Доморощенные магносорбенты

На днях наловчился получать магносорбенты. Пока сделал три варианта:
1. Силикатные.
2. Фосфатные.
3. Цинковые.
С первыми - силикатными - всё более или менее понятно. Нужны для выделения ДНК, и проверка их работоспособности - вопрос времени. А вот зачем могут понадобиться фосфатные? Не исключено, что их можно использовать вместо фосфоцеллюлозы. Да и просто в качестве ионообменника.
Цинковые, похоже, нигде пока не используются, но они должны очень хорошо связывать и ДНК, и РНК, и все прочие низко- и высокомолекулярные фосфат-содержащие соединения. Возможно и гистидин-содержащие.

Буду признателен за любые предложения. Если предложения будут не теоретические, а практические (по их испытаниям), то берусь обеспечить и магносорбентами, и магнитными штативами:
http://molbiol.ru/forums/index.php?act=Att...=post&id=181131 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?act=Attach&type=post&id=181131 )



а для пришивания антител никакие из них не подходят? чтобы иммунопреципитацию делать





Хорошая идея! Фосфатные должны неплохо сшиваться с аминными группами карободимидом. Только для активации такой сшивки, в отличие от карбоксильных, используется не гидроксисукцинимид, а какая-то другая фиговинка (забыл название). Связь P-N кислотолабильная, но в обычных условиях вполне стабильная.



в общем, если удастся такое сделать, было бы вполне востребовано.
Ещё вот, вариация на ту же тему - кобальтовые (Co2+ или Ni2+) магнитные бидсы для выделения His-меченых белков, как альтернатива TALON ( http://www.clontech.com/RU/Products/Protein_Expression_and_Purification/His-Tagged_Protein_Purification/Cobalt_Resin-Magnetic )'у - это вот мы бы хоть прямщас купили.



Тоже подумал про кобальтовые и никелевые сорбенты, но не для гистидиновых гибридов, а для выделения некоторых металл-связывающих белков из биожидкостей. Такое было бы интересно потестить. Цинк в этом смысле менее подходящ.



хммм, вот тут не уверен. Всё-таки один факт наличия взаимодействия, показанного в статье, вовсе не означает, что это взаимодействие будет достаточно сильным для выделения белков. Да и неспроста, наверное, все производители делают только кобальтовые либо никелевые сорбенты.

Поэкспериментировать - можно попробовать, месяца через полтора планирую снова вернуться к выделениям His-меченых белков. Да, забыл сказать - у меня протокол выделения в денатурирующих условиях (6M гуанидин-хлорид) - выдержат ваши сорбенты такое?





Уговорили. Сделаю и никелевые.
Сорбенты сферические, но сугубо неорганические. Теоретически гуанидин на них действовать не должен.



Цинк связывает His6 лучше никеля в 20 раз!
http://peds.oxfordjournals.org/content/21/8/529.long ( http://peds.oxfordjournals.org/content/21/8/529.long )



Файл/ы:

Fluorescence_imaging_of_His_tag_fused_proteins.pdf Размер:: 1.87мб кол-во скачиваний: 792

ну, вот в этом обзоре ( http://dx.doi.org/10.1016/S0076-6879(09)63027-5 ) по IMAC пишут, что с цинком тоже вполне себе работало, хотя и немного похуже чем с никелем - см. Fig. 27.9



Если вы собираетесь использовать неорганическую матрицу для сорбции белков, моут быть проблемы, как с неспецифической сорбцией, так и с необратимой сорбцией на матрице.



Судя по всему, Zn связывает His6 не хуже (или лучше) Ni, но последний, в отличии от первого, не реагирует на фосфаты (см. табл. 27.2 этого обзора) и на бета-меркаптоэтанол. А цинк, похоже, вяжется и с сульфгидрильными группами, и с нуклеотидами, и с РНК. Т.е. при недостатке сорбента они могут мешать связыванию His6-рекомбинантов и потребуется предварительная очистка. Хотя в обзоре Zn работал очень неплохо. Правда, они чистили белок, содержащий Zn-finger.





Файл/ы:

IMAC_Review.pdf Размер:: 1.33мб кол-во скачиваний: 38008

А банальные силикатные на пробу поюзать можно для ДНК? Сейчас как раз играюсь с различными типами частиц.





Можно, но не сегодня. Препарат сможете забрать следующей неделе. Явки и пароли передам по E-mail.



Спасибо!

В процессе игр выяснил, что в отмывочном буфере Силекса явно содержится что-то типа эфира (по запаху) - а для чего?





Не знаю как у Силекса, но за бугром "отмывочный буфер" - это, как правило, 70% этанол. Вместо этанола можно использовать изопропанол (ИПС), который я покупаю в лакокрасочном отделе хозяйственного магазина и использую вместо этанола на стадии силиконизации магносорбентов. Правда, сейчас ИПС завозить перестали и пришлось перейти на ацетон. Кстати, об ацетоне. Можно попытаться заменить им спирт в отмывочном буфере.



С этанолом никогда нельзя убрать носиком полностью последнюю каплю жидкости со дна пробирки, а с буфером Силекса пробирка остается почти сухой - подозреваю, что эфир там именно для этого, поверхностное натяжение менять.
Но в составе ничего такого нет, обманывают?





Genseq, нас интересуют магносорбенты на пробу, беремся их проверить )))
Как с Вами связаться?



Генсек мне давал на испытание (то бишь сравнить с моими магносорбентом и нат. силикой), а мне все некогда . Приходите, отолью, если, конечно, Генсек не возражает.
Баба с возу - потехе час.



Я бы тоже хотел попробовать.
Ещё есть возможность?



Пузырёк, отправленный обычной посылкой в Новосибирск, застрял в Москве. Наверное, не понравился рентгеновскому аппарату.
А вот отправленные одновременно с ним магнитные штативы на Казанском вокзале отметились 25 сентября и должны быть уже где-то на подходе к Новосибирску.

Появилась идея магносорбенты рассылать в письмах - в пакетиках, содержащих по 1...2 г. сухого порошка, похожего на обычную глину. Интересно, письма рентгеном проверяют?



Первая проверка силикатных сорбентов прошла успешно. Превосходят магносорбенты Промеги и Силекса. Не уступают ИзоГеновским.





ну и сколко ДНКа из 30 миклов кровушки ?

http://www.lifetechnologies.com/us/en/home...-universal.html ( http://www.lifetechnologies.com/us/en/home/references/protocols/nucleic-acid-purification-and-analysis/dna-extraction-protocols/dynabeads-dna-direct-universal.html )




Как бы ознакомиться с протоколом испытаний? Ведь магносорбенты из одного кита могут не работать с растворами кита другого производителя. Я такое наблюдал когда сравнивал "все своё" с промеговским магносорбентом.




Потери - не более 20%, многое зависит от состояния "кровушки".
В этой ссылке не совсем аналог, того что делает Генсек.



Вторые испытания с той же партией сорбентов провалились. Похоже, из-за зарастания какой-то микрофлорой. Сорбент норовил закупорить носик пипетки, да ещё и ингибировал ПЦР. Правда, в них участвовала ещё одна партия, приготовленная позднее. С ней всё прошло отлично.

Похоже, зря я в этот раз отмыл сорбенты фосфатным буфером. В сочетании со следами аммония буферный раствор оказался весьма питательным. И похоже, что не зря Силекс консервирует свои сорбенты азидом натрия. Теперь тоже буду всё консервировать.



Файл/ы:

091013_xy__________1.pdf Размер:: 371.38к кол-во скачиваний: 805

С протоколами Real-time дела не имел и даже не пытался в них вглядываться. Показалось всё очень запутанным, поэтому целиком доверился выводам испытателя (kblag). Кстати, это он разрешил выложить здесь протокол целиком, за что приношу ему свою искреннюю благодарность.

Сейчас попытался вглядеться. Если ограничиться только рассмотрением результатов с bACT, то даже первая партия (0,8...0,9) выглядит вполне конкурентоспособно. Вторая там обозначена как 1,5...2,0. Кажется, выглядит тоже вполне достойно. Цифры в обозначении указывают на средний размер частиц магносорбента.




Протокол явно "ДСП". Чтобы разбираться, нужно знать "шриф-код" обозначений. Короче, без бутылки не разобраться.



Реал-тайм это, конечно, хорошо, но в лаборатории должны быть еще и классические методы - необходимо смотреть в первую очередь как выглядит ДНК на агарозном форезе. Тем более что сорбенты имеют привычку рвать на кусочки высокомолекулярную ДНК, особенно если размер сорбента существенно меньше микрона.
Сомневаюсь что они успели так быстро зарасти в холодильнике. У тебя же есть Проклин, в нейтральных и кислых средах лучше не придумаешь. NaN₃ тоже не помешает.



В зарастании я и сам сильно сомневаюсь. Скорее всего, мелкие частички после отстаивания хуже суспендируются. На ощупь магносорбенты не отличаются от глины. Если хорошенько не протрясти на вортексе, то могут остаться комочки, забивающие носики. Если причина в этом, то их проверку нельзя считать неудачной. Точнее - их проверка показала, что не следует делать силикатные сорбенты слишком мелкими (< 1 мкм).

Что касается результатов с сорбентами 1,5...2 мкм, то мне они кажутся вполне достойными. Попытался обобщить данные протокола испытаний. Не уверен, что сделал это правильно, но получил такую табличку значений Cq Mean (среднее количество циклов) для своего сорбента (1,5...2) и сорбентов сравнения (126 и 320). Различия незначительны и находятся в пределах статистической достоверности:




Кажется, проясняется механизм связывания ДНК/РНК с силикатами.
Нейтрально заряженные силанольные группы (Si-OH) образуют с отрицательно заряженными фосфатными группами (P-O) в кислой среде диэфирные связи (Si-0-P). Такие связи стабильны в кислой среде, но легко гиролизуются в щелочных условиях.

Интересно, что этот известный в неорганической химии факт почему-то никто не ассоциирует с механизмом сорбции ДНК/РНК силикатами. Или я это просто не нашёл?




На самом деле механизм сорбции другой, где кроме рН среды не менее важную роль играет ионная сила.
А какова роль 5 М хаотропных агентов? Причем не все хаотропы годятся для этого! Ты не нашел, все давно расписано.





Всё давно расписано:
1. Высокая ионная сила нейтрализует отталкивание ДНК/РНК отрицательно заряженной силикатной поверхностью.
2. Хаотропы к сорбции вообще отношения не имеют. Они лизируют вирусы и денатурируют белки, связанные с нуклеиновыми кислотами. Ещё они денатурируют ДНКазы и РНКазы.

Давно описаны методики выделения без хаотропов. Например:




Файл/ы:

Germany_2005.pdf Размер:: 141.22к кол-во скачиваний: 763

Просто заменили маг. сорбенты из кита Промеги на другие различные. И если со своими "родными" растворами промеговские частицы заметно хуже работали, чем магносорбенты от Генсека и из Изогена - это тоже ведь о чем-то говорит?
Проблема возникает с нормированием по концентрации и размеру частиц разного производства - одни растворы частиц более концентрированные, др. менее, одни частицы крупнее, др. мельче. Пока брали так, чтобы частиц для сорбции было заведомо достаточно.




Спасибо, очень ценная инфа. Я тоже сравнивал в свое время все доступные магносорбенты на своем ките, со своими растворами, доведенными "до ума" на нативной силике. При всем уважении к Промеге, их сорбент рвал ДНК на мелкие куски (ДНК фага Лямбда превращалась в шмерок) и выход был меньше 30%.

Очень мелкий сорбент , меньше микрона, оптимально использовать при выделении ДНК/РНК из плазмы, сыворотки или др., а более крупный, 2-10 мкм, - из образцов с избытком материала (кровь, гомогенаты тканей и т.п.).
Но лучше всего держать под рукой ОДИН сорбент на все случаи жизни и варьировать его количество в зависимости от природы иссл. образца (количества ДНК в образце).
Если возникнут вопросы при испытании - обращайтесь, можно в личку.




Генсек, мы с тобой сравниванием "мягкое" с "теплым" - посмотри какой
в статье рН - 4!!!! А я всегда работаю в нейтральной среде. Поэтому можешь дальше теоретизировать, но без меня. - механизмы отличаются как земля и небо.
Кстати, статья так себе хоть и новая. Нет доверия авторам использующим Трис-ацетат буфер с рН = 4. Трис - буферы с рН меньше 7 это не буферы.

Еще добавлю - элюция ДНК с сорбента 10 мин при 80 оС - это "финиш", а использование Протеиназы К в современных китах для автоматизации процесса - тоже шаг не вперед. Так что думай, Чапай...





Но лучше всего держать под рукой ОДИН сорбент на все случаи жизни и

ПротеинА/Г магнитные шарики для ИП

можно в такие вляпатся




Мне должно наверное присниться что это такое А/Г и ИП.
Ты же любишь на каждый звук ссылку кидать! Неисправим чел.



это всего лишь Protein A/Protein G - для иммунопреципитации




http://www.lifetechnologies.com/de/de/home...cipitation.html ( http://www.lifetechnologies.com/de/de/home/life-science/protein-expression-and-analysis/protein-sample-preparation-and-protein-purification/proteinspproteiniso-misc/protein-isolation/ig-purification-and-immunoprecipitation.html )



Пока в этой теме речь не идет о SPRI-магношариках с -СООН группой. Ты вечно витаешь в облаках - мы пока говорим о сорбенте с Si-OH и выделении тотальной ДНК или РНК.
И причем тут это? http://www.lifetechnologies.com/de/de/home...cipitation.html ( http://www.lifetechnologies.com/de/de/home/life-science/protein-expression-and-analysis/protein-sample-preparation-and-protein-purification/proteinspproteiniso-misc/protein-isolation/ig-purification-and-immunoprecipitation.html )
Мало ли на свете магносорбентов.





сколко можно о стекляшках говорить





Статья старенькая (2005 г.). Огрехов в ней много, но и изюминка имеется. Даже две. Первая - отсутствие хаотропов, причём не случайное, а вполне обоснованное. Вторая - низкий pH (4,0), что обеспечивает ингибирование РНКаз не хуже хаотропов.

Понятно, что Tris нужно заменить ацетатом, а дорогую протеиназу К дешёвыми аптечными таблетками ацидин-пепсина.

В нейтральной среде (pH 7,0) сорбировать можно, но есть риск нарваться на плохое связывание при небольшом защелачивании:

Так что думай, Чапай ...



Ингибировать Нуклеазы, особенно РНК-азы, при рН 4, в присутствии сульфата аммония такой низкой конц.ции еще никому не удавалось. В RNA Later (это подкисленный сульфат аммония с высокой концентрацией, 60-ые годы) РНК-азы действительно инактивируются, но обратимо, т.е не денатурируют. Только Протеназа К или хаотропы.
А использование его, RNA Later, напрямую как связывающую ДНК с силикафильтром среду не увенчалось успехом.
Про аптечные реактивы вообще не серьезно говорить - неуважение к себе, пардон. В свое время, собрав кучу сериновых протеаз, пытался изобразить замену протеиназе К - фиг вам - лучше протеиназы К против нуклеаз нет НИЧЕГО. Но как она будет работать в кислой среде - это еще бАльшой вопрос.
Кстати, у меня кривая получается ровно наоборот.
Я при выделении ДНК полностью избавляюсь от гемоглобина и гепарина. И еще, в том же связывающем растворе очень легко солюбилизируется агароза, свернувшаяся кровь и мягкие ткани. Так что, дерзай, если не хочешь прислушаться к 20-летнему опыту совершенствования одного метода.
Многие беды от избытка знаний.
Я недавно говорил - надо уметь фильтровать инфу из литературы.




Ну займи себя чем-нибудь





магношарики имеют смысл когда робот - у меня генмол в основном простаивает -
пару раз включали

а так - колонки Зимо или Квакаген

http://www.biotechniques.com/multimedia/ar...tion_44229a.pdf ( http://www.biotechniques.com/multimedia/archive/00044/Automated_Extraction_44229a.pdf )





Заметьте, не я это предложил ©. (Покровские Ворота)



http://www.nexttec.biz/ ( http://www.nexttec.biz/ )





100 рублей на пробу

http://www.biozym.com/desktopmodules/websh...aus%20Bakterien ( http://www.biozym.com/desktopmodules/webshop/shopdisplayproducts.aspx?id=1717&cat=Genomische%20DNA%20aus%20Bakterien )





я уже заказал пробнички этих "чудо-колонок" - посмотрим на цена-качество



Принцип метода тот же - сорбция на силике и последующие отмывки, но с использованием МАНИФОЛДа с вакуумом. Тот же микроколоночный метод с силикафильтрами и ничего нового. Если это не так и сорбент это особенный и родом и ИБХ - дайте ссылку, посмотрим что за новинка. Но я уверен, что это манифолдный вариант в комплекте с многоканальной (8) пипеткой - самый оптимальный для масштабирования пробоподготовки и не нужно покупать роботизированные станции. Дороговизна из-за манифолда с готовым сорбентом. Вот все.
Это мы уже обсуждалы на этом форуме...




Хлебом не корми, дай человеку поиграться.
Мы все, во главе с Генсеком, будем рады результатам твоих испытаний!



http://www.ibch.ru/structure/groups/synthpolym/127 ( http://www.ibch.ru/structure/groups/synthpolym/127 )

2011–2013 Контракт № 1 от 01.02.2009 г. между ИБХ РАН и ООО "Амбер" (г. Санкт-Петербург) в рамках выполненияГосударственного контракта № 9411.1003702.13.031 ("Разработка и оптимизация высокоэффективной комплексной системы одноэтапного выделения, очистки и концентрирования нуклеиновых кислот для ПЦР-анализа с целью выявления и идентификации микроорганизмов и ДНК-маркеров», шифр "Биопроба") - Ответственный исполнитель. Синтез сорбентов, разработка биосепарирующих элеиентов. Ведение технической и финансовой документации.





с чем сравнить - могу с ЗимоКвик

http://www.zymoresearch.com/dna-purificati...-gdna-microprep ( http://www.zymoresearch.com/dna-purification/genomic-dna/cell-soft-tissue-dna/quick-gdna-microprep )




Силика, покрытая полианилином, пористая (70А)... нет, не знаком с такой фишкой.
Да и мало ли модифицированных силикагелей используется для узкоспецифического применения. в хроматографии.




http://www.google.de/patents/US7772152 ( http://www.google.de/patents/US7772152 )



самый крутой тест на ингибиторы - выделить ДНК из чернозема




Вот нашел, надеюсь, речь об этом методе:
http://www.rjbc.ru/arc/29/3/0310-0315.pdf ( http://www.rjbc.ru/arc/29/3/0310-0315.pdf )




Иишо круче - асфальт с черноземом в смеси с кровью

Недастатки (основные и навсидку) метода выд. ДНК с сорбентом, покрытым полианилином:
1. Лизис клеток придется проводить с использованием традиционных растворов с детергентами и Протеиназой К и, в связи с этим, еще больше разбавляешь исходный анализируемый образец.
2. ВсЁ задерживается на сорбенте, в том числе низкомолекулярные компоненты, детергенты и Протеиназа К (в чем очень сомневаюсь), а чистая ДНК, но уже сильно разбавленная пролетает сорбент и собирается в пробирке-приемнике. А если ДНК мало в образце, придется концентрировать. Но как ???? Методов конц-рования конечно много, но Меня волнует следы Протеиназы К, но больше всего - возможные и вечно сопутствующие выделению ДНК полисахариды, типа гепарина и т.д



Да, да, угадали правильно - именно Капустин.



Сижу и думаю - это ведь действительно классный сорбент, но для другого формата выделения. На основе его можно предлагать экспресс методы типа кипячения Chelex 100 - Добавил к образцу или суспензии клеток, встряхнул, термостатировал, ЦФ и на анализ. Идеально для плазмы и сываротки для массового скрининга.



а для выделения РНК ваши сорбенты сможете приспособить?



Про РНКу для сиквенса.
Мне бы пригодились колонки или 96-чашки, как у Zymo, но чтобы связывали всего 500нг - 1 мкг РНКи и можно было сконцентрировать в 3-5мкл воды всего - такая типа мини-плашки для РНКи.
Тогда ОД не нужно было бы мерить)





вроде ест ПЦРные 96 плашки покрытые стеклом там связывание неболшое но одинаковое хотя можно шарики с адаптерами





надоело нормализоват мултиплекс библиотеки для Иллумины ?




http://supportres.illumina.com/documents/d..._15044364_a.pdf ( http://supportres.illumina.com/documents/documentation/chemistry_documentation/dx/miseqdx_cystic_fibrosis_diagnostic_assay/miseqdx_cf_diagnostic_assay_ltf_15044364_a.pdf )




Не совсем - мы можем сделать сотни и тысячи библиотек для РНК-сика даже руками за 2 дня - стоит несколько баксов на лунку - но нужно вносить образцы с малой разницей по массе - ну или мерить массу - что геморно.
А вот если пронормализовать все РНКи даже с потерей по массе - то можно тысячи в день варить.





этож сколько нужно Хисеков 2000 на 1000 РНКаСеков




http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...one.0066883.pdf ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3691247/pdf/pone.0066883.pdf )




Просто много разных сиквенсов РНКа существует. Тот же бактериальный, да есть и пара других методов у человека, которые уже посланы, но пока не вышли в печать - там достаточно 2-10М пар - что при выхлопе ХайСика в 2-3 ярда позволит сделать от 100 до 1000 образцов зараз. Сейчас сделать 1 библиотеку стоит в фасилити около 400 баксов - то есть, только сделать 1000 библиотек займёт почти пол-ляма грина - очень дорого.




Вопрос ко мне или Генсеку?

В том формате выделения, в каком используются магнитные шарики - сорбция в объеме - вряд ли, только суммарные НК. На микроколоночках - другое дело, но это уже из другой оперы.





почему оффтоп - генсек же главный пропагандист полупроводниковых РНК-сек

http://bgiamericas.com/ion-proton-rna-seq-service/ ( http://bgiamericas.com/ion-proton-rna-seq-service/ )




Но песня все равно не о нем - Генсек сейчас делает магносорбент, может быть даже лучший и дешевый в мире!



А есть возможность подключится к этим вашим испытаниям? Я, правда, занимаюсь иммунопреципитацией, антитела свои, частицы импортные (причем будут нано и микронные, в сравнении). Вот если бы ещё и частицы были отечественные. Так скажем укрепление обороноспособности



Увы и ах, не молоденькая и не девушка У меня хемиселлы четырех видов, обещают вот-вот флюидмаг. Сейчас я пока гибридому разгоняю, маловато АТ даёт и асцитогенность не очень. А вообще, это больше джаст фо фан у меня магистрская.
зы Про обороноспособность я пошутил, если что





Насколько я понял, Вам желательно иметь магносорбенты с белками A или G. Ещё лучше - с теми же белками, но для повышения сорбционной ёмкости иммобилизоваными на агарозной оболочке магнетитных микросфер. Или ещё проще - смесь клеток стафилококка с частицами магнетита, заключенными в агарозные гранулы.

В 80-е кто-то производил препараты формализированных стафилококковых клеток, предназначенных для иммуносорбции (лиофильно высушенные, в больших ампулах). По нынешним временам это, наверное, не катит.

Может быть, кто-нибудь имеет продуценты A/G белков (или сами белки в неограниченных количествах)?



Не обязательно с белками а/г, но, по всей видимости, проще будет с ними работать. Ещё раз оговорюсь, задача у меня учебная, и какие-то глобальные исследования проводить просто нет времени. А хотел я сравнить, что вот микронные частицы с такой эффективностью извлекаю, нано с такой. Объект — листерии. Нужно выделить из большого объёма, молока допустим, и потом либо на пцр, либо на чашки. То есть ещё показать насколько вредны нано для последующего культивирования. Самому попробовать делать делать частицы интересно, но время…



Пока я ориентируюсь исключительно на ДНК. С иммунологами знакомства имею, так что если они проявят интерес, то сделаю и для них. Если у Вас интерес не пропадёт, то напишите через пару месяцев. Может быт,ь к тому времени появится что-нибудь и для иммуносорбции.



Ок, интерес не пропадет.



Здравствуйте!
Прошу совета у опытных людей.
У меня диплом по магнитным частицам. Я синтезирую магнетит, а потом покрываю его силикагелем путем гидролиза ТЭОС в сильно щелочной среде. На полученные частицы я пытаюсь адсорбировать ДНК лосося и РНК дрожжей из раствора. Условия адсорбции - 5М раствор гуанидина тиоцианата и слабокислый рН (взято из литературы).
Так вот ДНК адсорбируется отлично, а РНК совсем нет. Если кто-либо сталкивался в своей работе с подобной проблемой, подскажите в какую сторону копать. Буду очень признателен за любую помощь



А может РНК просто валится быстро?




а вы сорбируйте РНКу в 2М гуанидине:50% этанол, сядет как миленькая



Подозреваю, что дело не в посадке РНК, а в её плохой десорбции.

В кислой среде идёт химическая реакция образования связей P-O-Si, которые при защелачивании гидролизуются. Двунитевая ДНК из-за жёсткой вторичной структуры связывается силикатной поверхностью в отдельных точках, а РНК отличается повышенной гибкостью, связывается гораздо прочнее и смывается (гидролизуются все связи) медленнее.

Если это правда, то смывать РНК нужно не спеша. Дайте сорбенту с ней постоять часок-другой в слабощелочном буфере (pH~9). Вы будете смеяться, но, судя по всему, ионная сила при смывании ДНК/РНК значения не имеет.




Спасибо, попробую!



Дело именно в адсорбции. Измеряю оптическую плотность раствора ДНК или РНК, затем инкубирую его с частицами, потом опять измеряю оптическую плотность. В случае ДНК она уменьшается, а в случае РНК - нет.



А есть разница в сорбции двухцепочечной или одноцепочечной ДНК на силику?





Похоже, особой разницы нет.



разница есть, даже патент есть на эту тему, сцылку искать лень



Суспензии силикатных магносорбентов при длительном хранении нестабильны. Частицы норовят слипнуться. Высушил пол грамма. Через пол года суспендировал. Хорошо сохранились! Суспендируются отлично. Фракционный состав не изменился.

Похоже, нужно переходить на сухие препараты.



И когда будут сухие препараты?



Для сухих препаратов нужна лиофильная сушка и большие количества сорбентов .

На днях обнаружил по соседству сушилку. Надеюсь, с её хозяевами удастся договориться . Приготовил несколько стограммовых препаратов. Постараюсь сегодня оценить их фракционный состав и засушить .



Вчера высушил на лиофильной сушке 15 грамм.
Исходная партия оседала очень медленно и легко ресуспендировалась. Сухие почему-то ресуспендироваться в воде не желают. Быстро оседают на дно.
Похоже, придётся или искать распылительную сушилку, или не выпендриваться и делать как все - поставлять в виде суспензии.




Правильно, не выпендривайся .
Замени среду Ц/Ф-нием пару раз, добавь забуференную среду с консервантами и на 4 оС. Главнее - нанести плотный надежный слой силики.
И привези на испытания.





Ценрифугированием - это слишком сложно. Проще примагнитить. Среду забуферивать тоже не нужно. Потом придётся разбуферивать. Слои за отчётный период наловчился наносить любой толщины. Но для их уплотнения нужно время. Так что поставил пол кило частиц на созревание и уехал отдыхать. Через пару недель вернусь и с ближайшей оказией передам или сам привезу на испытания.



Летние испытания показали, что мелкие частицы (0,6 мкм) после сорбции ДНК слишком сильно слипаются и плохо ресуспендируются . Пришлось увеличить средний размер частиц до 3 мкм.
Проверку эта партия прошла успешно. Осталось её (0,6 л) разлить по пузырькам (по 20 мл, т.е. ~30 шт.). Главная проблема - соорудить приличные этикетки типа:



Картинки:


Главное - придумать короткое и уникальное название.
Я так и не забрал образец на испытание у соседей.



Продолжается отработка технологии приготовления магнитного силикагеля. При использовании в качестве реакторов полуторалитровых бутылей получается примерно 50 г (сухой вес). Это достаточно для приготовления 1 литра суспензии со стандартной концентрацией 5% (или 5 литров с концентрацией 1%).

Пора переходить на реакторы объёмом 5...10 л.



полуторалитровые бутыли, надеюсь, из-под пива ?



genseq посоветуйте буфер для связывания одноцепочечных коротких последовательностей (после реакции сиквенса) на колонке с силикой. У меня Binding buffer кончился вот от этого :
http://www.zymoresearch.com/dna/dna-clean-...ng-clean-up-kit ( http://www.zymoresearch.com/dna/dna-clean-up/zr-dna-sequencing-clean-up-kit )
А колонок много, и их регенирировать можно.





На практике не проверял, но теоретические основы таковы:
1. pH<7 (сильно закислять нет смысла).
2. Обязательно "посолить" (например, KCl или CH5N3*HCl >0,3 M).
3. ЭДТА

Низкая pH снижает отрицательный заряд силики и концентрацию гидроксилов в растворе.
Соль предотвращает отталкивание ДНК отрицательно заряженной силикой. Достаточно 0,2 М, но для полной гарантии добавляют до 0,4 М.
ЭДТА - чтобы убрать магний. Связыванию ДНК он не мешает, но может затруднить десорбцию.

Так что можно попробовать (теоретически) KAc 0,3 М + 1 mM ЭДТА pH 6,0.



Спасибо.
Вы свои сорбенты не собираетесь для этого приспособить? Дело то хорошее и аналогов на рынке мало.



Мне кажется, что в России у таких наборов нет коммерческой перспективы. Секвенированием занимаются исключительно бюджетные организации, которым проще закупать дорогие и проверенные наборы за бугром, чем связываться с дешёвыми наборами неизвестных отечественных поставщиков.

Если захотите поэкспериментировать со своими препаратами, то сорбентами обеспечу бесплатно и в любых количествах.



эти наборы для бигДай ремув неоправдано дорогие. Большинство или откручивает или с гель-фильтрацией мучается. Это как раз ниша вообще не занятая, в отличии от ДНК/РНК изоляции или ПЦР клиан-ап.

Только экспериментировать никому не хочется, мне то точно. Нужен набор готовый с буферами. А если его будет легко купить, например в хеликоне, то ....
я бы с удовольствием покупал. Многие, я уверен тоже.



Теоретически всё не сложно, но экспериментировать не с чем. Можно повозиться с сорбцией-десорбцией флуоресцентно меченых праймеров, но без БигДаев убедиться в их качественном ремуве не удастся.





А спирт здесь не нужен ?



Если теория верна, то вместо 70% спирта для отмывки БигДаев можно использовать обычную дистиллированную воду (pH 5...6). А для десорбции - Tris/HCl с pH 9...10.



По данным трёх испытательных лабораторий, мелкие частицы (< 1 мкм) после сорбции ДНК плохо ресуспендируются, поэтому пришлось увеличить размеры. В последней партии силикатного сорбента (двухлитровая, 5% по сухому весу) средний диаметр частиц - 1,6 мкм при довольно узком распределении (~0,2 мкм):

Сорбционные свойства вопросов не вызывают. Они проверялись неоднократно. Осталось уточнить следующие вопросы:
1. Стоит ли "округлять" размеры частиц до 1,5 мкм (спустить половину частиц в унитаз)?
2. Какое название дать этому магносорбенту?

Главное - название, поскольку "как вы яхту назовёте, так она и поплывёт" (Врунгель).

Какие будут предложения?



МагноГен.
Конечно можно и МагноСеком назвать
Распределение впечатляет.



МагноГен че-то тоже как-то... Хотя лучше МагноСека
МагноСил, по-моему, есть уже. Силекс, само собой...
В моих складах названий есть неиспользованный УниМаг
А не хотите просто, как на этикетке - магнитный силикагель?



Спасибо за идеи. Хотелось бы, чтобы название не затерялось в Интернете, т.е. оно должно быть достаточно уникальным. По этой причине MagnoGene и UniMag не подходят:

Magnogene is a medicine available in a number of countries worldwide.
http://www.drugs.com/international/magnogene.html ( http://www.drugs.com/international/magnogene.html )

UNIMAG - это интерактивный журнал о моде, музыке, искусстве, событиях, интересных местах и персонах.
http://vk.com/unimagazine ( http://vk.com/unimagazine )

www.unimag.ua
Интернет магазин - Экологичные товары: электровелосипеды, электросамокаты, электромобили, альтернативная энергетика, спорт, туризм, здоровье, ...

Пока лидирует последнее предложение - "Магнитный силикагель". Но оно подходит только для России, в которой потенциальных потребителей такого продукта можно пересчитать по пальцам. Хотелось бы иметь ещё и англоязычный вариант названия. Не уверен, что для этого подойдёт прямой перевод - "magnetic silica gel".



Может, СиликаМаг?



генсек, а стрептовидиновые бидсы вы готовите ?





Чтобы приготовить стрептавидиновые бидзы нужно купить стрептавидин.
А чтобы что-то купить нужно что-то продать.




.. или банк ограбить.



С силикатными магносорбентами всё уже понятно. Технология получения отработана. Осталось наладить распылительную сушку. Можно и без неё, но заливать пузырьки "под завязку" нельзя, поскольку сорбент нужно суспендировать встряхиванием. Если же рассылать пузырьки с "недоливом", то они булькают, что может не понравиться девушкам на почте. При отправке по России девушек можно уговорить, но на международный рынок с "бульканьем" прорваться не удастся.

Ещё нужно получить аналог AMPure XP (или SPRI), т.е. карбоксилированные частицы в 20% ПЭГ c 2,5 М NaCl. Карбоксилирование недавно освоил, но в первой партии частицы получились со средним диаметром 0,6 мкм. Работать должны не хуже полуторамикронных, но могут хуже ресуспендироваться после промывки этанолом и подсушивания. Придётся укрупнять.



генсек, а вы cooh частицы пробовали в деле с ПЭГом? Если вам интересно я могу их потестировать на библиотеках и сравнить с АМпуром. Хотя у меня хороший запас АМпуров, они неоправданно дороги и я (да и не только я, как мне кажется) с удовольствием заменил бы их на местный продукт.



Исходной задачей была именно разработка аналога AMPure. С ПЭГом пока не пробовал, поскольку для AMPure XP нужны частицы диаметром 1,5 мкм. У меня первая партия карбоксилированных частиц получилась с диаметром 0,5 мкм, а они после отмывки спиртом (если пересушить) плохо ресуспендируются. Да и примагничиваются медленнее:

Надеюсь в январе разобраться с размерами частиц, закупить ПЭГ 8000 (пока есть только ПЭГ 6000) и замесить первую партию препарата. Проверять хотел сам, но за помощь в этом деле буду очень признателен.



Генсек, да я вам даже ПЕГ8000 отсыплю, ради такого дела )). Проверять лучше сначала на маркере 50 и на геномке фрагментированной, потом и библиотеку можно взять ).



ASDF



А для целей обычной очистки из гелей или выделения ДНК чем карбоксилированные лучше обычных силикатных? Только упрощением протокола и отсутствием органики?

А XTerminator АБИшный - это какие частицы?





Для обычной очистки ДНК из геля карбоксилированные ничем не лучше силикатных. Для выделения ДНК из таких источников как кровь, клетки и т.п. пригодны только силикатные. Карбоксилированные захватывают слишком много грязи. Преимущества карбоксилированных (осаждения ПЭГом) проявляются при очистке ДНК от дНТФ, ферментов, праймеров, праймерных димеров, а также мелких (<100...200 п.о.) и крупных (>500 п.о.) фрагментов. А это как раз то, что нужно в NGS для приготовления библиотек ДНК. Правда, ПЭГ можно заменить изопропиловым спиртом, но не всегда. С ПЭГом можно использовать и силикатные частицы, но это снижает качество очистки. Поэтому после завершения разработки силикатных частиц я даже не пытался сделать такую замену.

XTerminator - это, похоже, амфотерный ионообменник. Удаляет не только дНТФ, но и соли. Скорее всего, эпплайдовцы его усовершенствовали - покрыли ПАГом или каким-то другим мелкопористым гелем, предотвращающим связывание ДНК.



ПЭГом пцр-продукт великолепно чистится вообще без бус, но надо откручивать (попробовать можно но с бусами проще все же).

Аналог АМПура был бы полезен также тем кто занимается клонированием/мутагенезом и прочим лигированием, тут надо делать наборы и рекламироваться. Тем более при нынешнем курсе рубля.
Некотоыре извращенцы с ампуром даже плазмиды выделяют: http://openwetware.org/wiki/Lane:MagneticPlasmidPrep ( http://openwetware.org/wiki/Lane:MagneticPlasmidPrep )

Вот кстати еще идейка для набора: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002....25257/abstract ( http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bit.25257/abstract )




Я с 6000 делал (и с ацетатом аммония вышло лучше чем с NaCl). Правда через полгода похоже растворчик окислился и теперь ингибирует ПЦР. Но первый месяц все работало.



Расфасовал последнюю партию силикатного магносорбента. Получилось три десятка пузырьков по 20 мл "магнитного силикагеля" (5% w/v; 25% v/v). Однако, партия!

http://magno.ucoz.com/index/silica/0-6 ( http://magno.ucoz.com/index/silica/0-6 )




Пирамидкой красиво лежат, созревают, как вино. Беру.





Они не лежат, а стоят. Это вид сверху.

Одна девушка просила дать на пробу немного магносорбента. Предлагал отправить по почте, но она хочет забрать лично, причём именно у тебя.
Если не возражаешь, на этой неделе привезу "пирамидку" к тебе (для раздачи девушкам). Для серьёзных потребителей на днях приготовлю ещё пару литров. Флаконы для неё (20 шт. на 100 мл) вчера заказал в Китае. Пора увеличивать объёмы производства.



Партию магносорбента отвёз в Москву. Желающие испытать и поделиться впечатлениями могут получить флакон (20 мл, 5%) бесплатно. Запросы - по E-mail или через сайт:
http://magno.ucoz.com/ ( http://magno.ucoz.com/ )



Генсек, а вы сами то их тестировали? Что чистили ? ПЦР фрагменты ? или может РНК? Опять же буферы вы предлагаете самостоятельно делать?





Из 200 мкл цельной крови в 200 мкл воды (или ТЕ - тут не уверен), растворы почти без изменений взяты от колонок, 260/230 из-за плохо отмытого гуанидина.
Работают частицы.



RNAi ( http://www.creative-animodel.com/Animal-Model-Development/Knockdown-Services.html )?



Подтвердилась теория хемосорбции ДНК/РНК на силикатах (пп.6,7) :
http://magno.ucoz.com/index/silica/0-6 ( http://magno.ucoz.com/index/silica/0-6 )
Исходя из неё причиной высокой специфичности связывания нуклеиновых кислот на таких сорбентах является образование связей Si-O-P при pH<7, гидролизующихся в щелочных условиях.
Оказывается, специалистам эта реакция давно известна. Вот что ответила на моё письмо ведущая специалистка Института химии силикатов Т.А.Кочина:
В принципе, в пп. 6 и 7 все изложено. Хемосорбция поверхностью силикагеля соединений фосфора была описана еще в 1971году. На первой стадии происходит замещение силанольных групп SiOH, которые всегда присутствуют на поверхности силикагеля, на Si-O-P, т.е. происходит прививка фосфорсодержащих соединений к поверхности силикагеля (хемосорбция). При последующем гидролизе происходит расщепление привитых групп Si-O-P с образованием групп P-OH и Si-OH (десорбция). Скорость гидролиза возрастает с увеличением рН среды.



Уважаемые форумчане, давно слежу за форумом и рассуждениями по поводу магнитных частиц и о проблемах, связанными с ними. В конце концов решил написать, так как в рассуждениях, высказывающихся на форуме, достаточно много ошибок и заблуждений. С вашего разрешения я изложу суть проблемы так, как я, в качестве производителя наборов с использованием магнитных частиц, вижу эту проблему.

1. Почему магнитные частицы
способностью сорбировать нуклеиновые кислоты, белки обладают огромное количество материалов начиная от металлов и не только металлов, их оксидов, сложных органических молекул и много-много других. Силика оказалась, что называется под рукой. Самой дешевой и достаточно эффективной. Комбинирование силикатного покрытия с магнитной основой просто логическое продолжение хорошо отработанного метода, дающее преимущество собирать частицы из большого объема без использования центрифуги. Сегодня существуют частицы с совершенно разными покрытиями, позволяющие избирательно выделять нуклеиновые кислоты или белки с определенными свойствами, характеристиками и размерами.

2. Почему каждый не синтезирует свои частицы
синтез магнитных частиц с любыми покрытиями при небольшой затрате времени можно найти в бесконечных количествах статей. Сегодня некоторые из таких частиц может синтезировать даже школьник у себя дома на кухне. Это не особенно сложно. И самое замечательное - эти частицы будут что-то выделять. Но основная проблема - приспособить частицы для конкретной задачи. И вот тут начинается та работа за которую наши уважаемые клиенты платят свои деньги. Частицы являются таким же компонентом набора, как и соли, и другие компоненты. Сами по себе они ничто. Только вместе с правильно подобранными компонентами в нужных соотношениях и последовательностях их использования достигается конечный эффект. Так что можно сказать, клиент покупает не магнитные частицы, а ноу-хау по их использованию. И в результате набор становится системой, позволяющей стандартизовать процедуру. Это очень важно при выделении из большого количества образцов, чтобы результат был воспроизводим и его можно было сопоставить с предыдущими результатами.

3. зачем переплачивать за чужие наборы
в любой работе каждый для достижения результата выбирает одно из двух - время или деньги. Если вам нужно быстро получить результат, а не осваивать азы по лабораторному практикуму - вы покупаете набор, выполняете работу, публикуетесь, становитесь известными в своей области, получаете гранты и работаете дальше. Если у вас нет денег и есть много времени, то вы вникаете в детали процедур, набиваете шишки и ломаете ноги о подводные камни и рано или поздно вы все будете знать, что и как должно быть в любом наборе и, может быть, откроете свою собственную фирму. Что выбирать - решать вам.

4. и все-таки, из чего состоят буфера для выделений
из разных компонентов. На разработку буферов уходит масса времени. Если кто-то на форуме пишет, что он понюхал и там 100% этанол, изопроп и т.д., а в буфере таком-то наверняка гуанидин, могу вам с почти 100% уверенностью сказать - в мясной сосиске есть мясо. Лучший способ узнать правду и получить правильный совет - не спрашивать на форумах, а обратиться к производителю. Если сможет - ответит. Если не сможет, по крайней мере не будет вводить в заблуждение.

Желаю всем успехов!




Лучший способ узнать загадочный состав - посмотреть список патентов, которые перечисляются в описании продукта. По кр. мере можно узнать в каком направлении копать. Спрашивать производителя - пустая трата времени и свидетельство потрясающей детской наивности вопрошающего.



Аминь, брат.



Как показало изучение монографии отечественных авторов (М.Г. Воронков, Е.А. Малетина, В.К. Роман. Кремнекислородные соединения неметаллов : производные азота и фосфора. 1998 г., 360 с.) , соединения со связями P-O-Si описаны во множестве публикаций. Так что хемосорбция ДНК силанолами сомнений не вызывает. Но в сорбции могут принимать участие и водородные связи силанольных групп с аминами и амидами. Сорбция амидов тоже не вызывает сомнений, поскольку этот тип связей неплохо изучен в связи с изучением флокулирующих свойств полиакриламида, широко используемого в водоочистке.
Исходя из этих литературных данных попытался приготовить частицы с полиакриламидным покрытием, пропитанным поликремниевой кислотой. Пробный вариант отличался повышенным дзета-потенциалом. Повысилась и сорбционная ёмкость. Оседают частицы "полиакриламидного силикагеля" не быстрее обычных, но диаметр увеличился примерно в 2 раза - до 2...3 мкм. Осталось проверить влияние сроков хранения. Если через год свойства не ухудшатся, то начну ими приторговывать.




Файл/ы:

Lot_5___17.05.2016_2.pdf Размер:: 206.06к кол-во скачиваний: 514

Не все так категорично. За спрос денег не берут, но иногда отвечают искренне. Прецеденты были. Конечно, не всегда.





Dear ASDF,
прошу прощения за то, что переключился с разработки AMPure RU на обзоры и проекты по NGS. Обязуюсь до конца года вывести на рынок первую партию данного препарата, отличающегося от всех прочих аналогов особо низкой ценой и высоким качеством. Тем более, что деньги на реактивы появились. Спрос на магнитные штативы и сорбенты понемногу растёт.



Генсек камень точит.
1 М хлорид натрия уже сам по себе антисептик. Но как среда для шариков - не помеха. Хотел сказать, что азид можно уже не добавлять. На своих добавляю побольше азида (до 0,1%) и держу рН ниже 8.
Про сроки хранения понятно (что может произойти со стеклом), но таки советую дать один год (для тебя же лучше - больше будут покупать.





Спасибо за дельные советы. Правда, с азидом всё не так просто. В магносорбенты он добавляется не столько для устранения прорастания, сколько для блокировки окисления магнетита. Правда, у меня частички и без него покрыты фосфатом, но азид, по крайней мере теоретически, может пролезать в "промежности", недоступные для фосфатов.
С pH ситуация понемногу проясняется. Оказалось, что сорбционные свойства зависят от дзета-потенциала, а он в щелочной среде понемногу снижается. В кислой среде перегруппировки силанольных связей не идут, поэтому дзета-потенциал намного стабильнее. Посему препараты теперь подкисляю. Нужно бы поставить серию экспериментов по оценке влияния pH на стабильность дзета-потенциала при длительном хранении, но своего прибора не имею, а заказывать такую серию накладно.



Заложи на хранение сорбенты в разной среде и рН и оценивай периодически по конечному показателю - выделению ДНК из какого нибудь стандартного образца. Я не мудрствуя моделирую с чистой ДНК фага лямбда, а следом - из крови.
А что есть дзетта потенциал даже не заморачиваюсь.
Ну конечно если это надо публиковать в Натуре...



Сорбенты закислил. Азид не стал добавлять, поскольку при закислении он даёт летучую адотистоводородную кислоту, по токсичности ненамного уступающую синильной. Бутыли по 0,5 л заложил на хранение. Частицы сделал разного размера - ~0,75 мкм, ~1,5 мкм и ~2,5 мкм. Через пол года буду сравнивать их сорбционную ёмкость.
Приятно работать, когда никто не торопит.




Это точно!
А когда голова не болит где бы деньги достать на приятный отпуск... зимой - это ващеее.





В сентябре имел неосторожность пообещать доделать AMPure RU. Тогда конец года казался очень далёким. Обещание выполнил, но только частично. Конечного продукта до сих пор нет. Зато удалось получить карбоксилированный магносорбент с диаметром частиц как у AMPure XP - 1,5 мкм. Причём по очень простой технологии. После Нового Года займусь масштабированием его производства и подбором рецептуры для стабилизации ПЭГ. Главное - не торопиться. Тем более, что торопиться некуда.




Это в каком смысле стабилизировать?





Это в смысле подобрать анитоксиданты и т.п., которые замедлят или устранят накопление всякой гадости, образующейся при хранении растворов ПЭГ.
Немного информации на эту тему есть здесь:
http://magno.ucoz.com/index/ampure_xp/0-8 ( http://magno.ucoz.com/index/ampure_xp/0-8 )




В качестве антиоксидантов, не открывая америку: меркаптоэтанол, DTT, серосодержащую аминокислоту...
А в качестве консерванта, если рН позволяет (кстати, какой?), азида и проклинчика.
Хотя сомневаюсь, что нужна ли вообще стабилизация в среде с 2-3 М NaCI.



Сегодня на сайте http://magno.ucoz.com/ ( http://magno.ucoz.com/ ) счётчик насчитал 4000 посещений со дня его основание. В связи с юбилеем хотелось бы подвести некоторые итоги.

1. Налажен синтез силикатных магносорбентов. Не уверен, что лучших в мире, но уверен, что не худших. А по стоимости - самых дешёвых (20 мл 5% концентрата - 6 тыс. руб.).
2. Разработана технология синтеза карбоксилированных магносорбентов. Выход магнитных частиц у неё в 5 раз меньше, чем у силикатных. Но если концентрат доводить до 1 % (по сухому весу), а не до 5% (как у силикатных), то конечный объём получится такой же - около 0,5 л за один цикл приготовления. Причём технология легко масштабируется, так что можно получать концентрат и литрами.
3. Пора браться за главное - за разработку AMPure RU. Поэтому "прошерстил" литературу по накоплению перекисных соединений в эфирах (к которым относится и ПЭГ). Картинка начинает проясняться. Но однозначное решение отсутствует, поэтому со стабилизацией ПЭГ придётся поэкспериментировать. Надеюсь, что уже на следующей неделе.



Вполне доморощенное магнитное (3D биопринтер российский)
http://www.biohab.ru/index.php?/topic/968-...ge-2#entry13311 ( http://www.biohab.ru/index.php?/topic/968-3d-печать-органов/page-2#entry13311 )



Наконец-то всё готово для приготовления AMPure RU.
Банка с особо чистым ПЭГ8000 лежит давно. Чистый (хч) NaCl получил на прошлой неделе. Вчера на почте забрал посылку с главным антиоксидантом - эктоином. Обычно ограничиваются добавлением одного азида натрия, но он плохо ловит супероксидные радикалы. Карбоксилированные частицы магнетита окислил до гамма-гематита, чтобы свести к минимуму их окисление, и выдержал около полугода. Мелких примесей в этой партии нет совсем. Есть примесь крупных частиц, но её убрать совсем не сложно. Основная фракция идеально ложится в оптимальный диапазон (~1,5 мкм). Осталось только перемешать всё это в нужных пропорциях.

На следующей неделе буду готов обеспечить всех желающих пробными образцами. Заявки на пробники можно присылать через форму обратной связи на сайте magnoshop.ru:
http://magnoshop.ru/index/obratnaja_svjaz/0-10 ( http://magnoshop.ru/index/obratnaja_svjaz/0-10 )




Это с каких пор эктоин стал антиоксидантом?
Стабилизирующее влияние оказывает, но в данном случае, как бы сказать, - не в кассу. Как возникло такое решение?



Эктоин известен как один из лучших космотропов (противоположность хаотропов), но лично у меня его антиоксидантные свойства сомнений не вызывают. Это следует из его формулы. Но есть и публикации, подтверждающие его UV-защитные и радиопротекторные свойства :



Файл/ы:

Ectoin_DNA_pH_2017.pdf Размер:: 2.27мб кол-во скачиваний: 627

Ectoin_2017_DNA.pdf Размер:: 5.37мб кол-во скачиваний: 234

В глазных каплях, в защитных кремах от УФ эктоин давно используется. Лишним компонентом возможно не будет в твоих суспензиях шириков, но точно не защитит от:
- зацветания среды,
- гидролиза и пр. модификации функциональных групп,
- ну и окисления тоже, конечно.
Протекторные свойства эктоина, в отличие от того же DTT, имеют совсем другую природу.
А может тебе повезет, и на небосклон взойдет суперзвезда!





Зацветание "среды" (20% ПЭГ8000, 2,5М NaCl, 0,1% азида натрия) меня не волнует. Волнует разрыв эфирных связей ПЭГа, который приводит к образованию концевых радикалов. А они незамедлительно реагируют с кислородом и образуют перекисные соединения. Перекиси реагируют со следами железа с выделением активных форм кислорода, в том числе свободных гидроксильных и супероксидных радикалов. Гидроксильные быстро окисляют первые попавшиеся молекулы и быстро нейтрализуются, например, азидом. А вот супероксидные в слабощелочной среде накапливаются и из-за отрицательного заряда с азидными анионами практически не реагируют. Зато хорошо реагируют с положительно заряженными группами. Поэтому и нужен эктоин, у которого имеется положительно заряженная и легко реагирующая с супероксидом группа N=C.
Хотя в действительности всё может быть совсем не так, как на самом деле.



Сегодня замесил первую партию (0,5 л) AMPure RU (т.е. AMPure XP отечественного разлива).

Состав:
20% ПЭГ8000;
2,5М NaCl;
10 мМ Tris*HCl (pH 8,0);
0,1% азида натрия;
0,2% эктоина;
0,2% гематитного магносорбента (-COOH; средний размер частиц 1,2 мкм).

Осталось расфасовать. Пузырьки в наличии только на 30 мл, так что пробники получатся по 25 мл (19...20 флаконов). Как показал ранее приобретённый опыт, бесплатно раздавать пробники нет смысла. Так что собираюсь их продавать по 1000 руб. (в рекламных целях, с курьерской доставкой, оплата по безналу). Могу отдать и бесплатно, но за рецензию. Не обязательно (но желательно) хорошую.

Заявки можно оставлять прямо здесь.
Или здесь: http://magnoshop.ru/index/obratnaja_svjaz/0-10 ( http://magnoshop.ru/index/obratnaja_svjaz/0-10 )

Если отзывы будут положительными, то после Нового года начну приторговывать этой коричневой жижей.




Старик нелья быть таким меркантильным Кю....






Дело не в меркантильности. Если из рук в руки, то передам бесплатно.
Если отправлять через ТК с курьерской доставкой или по почте, то моей зарплаты на это не хватит.
Тем более, что исходные реактивы не были бесплатными.

Если всё-таки считаете, что 1000 руб. за 25 мл это многовато, то пишите в личку. Договоримся.
Или обращайтесь к конкурентам. У них есть бесплатные пробники по 1 мл, но только до конца года. Или флаконы по 5 мл подобного препарата ("SR DNA beads"), но за 8200 руб.:
http://seqrus.ru/ ( http://seqrus.ru/ )



А секрус - это кто? В каком институте?





Не знаю (но догадываюсь).

После праздников собираюсь провести рекламную акцию для продвижения AMPure RU. Сам я его ещё не проверял, но предоставлю по флакону (25 мл) любому, кто пообещает провести проверку. Бесплатно могу разослать десяток флаконов.

Заявки принимаются через форму обратной связи или по E-mail:
http://magnoshop.ru/index/obratnaja_svjaz/0-10 ( http://magnoshop.ru/index/obratnaja_svjaz/0-10 )
http://magnoshop.ru/ ( http://magnoshop.ru/ )

После проверки сторонними экспертами или займусь доработкой и устранением выявленных недостатков (если они обнаружатся), или включу AMPure RU в каталог продукции. Ориентировочная цена - 6000 руб./25 мл (в 5...6 раз дешевле, чем у конкурентов).

С наступающим Новым годом!



Генсек, ты неисправим! Этого мало что ты бесплатно даешь свой сорбент для испытаний, ты еще должен заплатить за эти испытания, но уже другие деньги, уже немалые. Даже если твой сорбент далее будет нужен непосредственному "испытателю".
И потом, ты своим "5-6 раз дешевле" рубишь на корню всю свою любимую деятельность - или ты воруешь чтоб так дешево было, или просто "пиаришься", говоря на новом русском... Дешевле должно быть всего на 3 копейки, ну не намного, ну чтоб заметили что дешевле чуть-чуть. Учу тебя, учу
Пардон, конечно, но поверь более опытному "Ъ".




А не слишком палевное название? Могут и засудить. Лучше что-нибудь типа Amplipure, PCRpure, CarboPure (вот до этого точно никто не додумался) и т.д.




Пухлик ты чо так возбудился?????
Ну хочется челу, ну и пусть себе....
все равно ханьцев он не переплюнет...)))





1. Сначала попытаюсь испытать без денег. Если не получится, то придётся испытывать за деньги. При их отсутствии - испытывать самому.
2. Реактивы не ворую. Покупаю на деньги, полученные от продажи магнитных штативов и силикатного магносорбента.
3. Дёшево потому, что самый дорогой компонент - карбоксилированные бидзы - наловчился делать своими руками. И теперь их нужно пиарить.



Название"стрёмное", но понятное для всех, кто в России занимается NGS. Если прорываться за бугор, то придётся что-то придумывать. Кстати, спасибо за идею (AmpliPure). У этого названия только один недостаток - оно не подходит для поиска в Интернете. Нужно придумать что-нибудь уникальное. Какие будут предложения?




Ну занимающиеся NGS в России это достаточно узкая группа и на ней далеко не уедешь. Подобные частицы могли бы пригодиться и при очистке обычных пцр продуктов или скажем рестриктов при клонировании. А это сразу увеличивает число потенциальных покупателей в три-четыре раза. Для зарубежных же покупателей надо что-нибудь новое придумать, например подобрать условия для очистки фрагментов длиной больше 10 килобаз для оксфорднанопора.
По поводу названия, пробовал искать - amplipure magnetic, выдача пустая.



AMPure RU вместе с растворами на тесты даются?



Евроген все уже за вас порешал, генсек, расслабьтесь, место занято в лучшем виде, и со штативчиками токмо





О каких растворах идёт речь?
Для очистки ДНК нужно добавить к препарату равный объём AMPure RU, осадить магносорбент с ДНК на магнитном штативе, промыть осадок 70...80% этанолом, слегка подсушить, суспендировать в TE или в любом другом удобном для дальнейшей работы буфере и удалить магносорбент всё тем же магнитным штативом.



Реагент, предлагаемый Еврогеном (CleanMag DNA), стоит 31500 руб./25 мл. Причём к препарату ДНК он добавляется в двойном объёме. Т.е. этот реагент примерно в 10 раз дороже AMPure RU.

В этом деле главное - это качество. Но если качество не будет вызывать сомнений, то главной становится цена. Так что Евроген в данном случае конкурировать не сможет.



конечно, не конкурент. нельзя быть конкурентом тому, чего нет на рынке. а цена... по сравнению-а ведь больше сравнивать не с чем- с импортными аналогами вполне щадящая. народ уже полюбил



Нет, я в варианте для библиотек имел в виду - отдельно частицы с растворами на тесты даются?





Естественно. Так и было задумано:
http://magnoshop.ru/index/ampure_xp/0-8 ( http://magnoshop.ru/index/ampure_xp/0-8 )



Ок, мы возьмем на тесты, чуть позже в личку напишу.
Интересует именно size-select, очистка в меньшей степени.



Похоже, технологию производства силикатного магносорбента удалось довести до совершенства:
1. Магнетит заменён маггемитом, который не содержит двухвалентного железа и, соответственно, не плодит свободные радикалы.
2. Появилась возможность регулировать средний диаметра частиц, причём практически без снижения выхода целевого продукта.
3. Выход магнитного силикагеля повышен до 2...3 литров концентрата (5% w/v или ~50% v/v) в месяц.

Теперь можно полностью переключиться на совершенствование AMPure RU. Пробные образцы (по 25 мл) рассылаю бесплатно, но только в пределах РФ и ближнего зарубежья. В дальнее забугорье тоже могу передать, но только с оказией.



Недавно (17.05.2018) на выставке конференции NGS-2018 компания ГенТерра рекламировала силикатный магносорбент EXTRAGEN. Похоже, рекламировать начали совсем недавно, поскольку на сайте компании информация о нём отсутствует:
http://www.genterra.ru/ ( http://www.genterra.ru/ )

Раздавали проспекты и даже бесплатные образцы (по 1 мл). Частички мелковаты (около 1 мкм), но, насколько я понял, вполне работоспособны. Пока нашёл у них только один недостаток - цена (150 тыс. руб./500 мл при 2,5% w/v). Это в полтора раза дороже моих (100 тыс. руб./500 мл при 5% w/v), но если учитывать в 2 раза меньшую концентрацию, то стоят они в 3 раза дороже:
http://magnoshop.ru/index/magnosorbenty/0-21 ( http://magnoshop.ru/index/magnosorbenty/0-21 )



Ну могу сказать, что AMPure RU тоже работают, с почищенных ампликонов получены вполне себе нормальные сиквенсы.



Не писал об очередных успехах по причине их отсутствия. В основном из-за лени. И ещё из-за того, что даже без рекламы спрос на магнитный силикагель приблизился к его предложению (0,5 л в месяц). Пришлось сосредоточиться на увеличении масштабов производства. Т.е. на переходе с нескольких двухлитровых банок на двадцатилитровые вёдра. Первая пара купленных вёдер сразу уменьшила трудозатраты и позволила не напрягаясь приготовить больше литра магносорбента. В ближайших планах - покупка ещё двух вёдер. Для покрытия российского рынка их будет вполне достаточно. А если хорошо пойдёт, то можно будет подумать и о завоевании мирового господства на рынке силикатных магносорбентов.

Буду признателен за предложения по развитию магносорбентных технологий выделения ДНК/РНК с использованием дешёвого магнитного силикагеля. Лучше в России. Но можно и за бугром. Не из-за квасного патриотизма, а из-за слабого (мягко выражаясь) владения разговорным английским. Не говоря уж о других языках.



Ежемесячный спрос на концентрат магнитного силикагеля в связи с пандемией начал исчисляться литрами. И боюсь, что это только начало. Боюсь потому, что если с несколькими вёдрами я и сам справляюсь, то несколько десятков вёдер мой радикулит терпеть уже не станет. И технологию производства магносорбента придётся срочно модернизировать и механизировать.





генсек самопальные магнитные шарики не южу





Они уже перешли из разряда самопальных в разряд фирменных.



Файл/ы:

____________________29___20___.pdf Размер:: 419.01к кол-во скачиваний: 164

первый раз слышу о такой фирме


https://en.wikipedia.org/wiki/Dynabeads ( https://en.wikipedia.org/wiki/Dynabeads )



ну такую картинку я карандашем нарисую

где сравнительный выхлоп РНК c фирмами A . B . C




https://checko.ru/company/izogel-1085077000326 ( https://checko.ru/company/izogel-1085077000326 )





Это потому, что я её не рекламировал. Но и без рекламы магнитные штативы покупают уже десятками, а магносорбенты - литрами:
http://magnoshop.ru/index/magnitnye_shtativy/0-20 ( http://magnoshop.ru/index/magnitnye_shtativy/0-20 )
http://magnoshop.ru/index/magnosorbenty/0-21 ( http://magnoshop.ru/index/magnosorbenty/0-21 )

Кстати, о рекламе. Спасибо, что напомнили. Сейчас закажу.



"Выхлоп" у всех (или почти у всех) фирменных частиц примерно одинаков.
Что касается стоимости, то у отечественных конкурентов 1 мл 5% суспензии стоит 4000 руб.:
http://www.sileks.com/ru/production.php?folder=33 ( http://www.sileks.com/ru/production.php?folder=33 )
У нас за те же деньги можно купить 4 мл. Причём 20 мл стоят 6 тыс. руб., а 500 мл - 100 тыс. руб.:
http://magnoshop.ru/index/magnosorbenty/0-21 ( http://magnoshop.ru/index/magnosorbenty/0-21 )






у китайцев в 10 раз дешевле
https://www.alibaba.com/product-detail/500n...2140024811.html ( https://www.alibaba.com/product-detail/500nm-magnetic-beads-for-DNA-RNA_62140024811.html )





Давайте считать. Сравним с силикатными частицами диаметром 1 мкм:
https://www.alibaba.com/product-detail/1000....198c3f21FBTfeP ( https://www.alibaba.com/product-detail/1000nm-paramagnetic-hydroxyl-silica-coated-magneticbeads_62176682564.html?spm=a2700.details.deiletai6.9.198c3f21FBTfeP )
Минимальный объём при покупке - 5 мл. Цена - от $8 (большие объёмы) до $16 (при покупке 5 мл). Но это цена за миллилитр. Т.е. 5 мл будут стоить $64 (~4700 руб.). Причём концентрация сорбента у них равна 10 мг/мл (1%). При нашей стандартной конентрации 5% пузырёк на 4 мл будет стоить $320 (~23 000 руб.). У нас он стоит 2000 рублей, т.е. на порядок дешевле. Так что не нужно пугать ежа голой попой.



гинсекыч уболтал


https://www.youtube.com/watch?v=IAVN9ToVBNc ( https://www.youtube.com/watch?v=IAVN9ToVBNc )

гинсекыч когда сделаешь МагПипетку для народа
TurboBeads MagPipette

https://yandex.ru/video/preview/?wiz_type=v...nt=1596711841.1 ( https://yandex.ru/video/preview/?wiz_type=v4thumbs&filmId=17793324099933543630&text=magpipette+rna&path=wizard&parent-reqid=1596711790322565-1417745202796346800000117-production-app-host-man-web-yp-46&redircnt=1596711841.1 )

гинсек это правда что МагПипеткой можно выделить РНК за 54 секунд

https://yandex.ru/video/preview/?wiz_type=v...nt=1596711841.1 ( https://yandex.ru/video/preview/?wiz_type=v4thumbs&filmId=17793324099933543630&text=magpipette+rna&path=wizard&parent-reqid=1596711790322565-1417745202796346800000117-production-app-host-man-web-yp-46&redircnt=1596711841.1 )






генсек а что Вы думаете о наконечниках для пипеток которые сами выделяют ДНК
https://www.analytik-jena.com/products/kits...ion-technology/ ( https://www.analytik-jena.com/products/kits-assays-reagents/extraction-technology/ )






SmartExtraction – we change the way to prep
Developed by Analytik Jena, the technology is the first of its kind in the world to facilitate simple automation with conventional liquid handling systems. More than 35 years after silica-based DNA and RNA isolation was first scientifically documented, Analytik Jena is launching a global innovation in nucleic acid extraction. SmartExtraction significantly accelerates and considerably simplifies the entire procedure. Most notably, the technology accommodates the trend towards maximum process automation.





Думаю, что это дороже. Если бы они были дешёвыми, то цены бы им не было.

Что касается SmartExtraction, то это запатентованная технология, патент на которую мне найти не удалось. А жаль.



патент на DC-tech ie Double Component

спросите в Скай Джин они торгуют наборами от Йена Аналитик

https://www.skygen.com/ ( https://www.skygen.com/ )

https://www.skygen.com/ ( https://www.skygen.com/ )
[/quote]
https://www.skygen.com/katalog/reagenty_i_r..._plant_dna_kit/ ( https://www.skygen.com/katalog/reagenty_i_rashodnye_materialy/analytik_jena/vydelenie_i_ochistka_nukleinovyh_kislot/vydelenie_dnk/nabor_dlya_vydeleniya_dnk_iz_rastitelnogo_materiala_innuprep_plant_dna_kit/ )






генсек ваамщето РосПодрепНадзор Ваши Шариеки на КОВИД не утверждал





Шарики утверждения не требуют. Это реагенты, которыми комплектуются наборы для выделения ДНК/РНК. Регистрировать нужно только сами наборы. Но это не моя проблема.





Где справка от Роспотребнадзора что ваши шарики магнитные








патент на которую мне найти не удалось

Кот Шредингера

Трудно найти кошку в темной комнате в которой ее нет





генсек патент это пиар напишите что у ваших шариков 100 патентов
никто проверять не будет




генсек если в роспатенте патента SmartExtraction нет вопрос закрыт

https://rospatent.gov.ru/ru/about ( https://rospatent.gov.ru/ru/about )



Вести с полей:
приготовил парочку новых магносорбентов по усовершенствованой технологии, включающей химическую пришивку полимерного покрытия к магнитным микросферам (и исключающей образование наноразмерных примесей):
1. Хитозановый (он же аминный - NH₂).
2. Карбоксилированный (покрытый COOH-группами).
Причём каждого около 1,5 л (при 5% w/v).
Теперь можно всерьёз заняться приготовлением AmPURE RU.



Картинки:





Золотой ключик (1939) :: Цитаты и фразы из кино. ... – Еще пять тысяч ведер, и считайте, почтеннейший, что ключик у вас уже в кармане. .







Кстати, о "ключике". Давно собирался скорректировать (т.е. повысить) стоимость магносорбента. А то многие ругают за демпинг, а некоторые даже обзывают мою ценовую политику каннибализмом. Считают, что она "пожирает" сложившийся рынок силикатных магносорбентов.
Добавил в перечень объём 2,5 л (5х500 мл - 500 тыс. руб.), 4 мл в рекламных целях оставил без изменений (2 тыс. руб.), а прочие мелкие фасовки немного повысил в цене (20 мл - с 6 до 7,5 тыс. руб.; 100 мл - с 25 до 30 тыс. руб.):
http://magnoshop.ru/index/magnosorbenty/0-21 ( http://magnoshop.ru/index/magnosorbenty/0-21 )
Хитозановые и карбоксилированные магносорбенты включу в каталог после Нового года. Наверное, по тем же (каннибальским) ценам, что и силикатные.





дрожите Ампуры генсек вас обанкротит




http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=73643 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=73643 )



C Ампурами возни многовато. Но народ всё чаще интересуется. Похоже, пора заняться и ими. Тем более, что получение карбоксилированнных частиц уже освоено. Да и ПЭГ 8000 давно заготовлен. Причём от трёх разных (лучших!) производителей. Нужно ещё закупить мешок (25 кг, меньше не продают) отечественного ПЭГ 8000 (из Дзержинска), и можно будет сделать первую серию замесов.



Здравствуйте уважаемые посетители этого форума.

Хотел добавить свои комментарии по тем вопросам, который здесь переодически обсуждаются.

Цена частиц
Хочу вас расстроить, но цена частииц никак не связана с их себестоимостью.
В стоимость частиц закладывается стоимость исследований (не только по производству конкретного продукта, но также и по производству новых продуктов), патентов и много чего другого.
В частности, мой постоянный принцип - качество, сколько бы этоо ни стоило.
Я разрабатываю частицы с учетом того, для каких целей они будут применяться. И это находит отражение в способе производства тех или иных частиц. Так что у Sileks частицы являются частью технологии их использования.

В качестве иллюстрации ценовых войн на диком российском рынке - история с производством трифосфатов. Демпинг в начале 90-х привел к тому, что почти все химики, которые хотели этим заниматься, разорились. Теперь сырье закупается в Китае и Индии, затем на месте это все чистят, а технологии производства ушли...

Патенты
В патентах тех стран, где на этом действительно зарабатывают деньги, основной принцип запрятан так глубоко, что прочитав и повторив патент вы ничего не получите. Чтобы понять, что именно пытаются защитить в конкретном патенте, нужно быть в теме. Только тогда вы поймете, какой компонент на самом деле важен, а также то, что остальные компоненты только сбивают с толку и делают невоспроизводимой саму приводимую методику.

В ближайшее время я планирую написать обзор по использованию магнитных частиц для выделения нукл.к-т и белков. Секретов своих или чужых раскрывать не буду, но основные припципы как это работает и на что нужно обращать внимание постараюсь максимально разложить по полочкам. Заходите на сайт sileks.com в разделе Новости будет ссылка.

genseq-ку желаю успехов. Тольько сравнивая цены лучше ссылать на Dynal. Это честнее.



Спасибо за тёплые пожелания. Что касается девиза "качество любой ценой", то в нём мне нравится только первое слово. Я бы его даже повторил. И не один, а три раза. Получится "качество, качество и ещё раз качество!".
Что касается цены, то с Dynabeads она несопоставима. С прочими "забугорными" конкурентами тоже. Например, за 100 мл близких по параметрам частиц MagSi-DNA просят 2405 евриков:
https://www.magtivio.com/home-2/products/po...io-3/magsi-dna/ ( https://www.magtivio.com/home-2/products/portfolio-3/magsi-dna/ )
В переводе на русский язык это больше 220 тысяч рублей. Т.е. они в примерно в 7 раз дороже моих (30 тыс. руб./100 мл), и это без учёта таможенной пошлины, посреднических наценок, стоимости доставки и в 2,5 раза меньшей концентрации частиц (2% вместо 5%):
http://magnoshop.ru/index/magnosorbenty/0-21 ( http://magnoshop.ru/index/magnosorbenty/0-21 )
Сравнил бы с Вашими, но не нашёл такой фасовки в каталоге.



Обещанный обзор.
Полностью субъективный, основанный на личной опыте.

https://sileks.com/ru/information/razdel-1/reviews.html ( https://sileks.com/ru/information/razdel-1/reviews.html )

Особенности применения магнитных сорбентов при выделении нуклеиновых кислот и белков. Обзор.
https://sileks.com/assets/files/review/magn...-ver-210201.pdf ( https://sileks.com/assets/files/review/magnetic-sorbents-ver-210201.pdf )







В ближайшее время я планирую написать обзор по использованию магнитных частиц



в Nature Methods точно не примут





Спасибо. Отличный обзор! По крайней мере, для первого русскоязычного.




Увы, Вы 100% правы, мой обзор никак и ничему не соответствует.
К сожалению, последние несколько лет несколько раз в неделю я объясняю клиентам элементарные вещи. Поэтому я и написал этот "обзор".
Когда мы начинали работать как фирма "Силекс" в 1991-1992 годах, мы работали с учеными, которые тогда еще были в этой стране. Сегодня мы работотаем с end-users. Я даже не перевожу это выражение.
Я понимая, к сожалению, их проблемы, но, увы, нужно учиться.
Этот обзор для тех, кто хочет что-то понять.
Это только первая ступенька.
Я буду пытаться объяснять, но чтобы услышать, нужно слушать...




Я стараюсь по мере возможности объяснять элементарные вещи.
В данном случае, связанные с магнитными частицами/сорбентами.
Но проблема, увы, шире. Нужно учить не только работать с конретными частицами, но в начале уметь планировать эксперимент.
Желание найти ответ в чужих патентах - порочно.
Читайте рассказ Роберта Шекли "Задать вопрос"
https://www.litmir.me/br/?b=583361&p=1 ( https://www.litmir.me/br/?b=583361&p=1 )

Я считаю, чтобы начать работать в лаборатории, вначале нужно построить свой мозг.





угу перепроверил кучу западных магнитных микросфер для ChIp-Seq
сработали толтко IgA от термофишера




Это как раз то, о чем я пытался сказать в своем обзоре.
Производители, которые создают отдельный продукт, не входящий в отработанный набор или продукт, часто не имеют представления, как этот отдельный продукт должен работать.
Говоря формальным языком, у производителя нет тех.задания на использование этого продукта.
Поэтому, что вполне естественно, вся работа по проверке ложится на end-user-а.





В детстве читал этот рассказ. Вспоминаю его почему-то часто, но остались только смутные воспоминания. И чем дальше, тем смутнее. Спасибо за ссылку.



В тестовом режиме началась раздача пробных образцов двух вариантов AMPure RU - с 20 и с 16% ПЭГ 8000. Первая проверка прошла успешно.





60 лет Гагарин



Сравнение стоимости отечественных аналогов AMPure (флаконы по 100 мл):
https://1drv.ms/b/s!Aj-K-u-yGV922Goe4oX...pujYsv?e=DzffiY ( https://1drv.ms/b/s!Aj-K-u-yGV922Goe4oXOl7pujYsv?e=DzffiY )
Гентерра - 74 309 руб.
Евроген - 64 800 руб.
ИзоГель - 16 000 руб.

Теперь главная задача - сравнить их качество. И лучше не между собой, а с фирменным AMPure XP. Своего не имею, потому буду признателен за любые предложения. Пробными препаратами AMPure RU обеспечу бесплатно.




генсек позвони в Хеликон

https://www.helicon.ru/catalog/reagenty/sek...re-xp/?q=A63880 ( https://www.helicon.ru/catalog/reagenty/sekvenirovanie/reagenty-dlya-ngs-sekvenirovaniya/nabor-dlya-ochistki-produktov-ptsr-agencourt-ampure-xp/?q=A63880 )



С Новым годом!



Немного об AMPure RU:
https://disk.yandex.ru/i/x6ZKbTf_D8rU6A ( https://disk.yandex.ru/i/x6ZKbTf_D8rU6A )



Здравствуйте!
Я здесь недавно, сама занималась парамагнитными комплексами (конечно, это не совсем то, поэтому буду задавать, возможно, странные вопросы), но какими методами можно оценить "хорошесть" силикатных частиц? Кроме размера, если я правильно поняла, то его измеряют методом динамического светорассеяния?



Здравствуйте chemistElly,
оценка "хорошести" силикатных частиц в данный момент не имеет однозначного значения. Большинство тех, кто синтезирует магн. частицы для характеристики частиц используют такое понятие, как Z-потенциал частицы. Это хпопктеризует частицы с физической стороны. Оценка силикатной магнитной частицы с биологической стороны, на мой взгляд и взгляд объективных исследователей, возвожна только на основании функциональных свойств с конкретной системе буферов и для конкретный исследовательских целей.
Объясняю свою точку зрения.
Магнитная частица представляет собой структуру с определенной электронной плотностью. Эта электронная плотность (ЭП) формируется в процессе синтеза (и самих условий синтеза). ЭП оказывает влияние на поверхность самой частицы и делает такую частицу сильнее или слабее электрофильной. Электрофильность конкретной частицы зависит от того, в какой буферной системе эта частица будет находиться. На практике это означает:
1. размер и заряд нукл. кислоты, который частица сможет удержать
2. возможность связывания белков разного заряда
3. способность "оторвать" (элюировать) связанные на частицах молекулы (как нукл. кислоту, так и белки)
Все эти своства частицы будут определять возможности использования частицы.
Поэтому на сегодняшний день сколько производителей частиц, столько и разных свойств. Воспроизвести систему частицы-буферная система с частицами со стороны, как с буферами со стороны нереально. Это 100% поисковая задача.

Желаю удачи!
Если у Вас или кого-то из форума будут вопросы и желаней узнать мое субъективное мнение по теме, можете писать напрямую:
azhigulin@sileks.com

Powered by Invision Power Board (http://www.invisionboard.com)
© Invision Power Services (http://www.invisionpower.com)