Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Специализированные компьютеры в биоинформатике
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Nea14




 прочитанное сообщение 27.08.2015 00:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Применяются ли в современной биоинформатике компьютеры, которые имеют специализированную внутреннюю структуру специально для решения конкретных задач? Не забыли ли об этой возможности в науке и кто бы взялся за подобный проект?

Грубо говоря, если процессор обычного компьютера за 1 такт может сделать 1 операцию сложения, проверки условия или прочее, то специализированный процессор был бы рассчитан за 1 такт, например, оценить качество выравниваний последовательностей ДНК. Это может быть эффективнее параллельных вычислений сотнями обычных процессоров на суперкомпьютерах. Спроектировать и создать спец компьютеры для решения определённых задач недорого и несложно, т.к. их внутреннее устройство может быть значительно проще, чем у универсальных, и это может компенсировать такой минус, как неуниверсальность.

К тому же, есть разработки компьютеров, которые меняют своё внутреннее устройство под разные задачи в процессе работы, так что это "железо" было бы лишено недостатка в универсальности (например, Automata Micron, о судьбе которой мне не ясно), зато вот оно, может быть, дороже.
Участник оффлайн! Sailfish




 прочитанное сообщение 27.08.2015 00:44     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

(Nea14 @ 26.08.2015 22:22)
Ссылка на исходное сообщението специализированный процессор был бы рассчитан за 1 такт, например, оценить качество выравниваний последовательностей ДНК.

На аппаратном уровне?
Участник оффлайн! фигли




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  27.08.2015 02:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0%B2%...%82%D0%B5%D1%80
Участник оффлайн! Mont
Постоянный участник
уже не Montreal - но это не важно...



 прочитанное сообщение 27.08.2015 04:30     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Гораздо проще и эффективнее собрать параллельно несколько сотен обычных процессоров и считать на таких монстрах. Единственная проблема - это эффективный отвод тепла... Тем не менее - таких монстров уже сотни (если не тысячи) и загружены они обычно под завязку - например, считают структуры терапевтических антител после направленного точечного мутагенеза с тем, чтобы получать антитела с заданными аффинностью и авидностью. Применяется это настолько широко и рутинно, что уже целое направление в фармацевтике создали - "bio-betters", т.е. улучшенные копии уже существующих антител.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 27.08.2015 08:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Для молекулярной динамики есть такие, самого известного зовут Anton.
Участник оффлайн! Sergeant
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.08.2015 12:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Делать специализированный ПРОЦЕССОР под биоинфирматику нет никакого смысла.
Обычно бутылочным горлышком в бионформатике выступает память, а не процессор. Если нужно перемалывать процессором много арифметики, то с этим лучше справляется мощная видекарточка.
А для рутины в бионформатики подойдет обычный многопроцессорный сервер с минимумом 1024 Gb RAM с LINUX.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): NMR-guy
Участник оффлайн! гандацит




 прочитанное сообщение 31.08.2015 00:24     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

а что лучше для математики, хеон или оптерон? интересует номинальная производительность. ну понятно, ксенон лучше. А если денег нет, можно ли испоьзовать оперон вместо зеона без существенной просадки прос-ти?
Участник оффлайн! ААМ




 прочитанное сообщение 03.09.2015 16:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

В середине 90-х был разработан спец процессор для алгоритма Смита-Ватермана (локальное выравнивание) Поиск по генбаку по времени был сравним с BLAST, а точность гораздо выше. Однако из-за малой тиражности этот процессор (реализованный в виде платы расширения к PC) стоил около 80к. Им пользовались некоторые компании. Сейчас, насколько я знаю, дело заглохло. Сейчас есть спец. компьютеры для мол.динамики. Там каждый атом представлен отдельным процессором. Однако, опять же из-за малой тиражности, это очень дорого. В биоинформатике иногда используют возможности граф-процессоров, способных выполнять простейшие операции над целыми массивами (технология CUDA). А вообще это не очень эффективно - слишком часто меняется характер данных и алгоритмы, к тому же опять проблема малой тиражности.
guest: great
IP-штамп: frj5GEfdEWR5M
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  31.10.2018 17:47     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

The information you have posted is very useful. The sites you have referred was good. Thanks for sharing.
http://www.dudcard.com
Участник оффлайн! KCN
Постоянный участник
Київ. Україна понад усе! / DELETED



 прочитанное сообщение 26.12.2018 12:36     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Вопрос с процессором так же актуален.
1. Адресация памяти ( меньшая поддержка объема ОЗУ у x32 по сравнению с x64, но если у вас линукс, ситуацию более 4Гб спасает ядро с PAE).

2. РАЗРЯДНОСТЬ. Количество бит, которые процессор может взять за один такт. Можно протестировать на преобразованиях Фурье.
128 бит
x32 сильно уступают x64, а те в свою очередь - x128.
Вообще, 128 разрядные процессоры не новость.
Но вот, например Процессор 9 - русская разработка
guest: 123
IP-штамп: frJhOCvSv9ICE
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  31.05.2022 09:11     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

SINCE LAUNCHING AMB CASINO HIS INVASION OF UKRAINE, RUSSIA'S FC SLOT PRESIDENT VLADIMIR PUTIN 88KTC HAS FACED AN UNPRECEDENTED 11HILO GLOBAL RESPONSE, FROM CULTURAL BOYCOTTS TO 123GOAL COUNTRIES RADICALLY 123VEGA TRANSFORMING THEIR ALLBET FOREIGN POLICIES. BUT THE สูตรสล็อต LONGER THE CONFLICT CANDY BURST GOES ON, THE MORE SIGNS THERE ปั่นสล็อต ARE OF DIVISIONS.
guest: 123
IP-штамп: frXqkB4MpP2jQ
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  08.06.2022 12:57     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

South Korea 123VEGA and the US launched WAZDAN eight missiles WM CASINO on Monday, in AFFILIATE response to a ลิงค์รับทรัพย์ volley of ballistic missiles fired by North Korea the 123GOAL previous day. It comes 88KTC as Pyongyang continues FC SLOT to escalate its AMB CASINO missile tests. South 11HILO Korea's president Yoon Suk-yeol.
guest: 123
IP-штамп: frpYd0YygcNIA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  09.06.2022 09:35     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Elon Musk has 123VEGA threatened to เกมสล็อต walk away from his JOKER GAMING $44bn takeover DREAMGAMING of Twitter, accusing เล่นสล็อต the social media company of "thwarting" his 11HILO requests to learn AMB CASINO more about its user base. In a letter filed FC SLOT with regulators, Mr Musk 88KTC said he was entitled 123GOAL to do his own measurement of spam accounts.
guest: 123
IP-штамп: frAWeMdOsBSXM
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  11.06.2022 10:35     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 02.04.24 10:10
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft