Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Результаты поиска -- Найденные сообщения --

страницы (15):  1 2 3 > » 

ПЦР
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 02.06.2020 14:14  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825033  |  Ответов: 69  |  Просмотров: 2 132
(Asterix @ 02.06.2020 13:59)
Ссылка на исходное сообщение  Фантазеры  однако ..  и каким образом интересно  вы из сухого пятна крови  получите  функциональные антитела?  да еще количественно?  Попытайтесь растворить  сухое пятно крови  без использования  протеиназ  и хаотропов ...

Им там рецензенты  похоже  таких вопросов не задавали  перед публикацией .

Так это же препринт. Можете авторам прямо задать этот вопрос. В качестве самоназначенного рецензента.

ПЦР
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 02.06.2020 11:00  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1824987  |  Ответов: 69  |  Просмотров: 2 132
Продолжу флудить здесь. Простите, уважаемая Виста.
Прикольная комбинация серологического теста и ПЦР для выявления антител к SARS-Cov2.
Позволяет работать с сухими пятнами крови.

"..For the testing, the eluent was assayed using a modified Antibody Detection by Agglutination-PCR (ADAP) protocol [12-14]. Briefly, 8 µL of eluent was incubated with 8 µL of 1 femtomole of SARS-CoV-2 spike protein S1 subunit-DNA conjugate pair mixtures at 37 °C for 30 min. If present, the SARS-CoV-2 antibodies in the specimen engage with S1-DNA conjugate to agglutinate into a dense immune complex. To quantify the degree of agglutination, 116 µL of ligation solution (20 mM Tris, 50 mM KCl, 20 mM MgCl2, 20 mM DTT, 25 μM NAD, 0.025 U/μl ligase, 100 nM connector) was mixed with 4 µL eluent/conjugate mixture and incubated at 30 °C for 15 min. Then, 25 µL of the ligated solution was mixed with PCR master mix that contained primer pairs and polymerase for amplification under standard thermocycling conditions (95 °C for 10 min, 95 °C for 15 sec, 56 °C for 30 sec, 13 cycles). The pre-amplified products were then quantified in a 96-well qPCR plate. SYBR green-based qPCR was performed on a Bio-Rad CFX96 real-time PCR detection system (95 °C for 10 min, 95 °C for 30 sec, 56 °C for 1 min, 40 cycles). As a result of agglutination, specimens harboring high quantities of antibodies will have large quantities of amplifiable DNA, thus exhibiting a strong qPCR signal (low Ct). In contrast, samples without SARS-CoV-2 antibodies
will have few DNA amplicons, thus yielding a weaker qPCR signal (high Ct)
"
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/202...6004v1.full.pdf

ПЦР
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 01.06.2020 16:27  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1824871  |  Ответов: 69  |  Просмотров: 2 132
(-Ъ- @ 28.05.2020 15:58)
Ссылка на исходное сообщение  ....
  - убрать ревертирование практически невозможно. Пока температура смеси от комнатной (несколько минут) до 95 доползает (еще минута) ревертаза уже насинтезирует кучу всего. ...

Вот тут пишут, какой состав буфера в реакции должен быть, что Taq-полимераза сревертировала РНК без обратной транскриптазы.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.27.120238v1

ПЦР
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 01.06.2020 12:13  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1824825  |  Ответов: 69  |  Просмотров: 2 132
(-Ъ- @ 01.06.2020 13:06)
Ссылка на исходное сообщение  ...Но самое приятное эти коротенькие транскрипты, меньше 100 нукл. в присутствии  ингибитора РНК-аз хранятся месяцами в холодильнике. ..

В простой морозилке? Или вообще при 4 оС?

ПЦР
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 01.06.2020 11:06  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1824801  |  Ответов: 69  |  Просмотров: 2 132
(vb @ 31.05.2020 21:48)
Ссылка на исходное сообщение  ....
это понятно любому, кто сталкивался с клинической диагностикой, даже не в качестве разработчика...

Не согласна с этим тезисом. Сталкивалась с множеством безграмотных.

Мне любопытна история про положительный контроль для теста на РНКовый вирус.

Судя по тому, что пишет уважаемая Виста про раствор для положительного контроля, в ее лаборатории работают с ДНК в качестве положительного контроля.

Про наборы Вектора пишут, что у них нет внутреннего РНКового контроля.
"...одним из недостатков «векторовского» набора является то, что в нем есть лишь реагенты для ПЦР, то есть третьей, заключительной операции анализа. А для выделения РНК и обратной транскрипции предлагается использовать наборы других производителей. В комплектации набора также отсутствует внутренний контрольный образец (ВКО) — молекула РНК, защищенная от действия нуклеаз, которую добавляют в образец и которая вместе с мишенью проходит все стадии анализа..."
https://pcr.news/stati/test-na-koronavirus-dlya-rossii-2/

ПЦР
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 31.05.2020 16:53  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1824686  |  Ответов: 69  |  Просмотров: 2 132
(-Ъ- @ 31.05.2020 17:31)
Ссылка на исходное сообщение  На самом деле изготовление транскрипта когда есть под рукой нужный ампликон с Т7 промотором совсем просто.  Самое сложное - в каком виде подавать его в качестве (+) контроля в китах umnik.gif

CDC поставляет РНК положительного контроля в лиофизованном виде. После разведения надо сделать аликвоты по 30 мкл, аликвоты заморозить на -70 oC. После размораживания аликвоту используют, её неиспользованные остатки выбрасывают.


...2019-nCoV Positive Control (nCoVPC) Preparation:
1) Precautions: This reagent should be handled with caution in a dedicated nucleic acid handling
area to prevent possible contamination. Freeze-thaw cycles should be avoided. Maintain on ice
when thawed.
2) Resuspend dried reagent in each tube in 1 mL of nuclease-free water to achieve the proper
concentration. Make single use aliquots (approximately 30 μL) and store at ≤ -70oC.
3) Thaw a single aliquot of diluted positive control for each experiment and hold on ice until adding to plate. Discard any unused portion of the aliquot...

ПЦР
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 31.05.2020 12:51  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1824657  |  Ответов: 69  |  Просмотров: 2 132
Смотрю на инструкцию CDC и вижу, что у них положительный контроль - это in vitro транскрибированная РНК. И это правильно. Что служит положительным контролем в отечественных наборах? Меня терзают смутные сомнения, что это ампликон, заклонированный в плазмиду.
...2019-nCoV Positive Control (nCoVPC)
For use as a positive control with the CDC 2019-nCoV Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel procedure. The nCoVPC contains noninfectious positive control material supplied in a dried state and must be resuspended before use. nCoVPC consists of in vitro transcribed RNA. nCoVPC will yield a positive result with each assay in the 2019-nCoV Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel including RP. ...
https://www.fda.gov/media/134922/download

ПЦР
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 28.05.2020 16:56  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1824039  |  Ответов: 69  |  Просмотров: 2 132
А в чём у вас выражается контаминация?
Есть продукт в контроле выделения? В отрицательном контроле? В заведомо отрицательных пробах? На каком цикле появляется контаминация?
Просто из любопытства - положительным контролем служит плазмида или всё-таки РНК?

ПЦР
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 27.05.2020 11:18  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1823658  |  Ответов: 69  |  Просмотров: 2 132
Использование носиков с фильтрами - профилактика контаминации, передающейся через дозаторы.

Covid-19(инфо)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 03.04.2020 11:13  |  БеседаБеседа  |  link: #1809165  |  Ответов: 503  |  Просмотров: 21 113
(Carbon Copy @ 03.04.2020 02:22)
..... А вот так, когда молекулярная лаба под ударом пандемии перегружена работой приглашать новых сотрудников и затыкать ими дыры своего планирования -....

Справедливости ради надо отметить, что больница в Коммунарке открылась только что и прежде запланированного срока. То есть, они начали работать с колёс.

Covid-19(инфо)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 02.04.2020 19:14  |  БеседаБеседа  |  link: #1809018  |  Ответов: 503  |  Просмотров: 21 113
https://vk.com/wall-110012660_323
Денис Проценко, главврач 40-й (просьба расшарить)

«Уважаемые коллеги! Нам в команду требуются врачи и лаборанты для ПЦР-диагностики
Звоните по общему номеру +7 495 744 07 03 или +7 968 921 40 23»

Covid-19(инфо)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 02.04.2020 07:10  |  БеседаБеседа  |  link: #1808847  |  Ответов: 503  |  Просмотров: 21 113
(septoplast @ 01.04.2020 22:08)
Ссылка на исходное сообщение  не deltaCt а просто Ct

В статье пишут deltaCt, правда, я не поняла, какой они использовали референс. Какой-то внутренний положительный контроль?

Covid-19(инфо)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 01.04.2020 20:57  |  БеседаБеседа  |  link: #1808775  |  Ответов: 503  |  Просмотров: 21 113
(Panaev @ 01.04.2020 16:53)
Ссылка на исходное сообщение  Хм... а я думал, что в клинических испытаниях оценивают диагностическую чувствительность и специфичность. Или так все поменялось за те годы, что я не занимаюсь клинической диагностикой?
Причем тут чувствительность в копиях на мл? Это химическая чувствительность. Диагностическая может вообще с ней не коррелировать.

Это фишка количественного ПЦР.
С клиникой показатели теста могут коррелировать, а именно: малые значения deltaCt обычно свидетельствует о высокой вирусной нагрузке и можно ожидать тяжелое течение болезни (https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30232-2/fulltext).

КСтати, вот свеженькое сравнение разных RT-qPCR тестов, которые используют за рубежом. Авторы работают в Штатах.
Vogels et al. Analytical sensitivity and efficiency comparisons of SARS-COV-2 qRT-PCR assays //MedRxiv. - 2020. - https://doi.org/10.1101/2020.03.30.20048108
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/202...3.30.20048108v1

А это от корейцев:
Jung et al. Comparative analysis of primer-probe sets for the laboratory confirmation of SARS-CoV-2//bioRxiv 2020.02.25.964775; doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.25.964775
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.25.964775v1

От китайцев:
Xiong et al. Comparative performance of four nucleic acid amplification tests for SARS-CoV-2 virus// bioRxiv 2020. - oi: https://doi.org/10.1101/2020.03.26.010975
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.26.010975v1

Covid-19(инфо)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 01.04.2020 11:28  |  БеседаБеседа  |  link: #1808643  |  Ответов: 503  |  Просмотров: 21 113
(Vladimirkox @ 31.03.2020 18:28)
Ссылка на исходное сообщение  Сколько времени нужно для наработки S-белка в фаговом дисплее? А иммунизировать им можно? А торможение сыворотками реконвалесцентов делать можно?
Тут ещё и Ковальчук с синхротронным излучением АГ-детерминанты локализовать может, судя по его обещалкам.
https://www.anews.com/p/126904841-zabolevsh...al-obrashhenie/
Угу, между инфекционистом и реаниматологом - дистанция огромного размера. Кстати, о каком иммунитете он там лепечет?

С вакциной, похоже, какая-то засада. Я совсем не иммунолог, но насколько поняла, что иммунизация антикороновирусными вакцинами сама по себе может вызвать патологические процессы в лёгких.
"These results suggest that an excessive host immune response against the nucleocapsid protein of SARS-CoV is involved in severe pneumonia caused by SARS-CoV infection."

Tseng, C. T., Sbrana, E., Iwata-Yoshikawa, N., Newman, P. C., Garron, T., Atmar, R. L., ... & Couch, R. B. (2012). Immunization with SARS coronavirus vaccines leads to pulmonary immunopathology on challenge with the SARS virus. PloS one, 7(4).
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3335060/

Yasui F. et al. Prior immunization with severe acute respiratory syndrome (SARS)-associated coronavirus (SARS-CoV) nucleocapsid protein causes severe pneumonia in mice infected with SARS-CoV //The Journal of Immunology. – 2008. – Т. 181. – №. 9. – С. 6337-6348.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18941225

Honda-Okubo Y. et al. Severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus vaccines formulated with delta inulin adjuvants provide enhanced protection while ameliorating lung eosinophilic immunopathology //Journal of virology. – 2015. – Т. 89. – №. 6. – С. 2995-3007.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25520500

Covid-19(инфо)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 29.03.2020 13:16  |  БеседаБеседа  |  link: #1807473  |  Ответов: 503  |  Просмотров: 21 113
(vb @ 28.03.2020 18:33)
Ссылка на исходное сообщение  медицинская статистика - это такая статистика smile.gif.
не, может унемцев, кстати, она более-менее адекватная.
но зная как это работает в россии и учитывая, что "если вас в россии устраивает все, кроме климата, то вам нужно жить в италии", то итальянская статистика...  confused.gif

В NYT пишут (https://www.nytimes.com/2020/03/28/opinion/germany-coronavirus.html), что немцы вовремя загнали пожилых людей в самоизоляцию, поэтому средний возраст инфицированных в Германии значительно ниже, чем у итальянцев (46 vs 63). И процент пожилых среди заболевших ниже, чем в среднем по популяции.
Плюс санитарные меры: отслеживание контактов заболевших, диагностика среди них и карантин инфицированных.

И снова про коронавирус
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 28.03.2020 20:26  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1807180  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 1 794
IMHO, нет. Проветривать смысл имеет.
Пруф: Liu, Y., Ning, Z., Chen, Y., Guo, M., Liu, Y., Gali, N. K., ... & Liu, X. (2020). Aerodynamic Characteristics and RNA Concentration of SARS-CoV-2 Aerosol in Wuhan Hospitals during COVID-19 Outbreak. bioRxiv.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.08.982637v1

Сборка генома
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 05.03.2020 19:31  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1797802  |  Ответов: 68  |  Просмотров: 19 384
(brn @ 05.03.2020 13:39)
Ссылка на исходное сообщение  Скажите, пожалуйста, где можно взять какие-нибудь тестовые данные, попробовать собрать геном (или фрагмент) самому? Бывает такое, чтобы были и исходные данные, и "правильный ответ" для сверки? Желательно небольшой для начала и без ошибок и пробелов (гэпов).

Sequence Read Archive (SRA)
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi
Например, E.coli, отсеквенированнная в Штатах
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR6143717

Обучение цитогенетике
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 27.01.2020 14:35  |  Организация работы группы/лабораторииОрганизация работы группы/лаборатории  |  link: #1790235  |  Ответов: 6  |  Просмотров: 6 374
Если диагностика гемобластозов, то лучше сюда:
http://www.fnkc.ru/index.jsp?load=square&id=10

номер полиморфизма (rs)
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 20.01.2020 11:47  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1789036  |  Ответов: 4  |  Просмотров: 953
Он в интроне находится. Между 5 и 6 экзонами.
UCSC browser вам в помощь.
http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgs...All&i=rs1143643

Переводы и proofreading (редактирование) статей
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 22.12.2019 14:52  |  Поиск работыПоиск работы  |  link: #1784678  |  Ответов: 14  |  Просмотров: 7 321
Валентина отредактировала нашу статью, посвященную генетике бактерий. После ее правки рецензенты больше не имели замечаний к качеству английского, и статью приняли к печати (журнал "International Journal of Food Microbiology", IF4.0).
Спасибо - и за саму правку, и за оперативность сделанной работы!

Обозначение SNP
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 11.09.2019 20:15  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1768603  |  Ответов: 14  |  Просмотров: 1 850
(Chem19 @ 10.09.2019 17:08)
Ссылка на исходное сообщение  Смотрю умные все настолько, что объяснить даже не могут. С сайтом этим я ознакомился, он менее удобный, чем ncbi, и еще меньше мне помог. Вот тогда конкретный вопрос: какой rs у данной мутации и как этот rs нашли? ген OPRD1 мутация T80G. Взято из статьи.

В 80-й позиции этого гена стоит метионин (M), а не треонин (T). Для этой позиции описан полиморфизм с заменой NP_000902.3:p.Met80Val (rs755623365).
На рисунке эта позиция указана стрелкой.

RT-qPCR
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 03.09.2019 13:54  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1767650  |  Ответов: 8  |  Просмотров: 1 586
Зачем вы осаждаете РНК после выделения?
После осаждения появился высокомолекулярный бэнд. Судя по всему, это геномная ДНК.

ChIP-Seq в России
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 31.07.2019 10:51  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1763376  |  Ответов: 17  |  Просмотров: 1 696
(7825 @ 30.07.2019 21:35)
Ссылка на исходное сообщение  Народ где делают ЧипСек в России ?
Посмотрел  PubMed  ни одной публикации

У Разина

интерпретация SNP
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 18.07.2019 16:57  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1761580  |  Ответов: 11  |  Просмотров: 3 110
Можно начать с https://www.snpedia.com/index.php/Rs1393350
Оттуда идти по ссылкам, и самостоятельно оценить, что вам подходит.

Как купить за границей что-то замороженное и его привезти, чтобы оно выжило
semi
Постоянный участник
Москва


Отправлено: 27.05.2019 16:25  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1755082  |  Ответов: 24  |  Просмотров: 1 788
Если уже размороженное, то можно так: посеять во флакон; заполнить флакон средой до верху; положить в чемодан, в тряпки, чтобы не замерзло.
страницы (15):  1 2 3 > »  

Новые сообщения  Есть новые сообщения
Нет новых сообщений  Нет новых сообщений
Нет новых сообщений*  Тема с вашим участием
Горячая тема - новые сообщения  Горячая тема (есть новые сообщений)
Горячая тема - нет новых сообщений  Горячая тема (нет новых сообщений)
Важно - нет новых сообщений  Важная тема
Опрос - есть новые голоса  Опрос — есть новые голоса
Опрос - нет новых голосов  Опрос — нет новых голосов
Опрос -нет новых голосов  Опрос с вашим участием
Объявление  Объявление
Тема закрыта  Закрытая тема
Тема перемещена  Перемещённая тема


Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 05.06.20 09:38
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft