Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Технологии секвенирования следующего поколения. -- Куда двигаться дальше? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: R-J-Dio, breznak, Acer-X
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


страницы (24): « < 16 17 18 19 20 > »  
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 02.08.2016 15:04     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(guest: Влад @ 02.08.2016 12:07)
Ссылка на исходное сообщение  Бельгийцы хвастаются,

Все хвастаются. umnik.gif
Статья 2014 года. Где оно это всё?
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 02.08.2016 15:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Взято с загончика для новостей сайта Окспорд Нанофор с моими комментами:

2016
"Read Until" method published, allows real time 'tasting' of DNA to determine whether to sequence or reject it

Отличный метод! Нужно было с самого начала как-то правдоподобно оправдать эпик фэйл тем, что плохая ДНК не хочет правильно секвенироваться и нужно ее выплюнуть.
Уверен, что теперь секвенироваться начнут только хорошие консервативные контиги без вариаций в рефсике, а остальное - выплевываться в строгом соответствии с новым методом. lol.gif


Mon 25th July 2016
Rapid library prep kit now available: complete your library prep in under ten minutes

Куда они торопятся с библиотекой, если нормально читать все равно пока нечему? Или протокол с ультразвуковой ванночкой и редкощепящей нуклеазкой стоят целой новости у Британских Ученых? Эти 10 минут реально решат?


Tue 19th July 2016
MinION DNA sequencer blasts off to the International Space Station

Это верное решение. Пока все будут пытаться понять "зачем?" можно еще немного поразвлечься с неработающими и никогда не заработающими правильно порами.

Mon 18th July 2016
Witney MP David Cameron performs rapid analysis of antibiotic-resistant bacteria using novel British technology

Британские технологии лучше всего проявляют себя в надежных руках опытного Британского Ветеринара с большим стажем.

Fri 15th July 2016
London Calling conf concludes - watch the talks and review the announcements

По ходу, никак всё не дозовётся этот Лондон, в отличие от Сан Франциско и Базеля.


Fri 27th May 2016
Update: New ‘R9’ nanopore for faster, more accurate sequencing, and new ten minute preparation kit

R9 наконец сделало всё остальное ненужным. Опять куда-то торопятся, опять боятся что за 10 минут куда-то не успеют.

Thu 26th May 2016
Response to O'Neill report on antimicrobial resistance

Микробы повержены и не могут прийти в себя от шока, прочитав этот ответ.

Thu 19th May 2016
Response to litigation

Главный пишет что ему приятно, что его коммерческие перспективы "признал" этим иском монополист рынка NGS. Забавно, что вопрос недружественного поглощения, потери КОПИтала на разработку (взятого из карманов доверчивых дурачков на IPO) или запрета продаж на американском рынке его не взволновал. Продавать-то пока особо нечего.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.09.2016 16:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Секвенирование в космосе (MinIon) beer.gif :
http://www.nanonewsnet.ru/news/2016/astron...e-naked-science
Участник оффлайн! Nett
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.09.2016 02:18     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Рош анонсировал прибор "третьего поколения"
http://alamed.ru/wp-content/uploads/2016/09/Brochure.pdf
Guest
IP-штамп: frxGOYQklo76Y
гость



 прочитанное сообщение 23.09.2016 04:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Что за черт?
Это ж ПакБио с рошевским лейблом...
Guest
IP-штамп: frxGOYQklo76Y
гость



 прочитанное сообщение 23.09.2016 06:54     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Насколько я понял из прессы, история такая:

Рош вложил 40 М в разработку Сиквела:
http://nextgenseek.com/2015/10/pacbio-anno...-pacbio-sequel/

потом попытался купить ПакБио целиком, но те отбрыкались:
http://www.reuters.com/article/us-pacbio-m...e-idUSKCN0VB2CM

теперь Рош, ссылаясь на пункт договора
"Pacific Biosciences will develop and manufacture certain products intended for clinical use, which it will sell exclusively to Roche. Roche obtained worldwide rights to exclusively distribute these products in the field of human in vitro diagnostics"
http://sequencing.roche.com/research---dev...rtnerships.html
выкрутил руки ПакБио и заставил его поставлять Сиквел только ему.

Что ж, похоже, что напрямую от производителя теперь приборчик не купить, только через посредника.

Это СПАМ!
Это сообщение — спам.
ksm
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.09.2016 09:15     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Sequel был анонсирован в октябре 2015 года:
http://nextgenseek.com/2015/10/pacbio-anno...-pacbio-sequel/
В начале 2016 года спрос на этот секвенатор был очень вялым, что заметно отразилось на стоимости акций PacBio.
В странах третьего мира, к которым американцы относят и Россию, его поставки начнутся (если начнутся) только в 2017 году. frown.gif

Приборчик неплохой, но только для некоторых приложений. Можно использовать, например, в качестве вспомогательного средства для улучшения сборки контигов. Неплохо выявляет сайты специфических метилаз, поэтому может использоваться для поиска новых рестриктаз (если кому-то не хватает старых). shuffle.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.10.2016 19:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(ksm @ 13.10.2016 22:20)
Ссылка на исходное сообщение  уважаемые форумчане, любители полупроводникового секвенирования!
сегодня на IonCommunity наткнулся на сообщение о отмытии и повторном использовании Ion Chip 318:
"I come from a smaller lab and like most ion users there is some learning with the PGM machine. I have successfully re-ran 10 to 15 318chips.  If you have a bad OT2 run and don't really want to toss it and you know there will be extra reagent on the PGM then try this. I pipette ~100ul H20 up and down 5 times, then spin upside down for 10 seconds and repeat this 3 times. If I am going to store the chip I fill it with H20 then parafilm it tight. I have used chips a up to month old.  Mode 1 (PCR GBS)is new 318 1st run, Then rinse and spin 3x then put back on PGM for finish the back side of reagents.  75% loading (PCR GBS) then 73%  (RAD GBS).      IF more questions, I will post more. This was HI-Q View PGM and OT2 Same 318 chip."
https://ioncommunity.thermofisher.com/message/15366#15366

вопрос: кто-нибудь развлекался с подобным?


Известно несколько случаев повторного использования чипов. Например, в Китае чип PI использовали не менее трёх раз. В России Ion 314 гоняли 13 раз. Так что дело вполне реальное. Проблема в том, что качество чипа после регенерации нужно контролировать. А программное обеспечение полупроводниковых секвенаторов для этого не приспособлено. И приходится как-то приспосабливаться. frown.gif
Поэтому нужно разработать Chip Washion Station. Или хотя бы Chip Viewer.

Файл/ы:

скачать файл Sequencing_for_all_ru.pdf
размер: 752.59к
кол-во скачиваний: 484


Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.11.2016 20:24     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(ksm @ 20.10.2016 17:40)
Ссылка на исходное сообщение  genseq, читал, спасибо! ну вроде в ИонПГМе есть утилита контроля шума и еще какой-то ереси, но что в точности она показывает - загадка... вроде сдохшие чипы должна бы выявлять
я всеми руками за!


А у Вас имеется PGM, на котором можно проверить пригодность данной утилиты для анализа чипов?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 02.11.2016 13:58     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Тогда нужно просто установить чип в PGM и посмотреть его HotMap или картинку, которую даёт эта утилита. Сигналы пустых лунок и лунок с ионосферами должны сильно отличаться. Только чип перед просмотром нужно промыть слегка подщелочённой (pH 7,4...7,8) дистиллированной водой. Всухомятку или при pH <7,0 чип может не читаться.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): ksm
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  29.12.2016 12:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

smile.gif

Картинки:
картинка: Ion_314.jpg
Ion_314.jpg — (134.91к)   

Guest
IP-штамп: frxGOYQklo76Y
гость



 прочитанное сообщение 12.01.2017 04:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Очередная "новая эра" в секвенировании:

user posted image

NovaSeq 6000 - 6 Tb data/20 billion reads in 2 days
NovaSeq 5000 - 2 Tb data/1.6 billion reads in 2.5 days

http://www.illumina.com/systems/sequencing...ms/novaseq.html
https://hi-news.ru/research-development/v-b...0-dollarov.html

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 14.01.2017 14:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

2x 150b длина прочтения.

протяженные повторы не проходятся, как и раньше.

очередная игрушка для микробиологов...

Сообщение было отредактировано sceptique - 14.01.2017 14:04
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.01.2017 11:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

стиральная машинка за миллион долларов smile.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): NMR-guy
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.01.2017 09:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Машина отличная! По крайней мере для WGS. Была бы она дешевле, цены бы ей не было. А так ($985,000) вклад амортизационных отчислений будет слишком велик. Но если гонять её без перерыва, то стоимость секвенирования генома может опуститься до $1000 (сейчас она в районе $1500, да и то только у китайцев). Это, конечно, не революция, но вполне доброкачественная эволюция. beer.gif
Участник оффлайн! vak
Постоянный участник
Мюнхен



 прочитанное сообщение 18.02.2017 18:07     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

а кто-нибудь уже предлагает услуги на базе этих новеньких новасеков?

по идее Pathways Genomics должны бы быть первыми, кто засветится с использованием NovaSeq 6000 / 5000 или?
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 19.02.2017 02:08     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Кстати, у Роша все секвенаторы куда-то делись, кроме вялой рекламы какой-то

http://rochediagnostics.ru/analiticheskie_sistemy

Вот тут вроде должны быть секвенаторы (однако весь раздел сайта просто срыли):
http://www.roche-applied-science.ru/


Они расторгли по какой-то причине соглашение с PacBIO (скорее всего, кто-то кого-то тупо кинул с чем-то), теперь на сайте нет ни ПакБИО ни старых ихних пиросеквенаторов - вообще ничего.

Проклятые "британские ученые" очередное поле нормальных аналитических приборов превратили в очередной айфон....

Сообщение было отредактировано sceptique - 19.02.2017 02:09
Участник оффлайн! vak
Постоянный участник
Мюнхен



 прочитанное сообщение 19.02.2017 07:26     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(sceptique @ 19.02.2017 00:08)
Проклятые "британские ученые" очередное поле нормальных аналитических приборов превратили в очередной айфон....

А разве от Роша что-то стóит ждать на диагностическом поле? Они ж наркобороны со стажем, остальное так, для прикрытия. Медицинский бизнес пока сидит на драгигле. Разбираться в проблемах пациента, чтобы лечить первопричины, а не симптомы -- это пока мало кому нужно (включая пациентов, которые живут так, как будто завтра все равно потоп), более того, для Роша и иже с ним -- это контрпподуктивно для оборота в долгосрочном плане.

Почему хорошая годная диагностика не может быть широко востребована даже в этих наших Европах, косвенно в этом топике
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=576156
Здесь про это не буду оффтопить.

От 23andme после их неудачных вы*бонов перед инквизицией FDA тоже помощи ждать не приходится, да и деньги экс мужа гендиректорши видимо подошли к концу.

Интуитивно, должен появиться новый игрок с новой финансовой кровью, который либо договорится с Pathway Genomics на предмет аутсорсинга им измерений на базе всяких новомодных новосеков или сам по большой глупости взвалит на себя бремя качественных измерений

Сообщение было отредактировано vak - 19.02.2017 07:27
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 19.02.2017 21:37     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(vak @ 19.02.2017 08:26)
Ссылка на исходное сообщение  А разве от Роша что-то стóит ждать на диагностическом поле? Они ж наркобороны со стажем, остальное так, для прикрытия. Медицинский бизнес пока сидит на драгигле. Разбираться в проблемах пациента, чтобы лечить первопричины, а не симптомы -- это пока мало кому нужно (включая пациентов, которые живут так, как будто завтра все равно потоп), более того, для Роша и иже с ним -- это контрпподуктивно для оборота в долгосрочном плане.

Почему хорошая годная диагностика не может быть широко востребована даже в этих наших Европах, косвенно в этом топике
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=576156
Здесь про это не буду оффтопить.

От 23andme после их неудачных вы*бонов перед инквизицией FDA  тоже помощи ждать не приходится, да и деньги экс мужа гендиректорши видимо подошли к концу.

Интуитивно, должен появиться новый игрок с новой финансовой кровью, который либо договорится с Pathway Genomics на предмет аутсорсинга им измерений на базе всяких новомодных новосеков или сам по большой глупости взвалит на себя бремя качественных измерений

Про проблему хорошей диагностики - эта людоедская точка зрения сейчас на западе набирает популярность, но только потому, что в тамошнем концлагере пациент от страховой и докторишек вообще не может никуда деться, когда уже билет до Индии или Канады не купить. В общем людоедам этим пока не понятно, что более прибыльно - вообще не тратиться на сложную диагностику и потом тратиться на возмещение богатой родне умерших с адвокатами исков по малпрактису или все же тратиться на неё, а не на иски адвокатов умерших потом. Борьба среди этих двух альтернатив далека от завершения, особенно в областях онклогии и дисциркуляторных сердчено-мозго-сосудистых проблем, самых важных фронтов борьбы людоедов за свой доход.

23 в общем и целом победило, поскольку показало FDA, что если нужно и важно - оно накопит свои бигдата все равно, несмотря на 10-15% ошибок в их крайне кривых, но дешёвых, чипах и запоздалые и тупые наезды "инквизиции". Я уверен, что под ковром они уже обо всем договорились, потому и выпендреж 23 закончился. Думаю, 23 дало все свои данные аналитикам госструктур, на условиях секретности, а "инквизиция" их на тех же условиях допустила к своей бигдате по таймлайну жизни генотипированных ими со всеми подробностями, абортами и штрафами за парковку.

Развивая же тему про секвенаторы - я уже устал тут писать, что пока все будут укорачивать длину ридов, и, тем самым, цену определения нуклеотида, смысл в таком "ПОЛНОГЕНОМНОМ генотипировании" плавно исчезнет, поскольку пропадёт возможность определения и прохождения протяженных повторных областей, которые очень часто являются или регуляторными элементами экспрессии генов, или вообще являются отметками входа всяких мобильных элементов в геном, и что внутри них происходит, как и их длина, - критически важно знать для прогноза происходящих в геноме событий... Если нет (или почти нет) протяженных повторов и интересуют прокариоты - так и напишите на своих горе-тазиках "ТОЛЬКО ДЛЯ МИКРОБИОЛОГОВ".

Сообщение было отредактировано sceptique - 19.02.2017 21:44

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): vak, LMP
Участник оффлайн! vak
Постоянный участник
Мюнхен



 прочитанное сообщение 19.02.2017 23:11     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(sceptique @ 19.02.2017 19:37)
Развивая же тему про секвенаторы - я уже устал тут писать, что пока все будут укорачивать длину ридов, и, тем самым, цену определения нуклеотида, смысл в таком "ПОЛНОГЕНОМНОМ генотипировании" плавно исчезнет, поскольку пропадёт возможность определения и прохождения протяженных повторных областей, которые очень часто являются или регуляторными элементами экспрессии генов, или вообще являются отметками входа всяких мобильных элементов в геном, и что внутри них происходит, как и их длина, - критически важно знать для прогноза происходящих в геноме событий... Если нет (или почти нет) протяженных повторов и интересуют прокариоты - так и напишите на своих горе-тазиках "ТОЛЬКО ДЛЯ МИКРОБИОЛОГОВ".

я не молбиолог и не был тут лет 10 на форуме -- всё по-прежнему прикольно)
приблизительно в 2003, я скромно поделился с коллегами внутренним убеждением, что самое интересное в ДНК происходит именно в интронах, что именно там стоит искать какие "эволюционные гипотезы" выставлены для проверки данному индивидуму, какой именно "тюннинг" заряжен на проверку -- не важно в виде регуляторной последовательности или в виде эпигенетической метки. Именно там стóит искать возраст гипотез находящихся уже некоторое количество поколений в проверке. Мне видится гармоничным, что гипотезы проходят несколько стадий вероятностных проверок -- первичные проверки в виде количества поколений, в которых гипотеза вообще выжила и вторичные проверки, когда одна и та же гипотеза успешно встречается-воссоединяется уже в скрещиваемых ДНК наборах партнёров. И ещё много всякой гармоничной ереси, от которой трясло моих коллег, только дайте волю, я вам тут набросаю красивых предположений, мало не покажется lol.gif

Ладно. не буду оффтопить

"прогноза происходящих в геноме событий" -- именно за подобные пассажи молбиол-коллеги готовы были меня бить, их останавливала лишь не слишком подходящая для битья славянская морда выше их голов lol.gif

Дайте несколько интересных ссылок по теме "прогноза происходящих в геноме событий", а еще не только про события, но и про гипотезы, которые эволюционно проверяются в рамках индивидума -- если такое уже есть конечно.

Сообщение было отредактировано vak - 19.02.2017 23:19
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.02.2017 09:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(vak @ 19.02.2017 21:11)
Ссылка на исходное сообщение 
Дайте несколько интересных ссылок по теме "прогноза происходящих в геноме событий", а еще не только про события, но и про гипотезы, которые эволюционно проверяются в рамках индивидума -- если такое уже есть конечно.



скачать файл Kariology.pdf
размер: 117.25к
кол-во скачиваний: 210


wink.gif

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): vak, sceptique
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 20.02.2017 11:16     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

1. Эволюция - это миф, а искать ее следы - это шизофрения. "Видообразования" все равно не случится, а всё другое - это сова натянутая на глобус. Некие формы "эволюции" наблюдаются у прокариот, но эта эволюция потом оказывается или горизонтальным переносом уже имеющихся факторов устойчивости, или отбором комбинаций ПРЕДСУЩЕСТВУЮЩИХ элементов в культуре. Хотя, усиленное облучение иногда случайным образом порождает новые жизнеспособные комбинации для некоторых искусственных условий, но если условия отбора искусственные - то это уже не естественный отбор, а направленный, требующий некой идеи отбора, вводимой ЕГО КОНСТРУКТОРОМ.

2. Тюнинг на проверку не заряжен. Все эти элементы реально что-то регулируют и зачем-то нужны в обеспечении развития и жизни наших неблагодарных и злобно-похотливых организмов. А гипотез как и что регулируют интроны, повторы и HERV-ы - море. Часть из них имеют железобетонное медицинское подтверждение. Часть - такие же фантазии, как и эволюция. Но здесь это всё оффтоп.

Ждём появления давно обещанных безамплификационных длинноридовых секвенаторов на рынке.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): vak
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.02.2017 11:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(sceptique @ 19.02.2017 19:37)
Ссылка на исходное сообщение   Я уверен, что под ковром они уже обо всем договорились,
У меня вот тоже складывается похожее ощущение. Вот как было в 70-80-е?. Активно шли исследования в области изучения химии процессов выделения (РНК/ДНК, белков), чтения, очитстки, синтеза. Всё делали ручками (поэтому, кстати, более старшие не так паникуют когда набора нет smile.gif ). Потом в конце 90-ых в теч каких-то 5-6 лет все знания сложились в коробочки, все процессы оформились в патенты, а фул-тексты (кроме чего-то уж совсем простого) попрятались под большой замок. Платите деньги. Теперь вот, полногеномика. По human health, сейчас инфу по популяциям соберут, упакуют в СНП-наборы для капиллярников, наклеют чипы и поставят в приборы ридеры, чтобы только своё пропускали. А всё лишнее с рынка уберут, и опять - раскошеливайтесь! Вон Рош своего монстра с сервисом и расходниками убирает. Термо Торрент тоже, Солид уже в архиве (кто про него помнит wink.gif ). Короче свобода - за деньги.
Участник оффлайн! vak
Постоянный участник
Мюнхен



 прочитанное сообщение 20.02.2017 14:21     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(genseq @ 20.02.2017 07:50)
Ссылка на исходное сообщение  
скачать файл Kariology.pdf
размер: 117.25к
кол-во скачиваний: 210


wink.gif

это ваша paper? не нашёл, чтобы она где-то обсуждалась, хотя и нашёл, что она уже тут на сайте мелькала в форме аттачмента -- наверняка есть топик, где было обсуждение, чтоб тут не оффтопить. А ещё что есть по теме, посвежее?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.02.2017 14:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(vak @ 20.02.2017 12:21)
Ссылка на исходное сообщение  это ваша paper? не нашёл, чтобы она где-то обсуждалась, хотя и нашёл, что она уже тут на сайте мелькала в форме аттачмента -- наверняка есть топик, где было обсуждение, чтоб тут не оффтопить. А ещё что есть по теме, посвежее?


"Paper" мой. Написан очень давно. Писал не для публикации, а просто потому, что не смог не написать. Нигде не обсуждался и не публиковался, хотя на molbiol я его уже где-то выкладывал. shuffle.gif
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 20.02.2017 21:59     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

В статье определенно что-то есть!

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! vak
Постоянный участник
Мюнхен



 прочитанное сообщение 21.02.2017 15:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(epi @ 21.02.2017 11:24)

может чего-то не разглядел, но выглядит как обычная статья о частном случае метилирования. я работал 2 года в Epigenomics AG -- это было 10 лет назад и я уже конечно не в форме, чтобы понять какой сигнал стоит за этой статьёй в контексте этого разговора smile.gif

shuffle.gif Кстати, чтобы хоть как-то поднять интерес к метилированию днк в русскоязычном пр-ве, я в 2006г даже создал страничку в русской википедии "метилирование ДНК" и не поленился перевести с английского и немецкого основные положения (пруфлинк)
кстати, может вынесем ветвь последних комментов в отдельный топик, чтобы здесь не мусорить или незачем, затухнет? )
Участник оффлайн! Olga Kn.




 прочитанное сообщение 07.03.2017 12:41     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Уважаемые коллеги, есть ли на форуме активные пользователи Ion torrent? Наш институт получил сей девайс два года назад и все боятся к нему подходить. Прибор уже три лабы сменил и так и не начал свою трудовую деятельность) киты стартовые стоят не распакованные. Можно ли их использовать хотя бы для тренировки и получить хоть какие-то результаты? Срок истек год назад.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.03.2017 13:19     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Olga Kn. @ 07.03.2017 10:41)
Ссылка на исходное сообщение  Уважаемые коллеги, есть ли на форуме активные пользователи Ion torrent? Наш институт получил сей девайс два года назад и все боятся к нему подходить. Прибор уже три лабы сменил и так и не начал свою трудовую деятельность) киты стартовые стоят не распакованные. Можно ли их использовать хотя бы для тренировки и получить хоть какие-то результаты? Срок истек год назад.


Вы в Москве?
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 07.03.2017 21:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(Olga Kn. @ 07.03.2017 13:41)
Ссылка на исходное сообщение  Уважаемые коллеги, есть ли на форуме активные пользователи Ion torrent? Наш институт получил сей девайс два года назад и все боятся к нему подходить. Прибор уже три лабы сменил и так и не начал свою трудовую деятельность) киты стартовые стоят не распакованные. Можно ли их использовать хотя бы для тренировки и получить хоть какие-то результаты? Срок истек год назад.

Конечно.

Бухгалтерии - потренироваться как его списать с баланса и не платить налоги с его стоимости на балансе основных фондов. Это в добавок к идущей в настоящее время у неё тренировке в том, как отползать за срок давности за его немотивированную покупку (это явно растрата и скорее всего - в особо крупном).

Сообщение было отредактировано sceptique - 07.03.2017 21:35
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.03.2017 22:14     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(sceptique @ 07.03.2017 19:32)
Ссылка на исходное сообщение  Конечно.

Бухгалтерии - потренироваться как его списать с баланса и не платить налоги с его стоимости на балансе основных фондов. Это в добавок к идущей в настоящее время у неё тренировке в том, как отползать за срок давности за его немотивированную покупку (это явно растрата и скорее всего - в особо крупном).

Да ладно. Не бухгалтерия же обосновывала его покупку. Кроме того, в тучные годы, когда ввалили дурные деньги в вузы и нии, было куплено столько бесполезного и дорогого железа от суперкомпьютеров до лектронных микроскопов, что никому не нужно ковырять эту кучу, пусть уж тихо сгниет.
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.03.2017 12:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Эти деньги были отданы пиндосам и паразитирующим на нас подпиндосным ОПГ. А могли бы пойти на китайские секвенаторы с дешевой расходкой или на отечественные разработки (по этому поводу есть многократные постановления Правительства).

Если виновники этого всенародного грабежа не понесут заслуженного ими наказания (а потратить 50 млн рублей на IonTorrent с расходкой и не знать что с ним делать - это ярчайший признак причастия к этому разграблению средств), не стрелочники и завлабы, а именно ВИНОВНИКИ, которые, я уверен, в масштабах нашей небольшой по населению страны всем известны, - всем остальным будет не объяснить, что наука и ее оборудование - это не очередная сфера для их грязных распилов денег, извлеченных из людей без их ведома.
Участник оффлайн! igm

Непостоянный участник



 прочитанное сообщение 08.03.2017 18:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(sceptique @ 08.03.2017 13:48)
Ссылка на исходное сообщениеа потратить 50 млн рублей на IonTorrent с расходкой и не знать что с ним делать - это
Так это везде так было и осталось до сих пор - во многих институтах и лабах при них. Зайдите в любой научный институт - и вам покажут кучу дорогостоящей, неиспользуемой техники. И что с ней делать ???
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.03.2017 19:23     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Продать, если рабочая и не нужна. И купить ту, которая нужна и понятна зачем для осуществления своей уставной деятельности. Нет? Организовать ЦКП для всех желающих?

Пример: есть IonTorrent с протухшей расходкой, который по непонятным причинам был куплен 3 года назад. Нужно: 30 клеток с поилками-кормушками для вивария, 3 спектрофотометра 220-260-280, 4 микроцентрифуги, 2 бокса с НЕРА-фильтрами и рециркуляцией + УФ, 100 микродозаторов. Или вместо всего этого - 1 HPLC-ES-MS. Первое продается, второе покупается. Нет? Я пишу дичь, которую никто не знает?
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.03.2017 21:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Вне зависимости от того, кто я сам (и что сам имею склад того, что не получается продать!), всё то, что Вы пишете - это мерзость, а любая мерзость имеет печальный конец как для себя, так и для всех сопричастных. Если не здесь, где Вы видите изо дня в день одно и то же и из этого делаете ложный вывод-аппроксимацию, что и в будущем будет так же и Вы не виноваты в происходящем, раз так делают все, так ТАМ, куда мы все через конечное время попадем, выйдя из этого мира. Напоминаю, что если убийца или вор не один, а их тысяча, и кроме них вокруг Вас никого не видно (и они все врут Вам что ВСЕ вокруг убийцы), это не значит, что эти люди вокруг перестали быть теми, кем являются, равно как и то, что их ждет положенное по их делам наказание, несмотря на их самоубежденность (ну, как-то же приходится жить с чуйством вины? - пределы адаптации у нашего мозга велики.) в нормальности и невиновности.

Я согласен, что описанные мерзости общеприняты сейчас в России, и потому почти неизбежны. Но, если вдуматься, - тем хуже для нас и нашего будущего. Потому что невозможность адаптироваться, продавать и покупать нужную для уставной деятельности технику делает безсмысленными любые блеяния про эффективность и экономическую целесообразность всего происходящего.

Сообщение было отредактировано sceptique - 08.03.2017 21:39
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 09.03.2017 01:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Ну, если разобраться, то кроме микробиологии/инфекционных болезней (вирусы+прокариоты) и экологии (выделять из куба почвы всю ДНК и/или РНК и в лоб читать, надеясь, что вылезет что-то интересное прокариотическое без протяженных повторов), и сейчас и через 10 лет эти тазики применить по назначению будет весьма сложно.

Можно ими новые снипы искать у разных выборок подозрительных биообъектов. За 100 тыщ. р. за одиночный объект.

Нашли новые снипы - опубликовали. Не нашли - клянчим еще 50 млн на расходку для 500 объектов.

Бизнес смешной до ужаса. Особенно при том, что найденные снипы будут ничтожны по частотам, и, чтобы применить с пользой для дела знания об их наличии, придется делать такие же дорогие сверхогромные диагностические панели... Которые никто не будет делать из-за их дороговизны.

Ну или опускаться на уровень ошибок 20-30% и работать как 23andme. После чего генодиагностику в медицине можно будет закрывать, потому как контроль качества не пропустит ни один такой чип.

Сообщение было отредактировано sceptique - 09.03.2017 01:52
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.03.2017 10:59     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Секвенаторы 3-его поколения
Когда за дело берется Хитачи, жди нового продукта. Теперь будем буковки в микроскоп разглядывать? smile.gif

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): genseq, dk
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 09.03.2017 11:51     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

ksm, таки напиши что "срач хочу развести", когда будет что по делу - прошу обратно к обмену мнениями.

LMP, то же самое 2 года назад писала Рош. Сейчас у нее вообще на сайте нет секвенаторов. Даже обороты в пресс-релизе те же самые - очередной развод лохов-инвесторов и акционеров на распил бабла, как мне кажется. Или как у суровых британских ученых из миниION-а - очередной айфон для тех кто в школе не учился, который клеит "свои" контиги на матрицу рефсика при сборке, да и то умудряется не справляться.
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.03.2017 12:21     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Ну надо отдать должное Нанопору: миниионы они всё-таки доделали. Да, чтение не точное, а скрининговое. Ну тоже в определенных обастях полезное. Например первичный скрининг микробов в полевых условиях, для военных тех же. НАСА минионы уже испытали.
А в отношении "микроскопа", интересно посмотреть на прототип, а чего уж там выйдет.... Всё-таки d Хитачи слов на ветер не бросают. Вот, например, для Promega уже сделан новый сэнгеровский капиллярник с их участием. Выйдет в этом году, как более дешевая альтернатива ABI.
https://worldwide.promega.com/aboutus/press...-ce-instrument/
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 09.03.2017 12:38     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Первичный скрининг микробов в полевых условиях сделан лет 30 назад.Для этого секвенаторы не нужны. Новому капиллярнику этому для промеги тоже уже лет 30, они его то апллайду лицензировали, теперь - промеге, на исходе патентной защиты и надо полагать за бесценок. Теперь нужно ждать очередного прорыва в следующем поколении секвенаторов, модернизации и распила, теперь уже под соусом того, что Промега на голову лучше Апплайда, надежнее, Хитачи слов на ветер не бросает и прочая маркетологически-распильная вермишель на уши.

А в это время по какой-то загадочной причине китайские пиросеквенаторы с относительно-длинными ридами подряд, которые там у вас выше в теме обозначены - не имеют разрешений и лицензий. То есть - китайцы ими уже набивают целые секвенаторные залы и заводы, по примеру Селеры, а у нас - очередная итерация "купите сверхинновационные тазики последнего поколения", теперь с приделанными на матрицу сверху микроскопами.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.03.2017 12:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Хитачи можно понять. Им хочется увеличить продажи своих электронных микроскопов. На рынок NGS пробиться не удастся, но в качестве рекламного хода вариант не самый плохой. Что касается скептицизма в отношении Oxford Nanopore, то от них уже не ожидали ничего хорошего, но в конце прошлого года ситуация резко изменилась. Точность чтения они увеличили с 85 до 95%, а скорость чтения - до 450 bps. Значительно увеличилась и длина ридов. Для выявления мутаций этого недостаточно, но в качестве вспомогательной технологии для сборки гаплоидных геномов оксфордцы опередили PacBio.

Сообщение было отредактировано genseq - 09.03.2017 13:00

Картинки:
картинка: ON_1.png
ON_1.png — (88.35к)   



Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): LMP
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.03.2017 13:51     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(sceptique @ 09.03.2017 10:38)
Ссылка на исходное сообщение  Первичный скрининг микробов в полевых условиях сделан лет 30 назад.
чем сделан-то? Это ж не разовая задача, а постоянный мониторинг.
Участник оффлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.03.2017 15:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(sceptique @ 09.03.2017 13:01)
Ссылка на исходное сообщение  "переделывать в 10 раз дороже при той или хуже чуйствительности уже незачем.
ладно, в самом деле не так спросил - финальный анализ и правда есть чем делать. Но для регулярных предварительных тестов большая чувствительность не нужна. Нужна простота исполнения и чтоб исполнителем был не профи, а солдат.
Участник оффлайн! Crazy-Seq




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  14.03.2017 12:59     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

http://www.sciencemag.org/news/2017/02/bio...-all-life-earth

smile.gif))

Всего благодарностей: 5Поблагодарили (5): sceptique, esp, in-silico, cook, Inkerin Liitto
Участник оффлайн! Olga Kn.




 прочитанное сообщение 17.03.2017 11:16     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(vb @ 07.03.2017 23:14)
Ссылка на исходное сообщение  Да ладно. Не бухгалтерия же обосновывала его покупку. Кроме того, в тучные годы, когда ввалили дурные деньги в вузы и нии, было куплено столько бесполезного и дорогого железа от суперкомпьютеров до лектронных микроскопов, что никому не нужно ковырять эту кучу, пусть уж тихо сгниет.



Немотивированная покупка, растраты и простой данного оборудования на совести администрации и предыдущих завлабов, у которых сей девайс находился. Как и Вам мне ситуация с его простоем очень не нравится. У меня сейчас задача минимум освоить оборудование, о работе которого у меня только теоретические представления, к работе на просроченных реактивах, я отношусь с явным неодобрением, но периодически текущие реалии вынуждают их использовать. С закупками дорогостоящих реактивов в начале года тоже возникают сложности. Поэтому и интересуюсь.
Участник оффлайн! MartinKat




 прочитанное сообщение 17.03.2017 13:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(sceptique @ 09.03.2017 13:38)
Ссылка на исходное сообщение  Первичный скрининг микробов в полевых условиях сделан лет 30 назад.

Что значит сделан и где Вы его видите? smile.gif
Участник оффлайн! Crazy-Seq




 прочитанное сообщение 17.03.2017 14:25     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(GMO @ 17.03.2017 14:51)
Ссылка на исходное сообщение  паслухай КСМ Институт Физиологии Растений РАН я буду писать тебе прогу под Торрент  smile.gif

http://www.sciencemag.org/news/2010/10/sci...est-genome-ever
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.03.2017 17:23     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(ksm @ 13.10.2016 22:20)
Ссылка на исходное сообщение  уважаемые форумчане, любители полупроводникового секвенирования!
сегодня на IonCommunity наткнулся на сообщение о отмытии и повторном использовании Ion Chip 318:
https://ioncommunity.thermofisher.com/message/15366#15366

вопрос: кто-нибудь развлекался с подобным?


Если всё ещё интересуетесь отмывкой чипов, то сейчас эту проблему пытается решить А.Соколов. Можете с ним скооперироваться.
4 марта на сходке самодельщиков он рассказывал о своей разработке (сразу после доклада о поилке для кота):

Сообщение было отредактировано genseq - 17.03.2017 17:34

Картинки:
картинка: DIY.JPG
DIY.JPG — (152.67к)   



Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): ksm
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.03.2017 18:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(ksm @ 17.03.2017 15:55)
Ссылка на исходное сообщение  genseq, все, что я об этом уяснил, это то что для чего-то серьезного отмытый чип запускать "стремно"))


Стрёмно запускать без проверки качества отмывки и контроля состояния чипа. "Машинка" Соколова как раз предназначена для проверки качества чипа.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 30.03.2017 20:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Эволюция Oxford Nanopore переросла в революцию jump.gif .
14 марта анонсирован выпуск GrigION X5 ($125 тыс., 10 кг). Расчётная производительность - 100 Gb за 48 часов (5 чипов, по $299 каждый):
https://nanoporetech.com/about-us/news/intr...cing-gridion-x5
https://nanoporetech.com/products/gridion
На подходе PromethION (48 чипов):
https://nanoporetech.com/products
картинка: PromethION.JPG

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 15:46
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft