Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* AutoDock -- докинг --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! dlinnosheee
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.12.2006 01:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Вот скачал, установил AutoDock под Windows.
Что-то много глюков, то ли программа криво стала, то ли дистрибутив подпорченный. И еще есть по использованию несколько вопросов. Откликнитесь пожалуйста, кто пользуется этой программой.

Сообщение было отредактировано dlinnosheee - 28.12.2006 09:46
Участник оффлайн! Starless
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.12.2006 13:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Вообще говоря, программа действительно кривовата. И, кстати, спервые слышу про виндовую версию. Версия третья?
Лично мне он не понравился. Хотя говорят, что поиск сайта связывания осуществляет неплохо. Но передо мной стоит задача не столько поиска сайта, сколько виртуального скрининга, для чего АвтоДок совершенно не приспособлен.
Участник оффлайн! dlinnosheee
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.12.2006 13:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

(Starless @ 28.12.2006 13:08)
Ссылка на исходное сообщение  Вообще говоря, программа действительно кривовата. И, кстати, спервые слышу про виндовую версию. Версия третья?
Лично мне он не понравился. Хотя говорят, что поиск сайта связывания осуществляет неплохо. Но передо мной стоит задача не столько поиска сайта, сколько виртуального скрининга, для чего АвтоДок совершенно не приспособлен.


Что касается AutoDock, это вроде четвертая версия (идет в составе пакета AutoDock Tools бесплатно доступной на сайте разработчиков). Она написана на питоне, и при работе питон постоянно выдает ошибки, много разных мелких, и при этом программа умудряется как-то работать, но не знаю, можно ли этому доверять.

Есть еще вопрос по поводу другой программы Dock. На сайте разработчиков указывается, что зарегистрировавшись можно получить пароль на скачку Dock под Windws, Linux, и исходники на C++. Почему-то в реальности, когда я посылаю запрос на Windows-версию, мне разрешают скачать только исходники. Вы с таким не сталкивались?
Участник оффлайн! Starless
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.12.2006 15:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

А что за ошибки питона? Если это просто warnings, то это фигня. А если что посерьёзнее --- то и доверять сложно. Ещё стоит проверить версию питона. Кстати, на сайте не сказано, что Autodock входит в состав Autodocktools, если это так -- очень интересно. В дистрибе для линукса его вроде как нет...

Сталкивались. Начиная, по-моему, с версии 6.0, у них на сайте лежат только исходники. Предполагается, что пользователь должен скомпилировать исходники сам. Скорее всего, надо это делать под CygWin'ом. Для меня проблемы Windows не существует, поскольку я использую все эти программы в среде Linux (чего, кстати, и Вам советую).
Участник оффлайн! dlinnosheee
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.12.2006 16:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

спасибо за ответ.
питон выдает именно errors, не warnings
на Linux переходить сейчас трудновато,
я для начала скачаю AutoDock по-новой, что-то ощущение что он мог попортиться при закачке.
А с dock под SigWin попытаюсь...

Сообщение было отредактировано dlinnosheee - 28.12.2006 17:02
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 05.01.2007 09:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Боюсь, все равно придется переходить на linux, если хотите серьезно заниматься всем этим...
Я использовала AutoDock под Linuxом, никаких программных проблем не было.
Участник оффлайн! Chlorum
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.01.2007 18:03     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

У меня работает под Cygwin, никаких ошибок не дает. И сам автодок, и Tools. Под линуксом идет быстрее ж, однако.
Участник оффлайн! dlinnosheee
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  10.01.2007 18:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

AutoDockTools, or ADT, is the free GUI for AutoDock developed by the same laboratory that develops AutoDock. You can use it to set up, run and analyze AutoDock dockings and isocontour AutoGrid affinity maps, as well as compute molecular surfaces, display secondary structure ribbons, compute hydrogen-bonds, and do many more useful things.
AutoDockTools, or ADT, is the ultimate GUI to set up, launch and analyze AutoDockruns. With ADT, you can:

View molecules in 3D, rotate & scale in real time.
Add all hydrogens or just non-polar hydrogens.
Assign partial atomic charges to the ligand and the macromolecule (Gasteiger or Kollman United Atom charges).
Merge non-polar hydrogens and their charges with their parent carbon atom.
Set up rotatable bonds in the ligand using a graphical version of AutoTors.
Set up the AutoGrid Parameter File (GPF) using a visual representation of the grid box, and slider-based widgets.
Set up the AutoDock Parameter File (DPF) using forms.
Launch AutoGrid and AutoDock.
Read in the results of an AutoDock job and graphically display them.
View isocontoured AutoGrid affinity maps.
And much, much more...
Участник оффлайн! dlinnosheee
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.01.2007 18:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Похоже, этот AutoDock Tool - хорошая штука. Доступно для скачки отсюда:
http://mgltools.scripps.edu/downloads
Там есть windows-версия (13MB). Проблема в том, что я три раза скачал ее, и всякий раз при скачке какие-то повреждения происходят. Чисто техническая какая-то заморочка то ли моего то ли их провайдера. Если кто-то себе скачает нормальный работающий файл MGLTools-1.4.3-Setup.exe, буду благодарен, если скинете на e-mail.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 14.01.2007 22:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Не просто хорошая, а пожалуй даже необходимая.
Попробуйте скачать программой, поддерживающей докачку.
Участник оффлайн! dlinnosheee
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.02.2007 14:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

у меня снова руки дошли до этой программы. Скачал, переустановил. Предположим, что на этапе инсталляции все правильно. Прочитал мануал, действую по мануалу. Начинаю подготовку лиганда к докингу, и питон выдает кучу ошибок типа таких:

File "C:\Python24\Lib\site-packages\MGLToolsPckgs\PyBabel\atomTypes.py", line 262, in valence_two
angle1 = bond_angle(k.coords, a.coords, l.coords)
File "C:\Python24\Lib\site-packages\MGLToolsPckgs\PyBabel\util.py", line 46, in bond_angle
cos_theta = ( (a[0] - b[0]) * (c[0] - b[0]) +
ZeroDivisionError: float division

в чем проблема?

Сообщение было отредактировано dlinnosheee - 22.02.2007 14:34
Хлестов Никита
IP-штамп: frrTHMjb.G9So
гость



 прочитанное сообщение 25.04.2007 19:05     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Насколько ресурсоемка эта программа?стоит ли создавать для нее кластер?
Участник оффлайн! Starless
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 26.04.2007 13:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

зависит от того, что Вы хотите делать. Если скринить большие бибилиотеки в промышленных масштабах, то стоит. Если просто изучать взаимодействие отдельных молекул -- то нет.
Участник оффлайн! arraxx




 прочитанное сообщение 29.06.2007 11:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Есть такая программа NetworkBuilder в комплекте MGL Tools. Есть такая идея автоматизации всего процесса докинга. Как мы поняли, с помощью NetworkBuilder возможно осуществить поставленную задачу. Хотелось бы написать соответствующтй скрипт, а лучше дажегде-то его взять. Может кто-то этим занимался. Подскажите, где можно достать соответствующие скрипты.
Участник оффлайн! Chlorum
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 02.07.2007 16:17     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Автоматизировать целиком не получится. Все равно грид строить придется вручную.
Участник оффлайн! arraxx




 прочитанное сообщение 23.08.2007 19:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Я скачал AutoDock3. Он прекрасно выдает различные сайты связывания. Строит кластерную диаграмму. Но как определить наиболее вероятный сайт связывания?
Я долго и нудно пытался перевести информацию из диаграммы в какую-либо зависимость. Не получается?
Подскажите, как можно интерпретировать результаты докинга в количественную зависимость, с учетом того, что я просчитал уже достаточно большое количество лигандов?
Участник оффлайн! Starless
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 29.08.2007 14:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

а литературной информации совсем нет? а чисто визуально они все похожие? а энергия лучшей позы для всех одинаковая?
Участник оффлайн! arraxx




 прочитанное сообщение 02.09.2007 21:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Все почти именно так. Для эндогенных лигандов вырисовываются (почти что) сайты связывания. А что касается новых синтезированных, еще неизвестных соединений - тут все жутко интересно, но очень непонятно. Получается, что они садятся на разные сайты связвания и дают в кластерном анализе для большинства сайтов на одном рецепторе как близкие энергии, так и близкое количество конформаций на каждый сайт связывания. Учитывая, что многие рецепторы в организме содержат множестов субъединиц, например, в ГАМК-рецепторе существует до 19 субъединиц, можно считать, что это хороший результат, так как вещество будет давать комплексное действие с тем или иным оттенком, характерным для различных эндогенных лигандов, но с другой стороны это может говорить и о том, что оно ничего толкового и не дает. Самое интересное то, что ряд веществ, для которых доказана и количественно приведена активность, дают именно такую расплывчатую картину. Как это можно понять?
Участник оффлайн! Starless
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 03.09.2007 09:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

В первую очередь так, что если есть возможность, надо не искать новый сайт, а бриться по Оккаму и докировать в старый и известный. Если сам сайт большой, как у гамк-рецепторов, то любая позиция внутри него равновероятна и надо динамить. Ну а для новых, если есть такая возможность, надо хотя бы кинетику внимательно смотреть, а лучше мутации.
Участник оффлайн! VictorVictorovich




 прочитанное сообщение 20.10.2007 08:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

autoanalyze Commands ADanalyze_addExtraGridlsocontour -//////
ADanalyze_chooseDockedConformations -/////
ADanalyze_choozeMacromolecule-////
ADanalyze_deleteDLG-////
ADanalyze_epdbMolecule-////
ADanalyze_getChart-////
ADanalyze_makeClustering-///
ADanalyze_makeSubsetClustering-///
ADanalyze_readAllDLGInDirectory-///
ADanalyze_readClusteringStates-////
Надо узнать,что выполняют данные команды.Проблема в том что есть описание модуля к которому они относятся,но нет описания каждой конкретной команды. При запуске команды, при взгяде на молекулу ничего не проиcходит?
За что отвечают данные команды( каждая в отдельности).


Кнопки в нижней части окна
Sel -показывает атомы(узлы)
CPK-показывает саму молекулу(ее химическую структуру)
S&B-показывает саму молекулу(ее химическую структуру),но более объемно чем режим CPK
Bib-активирует режим показывающий аьфа и бетта структуру молекулы.
MS-Показывает что представляет собой поверхность молекулы в 3d
Atom-показвыет ??
Mol
Chain-возможно лиганд
RAS ?
SHA ?
DG ?
Str ?
Inst ?
guest: Covigo
IP-штамп: frJMexYtS1UPQ
гость



 прочитанное сообщение 10.11.2007 18:58     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

Подскажите, при каких условиях лучше получается докинг: когда разрешаешь AutoDock'у объединять (merge) неполярные водороды (non-polar hydrogens) или когда не разрешаешь.
Участник оффлайн! covigo
Участник



 прочитанное сообщение 10.11.2007 19:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

При построении сетки (grid), после запуска AutoGrid через Run --> AutoGrid и далее Launch в окне в окне AutoDockTools ничего не происходит (в инструкции написано, что должно выскакивать какое-то окно -- Widget). Log-файл AutoGrid'а создается, но в нем написано Error: can't open Rigid.pdbqt (файл, в котором сохранена жесткая часть рецептора. Этот файл мы поместили в папку, где находится AutoGrid (executable) -- все равно он файл не видит.

Помогите кто может...
Участник оффлайн! Chlorum
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 10.11.2007 20:12     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

проверьте путь до папок pdbqt, он должен быть указан относительно папки исполнения.
Участник оффлайн! covigo
Участник



 прочитанное сообщение 13.11.2007 13:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

Спасибо за совет, помогло.
Теперь у нас загвоздка с анализом результатов докинга.
Когда открываем dlg-файл (Analyze ➞ Dockings ➞ Open ...), в окне AutoDockTools должны открываться запросы Docking и Conformation. Этого не происходит.
При открытии Analyze ➞ Conformations ➞ Load ... требуется указать не только файл dlg, но и файл res, которого на нашем компьютере нет.

Не подскажете, в чем дело?
Участник оффлайн! али




 прочитанное сообщение 13.11.2007 14:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

У меня команды AutoDock и AutoGrid из под ADT работают только если, поместить файл рецептора в корневой каталог Linux. Наладить команды путем проверки и исправления пути этих команд не удалось. Что странно, когда задаешь обе команды со строки, скриптом, таких проблем не возникает.
VictorVictorovich, может вот это поможет: http://www.scripps.edu/~sanner/python/adt/...zeTutorial.html

Сообщение было отредактировано али - 13.11.2007 14:31
Участник оффлайн! VictorVictorovich




 прочитанное сообщение 19.11.2007 13:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

Спасибо за ссылку али.
В программе AutoDock4 весь цикл докинга и анализа можно задать через скрипт, и запустить через соответствующую опцию.
Где можно взять такой скрипт ( Нужен пример такого скрипта )?
Участник оффлайн! Starless
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.11.2007 12:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

на официальном сайте
Участник оффлайн! али




 прочитанное сообщение 20.11.2007 12:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

arraxx и Chlorum, что то о таком скрипте писали (сообщения 25 и 26)

Starless, если не сложно, можно ссылочку, и по точнее пожалуйста. Кроме питоновских скриптов ни чего не нашел.
Участник оффлайн! Starless
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 21.11.2007 21:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

а там есть тьюториал по виртуальному скринингу
Участник оффлайн! VictorVictorovich




 прочитанное сообщение 17.01.2008 08:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

Спасибо за ссылку Starless.Помогло.
Провел докинг 50 лигандов. Как оценить полученный результат? если была использована теоретическая модель рецептора (т.е. без рентгеноструктурного анализа)
насколько близко к правде полученный результат?
Участник оффлайн! Chlorum
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.01.2008 13:36     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

насколько точна модель=)
Участник оффлайн! covigo
Участник



 прочитанное сообщение 26.01.2008 07:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

Ищу файл prepare_dpf4_flex.py для AutoDock. Если у кого-нибудь есть, пожалуйста, перешлите на covigo@mail.ru Очень надо...
Участник оффлайн! Flightwoman
Участник



 прочитанное сообщение 26.01.2008 18:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

(VictorVictorovich @ 17.01.2008 08:34)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо за ссылку Старлесс.Помогло.
Провел докинг 50 лигандов. Как оценить полученный результат? если была использована теоретическая модель рецептора (т.е. без рентгеноструктурного анализа)
насколько близко к правде полученный результат?


Обычно результаты сравнивают с уже имеющимися хоть какими-то биологическими данными или получают новые данные на основе докинга - проверяют лиганд, а после делают site-directed mutagenesis аа в местах контакта по докингу. И так пока не сработает.
Guest
IP-штамп: frDQwa9k7riYg
гость



 прочитанное сообщение 04.04.2008 07:07     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

Как сделать модель с гибкими остатками вместе с водой.
Участник оффлайн! Chlorum
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.04.2008 09:55     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

Задайте, пожалуйста, вопрос нормально. Модель чего, в комплексе с чем, вода залита в бокс или участвует как лиганд/колиганд и т.д.

Иначе общий ответ - молекулярной динамикой.
Участник оффлайн! covigo
Участник



 прочитанное сообщение 02.05.2008 14:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

Провел повторный докинг "родных" лигандов в EGFR -- рецептор эпидермального фактора роста. Среднее значение rmsd получается примерно 3,2 ангстрем. Авторы указывают, что повторный докинг можно считать успешным, если rmsd составляет 2 ангстрем и менее, люди из МГУ в статьях пишут, что у них получается примерно 0,3 ангстрем (если не ошибаюсь). Не знаю, что и думать.
Участник оффлайн! Chlorum
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.05.2008 17:07     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование

а модель рецептора-то точна?
guest: sib
IP-штамп: frA6XXnHF47m6
гость



 прочитанное сообщение 20.05.2008 22:43     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #38 множественное цитирование

подскажите, пожалуйста, в чем проблема
при открытии Analyze ➞ Dockings ➞ Open
выдает ошибку
Traceback (most recent call last):
File "/Library/MGLTools/1.4.6/MGLToolsPckgs/ViewerFramework/VF.py", line 714, in tryto
result = apply( command, args, kw )
File "/Library/MGLTools/1.4.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 2667, in doit
d.readDlg(dlgFile)
File "/Library/MGLTools/1.4.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Docking.py", line 83, in readDlg
self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'

и вообще кто-нибудь пользовался autodock4 на mac os?
Участник оффлайн! Chlorum
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.05.2008 12:00     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #39 множественное цитирование

он у вас всегда так говорит? даже после переустановки тулзов?
guest: sib
IP-штамп: frDQwa9k7riYg
гость



 прочитанное сообщение 23.05.2008 13:26     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #40 множественное цитирование

Chlorum
у меня, наверное, руки кривые. ничего не переустанавливала - все открыл (правда раза с 30-го). простите за беспокойство.
guest: Novichok
IP-штамп: frVzPx.r33/Gk
гость



 прочитанное сообщение 29.03.2010 11:03     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #41 множественное цитирование

Да все нормально работает, я пользуюсь Autodock в составе MGLTools 1.5.4 for Windows.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 30.03.2010 12:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #42 множественное цитирование

Вам повезло, у многих AutoDock под windows не сразу устанавливается.
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 19.04.2010 17:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #43 множественное цитирование

(VictorVictorovich @ 17.01.2008 00:34)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо за ссылку Starless.Помогло.
Провел докинг 50 лигандов. Как оценить полученный результат? если была использована теоретическая модель рецептора (т.е. без рентгеноструктурного анализа)
насколько близко к правде полученный результат?

вот вы в этом аутодоке и будете заниматься докингом 50 лигандов всё время в то время как хорошая библиотека состоит тысяч из 200, и до 2.400.000 лигандов.

аутодок - игрушка для теоретиков, к решению практических задач почти не пригодна (где пригодна - задачи уже решены лет 10 назад, запатентованы и положены на полку)
Участник оффлайн! Евгений Быков

Москва, Россия



 прочитанное сообщение 30.04.2010 13:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #44 множественное цитирование

Коллеги! помогите разобраться с программой Autodock 4.2 в оболочке Windows :
Я инсталировал программу, создал необходимые файлы лиганда и мишени, задал параметры сетки, после чего благополучно запустился и исполнился Autogrid. Но Autodock запускается, но упорно исполняться не хочет-вот что выдаётся по поводу файла .dlg? что-то дописывается на него: confused.gif
Заранее благодарен за совет...
user posted image
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 30.04.2010 17:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #45 множественное цитирование

Попробуйте написать autodock4.exe -p 3BGC.dpf -l 3BGC.dlg (с соответствующими путями)
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 09.05.2010 23:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #46 множественное цитирование

никогда не работайте даже с автодоком в оболочке виндовс - кириллические кодировки в путях для этих прог вообще непонятны (UTF-8 и т.п.)

поставьте Fedora-12 (это не сложнее чем винды поставить, как мне кажется) с кодировкой и языком по умолчанию English,
потом - автодок, потом - перезапустите свой скрипт
Участник оффлайн! Veronika1979




 прочитанное сообщение 07.04.2012 16:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #47 множественное цитирование

Veronika.
Доброго всем времени суток. У меня AutoDock под WindXP. Возникла серьезная проблема с работой AutoGrid. Файлы фермента и лиганда помещены в папку, где лежит AutoGrid4.ехе. Я и сама файлы dpf создавала, и готовые с tutorial брала. Вот не видит их эта программа и все тут. у меня работа из-за этого остановилась. что делать? я и с путем и без путей файлы фермента указывала. Ни в какую. Может кто-либо сталкивался с подобной проблемой?
Заранее спасибо.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 08.04.2012 02:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #48 множественное цитирование

Вообще-то надо gpf, а не dpf.
Участник оффлайн! yanovskaya




 прочитанное сообщение 17.12.2014 08:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #49 множественное цитирование

Приветствую всех любителей молекулярного докинга.
С программой Autodock разбираюсь очень длительно, каждый раз сталкиваясь с трудностями: при установке, работе с программой (судя из форума, я не одна через "'это" прохожу).
Я уже продвинулась и дошла до анализа результатов и очень прошу всех специалистов-асов в этой программе помочь мне разобраться, как оценить степень гидрофобного взаимодействия и как посмотреть какие связи присутствуют в комплексе?
Спасибо.
guest: great
IP-штамп: frj5GEfdEWR5M
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  31.10.2018 18:18     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #50 множественное цитирование

This is actually the kind of information I have been trying to find. Thank you for writing this information.
http://www.mygeekday.com

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 13:44
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft