Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Технологии секвенирования следующего поколения. -- Куда двигаться дальше? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: GMO
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Crazy-Seq




 прочитанное сообщение 17.03.2017 14:25     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(GMO @ 17.03.2017 14:51)
Ссылка на исходное сообщение  паслухай КСМ Институт Физиологии Растений РАН я буду писать тебе прогу под Торрент  smile.gif

http://www.sciencemag.org/news/2010/10/sci...est-genome-ever
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.03.2017 17:23     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(ksm @ 13.10.2016 22:20)
Ссылка на исходное сообщение  уважаемые форумчане, любители полупроводникового секвенирования!
сегодня на IonCommunity наткнулся на сообщение о отмытии и повторном использовании Ion Chip 318:
https://ioncommunity.thermofisher.com/message/15366#15366

вопрос: кто-нибудь развлекался с подобным?


Если всё ещё интересуетесь отмывкой чипов, то сейчас эту проблему пытается решить А.Соколов. Можете с ним скооперироваться.
4 марта на сходке самодельщиков он рассказывал о своей разработке (сразу после доклада о поилке для кота):

Сообщение было отредактировано genseq - 17.03.2017 17:34

Картинки:
картинка: DIY.JPG
DIY.JPG — (152.67к)   



Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): ksm
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.03.2017 18:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(ksm @ 17.03.2017 15:55)
Ссылка на исходное сообщение  genseq, все, что я об этом уяснил, это то что для чего-то серьезного отмытый чип запускать "стремно"))


Стрёмно запускать без проверки качества отмывки и контроля состояния чипа. "Машинка" Соколова как раз предназначена для проверки качества чипа.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 30.03.2017 20:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Эволюция Oxford Nanopore переросла в революцию jump.gif .
14 марта анонсирован выпуск GrigION X5 ($125 тыс., 10 кг). Расчётная производительность - 100 Gb за 48 часов (5 чипов, по $299 каждый):
https://nanoporetech.com/about-us/news/intr...cing-gridion-x5
https://nanoporetech.com/products/gridion
На подходе PromethION (48 чипов):
https://nanoporetech.com/products
картинка: PromethION.JPG
Участник оффлайн! vak
Участник
Мюнхен



 прочитанное сообщение 30.03.2017 21:45     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

эх, сделал бы кто-нибудь хоть грубо набросок обзора для dummies с табличкой в каком-нибудь google sheets: модель, скорость, точность, длина ридов, цена за скороварку, цена за кит/чип, прибл цена за полное сиквенирование сэмпла, etc

и расшарить на редактирование с тем, кто в теме и кому доверяете -- вот было бы здорово, +1000 в карму!

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): dk
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 30.03.2017 23:00     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

А вот у меня такой наивный вопрос - а этот МинИОН сможет заменить "классическое" секвенирование? Если использовать "баркодинг" на 96 образцов, то в 1 ячейке за 300 баксов - цена 1 образца будет около 190 рублей. Пусть пробоподготовка увеличит её ещё вдвое - выходит около 400 р. Это ещё выше себестоимости (при условии "бодяжения" бигдая и "левого" полимера), но уже сравнимо с услугами коммерческих компаний на "сэнгеровских" капиллярниках. Или я не правильно понимаю суть процесса?
ВС
IP-штамп: frxGOYQklo76Y
гость



 прочитанное сообщение 31.03.2017 07:21     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

https://nanoporetech.com/products#comparison

Чота как-то дорого, не? Minion стоит тыщу (5 штук - 5 тыщ), а этот 125.
Я конечно понимаю, что там хороший проц и память, но неужели все это железо стОит 120 тыщ?
Участник онлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.03.2017 11:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(dk @ 30.03.2017 21:00)
Ссылка на исходное сообщение  А вот у меня такой наивный вопрос - а этот МинИОН сможет заменить "классическое" секвенирование?
С точностью у них не очень, тут где-то генсек испытания выкладывал. Соответственно и приложения у них больше скрининговые https://nanoporetech.com/applications
Потом все равно, видимо, "пересеквенировать" по сэнгеру придется. Ну и не надо забывать, что ихнюю стоимость надо на "N" раз умножать, чтобы учесть наценки.

Сообщение было отредактировано LMP - 31.03.2017 11:02

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): dk
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.03.2017 11:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(vak @ 30.03.2017 19:45)
Ссылка на исходное сообщение  эх, сделал бы кто-нибудь хоть грубо набросок обзора для dummies с табличкой в каком-нибудь google sheets: модель, скорость, точность, длина ридов, цена за скороварку, цена за кит/чип, прибл цена за полное сиквенирование сэмпла, etc

и расшарить на редактирование с тем, кто в теме и кому доверяете -- вот было бы здорово, +1000 в карму!


https://nanoporetech.com/products#comparison
https://nanoporetech.com/products

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): vak
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.03.2017 11:36     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(LMP @ 31.03.2017 09:02)
Ссылка на исходное сообщение  С точностью у них не очень, тут где-то генсек испытания выкладывал. Соответственно и приложения у них больше скрининговые https://nanoporetech.com/applications
Потом все равно, видимо, "пересеквенировать" по сэнгеру придется. Ну и не надо забывать, что ихнюю стоимость надо на "N" раз умножать, чтобы учесть наценки.


Над точностью им ещё работать и работать, тем не менее последние результаты обнадёживают. Если в прошлом году количество ошибок было запредельным (10...15%), то на новых порах (версия 9.4, с гиразой) ошибок уже меньше 10%. Точнее - 5...6%, а это уже совсем неплохо. Но самое смешное то, что на этих порах несколько процентов ридов читаются дважды. Т.е. вторая нить, вытесняемая гиразой, после окончания чтения первой нити влезает в ту же пору и чтение продолжается. В этом случае точность чтения повышается до Q20 или даже выше. Этот фокус теперь называется 1D2-секвенирование. На порах 9.4 количество таких двойных ридов составляет 3..4%, но в мае оксфордцы обещают перейти на поры версии 9.5, которые увеличат количество двойных ридов до 50...60%.

Что касается длины чтения, то у рекордных ридов она перевалила за миллион:
https://twitter.com/nanopore

Сообщение было отредактировано genseq - 03.04.2017 15:51

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): dk
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 31.03.2017 22:18     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Генсек, спасибо! Выходит около 250 руб за прочтение вместе с пробоподготовкой (для ГридИОН). Очень даже привлекательно. Если они повысят качество до 99% (при повторных прочтениях) то есть вероятность замены "нанопорами" секвенаторов для "малых групп" через пару лет.
Участник оффлайн! vak
Участник
Мюнхен



 прочитанное сообщение 01.04.2017 23:54     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(genseq @ 31.03.2017 09:12)

minION порвал мой моск! отрезвили лишь цены использования. но всё же как круто... ещё несколько лет и будет очено забавно всё.

Сообщение было отредактировано vak - 01.04.2017 23:55
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 03.04.2017 15:45     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Только если это всё правда. Давайте подождем статей и каких-то публично-доступных массивов сырых данных и прог их просмотра с этих секвенаторов, дабы можно было скачать и самим оценить что из этих пор вылазит.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.04.2017 09:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(NMR-guy @ 03.04.2017 13:45)
Ссылка на исходное сообщение  Только если это всё правда. Давайте подождем статей и каких-то публично-доступных массивов сырых данных и прог их просмотра с этих секвенаторов, дабы можно было скачать и самим оценить что из этих пор вылазит.


rolleyes.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 05.04.2017 09:13

Картинки:
картинка: ONT.JPG
ONT.JPG — (56.56к)   

ВС
IP-штамп: frxGOYQklo76Y
гость



 прочитанное сообщение 05.04.2017 10:01     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Обсуждение Minion vs Sequel (дек 2016), но только по одному датасету:
http://www.opiniomics.org/is-the-long-read...r-already-over/
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 06.04.2017 11:49     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Пока не вложу персты в сырые данные от "британских учоных" и не проверю случайную выборку из десятка-другого ридов из них против рефсика в Бласте - не поверю. Всё вышенарисованное может быть рекламными мультиками для "владельцев айфонов".

Вся соль этих безамплификационных технологий - в снижении частот ошибок детектора на поре. Пока нет никаких данных, как работают сами поры и софт, который обрабатывает сырой сигнал с них.

И еще: если в софт миниИОНа встроен рефсик на самые распространенные организмы и он не "читает" буквы, а "восстанавливает" их в основном по соответствию рида и рефсика, опираясь на крайне зашумленный сигнал с поры - то это жульничество обязательно вскроется при секвенированиях де-ново, всякими экологами, когда их попытки засунуть туда ДНК из литра почвы (к примеру) не выдаст им ничего нового, что уже не содержится в рефсике (локальном).
ВС
IP-штамп: frxGOYQklo76Y
гость



 прочитанное сообщение 06.04.2017 12:28     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Насколько сырые? Там есть ссылка на FASTQ для человека:
https://github.com/nanopore-wgs-consortium/NA12878
Только отнюдь не 10-20 Гб у них для одного чипа, а ~2,8 в среднем.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.04.2017 22:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(NMR-guy @ 06.04.2017 09:49)
Ссылка на исходное сообщение  Пока не вложу персты в сырые данные от "британских учоных" и не проверю случайную выборку из десятка-другого ридов из них против рефсика в Бласте - не поверю. Всё вышенарисованное может быть рекламными мультиками для "владельцев айфонов".

Вся соль этих безамплификационных технологий - в снижении частот ошибок детектора на поре. Пока нет никаких данных, как работают сами поры и софт, который обрабатывает сырой сигнал с них.

И еще: если в софт миниИОНа встроен рефсик на самые распространенные организмы и он не "читает" буквы, а "восстанавливает" их в основном по соответствию рида и рефсика, опираясь на крайне зашумленный сигнал с поры - то это жульничество обязательно вскроется при секвенированиях де-ново, всякими экологами, когда их попытки засунуть туда ДНК из литра почвы (к примеру) не выдаст им ничего нового, что уже не содержится в рефсике (локальном).


https://www.slideshare.net/VenmicaEstructur...nanopore-minion

Картинки:
картинка: MinION.JPG
MinION.JPG — (47.4к)   



Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): LMP
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 08.04.2017 00:05     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(ВС @ 06.04.2017 12:28)
Ссылка на исходное сообщение  Насколько сырые? Там есть ссылка на FASTQ для человека:
https://github.com/nanopore-wgs-consortium/NA12878
Только отнюдь не 10-20 Гб у них для одного чипа, а ~2,8 в среднем.

Да, спасибо, именно на САМЫЕ сырые, прямо которые прибор этот генерит в виде ридов, в формате fastaq.

И хотелось бы побольше разнообразия в тех организмах, которые секвенируются, а еще лучше - какое-нибудь повальное генотипирование или толпы добровольцев или выборки каких-нибудь организмов. Чтобы были видны В СЫРЫХ ДАННЫХ снипы, которые можно бы было соотнести с измеренными частотами в исследованной географической популяции, и проверить на хардивайнберга.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.04.2017 16:44     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Все вопросы - сюда shuffle.gif :

Сообщение было отредактировано genseq - 08.04.2017 16:48

Картинки:
картинка: ONT_MDx.JPG
ONT_MDx.JPG — (77.9к)   

Guest
IP-штамп: frh9bGhzrZhVk
гость



 прочитанное сообщение 09.04.2017 13:58     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Это - заинтересованное лицо-"британский ученый", и правды с него не взять.

Нужны реальные юзеры, причем вне их "программы доверия" и "доступа к нанопоре". Эти реальные юзеры выкладывают данные на всеобщую скачку, если в текстовом неархивном формате FASTAQ - вообще бы было идеально.

Несколько десятков датасетов с разных людей (к примеру) - и все лично мне станет понятно.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  11.04.2017 22:09     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

https://yadi.sk/i/jwhU3igL3Gsehi
[attachmentid()=281361]

Сообщение было отредактировано genseq - 15.04.2017 08:16

Файл/ы:

скачать файл _________________2017__________.ppt
размер: 8.32мб
кол-во скачиваний: 45




Всего благодарностей: 4Поблагодарили (4): dk, NMR-guy, ksm, kb1
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 12.04.2017 16:51     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Забавная презентация, весьма.

Интересно, а у нас хоть одно ведомство в стране способно в принудительном порядке заставить полногеномно генотипироваться хотя бы 1 млн россиян?
ЕСЛИ про пору - правда, то можно даже представить на чём уже. Не ждать же окончания британского патента 20 лет? shuffle.gif
Участник оффлайн! criplenie
Участник



 прочитанное сообщение 12.04.2017 19:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(Olga Kn. @ 07.03.2017 13:41)
Ссылка на исходное сообщение  Уважаемые коллеги, есть ли на форуме активные пользователи Ion torrent? Наш институт получил сей девайс два года назад и все боятся к нему подходить. Прибор уже три лабы сменил и так и не начал свою трудовую деятельность) киты стартовые стоят не распакованные. Можно ли их использовать хотя бы для тренировки и получить хоть какие-то результаты? Срок истек год назад.

Чипы - явно можно. Химия - как повезет, зависит от условий хранения. Киты для приготовления библиотек живые с вероятностью 95%, но может быть некомплект. А вообще сперва, надо сформулировать задачу, а не секвенировать абы что. В идеале - покупать оборудование под задачу umnik.gif , но это фантастика.
Ну и расположение знать полезно. В Москве желающие посеквенировать найдутся легко, возможно даже со своими китами.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.04.2017 16:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Решил как-то отметить День ДНК (25 апреля).

Картинки:
картинка: NGS___2017.JPG
NGS___2017.JPG — (11.71к)   



Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): NMR-guy
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 17.04.2017 21:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Вы там времени не теряйте - белки у них указаны, соображайте что они в них заинжинирили и вперед - в повторение разработки для своих. Детектор, как я понимаю, там вполне обычный, раз они его в USB-палочку засунули. Замедляете протаскивание через пору до нужной скорости - и вперед к выделению и рефолдингу этих клонированных и заинжениренных пор.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.04.2017 09:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(NMR-guy @ 17.04.2017 19:29)
Ссылка на исходное сообщение  Вы там времени не теряйте - белки у них указаны, соображайте что они в них заинжинирили и вперед - в повторение разработки для своих. Детектор, как я понимаю, там вполне обычный, раз они его в USB-палочку засунули. Замедляете протаскивание через пору до нужной скорости - и вперед к выделению и рефолдингу этих клонированных и заинжениренных пор.


Белки там очень хитрые. wall.gif
Например, нанопорой служит модифицированный CsgG, а хеликазой - Rep-X (т.е. Rep, у которого две аминокислоты заменены цистеинами и соединены синтетическим линкером):
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4417355/
Да и электроника не стандартная. Общие описания возможных вариантов есть здесь:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27509529
А конкретные описания отсутствуют. wall.gif
Известно только, что массив из 2048 ячеек для нанопор, каждая из которых имеет свой каскадный операционный усилитель, подключается через FPGA к 512 АЦП, причём все сигналы с их цифровых выходов пакуются и передаются на компьютер через USB 3.0.
Участник оффлайн! sceptique
Участник



 прочитанное сообщение 19.04.2017 10:19     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Какие они хитрые - они бактериальные и вирусно-бактериофажные, судя по названиям.
То есть - идеально клонируются и экспрессятся. А если они хорошо клонируются и экспрессятся - уже давно можно было посадить пяток-другой дипломников на ковровый аланиновый мутагенез всего того, что в нем отличается от аланина с оценкой функциональной активности какой-нибудь относительно простой (полупроницаемые мембраны с добавлением ДНК с одной стороны и измерением скорости появления ДНК с другой, детекция - проточные микрокюветы из кварца с измерением поглощения на 260нм) методикой. Судя по тому, что в соавторах второй статьи много китайцев - именно этим путем они и шли. Путь простой, биообъект уже указан, с которым все получилось. Соврать в этом нельзя - патент не получишь. В чем проблема?

Собственно, по графику тока понятно, что если этот мрак и ужас (а готовый предусилитель и АЦП для одномолекулярного детектора можно взять из статей по одноканальному патч-клямпу в электрофизиологии) удастся замедлить и откалибровать по типу сигнала от одного из 4 видов нуклеотидов - собственно проблема решена. ДНК-полимераза там явно используется тоже для калиброванного замедления синтеза. А пора - для гарантированного "непротекания" мембраны никаким другим образом кроме просачивания ДНК. Вы сделайте это для одного канала под микроэлектродом патч-клямпа и его усилительной электроникой. Размножить получившееся в 1 точке на 1 канале на массив CMOS - это проще, когда знаешь как должен выглядеть идеал.

Или Вы считаете, что китайцы нам все сами расскажут и принесут? Они скорее к себе в Китай, где нет патентного права, это продадут, из благодарности товарищу Мао за счастливое детство.

UPD: читаю статью про хеликазу Реп-Х - там же даже указано что менять на цистеин, указано, что важно подобрать правильную длину кросслинка с малеимидом (то есть - все остальные цистеины нужно менять на аланины и подобрать условия сшивания-очистки). Навреняка от длины этого полилинкера и зависит процессивность олигомера по расшивке ДНК.

UPD2: повторять экзерсисы авторов с ФРЕТом и оптическими "пинцетами" с одной единственной геликазой совершенно незачем - на этот бред уйдут годы. Хотя опыт по разобщению 18-нуклеотидного двухцепочечного "зонда" с разгоранием флуоресценции неплох в качестве средства измерения, жаль только ассоциироваться обратно этим зондам ничто мешать не будет (а при повышенной температуре, мешающей обратному отжигу, хеликаза может работать не так, как при комнатной).

Сообщение было отредактировано sceptique - 19.04.2017 12:08

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): criplenie
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.04.2017 11:16     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Приближается Международный День ДНК.

Картинки:
картинка: DNADay.JPG
DNADay.JPG — (74.25к)   



Файл/ы:

скачать файл DNADay.pdf
размер: 284.03к
кол-во скачиваний: 6




Всего благодарностей: 5Поблагодарили (5): сухов2, esp, зубов, bee3, citypizza
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.04.2017 11:24     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Иллюстрации к докладу:

Файл/ы:

скачать файл NGS___2017_DNA_Day.ppt
размер: 9.88мб
кол-во скачиваний: 39


Участник оффлайн! criplenie
Участник



 прочитанное сообщение 24.04.2017 13:20     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(sceptique @ 19.04.2017 11:19)
Ссылка на исходное сообщение  Какие они хитрые - они бактериальные и вирусно-бактериофажные, судя по названиям.

Интересно, почему они тогда не воспользовались репликацией по механизму катящегося кольца? Сделать кольцо на 10-40 кб и пусть читается десять раз подряд. Расплетение цепи и постоянная скорость продвижения без принятия дополнительных мер. Для лучшего распознавания можно подсовывать модифицированные dNTP. Не верю что они так просто проморгали такое очевидное решение. Метилирование прочесть не получится, но там высокая точность чтения и не нужна.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.04.2017 09:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(criplenie @ 24.04.2017 11:20)
Ссылка на исходное сообщение  Интересно, почему они тогда не воспользовались репликацией по механизму катящегося кольца?  Сделать кольцо на 10-40 кб и пусть читается десять раз подряд. Расплетение цепи и постоянная скорость продвижения без принятия дополнительных мер. Для лучшего распознавания можно подсовывать модифицированные dNTP. Не верю что они так просто проморгали такое очевидное решение. Метилирование прочесть не получится, но там высокая точность чтения и не нужна.


Идея очень верная. Наверное, ей скоро воспользуются. Как и ДНК-наноболлами, с которыми можно использовать хеликазу. Хороших идей много, а вот людей на всё не хватает. Но уже скоро и у Вас появится возможность поэкспериментировать с нанопорами и с такими идеями. Главное - чтобы не пропало желание. А если его и не было, то чтобы появилось. shuffle.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 25.04.2017 11:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(genseq @ 25.04.2017 10:10)
Ссылка на исходное сообщение  Идея очень верная. Наверное, ей скоро воспользуются. Как и ДНК-наноболлами, с которыми можно использовать хеликазу. Хороших идей много, а вот людей на всё не хватает. Но уже скоро и у Вас появится возможность поэкспериментировать с нанопорами и с такими идеями. Главное - чтобы не пропало желание. А если его и не было, то чтобы появилось. shuffle.gif

no.gif В секвенаторостроении главное - не желание или даже не "ум", главное - средства! yes.gif
Это в мультиках все наоборот tongue.gif
https://www.youtube.com/watch?v=ACY2tm4Vpew

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): criplenie
Участник оффлайн! sceptique
Участник



 прочитанное сообщение 25.04.2017 13:23     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Катящееся кольцо залипнет на первом же ГЦ-богатом участке в геноме, 80-90%GC и кольцо дальше не покатится. CpG станут тоже непроходимыми, а это всё сразу похоронит применение технологии в широкой практике для секвенирования.

А идея китайцев в Чикаго с измененной под задачей хеликазой хороша тем, что длиной S-S кросслинка они могут относительно плавно регулировать процессивность, и если оно будет расплетать с нужной скоростью всё от 10-20%GС до 80-90%GC - это уже технология, а не маниловщина и не развод государства на последние бабки в пользу своей родни.

Сообщение было отредактировано sceptique - 25.04.2017 13:25

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): criplenie
Участник оффлайн! criplenie
Участник



 прочитанное сообщение 25.04.2017 15:28     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

phi29 вроде имеет очень хорошую процессивность и для ГЦ-богатых участков.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 02.05.2017 16:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Фондом поддержки МП в НТС объявлен конкурс "Медицина 2017", включающий лот 2 - «Разработка системы одномолекулярного массивного оптического параллельного анализа последовательностей нуклеиновых кислот».
Приём заявок до 18 мая.
http://fasie.ru/press/fund/fond-sodeystviy...ykh-proektov-v/
Интересно, кто это подсуетился? confused.gif
Если новосибирцы, то "осваиваемая" ими технология к этому году уже устарела. frown.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 02.05.2017 16:39

Файл/ы:

скачать файл Lot_2.doc
размер: 34к
кол-во скачиваний: 13


Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 02.05.2017 17:58     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

"Осваиваемая" ими технология не устареет никогда. wink.gif

Главное - поМАССИВНЕЕ и ОПТИЧЕСКИ ПОПАРАЛЛЕЛЬНЕЕ. И отползать потом за срок давности...
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 02.05.2017 19:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(NMR-guy @ 02.05.2017 15:58)
Ссылка на исходное сообщение  "Осваиваемая" ими технология не устареет никогда. wink.gif

Главное - поМАССИВНЕЕ и ОПТИЧЕСКИ ПОПАРАЛЛЕЛЬНЕЕ. И отползать потом за срок давности...


Похоже, новосибирцы тут ни при чём. Это больше похоже на Зеленоград. Там собирались реанимировать технологию Helicos, и в 2014 году даже приобрели Heliscope, который весит около тонны (стоит больше миллиона баксов), причём по-дешёвке - всего за 50 млн. рублей. shuffle.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 03.05.2017 13:21
Участник оффлайн! sceptique
Участник



 прочитанное сообщение 03.05.2017 21:09     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

А они в заявке не запросили миллиард рублей на вывод этой своей "тонны" в космос для отработки лучших условий секвенирования и решения задач миниатюризации? Британские ученые миниИОН в космос уже забрасывали, а этим почему ЕЩЁ 1 млрд не дать распилить? Космос же! umnik.gif

Сообщение было отредактировано sceptique - 03.05.2017 21:12
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.05.2017 18:53     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

4...5 мая в Лондоне прошла первая конференция, целиком посвящённая технологии секвенирования и секвенаторам Oxford Nanopore:
https://www.genomeweb.com/sequencing/oxford...on-user-meeting
Кое-что уже просачивалось в Интернет, но были и новые заявления.
1. Продажи GridION X5 начнутся 15 мая.
2. С 8 мая начнётся рассылка ячеек с порами 9.5 (для двукратного чтения типа 1D2).
3. Разрабатываются удешевлённые ячейки Flongle (128 или 256 каналов вместо 512) для MinION (с адапторной вставкой).
4. PromethION появится в продаже только в 2018 году, причём под новым именем - "MKI".

Сообщение было отредактировано genseq - 10.05.2017 09:40

Картинки:
картинка: MKI.jpg
MKI.jpg — (45.6к)   



Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): LMP, sceptique
Участник оффлайн! Sergeant
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.05.2017 10:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Всем привет.
Если быть строгим то у меня вопрос не совсем по теме. Просто не хочу плодить лишнюю ветку по NGS.
Я пытаюсь разобраться как работает псевдоэлайнер Каллисто. И у меня возникает много вопросов по алгоритму его работы. Как я понимаю, все начинается с постройки "индекса" на основе транскиптома модельного организма. Этот как бы индекс фактически граф Де Брейна для транскриптома. Поиск рида в транскиптоме сводится к разбивке каждого рида на к-меры и поиске пути в графе Брейеа для этих к-меров. Развилки в графе представляют собой различные изоформы гена. После того как все риды попытаются с переменным успехом отмапить на транскриптом можно посчитать сколько ридов приходится на каждый транскрипт. А вот далее мне совсем не понятно. К чему применяется бутстрэп? Как имея даже ОДИН образец Каллисто в паре с R строит для каждого транскрипта график "ящик с усами"? Мистика.
Участник оффлайн! avial
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.05.2017 22:39     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 02.05.2017 14:35)
Ссылка на исходное сообщение
Приём заявок до 18 мая.
Интересно, кто это подсуетился?  confused.gif
Если новосибирцы, то "осваиваемая" ими технология к этому году уже устарела. frown.gif

А там 90% заявок - чистый цирк со стороны институтов, якобы формирующих тематики. А может и 100%.
Меня другое интересует - бортник несколько тщательнее относится к конечному результату гранта, отчетом там не отделаешься, чем собираются отчитываться фирмы, которые предложат вон те мутации на химиотерапию?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.05.2017 21:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Сегодня на NGS-2017 Химэксперт рекламировал наборы для получения NGS-библиотек и баркодирования с торговой маркой GenSeqTM. Разработчики - компания ANPRO. Кто бы это мог быть? confused.gif
Участник онлайн! LMP
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.05.2017 17:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Эти? ссылка
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.05.2017 21:46     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(LMP @ 19.05.2017 15:40)
Ссылка на исходное сообщение  Эти? ссылка


Кажется, нет. У этих основной девиз - "Сделано в России". Хотя не исключено, что с той же торговой маркой эти наборы продаются и "за бугром".
Участник оффлайн! Sergeant
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.05.2017 10:54     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Годная книжка и не очень заумно написана
Wing-Kin Sung
ALGORITHMS FOR
NEXT-GENERATION SEQUENCING
(Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology)

CRC Press | 2017 | ISBN: 978-1-4665-6550-0 | 362 pages | PDF (rar) | 20.9 Mb

http://forum.ru-board.com/topic.cgi?forum=...6&start=1420#lt

https://www.upload.ee/files/7034410/Algorit...encing.rar.html

Сообщение было отредактировано genseq - 22.05.2017 11:54

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): genseq, sceptique
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 22.05.2017 12:22     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(genseq @ 19.05.2017 22:46)
Ссылка на исходное сообщение  Кажется, нет. У этих основной девиз - "Сделано в России". Хотя не исключено, что с той же торговой маркой эти наборы продаются и "за бугром".

http://www.funakoshi.co.jp/data/datasheet/MBG/GSD-1048-I.pdf

Предлагал я тебе давно-давно зарегистрировать себя как Торговую марку... no.gif
Кстати, у меня тоже есть задумка выпускать линейку китов под этой маркой, если канешна ты не против smile.gif

GenPaq®, GenSeq, GenEx....
Участник оффлайн! sceptique
Участник



 прочитанное сообщение 22.05.2017 19:49     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

.... GenЪ

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): LMP
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение вчера, 17:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

куда только его не лепят. smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение вчера, 17:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(-Ъ- @ 22.05.2017 10:22)
Ссылка на исходное сообщение  http://www.funakoshi.co.jp/data/datasheet/MBG/GSD-1048-I.pdf

Предлагал я тебе давно-давно зарегистрировать себя как Торговую марку... no.gif
Кстати, у меня тоже есть задумка выпускать линейку китов под этой маркой, если канешна ты не против smile.gif

GenPaq®, GenSeq, GenEx....


Конечно, я не против использования названия GenSeq. beer.gif Тем более, что давно уже приобрёл домен www.genseq.ru . Сайт пока не работает, но этим летом постараюсь его запустить. Заодно залью туда информацию о всех наборах с маркой GenSeq. И пусть меня попробуют обвинить в использовании чужой торговой марки. tongue.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 25.05.17 11:41
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft