рРНК больше в экспериментальной пробе относительно контроля. в случае с абсолютной оценкой вы будете оперировать условным содержанием в г фекального субстрата
но, данный субстрат тоже необходимо как-то нормализовать. я не знаю, как это делается, но, допустим на тотальную ДНК, на г сухого в-ва, на г сырого в-ва и т.д.
еще как вариант, считать соотношение мишеней для специфичных и неспецифичных праймеров

Сообщение было отредактировано ksm - 14.08.2016 14:36
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.08.2016 15:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(aleximmunology @ 14.08.2016 15:01)
Ссылка на исходное сообщение  Встроенная программа cfx manager выдает после прогона начальное кол-во мишени и др колич. показатели. Насколько корректно пользоваться этими цифрами для хотя бы приблизительного суждения о численности конкретного вида бактерии при использовании видоспецифич. праймеров??

если, уж простите, хавно нормализовано, либо выделена ДНК из навески, то при прочих равных вполне можете пользоваться
Участник оффлайн! aleximmunology




 прочитанное сообщение 14.08.2016 21:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Спасибо, понял
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  24.11.2021 15:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

https://www.uptrennd.com/post-detail/hints-...-watch~ODY3MDU2
https://anotepad.com/note/read/mqg8p5jm
https://www.crokes.com/replicarolexwatches/profile/
https://ko-fi.com/post/Watches-Shopping-Gui...-Watc-E1E13PZV9
https://www.merchantcircle.com/blogs/replic...x-Watch/1966540
https://www.nairaland.com/6427528/watches-s...de-finding-fake
https://www.vingle.net/posts/3587193
https://fortunetelleroracle.com/sport/replica-watches-280478
https://www.goodreads.com/story/show/132736...ake-rolex-watch
https://www.diigo.com/item/note/85twz/phwr?...2395edb2dac07ea
https://github.com/ReplicawatchesUK/Replica...ake-Rolex-Watch
https://www.reddit.com/user/Bestreplicawatc...ke_rolex_watch/
https://slashdot.org/submission/13306958/wa...ake-rolex-watch
https://www.wattpad.com/1030107359-replica-...guide-finding-a
https://www.instructables.com/member/Fakero...licPreview=true
Участник оффлайн! vadimchik152a
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.08.2022 00:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Равным образом рамки и место обучения кадров укрепляет нас, в нашем стремлении улучшения идей по выходу из сложившейся ситуации. http://phillipsservices.net/UserProfile/ta...78/Default.aspx
guest: Ufa1688
IP-штамп: fr/1ZkUsuBQOE
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.08.2022 13:46     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Shields began ดรีมเกมส์ the termination process aff 1688 for Meany and Goodlett ทางเข้าufa1688 shortly after federal ufabet เข้า สู่ระบบ civil rights charges against SLOTXO the officers were announced ALLWAYSPIN The police YGGDRASIL department fired KA Gaming Hankison in June Joker Gaming 2020, and Jaynes in ไฮโล January 2021, the police รูเล็ต department said.
Участник оффлайн! Shikooo
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  21.08.2022 17:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

https://www.eloualid-book.com/book/%D8%B1%D...%84%D8%A8%D9%8A

كتاب ليطمئن قلبي

رواية ليطمئن قلبي

ليطمئن قلبي
guest: Ufa1688
IP-штамп: fr4iy3.kHUw02
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  01.09.2022 17:18     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

In the buildup ทางเข้าufa1688 to the current Ukrainian aff 1688 counteroffensive, the United States ufabet เข้า สู่ระบบ urged Kyiv to keep ดรีมเกมส์ the operation limited D88 Green Dragon in both its objectives and its Big gaming geography to avoid getting overextended สล็อต ufa1688 and bogged down Manna Play on multiple fronts, multiple Funky Games US and western officials and Ukrainian kingmaker sources tell CNN.
Участник оффлайн! vadimchik152a
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.09.2022 21:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

Тем не менее стоит отметить так же, что постоянный количественный рост и сфера нашей активности ни коим образом не противоречит нашей теории, а скорее наоборот, способствует улучшению системы массового участия. https://confengine.com/user/roma-medvedev
Участник оффлайн! vadimchik152a
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 30.10.2022 11:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

Таким образом постоянный количественный рост и сфера нашей активности ни коим образом не противоречит нашей теории, а скорее наоборот, способствует улучшению новейших вариантов поиска решений. https://www.articleted.com/article/559353/1...%B0%D0%BB%D0%B8
Участник оффлайн! Shikooo
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  14.04.2023 18:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

مسلسلات عرب دراما
Участник оффлайн! Ufa1688
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  18.04.2023 18:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

The identity nigoal123 of the boy is not known. app aff1688 He was at an event with the M3M 123goal Foundation, the philanthropic ปั่นสล็อต arm of Indian real estate ทาง เข้า ufabet company M3M Group, based เกมสล็อต in Dharamshala, where the Dalai ufabet vip Lama lives in permanent ทาง เข้า ufabet มือ ถือ exile. CNN has reached out แฮนดิแคป คือ to the M3M Foundation สูตรสล็อต for comment.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 05:19
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft