Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Ответ в R Help

Иконка сообщения*  [ Без иконки ]   Важно!   Вопрос   Информация     Обмен опытом   Шутка, забавная история     Поздравления, благодарности   Возмутительно!   Проблема   Картинки, фотографии
Введите имя

 [вст. закрывающие теги*

*


*



Смайлик: согласен Смайлик: не согласен Смайлик: улыбка Смайлик: пожалуйста, умоляю! Смайлик: помираю со смеху Смайлик: подмигивание Смайлик: подшучивать, дразнить Смайлик: смущение Смайлик: мне стыдно Смайлик: жуть! Смайлик: не понял Смайлик: закатывать глаза Смайлик: недовольство, огорчение Смайлик: рёв в три ручья Смайлик: злость Смайлик: супер Смайлик: умник Смайлик: чайник Смайлик: сходка Смайлик: Ура! Смайлик: не получается!
Перевод выделенного текста из латиницы в кирилицу. Текст в квадратных скобках '[]' не преобразуется

Пример: biologija -> биология [b] - полужирный шрифт

Пример: [b]полужирный[/b] [i] - курсив

Пример: [i]курсив[/i] [u] - подчёркнутый

Пример: [u]подчёркнутый[/u] [sup] - верхний индекс

Пример: температура 37[sup]o[/sup]C [sub] - нижний индекс

Пример: H[sub]2[/sub]O - вода [QUOTE] - применяется для цитирования чужих сообщений, цитата вставляется с небольшим отступом от края текста

Пример: [QUOTE]цитата[/QUOTE] [code] - форматирование как при вводе
Применяется для вывода теста как он есть, с предотвращением форматирования (автопереноса на новую строку), без интерпретации кодов форума и смайликов; вставляется с небольшим отступом от края текста.

Пример: 
[code]
программный код
	1 строка
	2 строка
[/code] [list] - список:
возможны опции: 1, a, A, i, I
[list] неупорядоченный; 
[list=1] нумерованный; 
[list=A] упорядоченный по буквам A-Z

Пример:
[list=1]
[*] первая строка;
[*] вторая строка;
[/list] Тег [hr] - горизонтальная разделительная линия

Пример: 
Абзац 1
[hr]
Абзац 2 [url] - гиперссылка

Примеры:
[url]www.ncbi.nlm.nih.gov[/url]
[url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/]NCBI[/url] [email] - ссылка на адрес электронной почты

Пример: [email]masha@mail.ru[/email] Тег [img] - рисунок
[img] - в строке;
[imgL] - выравнивание по левому краю; 
[imgR] - выравнивание по правому краю.

Пример:
[img]http://molbiol.ru/izo/rl.gif[/img] [ru] - только для русских читателей

Пример:
[ru]это увидят только те, кто использует русский интерфейс[/ru] [en] - только для английских читателей

Пример:
[en]это увидят только те, кто использует английский интерфейс[/en] [self] - текст виден только вам и администрации

Пример:
[self]это увидите только вы сами[/self]
[left] - выравнивание по левому краю

Пример: [left]текст слева[/left] [center] - выравнивание по центру

Пример: [center]текст в центре[/center] [right] - выравнивание по правому краю

Пример: [right]текст справа[/right] [just] - выравнивание по обоим краям

Пример: [just]выровненный текст[/just]

     размер сообщения / макс. размер:  / 15360


Последние 10 сообщений [ в обратном порядке ]
plantago Отправлен 08.03.2021 02:54
  https://www.google.com/search?q=R+package+daytime+length
ИНО Отправлен 07.03.2021 21:58
  Есть ли пакеты с функцией определения продолжительности светового дня по дате и географическим координатам?
d-taras Отправлен 24.02.2021 18:56
 
(plantago @ 24.02.2021 15:35)
Ссылка на исходное сообщение  А где же данные? Пришлось мне их за Вас синтезировать.

Но только какой-то странный у Вас Jaccard (я не проверял, и не оптимизировал ничего). Потому что:

> library(vegan)

> vegdist(t(mytable), method="jaccard")
Carpinus Oak Orpinus
Oak 0.8000000
Orpinus 0.7500000 0.7500000
Boak 0.3750000 0.7000000 0.7777778

Спасибо за ответ!
Данные, если ещё интересно, приложил. Я думал, что что-то в тексте не так, что название не выводятся.
Что же касается индекса Жаккара, имеется множество вариаций и пользуются тем к чему привыкли.
Разобрался.... команда получается такая
CODE
1 - vegdist(t(mydata), method = "jaccard")

Почему-то файл не цепляется...
plantago Отправлен 24.02.2021 14:35
  А где же данные? Пришлось мне их за Вас синтезировать.

> mynames <- c("Carpinus", "Oak", "Orpinus", "Boak")

> set.seed(0)
> mytable <- data.frame(sample(0:1, 10, replace=TRUE),
+ sample(0:1, 10, replace=TRUE),
+ sample(0:1, 10, replace=TRUE),
+ sample(0:1, 10, replace=TRUE))

> names(mytable) <- mynames

> str(mytable)
'data.frame': 10 obs. of 4 variables:
$ Carpinus: int 0 1 0 0 1 1 0 1 1 1
$ Oak : int 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0
$ Orpinus : int 0 0 1 0 0 0 1 1 1 0
$ Boak : int 1 0 0 1 1 1 0 1 1 1

> tab <- as.data.frame(mytable)

> Jaccard <- function (x, y) {
+ M.11=sum(x == 1 & y == 1)
+ M.10=sum(x == 1 & y == 0)
+ M.01=sum(x == 0 & y == 1)
+ return (M.11 / (M.11 + M.10 + M.01))
+ }

> input.variables <- data.frame(tab)

> m <- matrix(data=NA, nrow=length(input.variables), ncol=length(input.variables))

> for (r in 1:length(input.variables)) {
+ for (c in 1:length(input.variables)) {
+ if (c == r) {
+ m[r,c] = 1
+ } else if (c > r) {
+ m[r,c] = Jaccard(input.variables[,r], input.variables[,c])
+ }
+ }
+ }

> variable.names <- names(input.variables)

> colnames(m) <- variable.names

> rownames(m) <- variable.names

> jaccards <- m

> jaccards
Carpinus Oak Orpinus Boak
Carpinus 1 0.2857143 0.0 0.4285714
Oak NA 1.0000000 0.2 0.3750000
Orpinus NA NA 1.0 0.1666667
Boak NA NA NA 1.0000000

Но только какой-то странный у Вас Jaccard (я не проверял, и не оптимизировал ничего). Потому что:

> library(vegan)
Loading required package: permute
Loading required package: lattice
This is vegan 2.5-7

> vegdist(t(mytable), method="jaccard")
Carpinus Oak Orpinus
Oak 0.7142857
Orpinus 1.0000000 0.8000000
Boak 0.5714286 0.6250000 0.8333333
d-taras Отправлен 24.02.2021 10:04
  Приветствую всех!
Считаю индекс Жаккара для ряда описаний используя следующие команды
CODE
Jaccard = function (x, y) {
   M.11 = sum(x == 1 & y == 1)
   M.10 = sum(x == 1 & y == 0)
   M.01 = sum(x == 0 & y == 1)
   return (M.11 / (M.11 + M.10 + M.01))
}

input.variables = data.frame(tab)

m = matrix(data = NA, nrow = length(input.variables), ncol = length(input.variables))
for (r in 1:length(input.variables)) {
   for (c in 1:length(input.variables)) {
       if (c == r) {
           m[r,c] = 1
       } else if (c > r) {
           m[r,c] = Jaccard(input.variables[,r], input.variables[,c])
       }
   }
}

variable.names = sapply(input.variables, attr, "label")
colnames(m) = variable.names
rownames(m) = variable.names  
       
jaccards = m

data.frame получаю командой
CODE
tab<-as.data.frame(mytable)

Результаты правильные, но почему-то названия теряются
CODE
    NULL      NULL      NULL      NULL
NULL    1 0.7032967 0.2407407 0.4715447
NULL   NA 1.0000000 0.2551020 0.5740741
NULL   NA        NA 1.0000000 0.1825397
NULL   NA        NA        NA 1.0000000

Хотя названия столбцов присутствует и должно быть Carpinus, Oak, e.t.c.
Как прямо задать название столбцов и ограничить вывод 2 знаками после запятой?
plantago Отправлен 22.02.2021 14:53
  Если нужно просто добавить дендрограммы, используйте layout(). Кстати, corrplot() должен уметь произвольные матрицы с "is.corr=FALSE, order='original'"
Есть еще ggcorrplot, можно посмотреть, что он умеет.
ПолинаШ Отправлен 22.02.2021 12:34
  Есть исходная неквадратная матрица T[n, m]. Функция heatmap заливает каждую ячейку цветом, пропорциональным значению числа в этой ячейке. И строит вверху и слева две дендрограммы. При публикации в журналах черно-серо-белая палитра сливается и выглядит неряшливо. Другое дело - серые яица разного размера как в corrplot(). Сами яица нарисовать - не проблема - это обычный scatterplot(). Но хочется добавить дендрограммы, а не боксплоты.
Но, видимо, придется доваивать дендрограммы в фотошопе...
plantago Отправлен 18.02.2021 05:43
  Не понимаю. Что нужно здесь https://cran.r-project.org/web/packages/cor...plot-intro.html и как именно поменять?
ПолинаШ Отправлен 17.02.2021 14:56
  Можно ли как-то объединить функционал heatmap и corrplot в том смысле, что вместо заливки ячеек разным цветом, как это в тепловой карте, были бы кружочки разного размера (method="circle" в corrplot)
Guest Отправлен 19.01.2021 23:25
  К прибору подключается 3 одинаковых модуля содержащие датчики температуры и влажности (SHT31-D IIC), прямой и обратной освещенности (GY-49 MAX44009 I2C) 2 шт на верхней и нижней стороне платы. В самом приборе стоит датчик давления (BMP180). Так же есть дополнительные датчики СО2 и пыли (можно и другие). И подключаем если надо в городе проводить измерения.
Особенностью является одновременный опрос датчиков.
Сейчас делаем клиент-серверную структуру. клиентами выступают модуль управления датчиками (записывает и сохраняет данные) и по команде сервера передает накопленные данные. Сервер позволяет опрашивать и задавать алгоритм работы клиентов.
Скорость ветра очень важный параметр, но мне только в прыжке его замерить smile.gif Высота тростника 3-4 метра. Хотя если можно будет ставить датчики стационарно (с надеждой, что их не сукраинят), то можно и анемометр поставить.
Все это делаем за свой счет и работа идет туго.
Посмотреть тему (откроется в новом окне)

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 25.10.21 08:47
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft