Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Next-gen секвенирование в России -- Оно уже есть, или как? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: RJ Dio, Bern55
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


страницы (67): < 1 2 3 4 5 > »  
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.08.2008 14:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Guest1 @ 09.08.2008 08:01)
Ссылка на исходное сообщение  Кстати , в Констанце прибамбаса для пеард-ендс есть - толъко не понял , что
за новая химия и математика у Иллумины confused.gif


Химия старая. Правда, с парными концами ещё не разобрался confused.gif . Патенты есть, но не уверен, что именно описанные в них варианты paired-end используются в GAII.

Что касается программного обеспечения, то его последняя версия имеет улучшенный base-caller, позволяющий читать до 50 п.о. Альтернативный вариант - использование самонастраивающегося ПО, позволяющего довести длину чтения до 78 п.о. Правда, цифры немного лукавые wink.gif . В действительности последнее Иллуминовское ПО тоже доводит длину чтения до 78 п.о. но только у 5% последовательностей, а самонастраивающаяся система доводит количество читаемых сиквенсов до 22%:
http://hannonlab.cshl.edu/Alta-Cyclic/main.html

Файл/ы:

poster_for_biology_of_genomes.pdf
размер: 276.23к
кол-во скачиваний: 8
11.08.2008 — 25.08.2008

Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 11.08.2008 15:41     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

А кто то может меня сориентировать по цене некоторых Иллюминовских расходников, если я выложу каталожные номера. Просто мы не direct customer и есть ощущение, что нам слегка придавливает ценами местный поставщик. Вот, что мне нужно узнать о среднеевропейских ценах:
PE-102-1001
1 Paired End DNA Sample Prep Kit
Kitted reagents for Paired End Sample Preparation of 10 DNA samples

PE-203-1002
5 Paired End Cluster Generation Kits - GA II
Kitted reagents for Cluster Generation on 5 flow cells

FC-204-2036
36 Cycle Sequencing Kit v2
Kitted reagents for a single run of 35 bases on one flow cell

СПАСИБО!
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.08.2008 21:05     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Не знаю, сможет ли кто-нибудь, кроме Иллуминовцев, дать такую инормацию, но буду очень признателен, если Вы приведёте цены, которые Вас сейчас "придавливают".
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.08.2008 07:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(genseq @ 11.08.2008 21:05)
Ссылка на исходное сообщение  Не знаю, сможет ли кто-нибудь, кроме Иллуминовцев, дать такую инормацию, но буду очень признателен, если Вы приведёте цены, которые Вас сейчас "придавливают".


Меня придавливают не цены, а "киты" - так что "самопалить" приходится smile.gif
Guest
IP-штамп: froplQlEbqVZY
гость



 прочитанное сообщение 16.08.2008 00:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

GAII собираемся покупать мы. Осенью, скорее всего, будет стоять у нас. Правда, у начальства есть сильное желание купить ее без каких бы то ни было китов. Самопалить мы в принципе умеем, но не такое же и не сразу же :-))). Вся надежда в таком случае будет на ГенСекаsmile.gif).

Цены на киты могу узнать - по крайней мере российские.

Насчет Хеликоса полностью согласен с предыдущими ораторами, гора пока даже толком не родила мышь (про гору очень точно - внушительно выглядит аппарат, точнее, его муляж, показанный на одной из конференций этой весной) и не собирается - а вот насчет ZS пока соглашаться рано
(http://www.zsgenetics.com/application/geneexpress/expressiondetail.html#application ). Написал им, ждем ответа.

В генетическую инженерию полимераз в России я как-то верю. Надо точно цели определить, а там видно будет - может быть, и Константин ими займется, а может быть, и кто-то другой найдется.
Guest
IP-штамп: froplQlEbqVZY
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  16.08.2008 00:44     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

http://www.zsgenetics.com/application/UsingTech/index.html
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.08.2008 20:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Guest @ 15.08.2008 21:29)
Ссылка на исходное сообщение  GAII собираемся покупать мы. Осенью, скорее всего, будет стоять у нас.


Установите в лаборатории Евгения Давидовича wink.gif , или под секвенатор будет организована отдельная группа rolleyes.gif ?

Сообщение было отредактировано genseq - 16.08.2008 20:38
Guest
IP-штамп: frOB/Xcpq1nwM
гость



 прочитанное сообщение 21.08.2008 23:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Установим в лаборатории Александра Сергеевичаsmile.gif. Отдельная группа организованва будет:-).
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.08.2008 12:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Guest @ 21.08.2008 20:56)
Ссылка на исходное сообщение  Установим в лаборатории Александра Сергеевичаsmile.gif. Отдельная группа организованва будет:-).


Прошу прощения, но кто это (если не Пушкин) confused.gif ?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 25.08.2008 07:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 23.08.2008 11:02)
Ссылка на исходное сообщение  Прошу прощения, но кто это (если не Пушкин) confused.gif ?


ГАТЦ вроде 100 геномов человека к 2010 собирается confused.gif
http://www.gatc-biotech.com/en/index.php
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.08.2008 09:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(Guest @ 16.08.2008 00:29)
Ссылка на исходное сообщение  ГАИИ собираемся покупать мы. Осенью, скорее всего, будет стоять у нас. Правда, у начальства есть сильное желание купить ее без каких бы то ни было китов. Самопалить мы в принципе умеем, но не такое же и не сразу же :-))). Вся надежда в таком случае будет на ГенСекаsmile.gif).

Цены на киты могу узнать - по крайней мере российские.

Насчет Хеликоса полностью согласен с предыдущими ораторами, гора пока даже толком не родила мышь (про гору очень точно - внушительно выглядит аппарат, точнее, его муляж, показанный на одной из конференций этой весной) и не собирается - а вот насчет ЗС пока соглашаться рано
(хттп://щщщ.зсгенетицс.цом/апплицатион/генеехпрессехпрессиондетаил.хтмлъапплицатион ). Написал им, ждем ответа.

В генетическую инженерию полимераз в России я как-то верю. Надо точно цели определить, а там видно будет - может быть, и Константин ими займется, а может быть, и кто-то другой найдется.


Библиотеки делают для Солексы вроде многие "самопалами" - ДНК может
оказатся из "мамонта" или сильно поврежденной - полимераза из "родного кита"
начнет чихать .
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.08.2008 23:05     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Кстати, о GAII wink.gif :

Файл/ы:

Illumina_GA_Update.pdf
размер: 1.01мб
кол-во скачиваний: 10
28.08.2008 — 11.09.2008

Guest
IP-штамп: fr8xQ1yxqd56I
гость



 прочитанное сообщение 31.08.2008 15:07     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Александр Сергеевич - Белохвостов. Мы же с Вами, genseq, общались в НПЦ:-).
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.08.2008 18:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

"Вечерняя Москва", №84 (24862) от 16.05.2008

Рак мозга можно победить?


Вся надежда у онкологов только на генетику. Далеким от медицинских проблем людям мало известно, что за последние годы подобные центры появились в США, Германии, а недавно такая программа принята и в Китае.
Почему же нет таких центров в России? В первую очередь из-за фантастической дороговизны. Анализ всех шести с лишним миллиардов пар нуклеотидов генома одного человека обходится в миллионы долларов и, конечно, остается недоступным для практической медицины. В результате полный анализ генома человека, то есть всей совокупности генов и остальных ДНК-последовательностей клетки, представляет собой фундаментальную проблему. Но альтернативы этой методике нет.

Что важно – в развитых странах изучают другие виды опухолей. К глиомам так близко еще никто не подошел. Так что если будет реализован представленный Притыко проект «Быстрый геном», в Москве появится геномный центр нового поколения, не имеющий аналогов в мире.

Проектом «Быстрый геном» заинтересовался Юрий Лужков. По его поручению в Московском комитете по науке и технике прошло уже два совещания.

Откуда у докторов НПЦ такая уверенность в своих силах? Так не с нуля же начинают! Уже три года в клинике действует лаборатория молекулярной генетики.
– За это время наши ученые вышли на такой уровень прикладных исследований, что стали реально помогать людям, – рассказывает заведующий генетической лабораторией научно-практического центра, доктор медицинских наук Александр Белохвостов.

Автор: Жанна АВЯЗОВА
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.08.2008 18:51     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Guest @ 31.08.2008 12:07)
Ссылка на исходное сообщение  Александр Сергеевич - Белохвостов. Мы же с Вами, genseq, общались в НПЦ:-).


Dear Андрей,
виноват redface.gif . Склероз mol.gif . Путаюсь уже frown.gif . Старость - не радость weep.gif .

Чтобы не запутаться просветите, пожалуйста, насчёт гостевых входов:

fr8xQ1yxqd56I - это, конечно, Вы.
frOB/Xcpq1nwM - это тоже Вы, но зашли с соседнего компьютера.
А вот froplQlEbqVZY - это тоже Вы, или есть и другие желающие приобрести GAII? confused.gif
Guest
IP-штамп: frXXyuB/kbmb6
гость



 прочитанное сообщение 01.09.2008 01:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Да ничего страшного :-).
Как ни прискорбно, d56I, 1nwM и qVZY - это все я (и что особенно любопытно, с одного и того же компа - почему так по-разному, вопрос к компании МТУ, наверное).
Из других желающих приобрести GAII точно могу сказать только про К. Г. Скрябина.
Guest
IP-штамп: frXXyuB/kbmb6
гость



 прочитанное сообщение 01.09.2008 01:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

И вот сейчас я с него же:-)
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 01.09.2008 08:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 31.08.2008 17:40)
Ссылка на исходное сообщение  "Вечерняя Москва", №84 (24862) от 16.05.2008

Рак мозга можно победить?


    Вся надежда у онкологов только на генетику. Далеким от медицинских проблем людям мало известно, что за последние годы подобные центры появились в США, Германии, а недавно такая программа принята и в Китае.
    Почему же нет таких центров в России? В первую очередь из-за фантастической дороговизны. Анализ всех шести с лишним миллиардов пар нуклеотидов генома одного человека обходится в миллионы долларов и, конечно, остается недоступным для практической медицины. В результате полный анализ генома человека, то есть всей совокупности генов и остальных ДНК-последовательностей клетки, представляет собой фундаментальную проблему. Но альтернативы этой методике нет.

    Что важно – в развитых странах изучают другие виды опухолей. К глиомам так близко еще никто не подошел. Так что если будет реализован представленный Притыко проект «Быстрый геном», в Москве появится геномный центр нового поколения, не имеющий аналогов в мире.

    Проектом «Быстрый геном» заинтересовался Юрий Лужков. По его поручению в Московском комитете по науке и технике прошло уже два совещания.

    Откуда у докторов НПЦ такая уверенность в своих силах? Так не с нуля же начинают! Уже три года в клинике действует лаборатория молекулярной генетики.
  – За это время наши ученые вышли на такой уровень прикладных исследований, что стали реально помогать людям, – рассказывает заведующий генетической лабораторией научно-практического центра, доктор медицинских наук Александр Белохвостов.

Автор: Жанна АВЯЗОВА



про "три года в клинике действует" - это круто smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 01.09.2008 08:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 31.08.2008 17:40)
Ссылка на исходное сообщение  "Вечерняя Москва", №84 (24862) от 16.05.2008

Рак мозга можно победить?


    Вся надежда у онкологов только на генетику. Далеким от медицинских проблем людям мало известно, что за последние годы подобные центры появились в США, Германии, а недавно такая программа принята и в Китае.
    Почему же нет таких центров в России? В первую очередь из-за фантастической дороговизны. Анализ всех шести с лишним миллиардов пар нуклеотидов генома одного человека обходится в миллионы долларов и, конечно, остается недоступным для практической медицины. В результате полный анализ генома человека, то есть всей совокупности генов и остальных ДНК-последовательностей клетки, представляет собой фундаментальную проблему. Но альтернативы этой методике нет.

    Что важно – в развитых странах изучают другие виды опухолей. К глиомам так близко еще никто не подошел. Так что если будет реализован представленный Притыко проект «Быстрый геном», в Москве появится геномный центр нового поколения, не имеющий аналогов в мире.

    Проектом «Быстрый геном» заинтересовался Юрий Лужков. По его поручению в Московском комитете по науке и технике прошло уже два совещания.

    Откуда у докторов НПЦ такая уверенность в своих силах? Так не с нуля же начинают! Уже три года в клинике действует лаборатория молекулярной генетики.
  – За это время наши ученые вышли на такой уровень прикладных исследований, что стали реально помогать людям, – рассказывает заведующий генетической лабораторией научно-практического центра, доктор медицинских наук Александр Белохвостов.

Автор: Жанна АВЯЗОВА


Ну раз великий ученый Лужков заинтересовался - тогда уж "Быстрый геном навозных шариков Лужкова" нужно делать smile.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 01.09.2008 13:11     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 01.09.2008 00:30)
Ссылка на исходное сообщение  Да ничего страшного :-).
Как ни прискорбно, d56I, 1nwM и qVZY - это все я (и что особенно любопытно, с одного и того же компа - почему так по-разному, вопрос к компании МТУ, наверное).
Из других желающих приобрести GAII точно могу сказать только про К. Г. Скрябина.

Это модемная связь такая, т.е. каждое подключение - разные IP-адреса. У меня тоже было такое в отпуске. Но мне это очень понравилось... lol.gif А на работе, к сожалению, не удается уходить в глубокое подполье. weep.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.09.2008 00:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Очень рекомендую всем посетить http://seqanswers.com/, а то мне там как-то одиноко frown.gif . Больше тысячи зарегистрированых посетителей, работающих на FLX, GAII, SOLiD 2.0 и т.п., а из России я один, да и то без прибора weep.gif .

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): error
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.09.2008 10:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(genseq @ 19.09.2008 00:03)
Ссылка на исходное сообщение  Очень рекомендую всем посетить хттп://сеяансщерс.цом/, а то мне там как-то одиноко frown.gif . Больше тысячи зарегистрированых посетителей, работающих на ФЛХ, ГАИИ, СОЛиД 2.0 и т.п., а из России я один, да и то без прибора weep.gif .


Может к Редактору confused.gif

Science. 2008 Aug 15;321(5891):956-60.
A global view of gene activity and alternative splicing by deep sequencing of the human transcriptome.
Sultan M, Schulz MH, Richard H, Magen A, Klingenhoff A, Scherf M, Seifert M, Borodina T, SOLDATOV A, Parkhomchuk D, Schmidt D, O'Keeffe S, Haas S, Vingron M, Lehrach H, Yaspo ML.

Department of Vertebrate Genomics, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Ihnestrasse 73, 14195 Berlin, Germany.

The functional complexity of the human transcriptome is not yet fully elucidated. We report a high-throughput sequence of the human transcriptome from a human embryonic kidney and a B cell line. We used shotgun sequencing of transcripts to generate randomly distributed reads. Of these, 50% mapped to unique genomic locations, of which 80% corresponded to known exons. We found that 66% of the polyadenylated transcriptome mapped to known genes and 34% to nonannotated genomic regions. On the basis of known transcripts, RNA-Seq can detect 25% more genes than can microarrays. A global survey of messenger RNA splicing events identified 94,241 splice junctions (4096 of which were previously unidentified) and showed that exon skipping is the most prevalent form of alternative splicing.
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  25.09.2008 10:58     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...bmedid=18660515
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.09.2008 14:51     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Guest1 @ 25.09.2008 07:55)
Ссылка на исходное сообщение  Может к Редактору  confused.gif


Он там, наверное, уже зарегистрирован, но со ссылкой на Германию. А вот пригласить его заглянуть в тему Mzagr, наверное, стоит rolleyes.gif .

Сообщение было отредактировано genseq - 30.09.2008 10:31
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 29.09.2008 14:45     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(genseq @ 28.09.2008 14:51)
Ссылка на исходное сообщение  Он там, наверное, уже зарегистрирован, но со ссылкой на Германию. О вот пригласить его заглянуть в тему Мзагр, наверное, стоит rolleyes.gif .


Что это за "лучшая в мире геномная лаба " имени Лижкова в Москве?
confused.gif confused.gif confused.gif

http://www.rosbalt.ru/2008/09/27/527653.html
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.10.2008 20:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

В Сэнгеровском институте работают 26 GAII с загрузкой по времени ~50%.
В институте Бродов - 18 GAII.

Сколько нужно секвенаторов, чтобы в Москве появилаcь лучшая в мире геномная лаборатория confused.gif ?

Сообщение было отредактировано genseq - 01.10.2008 20:49
Участник оффлайн! error
Постоянный участник
192.168.0.1



 прочитанное сообщение 02.10.2008 03:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 01.10.2008 13:48)
Ссылка на исходное сообщение  В Сэнгеровском институте работают 26 GAII с загрузкой по времени ~50%.
В институте Бродов - 18 GAII.

Сколько нужно секвенаторов, чтобы в Москве появилаcь лучшая в мире геномная лаборатория confused.gif ?
Дык, бить надо не числом, а уменьем wink.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 02.10.2008 10:24     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(error @ 02.10.2008 02:56)
Ссылка на исходное сообщение  Дык, бить надо не числом, а уменьем  wink.gif


В ГАТЦе два Роша , две Иллумины и 6 автоматкапиллярников АБИ3730хл smile.gif

"Не клади все яйца в одну корзину"
Идеальных секвенаторов нет и одним Рошом или Иллуминой не отделаешся smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 02.10.2008 10:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 01.10.2008 19:48)
Ссылка на исходное сообщение  В Сэнгеровском институте работают 26 ГАИИ с загрузкой по времени ~50%.
В институте Бродов - 18 ГАИИ.

Сколько нужно секвенаторов, чтобы в Москве появилаць лучшая в мире геномная лаборатория confused.gif ?


"Геномная лаборатория" - это не только секвенаторы .......... umnik.gif smile.gif
(дальше - про "Кроликов") smile.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): error
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 02.10.2008 10:46     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 01.10.2008 19:48)
Ссылка на исходное сообщение  В Сэнгеровском институте работают 26 ГАИИ с загрузкой по времени ~50%.
В институте Бродов - 18 ГАИИ.

Сколько нужно секвенаторов, чтобы в Москве появилаць лучшая в мире геномная лаборатория confused.gif ?


Если речь идет о "секвенирующей фирме" -можно попробовать скопировать ГАТЦ smile.gif Обещают 100 человековых геномов через два года smile.gif
http://www.gatc-biotech.com/en/index.php?navid=1
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.10.2008 08:52     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Вчера (1.10.08) в Форестере (Калифорния) в центральном офисе ABI началась трёхдневная встреча пользователей SOLiD. Представители фирмы рассказали присутствующим об основных параметрах очередной версии геномного секвенатора, выпуск которой запланирован на февраль 2009 г.

1. Длина секвенирования увеличена до 50 п.о. (или 2х50 при парном секвенировании). Возможно, будет доведена до 75 п.о. umnik.gif
2. Работать будет в абсолютно автономном режиме (оказываеся, предыдущие модели требовали перезарядки проточных ячеек каждые 24 часа). rolleyes.gif
3. Продолжительность рабочего цикла - 3 суток (6 суток в режиме парного секвенирования). shuffle.gif
4. Стандартная производительность - 20 Gb (млрд п.о.) за парный цикл (т.е. если постараться, то можно сделать и больше). wink.gif
5. Вычислительный кластер уберут из общего корпуса и прибор станет намного легче и компактнее. jump.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 03.10.2008 08:54
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  03.10.2008 21:13     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Genome Technology, October, 2008, P.33-38.

Картинки:
 картинки уже нет на сайте: GT.JPG GT.JPG — (126.17к) 03.10.2008 — 17.10.2008  
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.10.2008 09:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(genseq @ 03.10.2008 08:52)
Ссылка на исходное сообщение  Вчера (1.10.08) в Форестере (Калифорния) в центральном офисе АБИ началась трёхдневная встреча пользователей СОЛиД. Представители фирмы рассказали присутствующим об основных параметрах очередной версии геномного секвенатора, выпуск которой запланирован на февраль 2009 г.

1. Длина секвенирования увеличена до 50 п.о. (или 2х50 при парном секвенировании). Возможно, будет доведена до 75 п.о.  umnik.gif 
2. Работать будет в абсолютно автономном режиме (оказываеся, предыдущие модели требовали перезарядки проточных ячеек каждые 24 часа).  rolleyes.gif 
3. Продолжительность рабочего цикла - 3 суток (6 суток в режиме парного секвенирования). shuffle.gif
4. Стандартная производительность - 20 Гб (млрд п.о.) за парный цикл (т.е. если постараться, то можно сделать и больше).  wink.gif 
5. Вычислительный кластер уберут из общего корпуса и прибор станет намного легче и компактнее. jump.gif


Вот ыще солида в Москву - чтоб классический "лебедь-рак-щука" получился smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.10.2008 11:18     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

В ближайшее время в Москве должно появиться 2 SOLiD 2.0.

К сожалению, подробностей не знаю, но кадры уже вербуют.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  09.10.2008 14:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Nature. 2008 May 1;453(7191):56-64.
Mapping and sequencing of structural variation from eight human genomes.
Kidd JM, Cooper GM, Donahue WF, Hayden HS, Sampas N, Graves T, Hansen N, Teague B, Alkan C, Antonacci F, Haugen E, Zerr T, Yamada NA, Tsang P, Newman TL, Tüzün E, Cheng Z, Ebling HM, Tusneem N, David R, Gillett W, Phelps KA, Weaver M, Saranga D, Brand A, Tao W, Gustafson E, McKernan K, Chen L, Malig M, Smith JD, Korn JM, McCarroll SA, Altshuler DA, Peiffer DA, Dorschner M, Stamatoyannopoulos J, Schwartz D, Nickerson DA, Mullikin JC, Wilson RK, Bruhn L, Olson MV, Kaul R, Smith DR, Eichler EE.

Department of Genome Sciences and Howard Hughes Medical Institute, University of Washington, Seattle, Washington 98195, USA.

Genetic variation among individual humans occurs on many different scales, ranging from gross alterations in the human karyotype to single nucleotide changes. Here we explore variation on an intermediate scale--particularly insertions, deletions and inversions affecting from a few thousand to a few million base pairs. We employed a clone-based method to interrogate this intermediate structural variation in eight individuals of diverse geographic ancestry. Our analysis provides a comprehensive overview of the normal pattern of structural variation present in these genomes, refining the location of 1,695 structural variants. We find that 50% were seen in more than one individual and that nearly half lay outside regions of the genome previously described as structurally variant. We discover 525 new insertion sequences that are not present in the human reference genome and show that many of these are variable in copy number between individuals. Complete sequencing of 261 structural variants reveals considerable locus complexity and provides insights into the different mutational processes that have shaped the human genome. These data provide the first high-resolution sequence map of human structural variation--a standard for genotyping platforms and a prelude to future individual genome sequencing projects.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.11.2008 18:07     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

В ближайший четверг буду докладывать о состоянии секвенирования в мире. Хотелось бы упомянуть и Россию, но ясности пока нет mol.gif .

Точно известно о наличии только одного прибора (GS FLX) в Центре биоинженерии. Все прочие всё ещё в планах, или к кому-то уже пришли confused.gif ?

P.S.: Спасибо спамерам, без которых эта тема могла бы уже и не всплыть frown.gif .

Сообщение было отредактировано genseq - 28.11.2008 18:13
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 28.11.2008 18:28     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Генсек, хватит работать.Пятничная расслабуха!
http://www.youtube.com/watch?v=Bw4K_fbRbWk&NR=1
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 28.11.2008 18:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 28.11.2008 17:07)
Ссылка на исходное сообщение  В ближайший четверг буду докладывать о состоянии секвенирования в мире. Хотелось бы упомянуть и Россию, но ясности пока нет mol.gif .

Точно известно о наличии только одного прибора (GS FLX) в Центре биоинженерии. Все прочие всё ещё в планах, или к кому-то уже пришли confused.gif ?

P.S.: Спасибо спамерам, без которых эта тема могла бы уже и не всплыть frown.gif .

http://www.ifirms.ru/firm/19039
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 28.11.2008 18:39     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Ъ @ 28.11.2008 17:28)
Ссылка на исходное сообщение  Генсек, хватит работать.Пятничная расслабуха!
http://www.youtube.com/watch?v=Bw4K_fbRbWk&NR=1

Закупка реактивов для секвенирования генома бактерии на геномном анализаторе GS FLX для выполнения НИР. - тендеры Сельское хозяйство в Москве

На данный момент по данному тендеру информации нет, или он находится в стадии рассмотрения конкурсных заявок.

Показатель Значение
Сфера деятельности Сельское хозяйство
Регион Москва
Дата публикации 28 августа 2008
Источник финансирования внебюджетные средства
Общая цена контракта 484 тыс. руб.
Подача конкурсных заявок:
дата начала
дата и время окончания
28 августа 2008
5 сентября 2008, в 12:00
Сроки поставки (проведения работ) в срок до 25 сентября 2008г.
Порядок оплаты 30% после полной поставки Товара на склад Заказчика в срок до 06 октября 2008г., и 70% в срок до 30 ноября 2008г.

Наименование товаров, работ, услуг
Наименование лота Закупка реактивов для секвенирования генома бактерии на геномном анализаторе GS FLX для выполнения НИР.
Начальная/максимальная цена контракта, тыс. руб 484
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 28.11.2008 18:45     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

Это ты мне? confused.gif Я еще не дорос до таких масштабов. smile.gif И вообще, я закончил труд.неделю. Сегодня целый день пытался подключить сканер к компу - не тот кабель в комплекте. weep.gif Готов был все стереть в порошок. mad.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 28.11.2008 18:49     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Ъ @ 28.11.2008 17:45)
Ссылка на исходное сообщение  Это ты мне? confused.gif Я еще не дорос до таких масштабов. smile.gif И вообще, я закончил труд.неделю. Сегодня целый день пытался подключить сканер к компу - не тот кабель в комплекте. weep.gif Готов был все стереть в порошок. mad.gif


Там в тендере у Кости Скрябина и про твои магнитики тоже есть smile.gif
beer.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 28.11.2008 19:00     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 28.11.2008 17:49)
Ссылка на исходное сообщение  Там в тендере у Кости Скрябина и про твои магнитики тоже есть  smile.gif
beer.gif

Может они действительно туда пошли. Какие-то большие шальные заявки были. confused.gif smile.gif А посредники, знаешь, какие ушлые, слово не вытянешь кому перепродают содрав все лейблы. weep.gif
Ну и черт с ними, мне по фигу, лишь бы ... войны не было. lol.gif beer.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.11.2008 21:22     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Ъ @ 28.11.2008 15:28)
Ссылка на исходное сообщение  Генсек, хватит работать.Пятничная расслабуха!
http://www.youtube.com/watch?v=Bw4K_fbRbWk&NR=1


Спасибо за песенку. Расслабляет отлично.

Это не ты ли сам в отпуске клип сделал? Очень уж солист похож на тебя.
Guest
IP-штамп: frSMNcAkVlNuk
гость



 прочитанное сообщение 29.11.2008 13:26     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 28.11.2008 20:22)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо за песенку. Расслабляет отлично.

Это не ты ли сам в отпуске клип сделал? Очень уж солист похож на тебя.
Ъ
IP-штамп: frSMNcAkVlNuk
гость



 прочитанное сообщение 29.11.2008 13:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 28.11.2008 20:22)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо за песенку. Расслабляет отлично.

Это не ты ли сам в отпуске клип сделал? Очень уж солист похож на тебя.

Это Петр Налич, стал очень популярным благодаря этому интернетовскому "самопальному" клипу. Он учлся в МАРХИ с моим Конечным продуктом (старшим). Я в клипе с великом ... lol.gif Действительно похож. lol.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 29.11.2008 20:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

ТОлько-что узнал из телевизора о Петре Наличе. Оказывается, я совершенно отстал от жизни.

Пересмотрел клип заново. Велик фигурирует трижды. Сначала - вдали на заднем плане. Затем - уже ближе. С велосипедистом в белых штанах. И, наконец, совсем близко, с "ощетининным", но спешенным велосипедистом, особенно похожим на тебя в обычном (небритом) состоянии.

Кстати, о велосипеде. В пятницу после обеда буду в Москве на машине. Как там с мешком? Что-нибудь прояснилось?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 01.12.2008 10:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 28.11.2008 17:07)
Ссылка на исходное сообщение  В ближайший четверг буду докладывать о состоянии секвенирования в мире. Хотелось бы упомянуть и Россию, но ясности пока нет mol.gif .

Точно известно о наличии только одного прибора (ГС ФЛХ) в Центре биоинженерии. Все прочие всё ещё в планах, или к кому-то уже пришли confused.gif ?

П.С.: Спасибо спамерам, без которых эта тема могла бы уже и не всплыть frown.gif .


Как же нет ясности - прямо в тендерах написано - "Геном водоросли и бактерии"
попытка де-ново с помощю только одного Роша confused.gif
Не понял только почему на реактивы для Роша нужен "тендер" с офигенной переплатой confused.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 01.12.2008 10:15     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 29.11.2008 19:10)
Ссылка на исходное сообщение  ТОлько-что узнал из телевизора о Петре Наличе. Оказывается, я совершенно отстал от жизни.

Пересмотрел клип заново. Велик фигурирует трижды. Сначала - вдали на заднем плане. Затем - уже ближе. С велосипедистом в белых штанах. И, наконец, совсем близко, с "ощетининным", но спешенным велосипедистом, особенно похожим на тебя в обычном (небритом) состоянии.

Кстати, о велосипеде. В пятницу после обеда буду в Москве на машине. Как там с мешком? Что-нибудь прояснилось?


Что тяакое "микроматрасыДНК высокой плотности " по тендеру "Електротехника" confused.gif


Главная

Поставка микроматриц ДНК высокой плотности для выполнения НИР - тендеры Электротехника : Измерительная техника в Москве

На данный момент по данному тендеру информации нет, или он находится в стадии рассмотрения конкурсных заявок.

Показатель Значение
Сфера деятельности Электротехника : Измерительная техника
Регион Москва
Дата публикации 18 марта 2008
Общая цена контракта 1485000 тыс. руб.
Подача конкурсных заявок:
дата начала
дата и время окончания
18 марта 2008
18 апреля 2008, в 00:00
Сроки поставки (проведения работ) Согласно конкурсной документации
Форма оплаты Оплата в рублях, безналичный расчет
Порядок оплаты Оплата 20% в течение 5 банковских дней с момента подписания Государственного контракта, 80% в течение 60 дней после поступления Товара на склад Заказчика

Дополнительная информация
Размер, порядок и срок внесения платы Конкурсная документация в письменной форме предоставляется (направляется по почте заказным письмом с уведомлением либо вручается лично под роспись) в течение двух дней с момента получения заявления и внесения платы в размере 500 (Пятьсот) рублей 00 копеек за ее предоставление. Реквизиты счета для перечисления платы за предоставление конкурсной документации: Центр «Биоинженерия» РАН, Банковские реквизиты: Отделение УФК по г. Москве, ИНН: 7728118561, КПП 772801001, Лицевой счет: 06319336160, Отделение 1 Московского ГТУ Банка России, г. Москва 705, р/с № 40503810600001009079, БИК 044583001, к/с – нет
Критерии оценки заявок на участие в конкурсе Согласно конкурсной документации
Вскрытие конвертов, дата и время 18.04.2008 12:00
Рассмотрение заявок, дата 22.04.2008
Подведение итогов конкурса , дата 25.04.2008

Наименование товаров, работ, услуг
Наименование лота Микроматрицы ДНК высокой плотности
Начальная/максимальная цена контракта, тыс. руб 1 485 000 (Один миллион четыреста восемьдесят пять тысяч) рублей 00 копеек
Количество товара 152
Единица измерения шт
Краткие характеристики товара Согласно конкурсной документации
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 01.12.2008 11:38     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(genseq @ 28.11.2008 17:07)
Ссылка на исходное сообщение  В ближайший четверг буду докладывать о состоянии секвенирования в мире. Хотелось бы упомянуть и Россию, но ясности пока нет mol.gif .

Точно известно о наличии только одного прибора (ГС ФЛХ) в Центре биоинженерии. Все прочие всё ещё в планах, или к кому-то уже пришли confused.gif ?

П.С.: Спасибо спамерам, без которых эта тема могла бы уже и не всплыть frown.gif .


Водорослю уже отсеквенировали smile.gif

http://www.nature.com/nature/journal/v456/...ature07410.html
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 01.12.2008 12:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 01.12.2008 09:15)
Ссылка на исходное сообщение  Что тяакое "микроматрасыДНК высокой плотности " по тендеру "Електротехника"  confused.gif

Головузаморачивающий термин. wall.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.10.21 18:56
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft